PDA

Archiv verlassen und diese Seite im Standarddesign anzeigen : Neue Beiträge im Thread David Baker's Rosetta@home journal



Susanne
06.02.2010, 23:27
Message 63932 - Posted 3 Nov 2009 4:59:49 UTC

Today I was asked this question:
"Hi David, I am a user of the BOINC application and running Rosetta. I have searched the website and can't find any sort of overall status on how the entire mapping project is going.
I, and I think many others, would be very interested to seeing some sort of progress indicator on where the project is and some predictions on when the mapping process will be complete at Rosetta's current research/growth rate. (when every possible protein fold has been completely mapped and cross-checked)
Is this possible? Are we at 5%? 10%? Will the project be complete in 5 years? 10 years? This would be great info for the layman that doesn't know much about this subject but is happy to donate computer time for this research."

I thought I would answer this question here for other participants who might be interested as it highlights the different between rosetta@home and most other distributed computing projects.
The answer is that the problems we are tackling with rosetta@home--computing the structures of biological macromolecules and designing new molecules to try to cure diseases and improve human health generally--are long term problems that will not be completely "solved" any time soon. Much of our work is also aimed at improving our methods and algorithms so we can design new molecules and ultimately drugs more accurately.
In most distributed computing projects, a computer program that has been developed is run on large sets of data. the computer program doesn't change over the course of the project, and the progress toward completion can be assessed by determining what fraction of the data set the calculation has been run on and what fraction is left.
This estimate can't be done for rosetta@home because the scope of problems we are trying to solve is much larger, and because we are continually extending rosetta@home to try to solve new problems.
So we can't quantify our progress by giving you a % complete. Instead, the project's contributions and progress can be evaluated by the many scientific publications it has produced, some of which I've tried to summarize in these posts. (the current issue of Nature for example has the article I described below on designing new enzymes to ultimately repair disease causing mutations).____________

Hierzu meine freie Übersetzung: -

Heute wurde mir folgende Frage gestellt: ,,Hallo David, ich benutze die BOINC Applikation und mache bei Rosetta mit. Ich habe die Webseite nach einem Bericht betr. der ganzen Genkartierung abgesucht, aber nichts gefunden. Ich, und ich glaube auch andere, würden daran interessiert sein, eine Art Fortschrittsindikator zu sehen mit dem angezeigt wird, wo sich das Projekt momentan befindet, gekoppelt mit einer Vorhersage, wann die Kartierung komplett sein wird mit Rosetta’s momentaner Forschung und Entwicklung (also wann alle möglichen Proteinfaltmöglichkeiten komplett kartiert und überprüft sind). Ist das möglich? Sind wir bei 5%? 10%? Wird das Projekt in 5 Jahren beendet sein? In 10 Jahren? Das würde einen Laien, der nicht über viel Wissen in diesem Bereich verfügt, reichen, um seinen Computer dazu zur Verfügung zu stellen.”

Ich möchte hier auch anderen Interessierten diese Frage beantworten, denn sie zeigt den Unterschied zwischen Rosetta@home zu den meisten anderen Projekten des verteilten Rechnens auf. Die Antwort dazu ist, dass die Probleme, die wir mit Rosetta@home verfolgen, langfristig sind und nicht komplett in der nahen Zukunft gelöst werden. Das betrifft das Berechnen der Strukturen von Makromolekülen und das Design von neuen Molekülen um zu versuchen, Krankheiten zu bekämpfen und die menschliche Gesundheit generell zu verbessern. Viele unserer Tätigkeiten betreffen das Verbessern unserer Methoden und Algorithmen um neue Moleküle und im Endeffekt Medikamente entwerfen zu können.
In den meisten Projekten des verteilten Rechnens laufen die Kalkulationen mit einem speziell dafür entwickelten Computerprogramm, um mit groβen Dateien laufen zu können. Dieses Programm bleibt über die Länge des Projektes dasselbe und der Fortschritt in Richtung Projektabschluss kann mit Hilfe des Bruchteils der bereits errechneten Dateien bestimmt werden, also was schon fertig ist und was noch zu errechnen ist.
Diese überschlagene Rechnung kann bei Rosetta@home nicht angewandt werden, denn die Anzahl der Probleme, die wir aufzuklären versuchen ist viel gröβer und auch darum, weil wir stätig dabei sind, Rosetta@home zu erweitern um Aufschluβ auf neue Probleme zu geben. Deshalb können wir unsere Forschritte nicht quantitativ darstellen und das euch in Prozenten angeben. Anstelle dessen können die Zusätze und Fortschritte des Projektes daran gemessen werden, wie viele Artikel darüber veröffentlicht wurden. Ich hab versucht einige davon in diesen (vorangegangenen) Posts hier zusammenzufassen (die derzeitige Ausgabe von ‘Nature’ enthält z. B. einen Artikel über den Entwurf von neuen Enzymen, die krankkeitserregene Mutationen bekämpfen).


NB: es folgen gleich noch die Posts in diesem Thread vom 17.11.09, 9.12.09, 15.1.10 und 20.1.10


Hinzugefügter Post:

Posted 17 Nov 2009 4:16:32 UTC
I often get asked about the progress we are making with the invaluable contributions all of you are making to our efforts. While we (unfortunately) have not yet succeeded in developing real world therapies for treating diseases, your contributions have been critical for our advances on the basic science side which should ultimately lead to the development of such therapies. These are documented in the scientific publications that have come out of the project; see http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_publications.php for a recently updated list. Publication lists are one way you can assess the impact of your contributions to distributed computing projects--hopefully in not too long you will be able to see the impact in new disease treatments!

freie Übersetzung:-

Ich werde oft danach gefragt welche Fortschritte wir mit Hilfe eures unermesslichen Einsatzes machen. Wir haben (leider) noch keinen Erfolg bei der Entwicklung von Therapien und Behandlungen von Krankheiten in der reellen Welt gehabt, doch hat euer Mitwirken dabei geholfen, grundwissenschaftliche Fortschritte machen zu können, welche letzten Endes zur Entwicklung solcher Therapien führten. Diese sind in den aus diesem Projekt entstandenen wissenschaftlichen Artikeln veröffentlicht worden.
Aktueller Katalog hier: - http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_publications.php
Der Inhalt gibt einen Überblick über die Auswirkung eurer Mitarbeit bei Projekten des verteilten Rechnens. Hoffentlich könnt ihr in Kürze sehen, wie dadurch die Entwicklung von Krankheitsbehandlungen profitiert!


Hinzugefügter Post:

Posted 9 Dec 2009 5:19:04 UTC
Many of you I'm sure remember the protein folding calculations with the zinc atoms. Graduate student Chu Wang wrote a scientific paper describing the method he developed for predicting the structures of zinc containing proteins and the testing of the method with all of your help. The paper was just accepted for publication in the scientific journal Protein Science, and now scientists everywhere will be able to learn about Chu's method so they can predict structures of this important class of proteins also.

freie Übersetzung:-

Viele von euch können sich sicher noch an die Berechnungen erinnern betr. des Faltens von Proteinen, die Zinkatome beinhalten. Chu Wang, Student, verfasste einen wissenschaftlichen Bericht, in dem er seine von ihm entwickelte Methode beschrieb, die Strukturen von Proteinen, die Zink beeinhalteten, vorausbestimmen zu können und das Testen dieser Methode, das mit eurer Hilfe stattgefunden hatte.
Dieser Artikel wurde gerade von der wissenschaftlichen Zeitschrift ‘Protein Science’ zur Veöffentlichung angenommen und bald können Wissenschaftler überall sich über Chu’s Vorgang informieren um ebenso die Struktur dieser wichtigen Proteinklasse voraussagen zu können.


Hinzugefügter Post:

Posted 15 Jan 2010 5:41:18 UTC
We got some good news today. A manuscript that many of you contributed to through Rosetta@home was just accepted for publication in Science magazine, perhaps the most widely read scientific journal. The paper shows that accurate structures can be calculated using Rosetta for proteins up to 200 amino acids long if even a small amount of experimental data (from NMR experiments) is available to guide the search. This is an exciting advance because it could make it very much faster and easier to experimentally determine protein structures. Thanks everybody for your contributions to this work, and to our ongoing research efforts!

freie Übersetzung: -

Wir bekamen heute eine gute Nachricht und zwar wurde ein Manuskript, zu dem viele von euch durch Rosetta@home zugesteuert haben, zur Veröffentlichung in der Zeitschrift ‘Science’ angenommen. Das ist mitunter das meist gelesene wissenschaftliche Magazin. Der Artikel beschreibt, dass für Proteine bis zu 200 Aminosäuren Länge, akkurate Strukturen mit Hilfe von Rosetta kalkuliert werden können, und die Suche danach sogar mit einer kleinen Anzahl experimentaler Daten (von NMR Experimenten) stattfinden kann.
Dies ist ein aufregender Fortschritt, denn es könnte die experimentelle Proteinstrukturvorhersage beschleunigen. Vielen Dank an euch alle für eure Beisteuerung zu dieser Arbeit und den fortschreitenen Forschungsbemühungen

Susanne
06.02.2010, 23:53
Posted 20 Jan 2010 6:57:52 UTC
Sarel has collected many very promising potential flu virus inhibitors from your rosetta@home calculations over the last ten days, and will be selecting a number of them for experimental testing--see his postings in the "design of protein-protein interactions" thread.

Freie Übersetzung
Sarel hat eine groβe Anzahl vielversprechender Grippevirusblockierer von euren Rosetta@home Berechnungen der letzten 10Tage gesammelt und wird sich davon einige zum experimentellen Testen aussuchen. Bitte lest seinen Bericht im Thread ‘Design of protein-protein interactions’.

(dazugefügt, wurde hier im Rosetta Thread noch nicht übersetzt)

Posted 19 Jan 2010 19:37:42 UTC

Hello,
I wanted to give you a brief update that I've received many excellent models of hemagglutinin binders from your computer! From the very large collection of designs that your computers produced I've selected 15 that we will start testing over the next few weeks. 15 is a very large number, but we want many many more so expect more such simulations in the near future.
Many thanks! Sarel.
____________
Freie Übersetzung: -

Hallo,
Ich wollte euch nur kurz berichten, dass ich viele ausgezeichnete Modelle der Hemagglutinin-Anknüpfer von euren Computern bekommen habe! Ich habe von der von euch erzeugten groβen Anzahl 15 ausgesucht, die wir die nächsten paar Wochen über testen werden. 15 ist schon ziemlich viel, aber wir möchten noch mehr davon haben, also erwartet bald noch weitere Simulationen.

das ist das letzte Update aus diesem Thread

cappy
09.02.2010, 12:56
ein neuer beitrag aus dem Journal


We are entering a very busy and science packed time for Rosetta@home. As described in the "design of protein-protein interfaces" thread, we are now designing proteins to bind to and block several different targets, including the flu virus. At the same time, we are gearing up for CASP9 which will start in May by testing out both our new structure prediction methodology and the improved energy function which underlies it. The new methodology is quite CPU intensive, and we are hoping for as much user participating as possible once CASP starts; whatever you can spare now as well would be great so we can go the last 9 yards on structure prediction methods development before CASP and at the same time proceed as rapidly as possible on the protein-protein interaction designs. thanks! David

Susanne
10.02.2010, 15:40
Freie Übersetztung des Beitrags vom 9. Februar 2010:-
Bei Rosetta@home beginnt demnächst eine sehr aktive wissenschaftliche Phase. Wie schon in dem Protein-Protein Interface Thread beschrieben, designing wir jetzt Proteine, die sich entweder an einige verschiedene Ziele anbinden oder sie blockieren, inklusive Grippevirus. Zur gleichen Zeit bereiten wir uns auf die im Mai startenden CASP9 (Critical Assessment of Protein Structure Prediction 9 = Kritische Auswertung von Proteinstrukturvorhersage 9) vor, indem wir die neue Strukturvorhersagenmethodik und die verbesserte Energiefunktion, die dazu gehört, testen. Die neue Methodik wird die CPU stark beansprechen und wir hoffen um eure rege Beteiligung sobald CASP beginnt; doch alles, was ihr schon jetzt dem Projekt zuteilen könnt, wird gerne entgegengenommen, sodass wir noch die restlichen Schritte gehen können um die Strukturvoraussagenmethodik abzuschlieβen ehe CASP beginnt und zur gleichen Zeit so schnell wie möglich mit den Protein-Protein Interaktionen voranschreiten. Danke.
David

cappy
11.02.2010, 13:09
wieder ein neuer beitrag


This survey request is from David Anderson, the creator of BOINC, and Oded Nov from NYU

Dear Rosetta@home volunteer:

We are conducting a survey of Rosetta@home volunteers in order to
better understand why people participate in volunteer computing and
contribute computer resources.

We would be extremely grateful if you could help us by filling out a
questionnaire. If you are not interested, ignore the rest of this
email.

The survey is at http://boinc.berkeley.edu/survey/ It should take no
more than 10-15 minutes. Your responses will be used for research
purposes and to improve BOINC.

We will be happy to share our findings with you, and they will be made
available once we complete the data collection and analysis.

With many thanks -

Dr. David P. Anderson
Director, BOINC
University of California, Berkeley
email: davea at ssl.berkeley.edu

Prof. Oded Nov
Polytechnic Institute of New York University
email: onov at poly.edu

WBT112
11.02.2010, 14:13
wieder ein neuer beitrag

wofür benötigen die mein passwort ?

Credis rauszubekommen geht auch einfacher...
:rolleyes:

Susanne
11.02.2010, 15:28
Freie Übersetzung des am 12.2.10 erschienenen Beitrags

Diese Umfragebitte ist von David Anderson, Gründer von BOINC und Oded Nov von NYU (New York University).

Liebe Rosetta@home Volontäre:
Wir unternehmen derzeit eine Umfrage der Rosetta@home Volontäre um herauszufinden, warum Leute sich an freiwilligem Komputieren beteiligen und ihre Resourcen zur Verfügung stellen.
Wir wären euch sehr dankbar wenn ihr dazu einen Fragebogen ausfüllen könntet. Wer daran kein Interesse hat, braucht hier nicht weiterzulesen.
Der Fragebogen befindet sich hier: http://boinc.berkeley.edu/survey/
Ausfüllen sollte eigentlich nicht länger als 10-15 Minuten dauern. Eure Antworten werden für Forschungszwecke und um BOINC zu verbessern genutzt.
Wir werden euch auch gerne die Ergebnisse nach vervollständigter Datenerfassung und Auswertung mitteilen.
Vielen Dank –
Dr. David P. Anderson
Director, BOINC
University of California, Berkeley
Email: davea aet ssl.berkely.edu

Prof. Oded Nov
Polytechnic Institute of new York University
Email: onov aet poly.edu

Anmerkung von Susanne: Der Fragebogen konzentriert sich nur auf ein paar Projekte, somit habe ich nichts ausfüllen können, denn meine derzeitigen sind nicht dabei.

Susanne
09.03.2010, 16:15
Posted 8 Mar 2010 2:47:57 UTC
Our paper on solving structures of proteins of up to 200 amino acids using very limited experimental data is in the Feb 19 issue of Science magazine (pg 1014) which is on some news stands now. this wouldn't have been possible without Rosetta@home--thanks again everybody!

Übersetzung
Unsere wissenschaftliche Publikation, die sich mit der Aufklärung von Proteinstrukturen bis zu einer Länge von 200 Aminosäuren befasst, die mit Hilfe von sehr begrenzten experimentellen Daten erreicht wurde, ist in der Ausgabe Nr. 19 der Science Zeitschrift (Seite 1014) erschienen, die jetzt bei einigen Zeitschriftenhändlern bereits erhältlich ist. Das wäre ohne Rosetta@home nicht möglich gewesen –- vielen Dank an alle!

cappy
09.04.2010, 22:22
Neuer Beitrag im Journal

Posted 9 Apr 2010 4:55:34 UTC



While the results are still preliminary, it appears that Rosetta@home has produced an extremely exciting result! As I described a few posts ago, many of you through rosetta@home contributed to the design of proteins predicted to bind very tightly to the influenza flu virus. We have now completed the first round of testing of the designed proteins, and one of them in the experiments conducted thus far clearly binds very tightly to the virus. Our data also indicate that the binding is at a site critical to the virus invasion of our cells, and so the protein neutralize the virus. I will keep you posted over the next couple of months as the picture becomes clearer--but for now--thank you all for making this possible!!

Susanne
10.04.2010, 23:54
Neuer Beitrag im Journal

Posted 9 Apr 2010 4:55:34 UTC

While the results are still preliminary, it appears that rosetta@home has produced an extremely exciting result! As I described a few posts ago, many of you through rosetta@home contributed to the design of proteins predicted to bind very tightly to the influenza flu virus. We have now completed the first round of testing of the designed proteins, and one of them in the experiments conducted thus far clearly binds very tightly to the virus. Our data also indicate that the binding is at a site critical to the virus invasion of our cells, and so the protein neutralize the virus. I will keep you posted over the next couple of months as the picture becomes clearer--but for now--thank you all for making this possible!!

Übersetzung: -
Obwohl die Resultate noch vorläufig sind, sieht es so aus, als wenn rosetta@home ein extrem aufregendes Ergebnis produziert hat! Ich hatte vor kurzem hier schon beschrieben, wie viele von euch durch rosetta@home daran beteiligt sind am Design von Proteinen mitzuwirken, von denen vorausgesagt wird, dass sie sich sehr eng an den Influenza Grippevirus binden. Wir haben jetzt die erste Testrunde dieser Design-Proteine beendet und eins davon band sich in den bisher ausgeführten Experimenten sehr eng an den Virus. Unsere Daten zeigen auch an, dass die Bindung an einer für die Virusinvasion unserer Zellen kritischen Stelle stattfand und somit das Protein den Virus dort neutralisiert. Ich werde euch in den nächsten paar Monaten auf dem Laufenden halten sobald die Angelegenheit klarer wird – aber für’s Erste – danke an euch alle das ermöglicht zu haben.

cappy
11.04.2010, 09:25
und ein neuer beitrag von heut morgen


Posted 11 Apr 2010 5:34:40 UTC


I was asked on the discussion thread about the timescale for learning more about the influenza binding protein I described in my previous post. I'm reposting my answer here:


We are doing a series of tests and control experiments in my lab in the next 2-3 weeks to rule out various possible artifacts. If, as we expect, the design passes with flying colors, we will send it to Scripps research institute where the ability of the design to neutralize the virus in cell based tests and the extent to which the design neutralizes different strains of virus will be measured. I would expect we would know the results of this in several months. We will also work to solve the crystal structure of the design bound to the virus to confirm the design binding mode. This hopefully will not take more than a few months as well.

I will keep all of you posted here about the results from these experiments. I am very optimistic, but one should be cautious about getting to excited too early about results like these--there are very many places where things can go wrong just with the biochemistry, and after this there are very many steps to actually make a protein into a drug--this is why there are so few new drugs for curing diseases being discovered.

For those of you who would like to try your hand at improving designed binders to the influenza virus, we are now posting virus inhibitor design challenges on foldit.

Susanne
11.04.2010, 17:22
und ein neuer beitrag von heut morgen

Übersetzung: -

Im Diskussionsthread wurde ich nach dem zeitlichen Rahmen gefragt, in dem neue Erkenntnisse betr. des Influenzabindungsproteins, von dem ich in meinem letzten Post berichtete, bekannt gegeben wird. Ich wiederhole meine Antwort dazu hier:

In den nächsten 2 – 3 Wochen führen wir in meinem Labor eine Serie von Tests und Kontrollversuchen durch um verschiedene mögliche Fehler auszuschlieβen. Sollte, wie von uns erwartet, das Design mit Bravour bestehen, werden wir es zum Scripps Forschungssinstitut schicken. Dort wird in auf Zellen basierenden Tests die Fähigkeit gemessen, zu welchem Ausmaβ das Design den Virus, und dazu verschiedene Stämme des Virus, zu neutralisieren imstande ist.

Ich würde annehmen, dass wir die Ergebnisse dazu in ein paar Monaten erhalten werden. Wir werden auch an der Lösung der Kristallstruktur arbeiten, die das Design an den Virus bindet um den Designbindemodus zu bestätigen. Das sollte hoffentlich auch nicht länger als ein paar Monate dauern.

Ich werde euch alle hier über die Resultate dieser Experimente informieren. Ich bin sehr optimistisch, aber man sollte sich vornehmen sich nicht zu früh über Resultate wie diese zu ereifern – es gibt dabei vieles, womit etwas schiefgehen könnte und das schon allein mit der Biochemie, und anschlieβend folgen viele Arbeitsschritte um ein Protein in eine wirkliche Arznei zu verwandeln – das ist der Grund warum so wenige neue Arzneimittel entdeckt werden, mit denen Krankheiten geheilt werden können.

Für diejenigen von euch, die es mal ausprobieren möchten Bindungsdesigns zum Influenzavirus zu verbessern, posten wir jetzt Virushemmstoffdesign-Challenges bei foldit.

Susanne
19.04.2010, 20:50
Message 65767 - Posted 19 Apr 2010 5:43:12 UTC
Bottom of Form

Experiments this past week have made us even more confident that the designed influenza binder is working as in the design model. we used "directed evolution" methods to identify amino acid changes that make the rosetta@home designed protein bind even more tightly to the virus. we found mutations at two positions: first, at an alanine residue in the design, the evolution process found a valine, and inspection of the design model showed some extra space around the alanine that would be filled by the slightly larger valine. the second amino acid change involved a charged aspartate residue in the design that in retrospect was too close to the virus protein--it was changed to a non charged residue which is less energetically costly to bury upon binding.

we are now combining these two substitutions, and expect that the combination should bind still more tightly to the virus than any protein we have tested so far. we should know later this week--I'll keep you posted!


Übersetzung: -
Experimente der letzten Woche haben uns noch mehr überzeugt, dass das Grippebindungsdesign genauso arbeitet wie im Designmodell. Wir haben ‘direkte Evolutionsmethoden’ benutzt um Aminosäurenveränderungen zu identifizieren, die das rosetta@home Designprotein noch enger an den Virus binden. Wir haben an 2 Stellen Mutationen gefunden: zuerst an einem Alaninrest des Designs wo der Evolutionsprozess ein Valin gefunden hat und Inspektion des Designmodells etwas extra Räumlichkeit um das Alanin anzeigte, die von dem etwas gröβeren Valin eingenommen werden könnte. Die zweite Aminosäurenänderung betraf einen geladenen Aspartatrest im Design, der rückblickend zu nah am Virusprotein lag - der in einen nicht geladenen Rest umgeändert wurde, welcher sich bei der Bindung mit weniger Energie zu verbergen mag.

Wir kombinieren jetzt diese 2 Substituierungen und erwarten, dass die Kombination sich noch enger an den Virus bindet, als die von uns bisher getesteten Proteine. Wir werden es später in der Woche erfahren – ich werde euch auf dem Laufenden halten!

cappy
30.04.2010, 10:38
ein neuer Beitrag



Posted 30 Apr 2010 6:19:52 UTC

We got some good news today in an announcement by Vice President Biden:

http://arpa-e.energy.gov/NewsMedia/News/tabid/83/vw/1/ItemID/21/Default.aspx

We were funded to work with three other research groups to develop a completely new pathway for using solar energy to transform CO2 into the large molecules that the world has grown to depend on (fuels, etc)--this if successful could greatly reduce dependence on fossil fuels and contribute to removing CO2 from the atmosphere.

While the large majority of rosetta@home calculations will remain focused on biomedical problems, expect to see from time to time work units relating to design of enzymes for CO2 capture and conversion.

aendgraend
30.04.2010, 15:29
Ich versuch mich mal:


Gepostet am 30. April 2010 6:19:52 UTC

Wir haben heute ein paar gute Nachrichten gehört bei einer Ankündigung von Vizepräsident Biden:

http://arpa-e.energy.gov/NewsMedia/N...1/Default.aspx

Wir haben finanzielle Unterstützung erhalten, um mit 3 anderen wissenschaftlichen Gruppen zusammenzuarbeiten bei der Suche nach einem komplett neuen Ansatz, wie mit Hilfe von Solarenergie CO² in die Arten großer Moleküle umgewandelt werden kann, auf welche die moderne Welt heutzutage angewiesen ist (Treibstoffe u.ä.)
Sollte das Projekt erfolgreich sein, könnte es die Anbhängigkeit von fossilen Brennstoffen enorm reduzieren, und helfen, freies CO² aus der Atmosphäre zu entfernen.

Während weiterhin die große Mehrheit der Rosetta@home Berechnungen auf biomedizinische Probleme fokussiert bleiben wird, könnt ihr künftig also auch zeitweise Workunits erhalten, die im Bereich des Enzym-Designs für CO²-Bindung und -Umwandlung beheimatet sind.

Susanne
05.05.2010, 15:32
ein neuer Beitrag Posted 5 May 2010 5:33:54 UTC

We got some more good news today: a manuscript we submitted to Science magazine on rosetta based de novo design of a new enzyme which catalyzes the formation of two carbon-carbon bonds between two small molecules was accepted for publication. The work described in the manuscript is a real step forward in designing enzyme catalysts for reactions not catalyzed by naturally occurring enzymes, and could provide new routes to drug molecules which can be hard to synthesize using traditional methods.

Übersetzung: -
Wir bekamen heute gute Nachrichten: - ein Manuskript betr. des rosetta de-novo- Designs eines neuen Enzyms, das die Formation von 2 Kohlenstoff-Kohlenstoff Bindungen zwischen 2 kleinen Molekülen katalysiert, was wir dem Science Journal eingereicht hatten, ist zur Veröffentlichung angenommen worden. Die Arbeit, die im Manuskript beschrieben ist, ist ein wichtiger Fortschritt im Design von Enzymkatalysatoren für Reaktionen die nicht von naturmäβig erscheinenen Enzymen katalysiert werden können und könnte neue Wege zu Drogenmolekülen verschaffen, welche schwer mit traditionellen Methoden synthetisierbar sind.

Susanne
10.05.2010, 20:46
Message 66042 - Posted 10 May 2010 6:19:14 UTC

CASP9 is now in full swing and we need your help! We are being overwhelmed with targets and need as much CPU power as possible!

I just got this from the organizers:

Subject: CASP update - May 7

First week of CASP9 prediction season is over. We have released 14 targets. The vast majority of them were easy TBM targets. Next week you will find some harder targets in the human prediction category.

As of today, we have 125 groups (predominantly servers at this early stage) contributing models to the Prediction Center. You can always find the latest CASP statistics at http://predictioncenter.org/casp9/numbers.cgi .


If you are interested in following the prediction season as it happens, the above web site is a good source of information.

Übersetzung: -

CASP9 läuft jetzt auf vollen Touren und wir brauchen eure Hilfe! Wir werden von Zielobjekten überfordert und wir brauchen so viel CPU Kraft wie möglich!

Ich bekam dieses gerade von den Veranstaltern:

Betreff: CASP Aktualisierung – 7. Mai

Die erste Woche der CASP9 Vorhersage ist vorüber. Wir haben 14 Zielobjekte freigestellt. Die groβe Mehrheit davon waren einfache TBM Zielobjekte. Nächste Woche werdet ihr schwierigere Ziele in der Kategorie der menschlichen Vorhersagen vorfinden.

Ab heute haben wir 125 Gruppen (in diesem Frühstadium vorwiegend Servers) die dem Prognosezentrum Modelle beisteuern. Die aktuellste CASP Statistik findest du hier: - http://predictioncenter.org/casp9/numbers.cgi

Wenn du Interesse daran hast die Vorhersagesaison aktuell mitzuverfolgen, bietet dir die oben angegebene Webseite eine Quelle an Informationen.


Anm. von Susanne: ich habe dort im Discussion Thread gerade gepostet, dass hier im BOINC Pentathlon Rosetta@home vom 14. - 19. Mai läuft und beim crunchen helfen wird mit Link zu unserer Pentathlon Welcome Seite http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=4408

cappy
17.05.2010, 05:22
noch ganz frisch der neuste post von david


Posted 17 May 2010 3:37:30 UTC

We are absolutely delighted by the recent increase in the total throughput of rosetta@home, which could not come at a more critical time! we are having to make very difficult choices between CASP9 structure prediction calculations and the next generation of pathogen inhibiting proteins building on our success with the flu virus inhibitor, and the new contributions of computer power many of you are making are helping immensely. Thank you very much!

AgentSchatten
17.05.2010, 08:18
Cappy verlink das doch bitte in der pentathlon shoutbox. Ich denke die Teilnehmer werden sich über die kenntnisname durch das Projekt freuen :)

Susanne
17.05.2010, 16:13
Cappy verlink das doch bitte in der pentathlon shoutbox. Ich denke die Teilnehmer werden sich über die kenntnisname durch das Projekt freuen :)

guter Vorschlag :thumbup:

so, die Übersetzung ist auch schon da: -

Wir sind über den vor kurzem angestiegenen Zuwachs der totalen Verarbeitungsmenge von rosetta@home hocherfreut, denn er kommt uns gerade wie gerufen! Wir müssen die schwierige Entscheidung treffen: - entweder CASP9 Strukturvorhersagen oder die nächste Generation der Krankheitserregerhemmstoffe zu errechnen mit der wir auf den Erfolg mit dem Grippevirushemmstoff aufbauen und die neuen Beiträge an Computerpower von vielen von euch helfen uns ungeheuerlich. Ich danke euch sehr.

Susanne
04.06.2010, 19:59
Posted 3 Jun 2010 4:31:12 UTC

We have now confirmed the tight binding of our designed Spanish Flu inhibitor to the flu virus using multiple different methods (it is always good to be totally certain with exciting results like these!). For those of you with some chemistry background, the binding constant is about 20nM.

With collaborators at Scripps research institute we are now trying to determine the structure of the designed complex between the inhibitor and the virus by x-ray crystallography (to see whether binding is as in the design model). With the tight binding confirmed, we are now starting to investigate whether the designed protein prevents the virus from infecting cells.
____________
Übersetzung: -
Wir haben nun die enge Bindung unseres konstruierten spanischen Grippehemmstoffes an den Grippevirus bestätigt indem wir mehrfach unterschiedliche Methoden benutzt haben (es ist immer gut sich mit aufregenden Resultaten wie diesen total sicher zu sein!). Für diejenigen von euch mit Chemiehintergrund, die Bindungskonstante ist ungefähr 20nM.

Mit Mitarbeitern des Scripps Forschungsinstituts versuchen wir die Struktur des entwickelten Komplexes zwischen Hemmstoff und Virus mit Röntgenkristallographie zu bestimmen (um zu sehen ob das Binden wie im Designmodell ist). Mit Bestätigung der engen Bindung haben wir nun die Untersuchung begonnen, ob das konstruierte Protein den Virus davon abhält die Zellen zu infizieren.

Susanne
21.06.2010, 17:31
- Posted 21 Jun 2010 6:55:51 UTC
Last modified: 21 Jun 2010 6:56:36 UTC

A manuscript describing the results on FoldIt, which many of you contributed to, was just accepted for publication in Nature. The idea for FoldIt came from rosetta@home participants who posted on the message boards about wanting to be able to guide the course of the folding trajectory. Please keep letting us know your thoughts and suggestions!

Rosetta@home has now been directly responsible or closely associated with two papers in Science (one on enzyme design, one on new approaches for structure determination) and two papers in Nature (this one on Foldit, and one last year on endonuclease design for gene therapy) in the last 9 months. This kind of impact at the forefront of scientific research is I think a first for volunteeer computing, and perhaps the strongest indication to date of the power and value of volunteer computing for pushing forward the boundaries of scientific understanding.

Thank you all for your invaluable contributions to our collective efforts!

Übersetzung: -
Ein Manuskript, welches die Ergebnisse von FoldIt beschreibt, wozu viele von Euch beigetragen haben, wurde gerade von Nature zur Veröffentlichung angenommen. Die Idee zu FoldIt kam von Rosetta@home Teilnehmern, die im Messageboard posteten, dass sie den Kurs der Faltenkurve selbst leiten wollten. Bitte teilt uns weiterhin eure Gedanken und Vorschläge mit!

Rosetta@home ist nun direkt dafür verantwortlich oder eng mit zwei Schriftstücken in Science (eins zu Enzymdesign, eins zu neuen Wegen der Strukturbestimmung) und zwei Schriftstücken in Nature (das jetztige über Foldit, und eins vom letzten Jahr über Endonukleasedesign für Gentherapie) in den letzten 9 Monaten verbunden. Solch eine Einwirkung an der Spitze von wissenschaftlicher Forschung ist, glaube ich, etwas Neues im Bereich des Voluntärrechnens, und vielleicht bis heute das stärkste Anzeichen von dessen Kraft und Wert für den Fortschritt von wissenschaftlichem Verständnis.

Ich bedanke mich bei euch allen für eure wertvollen Beiträge zu unseren gemeinsamen Bemühungen!

cappy
20.07.2010, 13:41
nach einiger zeit ein neuer beitrag von david baker


Last modified: 20 Jul 2010 6:20:49 UTC

The most recent issue of Science magazine has our paper on the use of Rosetta to design a new carbon-carbon bond forming enzyme, along with a commentary. This paper has attracted a lot of attention in the press. Thank you all for your contributions to this work and to our ability to move forward with designing enzymes and other proteins that will hopefully be of use to society in not too long.

http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/sci;329/5989/309?maxtoshow=&hits=10&RESULTFORMAT=&fulltext=carbon+enzyme&searchid=1&FIRSTINDEX=0&sortspec=date&resourcetype=HWCIT

aendgraend
20.07.2010, 14:22
Hier meine Übersetzung:


Die neueste Ausgabe des Science Magazins enthält unseren Bericht über die Nutzung von Rosetta, um damit CO-CO - bindungsfördernde Enzyme herzustellen, zusammen mit einigen Kommentaren.
Dieser Bereicht hat einige Aufmerksamkeit seitens der Presse erhalten.

Danke an euch für eure Mitwirkung an dieser Arbeit. Sie ermöglicht uns, am Design von Enzymen und anderen Proteinen weiterzuforschen, welche hoffentlich in nicht allzu ferner Zeit auch von Nutzen für die Allgemeinheit sein werden.

Susanne
01.11.2010, 19:39
Message 68287 31.10.2010 David Baker
There have been exciting developments in our work to develop general methods for designing proteins that can bind to and block the activity of any desired target protein. There are now three targets for which we have designed and experimentally validated binders: a widely used "model" protein called lysozyme, a protein involved in biosynthesis in the bacteria that causes tuberculosis, and a key protein on the surface of the H1N1 flu virus. In the flu case, our collaborators have just solved the structure of our designed protein bound to the virus protein and it is amazingly close to our computational design model.

Now that the methods seem to be working pretty well, we are thinking more about applications. One of these is to make cheaper and more robust diagnostics kits. We are now collaborating with groups interested in developing low cost diagnostics for the flu virus (and other pathogens). our designed proteins are very easy to make in large quantities, and our collaborators are going to test how well they work in place of more expensive and less stable antibody molecules in diagnostic kits.
____________

Übersetzung: -

Bei unserer Arbeit hat es aufregende Entwicklungen gegeben allgemeine Verfahren herauszubilden, Proteine zu entwerfen, die sich an ein beliebtes Zielprotein binden und seine Aktivität blockieren können. Es gibt jetzt 3 Ziele für welche wir durch Experiment bestätigte Binder entworfen haben: ein oft benutztes “Modell”-Protein, genannt Lysozyme, wobei es sich dabei um ein Protein handelt, dass in der Biosynthese derjenigen Bakterien verwickelt ist, die Tuberkulose verursachen, und ein Schlüsselprotein auf der Oberfläche des H1N1 Grippevirus. Was die Grippe betrifft, haben unsere Mitarbeiter gerade die Struktur unseres Proteindesigns gelöst, welches an das Virenprotein bindet. Es sieht dem Rechenmodell erstaunlich ähnlich.

Jetzt, wo die Verfahren gut zu funktionieren scheinen, denken wir mehr an die Anwendungen. Eine davon sieht vor, Diagnosekits billiger und robuster zu machen. Wir arbeiten jetzt mit Gruppen zusammen, die Interesse daran haben, preiswerte Diagnosekits für den Grippevirus (und andere Krankheitserreger) zu entwickeln. Unsere Designproteine sind sehr einfach in groβen Mengen herzustellen und unsere Mitarbeiter werden sie testen, um festzustellen, wie gut sie anstelle der teueren und nicht so stabilen Antikörpermoleküle in Diagnosekits funktionieren.

Susanne
14.11.2010, 20:17
Posted 13 Nov 2010 21:09:15 UTC , Message 68609

In the past I've described a brand new approach using Rosetta to design vaccines for which there are not effective current vaccination treatments. HIV, for example, has turned out to be fiendishly effective at evading the immune system, and as you probably know, despite much work there is no really good vaccine. In collaboration with other groups, Rosetta has been used to design small proteins that present "Achilles heel" regions of the virus to the immune system to stimulate the production of antibodies which recognize these regions. The first papers on this have now been published and, while the designed proteins have not yet elicited strongly neutralizing responses, there is considerable excitement over this new approach. You can read about it at
http://www.nature.com/news/2010/100927/full/news.2010.495.html____________

Übersetzung: -

Vor einiger Zeit habe ich eine ganz neue Vorgehensweise beschrieben, wie Rosetta benutzt werden kann, um Impfstoffe für Krankheiten zu designen, für die momentan noch keine wirkungsvollen Therapien bestehen. Beispielsweise ist es so, dass HIV teuflisch effektvoll ist das Immunsystem zu umgehen, und wie ihr vermutlich wisst, gibt es trotz vieler Forschung dagegen keinen wirklich guten Impfstoff. In Zusammenarbeit mit anderen Gruppen wurde Rosetta eingesetzt, kleine Proteine zu designen, die Regionen des Virus dem Imunsystem als wunden Punkt darlegen, um die Produktion von Antikörpern zu stimulieren, die diese Regionen wahrnehmen. Die ersten wissenschaftlichen Arbeitsberichte dazu sind bereits veröffentlicht worden und, trotz der Tatsache, dass die entworfenen Proteine noch keine sonderlich starken neutralisierenden Reaktionen hervorgerufen haben, besteht bereits beträchtliche Aufregung was diese Vorgehensweise betrifft. Ihr könnt hier darüber mehr lesen.
http://www.nature.com/news/2010/100927/full/news.2010.495.html

cappy
24.11.2010, 18:18
ein neuer beitrag von david baker

Message 68696 - Posted 24 Nov 2010 5:06:21 UTC


The Gates foundation has just awarded $1,000,000 to a collaborative project to develop specific enzymes that cut within HIV DNA in cells into which the virus has integrated:

http://www.gatesfoundation.org/press-releases/Pages/gce-next-stage-winners-announced-101027.aspx

One of the many nasty things about HIV is that it can reside for a long time in a latent state where it can't be detected by the immune system. If we can generate enzymes that cut up the virus when it is hidden inside a genome, its hiding place will be destroyed. Keith Jerome's lab at the UW is developing methods for delivering enzymes to possibly HIV infected cells, and a graduate student working between our groups is using Rosetta to design endonucleases which cut within the HIV DNA sequence. I'll keep you posted on the progress of this exciting project!

Susanne
04.12.2010, 08:36
Übersetzung: -
Die Gates Stiftung hat gerade einem Gemeinschaftsprojekt $1.000.000 zugeteilt, um spezifische Enzyme zu entwickeln, die sich innerhalb des HIV DNA in diejenige Zellen einschieben, in die sich der Virus eingefügt hat.
http://www.gatesfoundation.org/press-releases/Pages/gce-next-stage-winners-announced-101027.aspx
Eine der vielen unschönen Tatsachen des HIV ist, dass er sich lange Zeit unbemerkt verbergen kann, ohne dass es das Imunsystem bemerkt. Wenn wir imstande wären Enzyme zu entwickeln, die den Virus zerstückeln können, während er sich innerhalb eines Genomes verbirgt, kann sein Versteck zerstört werden. Keith Jerome’s Labor an der UW (Universität Washington) ist dabei, Methoden zu entwickeln, die die Enzyme innerhalb vermutlich infizierter Zellen befördern und ein Student, der in beiden Gruppen aktiv ist, macht von Rosetta Gebrauch um Endonucleasen zu entwickeln, die sich innerhalb der HIV DNA Folge einschieben. Ich werde euch weiterhin betrefflich dieses aufregenden Projektes auf dem Laufenden halten!

cappy
22.01.2011, 09:12
ein neuer beitrag von david

Unread Message 69436 - Posted 20 Jan 2011 7:08:17 UTC


First, I would like to thank everybody for bearing with us while we recovered from a critical server hardware failure. Over the next month or two we will be installing more powerful and more robust hardware so hopefully this will not happen again.

Second, I'd like to tell you briefly about another exciting success with Rosetta. When structural biologists work to solve protein structures by putting protein crystals into x-ray beams and recording the diffraction pattern, they only have half of the necessary information. The other half (the "phase" information) can be quite difficult to obtain. In the past six months, we've collected about 15 cases where protein crystallographers were stuck and could not solve the structure. Using Rosetta, we built models for these proteins of sufficient quality to allow the inference of the missing information and subsequently the solution of these structures. This opens the door to a much easier way of solving challenging protein structures, and there are lots of scientists excited about using the new method. The new method is described in a manuscript which will likely appear soon in Nature magazine.

Again, thank you for sticking with rosetta@home during our recent server problems -- there is a lot of exciting scientific research that is only possible because of your contributions!

Susanne
24.01.2011, 13:54
Übersetzung von Message 69436: -

Zuerst einmal danke für eure Geduld während wir uns neulich von einem kritischen Hardwareausfall erholten. In den nächsten paar Monaten werden wir verstärkte und robustere Hardware installieren um so hoffentlich eine Wiederholung zu vermeiden.

Zweitens möchte ich euch kurz über einen aufregenden Erfolg mit Rosetta berichten. Wenn strukturelle Biologen daran arbeiten Proteinstrukturen zu lösen, indem sie Proteinkristalle Röntgenstrahlen aussetzen und das Diffraktionsmuster aufzeichnen, erhalten sie nur die Hälfte der benötigten Informationen. Es ist schwierig die andere Hälfte (die “Phasen”-Information) zu bekommen. In den letzten 6 Monaten haben wir ca 15 Fälle angesammelt, bei denen Proteinkristallografer nicht mehr weiter wussten und die Struktur nicht lösen konnten. Wir benutzen Rosetta und bauten für diese Proteine Modelle genügender Qualität, um die Schlussfolgerung der fehlenden Informationen und die folgende Lösung dieser Strukturen zu ermöglichen. Dies verschafft Zugang zu einer viel leichteren Weise, herausfordernde Proteinstrukturen zu lösen und es gibt viele Wissenschaftler, die sich dafür begeistern, diese neue Methode anzuwenden. Die neue Methode ist in einem Manuskript beschrieben, dass höchstwahrscheinlich bald in der Zeitschrift Nature veröffentlicht wird.

Also wiederholt, danke, dass ihr trotz der neulichen Serverprobleme bei rosetta@home geblieben seid – es gibt solch eine Menge an aufregender Forschung, die nur durch euer Mitwirken möglich ist!

Susanne
05.03.2011, 11:07
D Baker - Message Nr 69714 28 Feb 11
The new hardware is now being installed, and we are very happy to put the server failures behind us-hopefully we will have no outages this severe again for a long time!

The manuscript I described in my last post on solving crystal structures using Rosetta has now been formally accepted for publication in Nature; the paper will be in an issue on newstands in a month or two.
____________

Übersetzung: -

Die neue Hardware wird momentan installiert und wir sind froh das Versagen der Server hinter uns zu bringen und hoffen, weitere schwere Ausfälle dieser Art auf weithinaus verschieben zu können!

Das Manuskript, dass ich in meinem letzten Post beschrieben habe betr. der Lösung von Krystallstrukturen mit Hilfe von Rosetta, ist nun formell von der Publikation Nature akzeptiert worden; der Beitrag wird in einer der Ausgaben in etwa ein oder zwei Monaten im Zeitschriftenhandel erhältlich sein.

Susanne
11.04.2011, 07:54
Message 70008 - Posted 11 Apr 2011 5:23:48 UTC

In a previous post I described the design of small proteins which bind to and block the function of the key surface protein on the influenza virus, called the haemagluttinin (I can never spell that right!). We are very excited about the possibility of making more proteins that bind to the various strains of the virus that could serve as anti flu drugs (this would only be for very acute infections as you probably wouldn't want to take a dose of these too many times) and are actively working on this. Meanwhile, a manuscript describing the design of the first proteins and how they block the haemaglutinin from the Spanish Flu influenza virus has just been accepted as a full research article in Science magazine. We are excited (and nervous) because we've never been this close to making an actual drug before (as I've explained before, most of what we do is directed more at basic understanding than actual drug development). Still, of course, it is a long road (clinical trials, etc if we get that far) to get something to the point it can be used as a drug. I'll keep you posted as we move along with this.

Übersetzung: -

In einem vorherigen Post beschrieb ich den Entwurf kleiner Proteine, die sich Haemagluttinin nennen (Ich kann das nie richtig buchstabieren!) und sich an das entscheidene Oberflächenprotein des Grippevirus anheften und dessen Funktion blockieren. Wir sind sehr über die Möglichkeit begeistert mehr Proteine zu erzeugen, die sich an verschiedene Stämme des Virus binden, die dann als Anti-Grippe Medikamente dienen könnten (dies wäre nur für sehr akute Infektionen, da es nicht zu empfehlen wäre davon eine Dosis zu oft einzunehmen) und sind aktiv daran am arbeiten. Unterdessen wurde ein Manuskript in der Zeitschrift Science als vollständiger Forschungsartikel akzeptiert, der den Entwurf der ersten Proteine beschreibt und die Art, in der sie das Haemaglutinin des spanischen Grippevirus blockieren. Wir sind aufgeregt (und nervös), denn wir waren noch nie so nah daran ein wirkliches Medikament zu erzeugen (wie schon vormals erklärt, beschäftigen wir uns hauptsächlich mit Grundwissen als wie mit eigentlicher Medikamentenentwicklung). Dennoch, natürlich, wird es lange dauern (klinische Studien usw, wenn wir überhaupt so weit kommen) um etwas so weit zu bringen, dass es als Medikament benutzt werden kann. Ich werde euch auf dem Laufenden halten wie es hiermit voran geht.

Susanne
05.05.2011, 19:09
David Baker - Message 70246 - Posted 4 May 2011 23:46:38 UTC Last modified: 4 May 2011 23:47:21 UTC
The paper on the Rosetta method which allows determination of the structures of a large class of proteins using limited crystallography data has now been published in Nature magazine. Thanks to all of you for making this work possible!

Übersetzung: -
Die wisssenschaftliche Publikation über die Rosetta Methode, die die Bestimmung der Strukturen einer groβen Gruppe von Proteinen mithilfe begrenzter Kristallographie erlaubt, ist nun vom Nature Magazin veröffentlicht worden. Danke an euch alle diese Arbeit ermöglicht zu haben!

cappy
18.05.2011, 16:56
neue beiträge im journal

Message 70273 - Posted 7 May 2011 20:09:00 UTC


Graduate student Shawn Yu is now posting on current Rosetta@home efforts to design inhibitors for viruses that cause disease in the "Design of Protein Interactions" thread on the Science message boards. Take a look if you are interested; he is happy to answer questions in the thread as well.

Übersetzung: - Susanne

Student Shawn Yu schreibt jetzt Posts im Thread “Design von Protein Protein Interfaces” (Proteininteraktionen) im Wissenschafts-Messageboard über aktuelle Rosetta@home Bemühungen Hemmstoffe für Viren zu designen, die Krankheiten verursachen. Wenn ihr Interesse habt, schaut dort mal vorbei. Er ist auch bereit eure Fragen zu beantworten.

Message 70340 - Posted 14 May 2011 22:34:57 UTC


This week's issue of Science magazine features an article on the use of Rosetta@Home to design novel proteins which bind tightly to the Spanish Flu (H1N1) Influenza Virus. The paper shows that the experimentally determined atomic structure of the complex between one of the designed proteins and the virus is precisely as in the computer model. The designed proteins block the function of the flu surface protein in biochemical tests, and we are guardedly optimistic that the designs will block flu infection. This is an important milestone for computational protein design (and for distributed computing)--the first atomic level accuracy design of a high affinity protein-protein interface, and the designed proteins are exciting leads for new flu therapeutics. In the next few months, we will be using Rosetta@Home to design proteins that bind tightly and hopefully block other pathogens which cause disease. Thanks to all Rosetta@home users for their invaluable contributions to this research!!
(if you want to learn more, the Science web site has a podcast discussing the work:
http://podcasts.aaas.org/science_podcast/SciencePodcast_110513.mp3)



Übersetzung: - Susanne

Die derzeitige Wochenausgabe der Zeitschrift Science beinhaltet einen Artikel über das Design mithilfe von Rosetta@Home von neuartigen Proteinen, die eng an den Spanischen Grippevirus (H1N1) binden. Die wissenschaftliche Arbeit zeigt auf, dass die im Experiment vorausgesagte atomische Struktur des Komplexes zwischen einem der entworfenen Proteine und dem Virus dem Computermodell eindeutig gleicht. In biochemischen Tests blockieren die entworfenen Proteine die Funktion des auf der Grippenoberfläche vorhandenen Proteins und wir sind zurückhaltend optimistisch, dass die Entwürfe Grippeinfektionen blockieren werden. Dies ist ein wichtiger Meilenstein des rechenbetonten Proteindesigns (und des verteilten Rechnens) – der erste atomisch genaue Entwurf eines verwandten Protein Protein Interface und die entworfenen Proteine sind aufregende Leitfäden für neue Grippetherapien. In den nächsten paar Monaten werden wir Rosetta@Home benutzen um eng bindene Proteine zu designen, die hoffentlich andere Pathogene, die Krankheiten verursachen, blockieren. Danke an alle Rosetta@home Benutzer für die unschätzbare Mithilfe bei dieser Forschung!!
(wenn ihr noch mehr wissen wollt, schaut auf die Science Webseite, wo diese Arbeit in einem Podcast diskutiert wird.


Message 70368 - Posted 18 May 2011 5:39:15 UTC


A recent issue of Nature describes an exciting approach we are taking with collaborators to fight Malaria. The title of the paper is "A synthetic homing endonuclease-based gene drive system in the human malaria mosquito" and the PDF is available at my lab web site. The idea is to use enzymes which cut within critical genes in mosquitos to greatly reduce the number of malaria parasite infected mosquitos. There are still many issues that must be overcome for this strategy to be used against malaria in the real world, but this paper is an important first proof of concept of the strategy.


Übersetzung: - Susanne

In einer vor kurzem erschienenen Ausgabe von Nature wird unsere Methode, wie wir mit anderen zusammenarbeiten um Malaria zu bekämpfen, beschrieben. Die wissenschaftliche Arbeit ist wie folgt betitelt “Ein synthetisches auf Endonuklease basierendes Genzielsteuersystem im menschlichen Malariamoskito” und die PDF Datei ist über meine Laborwebseite erhältlich. Die Absicht ist, Enzyme zu benutzen, die inmitten von kritischen Moskitogenen einschneiden und somit die Anzahl an mit Malaria infizierten Moskitos beträglich verringern. Es gibt noch viele Probleme, die überwältigt werden müssen um diese Strategie gegen Malaria in der reellen Welt einzusetzen, aber diese wissenschaftliche Arbeit ist ein wichtiger erster Beweiss des Strategiekonzeptes.

Susanne
19.06.2011, 14:35
Message 70577- Posted 18 Jun 2011 21:26:05 UTC

This week's issue of Nature magazine has an exciting article (http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature10154.html) describing work we are doing with collaborators using Rosetta to design a new class of inhibitors of amyloid fibril formation. Amyloid fibrils have been implicated in Alzheimer's and many other diseases. The designed peptides are not suitable for use as actual therapeutics in their present form, but hopefully will help lead the way to effective drugs.


Übersetzung: -
Die derzeitige Wochenausgabe von Nature beinhaltet einen aufregenden Artikel http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature10154.html, der unsere Tätigkeit in Zusammenarbeit mit anderen beschreibt, wobei wir Rosetta benutzen um eine neue Klasse von Hemmstoffen der Amyloidfaser Formation zu entwickeln. Amyloidfasern werden in Zusammenhang mit der Alzheimerkrankheit und vielen anderen Leiden genannt. Die konstruierten Peptide sind nicht als eigentliche Therapien in der derzeitigen Form verwendbar, werden aber hoffentlich den richtigen Weg zu effectiven Drogen einschlagen.

Zur Erläuterung: -
Amyloid: - http://de.wikipedia.org/wiki/Amyloidose
Peptid: - http://de.wikipedia.org/wiki/Peptid

cappy
20.09.2011, 16:10
mal wieder was neues bei rosetta


Today's issue of Nature Structural Biology reports the determination of the structure of a protein by FoldIt players. This is exciting because it is perhaps the first example of a long standing scientific problem solved by non-scientists. You might read about this in your newspaper; here is a report that does a good job in explaining how FoldIt came out of Rosetta@home:
http://the-scientist.com/2011/09/18/public-solves-protein-structure/

Übersetzung: - Susanne

In der heutigen Ausgabe von Nature - Struktur Biologie - wird über die von einem Foldit Spieler bestimmte Proteinstruktur berichtet. Das ist aufregend, denn es ist vielleicht das erste Beispiel, wo ein langwieriges wissenschaftliches Problem von Nichtwissenschaftlern gelöst wurde. Ihr könnt davon vielleicht in euren Zeitungen lesen; hier ist ein gut gelungener Bericht, der erklärt, wie sich FoldIt aus Rosetta entwickelte. http://the-scientist.com/2011/09/18/public-solves-protein-structure/

cappy
10.10.2011, 18:38
wieder ein neuer beitrag von david


A recent issue of Nature describes an exciting result from Rosetta@home in collaboration with the NMR spectroscopy laboratory of Lewis Kay in Toronto. Like almost all machines, proteins in order to carry out their functions have to move (change their conformation somewhat) but it has been extremely difficult to determine what these conformational changes are. Lewis Kay's group has developed new methods for getting experimental information on the higher energy very shortlived conformations proteins visit while carrying out their functions. This data is not sufficient to determine the structure of these "excited state" conformations using conventional methods. However, as the paper shows, we can use these experimental data to guide Rosetta and Rosetta@home structure calculations, and produce models of these states. We went one step further than this in the paper by using Rosetta design calculations to stabilize the excited state, and subsequent experiments confirmed the validity of the model. This combination of experimental NMR data, Rosetta structure calculations, and Rosetta design should be very powerful in understanding how proteins carry out their functions.

Übersetzung: - Susanne

In einer vor kurzem erschienenen Ausgabe von Nature wurde ein aufregendes Ergebnis von der Rosetta@home Zusammenarbeit mit dem NMR Spectroscopy (Kernspinresonanztomografie) Labor von Lewis Kay in Toronto beschrieben. Wie fast alle Maschinen, müssen sich auch Proteine bewegen um ihre Funktionen ausführen zu können (ihre Gestalt etwas abändern), aber es hat sich schwer herausfinden lassen, wie sich diese konformativen Änderungen darstellen. Lewis Kay’s Gruppe hat neue Methoden entwickelt, experimentelle Informationen der höheren, aber sehr kurzlebenden, Energiestadien zu bekommen, die die Proteine aufsuchen, während sie ihre Funktionen ausführen. Die Daten sind nicht ausreichend um die Struktur der Konformationen dieser “angeregten Stadien” mit konventionellen Methoden vorherzusagen. Trotzdem, wie der Bericht zeigt, können wir diese experimentellen Daten benutzen, um Rosetta und Rosetta@home Strukturkalkulationen zu leiten und Modelle dieser Stadien zu erzeugen. Wie berichtet, sind wir einen Schritt weiter gegangen indem wir Rosetta’s Design Berechnungen anwandten um das angeregte Stadium zu stabilisieren und die darauffolgenden Experimente bestätigten die Richtigkeit des Modells. Diese Kombination von experimentellen NMR Werten, Rosetta Strukturberechnungen und Rosetta Design sollten uns deutlich bei der Erkenntnis helfen, wie Proteine ihre Funktionen ausführen.

Susanne
25.10.2011, 18:11
Message 71460 Posted 22 Oct 2011 17:55:10 UTC
Today's issue of Science magazine describes an exciting new approach to HIV vaccine design using Rosetta. In contrast with other viruses such as polio and influenza, inactivated HIV or HIV proteins have not worked as vaccines, and hence as you know there is currently no effective HIV vaccine. Our approach to vaccine design is to take the bits of the HIV surface protein that people make antibodies to, and using Rosetta graft them onto small stable scaffolds that can be made in large quantities and potentially could be useful as vaccines. We've shown earlier that this can be done straightforwardly with Rosetta if the bits of the HIV protein are contiguous along the sequence, but it is much harder if the antibody recognizes multiple bits close in three dimensions but far in sequence. In this paper we show how such "discontinuous" epitipes can be transferred from HIV gp120 to a simple scaffold protein. More work will be required to determine whether this or other vaccine candidates designed using this approach will be effective as HIV vaccines-let us all hope so!!
____________


Übersetzung: -

Die heutige Ausgabe von Science beschreibt eine neue, aufregende Vorgehensweise, mit Einsatz von Rosetta, im Design von HIV Impfstoffen. Im Kontrast mit anderen Viren, wie z. B. Kinderlähmung und Grippe, haben deaktivierte HIV oder HIV Proteine bisher als Impfstoffe nicht gewirkt und wie euch bereits bekannt ist, gibt es momentan keinen effektiven HIV Impfstoff. Unsere Methode des Impfstoffdesigns besteht darin, die Teilchen des HIV Oberflächenproteins zu nehmen, zu dem die Menschen Abwehrstoffe entwickeln, und Rosetta anzuwenden, um diese dann auf kleine stabile Gerüste zu verpflanzen, die in gröβeren Mengen hergestellt werden können und möglicherweise als Impfstoff nützlich sein könnten. Wir haben bereits gezeigt, dass dies ganz einfach mit Rosetta gemacht werden kann, solange die Teilchen des HIV Proteins entlang der Sequenz zusammenhängen. Es ist aber viel schwieriger, wenn der Abwehrkörper mehrere Teilchen in der Nähe in 3 Dimensionen, aber in der Reigenfolge zu entfernt erkennt. In diesem wissenschaftlichen Bericht zeigen wir wie solche unterbrochenen Epitipen (Epitope = Portion eines Moleküls, an das sich der Antikörper haftet) von einem HIV gp120 in ein einfaches Gerüstprotein übertragen werden können. Es wird mehr Arbeit nötig sein um bestimmen zu können, ob dies oder andere Impfkandidaten, die mit dieser Methode entwickelt wurden, als HIV Impfstoffe effektiv sein werden. Lasst uns hoffen, dass es so ist!!

Susanne
17.01.2012, 17:01
Message 72150 - Posted 16 Jan 2012 7:16:46 UTC
In response to requests from many of you, we will be posting descriptions of the many scientific problems currently being tackled with Rosetta@Home on the Science message boards in the next couple of weeks--stay tuned! I also want to describe a new research direction we are now embarking on aimed at future cancer therapies. There are a small set of proteins which are frequently found at much higher levels than normal on the surface of cancer cells. We are starting to design small proteins which bind tightly to these tumor cell markers. If we are successful, we have collaborators who will be testing these proteins for their ability to target cancer cell killing agents to the tumors.


Übersetzung: -

In Antwort auf viele Eurer Anfragen werden wir bald eine Anzahl der wissenschaftlichen Probleme, mit denen sich Rosetta@Home momentan auseinandersetzt, hier in den Wissenschafts-Message-Boards in den nächsten paar Wochen behandeln – bleibt dran! Ich möchte eine neue Forschungsrichtigung, die wir eingeschlagen haben, die auf zukünftige Krebstherapien gezielt ist, darlegen. Es gibt da eine kleine Anzahl Proteine, die oft in viel höheren Ebenen der Krebszellenoberflächen als die Norm vorkommen. Wir sind dabei, kleine Proteine zu entwerfen, die eng an diese Tumorzellenmarkierungen binden. Sollten wir dabei Erfolg haben, stehen uns Mitwirkende zur Verfügung, die diese Proteine auf ihre Fähigkeit, Tumore mit Krebszellenvernichtungsagenten anzupeilen, testen werden.

cappy
29.01.2012, 11:51
ein neuer beitrag noch ganz frisch von david :)


Message 72230 - Posted 29 Jan 2012 7:20:44 UTC

Last year we described in Science magazine the design of a new enzyme which catalyzes a chemical reaction called the Diels Alder reaction involving the formation of two carbon-carbon bonds. This reaction is interesting because no natural enzymes are known to catalyze the reaction. However, it wasn't a very good enzyme, and we asked FoldIt players to try to improve it. As described in Nature Biotechnology this month, remarkably FoldIt players were able to make the designed enzyme 20 times faster by inserting a completely new loop which helps the enzyme bind the chemicals it links together. The combination of Rosetta@Home and FoldIt is turning out to be powerful indeed for solving challenging problems in biomedicine!

Übersetzung: susanne

Letzes Jahr beschrieben wir in der Zeitschrift Science das Design eines neuen Enzyms, welches eine chemische Reaktion (Diels Alder Reaktion) katalysiert, die die Formation von 2 Kohlenstoff-Kohlenstoff-Bindungen einbezieht. Diese Reaktion ist interessant, da keine in der Natur vorkommenden Enzyme dafür bekannt sind, die Reaktion zu katalysieren. Allerdings war es kein sehr gutes Enzym und wir baten FoldIt Spieler zu versuchen, es zu verbessern. Wie in Nature Biotechnologie diesen Monat beschrieben, gelang es FoldIt Spielern durch Einsetzen einer völlig neuen Schleife das konstruierte Enzym zwanzigmal schneller zu machen, was dem Enzym hilft, die chemischen Stoffen, die es verknüpft, zu binden. Die Kombination von Rosetta@Home und FoldIt zeigt sich tatsächlich als leistungsfähig, die herausfordernden Probleme in der Biomedizin zu lösen!

Major
30.03.2012, 16:43
In the last two months we believe we have made quite a breakthrough in structure prediction, and are excited to test the new method in CASP10. We need your help though--we are now testing many aspects of the new approach and are seriously limited by available CPU cycles. There are now so many flu inhibitor design and structure prediction jobs queued up on Rosetta@Home that there is an eight day wait before they are getting sent out to you. This would be a great time to temporarily increase Rosetta@Home's share on your computers and/or recruit new users--we need all the help we can get! thanks! David
*Versuch einer* Übersetzung:
Wir glauben wir haben in den letzten zwei Monaten einen Durchbruch in der Struktur-Vorhersage gemacht, und sind gespannt darauf die neue Methode in CASP10 testen. Wir brauchen aber Ihre Hilfe - wir testen derzeit viele Aspekte des neuen Konzepts und werden ernsthaft von verfügbaren CPU-Zyklen begrenzt. Es gibt mittlerweile so viele Grippe-Hemmer Design und Struktur-Vorhersage Jobs (WUs) auf Rosetta@Home, dass sie 8 Tage in der Warteschlange verbringen, bevor sie an Sie (die User) versendet werden. Dies wäre eine gute Zeit, um vorübergehend den Rosetta@Home-Anteil auf Ihrem Computer zu erhöhen und/oder zur Rekrutierung neuer Mitglieder - wir brauchen alle Hilfe, die wir bekommen können! danke! David

Susanne
08.04.2012, 21:14
Message 72699 - David Baker posted 8 Apr 2012 18:15:23 UTC
I've described in the past our work using Rosetta and Rosetta@Home to create new enzyme catalysts. In Nature Chemical Biology last month we describe the design of an enzyme which destroys organophosphate nerve agents and pesticides. These compounds kill by blocking key enzymes, and our designed enzyme eliminates this toxicity. This illustrates how Rosetta@Home enzyme design work can help to solve current problems, including man-made problems


Übersetzung: -
In früheren Zeiten hatte ich unsere Arbeit, neue Enzymkatalysatoren mithilfe von Rosetta und Rosetta@Home zu entwickeln, beschrieben. In der Publikation Nature, Kategorie Chemische Biologie, beschrieben wir letzten Monat das Design eines Enzyms, welches organophosphatisches Nervengas und Pflanzenschutzmittel vernichtet. Diese Verbindungen töten, indem sie entscheidende Enzyme blockieren und unser entwickeltes Enzym beseitigt diese Giftigkeit. Das veranschaulicht, wie Rosetta@Home Enzym-Design Arbeit dabei helfen kann, derzeitige Probleme zu lösen, einschlieβlich solchen, die von Menschen verursacht wurden.

Susanne
30.04.2012, 16:42
Message 72930 - Posted 29 Apr 2012 23:58:18 UTC
I have just been told the very good news that Rosetta@home will be the first project of the BOINC pentathlon, and would like to thank all of the participating teams. I also just learned from the discussion thread that Rosetta@home will be the project of the month for BOINC synergy-this is more excellent news!!

Your increased contributions to rosetta@home could not come at a better time! We've been testing our improved structure prediction methodology in a recently started challenge called CAMEO. For most of the targets, the Rosetta@home models are extremely good, but for a minority of targets the predictions are not good at all. We've now tracked down the source of these failures and it is what we are calling "workunit starvation"; in the limited amount of time the Rosetta server has to produce models (2-3 days) in these cases very few models were made-this happens because many targets are being run on the server so that only a fraction of your cpu power is focused on any one target. while we are working to fix this internally, by far the best solution is to have more total CPU throughput so each target gets more models.

You can follow how we are doing at http://www.cameo3d.org/. You will see that Robetta is one of the few servers whose name is not kept secret-this is because Rosetta is a public project. Our server receives targets from CAMEO and soon CASP, sends the required calculations out to your computers through Rosetta@home, and then processes the returned results and submits the lowest energy models.

We are excited that the workunit starvation problem may go away through your increased efforts for Rosetta@home. Thanks!!!





Übersetzung: -

Ich bekam gerade sehr gute Nachrichten, dass Rosetta@home das erste Projekt des Boinc Pentathlons sein wird und moechte allen teilnehmenden Teams danken. Ich habe auch aus dem Diskussionsthread weitere augezeichnete Neuigkeiten erfahren, und zwar, dass das Projekt des Monats bei BOINC synergy Rosetta@home sein soll!!

Eure erhöhte Beteiligung hätte nicht zu einer günstigeren Zeit kommen können! Wir haben unsere verbesserte Methodik der Strukturvorhersage in einer vor kurzem gestarteten Aufgabe mit Bezeichnung CAMEO getestet. Bei den meisten Zielobjekten gelingt die Anwendung von Rosetta@home Modellen, aber bei einer Minderheit von ihnen sind die Prognosen überhaupt nicht gut. Wir haben nun den Grund dieser Misserfolge aufgespürt und es handelt sich um sogenannte “Workunit-Hungersnot”. In der begrenzten Zeit, die der Rosetta Server hat, Modelle zu produzieren (2 – 3 Tage), wurden nur wenige Modelle erzeugt. Dies geschah, weil viele Zielobjekte auf dem Server liefen, sodass nur ein Bruchteil eurer CPU-Power auf ein Zielobjekt fokussiert wurde. Während wir z. Z. daran arbeiten, dieses intern zu beheben, sollte erst einmal die beste Lösung sein, mehr CPU Gesamt-Durchflussleistung zur Verfügung zu haben, sodass jedes Zielobjekt mehr Modelle bekommt.

Ihr könnt hier nach unseren Fortschritten nachschauen http://www.cameo3d.org/. Ihr werdet sehen, dass Robetta einer der wenigen Servern ist, dessen Name nicht geheim gehalten wird, aus dem Grunde, da Rosetta ein öffentliches Projekt ist. Unser Server erhält Zielobjekte von CAMEO und bald auch von CASP, schickt die erforderlichen Berechnungen an Eure Computer mithilfe von Rosetta@home, bearbeitet die zurückgesandten Ergebnisse und reicht die niedrigsten Energiemodelle ein.

Wir sind begeistert, dass das “Workunit-Hungernot”-Problem vielleicht durch Eure erhöhten Anstrengungen bei Rosetta@home eliminiert werden kann. Vielen Dank!!

Susanne
08.05.2012, 22:40
Message 73020 - Posted 8 May 2012 5:27:35 UTC
A big THANK YOU to all of you who have scaled up your contributions to Rosetta@Home-this is a record level of computing power for us and is super well timed. THANKS


Übersetzung: -

Ein groβes DANKESCHÖN an alle diejenigen von Euch, die ihr Mitwirken bei Rosetta@Home nach oben geschraubt haben. Dies ist ein Rekordniveau an Computerpower für uns und kommt gerade zur richtigen Zeit. DANKE.

Susanne
12.06.2012, 21:03
Message 73274 - Posted 10 Jun 2012 16:17:33 UTC
Many common materials such as silk and wool are made out of regular repeating arrays of proteins, and symmetric protein arrays make up the coats of viruses and many other assemblies inside cells. The ability to robustly design self assembling materials made out of proteins would have huge numbers of applications-the naturally occurring assemblies are useful, but imagine if we could make custom materials for 21st century problems. In this weeks Science magazine, we describe the use of Rosetta to design self assembling protein nano structures with very high accuracy. We are now attempting to create many different types of symmetric materials, and you will be seeing more symmetric calculations on your rosetta@home screen server. Thank you for making possible this completely new approach to nanotechnology!
____________




Übersetzung: -

Viele alltägliche Materialien, wie Seide und Wolle, bestehen aus sich regelmäβig wiederholenden Proteinanordungen und die Hülle von Viren und viele andere Bestandteile innerhalb der Zellen bestehen aus symmetrisch angeordneten Proteinen. Die Fähigkeit, Selbstbaumaterialien robust zu entwickeln, würde riesig viele Anwendungsmöglichkeiten ergeben. Die natürlich vorkommenden Anordnungen sind verwendbar, aber stellt Euch vor wie es wäre, wenn wir maβgeschneiderte Materialien für Probleme des 21. Jahrhunderts erzeugen könnten. In der aktuellen Wochenausgabe des Science Magazins erläutern wir, wie wir mithilfe von Rosetta Selbstbau-Proteinnanostrukturen mit gröβter Genauigkeit entwickelt haben. Wir sind dabei, vele Arten von symmetrischen Materialien zu kreieren und ihr werdet mehr symmetrische Kalkulationen auf eurem rosetta@home Bildschirmschoner sehen. Ihr ermöglicht diese komplett neue Methode der Nanotechnologie, vielen Dank!

cappy
04.09.2012, 19:20
auch hier gab es ein neuen beitrag


Message 73755 - Posted 4 Sep 2012 0:38:47 UTC
A recent paper in Nature Biotechnology describes how we have combined computational protein design with the high throughput DNA sequencing methods developed for sequencing the human genome to generate potent influenza virus inhibitors. These designed proteins block infection by the flu virus in cell culture experiments, and they are now going through the (quite lengthy) process of being developed as possible anti-flu drugs.

Übersetzung: -Susanne
Ein vor kurzem erschienener Beitrag in Nature Biotechnologie beschreibt, wie wir errechnetes Proteindesign mit den groβvolumigen DNA Sequenzmethoden, die für den Ablauf des menschlichen Genoms entwickelt wurden, verbunden haben, um wirkungsstarke Grippenvirushemmer zu generieren. Die somit erzeugten Proteine blockieren in Zellkulturexperimenten Infektionen durch den Grippevirus und unterlaufen derzeit den (ziemlich langwierigen) Prozess als potentiale Grippedrogen entwickelt zu werden

cappy
12.09.2012, 12:34
ein neuer beitrag


Message 73800 - Posted 10 Sep 2012 5:07:53 UTC
We are now testing the latest batch of novel designed proteins that you have helped us create in our brand new Molecular Engineering laboratory at the UW. You can see pictures of the space where the rosetta@home computed designs are being experimentally tested in a recent newspaper article:

http://seattletimes.com/html/localnews/2019068219_molecularlab05m.html

Übersetzung: -Susanne

Derzeit testen wir die aktuelle Gruppe von neu designten Proteinen, bei deren Entwurf ihr uns geholfen habt, in unserem nagelneuen Molekur-Ingenieurlabor an der UW (Universität Washington). Ihr könnt in einem vor kurzem erschienenen Zeitungsartikel den abgebildeten Bereich sehen, in dem die von rosetta@home errechneten Designs experimentell getestet werden.

http://seattletimes.com/html/localnews/2019068219_molecularlab05m.html

cappy
29.09.2012, 11:21
ein neuer beitrag


Message 73929 - Posted 28 Sep 2012 22:06:22 UTC
The native structures are slowly being released for CASP10 targets; all of them will be available by the end of November. In the meantime, you can look at the results of a much larger scale test of prediction methods called CAMEO. CAMEO takes newly solved protein structure before they are published, and sends the amino acid sequences out to structure prediction servers. This happens every week, so it is great to assess new methods as they are being developed. You can look at the results, as well as get more information about CAMEO, at

http://beta.cameo3d.org/modeling/weekly_summary.html

The best number to compare is the "Average accuracy (all targets)" as some servers only model the easy ones. The good thing about CAMEO is that there are many more test cases than CASP, and also that results are released each week so we can see what is working well and what needs to be improved. You will see that ROBETTA, which is now using some of your computing resources, is doing pretty well recently; before this we had problems with some targets not getting enough work units before the server deadline.



Übersetzung: -Susanne

Die native Strukturen für CASP10 Zielobjekte werden nach und nach veröffentlicht; es werden alle davon bis Ende November vorliegen. Bis dahin könnt ihr die Ergebnisse eines Tests von Voraussagemethoden mit Namen CAMEO einsehen, der viel umfassender war. CAMEO nimmt neu veröffentliche gelöste Proteinstrukturen ehe sie veröffentlicht werden und verschickt die Aminosäuresequenzen an Strukturvorausage-Server und das wöchentlich. Das gute daran ist, dass neue Methoden während ihrer Entwicklung gleich geprüft werden. Ihr könnt euch die Ergebnisse, sowie weitere Informationen über CAMEO, hier anschauen

http://beta.cameo3d.org/modeling/weekly_summary.html

Am besten vergleicht man die “durchschnittliche Genauigkeit (alle Ziele)”, da einige Server nur die einfachen Zielobjekte modellieren. Das Gute an CAMEO ist, das es viel mehr Testfälle gibt als bei CASP und auch, dass Ergebnisse jede Woche veröffentlicht werden, sodass wir sehen können, was funktioniert und was verbessert werden muss. Ihr werdet sehen, dass ROBETTA, welches momentan einige eurer Computerressourcen benutzt, in letzter Zeit ziemlich gut gearbeitet hat. Davor gab es Probleme, da einige Zielobjekte nicht genug Arbeitseinheiten vor Server-Deadline bekamen.

cappy
04.11.2012, 00:01
ein neuer beitrag David Baker Message 74065 - Posted 21 Oct 2012 5:47:09 UTC


I have exciting news. We and the University of Washington are starting up a new Institute for Protein Design to design new proteins to address current challenges in medicine, energy, and other areas. You can learn more about the institute at http://depts.washington.edu/ipd/. Rosetta@home is and will continue to be a critical part of our efforts. For every new potential protein therapeutic we design, we use Rosetta@home to test whether it will actually fold into the desired structure. And we need help! We have quite a backlog of exciting new designed proteins to test on Rosetta@home because we are designing proteins for quite a range of problems-new anti flu proteins, anti-cancer proteins, and new materials--and it takes 3000-5000 work units to test each one. This Rosetta@home testing is becoming the slow step in the whole design process, often taking over 10 days to complete. So please tell your friends and relations to join us!

A generous donor has provide funds which we want to use to invite 5-10 Rosetta@home participants to visit the Institute and see what we are trying to accomplish first hand. More on this in my next post.

Übersetzung:-susanne
Ich habe aufregende Neuigkeiten. Wir, in Zusammenarbeit mit der Universität von Washington, gründen ein neues Institut für Protein-Design um neue Proteine zu entwerfen, die die derzeitigen Anforderungen im Medizin- und Energiebereich und anderen Gebieten ansprechen. Ich könnt euch hier weiter über das Institut informieren: http://depts.washington.edu/ipd/
Rosetta@home wird wie bisher einen kritischer Teil unserer Bemühungen darstellen. Wir benutzen Rosetta@home um jede neue potentielle Proteintherapie zu testen, ob sie sich wirklich in die optimale Struktur faltet. Und wir brauchen Hilfe! Wir haben einen substantiellen Arbeitsrückstand von rasanten, frisch entworfenen Proteinen, die auf den Rosetta@home Test warten. Wir designen Proteine für eine Vielzahl von Problemen wie Antigrippe– und Antikrebsproteine und neue Materialien – und dies braucht 3000 – 5000 WUs um jedes davon zu testen. Diese Tests mit Rosetta@home halten den ganzen Designprozess etwas auf und benötigen oft mehr als 10 Tage zur Fertigstellung. Darum bittet eure Freunde und Verwandte bei uns mitzuwirken!

Ein groβzügiger Spender hat es uns finanziell ermöglicht 5 – 10 Rosetta@home Mitwirkende einzuladen, die unser Institut besuchen und sich persönlich erkunden können, was wir hier zu realisieren versuchen. Mehr davon in meinem nächsten Post.

cappy
10.11.2012, 12:21
zwei neue beiträge

Message 74200 - Posted 8 Nov 2012 4:23:35 UTC


With your help, we have made an exciting breakthrough in protein design that is reported in a research article titled "Principles for designing ideal protein structures" in the journal Nature today. You can read about it at

http://www.nature.com/news/proteins-made-to-order-1.11767

In this paper, we describe general principles for creating new proteins from scratch. The new Institute for Protein Design is using these principles to design new proteins to treat disease.

Rosetta@home was absolutely critical to this work as described in the news article; Figure 3 in the paper shows how all of your contributions were used to test designed sequences to see if they folded up to the right structure. Most of the work units we are sending out on Rosetta@home these days are for exactly these kind of tests on the new proteins we are designing--this is absolutely critical to the research and to the development of new therapeutic and other functions. Thank you again for all of your contributions!


Übersetzung: -Susanne

Mit eurer Hilfe haben wir einen aufregenden Durchbruch im Proteindesign gemacht, der heute im Journal Nature in einem Forschungsartikel unter dem Titel “Prinzipien für den Entwurf von Idealen Proteinstrukturen” erschienen ist. Ihr könnt darüber hier nachlesen

http://www.nature.com/news/proteins-made-to-order-1.11767

In diesem Beitrag beschreiben wir generelle Prinzipien für den Entwurf von neuen Proteinen von Grund auf. Das neue Institut für Proteindesign benutzt diese Prinzipien im Design von neuen Proteinen zur Krankheitsbekämpfung.

Rosetta@home war, wie im Artikel beschrieben, bei dieser Arbeit absolut entscheidend. Darstellung 3 in dem Beitrag zeigt, wie eure gesamte Beteiligung genutzt wurde, entworfene Sequenzen zu testen, um herauszufinden, ob sie sich in die richtige Struktur falten. Die meisten WUs, die wir z. Z. an Rosetta@home rausschicken, sind genau für diese Art von Tests für die von uns entworfenen neuen Proteinen. Dies ist für die Forschung und Entwicklung von neuen therapeutischen und anderen Funktionen absolut notwendig. Danke nochmals für euer Mitwirken!

und

Message 74231 - Posted 10 Nov 2012 2:18:24 UTC
Last modified: 10 Nov 2012 2:42:08 UTC


We would like to acknowledge the Rosetta@Home participants who found the lowest energy structures for Nobu and Rie's designed proteins:

Fold-I : Aalelan (United States)
Fold-II : Jef (United States)
Fold-III : georgebg (Bulgaria)
Fold-IV: medvjet009(Czech Republic)
Fold-V : _2e_ Russia.

See Nobu's message board thread on "Principles for designing ideal protein structures" (http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=6113) for more information including a figure illustrating the critical role played by Rosetta@home in this work. And check out the latest on slashdot:
http://science.slashdot.org/story/12/11/09/020241/proteins-made-to-order
This and other publications from the lab are available at depts.washington.edu/bakerpg

Thanks again to everybody!!

Übersetzung: -Susanne


Wir möchten die Rosetta@home Mitwirkenden anerkennen, die die niedrigsten Energiestrukturen für Nobu und Rie’s entworfene Proteine gefunden haben:

Fold-I : Aalelan (United States)
Fold-II : Jef (United States)
Fold-III : georgebg (Bulgaria)
Fold-IV: medvjet009(Czech Republic)
Fold-V : _2e_ Russia.

Schaut im Nobu Messageboard Thread unter “Prinzipien für den Entwurf von Idealen Proteinstrukturen”nach (http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=6113), wo es mehr Informationen gibt, einschlieβlich einer Darstellung, die die kritische Rolle illustriert, die Rosetta@home in dieser Arbeit gespielt hat. Und checkt auch das Neueste in Slashdot aus
http://science.slashdot.org/story/12/11/09/020241/proteins-made-to-order
Diese und andere Berichte des Labors sind hier erhältlich: depts.washington.edu/bakerpg

Nochmals ein Dankeschön an alle!!

cappy
17.12.2012, 20:40
ein neuer beitrag von david


The CASP10 meeting just finished and all the results are on line so you can see what all your contributions made possible! Ray has posted a great summary of the results in the CASP10 thread on the science message boards. Overall, Rosetta@home was top or near top in most categories. I hate to embarrass David Kim who created RosettaHome and has kept it going, but his contact guided predictions were the highlight of CASP10 as they were vastly better than those of any other group. You can see this at
http://predictioncenter.org/casp10/results.cgi?view=targets&model=all&tr_type=others&groups_id=4
David's predictions are the black lines, those of other groups are in orange, better models stay below the rest of the pack.

Thanks to all of you who contributed to CASP10!!

Übersetzung: -Susanne

Das CASP10 Treffen ist gerade beendet und alle Ergebnisse sind online, sodass ihr sehen könnt, was eure Beiträge ermöglicht haben! Ray hat eine groβartige Zusammenfassung der Ergebnisse im CASP10 Thread des ‘Science Message Boards’ (Wissenschafts Message Board) gepostet. Insgesamt war Rosetta@home in den meisten Kategorien ganz oder fast an der Spitze. Ich wollte David Kim, der Rosetta@home kreierte und fortführte, eigentlich nicht verlegen machen, aber seine kontakt-gesteuerten Vorraussagen waren der Höhepunkt von CASP10, da sie weitaus besser waren, als die von irgendeiner anderen Gruppe. Ihr könnt es hier sehen: http://predictioncenter.org/casp10/results.cgi?view=targets&model=all&tr_type=others&groups_id=4
Davids Vorraussagen sind die schwaren Linien, die der anderen Gruppen die orangen, bessere Modelle liegen unter dem Rest des Hauptfelds.

Danke an alle von euch, die zu CASP10 beigetragen haben!!

cappy
12.03.2013, 16:23
ein neuer beitrag


We have learned to design a new class of proteins which could be useful both as drugs and in sensors. As I've explained before, most drugs are small molecules with fewer than 50 atoms. There are many drugs, such as blood thinning agents, which are very dangerous if given in too large doses. We have succeeded in designing proteins which bind to specific small molecules very tightly. These proteins could be used as antidotes in case of overdose with the target small molecule-for example we've designed a protein which could be useful to treat toxicity due to overdose of the drug digoxin used to treat heart disease. With collaborators, we are working to use these designed proteins to detect levels of the target small molecules in the blood or in the environment.

Übersetzung: -Susanne

Wir haben es vollbracht, eine neue Art von Proteinen zu entwerfen, die als Drogen und auch als Sensoren dienen können. Wie ich schon mal erklärt habe, sind die meisten Drogen kleine Moleküle mit weniger als 50 Atomen. Es gibt viele Arzneimittel, wie z. B. Blutverdünner, die lebensgefährlich sein können, wenn sie in zu groβen Maβen verabreicht werden. Wir haben es geschafft, Proteine zu designen, die sich sehr eng an spezifische kleine Moleküle binden. Diese Proteine könnten als Gegenmittel bei Überdosis des kleinen Zielmoleküls eingesetzt werden – wir haben z. B. ein Protein entworfen, was angewandt werden könnte, den Giftgehalt von einer Überdosis der Droge Digoxin zu behandeln, die bei Herzkrankheit benutzt wird. Wir arbeiten mit anderen zusammen um diese Design-Proteine zum Feststellen des Niveaus der kleinen Zielmoleküle im Blut oder in der Umgebung einzusetzen.

cappy
26.09.2013, 09:30
ein neuer beitrag


Our new Institute for Protein Design is making considerable progress as you can see at http://depts.washington.edu/ipd/. we are now using Rosetta@home to rigorously evaluate all computer-based designs before we create synthetic genes to make the proteins in the laboratory. this is dramatically increasing our success rate at designing proteins with new functions. your contributions continue to be absolutely invaluable!


übersetzung:- Susanne

Unser neues Institut für Proteindesign macht beachtliche Fortschritte, wie ihr hier sehen könnt: - http://depts.washington.edu/ipd/. Wir wenden jetzt Rosetta@home an um rigoros alle Designs zu testen, die per Computer entworfen wurden, ehe wir synthetische Gene entwickeln um die Proteine im Labor zu erzeugen. Dies hat unsere Erfolgsquote beim Entwerfen von Proteinen mit neuen Funktionen drastisch erhöht. Eure Unterstützung ist weiterhin absolut unschätzbar!

cappy
11.11.2013, 16:11
ein neuer beitrag


An article mentioning Rosetta@Home recently appeared in the Globe and Mail:

http://www.theglobeandmail.com/news/national/meet-two-pioneers-of-immune-research/article15101089/


Übersetzung: Susanne




Ein Artikel, der Rosetta@Home erwähnt, ist vor kurzem in Globe and Mail erschienen:

http://www.theglobeandmail.com/news/national/meet-two-pioneers-of-immune-research/article15101089/

cappy
03.04.2014, 19:46
Ein neuer Beitrag von David


There has been very exciting recent progress in designing vaccines and small molecule binding proteins using Rosetta that is described in two recent papers in Nature. These and other recent advances are described in the new Rosetta@Home Research Updates thread. It was suggested there that we send out a monthly email newsletter describing recent progress--we haven't done this before to avoid clogging everybody's inboxes but we certainly could if there is interest.

Übersetzung: Susanne

Neulich gab es aufregende Nachrichten bezgl. Impfstoffdesign und kleinen Molekül-bindenden Proteinen mithilfe von Rosetta, was in zwei vor kurzem in Nature erschienenen Berichten beschrieben wird. Diese neuesten Fortschritte, sowohl als auch andere, wurden in dem neuen Rosetta@Home Research Update Thread beschrieben. Dort wurde vorgeschlagen, dass wir einen monatlichen Email-Newsletter aussenden, in dem die neuesten Fortschritte beschrieben werden – wir sind dem bisher nicht nachgekommen, da wir vermeiden wollten, eure Inboxen vollzustopfen, aber wenn dazu Interesse besteht, könnten wir das tun.

Susanne
12.04.2016, 20:42
ein paar neue Posts:


David Baker Message 79421 Posted 18 Jan 2016 5:46:32 UTC

We just published a paper in Nature that depended critically on all of your contributions! You can get the pdf for this paper on our website; you can also get pdfs of the many other papers we've published in the last couple of years that relied heavily on rosetta@home. Here is the link to the recent Nature paper:
https://www.bakerlab.org/wp-content/uploads/2015/12/Brunette_Nature_2015.pdf

Übersetzung:
Wir haben gerade einen Bericht in Nature veröffentlicht, der sehr auf euer Mitwirken angewiesen war! Ihr könnt ein pdf dieses Beitrags auf unserer Webseite erhalten und auch andere, die wir in den letzten paar Jahren veröffentlicht haben und die sehr stark auf rosetta@home angewiesen waren. Hier ist der Link zum neuesten Bericht in Nature: https://www.bakerlab.org/wp-content/uploads/2015/12/Brunette_Nature_2015.pdf


David Baker Message 79521 Posted 12 Feb 2016 6:38:13 UTC

The results on the flu neutralizing protein you helped us design have now been published. You can get the paper, like all of our papers, from our lab web site, and read what journalists are saying at
http://cen.acs.org/articles/94/i6/Designer-Protein-Promising-Antiflu-Agent.html

Übersetzung:
Die Ergebnisse am Grippe-neutralisierenden Protein, dass ihr uns geholfen habt zu designen, sind nun veröffentlicht worden. Ihr könnt diesen, sowie alle anderen unserer Berichte, von unserer Webseite bekommen und lesen was Journalisten darüber sagen: http://cen.acs.org/articles/94/i6/Designer-Protein-Promising-Antiflu-Agent.html

Defender
22.01.2017, 07:12
Hallo zusammen!

Diese Woche war eine gute Woche mit Veröffentlichungen diese und letzte Woche im Science Journal. Eure Beiträge waren essentiell für beide Durchbrüche! Hier sind einige Presseartikel, die euch vielleicht interessieren:


http://www.geekwire.com/2017/big-data-rosetta-protein-puzzles/

https://www.theatlantic.com/science/archive/2017/01/unravelling-lifes-origami/513638/

http://www.geekwire.com/2017/uw-protein-pockets/

Vielen Dank erneut an euch für eure unschätzbaren Beiträge zu dieser Wissenschaft!

David
Jan 20, 2017



Weitere gute Neuigkeiten!

Unser Paper mit dem Namen "Proteinstrukturvorhersage mit Hilfe metagenomischer Datensequenzen (http://science.sciencemag.org/content/355/6322/294)" wurde heute im Science Journal veröffentlicht. Wir möchten allen Rosetta@home-Teilnehmern danken, die die benötigten Berechnungen für diese Arbeit durchgeführt haben. In diesem Paper wird beschrieben, wie wir mit Hilfe bekannter, ähnlicher Proteinstrukturen aus metagenomischen Datensequenzen und Rosetta@home die genauen Strukturen für 622 Proteinfamilien, die bislang noch nicht in der Proteindatenbank (PDB) enthalten waren, vorhersagen. Mehr als 100 dieser Strukturen weisen bisher unbekannte Faltungsmuster auf. Da experimentelle Proteinstrukturvorhersage teuer und oftmals kompliziert ist, zeigt diese Forschung auf, wie wichtig Computerberechnungen mit Hilfe metagenomischer Daten für verlässliche Strukturvorhersagen sind. Aufgrund der schnell wachsenden Größe dieser Datensätze, sieht die Zukunft der Proteinstrukturvorhersage strahlend aus! Danke, Rosetta@home-Teilnehmer!

Hier ist eine interessante Perspektive auf die Veröffentlichung und ihre Bedeutung, geschrieben von Johannes Söding: "Big Data kommt in der Proteinstrukturvorhersage an (http://science.sciencemag.org/content/355/6322/248)".

Weitere ähnliche Neuigkeiten:


Big Data (und Freiwillige) helfen Wissenschaftler hunderte Proteinpuzzle zu lösen (http://www.geekwire.com/2017/big-data-rosetta-protein-puzzles/)
Struktursuche mit metagenomischen Sequenzen (http://jgi.doe.gov/seeking-structure-metagenome-sequences/)
https://www.theatlantic.com/science/archive/2017/01/unravelling-lifes-origami/513638/


4297

Jan 19, 2017

Originaltexte:


Hi Everybody!

this has been a good week with papers in this and last weeks Science magazine. your contributions were essential for both breakthroughs! here is some of the press you might find interesting:

http://www.geekwire.com/2017/big-data-rosetta-protein-puzzles/

https://www.theatlantic.com/science/archive/2017/01/unravelling-lifes-origami/513638/

http://www.geekwire.com/2017/uw-protein-pockets/

thank you again for your invaluable contributions to this research!!

David




More good news!

Our paper titled "Protein structure determination using metagenome sequence data" was released today in the journal Science. We would like to thank all Rosetta@Home participants who provided the computing required for this work. In the paper, we describe using predicted co-evolving contacts from metagenomics sequence data and Rosetta to accurately predict the structures for 622 protein families that are not represented in the PDB. Among these structures, over 100 were new folds. Since experimental protein structure determination is costly and often difficult, this study highlights the ability to use computational methods with metagenomics data for reliably structure determination. With the rapidly growing size of genomics data, the future in mapping the structure space of protein families looks bright! Thank you Rosetta@Home participants!

Here is an interesting perspective written by Johannes Söding about the paper and it's significance, "Big-data approaches to protein structure prediction".

and related news articles:

Big data (and volunteers) help scientists solve hundreds of protein puzzles
Seeking Structure With Metagenome Sequences
Decoding the Origami That Drives All Life

Brisco82
16.01.2019, 09:13
Moin Zusammen,

anbei ein interessanter Artikel vom Spiegel zum Thema Forschungsergebnisse von Rosetta und David Baker und die Möglichkeiten von KI in der Proteinentwicklung.

http://www.spiegel.de/wissenschaft/medizin/maschinelles-lernen-die-ki-revolution-im-reagenzglas-a-1247666.html

Ich wollte kein neuen Thread aufmachen, daher habe ich den Artikel hier drangehängt.

Viel Spaß beim lesen. :-)