Neue Beiträge im Thread David Baker's Rosetta@home journal

Message 63932 - Posted 3 Nov 2009 4:59:49 UTC

Today I was asked this question:
"Hi David, I am a user of the BOINC application and running Rosetta. I have searched the website and can't find any sort of overall status on how the entire mapping project is going.
I, and I think many others, would be very interested to seeing some sort of progress indicator on where the project is and some predictions on when the mapping process will be complete at Rosetta's current research/growth rate. (when every possible protein fold has been completely mapped and cross-checked)
Is this possible? Are we at 5%? 10%? Will the project be complete in 5 years? 10 years? This would be great info for the layman that doesn't know much about this subject but is happy to donate computer time for this research."

I thought I would answer this question here for other participants who might be interested as it highlights the different between rosetta@home and most other distributed computing projects.
The answer is that the problems we are tackling with rosetta@home--computing the structures of biological macromolecules and designing new molecules to try to cure diseases and improve human health generally--are long term problems that will not be completely "solved" any time soon. Much of our work is also aimed at improving our methods and algorithms so we can design new molecules and ultimately drugs more accurately.
In most distributed computing projects, a computer program that has been developed is run on large sets of data. the computer program doesn't change over the course of the project, and the progress toward completion can be assessed by determining what fraction of the data set the calculation has been run on and what fraction is left.
This estimate can't be done for rosetta@home because the scope of problems we are trying to solve is much larger, and because we are continually extending rosetta@home to try to solve new problems.
So we can't quantify our progress by giving you a % complete. Instead, the project's contributions and progress can be evaluated by the many scientific publications it has produced, some of which I've tried to summarize in these posts. (the current issue of Nature for example has the article I described below on designing new enzymes to ultimately repair disease causing mutations).____________

Hierzu meine freie Übersetzung: -

Heute wurde mir folgende Frage gestellt: ,,Hallo David, ich benutze die BOINC Applikation und mache bei Rosetta mit. Ich habe die Webseite nach einem Bericht betr. der ganzen Genkartierung abgesucht, aber nichts gefunden. Ich, und ich glaube auch andere, würden daran interessiert sein, eine Art Fortschrittsindikator zu sehen mit dem angezeigt wird, wo sich das Projekt momentan befindet, gekoppelt mit einer Vorhersage, wann die Kartierung komplett sein wird mit Rosetta’s momentaner Forschung und Entwicklung (also wann alle möglichen Proteinfaltmöglichkeiten komplett kartiert und überprüft sind). Ist das möglich? Sind wir bei 5%? 10%? Wird das Projekt in 5 Jahren beendet sein? In 10 Jahren? Das würde einen Laien, der nicht über viel Wissen in diesem Bereich verfügt, reichen, um seinen Computer dazu zur Verfügung zu stellen.”

Ich möchte hier auch anderen Interessierten diese Frage beantworten, denn sie zeigt den Unterschied zwischen Rosetta@home zu den meisten anderen Projekten des verteilten Rechnens auf. Die Antwort dazu ist, dass die Probleme, die wir mit Rosetta@home verfolgen, langfristig sind und nicht komplett in der nahen Zukunft gelöst werden. Das betrifft das Berechnen der Strukturen von Makromolekülen und das Design von neuen Molekülen um zu versuchen, Krankheiten zu bekämpfen und die menschliche Gesundheit generell zu verbessern. Viele unserer Tätigkeiten betreffen das Verbessern unserer Methoden und Algorithmen um neue Moleküle und im Endeffekt Medikamente entwerfen zu können.
In den meisten Projekten des verteilten Rechnens laufen die Kalkulationen mit einem speziell dafür entwickelten Computerprogramm, um mit groβen Dateien laufen zu können. Dieses Programm bleibt über die Länge des Projektes dasselbe und der Fortschritt in Richtung Projektabschluss kann mit Hilfe des Bruchteils der bereits errechneten Dateien bestimmt werden, also was schon fertig ist und was noch zu errechnen ist.
Diese überschlagene Rechnung kann bei Rosetta@home nicht angewandt werden, denn die Anzahl der Probleme, die wir aufzuklären versuchen ist viel gröβer und auch darum, weil wir stätig dabei sind, Rosetta@home zu erweitern um Aufschluβ auf neue Probleme zu geben. Deshalb können wir unsere Forschritte nicht quantitativ darstellen und das euch in Prozenten angeben. Anstelle dessen können die Zusätze und Fortschritte des Projektes daran gemessen werden, wie viele Artikel darüber veröffentlicht wurden. Ich hab versucht einige davon in diesen (vorangegangenen) Posts hier zusammenzufassen (die derzeitige Ausgabe von ‘Nature’ enthält z. B. einen Artikel über den Entwurf von neuen Enzymen, die krankkeitserregene Mutationen bekämpfen).


NB: es folgen gleich noch die Posts in diesem Thread vom 17.11.09, 9.12.09, 15.1.10 und 20.1.10


Hinzugefügter Post:

Posted 17 Nov 2009 4:16:32 UTC
I often get asked about the progress we are making with the invaluable contributions all of you are making to our efforts. While we (unfortunately) have not yet succeeded in developing real world therapies for treating diseases, your contributions have been critical for our advances on the basic science side which should ultimately lead to the development of such therapies. These are documented in the scientific publications that have come out of the project; see http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_publications.php for a recently updated list. Publication lists are one way you can assess the impact of your contributions to distributed computing projects--hopefully in not too long you will be able to see the impact in new disease treatments!

freie Übersetzung:-

Ich werde oft danach gefragt welche Fortschritte wir mit Hilfe eures unermesslichen Einsatzes machen. Wir haben (leider) noch keinen Erfolg bei der Entwicklung von Therapien und Behandlungen von Krankheiten in der reellen Welt gehabt, doch hat euer Mitwirken dabei geholfen, grundwissenschaftliche Fortschritte machen zu können, welche letzten Endes zur Entwicklung solcher Therapien führten. Diese sind in den aus diesem Projekt entstandenen wissenschaftlichen Artikeln veröffentlicht worden.
Aktueller Katalog hier: - http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_publications.php
Der Inhalt gibt einen Überblick über die Auswirkung eurer Mitarbeit bei Projekten des verteilten Rechnens. Hoffentlich könnt ihr in Kürze sehen, wie dadurch die Entwicklung von Krankheitsbehandlungen profitiert!


Hinzugefügter Post:

Posted 9 Dec 2009 5:19:04 UTC
Many of you I'm sure remember the protein folding calculations with the zinc atoms. Graduate student Chu Wang wrote a scientific paper describing the method he developed for predicting the structures of zinc containing proteins and the testing of the method with all of your help. The paper was just accepted for publication in the scientific journal Protein Science, and now scientists everywhere will be able to learn about Chu's method so they can predict structures of this important class of proteins also.

freie Übersetzung:-

Viele von euch können sich sicher noch an die Berechnungen erinnern betr. des Faltens von Proteinen, die Zinkatome beinhalten. Chu Wang, Student, verfasste einen wissenschaftlichen Bericht, in dem er seine von ihm entwickelte Methode beschrieb, die Strukturen von Proteinen, die Zink beeinhalteten, vorausbestimmen zu können und das Testen dieser Methode, das mit eurer Hilfe stattgefunden hatte.
Dieser Artikel wurde gerade von der wissenschaftlichen Zeitschrift ‘Protein Science’ zur Veöffentlichung angenommen und bald können Wissenschaftler überall sich über Chu’s Vorgang informieren um ebenso die Struktur dieser wichtigen Proteinklasse voraussagen zu können.


Hinzugefügter Post:

Posted 15 Jan 2010 5:41:18 UTC
We got some good news today. A manuscript that many of you contributed to through Rosetta@home was just accepted for publication in Science magazine, perhaps the most widely read scientific journal. The paper shows that accurate structures can be calculated using Rosetta for proteins up to 200 amino acids long if even a small amount of experimental data (from NMR experiments) is available to guide the search. This is an exciting advance because it could make it very much faster and easier to experimentally determine protein structures. Thanks everybody for your contributions to this work, and to our ongoing research efforts!

freie Übersetzung: -

Wir bekamen heute eine gute Nachricht und zwar wurde ein Manuskript, zu dem viele von euch durch Rosetta@home zugesteuert haben, zur Veröffentlichung in der Zeitschrift ‘Science’ angenommen. Das ist mitunter das meist gelesene wissenschaftliche Magazin. Der Artikel beschreibt, dass für Proteine bis zu 200 Aminosäuren Länge, akkurate Strukturen mit Hilfe von Rosetta kalkuliert werden können, und die Suche danach sogar mit einer kleinen Anzahl experimentaler Daten (von NMR Experimenten) stattfinden kann.
Dies ist ein aufregender Fortschritt, denn es könnte die experimentelle Proteinstrukturvorhersage beschleunigen. Vielen Dank an euch alle für eure Beisteuerung zu dieser Arbeit und den fortschreitenen Forschungsbemühungen

Posted 20 Jan 2010 6:57:52 UTC
Sarel has collected many very promising potential flu virus inhibitors from your rosetta@home calculations over the last ten days, and will be selecting a number of them for experimental testing--see his postings in the "design of protein-protein interactions" thread.

Freie Übersetzung
Sarel hat eine groβe Anzahl vielversprechender Grippevirusblockierer von euren Rosetta@home Berechnungen der letzten 10Tage gesammelt und wird sich davon einige zum experimentellen Testen aussuchen. Bitte lest seinen Bericht im Thread ‘Design of protein-protein interactions’.

(dazugefügt, wurde hier im Rosetta Thread noch nicht übersetzt)

Posted 19 Jan 2010 19:37:42 UTC

Hello,
I wanted to give you a brief update that I've received many excellent models of hemagglutinin binders from your computer! From the very large collection of designs that your computers produced I've selected 15 that we will start testing over the next few weeks. 15 is a very large number, but we want many many more so expect more such simulations in the near future.
Many thanks! Sarel.
____________
Freie Übersetzung: -

Hallo,
Ich wollte euch nur kurz berichten, dass ich viele ausgezeichnete Modelle der Hemagglutinin-Anknüpfer von euren Computern bekommen habe! Ich habe von der von euch erzeugten groβen Anzahl 15 ausgesucht, die wir die nächsten paar Wochen über testen werden. 15 ist schon ziemlich viel, aber wir möchten noch mehr davon haben, also erwartet bald noch weitere Simulationen.

das ist das letzte Update aus diesem Thread

ein neuer beitrag aus dem Journal

We are entering a very busy and science packed time for Rosetta@home. As described in the "design of protein-protein interfaces" thread, we are now designing proteins to bind to and block several different targets, including the flu virus. At the same time, we are gearing up for CASP9 which will start in May by testing out both our new structure prediction methodology and the improved energy function which underlies it. The new methodology is quite CPU intensive, and we are hoping for as much user participating as possible once CASP starts; whatever you can spare now as well would be great so we can go the last 9 yards on structure prediction methods development before CASP and at the same time proceed as rapidly as possible on the protein-protein interaction designs. thanks! David

Freie Übersetztung des Beitrags vom 9. Februar 2010:-
Bei Rosetta@home beginnt demnächst eine sehr aktive wissenschaftliche Phase. Wie schon in dem Protein-Protein Interface Thread beschrieben, designing wir jetzt Proteine, die sich entweder an einige verschiedene Ziele anbinden oder sie blockieren, inklusive Grippevirus. Zur gleichen Zeit bereiten wir uns auf die im Mai startenden CASP9 (Critical Assessment of Protein Structure Prediction 9 = Kritische Auswertung von Proteinstrukturvorhersage 9) vor, indem wir die neue Strukturvorhersagenmethodik und die verbesserte Energiefunktion, die dazu gehört, testen. Die neue Methodik wird die CPU stark beansprechen und wir hoffen um eure rege Beteiligung sobald CASP beginnt; doch alles, was ihr schon jetzt dem Projekt zuteilen könnt, wird gerne entgegengenommen, sodass wir noch die restlichen Schritte gehen können um die Strukturvoraussagenmethodik abzuschlieβen ehe CASP beginnt und zur gleichen Zeit so schnell wie möglich mit den Protein-Protein Interaktionen voranschreiten. Danke.
David

wieder ein neuer beitrag

This survey request is from David Anderson, the creator of BOINC, and Oded Nov from NYU

Dear Rosetta@home volunteer:

We are conducting a survey of Rosetta@home volunteers in order to
better understand why people participate in volunteer computing and
contribute computer resources.

We would be extremely grateful if you could help us by filling out a
questionnaire. If you are not interested, ignore the rest of this
email.

The survey is at http://boinc.berkeley.edu/survey/ It should take no
more than 10-15 minutes. Your responses will be used for research
purposes and to improve BOINC.

We will be happy to share our findings with you, and they will be made
available once we complete the data collection and analysis.

With many thanks -

Dr. David P. Anderson
Director, BOINC
University of California, Berkeley
email: davea at ssl.berkeley.edu

Prof. Oded Nov
Polytechnic Institute of New York University
email: onov at poly.edu

Zitat von cappy

wieder ein neuer beitrag

wofür benötigen die mein passwort ?

Credis rauszubekommen geht auch einfacher...

Freie Übersetzung des am 12.2.10 erschienenen Beitrags

Diese Umfragebitte ist von David Anderson, Gründer von BOINC und Oded Nov von NYU (New York University).

Liebe Rosetta@home Volontäre:
Wir unternehmen derzeit eine Umfrage der Rosetta@home Volontäre um herauszufinden, warum Leute sich an freiwilligem Komputieren beteiligen und ihre Resourcen zur Verfügung stellen.
Wir wären euch sehr dankbar wenn ihr dazu einen Fragebogen ausfüllen könntet. Wer daran kein Interesse hat, braucht hier nicht weiterzulesen.
Der Fragebogen befindet sich hier: http://boinc.berkeley.edu/survey/
Ausfüllen sollte eigentlich nicht länger als 10-15 Minuten dauern. Eure Antworten werden für Forschungszwecke und um BOINC zu verbessern genutzt.
Wir werden euch auch gerne die Ergebnisse nach vervollständigter Datenerfassung und Auswertung mitteilen.
Vielen Dank –
Dr. David P. Anderson
Director, BOINC
University of California, Berkeley
Email: davea aet ssl.berkely.edu

Prof. Oded Nov
Polytechnic Institute of new York University
Email: onov aet poly.edu

Anmerkung von Susanne: Der Fragebogen konzentriert sich nur auf ein paar Projekte, somit habe ich nichts ausfüllen können, denn meine derzeitigen sind nicht dabei.

Posted 8 Mar 2010 2:47:57 UTC
Our paper on solving structures of proteins of up to 200 amino acids using very limited experimental data is in the Feb 19 issue of Science magazine (pg 1014) which is on some news stands now. this wouldn't have been possible without Rosetta@home--thanks again everybody!

Übersetzung
Unsere wissenschaftliche Publikation, die sich mit der Aufklärung von Proteinstrukturen bis zu einer Länge von 200 Aminosäuren befasst, die mit Hilfe von sehr begrenzten experimentellen Daten erreicht wurde, ist in der Ausgabe Nr. 19 der Science Zeitschrift (Seite 1014) erschienen, die jetzt bei einigen Zeitschriftenhändlern bereits erhältlich ist. Das wäre ohne Rosetta@home nicht möglich gewesen –- vielen Dank an alle!

Neuer Beitrag im Journal

Posted 9 Apr 2010 4:55:34 UTC

While the results are still preliminary, it appears that Rosetta@home has produced an extremely exciting result! As I described a few posts ago, many of you through rosetta@home contributed to the design of proteins predicted to bind very tightly to the influenza flu virus. We have now completed the first round of testing of the designed proteins, and one of them in the experiments conducted thus far clearly binds very tightly to the virus. Our data also indicate that the binding is at a site critical to the virus invasion of our cells, and so the protein neutralize the virus. I will keep you posted over the next couple of months as the picture becomes clearer--but for now--thank you all for making this possible!!

Zitat von cappy

Neuer Beitrag im Journal

Posted 9 Apr 2010 4:55:34 UTC

While the results are still preliminary, it appears that rosetta@home has produced an extremely exciting result! As I described a few posts ago, many of you through rosetta@home contributed to the design of proteins predicted to bind very tightly to the influenza flu virus. We have now completed the first round of testing of the designed proteins, and one of them in the experiments conducted thus far clearly binds very tightly to the virus. Our data also indicate that the binding is at a site critical to the virus invasion of our cells, and so the protein neutralize the virus. I will keep you posted over the next couple of months as the picture becomes clearer--but for now--thank you all for making this possible!!

Übersetzung: -
Obwohl die Resultate noch vorläufig sind, sieht es so aus, als wenn rosetta@home ein extrem aufregendes Ergebnis produziert hat! Ich hatte vor kurzem hier schon beschrieben, wie viele von euch durch rosetta@home daran beteiligt sind am Design von Proteinen mitzuwirken, von denen vorausgesagt wird, dass sie sich sehr eng an den Influenza Grippevirus binden. Wir haben jetzt die erste Testrunde dieser Design-Proteine beendet und eins davon band sich in den bisher ausgeführten Experimenten sehr eng an den Virus. Unsere Daten zeigen auch an, dass die Bindung an einer für die Virusinvasion unserer Zellen kritischen Stelle stattfand und somit das Protein den Virus dort neutralisiert. Ich werde euch in den nächsten paar Monaten auf dem Laufenden halten sobald die Angelegenheit klarer wird – aber für’s Erste – danke an euch alle das ermöglicht zu haben.

und ein neuer beitrag von heut morgen

Posted 11 Apr 2010 5:34:40 UTC


I was asked on the discussion thread about the timescale for learning more about the influenza binding protein I described in my previous post. I'm reposting my answer here:


We are doing a series of tests and control experiments in my lab in the next 2-3 weeks to rule out various possible artifacts. If, as we expect, the design passes with flying colors, we will send it to Scripps research institute where the ability of the design to neutralize the virus in cell based tests and the extent to which the design neutralizes different strains of virus will be measured. I would expect we would know the results of this in several months. We will also work to solve the crystal structure of the design bound to the virus to confirm the design binding mode. This hopefully will not take more than a few months as well.

I will keep all of you posted here about the results from these experiments. I am very optimistic, but one should be cautious about getting to excited too early about results like these--there are very many places where things can go wrong just with the biochemistry, and after this there are very many steps to actually make a protein into a drug--this is why there are so few new drugs for curing diseases being discovered.

For those of you who would like to try your hand at improving designed binders to the influenza virus, we are now posting virus inhibitor design challenges on foldit.

Zitat von cappy

und ein neuer beitrag von heut morgen

Übersetzung: -

Im Diskussionsthread wurde ich nach dem zeitlichen Rahmen gefragt, in dem neue Erkenntnisse betr. des Influenzabindungsproteins, von dem ich in meinem letzten Post berichtete, bekannt gegeben wird. Ich wiederhole meine Antwort dazu hier:

In den nächsten 2 – 3 Wochen führen wir in meinem Labor eine Serie von Tests und Kontrollversuchen durch um verschiedene mögliche Fehler auszuschlieβen. Sollte, wie von uns erwartet, das Design mit Bravour bestehen, werden wir es zum Scripps Forschungssinstitut schicken. Dort wird in auf Zellen basierenden Tests die Fähigkeit gemessen, zu welchem Ausmaβ das Design den Virus, und dazu verschiedene Stämme des Virus, zu neutralisieren imstande ist.

Ich würde annehmen, dass wir die Ergebnisse dazu in ein paar Monaten erhalten werden. Wir werden auch an der Lösung der Kristallstruktur arbeiten, die das Design an den Virus bindet um den Designbindemodus zu bestätigen. Das sollte hoffentlich auch nicht länger als ein paar Monate dauern.

Ich werde euch alle hier über die Resultate dieser Experimente informieren. Ich bin sehr optimistisch, aber man sollte sich vornehmen sich nicht zu früh über Resultate wie diese zu ereifern – es gibt dabei vieles, womit etwas schiefgehen könnte und das schon allein mit der Biochemie, und anschlieβend folgen viele Arbeitsschritte um ein Protein in eine wirkliche Arznei zu verwandeln – das ist der Grund warum so wenige neue Arzneimittel entdeckt werden, mit denen Krankheiten geheilt werden können.

Für diejenigen von euch, die es mal ausprobieren möchten Bindungsdesigns zum Influenzavirus zu verbessern, posten wir jetzt Virushemmstoffdesign-Challenges bei foldit.

Message 65767 - Posted 19 Apr 2010 5:43:12 UTC
Bottom of Form

Experiments this past week have made us even more confident that the designed influenza binder is working as in the design model. we used "directed evolution" methods to identify amino acid changes that make the rosetta@home designed protein bind even more tightly to the virus. we found mutations at two positions: first, at an alanine residue in the design, the evolution process found a valine, and inspection of the design model showed some extra space around the alanine that would be filled by the slightly larger valine. the second amino acid change involved a charged aspartate residue in the design that in retrospect was too close to the virus protein--it was changed to a non charged residue which is less energetically costly to bury upon binding.

we are now combining these two substitutions, and expect that the combination should bind still more tightly to the virus than any protein we have tested so far. we should know later this week--I'll keep you posted!


Übersetzung: -
Experimente der letzten Woche haben uns noch mehr überzeugt, dass das Grippebindungsdesign genauso arbeitet wie im Designmodell. Wir haben ‘direkte Evolutionsmethoden’ benutzt um Aminosäurenveränderungen zu identifizieren, die das rosetta@home Designprotein noch enger an den Virus binden. Wir haben an 2 Stellen Mutationen gefunden: zuerst an einem Alaninrest des Designs wo der Evolutionsprozess ein Valin gefunden hat und Inspektion des Designmodells etwas extra Räumlichkeit um das Alanin anzeigte, die von dem etwas gröβeren Valin eingenommen werden könnte. Die zweite Aminosäurenänderung betraf einen geladenen Aspartatrest im Design, der rückblickend zu nah am Virusprotein lag - der in einen nicht geladenen Rest umgeändert wurde, welcher sich bei der Bindung mit weniger Energie zu verbergen mag.

Wir kombinieren jetzt diese 2 Substituierungen und erwarten, dass die Kombination sich noch enger an den Virus bindet, als die von uns bisher getesteten Proteine. Wir werden es später in der Woche erfahren – ich werde euch auf dem Laufenden halten!

ein neuer Beitrag

Posted 30 Apr 2010 6:19:52 UTC

We got some good news today in an announcement by Vice President Biden:

http://arpa-e.energy.gov/NewsMedia/N...1/Default.aspx

We were funded to work with three other research groups to develop a completely new pathway for using solar energy to transform CO2 into the large molecules that the world has grown to depend on (fuels, etc)--this if successful could greatly reduce dependence on fossil fuels and contribute to removing CO2 from the atmosphere.

While the large majority of rosetta@home calculations will remain focused on biomedical problems, expect to see from time to time work units relating to design of enzymes for CO2 capture and conversion.

Ich versuch mich mal:

Gepostet am 30. April 2010 6:19:52 UTC

Wir haben heute ein paar gute Nachrichten gehört bei einer Ankündigung von Vizepräsident Biden:

http://arpa-e.energy.gov/NewsMedia/N...1/Default.aspx

Wir haben finanzielle Unterstützung erhalten, um mit 3 anderen wissenschaftlichen Gruppen zusammenzuarbeiten bei der Suche nach einem komplett neuen Ansatz, wie mit Hilfe von Solarenergie CO² in die Arten großer Moleküle umgewandelt werden kann, auf welche die moderne Welt heutzutage angewiesen ist (Treibstoffe u.ä.)
Sollte das Projekt erfolgreich sein, könnte es die Anbhängigkeit von fossilen Brennstoffen enorm reduzieren, und helfen, freies CO² aus der Atmosphäre zu entfernen.

Während weiterhin die große Mehrheit der Rosetta@home Berechnungen auf biomedizinische Probleme fokussiert bleiben wird, könnt ihr künftig also auch zeitweise Workunits erhalten, die im Bereich des Enzym-Designs für CO²-Bindung und -Umwandlung beheimatet sind.

ein neuer Beitrag Posted 5 May 2010 5:33:54 UTC

We got some more good news today: a manuscript we submitted to Science magazine on rosetta based de novo design of a new enzyme which catalyzes the formation of two carbon-carbon bonds between two small molecules was accepted for publication. The work described in the manuscript is a real step forward in designing enzyme catalysts for reactions not catalyzed by naturally occurring enzymes, and could provide new routes to drug molecules which can be hard to synthesize using traditional methods.

Übersetzung: -
Wir bekamen heute gute Nachrichten: - ein Manuskript betr. des rosetta de-novo- Designs eines neuen Enzyms, das die Formation von 2 Kohlenstoff-Kohlenstoff Bindungen zwischen 2 kleinen Molekülen katalysiert, was wir dem Science Journal eingereicht hatten, ist zur Veröffentlichung angenommen worden. Die Arbeit, die im Manuskript beschrieben ist, ist ein wichtiger Fortschritt im Design von Enzymkatalysatoren für Reaktionen die nicht von naturmäβig erscheinenen Enzymen katalysiert werden können und könnte neue Wege zu Drogenmolekülen verschaffen, welche schwer mit traditionellen Methoden synthetisierbar sind.

Message 66042 - Posted 10 May 2010 6:19:14 UTC

CASP9 is now in full swing and we need your help! We are being overwhelmed with targets and need as much CPU power as possible!

I just got this from the organizers:

Subject: CASP update - May 7

First week of CASP9 prediction season is over. We have released 14 targets. The vast majority of them were easy TBM targets. Next week you will find some harder targets in the human prediction category.

As of today, we have 125 groups (predominantly servers at this early stage) contributing models to the Prediction Center. You can always find the latest CASP statistics at http://predictioncenter.org/casp9/numbers.cgi .


If you are interested in following the prediction season as it happens, the above web site is a good source of information.

Übersetzung: -

CASP9 läuft jetzt auf vollen Touren und wir brauchen eure Hilfe! Wir werden von Zielobjekten überfordert und wir brauchen so viel CPU Kraft wie möglich!

Ich bekam dieses gerade von den Veranstaltern:

Betreff: CASP Aktualisierung – 7. Mai

Die erste Woche der CASP9 Vorhersage ist vorüber. Wir haben 14 Zielobjekte freigestellt. Die groβe Mehrheit davon waren einfache TBM Zielobjekte. Nächste Woche werdet ihr schwierigere Ziele in der Kategorie der menschlichen Vorhersagen vorfinden.

Ab heute haben wir 125 Gruppen (in diesem Frühstadium vorwiegend Servers) die dem Prognosezentrum Modelle beisteuern. Die aktuellste CASP Statistik findest du hier: - http://predictioncenter.org/casp9/numbers.cgi

Wenn du Interesse daran hast die Vorhersagesaison aktuell mitzuverfolgen, bietet dir die oben angegebene Webseite eine Quelle an Informationen.


Anm. von Susanne: ich habe dort im Discussion Thread gerade gepostet, dass hier im BOINC Pentathlon Rosetta@home vom 14. - 19. Mai läuft und beim crunchen helfen wird mit Link zu unserer Pentathlon Welcome Seite http://boinc.bakerlab.org/rosetta/fo...ad.php?id=4408

noch ganz frisch der neuste post von david

Posted 17 May 2010 3:37:30 UTC

We are absolutely delighted by the recent increase in the total throughput of rosetta@home, which could not come at a more critical time! we are having to make very difficult choices between CASP9 structure prediction calculations and the next generation of pathogen inhibiting proteins building on our success with the flu virus inhibitor, and the new contributions of computer power many of you are making are helping immensely. Thank you very much!

Cappy verlink das doch bitte in der pentathlon shoutbox. Ich denke die Teilnehmer werden sich über die kenntnisname durch das Projekt freuen

Zitat von AgentSchatten

Cappy verlink das doch bitte in der pentathlon shoutbox. Ich denke die Teilnehmer werden sich über die kenntnisname durch das Projekt freuen

guter Vorschlag

so, die Übersetzung ist auch schon da: -

Wir sind über den vor kurzem angestiegenen Zuwachs der totalen Verarbeitungsmenge von rosetta@home hocherfreut, denn er kommt uns gerade wie gerufen! Wir müssen die schwierige Entscheidung treffen: - entweder CASP9 Strukturvorhersagen oder die nächste Generation der Krankheitserregerhemmstoffe zu errechnen mit der wir auf den Erfolg mit dem Grippevirushemmstoff aufbauen und die neuen Beiträge an Computerpower von vielen von euch helfen uns ungeheuerlich. Ich danke euch sehr.

Posted 3 Jun 2010 4:31:12 UTC

We have now confirmed the tight binding of our designed Spanish Flu inhibitor to the flu virus using multiple different methods (it is always good to be totally certain with exciting results like these!). For those of you with some chemistry background, the binding constant is about 20nM.

With collaborators at Scripps research institute we are now trying to determine the structure of the designed complex between the inhibitor and the virus by x-ray crystallography (to see whether binding is as in the design model). With the tight binding confirmed, we are now starting to investigate whether the designed protein prevents the virus from infecting cells.
____________
Übersetzung: -
Wir haben nun die enge Bindung unseres konstruierten spanischen Grippehemmstoffes an den Grippevirus bestätigt indem wir mehrfach unterschiedliche Methoden benutzt haben (es ist immer gut sich mit aufregenden Resultaten wie diesen total sicher zu sein!). Für diejenigen von euch mit Chemiehintergrund, die Bindungskonstante ist ungefähr 20nM.

Mit Mitarbeitern des Scripps Forschungsinstituts versuchen wir die Struktur des entwickelten Komplexes zwischen Hemmstoff und Virus mit Röntgenkristallographie zu bestimmen (um zu sehen ob das Binden wie im Designmodell ist). Mit Bestätigung der engen Bindung haben wir nun die Untersuchung begonnen, ob das konstruierte Protein den Virus davon abhält die Zellen zu infizieren.

- Posted 21 Jun 2010 6:55:51 UTC
Last modified: 21 Jun 2010 6:56:36 UTC

A manuscript describing the results on FoldIt, which many of you contributed to, was just accepted for publication in Nature. The idea for FoldIt came from rosetta@home participants who posted on the message boards about wanting to be able to guide the course of the folding trajectory. Please keep letting us know your thoughts and suggestions!

Rosetta@home has now been directly responsible or closely associated with two papers in Science (one on enzyme design, one on new approaches for structure determination) and two papers in Nature (this one on Foldit, and one last year on endonuclease design for gene therapy) in the last 9 months. This kind of impact at the forefront of scientific research is I think a first for volunteeer computing, and perhaps the strongest indication to date of the power and value of volunteer computing for pushing forward the boundaries of scientific understanding.

Thank you all for your invaluable contributions to our collective efforts!

Übersetzung: -
Ein Manuskript, welches die Ergebnisse von FoldIt beschreibt, wozu viele von Euch beigetragen haben, wurde gerade von Nature zur Veröffentlichung angenommen. Die Idee zu FoldIt kam von Rosetta@home Teilnehmern, die im Messageboard posteten, dass sie den Kurs der Faltenkurve selbst leiten wollten. Bitte teilt uns weiterhin eure Gedanken und Vorschläge mit!

Rosetta@home ist nun direkt dafür verantwortlich oder eng mit zwei Schriftstücken in Science (eins zu Enzymdesign, eins zu neuen Wegen der Strukturbestimmung) und zwei Schriftstücken in Nature (das jetztige über Foldit, und eins vom letzten Jahr über Endonukleasedesign für Gentherapie) in den letzten 9 Monaten verbunden. Solch eine Einwirkung an der Spitze von wissenschaftlicher Forschung ist, glaube ich, etwas Neues im Bereich des Voluntärrechnens, und vielleicht bis heute das stärkste Anzeichen von dessen Kraft und Wert für den Fortschritt von wissenschaftlichem Verständnis.

Ich bedanke mich bei euch allen für eure wertvollen Beiträge zu unseren gemeinsamen Bemühungen!

nach einiger zeit ein neuer beitrag von david baker

Last modified: 20 Jul 2010 6:20:49 UTC

The most recent issue of Science magazine has our paper on the use of Rosetta to design a new carbon-carbon bond forming enzyme, along with a commentary. This paper has attracted a lot of attention in the press. Thank you all for your contributions to this work and to our ability to move forward with designing enzymes and other proteins that will hopefully be of use to society in not too long.

http://www.sciencemag.org/cgi/conten...urcetype=HWCIT

Hier meine Übersetzung:

Die neueste Ausgabe des Science Magazins enthält unseren Bericht über die Nutzung von Rosetta, um damit CO-CO - bindungsfördernde Enzyme herzustellen, zusammen mit einigen Kommentaren.
Dieser Bereicht hat einige Aufmerksamkeit seitens der Presse erhalten.

Danke an euch für eure Mitwirkung an dieser Arbeit. Sie ermöglicht uns, am Design von Enzymen und anderen Proteinen weiterzuforschen, welche hoffentlich in nicht allzu ferner Zeit auch von Nutzen für die Allgemeinheit sein werden.

Message 68287 31.10.2010 David Baker
There have been exciting developments in our work to develop general methods for designing proteins that can bind to and block the activity of any desired target protein. There are now three targets for which we have designed and experimentally validated binders: a widely used "model" protein called lysozyme, a protein involved in biosynthesis in the bacteria that causes tuberculosis, and a key protein on the surface of the H1N1 flu virus. In the flu case, our collaborators have just solved the structure of our designed protein bound to the virus protein and it is amazingly close to our computational design model.

Now that the methods seem to be working pretty well, we are thinking more about applications. One of these is to make cheaper and more robust diagnostics kits. We are now collaborating with groups interested in developing low cost diagnostics for the flu virus (and other pathogens). our designed proteins are very easy to make in large quantities, and our collaborators are going to test how well they work in place of more expensive and less stable antibody molecules in diagnostic kits.
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Übersetzung: -

Bei unserer Arbeit hat es aufregende Entwicklungen gegeben allgemeine Verfahren herauszubilden, Proteine zu entwerfen, die sich an ein beliebtes Zielprotein binden und seine Aktivität blockieren können. Es gibt jetzt 3 Ziele für welche wir durch Experiment bestätigte Binder entworfen haben: ein oft benutztes “Modell”-Protein, genannt Lysozyme, wobei es sich dabei um ein Protein handelt, dass in der Biosynthese derjenigen Bakterien verwickelt ist, die Tuberkulose verursachen, und ein Schlüsselprotein auf der Oberfläche des H1N1 Grippevirus. Was die Grippe betrifft, haben unsere Mitarbeiter gerade die Struktur unseres Proteindesigns gelöst, welches an das Virenprotein bindet. Es sieht dem Rechenmodell erstaunlich ähnlich.

Jetzt, wo die Verfahren gut zu funktionieren scheinen, denken wir mehr an die Anwendungen. Eine davon sieht vor, Diagnosekits billiger und robuster zu machen. Wir arbeiten jetzt mit Gruppen zusammen, die Interesse daran haben, preiswerte Diagnosekits für den Grippevirus (und andere Krankheitserreger) zu entwickeln. Unsere Designproteine sind sehr einfach in groβen Mengen herzustellen und unsere Mitarbeiter werden sie testen, um festzustellen, wie gut sie anstelle der teueren und nicht so stabilen Antikörpermoleküle in Diagnosekits funktionieren.