WCG: Fight AIDS at Home

In dieser Woche (04.02.2010) wurde ein bemerkenswerter Artikel durch das Scripps Research Institute veröffentlicht, welches in Zusammenarbeit mit dem World Community Grid das Projekt "Fight AIDS at Home (FAAH)" durchführt.

Für diejenigen, die regelmäßig die in unserem Wiki verlinkten Statusberichte zu FAAH und die Beschreibungen zu aktuellen Experimenten lesen, werden einige Ausführungen des genannten Artikels bekanntes Terrain sein.

Die jetzt veröffentlichten Forschungsergebnisse werden die Titelstory des Fachmagazins "Chemical Biology & Drug Design" sein. Im Kern geht es um Folgendes:
Es sind zwei Verbindungen gefunden worden, die auf die Protease des HI-Virus einwirken. Protease ist ein Enzym, das für den Lebenszyklus des Virus und damit für seine Vermehrung entscheidend ist.
Die jetzt entdeckten Verbindungen erlauben die Entwicklung einer völlig neuen Medikamentenklasse. Insbesondere erhofft man sich wirkungsvolle Medikamente gegen bereits resistente HIV-Stämme.
Außerdem bestätigen die Ergebnisse die aus rechnergestützter Simulation (also durch unsere Hilfe) gewonnenen Hypothesen zur Beschaffenheit der Oberfläche der HIV-Protease und ihrer Eigenschaft, Wirkstoffe an sich binden zu können (das nennt man "Docking").

In den oben genannten Links kann nachgelesen werden, dass die FAAH-Experimente sich seit geraumer Zeit mit dem Docking von Molekülen an Teile der Enzyme des HI-Virus beschäftigen. Der Artikel weist immer wieder auf die Rolle von rechnergestützter Simulation hin, durch welche diese Forschungsergebnisse ermöglicht wurden. Auch die Rolle des "World Community Grid" wurde gewürdigt:

>> Perryman and his colleagues in the Olson lab have been using FightAIDS@Home, a computer modeling project dedicated to finding new AIDS therapies in the face of evolving drug resistance, to extend the work. FightAIDS@Home uses the massive computational power of IBM's "World Community Grid," a global community of Internet users who donate unused time on their personal computers for projects that benefit humanity. For more information on the project and how to participate, visit http://fightaidsathome.scripps.edu/ or http://www.worldcommunitygrid.org/. <<

Der vollständige Artikel kann hier nachgelesen werden:
http://www.innovations-report.de/htm...ay_147934.html



Meine Meinung:
Dieses Zwischenergebnis auf dem Weg zu neuen Medikamenten - vor allem auf dem Weg zu bisher nicht vorhandenen Medikamenten gegen mehrfach resistente "Super-Bugs" - finde ich sehr erfreulich und ermutigend. Das Projekt FAAH verdient unsere weitere Unterstützung.

Crunchige Grüße
roundup

Ich habe in den letzten Wochen unzählige Links von allen möglichen Wissenschaftschaftsorganen zu den im ersten Posting beschriebenen Forschungsergebnissen des Scripps Research Institute in Zusammenarbeit mit dem WCG gelesen.
Ich verfolge die Berichte der Forscher aller am WCG beteiligten Projekte seit knapp 4 Jahren sehr regelmäßig, aber so eine breite und internationale Beachtung wie die Entdeckung der kürzlich von "uns" errechneten Bausteine zur Protease-Hemmung des HI-Virus habe ich noch nicht erlebt. Allen Berichten zufolge - auch von neutraler Seite - besteht die begründete Hoffnung, dass eine neue Medikamentenklasse zur Eindämmung des Virus einschließlich seiner mehrfach resistenten Stämme entwickelt werden kann.

Hier findet Ihr eine weitere Pressemitteilung von IBM, deren Highlight ein interessantes Video ist (engl.).
Das Video erläutert die jüngsten Forschungsergebnisse in knapp 4 Minuten besser als ich es hier im Text kann, erklärt den zukünftigen Forschungsansatz bei Fight Aids @Home (Integrase-Hemmung) und stellt die Rolle des Verteilten Rechnens für die Forschungserfolge heraus. Das Video ist auch auf Youtube abrufbar.
Wäre schön, wenn wir dieses Video in die deutsche Sprache synchronisieren könnten.
Sehenswert !

Zitat von roundup

Wäre schön, wenn wir dieses Video in die deutsche Sprache synchronisieren könnten.
Sehenswert !

Hallo alle zusammen.

Hi Roundup... super Idee... wäre toll wenn das jemand hier übernehmen könnte

Und Danke für deine Infos Roundup

Lg Heini

Moin roundup!

Was hältst du davon? Du übersetzt das, was im Video gesagt wird und schickst es mir zu und ich bastele dann ein deutschsprachiges Video daraus?

Zitat von crille

Moin roundup!

Was hältst du davon? Du übersetzt das, was im Video gesagt wird und schickst es mir zu und ich bastele dann ein deutschsprachiges Video daraus?

Moin Crille,

hört sich vernünftig an. Wir bräuchten mindestens zwei Stimmen für die Synchro: Eine für die O-Töne, eine für den Off-Text (also der Texte, deren Sprecher man nicht im Film sieht).
Den übersetzten Text bekommst Du diese Woche noch.

Ich bin gerade am Überlegen, ob wir das Video wirklich synchronisieren oder nicht doch lieber "nur" mit Untertiteln versehen sollten. Bei der Synchronisierung bräuchten wir sonst nämlich wirklich mehr Leute und das muss ja auch halbwegs glaubwürdig synchronisiert sein, also zumindest ansatzweise professionell wirken...

Zitat von crille

Ich bin gerade am Überlegen, ob wir das Video wirklich synchronisieren oder nicht doch lieber "nur" mit Untertiteln versehen sollten. Bei der Synchronisierung bräuchten wir sonst nämlich wirklich mehr Leute und das muss ja auch halbwegs glaubwürdig synchronisiert sein, also zumindest ansatzweise professionell wirken...

Hallo Crille

Untertitel im Video ist auch eine gute Idee und viel einfacher zu realisieren

lg Heini

Wir müssten mal checken, wie schnell im Film gesprochen wird und ob sich das mit Untertiteln realisieren läßt - nützt ja schließlich nix, wenn man nach jedem dritten Frame zwei neue Zeilen einblenden muss

Dann muss man halt schnell lesen können Spaß beiseite: Auf mich wirkt das Gesprochene nicht sonderlich schnell.
Ist das übrigens rechtlich ok, wenn wir dieses Video mit einem Untertitel versehen?

Zitat von crille

Ist das übrigens rechtlich ok, wenn wir dieses Video mit einem Untertitel versehen?

Habe ich mich auch schon gefragt, aber keine belastbare Antwort parat.
Vielleicht sollten wir WCG per Mail von unserem Vorhaben in Kenntnis setzen und fragen, ob WCG/IBM irgendwelche "legal issues" sieht. Falls ja, bitten wir um Nennung eines IBM-seitigen Ansprechpartners.

Thx für die Untertitel und den Link zu dem Video.

http://www.youtube.com/watch?v=WYQrOH86y1c

Kuhl - endlich versteh ich auch 100% dessen, was da geasgt wird und muss mir nich 15% zusammen reimen

winks & thanks

By the way - das Video ist neben dem original englischen als Link im wiki eingefügt, was ich HIER auch mitgeteilt hab.

winks, Spamgazer

Vor 8 Tagen habe ich Euch in unserem Team-Thread im WCG-Forum informiert, dass im Projekt FAAH ein neuer Forschungsansatz bevorsteht.
Bereits im Video zu den jüngsten Erfolgen bei FAAH wurde angekündigt, dass neben der Suche nach Proteasehemmern nun auch medikamentenähnliche Komponenten zur Hemmung des HIV-Schlüsselenzyms Integrase gesucht werden sollen. Das Besondere: Wir suchen nach Integrasehemmern gegen die HIV-Virenstämme, die bisher als medikamentenresistent gelten.

Dieses 33. Experiment bei FAAH startet in Kürze und wird gleichzeitig zu Experiment 32 berechnet. Ihr erkennt Berechnungen zum 33. Experiment an der WU-Bezeichnung, die zwischen faah13,985 und faah16,198 liegen wird.

Weitere Infos und eine Abbildung zu den Bindungsstellen der Integrase findet Ihr im schon genannten Posting im WCG-Team-Thread.
Die offizielle Ankündigung des Starts von Experiment 33 im WCG-Forum könnt Ihr hier nachlesen.

Viel Spaß und Erfolg beim Kampf gegen AIDS!

Das Forscherteam hat einen neuen Bericht zum Projekt "Fight AIDS at Home" veröffentlicht:
http://fightaidsathome.scripps.edu/images/FAAH_vol9.pdf .

Die inzwischen neunte Ausgabe dieses Newsletters ist angesichts der schwierigen Materie nicht gerade als Bettlektüre geeignet . Deshalb fasse ich die wichtigsten Ergebnisse nachfolgend kurz zusammen. Wer sich genauer informieren möchte, kann dem obigen Link folgen.

1. Rückblick auf FAAH-Experiment 13
Die Erfahrungen aus den ersten FAAH-Experimenten wurden intensiv genutzt, um den Berechnungsprozess mit der Wissenschaftssoftware "Autodock" zu verbessern. Beispielsweise wurde erkannt, dass die Berechnungen in Experiment Nr. 13 einige falsch negative Ergebnisse brachte. Falsch negative Ergebnisse bedeuten, dass laut Berechnungsergebnis eine medikamentenähnliche Komponente keine Blockade der HIV-Protease herbeiführen dürfte - tatsächlich aber wurde im Reagenzglas nachgewiesen, dass mindestens 9 Komponenten die HIV-Protease blockierten!
Als Konsequenz werden nun in einem veränderten Verfahren die medikamentenähnlichen Komponenten mehrfach mit unterschiedlichen Schnappschüssen der Protease (oder anderer Enzyme des Virus) berechnet. Die Schnappschüsse stammen aus molekulardynamischen Simulationen (Anm.: Solche Molekulardynamischen Simulationen werden z.B. im HIV-1-Teilprojekt bei GPUGrid berechnet).
Das neue Verfahren führt zu deutlich verbesserter Genauigkeit der Berechnungen. Es werden noch Kontrollberechnungen mit echt negativen Resultaten durchgeführt. Außerdem ist vorgesehen, das neue Verfahren in einem Dokument zu beschreiben und zu veröffentlichen.

2. Neue Bindungspositionen an der HIV-Protease gefunden.
Erstmals wurden Ergebnisse veröffentlicht, die an die Entdeckung neuer Bindungspositionen der HIV-Protease anknüpfen. Aus dieser Entdeckung erhoffte man sich eine völlig neue Medikamentenklasse, die auch gegen bislang resistente Viren wirken soll. Zu diesem Thema haben wir bereits das FAAH-Video mit deutschen Untertiteln versehen. Jetzt wurde erstmals beschrieben, nach welchem Verfahren die neue Medikamentenklasse wirken soll: Es sollen relativ kleine Moleküle an die neuen Bindungsstellen angedockt werden, die nicht als Wirkstoff, sondern nur als "Anker" dienen. An diesem Anker sollen dann als wirksam bekannte Protease-Inhibitoren angedockt werden, die ohne den Anker keine Bindung mit der Protease eingehen würden.
Auf diese Weise können nun Positionen auf Virus-Enzymen angegriffen werden, gegen die zuvor niemals Medikamente gesucht wurden. Die Experimente mit dem neuen Verfahren werden ausgeweitet - der Bericht spricht von "einigen kommenden Jahren." Zusätzliche Experimente (Co-Kristallisationsexperimente) helfen bei der Identifikation von potenziellen Wirkstoffen.
Die neuen Erkenntnisse können voraussichtlich auch die Forschung gegen andere Viren voranbringen, speziell die Enwicklung von Medikamnten gegen mehrfach resistente Virenstämme.

3. Verbesserung des Modells der HIV-Integrase
In Zusammenarbeit mit dem Pharmaunternehmen Pfizer und dem "Howard Hughes Medical Institute" wird ein genaueres Modell der HIV-Integrase (neben der Protease ein anderes Schlüsselenzym des Virus) erstellt. Im Jahr 2007 wurde mit "Raltegravir" bereits ein Integrase-Inhibitor als HIV-Medikamnt zugelassen, aber seitdem gab es kaum Fortschritte. Der Grund liegt im mangelhaften Verrständnis der HIV-Integrase. Dieser Mangel soll nun beseitigt werden. Das aktuell laufende Experiment 33 befasst sich bereits mit der HIV-Integrase von medikamentenresistenten Virenstämmen.

4. Rückblick auf Experiment 27
Die laut Berechnungen besten Komponenten wurden im Labor getestet. Einige Ergebnisse sind derart positiv, dass die Tests erweitert wurden und mit zusätzlichen Verfahren getestet wird.

5. Rückblick auf Experiment 28
Wie auch in Experiment 27 wurden mit unseren Berechnungen ca. 12000 Komponenten gegen verschiedene Positionen der HIV-Protease gedockt. 114 dieser Komponenten haben gegen mehrere Varianten der Protease ermutigende Ergebnisse geliefert. Im nächsten Schritt werden die besten 20-40 Komponenten in Labortests gegen echte Viren getestet ("Wet Lab").

6. Aktuell: Experiment 33
Es wurden bereits 17 Stoffe gefunden, die in unseren Berechnungen die Integrase von mehrfach resistenten HIV-Stämmen blockieren (davon 15 Stoffe gegen die aktive Seite der Integrase). 12 Dieser Komponenten werden in Kürze im Labor getestet.

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Wie gesagt, das ist nur eine knappe Zusammenfassung.

Also ich finde, dass sich die Ergebnisse mal wieder sehen lassen können. Wer Zeit hat, zum Stand der AIDS-Forschung zu googeln, kommt nach kurzer Zeit unweigerlich auf die Seite des Scripps Research Institutes und findet auch FAAH. Dieses Institut steht weltweit mit wenigen anderen an der Spitze des Fortschrittes der AIDS-Forschung - und wir dürfen mitmachen.

Zitat von roundup

Wie gesagt, das ist nur eine knappe Zusammenfassung.

Also ich finde, dass sich die Ergebnisse mal wieder sehen lassen können. Wer Zeit hat, zum Stand der AIDS-Forschung zu googeln, kommt nach kurzer Zeit unweigerlich auf die Seite des Scripps Research Institutes und findet auch FAAH. Dieses Institut steht weltweit mit wenigen anderen an der Spitze des Fortschrittes der AIDS-Forschung - und wir dürfen mitmachen.

und wir machen weiter

Hoshione

Es gab ja bislang beim WCG schon genügend Gründe es zu rechnen....

Diese Ergebnisse können sich meiner Meinung nach mehr als sehen lassen! Wann sprechen Wissenschaftler schon mal von ermutigenden Ergebnissen... Normalerweise fällt ihre "Positivprognose" doch etwas vorsichtiger aus....

Nachdem ich bei HFCC nun die 2:200 erreicht habe, gehts nun bei FAAH weiter... Passend zu den Ergebnissen..

Nachdem ich bei HFCC eben festgestellt habe, dass ich keine neuen WUs bekomme, wollte ich aufh FAAH umschwenken... die beiden runtergeladenen WUs hatten sich sofort mit Berechnungsfehler verabschiedet....

Kann hier leider nicht groß rumrecherchieren, wollte aber wenigstens nachfragen, ob dies auch bei Euch der Fall ist...

Hab dann FAAH erst mal wieder aus dem Profil rausgenommen....

Hmmmm...

10.10.2010 14:00:29 World Community Grid Sending scheduler request: To fetch work.
10.10.2010 14:00:29 World Community Grid Requesting new tasks for CPU
10.10.2010 14:00:34 World Community Grid Scheduler request completed: got 0 new tasks
10.10.2010 14:00:34 World Community Grid Message from server: No work sent
10.10.2010 14:00:34 World Community Grid Message from server: No work is available for FightAIDS@Home
10.10.2010 14:00:34 World Community Grid Message from server: No work available for the applications you have selected. Please check your settings on the website.

<core_client_version>6.10.36</core_client_version>
<![CDATA[
<message>
- exit code -2 (0xfffffffe)
</message>
<stderr_txt>
Failed to get VersionInfo size: 1812
INFO:[06:08:54] Start AutoGrid...
autogrid: Unknown receptor type: "A"
-- Add parameters for it to the parameter library first!

autogrid4: ERROR: Unknown receptor type: "A"
-- Add parameters for it to the parameter library first!


autogrid: Unsuccessful completion.


autogrid4: ERROR: Unsuccessful completion.




</stderr_txt>
]]>

Damit haben sich die letzten 4 Wus bei mir verabschiedet. Scheint aber schon aufgefallen zu sein

Bei mir sind auch 5 WUs über den Jordan gegangen.

Bei mir läuft FAAH derzeit ohne Probleme.

Hi zusammen,

jo, ist normal...die haben einen Fehler festgestellt (genau das beschriebene Phänomen-> WU bricht sofort mit Berechnungsfehler ab) und veröffentlichen daher keine WUs mehr...vorerst. Wann es weitergeht, habe ich gehofft, hier zu lesen

Naja, sobald wer irgendwelche Neuigkeiten hat, einfach melden

Viele Grüße
Sven

So, ich bekomme auch wieder WUs.Na dann mal weiter...

Mahlzeit, gerade sind neue FAAHs eingetrudelt.

Kurze Frage, sollte heute nicht der Podcast kommen?

Also zum World AIDS Day?

Bei mir lädt zwar die Konferenz, aber da kommt nichts.

Meine die haben was von 3Uhr geschrieben müsste ja dann 9 Uhr Deutsche Zeit sein oder?

Danke schonmal.

3 Uhr ja, aber PM

For World AIDS Day, we are honored to be hosting a live webcast with Dr. Alex Perryman from The Scripps Research Institute, where he will provide an overview and an update about the FightAIDS@Home project. The webcast will be on December 1, 2010, and it will start at 3:00PM Eastern Standard Time (USA) which is 20:00 Coordinated Universal Time.

Also etwa 21 Uhr MEZ