Docking

Ich wollte eigentlich nur die neuesten Nachrichten posten, und siehe da, es gab noch gar keinen Thread. Dann also erstmal grundlegendes:

Homepage
[b][color="#5883a6"]SETI.Germany[/color][/b]

Zitat von Projektbeschreibung englisch

Docking@Home is a collaborative project that aims to accomplish both bioscience and computer science goals. From the bioscience point of view, the project aims to further knowledge of the atomic details of protein-ligand interactions and, by doing so, will search for insights into the discovery of novel pharmaceuticals. From the computer science point of view, this project aims to extend volunteer computing to enable adaptive multi-scale modeling of the docking applications: different models that represent the same phenomena in nature with different level of accuracy and resource requirements will be chosen at run-time based on results collected so far and characteristics of the protein-ligand complex. Docking@Home involves collaboration among the University of Texas - El Paso, The Scripps Research Institute (TSRI), and the University of California - Berkeley and is powered by BOINC. Docking@Home is part of the DAPLDS project (or Dynamically Adaptive Protein-Ligand Docking System project) and is supported by the National Science Foundation (NSF).

Heißt in etwa auf deutsch:
Docking@Home ist ein Zusammenarbeitsprojekt, in dem sowohl computer- als auch biowissenschaftliche Ziele verfolgt werden. In der Biowissenschaft versucht das Projekt das Verständnis für die atomaren Details der Protein/Ligandenwechselwirkung zu vergrößern um dadurch neue Medikamente zu ermöglichen. In der Computerwissenschaft versucht das Projekt das freiwillige Rechnen um das mehrmassstabliche adaptive Modellieren von Andockprozessen zu erweitern: Verschiedene Modelle die das selbe Phänomen mit unterschiedlichen Auflösungen und Ressourcenanforderungen darstellen werden verglichen, in Bezug auf die bisherigen Ergebnisse und die Charakteristiken des Protein/Ligandenkomplexes.

Docking zieht gerade von Texas nach dalaware um, daher gibt's z.Zt. keine Wutzen.
Es wird gerade ein neuer Server beschafft, und das war die Neuigkeit, die ich eigentlich mitteilen wollte:

Zitat von Andre Kerstens

A little bit of good news (I guess!): Penguin just gave us a shipping date of Oct 19; they explained the wait was due to supplier delays of memory they use in these machines. Shipping will probably be around 3 to 4 days or so, then we have to unpack and install all the equipment in racks, followed by installation of the OS, db and all the boinc software and finally playing back the backed up data from the utep machines. I think we should be able to start again around SC'07 (Supercomputing 2007 conference in Reno, Nevada that starts at Nov 12). That's a conservative estimate, so I hope it will be sooner than that.

Cheers!
Andre

Ein wenig gute Neuigkeiten (denke ich):
Penguin hat den Versandtermin vom 19. Oktober bestätigt, sie haben gesagt, es läge an Lieferschwierigkeiten bei einem Unterlieferanten für den benutzten Speicher. Lieferzeit wird voraussichtlich 3-4 Tage sein, dann müssen wir auspacken, zusammenschrauben, das OS, Datenbanksoftware und BOINC installieren, und schließlich die gesicherten Daten der UTEP-Maschinen wieder aufspielen. Ich denke, wir sind zur SC'07 (Supercomputing 2007 Konferenz in Reno, Start am 12.11.) fertig, wobei das eher eine konservative Schätzung ist, vermutlich geht's schneller.

Na wenn das mal keine guten Nachrichten sind!!

Vielen Dank Uwe, meine Rechenknechte wollen da auch wieder zuschlagen

Gruß Jörg

Michaela Taufer, die Chefin des Projekts, hat folgendes geschrieben:

Hello everybody,

Two of the servers have arrived and docking.cis.udel.edu has been configured with OS and is on the internal UDel network. We will open the external firewall as soon as we have restored the data on the machine and done some tests to make sure everything is still working as it should. Our test machine, docktest, has not arrived yet, but should be here next week.

We really appreciate that you guys have hung around here and are keeping the spirits up!

Thanks,
Michela

Übersetzung:
2 der Server sind angekommen und docking.cis.udel.edu ist mit einem OS ausgestattet worden und im internen UDel-Netzwerk eingebunden. Wir öffnen die externe Firewall sobald wir die Daten auf dem Rechner wiederhergestellt haben und ein paar Tests durchgeführt haben, um sicherzustelle, das auch alles funktioniert wie es soll. Unsere testmaschine, docktest, ist noch nicht angekommen, sie sollte nächste Woche hier sein.

Wir begrüßen es sehr das ihr Leute hier die ganze Zeit 'rumgehangen und den Geist aufrecht erhalten habt!

D.h.: neue URL wird's vermutlich geben, also sicherheitshalber mal abmelden und dann wieder anmelden mit der neuen URL.

Zitat von Saenger

D.h.: neue URL wird's vermutlich geben, also sicherheitshalber mal abmelden und dann wieder anmelden mit der neuen URL.

Oder einfach BAM! benutzen und sich zurücklehnen.

Falls jemand Lust auf 'nen Job in Delaware hat:

Since Michela hasn't gotten herself a sysadmin yet (she's working on getting a good student in the group to work on the machines) I'm helping her with getting all the (old) utep data on the new docking machine and getting this thing running again. Probably with the latest app version we used in utep; she needs new students that will work on new app versions too :-) (anyone interested?)

Cheers
Andre

Übersetzen tue ich's nicht, wer das will muss eh' englisch können

Hi Dockers, hat eine(r) von euch einen invitation code für mich? bittebitte!

hätte auch gerne den einladungs code.... bitte

Zitat von diclo [SPEG]

hätte auch gerne den einladungs code.... bitte

Da musst Du warten, bis sie wieder richtig Online sind, denke ich.
Docking zieht gerade von Texas nach Delaware und ist nur bedingt einsatzbereit. Die Foren funktionieren wohl meist, aber mehr auch noch nicht wieder. Vermutlich wird sich auch die URL ändern.

Wenn's dann losgeht werden sie wohl recht bald öffentlich werden, wenn ich das richtig verstanden habe. Sonst ist hier die Kontaktadresse von Michaela Taufer: dockingadmin@utep.edu (oder dann evtl. auch eben in Delaware)

Mal wieder was aus dem Forum vom Cheffe:

Zitat von Andre Kerstens

Not dead yet, but slow... Michela has found a student sysadmin who his helping her out setting up the machines, but the last couple of weeks have been mostly final exams so you know how that goes. I've been pretty busy with my own new job, so couldn't spent much time debugging the new docking server myself: there are some problems getting the web site up and there are some firewall issues at UDel it seems as we can't get through to the server. The sysadmin (Jason) is finding out where this firewall is hiding out. Michela is also busy with hiring a new postdoc who is going to be busy learning all about docking@home and work on the computer science research in the project. Hopefully that new person will be here somewhere in January. Then of course there's still Trilce, Michela's PhD student who moved to DE with us, who also had a lot of studying to do the last months. She's working on genetic algorithm stuff to make D@H (and eventually BOINC) more smarter in scheduling jobs.

Well, that's it for the update for now. Hope that helped explain things a bit. Glad to see that all of you are hanging around here. D@H will be back eventually, you can count on that :-) How would Arnold say that again? I'll be back baby!!

Was soviel heißt wie:
Nicht schon tot, aber langsam... Michela hat einen Studenten als Sysadmin gefunden, der ihr beim Aufsetzen der Maschinen hilft, aber die letzten paar Wochen waren vor allem Endexamen, ihr wisst, was das bedeutet. Ich war recht beschäftigt mit meinem neuen Job, also konnte ich selber nicht viel zeit zum Debuggen der neuen Dockingserver erübrigen: Es gibt ein paar Probleme beim Aufsetzen der Webseite, und da sind einige Firewallsachen mit UDel, sieht so aus als kämen wir nicht durch zum Server. Der Sysadmin, Jason, versucht herauszufinden wo sich die Firewall versteckt. Michela ist damit beschäftigt eineN Post-Doc anzuheuern, die/der dann damit beschäftigt sein wird alles über Docking@Home zu lernen und auf der computerwissenschaftlichen seite des Projekts zu arbeiten. Hoffentlich ist die Person irgendwann im Januar da. Dann ist da natürlich noch immer Trilce, Michelas PhD Studentin, die mit uns nach Delaware gekommen ist, und die auch recht viel studieren musste in letzter Zeit. Sie arbeitet an genetischen Algorithmen um D@H (und evtl. BOINC) schlauer beim Austeilen der Jobs.

So, das ist das Update erstmal. Ich hoffe, das erklärt einiges ein wenig. Schön zu sehen, das Ihr hier noch immer 'rumhängt. D@H wird eines tages zurück sein, verlasst Euch drauf :-) Wie würde Arnold sagen? I'll be back baby!!

Docking hat 'ne neue URL:
http://docking.cis.udel.edu/

Zitat von Forumbeitrag

Looks like we might be able to generate some work after X-mas and I guess you guys are the first to get it :-) Probably some of the old utep stuff first for testing and as soon as Michela can get her students to work on this, new docking problems will follow.

Happy holidays!
Andre

Sieht so aus, als ob wir nach Weihnachten in der Lage sein werden ein wenig Arbeit zu erzeugen, und ich denke Ihr Leute werdet die ersten sein, die sie bekommen Wahrscheinlich erstmal was von dem alten UTEP-Zeug zum Testen, und sobald Michela ihre Studenten zum Arbeiten daran bekommt werden neue Dockingprobleme folgen.

Frohe Festtage!
Andre

Anmelden mit der neuen URL geht schon (wenn mensch schon ein Konto hat).

Zitat von News

Dec 23, 2007 23:45:00
Another milestone reached. As you can see from the URL in your browser, the Docking@Home website has been moved to University of Delaware! For now only the website will work, but we will be working on making sure that work is sent out soon again. So if you have not done it yet, please disconnect your boinc client from the URL http://docking.utep.edu and wait until we tell you to connect to the URL http://docking.cis.udel.edu. The old URL now has a redirect in place to bring you automatically to D@H's new home. Please make sure your bookmarks/favorites get updated. Thanks for all your patience!

Ein neuer Meilenstein ist erreicht. Wie Ihr an der URL im Browser sehen könnt ist die Docking@Home Webseite umgezogen an die Universität Delaware! Bislang geht nur die Webseite, aber wir arbeiten daran das in Kürze auch wieder Arbeit versandt wird. Alles, was Ihr jetzt zu tun habt ist den BOINC Manager von der alten URL abzumelden und abwarten, bis wir Euch sagen Euch bei der neuen URL wieder anzumelden. Die alte URL hat hat eine Umleitung um Euch automatisch auf die neue Seite zu bringen, bitte ändert aber Eure Lesezeichen entsprechend. Danke für die Geduld.

Jan 14, 2008 15:15:00
We suffered a severe power outage on Saturday that took long enough (4h) that even our UPS system could not keep the server up and. The system is now back up as you can see, but obviously we have to do get an automatic graceful shutdown procedure in place. This will be high on th priority list. We are currently testing the work creation procedures on our test server to make sure that all works as it should (we found a couple of small problems that we fixed). When that is done, we will start to generate work on docking again. Thanks for your patience. We realize you all have needed a lot of that the last months.

Übersetzung:
Wir hatten einen schweren Stromausfall am Samstag, der lange genug dauerte (4h) um selbst die USV daran zu hindern, den Server am Leben zu halten. Das System ist wieder oben wie Ihr sehen könnt, aber wir benötigen offensichtlich eine gute automatische Abschaltprozedur. Dies wird weit oben auf der Prioritätenliste stehen. Wir testen gegenwärtig die Arbeitserzeugungsroutinen auf dem Testserver, um sicher zu stellen, das alles wie gewünscht läuft (ein paar kleine Probleme wurden schon beseitigt). Wenn das erledigt ist werden wir die Arbeitserzeugung für Docking wieder starten. Danke für die Geduld, wir wissen, das Ihr davon eine Menge gebraucht habt in den letzten Monaten.

Keine Atempause, es geht voran!

Zitat von News

Feb 9, 2008 2:30:00
Three new members of the GCLab are now working together to put D@H back on-line. Abel is working on the CHARMM compilation and testing; Robert is building the D@H screensaver; and Jason is working on the servers and the pool of heterogenous machines for our tests. Abel has just arrived from UTEP where he got his BS in CS last December; Robert and Jason are undergraduate students at UDel. They are doing a terrific work to have D@H ready for our volutneers soon. Keep up the good work Abel, Jason, and Robert!

Übersetzung:
Drei neue Mitglieder des GCLab arbeiten zusammen daran D@H wieder an die Arbeit zu bekommen. Abel arbeitet an der Kompilierung und dem Test von CHARMM; Robert baut den D@H Bildschirmschoner; und Jason arbeitet an den Servern und dem Pool heterogener Maschinen für unsere Tests. Abel ist gerade von der UTEP gekommen, wo er letzten Dezember seinen BS in CS gemacht hat (Bachelor of Science in Computer Science denke ich); Robert und Jason sind Studenten an der UDel. Sie machen einen klasse Job um D@H wieder für unsere Freiwilligen fertig zu machen. Macht weiter so, Abel, Jason und Robert!

Zitat von Frontpagenews

Feb 22, 2008 3:30:00
To see if everything is still working as it is supposed to work, we have just generated 10 workunits (30 results) 5 minutes ago. The protein-ligand combination is the same we have been using at UTEP (1tng_mod0011), but as this is only for testing that's okay. Let us know if things look okay on your boinc clients and we keep an eye on the server. Thanks!

Übersetzung:
Um zu sehen, ob alles noch so geht wie es soll haben wir vor 5 Minuten 10 WUs (30 Results) erstellt. Die Protein-Ligantenkombination ist die gleiche wie die schon in El Paso benutzt, aber da es nur zum Testen ist ist die OK. Sagt uns Bescheid ob alles OK aussieht bei Euch in BOINC-Manager, wir werden den Server im Auge behalten. Danke!

Ist leider schon vorbei, hat allerdings auch nicht reibungslos geklappt.

Feb 25, 2008 14:48:00
We are generating 1000 work-units with the 1tng target to test whether the server is working properly. Please let us know via the website forum when you find any problems. Thanks!

Übersetzung:
Wir generieren 1000 Wutzen mit dem 1tng-Zielwert um den Server zu testen. Bitte teilt uns mit, wenn was schief geht. Danke!

Ich hab' auch prompt schon welche erhalten.

June 4, 2008 21:40:00
We have updated docking and distributing workunits for testing purposes. Checkout the screensaver and give us your comments (sorry, the screensaver is for windows only now).

June 4, 2008 15:30:00
We are running some tests on docktest and in the process of updating docking. There will be some downtime and expect to be back soon today (23:00:00 GMT). The plan is to start distributing work on docking on Friday.

Wir lassen ein paar Tests laufen über Docktest und sind dabei Docking auf Stand zu bringen. Es wird einige Auszeiten geben und wir werden bald wieder zurück sein. Der Plan lautet am Freitag mit der Ausgabe von Arbeit zu beginnen.

Wir haben Docking auf Stand und geben testweise Arbeit aus. Testet den Bildschirmschoner und geb uns Eure Kommentare (Sorry, bislang nur für Windows).

Ich hatte schon zwei Wutzen, aber noch keinen Credit, der Validator ist wohl noch nicht auf Stand

Hi Saenger, magst du noch mal nachfragen, ob die neue Invites herausgeben?
@privat: Wie wars auf dem Friedhof?

Zitat von Kalessin

Hi Saenger, magst du noch mal nachfragen, ob die neue Invites herausgeben?

Mach ich mal, aber die wollten imho sowieso öffnen, wenn's läuft.

Zitat von Kalessin

@privat: Wie wars auf dem Friedhof?

Noch nicht da gewesen, der Umzug ist übernächstes WE, also am 21.

Zitat von http://docking.cis.udel.edu/

August 12, 2008 15:21:00 UTC
New public keys!!! Please detach and reattach to D@H. Thanks

Zitat von auf Deutsch

12. August 2008 16:21:00 MEZ
Neue öffentliche Schlüssel!!! Bitte abmelden und wieder anmelden bei D@H. Danke

Von der neuesten App (Charmm 34a2) gibt es endlich auch Windows-Versionen, daher habe ich beim Wiederanmelden doch glatt meine ersten WUs erhalten.

Zitat von pschoefer[SPEG]

Von der neuesten App (Charmm 34a2) gibt es endlich auch Windows-Versionen, daher habe ich beim Wiederanmelden doch glatt meine ersten WUs erhalten.

Hmm..wollte mich dort gerade anmelden, aber es wird ein Einladungs-Code benötigt...

Hat den zufällig noch jemand "übrig"?

x)

Daniel

Mal ein paar Laufzeiten der ersten Charmm 34a2-WUs,
die mein Quad Q9450 @3,3 GHz - XP64
heute bearbeitet hat:

CPU time (sec) - claimed credit - granted credit
4,434.97 - 27.03 - 27.03
2,056.63 - 12.54 - 12.54
1,189.08 - 7.25 - 7.25

Gruss

wie kommt man an diese einladungen wie elitärt ist das ?

Zitat von berndf

wie kommt man an diese einladungen wie elitärt ist das ?

Ein wenig lesen schadet nicht Das steht schon hier.

Zitat von Saenger

[...]hier die Kontaktadresse von Michaela Taufer: dockingadmin@utep.edu (oder dann evtl. auch eben in Delaware)

Oder auch dort im Projektforum: http://docking.cis.udel.edu/forum_thread.php?id=57

Außerdem ist dieser Fred ganz hilfreich: Moving to Beta D@H, denn Beta haiß Öffnung

Message 4290 - Posted 21 Aug 2008 1:58:21 UTC

We are getting closer and closer to the beta.

Something to keep you busy in the meanwhile: take a close look at our targets by scrolling to the bottom of the main D@H webpage and clicking on the target icons!

Michela

danke für die hilfe wer lesen kann hat klar vorteile im leben habs echt nich gesehen