PDA

Archiv verlassen und diese Seite im Standarddesign anzeigen : Casp 9



cappy
27.04.2010, 07:16
Es wurde ein Thread zu dem thema bei rosetta aufgemacht

hier der erste post


Hey everyone !

As some of you may know CASP9, a community wide experiment in structure prediction, is starting in less then 10 days. As usual we are participating with both a human prediction group and a brand new automatic server, called RosettaServer. We will be utilizing BOINC heavily during the next 4 months, as you can see we already have nearly 4 million workunits lined up.
We have been very busy getting everything ready in time!

CASP 9
CASP is an international experiment to assess the state-of-the-art of the protein structure prediction field. Sequences, whose structures have been solved but which have not yet been published are sent out to participating teams and we have a limited amount of time to send back predictions. The whole thing is conducted in a double-blind fashion ensuring fair assessment and truly blind prediction.

We will be testing a number of new strategies during this period, these will be carried out by the human prediction group and crunched on BOINC.

In the automatic category we have modernized out old prediction server (Robetta, created more then 6 years ago) and replaced it's heart with Rosetta's most modern implementation. Among many scientific improvements, we have also, for the first time, connected the public structure prediction server to BOINC for both ab initio prediction and homology modeling.

For the community, by the community:
After CASP this server will go public and provide Rosetta's Abinitio and Homology modelling capabilities to the scientific community (and to the public). The computation for this will be conducted on BOINC meaning that you guys will be crunching protein structure prediction jobs for real scientific studies conducted by researchers all over the world!


Thanks again everyone for crunching, we wouldn't be able to do this stuff without you !

Excitedly yours,

Mike

wer den thread verfolgen möchte hier ist der link http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=5308

Susanne
05.05.2010, 15:35
Übersetzung so in etwa: -

Hallo an euch alle!
Einige von euch wissen das vielleicht schon, dass CASP9 ein kommunalweites Experiment in Strukturvorhersage ist und in 10 Tagen beginnt. Wie gewohnt nehmen daran die menschliche Vorhersagegruppe und ein nagelneuer automatischer Server, genannt RosettaServer, teil. Wir werden BOINC in den nächsten 4 Monaten schwer belasten; wir ihr sehen könnt, haben wir 4 Millionen WUs bereits parat. Wir waren sehr emsig um alles rechtzeitig fertig zu bekommen!

CASP9
CASP ist ein internationales Experiment um den neuesten Stand im Bereich der Proteinstrukturvorhersage zu überprüfen. Sequenzen, deren Struktur bereits gelöst, aber noch nicht veröffentlicht sind, werden an beteiligte Teams geschickt, die die Vorhersagen innerhalb einer gewissen Zeit wieder zurücksenden müssen. Das alles wird in einer Doppelblindstudie durchgeführt um faire Beurteilung und wirklich blinde Vorhersagen zu gewährleisten.
Während dieser Zeit werden eine Anzahl von neuen Strategien getestet, die von der menschlichen Vorhersagegruppe durchgeführt und auf BOINC gecruncht wird.
Im automatischen Bereich haben wir unseren alten Vorhersage-Server Robetta (vor über 6 Jahren entworfen) modernisiert und dessen Kern gegen Rosetta’s modernste Ausführung ausgetauscht. Inmitten vieler wissenschaftlicher Verbesserungen haben wir auch zum ersten Mal den öffentlichen Strukturvorhersage-Server für Abinitio Vorhersagen und Homologie Modelling an BOINC angeschlossen.

Für die Allgemeinheit von der Allgemeinheit: -
Nach CASP wird dieser Server öffentlich zugängig sein und der wissenschaftlichen Gemeinschaft (und der Öffentlichkeit) Rosetta’s Abinitio und Homology Modelling Fähigkeit zur Verfügung stellen. Die Berechnung dazu wird auf BOINC durchgeführt, was bedeutet, dass ihr Leute Aufgaben der Proteinstrukturvorhersagen für reelle wissenschaftliche Studien von Forschern der ganzen Welt crunchen werdet!
Danke euch allen, dass ihr cruncht, wir könnten dieses alles nicht ohne euch schaffen!
Bin schon gespannt,
Mike

Anmerkung von Susanne: hier kann ich mal schnell für foldit Werbung machen - wer Interesse hat bei der ‘menschlichen Vorhersagegruppe’ mitzumachen, schau bitte mal hier: -http://www.seti-germany.de/wiki/Foldit

cappy
03.06.2010, 05:34
was neues aus dem Casp 9 Theard


CASP, while in progress, issues blind targets. Or targets that noone on earth knows the structure for. If someone solves the structure during the period of time when submissions can still be made to CASP then the protein is thrown out (sometimes scientists elsewhere in the world happen to be working on solving the same protein that CASP is following and finish before the folks that CASP is working with).

Sometimes targets from prior CASP exercises are studied to see if more insight can be gleaned. These might say casp8 in the name.

I am most accustomed to tasks with no known solutions not displaying an RMSD at all. But from Mike's post here it sounds like some tasks show a flat line for RMSD instead when the target's structure is unknown.

Susanne
04.06.2010, 19:32
Übersetzung: -
CASP handhabt während des Ablaufs blinde Zielobjekte. Oder solche, zu denen keiner auf der Welt die Struktur kennt. Sobald jemand im begrenzten Zeitraum der CASP Submissionen die Struktur löst, dann wird das Protein dort rausgenommen (manchmal arbeiten andere Wissenschaftler woanders in der Welt auch am selben Protein, welches von CASP verfolgt wird und beenden die Arbeit halt eher als die Leute, die mit CASP arbeiten).

Manchmal werden auch ehemalige CASP Übungen untersucht um zu sehen ob mehr Einsicht gewonnen werden kann. Diese könnten u. U. casp8 im Namen enthalten.

Ich bin gut dran gewöhnt dass Aufgaben ohne bekannte Lösung keinen RMSD (root mean square deviation = arithm. quadr. Mittelrauhwert) anzeigen. Aber nach Mike’s Post hört es sich an, als wenn einige Aufgaben andessen eine flach verlaufende Linie für RMSD anzeigen wenn die Struktur des Zielobjektes nicht bekannt ist.

Susanne
15.07.2010, 20:56
Frage von Jeff Gilchrist vom 12. Juli 2010, Message 66857
Does anyone know how long Rosetta@Home will be handing out CASP9 WUs? Will they be coming out until the end of July, mid-August, end of August?

Übersetzung: -
Weiss jemand wie lange Rosetta@Home noch die CASP9 WUs verteilen wird? Werden sie noch bis Ende Juli, Mitte August, Ende August erscheinen?

Murasaki’s Antwort vom gleichen Tag, Message 66865
From the first post, CASP9 started around the beginning of May and the team will be sending work out through BOINC for 4 months. That would suggest the CASP work should be tailing off towards the end of August/start of September.

Übersetzung: -
Dem ersten Post nach begann CASP9 so um Anfang Mai rum und das Team wird 4 Monate lang Arbeit durch BOINC schicken. Das würde bedeuten, dass CASP Arbeit gegen Ende August/Anfang September nachlassen wird.

Susanne
12.08.2010, 14:54
Murasaki’s Message 67159 vom 10.8.10

It looks like the deadline for submitting CASP9 results was the first week of August. I assume that we are now back to normal crunching operations, but it would be nice if we could get confirmation from the project team.

Übersetzung
Es sieht so aus als wenn der Fristablauf um die CASP9 Resultate einzureichen in der 1. Augustwoche war. Ich nehme deshalb an, dass wir jetzt wieder zum Normalcruncharbeitsablauf zurückgekehrt sind, aber es wäre doch nett, wenn jemand vom Projektteam das bestätigen könnte.


Antwort von Nickhorsky, Message 67166 vom 12.8.10

Server groups: CLOSED on July 24, 2010

Human groups: OPEN until August 20, 2010

Server groups: CLOSED on July 24, 2010

Human groups: CLOSED for regular predictions on July 31, 2010. OPEN until
August 20, 2010 for the refinement experiment.

Will start collecting on August 30, 2010.

Deadline for submission - September 20, 2010.

Registration will open on September 21, 2010
Financial support application deadline - October 6.
Notification of the fellowship recipients - October 15.
Early registration deadline - October 22.
Meeting - December 5-9, 2010, Pacific Grove, California, USA.

Übersetzung
Servergruppen: ABSCHLUSS am 24. Juli 2010
Menschengruppen: OFFEN bis 20. August 2010
Servergruppen: ABSCHLUSS am 24. Juli 2010
Menschengruppen: ABSCHLUSS am 31.Juli 2010 für reguläre Voraussagen, OFFEN bis 20.August 2010 für das Verfeinerungsexperiment
Wir werden am 30. August beginnen alles zusammenzustellen
Fristtermin für Submission – 20. September 2010
Registration wird am 21.September 2010 eröffnet
Fristtermin für Anträge auf finanzielle Unterstützung – 6. Oktober
Benachrichtigung der Stipendiumsempfänger – 15. Oktober
Frühanmeldefristtermin – 22. Oktober
Tagung: 5. – 9. Dezember 2010, Pacific Grove, Californien, USA

Susanne
06.09.2010, 22:45
Mark - Message 67522 - Posted 1 Sep 2010 15:55:47 UTC - in response to Message ID 67166.

Do we have any results on how well rosetta did compared to UW's human team or compared to Foldit, or other research teams?

Übersetzung:
gibt es schon Resultate wie gut Rosetta abgeschnitten hat in Vergleich mit UW’s (? Universität Washington’s) menschlichem Team oder verglichen mit Foldit oder anderen Forschungsteams?

Transient -Message 67523 - Posted 1 Sep 2010 16:36:03 UTC

I imagine intermediate results of CASP9 are available. But as far as I know the definitive report is scheduled for December. Go to this site for more info.
http://predictioncenter.org/casp9/

Übersetzung: - ich kann mir vorstellen, dass umgehende Resultate von CASP vorliegen. Aber soweit ich weiss, ist der ausschlieβliche Bericht erst im Dezember vorausgesehen. Hier gibt’s mehr Informationen.
http://predictioncenter.org/casp9/

David Baker Message 67605 - Posted 6 Sep 2010 6:43:15 UTC

The results are trickling in and looking pretty good, but the definitive analysis won't be available until December at the CASP meeting
____________
Übersetzung: - Die Ergebnisse kommen tropfweise an und sehen ziemlich gut aus, aber die aussagende Analyse wird nicht eher als Dezember beim CASP Treffen erhältlich sein.

Susanne
13.09.2010, 18:39
P.P.L. - Message 67669 - Posted 9 Sep 2010 21:58:13 UTC

Hi.
I'm seeing more tasks with casp9 marked in them now, then when CASP was running how come.

Übersetzung: -
Ich sehe jetzt mehr Arbeit mit casp9 in der Beschreibung als vorher, wo CASP am laufen war, wieso?

Mod.Sense (forum moderator) - Message 67690 - Posted 10 Sep 2010 17:50:06 UTC

It is always good to study further things that have challenged you in the past. At least that was the reason after CASP8. They were seeing if new tweaks would improve the prediction and how much the prediction would have improved with existing methods if there were more crunching time before submitting their prediction.

Übersetzung: -
Es ist immer gut weitere Studien von dem anzustellen, was dich in der Vergangenheit herausgefordert hat. Jedenfalls war das der Grund nach CASP8. Sie wollten sehen ob neue Feineinstellungen die Vorhersagen verbessern würden und um wieviel diese mit bereits bestehenden Methoden und mehr Rechenzeit hätten verbessert werden können bevor sie eingereicht wurden.

Susanne
12.01.2011, 14:36
Message 69175 - Posted 11 Jan 2011 6:36:39 UTC von David Baker/CASP
The CASP9 meeting was very interesting. The general consensus of the assessors this year was that there were a number of groups "at the top", but there were no outright winners-there is a bit of bunching up and many groups did very well by successfully picking from among the models submitted by automated servers (you can imagine this led to a lot of discussion at the meeting). While no group clearly outperformed other groups by a significant margin, the best ab initio structure prediction at the meeting stood out quite clearly. This was a Rosetta@home product entirely-the rosettaServer this year sent jobs out to rosetta@home and then submitted models from the lowest energy clusters. this was without a doubt the best automated ab initio structure prediction in casp.In contrast to our approach with rosetta@home which carries out a large scale search for the lowest energy structure, other groups have developed methods that cleverly exploit information present in the protein structure database, and with the increase in the size of this database, these methods keep working better. I am now very interested in using such information to help guide the search for the lowest energy structure (which is very hard for large proteins), in the same way we have been using experimental data to guide search. Some of the jobs going out in the next months on rosetta@home will be testing approaches for taking advantage of this information.I apologize for the recent system crash. we are beefing up our servers considerably so hopefully this won't happen again for a long time to come.____________

Übersetzung: -

Das CASP Treffen war sehr interessant.

Die Bewerter stimmten dieses Jahr im allgemeinen damit überein, dass eine Anzahl der Gruppen “an der Spitze” waren, es aber keine überzeugenden Gewinner gab. Einige lagen ziemlich dicht aneinander und viele Gruppen schnitten sehr gut ab, indem sie eine erfolgreiche Auswahl der von den automatischen Servern gelieferten Modelle trafen (wie ihr euch denken könnt, führte das beim Treffen zu vielen Diskussionen). Obwohl keine Gruppe im Vergleich mit anderen Gruppen besonders hervorragte, war beim Treffen die beste ab initio Struktur klar zu erkennen. Dies war ein eigenes Rosetta@home Produkt. Der Rosetta Server hat dieses Jahr Arbeit an Rosetta@home geschickt und davon wurden dann Modelle von den niedrigsten Energiegruppierungen eingereicht. Dies war ohne Zweifel die beste automatische ab initio Struktur in CASP.

Im Kontrast zu unserem Vorgang mit Rosetta@home, der eine Groβfahndung nach der niedrigsten Energiestruktur bewirkt, haben andere Gruppen Methoden entwickelt, die sehr geschickt Informationen ausnutzen, die in der Proteinstrukturdatenbank vorhanden sind, und das Anwachsen dieser Datenbank es ermöglicht, dass diese Methoden scheinbar besser zu funktionieren scheinen. Ich interessiere mich nun sehr dafür, solche Informationen zu nutzen, um dabei zu helfen, die Suche nach der niedrigsten Energiestruktur zu lenken (was bei groβen Proteinen sehr schwierig ist), in der gleichen Weise, in der wir in unserer Forschung experimentelle Daten angewandt haben. Einige der Arbeiten, die in den nächsten Monaten bei Rosetta@home anlaufen, werde Methoden testen, diese Informationen auszunutzen.

Entschuldigt bitte den Systemzusammenbruch von neulich. Wir sind dabei unseren Server bedeutend zu verstärken und hoffen, dass das so bald nicht wieder passiert.

Susanne
24.01.2011, 14:02
Message 69435 dazu von Rochester New, wo nur der folgende Link zu dieser Pressemeldung gepostet wurde: -

http://www.redorbit.com/news/health/1975337/university_of_michigan_lab_takes_top_honors_in_wor ldwide_protein/index.html?source=r_health