POEM@HOME

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POEM@HOME
Ziel:	Hilf mit bei der Optimierung von Proteinen
Kategorie:	Chemie
Homepage:	http://boinc.fzk.de/poem/
Betreiber:	Karlsruher Institut für Technologie
Status:	alpha
Projektadressen
Serverstatus:	POEM@HOME
Forum:	POEM@HOME Forum
SETI.Germany
Team-Statistik:	POEM@HOME
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Teamwerbung:	Für POEM@HOME werben
Forenthread:	SETI.Germany Forum
Workunits
POEM Protein Folding
Frist:	7 Tage
Laufzeit:	1,5 - 15 Stunden (i7 860)
Erster Download:	2,64 MB
Download:	~ 70 kB
Betriebssysteme:
Bildschirmschoner:
Checkpoints:
Die Laufzeit variiert je nach Komplexität des Proteins.
POEM++
Frist:	7 Tage
Betriebssysteme:
Bildschirmschoner:
Checkpoints:
POEM++ OpenCL
Frist:	7 Tage
Laufzeit:	ca. 30 min Laufzeit bei 765Mhz (ATI 5850 (Win))
Erster Download:	ca. 4,6 MB
Download:	ca. 0,8 MB - 1 MB
Upload:	3 Dateien ca. 1,145 MB
Betriebssysteme:
Grafikkarten
Bildschirmschoner:
Checkpoints:
erst ab Boinc v7.x NVIDIA Anwendung ist in Arbeit OpenCL erst ab HD4xxx

POEM@HOME (Protein Optimization with Energy Methods, Proteinoptimierung mit Energiemethoden) des Forschungszentrum Karlsruhe verwendet einen neuartigen Ansatz, um die biologisch aktive Struktur von Proteinen, die Interaktion zwischen Proteinen und Krankheiten, die mit Fehlfunktionen der Proteine zusammenhängen besser zu verstehen, was der Entwicklung neuer Medikamente auf der Basis von dreidimensionalen Proteinstrukturen dient.

[bearbeiten] Einsatz von AMD-Grafikkarten

[bearbeiten] Voraussetzungen

[bearbeiten] Betriebssysteme

Es werden die Betriebbsysteme Windows als auch Linux in ihren unterschiedlichen Versionen/Distributionen unterstützt.

[bearbeiten] BOINC Client

BOINC unterstützt ab der Version 7.0.2 offiziell die Berechnung von Daten auf AMD-Grafikkarten-Prozessoren. Da der Support verschiedener Karten weiter ausgebaut wird, empfiehlt sich vor der Installation ein Upgrade des BOINC-Clients auf die jeweils aktuell empfohlene Version.

Mit einer app_info.xml Datei kann die Ausbeute noch erheblich gesteigert werden.

Da der RAM-Verbrauch auf der GPU-Karte nur etwa 128MB ist, kann entsprechend der RAM-Größe bis zu 8 Berechnungen gleichzeitig eingesetzt werden.

[bearbeiten] Grafikkarte

Voraussetzung ist eine AMD-Grafikkarte, deren Chip die Kompatibilität zur Programmiersprache --> OpenCL 1.0 beherrscht. Bestätigt ist dies für folgende Karten der Radeon-Baureihe:

• --> Grafikkarten der HD 4000'er -Serie ab der Version HD 4770 ...

• alle Grafikkarten der HD 5000'er -Serie ...

• alle Grafikkarten der HD 6000'er -Serie ...

• alle Grafikkarten der HD 7000'er -Serie ...

Es funktionieren natürlich auch hier alle X2-Karten mit jeweils 2 GPUs pro Karte.

Mobile Onboard-Grafiklösungen der Version HD 5000 + HD 6000 und zukünftige Generationen können bedenkenlos am Projekt beteiligt werden!

[bearbeiten] weitere Hinweise/Anmerkungen

Ältere Grafikkarten der HD-Baureihe sowie mobile Onboard-Grafiklösungen in Notebooks beherrschen die zwingend notwendige Unterstützung von OpenCL 1.0 nicht! Diese Aussage leitet sich aus der Feststellung weiter oben in dieser Beschreibung ab. (Bezugspunkt: HD 4xxx)

Dementsprechend ist es nicht möglich, mit diesen älteren Grafikkarten für das Projekt zu rechnen.

[bearbeiten] Treiber

Benötigt wird außerdem ein AMD Catalyst Treiber. Treiberversionen ab dem Catalyst 11.6 werden unterstützt.

Besser ist der neuere 12.1a http://support.amd.com/de/Pages/AMDSupportHub.aspx

[bearbeiten] Videos

Fernsehbeitrag zu POEM@HOME (youtube.com)

[bearbeiten] Weblinks

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