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Archiv verlassen und diese Seite im Standarddesign anzeigen : SiDock@home



pschoefer
25.10.2020, 20:10
Das Team hinter RakeSearch hat mit SiDock@home test eine BOINC-kompatible Erweiterung des slowenischen Projekts COVID.SI (https://covid.si/en/) aufgesetzt, das nach Liganden für SARS-CoV-2 sucht. Anwendungen (http://188.68.219.141/sidocktest/apps.php) sind derzeit für die 64-Bit-Varianten von Windows (benötigt Visual C++ 2019 Redistributable für Visual Studio 2019 (https://support.microsoft.com/de-de/help/2977003/the-latest-supported-visual-c-downloads)) und Linux verfügbar, die WU-Versorgung ist noch nicht stetig (es steht nicht umsonst test im Projektnamen).

Projekt-Adresse: http://188.68.219.141/sidocktest/
Teambeitritt: http://188.68.219.141/sidocktest/team_join_form.php?id=8

Zur Anmeldung über die Projektseite (http://188.68.219.141/sidocktest/create_account_form.php) wird der dort genannte Einladungscode Crunch_4Science benötigt.

Urs
07.11.2020, 21:46
Habe folgende Meldung erhalten:

sidocktest: Notice from BOINC
This project is using an old URL. When convenient, remove the project, then add https://fightcovid.boinc.ru/sidocktest/
07.11.2020 21:42:43

.ru ist Russland. Also kein Slovenisches Projekt mehr?

Bis jetzt unter win10 nur Errors!

Stiwi
07.11.2020, 22:55
Habe folgende Meldung erhalten:

sidocktest: Notice from BOINC
This project is using an old URL. When convenient, remove the project, then add https://fightcovid.boinc.ru/sidocktest/
07.11.2020 21:42:43

.ru ist Russland. Also kein Slovenisches Projekt mehr?

Bis jetzt unter win10 nur Errors!

Das Boinc-Projekt wrapped ja nur das original Projekt und denke das original Projekt ist in Slowenien und die Betreiber des Boinc Projekts kommen aus Russland.

Die Berechnungsfehler kommen wahrscheinlich deswegen:

Windows application requires the Microsoft Visual C++ Redistributable for Visual Studio 2019.

DerLetzteGermane
28.11.2020, 07:47
Ich habe einige SiDock@home WU gerechnet aber in boincstats wird es nicht angezeigt. Fehler hatte ich keine alles gut unter Windows 10 gelaufen.

HJL
28.11.2020, 09:02
Ich habe einige SiDock@home WU gerechnet aber in boincstats wird es nicht angezeigt. Fehler hatte ich keine alles gut unter Windows 10 gelaufen.

ist in BOINC-Stats und Free-DC noch nicht integriert ..

pschoefer
28.11.2020, 11:46
Die Betreiber der Stats-Seiten wissen schon Bescheid, das Projekts exportiert aber schlicht noch keine XML-Stats, die sie abrufen könnten. Das wird sich erst ändern, wenn der Testbetrieb abgeschlossen ist (https://fightcovid.boinc.ru/sidocktest/forum_thread.php?id=9&postid=163#163).

DerLetzteGermane
28.11.2020, 14:41
Thanks for the update.

pschoefer
05.12.2020, 08:22
Ein erster Zwischenbericht des Projekts, nun auch in einem eigenen Thread:

Fortschrittsbericht vom 04.12.2020
Hallo zusammen!

Hier ist ein Überblick der bisherigen Arbeit.

Erstens haben wir die Bindung von 48% der Liganden-Datenbank an das erste Ziel, 3CL Pro, simuliert. 480 Millionen kleine Moleküle wurden in silico getestet. Das ist gute Arbeit! Jetzt machen wir weiter, um eine Abdeckung von 100% der Datenbank zu erreichen.
Das virtuelle Screening ist eine komplexe Prozedur, welche die Nachbearbeitung von Ergebnissen beinhaltet, von denen einige redundant sind. Der nächste wichtige Schritt wird die Verarbeitung der Ergebnisse und das Untersuchen des von ihnen repräsentierten chemischen Unterraums sein. Es ist wichtig zu verstehen, wie die Bindungsqualität über den Datensatz verteilt ist. Danach wird unser Team effizientere Filterregeln entwickeln.

Zweitens wird das nächste Bindungsziel vorbereitet. Insgesamt sind im Zusammenhang mit SARS-CoV-2 59 Ziele zu untersuchen.

Drittens wurde das neue Bindungssimulationsprogramm CurieMarieDock auf Basis von RxDock entwickelt. Es ist optimiert und läuft schneller. Versionen für Windows, macOS und Linux wurden veröffentlicht. Eine ARM-Version ist in Vorbereitung.

Es ist faszinierend, mit euch allen zu arbeiten! Vielen Dank für eure Teilnahme! Schönes Wochenende.

Mit freundlichen Grüßen,
Natalia
04.12.2020, 19:18:08 MEZ

Originaltext:

2020-12-04: progress report
Hello everyone!

Here is an overview of the work done so far.

Firstly, we have docked 48% of the ligands database to the first target, 3CL Pro. 480 million small molecules were tested in silico. This is a great job! Now we move on to cover 100% of the database.
Virtual screening is a complex procedure that includes post-processing of results, some of them redundant. So the next important step will be processing of the results and studying the chemical subspace they represent. It is important to understand how are the docking scores divided in the dataset. Then our team will develop more efficient filtering rules.

Secondly, the next target for docking is being prepared. Overall, there are 59 targets related to SARS-CoV-2 to investigate.

Thirdly, the new docking software CurieMarieDock has been developed as a fork of RxDock. It is optimised and runs faster. Windows, MacOS and Linux versions are released. ARM version is being prepared.

It is fascinating to work with all of you! Thank you for participating! Have a nice weekend.

With best wishes,
Natalia
4 Dec 2020, 18:18:08 UTC

lugu
11.12.2020, 17:05
Das Projekt wird wohl bald produktiv und kriegt dann auch eine neue URL. WUs gibt es hier derzeit keine mehr.

taurec
17.12.2020, 16:13
Das Projekt ist nun produktiv:

https://www.sidock.si/sidock

Accounts und Credits vom Testing wurden lt. Meldung übernommen. Ich konnte problemlos hinzufügen.

lugu
18.12.2020, 14:42
Und Teilnehmer-Badges für das Testprojekt gibt es auch:

7360

pschoefer
18.12.2020, 15:07
Hier noch die Übersetzung der Ankündigung für den Blog. Den Threadtitel habe ich dann auch einmal entsprechend angepasst. ;)

Produktives Projekt
Liebe Teilnehmer!

Wir freuen uns, den Start des produktiven Projekts bekanntzugeben! :) :) :)

Die Projektadresse lautet https://www.sidock.si/sidock.

Wir haben die Datenbank übernommen, sodass keine Punkte verloren gingen. Das gilt auch für das Forum, ihr könnt auf https://www.sidock.si/sidock/forum_index.php weiterschreiben.

Ein besonderes Abzeichen wurde an alle vergeben, die an der Testphase teilgenommen haben. Lasst uns mit der Anreicherung mit Vitaminen beginnen!

Mit freundlichen Grüßen,
Natalia und hoarfrost
17.12.2020, 11:27:12 MEZ

Originaltext:

Production project
Dear participants!

We are happy to announce the start of production project! :) :) :)

The project's URL is https://www.sidock.si/sidock.

We have transfered the database, so the credits are not lost. The forum too: you can continue on https://www.sidock.si/sidock/forum_index.php.

A special badge was awarded to everyone who took part in project's testing phase. Let's start the vitaminization!

With best wishes,
Natalia and hoarfrost
17 Dec 2020, 10:27:12 UTC

KidDoesCrunch
18.12.2020, 17:44
Und Teilnehmer-Badges für das Testprojekt gibt es auch:

7360

Schade :cry: Verpasst.

bossmaniac
18.12.2020, 20:42
Done. https://www.sidock.si/sidock/project_badges/badge_vitamin-c.png Vitamine C

JayPi
19.12.2020, 17:56
Seit heute ist das Projekt auch bei Boincstats (https://www.boincstats.com/stats/192/user/list/) vertreten und hier unser Team (https://www.boincstats.com/stats/192/user/list/0/0/8).

JayPi
20.12.2020, 07:58
WUProp hat von der Änderung des Projektnamens gestern nichts mitbekommen und führt sidock und SiDock@home als 2 verschiedene Projekte.

Rainer Baumeister
21.12.2020, 10:29
Moin,
so ganz rund läuft die Anmeldung innerhalb des Boinc-Manager unter Linux noch nicht.
Bekam eine englische Meldung, die ich leider auch nicht kopieren konnte.
Habe mich dann händisch auf der Projekt-Seite mit dem Code angemeldet und dann klappte es mit dem Manager.

Gruß, Rainer

AxelS
22.12.2020, 03:51
Das Vitamin C Badge zwar nicht bekommen, aber dafür 100k erreicht und sogar erheblich überschritten.

XSmeagolX
23.12.2020, 11:08
Ich habe das Projekt mal in die SG-Stats integriert

https://stats.seti-germany.de/teamstats/project.php?projectid=sidock

Ab 10:00 Uhr müssten dann auch erste Daten vorhanden sein.

- - - Aktualisiert - - -

So... aber nun ab 13:00 Uhr...
Hatte einen Fehler in der URL in die DB eingetragen...

pschoefer
31.12.2020, 11:07
Kurz vor Jahresende wurden die letzten WUs zum Bindungsziel 3CL Pro verschickt, neue WUs zum nächsten Bindungsziel folgen in ein paar Tagen.

Fertigstellung des ersten Bindungsziels (3CLpro_v3) und Unterbrechung der WU-Versorgung
Hallo Leute!

Wir haben heute den letzten Satz Aufgaben für das erste Bindungsziel, das Protein "corona 3CL pro v3", erzeugt. Außerdem haben wir einen zusätzlichen Satz Aufgaben mit Namen wie "corona_3CLpro_v3_ext_nb3di_0000493_2_replica" erzeugt. Diese sind Kopien von bereits gecrunchten Aufgaben, die zu Testzwecken noch einmal gerechnet werden - um weitere Möglichkeiten zum Validieren der Ergebnisse auszuloten. In den nächsten paar Tagen wird das Projekt keine neuen Aufgaben haben, aber das nächste Bindungsziel und neue Aufgaben kommen bald!

Danke für eure Teilnahme und ein frohes neues Jahr! 2021 steht vor der Tür!
30.12.2020, 23:46:02 MEZ

Originaltext:

First target (3CLpro_v3) completion and outage of work
Hi folks!

Today we generated the last set of tasks for first target - "corona 3CL pro v3" protein. Also we generated additional set of tasks named like "corona_3CLpro_v3_ext_nb3di_0000493_2_replica". This is replica of tasks that we crunch previously and they need for test purpose - for estimate of possible methods of additional validation of results. In next few days project run out of tasks, but next target and tasks is coming soon!

Thank you for participation and Happy New Year! 2021 is coming!
30 Dec 2020, 22:46:02 UTC

HJL
02.01.2021, 06:54
SiDock sendet wieder !

nexiagsi16v
03.01.2021, 14:52
Hab mich mal angemeldet und muss sagen, von dem Systemresourcen ein recht entspanntes Projekt. Da kann man auch älter/langsame Rechner drauf ansetzen. Mein Asus Laptop mit B940 CPU kommt damit gut klar. Hat er nun auch wieder etwas zum crunchen.

HJL
03.01.2021, 16:22
Vitamin E soll ja auch ganz gesund sein ...

7406

marodeur6
03.01.2021, 22:07
Hm, bei mir kommen keine WUs mehr an, obwohl der Server sagt, es gäbe noch welche...

pschoefer
04.01.2021, 08:59
Ich bekam über Nacht auch nichts, seit etwa 8 Uhr geht es wieder.

xii5ku_AT
04.01.2021, 12:05
Hm, bei mir kommen keine WUs mehr an, obwohl der Server sagt, es gäbe noch welche...
Zum Einen ist ja server_status nicht immer top-aktuell.

Zum Anderen ist die Zahl "Tasks ready to send" nur eine Summe über alles. Wir wissen nicht, wie viele Aufgaben davon der Scheduler an "Hinz und Kunz" zu verteilen bereit ist, und wie viele nur an "verlässliche" Rechner abgegeben werden sollen. Das sind Rechner, die in jüngerer Zeit viele richtige Ergebnisse geliefert haben, und zwar innerhalb relativ kurzer Zeit nach Abholen der Arbeit.

Wenn z.B. eine Aufgabe vom User abgebrochen wird oder in einem Fehler endet oder die Deadline überschritten wurde, dann generiert der Server eine neue Aufgabe für dieselbe WU, sendet diese neue Aufgabe aber typischerweise nur an Rechner, die zur Zeit als "verlässlich" gelten. Die Kriterien können m.W. vom Projektadministrator festgelegt werden. Vermutlich gibt es voreingestellte Parameter, und diese oder die vom Admin gewählten können ungünstigenfalls mal zum Schluckauf im Projekt führen, wenn mal sehr viele solcher speziellen Aufgaben in die Warteschlange kommen.

Dies ist aber nur eine Ursache unter mehreren, warum ein konkreter Rechner mal keine Aufgabe bekommt, obwohl der Server insgesamt noch welche zu vergeben hätte. Ob dies gestern bei SiDock zum Tragen kam, weiß ich nicht.

nexiagsi16v
04.01.2021, 13:15
Mein Rechner hat mal zwischen 4 und 5 und dann noch mal zwischen 5 und 6 Uhr keine WUs gezogen. Aber er rechnet noch für andere Projekte, von daher war evtl. auch einfach mal kein Platz mehr da.

Mein i3 8300 mit Linux64bit liegt bei CurieMarieDock v1.00 zwischen 11-21 Minuten und bei RxDock v1.00 zwischen 13-32 Minuten. Mein 10 Jahre alter Intel b940 braucht ca. 3x so lange, aber wie gesagt, bei überschaubarer Systembelastung.

taurec
04.01.2021, 16:40
Habe bei mir TN-Grid und/oder Gaia als Backupprojekt eingestellt mit Prio Null, dann klappt das auch ohne Leerlaufen der Rechner :)

marodeur6
05.01.2021, 09:10
Danke für eure Antworten hier. :thumbup:

Es ist etwas unglücklich, wenn ein Projekt jeden morgen für mehrere Stunden keine WUs ausgibt und ein Limit an zu versendenden WUs pro Rechner hat...
Ich werde mal schauen, wie ich per Script öfter morgens aktualisiere, da ich ein paar Stunden mehr Leerlauf habe, als es sein müsste.

Update: Da meine Rechner unter Windows 10 laufen, habe ich es mit Z-Cron (https://www.z-cron.de/download.html) realisiert.

AxelS
05.01.2021, 17:07
Das Limit der WUs pro Rechner ist offensichtlich an der Anzahl der Cores multipliziert mit zwei festgelegt:
Meine beiden Linux-Hosts mit 16 Kerne pro CPU bekommen 32 WUs gleichzeitig zugeschickt. Ein anderer Linux-Rechner mit 12 Kerne bekommt nur 24 WUs.

Bei meinen Windows-Rechner mit 8 Cores sind es nur 16 WUs.

Es ist seltsam bei diesem Projekt. Immer mein Win-Rechner ist der erste, der zuerst leer läuft. Wobei die anderen Rechner meistens noch WUs bekommen haben. Das beobachte bereits mehrfach seit ca. mitte Dezember letzten Jahres.

nexiagsi16v
05.01.2021, 18:07
Liegt evtl. daran, das für CurieMarieDock 4.800 GigaFLOPS Rechenleistung bereitgestellt wird und für RxDock nur 2.200 GigaFLOPS. Also ein Verhältnis von 2,2:1. Das Verhälts der ungesendet WUs ist aber aktuell nur 1,4:1.
Und nun der Knackpunkt, RxDock gibt es nur für Linux/Mac. Also laufen die er später trocken, weil weniger Rechner dran sind. Bei CurieMarieDock bedienen sich Win/Linux/Mac gleichzeitig.

btw. sie nennen ihren Server "Natalia". Isch bin verliebt. :rolleyes1:

taurec
05.01.2021, 18:29
Ich habe mir bei meinem Ryzen2700x jetzt wie folgt beholfen:
1. app_config.xml: max_concurrent auf 14 gesetzt für SiDock, zwei Threads bleiben für die GPUs
2. cc_config.xml: ncpus auf 128
Nun habe ich 128 WUs vorrätig (es werden anscheinend nur 64 ncpus akzeptiert), sollte reichen für die nächsten 10 Stunden, also besser als vorher mit nur maximal zwei Stunden.
Wenn mehrere Projekte gerechnet werden, müssen natürlich die app_config.xml pro Projekt angepasst werden, so dass die maximale physikalische Kern-/Threadanzahl nicht überschritten wird.

Felix_M_
05.01.2021, 18:40
btw. sie nennen ihren Server "Natalia". Isch bin verliebt. :rolleyes1:

Natalia ist eine der Admins ;)

nexiagsi16v
05.01.2021, 19:09
...ich könnte mein Russisch mal wieder aufbessern, fällt mir grade spontan ein. :D

AxelS
05.01.2021, 19:37
Und nun der Knackpunkt, RxDock gibt es nur für Linux/Mac. Also laufen die er später trocken, weil weniger Rechner dran sind. Bei CurieMarieDock bedienen sich Win/Linux/Mac gleichzeitig.


Das ist mit Sicherheit ein möglicher Punkt. CurieMarieDock werden durch die vielen Win-Rechner schneller weg-gecruncht. Eben weil auch die Linux-Rechner auch daran beteiligt sind. Es ist ja nicht so als ob auf den Linux Kisten nur noch RxDock vorhanden wären. Mein Win-Rechner holt einfach keine neuen WUs. Auch bei neu auf dem Projektserver eingestellte WUs werden von BOINC-Client unter Win nicht abgefragt. Erst das manuelle Anstoßen per Hand oder per Script sorgt für neuen Schwung bei der WU-Versorgung. *schulterzuck*

xii5ku_AT
06.01.2021, 09:05
Hier gibt es Grafiken des Zeitverlaufs von "Tasks ready to send" und "Tasks in progress":
https://munin.kiska.pw/munin/Munin-Node/Munin-Node/results_sidock.html
Darin wird freilich nicht zwischen RxDock und CurieMarieDock unterschieden.

nexiagsi16v
06.01.2021, 18:15
Aktuell: Tasks ready to send 0

Evtl. liegt es auch daran, dass das aktuell Projekt fast durch ist? arget: corona_3CLpro_v3 (%) 99.587

Felix_M_
06.01.2021, 20:12
das ist noch der Status des letzten Targets.

Inzwischen sind wieder ausreichend Tasks verfügbar zum Download

AxelS
07.01.2021, 18:27
Nun haben wir ein neues Target mit neuen Aufgaben:


Status der Berechnung
Research progress
Target: corona_3CLpro_v3 (%) 0.021

[...]
Task data as of 7 Jan 2021, 18:26:38 UTC

pschoefer
14.01.2021, 14:41
Seit ich bei diesem Projekt aktiv bin (mit der CurieMarieDock-Anwendung, da Windows), habe ich auf dem Notebook, an dem ich hauptsächlich meine Zeit verbringe, öfter mit Bildrucklern zu kämpfen bis hin zum Aufhängen des Grafiktreibers. Zunächst fürchtete ich, dass ich die GPU Ende Dezember gegrillt hätte (normalerweise idlet sie, aber da hatte ich sie für die PG-Challenge freigegeben), aber die Probleme sind jeweils verschwunden, als ich SiDock@home letzte Woche einmal vor einem Reboot und letzte Nacht vor der jetzigen PG-Challenge auslaufen ließ. Die CPU ist zwar nicht mehr die allerneueste (i7-2670QM), aber eigentlich ist dieses Projekt ja deutlich friedlicher als etwa LLR, wo alles flüssig läuft. Hat jemand ähnliche Probleme?

Felix_M_
14.01.2021, 15:37
ich konnte auch schon feststellen, dass die CPU stark gefordert wird, auch wenn sie nicht so warm wird wie bei LLR. Scheinbar gibt es hier andere Faktoren, welche hier limitierend wirken.
Ich bekomme mit 10 wus auf 12 cores meinen I7 auch auf 98% auslastung. Rechnerisch wären 8,3% ein Core auf Volllast, 8,3-8,5% ist so das was ich hier sehe, was ein Task benötigt.

xii5ku_AT
17.01.2021, 09:21
Nun haben wir ein neues Target mit neuen Aufgaben:
Das ist nun auch schon wieder zu >80 % abgearbeitet. :-)


Seit ich bei diesem Projekt aktiv bin (mit der CurieMarieDock-Anwendung, da Windows), habe ich auf dem Notebook, an dem ich hauptsächlich meine Zeit verbringe, öfter mit Bildrucklern zu kämpfen bis hin zum Aufhängen des Grafiktreibers. Zunächst fürchtete ich, dass ich die GPU Ende Dezember gegrillt hätte (normalerweise idlet sie, aber da hatte ich sie für die PG-Challenge freigegeben), aber die Probleme sind jeweils verschwunden, als ich SiDock@home letzte Woche einmal vor einem Reboot und letzte Nacht vor der jetzigen PG-Challenge auslaufen ließ. Die CPU ist zwar nicht mehr die allerneueste (i7-2670QM), aber eigentlich ist dieses Projekt ja deutlich friedlicher als etwa LLR, wo alles flüssig läuft. Hat jemand ähnliche Probleme?
Bildruckler -> Vielleicht führen rxdock/cmdock viele Hauptspeicher-Zugriffe aus. Könnte man experimentell herausfinden, indem man mit Dualchannel-RAM und mit Singlechannel-RAM testet. (Wegen CreditNew wäre ein synthetischer Test mit fixer WU günstig.) Oder wer in software engineering zu Hause ist, könnte das womöglich mit einem profiler herausbekommen.

Aufhängen des Grafiktreibers -> Da bin ich ratlos.

pschoefer
19.01.2021, 22:33
Inzwischen sind fast alle WUs zum zweiten simulierten Bindungsziel (PLpro) berechnet, weshalb es gerade wieder einen Engpass gibt. WUs zu weiteren Bindungszielen sind in Vorbereitung.

Meilensteine im Januar
Hallo zusammen!

Der Jahresbeginn war produktiv: 1000 aktive Benutzer und 4000 Rechner!
Mit eurer Hilfe beenden wir das zweite Bindungsziel und arbeiten auf die nächsten Bindungsziele sowie zukünftige Tests im Nasslabor hin.
Danke an alle und gute Gesundheit.

Hoarfrost und Natalia
18.01.2021, 7:24:36 MEZ

Originaltext:

Milestones of January
Hello everyone!

The beginning of the year was productive: 1000 active users and 4000 computers!
With your help, we are finishing the 2nd target, working towards next targets and prospective testing in a wet-lab.
Thanks to everyone and good health.

Hoarfrost and Natalia.
18 Jan 2021, 6:24:36 UTC

nexiagsi16v
21.01.2021, 19:01
Es gibt wieder WUs....

*Edit: Achtung...die WUs haben wohl nur eine Haltbarkeit von 1 Tag! Ich weiß nicht ob das bei den anderen WUs auch so war/ist. Ich hab hier zumindest eine Curie für Windows mit nur 24h.*

Felix_M_
21.01.2021, 19:32
Es gibt wieder WUs....

*Edit: Achtung...die WUs haben wohl nur eine Haltbarkeit von 1 Tag! Ich weiß nicht ob das bei den anderen WUs auch so war/ist. Ich hab hier zumindest eine Curie für Windows mit nur 24h.*

Das von dir aufgeführte Target ist noch das Erste, das Zweite steht darunter.
Ich vermute, bei dir sind resends angekommen, denn neue wus sind schon seit ein par tagen aus.

edit: es sind doch schon wus zum nächsten Target verfügbar

nexiagsi16v
21.01.2021, 20:23
Jup, hab das schon korrigiert. Dachte V3 ist Target 3...und ja, Target_3 WUs sind es mit dem einen Tag Deadline. Ich vermute man hat alle auf die 24h gesetzt, bis alle Target_2 durch sind. Ich hab grad gesehen, das die Target_3 Curie zum Ende hin schneller werden...da springen die Prozente regelrecht. So kamen bei mir anstelle von 60 Minunten, nur 43 raus.

nexiagsi16v
22.01.2021, 13:57
Die WUs haben keinen Checkpoint...Rechner aus und sie fangen wieder bei 0 an.

AxelS
22.01.2021, 16:24
Es sind nicht die WUs, die keine Checkpoints haben, es sind die beiden Programme (cmdock, rxdock), die keine Checkpoints erzeugen/verwalten. :D

taurec
23.01.2021, 08:51
Habe meine Rechner mal auf NNW gesetzt, produzieren fast nur noch:
"Fertig, Bestätigung nicht möglich"
Überprüfung ohne Ergebnis (611) · Gültig (225) · Ungültig (677)

AxelS
23.01.2021, 09:06
Meine Rechner habe ich auch auf NNW bei SiDock gesetzt. Vermutlich läuft der Validator beim Projekt nicht mehr richtig...

bossmaniac
23.01.2021, 16:42
Habe meine Rechner mal auf NNW gesetzt, produzieren fast nur noch:
"Fertig, Bestätigung nicht möglich"
Überprüfung ohne Ergebnis (611) · Gültig (225) · Ungültig (677)

Oh, unschön. Dann werde ich auch mal bremsen bis das gefixed wurde.

pschoefer
24.01.2021, 11:38
Inzwischen kamen wieder ein paar frische WUs, die dann auch sauber validiert wurden. Derzeit wird aber noch am Validator gebastelt, weshalb es auch noch nicht allzu viel Nachschub gibt.

pschoefer
29.01.2021, 18:57
Seit heute werden WUs zum dritten Bindungsziel verteilt, nämlich einer anderen Bindungsstelle des Proteins PLpro. Zudem wurde der Validator überarbeitet, sodass die Validierungsprobleme von vor einigen Tagen endgültig behoben sein dürften.

Drittes Ziel (corona_PLpro_v2)
Hallo zusammen!

Wir freuen uns, die Arbeit am dritten Bindungsziel anzukündigen: PLpro_v2, das gleiche Protein mit einem anderen katalytisch aktiven Zentrum.
Wir setzen die WU-Erzeugung mit einem neuen Validator fort. Darin wurde eine automatische Ergebnisüberprüfung eingebaut, die zuvor für einige Verzögerungen sorgte.

Vielen Dank für eure Unterstützung des Projekts!
29.01.2021, 11:21:40 MEZ

Originaltext:

Third target (corona_PLpro_v2)
Hello everyone!

We are glad to announce work on the third target: PLpro_v2, the same protein with another catalytic active site.
We resume task generation with a new validator. It was implemented to automate result check which caused some delays before.

Thank you all for supporting the project!
29 Jan 2021, 10:21:40 UTC

Lajiola
29.01.2021, 19:31
Wenn ich SIDOCK auf alle Kerne laufen lasse bekomme ich keine Last mehr auf die 5700xt mit moowraper.
Sobald ich einen Task weniger Rechne läuft alles.
Ähnliches Problem bei einer Nvidia GPU.
Keine Ahnung was die Docking Software das verbockt.

AxelS
29.01.2021, 22:25
Nein, die Docking Software verbockt da nichts. Es ist ein CPU Kern für den OpenCL-Treiber der Grafikkarte nötig um diese füttern zu können. Das ist generell so. Auch bei anderen Projekten. Da haben wir, die schon lange hier im Forum dabei sind, schon oft festgestellt.

Bei einer ATI-Grafikkarte mußt Du einen ganzen CPU-Kern freihalten, da sonst der Treiber nicht richtig funktioniert. Bei Nvidia auch nur, wenn ein Projekt für die Berechnung auf der Grafikkarte den OpenCL Treiber einsetzt.

Lajiola
30.01.2021, 07:16
Kann ich so aber nicht bestätigen, wenn ich 24 Threads auf TN-Grid Berechne oder WCG, gibt es keine Probleme.

taurec
30.01.2021, 16:06
Seit heute werden WUs zum dritten Bindungsziel verteilt, nämlich einer anderen Bindungsstelle des Proteins PLpro. Zudem wurde der Validator überarbeitet, sodass die Validierungsprobleme von vor einigen Tagen endgültig behoben sein dürften.
Originaltext:

Jepp, habe bisher keine Probleme mit den neuen WUs.

bossmaniac
31.01.2021, 09:34
Jepp, habe bisher keine Probleme mit den neuen WUs.

Ja, das Problem scheint behoben, 759 Gültige, 0 Ungültige/Fehler.

Urs
31.01.2021, 10:26
Kann ich so aber nicht bestätigen, wenn ich 24 Threads auf TN-Grid Berechne oder WCG, gibt es keine Probleme.

Nicht alle Projekte lasten die Kerne/Threads in gleicher Weise aus. Ebenso den Speicher.
Wenn Du 24 threads auf TN-Grid laufen hast versteckt sich die Zuarbeit zur GPU nur irgendwo.
Entweder alle wus brauchen etwas länger oder eine wu, auf dessen thread sich die Graka mitbediehnt, dauert deutlich länger als die anderen.

nexiagsi16v
01.02.2021, 16:17
Die WUs haben immer noch nur 24h Deadline....das könnte man auch so langsam mal auf 72h oder so erhöhen.

xii5ku_AT
01.02.2021, 17:48
Ich wäre nicht überrascht, wenn vor dem 10.2.2021 um 14:15 UTC (https://www.sidock.si/sidock/forum_thread.php?id=74) bezüglich Deadline noch keine "Lockerungen" erlassen werden.

Eine Verbesserung wäre auch, wenn es auch mal nachts durchgängig neue Arbeit gäbe. Oder als schlechtere Alternative dazu ein erheblich größeres Limit an tasks-in-progress pro aktiver CPU. (Man kann natürlich gegen das Limit gegensteuern, aber das wird wohl nicht im Interesse der Projektadministratoren sein.)

Rainer Baumeister
02.02.2021, 22:06
Amicable Numbers und SiDock zusammen--4CPU und 1gpu--geht auch nicht, bei mir jedenfalls. dann hält 1CPU an und meldet: warten auf Speicher---3Kerne +GPU =kein Problem

Intel(R) Core(TM) i7-7700K CPU @ 4.20GHz [Family 6 Model 158 Stepping 9]
(4 Prozessoren)


NVIDIA GeForce RTX 2080 (4095MB) driver: 461.09 OpenCL: 1.2

Hi Uwe,
gestern zufällig als Versuch auch mal getestet: 16x SiDock und 1x Ami. 24 von 32 GB RAM verbraucht:
Endlich mal etwas mehr.. :-) Ami treibt bei mir auch die Temp der GPU auf 80. Alle 16 Kerne werden genutzt. Boinc auf 100%
Bis dann, Rainer

pschoefer
08.02.2021, 10:53
Die Berechnungen zum vor gut einer Woche begonnenen dritten Bindungsziel (corona_PLpro_v2) sind bereits zu 70% abgeschlossen, ein viertes Ziel steht schon bereit:

Viertes Ziel (corona_RdRp_v1)
Wir freuen uns, das vierte Bindungsziel anzukündigen, corona_RdRp_v1. Dieses Molekül wird in Forschungsarbeiten regelmäßig als potentielles Ziel zur Unterdrückung der Virenvermehrung verwendet. Es handelt sich um die RNA-abhängige RNA-Polymerase (engl. RNA-dependent RNA polymerase, RdRp) von SARS-CoV-2, ein Enzym, welches das Coronavirus SARS-CoV-2 zum Kopieren seines Erbguts und zur Transkription seiner Gene verwendet.
08.02.2021, 9:17:30 MEZ

Originaltext:

Fourth target (corona_RdRp_v1)
We are glad to announce the fourth target, corona_RdRp_v1. This molecule is frequently used in research studies as a potential target to inhibit viral replication. Specifically, it is SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp in short), an enzyme which coronavirus SARS-CoV-2 uses for the replication of its genome and the transcription of its genes.
8 Feb 2021, 8:17:30 UTC

nexiagsi16v
13.02.2021, 20:36
Die WU-Versorgung ist leider immer noch unzuverlässig. Man ist nun zu quorum 2 gewechselt.

xii5ku_AT
14.02.2021, 13:35
War SiDock nicht schon die ganze Zeit auf einem 2er Quorum?

nexiagsi16v
14.02.2021, 17:53
So wie ich das verstanden hab, erst ab target Nr. 4. Darum werden hier wohl auch mehr WUs als wie bei den anderen targets generiert. Wobei aktuell immer noch nix generiert wird...

xii5ku_AT
14.02.2021, 19:29
Die WUs des vergangene Woche beendeten 3. Targets haben minimum quorum = 2 und initial replication = 2. Was vorher war, habe ich nicht in Erinnerung; bin ohnehin noch nicht besonders lange dabei.

nexiagsi16v
18.02.2021, 18:41
Es gibt wieder WUs, aber deren Laufzeit hat sich verdoppelt oder noch mehr. Checkpoint gibt es wohl immer noch nicht und Deadline ist immer noch 24h. Daher fällt das Projekt nun leider für meinen hin-und-wieder-Cruncher flach. Der läuft einfach nicht oft/lang genug.

*edit: es könnte sein, das sich die Laufzeiterhöhung nur bei Windowsrechner vorliegt.*

pschoefer
28.02.2021, 08:51
In der Übersetzung:

SiDock@home wird ein allgemeines Medikamentenforschungsprojekt
Hallo zusammen!

Wir freuen uns bekanntzugeben, dass SiDock@home als allgemeines Medikamentenforschungsprojekt fortgesetzt wird, nicht nur auf das Coronavirus beschränkt! Das bedeutet, dass das Projekt eine lange Lebensdauer haben wird. Wir planen, neue Methoden der Wirkstoffentwicklung zu entwickeln und einzubauen und Wirkstoffforschung für verschiedene Krankheiten durchzuführen.

Nichtsdestotrotz geht unsere erste Mission im Kampf gegen das Coronavirus weiter! Es sind noch viele Ergebnisse zu verarbeiten und weitere Bindungsziele zu erforschen im Rahmen des von COVID.SI (https://covid.si/en/) begonnenen Projekts.

Mit freundlichen Grüßen,
Natalia und das Team
27.02.2021, 15:06:38 MEZ

Originaltext:

SiDock@home becomes a general drug discovery project
Hello everyone!

We are happy to announce that SiDock@home will continue as a general drug discovery project, not limited to coronavirus only! This means that the project will continue for a long time. We aim to develop and incorporate novel methods of drug design and perform drug discovery for different diseases.

Nevertheless, the first mission on fighting the coronavirus continues! There are many results to process and more targets to explore within what started from COVID.SI (https://covid.si/en/) project.

With best wishes,
Natalia and the team.
27 Feb 2021, 14:06:38 UTC

xii5ku_AT
18.03.2021, 14:53
SiDock@home wurde von Formula BOINC (https://formula-boinc.org/index.py?lang=de) als Sprint-Projekt ausgewählt.
Der Sprint ist heute um 12.00 Uhr MEZ gestartet.
Im Sprint zählen alle Ergebnisse, die nach Freitag, 19.03. um 12.00 Uhr MEZ und vor Montag, 22.03. um 12.00 Uhr MEZ validiert werden.
Es ist ein Team-Wettbewerb; interessierte Nutzer müssen sich also nicht für den Wettbewerb registrieren sondern brauchen sich nur ihrem Team anschließen, wenn noch nicht geschehen.
Stündlich aktualisierte Statistiken gibt es bei FB (https://formula-boinc.org/sprint.py?sprint=1&lang=de&year=2021) ab Freitag Mittag.

Ich weiß, dass SETI.Germany nicht in Formula BOINC aktiv ist, hinterlasse diese Information hier aber einfach mal so.

PS, das aktuelle vierte Target ist jetzt zu knapp 84 % abgearbeitet (https://www.sidock.si/sidock/server_status.php). Mal sehen, ob der Rest noch für den Sprint reicht.

pschoefer
18.03.2021, 18:42
Hoffentlich haben die Projektbetreiber nach der allgemeinen Vorwarnung für "vielleicht irgendwann in diesem Jahr" auch eine konkrete Vorabinformation erhalten. Nicht, dass sie morgen früh überrascht sind, wenn alle WUs verschickt wurden, und sich die Bereitstellung des nächsten Bindungsziels dann über das Wochenende hinzieht. Sonst würde das auch wieder denjenigen von uns schaden, die dort gerade sowieso aktiv sind (und somit nolens volens auch an Formula BOINC und wer weiß was für anderen Wettbewerben teilnehmen ;)).

xii5ku_AT
18.03.2021, 22:29
In dieser FB-Saison steht Sébastien ein Komitee zur Seite, dass die Formula BOINC irgendwie mitgestalten soll. (Wie genau, weiß aber vermutlich das Komitee selbst nicht im Einzelnen.) Das Komitee hatte Vorabinformation über das Sprintprojekt. Aber ob dies genutzt wurde, um sich auch frühzeitig mit den Projektbetreibern abzustimmen, das weiß ich nicht. Zur Zeit ist meine Vermutung, dass das weiterhin unterblieben ist.

Zum Glück ist das Horten von Tasks bei SiDock durch die 24-h-Deadline stark eingeschränkt.

Flaeminger
19.03.2021, 16:25
Der Sprint ist gestartet, nach 5 Stunden sind wir auf Platz 6.....

pschoefer
20.03.2021, 08:09
Nach Abschluss der laufenden Arbeit an RNA-abhängiger RNA-Polymerase (RdRp) steht das Hüllprotein (Eprot) von SARS-CoV-2 als nächstes Ziel bereit, genauer die aus jeweils fünf dieser Proteine gebildeten Poren in der Virushülle. Ein ausführlicher Artikel über dieses Protein (https://insidecorona.net/de/das-e-protein-kleine-struktur-grose-wirkung/) findet sich im Blog der Coronavirus Structural Task Force.

SARS-CoV-2-Hüllprotein ist das fünfte Bindungsziel
Unser fünftes Bindungsziel ist das Hüllprotein. Wir haben eine emotionale Beziehung zu diesem Protein, weil wir in der Frühphase unseres Projekts erforscht haben, wie gut es als potentielles Bindungsziel für Wirkstoffe gegen Covid-19 geeignet ist.

Mit einer Kettenlänge von nur 75 Aminosäuren ist das Hüllprotein (engl. envelope protein, E) das kleinste der vier Strukturproteine, die SARS-CoV-2-Partikel ausmachen, und es ist unentbehrlich für die Fähigkeit des Virus, Zellen zu infizieren. Aufgrund von Daten anderer Coronaviren vermuten Forscher, dass Gruppen aus fünf E-Proteinen Poren in der Lipiddoppelschicht der Virushülle bilden. Es gibt jedoch keinen direkten Beweis dafür, weil die Strukturcharakterisierung von Membran-überspannenden Proteinen mit den am häufigsten verwendeten Verfahren - Röntgenkristallographie und Kryoelektronenmikroskopie - schwierig ist. Die Gruppe von Mei Hong am Massachusetts Institute of Technology hat stattdessen Kernspinresonanzspektroskopie verwendet, um die Struktur des E-Proteins aufzulösen und die Porenbildung zu bestätigen (in Nature Structural & Molecular Biology (2020), DOI: 10.1038/s41594-020-00536-8 (https://www.nature.com/articles/s41594-020-00536-8), engl.). Die Gruppe hat auch untersucht, wie zwei Wirkstoffe, Amantadin und Hexamethylenamilorid, an die Pore binden und sie blockieren können. Obwohl diese Wirkstoffe nur schwach an die Pore binden, sagen die Forscher, dass neue Strukturinformationen bei der Entwicklung von Wirkstoffen gegen das Virus helfen könnten.

In unserem virtuellen Hochdurchsatz-Screening (engl. High-throughput virtual screening, HTVS) werden wir eine Milliarde kleiner Moleküle auf die Pore des E-Protein-Pentamers ansetzen. Wir hoffen, ein paar schöne Moleküle zu finden, welche die Pore blockieren können. ;)
19.03.2021, 22:50:22 MEZ

Originaltext:

Fifth Target is SARS-CoV-2 EProtein
Our fifth target is the E protein. We are emotionally attached to this protein because we explored its druggability in the early days of our project in the context of Covid.

At only 75 amino acids long, the envelope protein (E) is the smallest of the four structural proteins that make up the SARS-CoV-2 virus particle, and it is essential for the virus to infect cells. Data from other coronaviruses led researchers to suspect that groups of five E proteins form a pore that spans the lipid bilayer membrane of the virus. However, there was no direct evidence because the structural characterization of membrane-spanning proteins is difficult with the most commonly used techniques - X-ray crystallography and cryo-electron microscopy. Mei Hong's group at the Massachusetts Institute of Technology instead used nuclear magnetic resonance spectroscopy to solve the structure of the E protein and confirm pore formation (Nat. Struct. Mol. Biol. 2020, DOI: 10.1038/s41594-020-00536-8). The group also investigated how two drugs, amantadine, and hexamethylene amiloride, can bind to and block the pore. Although these drugs only bind weakly to the pore, the researchers say the new structural information could help in the development of drugs that target the virus.

In our HTVS, we will screen 1 billion of the small molecules to the pore of the E protein pentamer. We hope to find some nice molecules that can block the pore ;-)
19 Mar 2021, 21:50:22 UTC

xii5ku_AT
21.03.2021, 08:59
Die neuen Arbeitseinheiten dauern zurzeit ungefähr 4-mal so lange wie diejenigen des vorigen Targets.

Allerdings setzt der BOINC-Server immer noch den geschätzten Rechenaufwand der Arbeitseinheiten (<rsc_fpops_est> und <rsc_fpops_bound>) auf dieselben Werte wie zuvor. Dadurch vertut sich der Client bezüglich Fortschrittsanzeige und bezüglich des Einreihens dieser Aufgaben in seiner Warteschlange — bis mehrere der neuen Aufgaben abgearbeitet wurden und der geschätzte <flops>-Wert der Anwendungsversion auf dem Host sich entsprechend angepasst hat.

Auf Hosts, die ausschließlich SiDock@home rechnen, ist das zunächst nur unter seltenen Umständen ein Problem. Wenn der Host aber in mehreren Projekten aktiv ist, könnte er vielleicht etwas spät mit der SiDock-Arbeit anfangen. Aber auch das ist nicht wirklich ein gravierendes Problem, denn wenn die Reporting-Deadline überschritten wird, wird ja das Ergebnis immer noch gewertet, sofern nicht schon 2 andere valide Ergebnisse von schnelleren Hosts eingegangen waren.

- - - Aktualisiert - - -

Die neuesten Tasks haben jetzt 48 h Deadline, statt der bisherigen 24 h.

xii5ku_AT
21.03.2021, 09:35
wenn die Reporting-Deadline überschritten wird, wird ja das Ergebnis immer noch gewertet, sofern nicht schon 2 andere valide Ergebnisse von schnelleren Hosts eingegangen waren.
PS: ...theoretisch. Kommt sicherlich auf die genaue Konfiguration des Validators an.

MiauiKatze
21.03.2021, 09:41
Wenn die Informationen im SG-Eiki aktuell sind, sind einige Teams am überholen. Ist das noch aktuell?

No_Name
22.03.2021, 07:30
Es ist als Formular Boinc Sprint ausgewählt worden, daher sind die anderen Teams aktuell schneller als wir.

Flaeminger
22.03.2021, 12:45
.. und immer noch keinen Checkpoint!
Oder mache ich was falsch?
Rechenzeit z.Z. bei mir über 8 Stunden (ist nur gut für WuProp)
Trotzdem interessant, wie schnell das abgearbeitet wird

PS:
Wir sind übrigens achte im Sprint geworden:x)

taurec
22.03.2021, 14:33
.. und immer noch keinen Checkpoint!
Oder mache ich was falsch?
Rechenzeit z.Z. bei mir über 8 Stunden (ist nur gut für WuProp)
Trotzdem interessant, wie schnell das abgearbeitet wird

PS:
Wir sind übrigens achte im Sprint geworden:x)

Checkpoints gibt es nicht ... leider.

No_Name
22.03.2021, 14:40
Bei einer WU Laufzeit von einer Stunde fande ich es auch nicht schlimm, aber bei den aktuellen ist es doch nervig.

AxelS
23.03.2021, 06:59
Die Deadline wurde bei dem jetzt laufendem Traget auf 72 Stunden erhöht (3 Tage). Auch die Länge der WUs wurde verlängert, laufen einige Stunden bis sie fertig sind...

nexiagsi16v
23.03.2021, 08:03
Mit der Laufzeit und ohne Checkpoints, lohnt das nur noch für 24/7 Maschinen. Da wird ihnen einiges an Rechenpower veloren gehen.

HJL
23.03.2021, 08:52
Mit der Laufzeit und ohne Checkpoints, lohnt das nur noch für 24/7 Maschinen. Da wird ihnen einiges an Rechenpower veloren gehen.

na ja, mit virtuellen Maschinen kannst noch arbeiten, aber grundsätzlich geb ich dir natürlich schon recht !
bin übrigens für die mir noch fehlenden 2 Mio Credits gerade wieder mit drauf ....

xii5ku_AT
01.04.2021, 14:02
Mir fällt gerade auf: Knapp daneben ist auch vorbei. ;-)

7565

No_Name
01.04.2021, 15:52
Ihr könnt ja noch einen Sprint hinlegen ;)

pschoefer
25.04.2021, 09:33
SiDock@home ist nun ein halbes Jahr alt, wird sich kommende Woche noch beim BOINC Workshop präsentieren und bereitet rechtzeitig für ein Großereignis (https://www.seti-germany.de/boinc_pentathlon/) den Umzug auf einen neuen Server vor. Zur Vorbereitung dieses Umzugs werden vorübergehend keine neuen WUs verteilt.

Ein halbes Jahr, der BOINC Workshop und ein Umzug auf einen neuen Server
Hallo zusammen!

Heute feiern wir sechs Monate SiDock@home. Vielen Dank für eure starke Unterstützung! Lasst uns den aktuellen Stand zusammenfassen:

Wissenschaft. Wir führen die Nachbearbeitung der erhaltenen Ergebnisse und gleichzeitig das virtuelle Screening für das fünfte Bindungsziel durch. Nachdem wir bereits Ergebnisse für einige Bindungsziele haben, konzentrieren wir uns auf die viralen Proteasen und sind dabei, physische Proben von chemischen Verbindungen für Tests im Nasslabor zu beschaffen. Wir werden das Projekt am 28. April beim BOINC Workshop (https://www.boincworkshop.org/schedule) (engl.) vorstellen. Die Veranstaltung beginnt um 18:00 MESZ, unser Vortrag um 18:40 MESZ.

Gesellschaft. Die Organisatoren des BOINC Pentathlon (https://www.seti-germany.de/boinc_pentathlon/) haben SiDock@home als diesjähriges Marathon-Projekt ausgewählt. Die Marathon-Disziplin wird am 30. April bekanntgegeben und läuft zwei Wochen vom 5. bis einschließlich 18. Mai.

Technisches. Vor dem BOINC Pentathlon planen wir, auf einen neuen physischen Server umzuziehen. Die Projektadresse wird gleich bleiben. Aber wir werden die Erzeugung neuer Aufgaben anhalten und das Projekt wird 1-2 Tage nicht erreichbar sein. Wir werden außerdem so bald wie möglich Checkpoints einbauen.

Liebe Grüße,
das SiDock@home-Team
23.04.2021, 11:19:03 MEZ

Originaltext:

Half a year, the BOINC Workshop and a move to the new server
Hello all!

Today we celebrate six months of SiDock@home. Thank you for lots of support! Let us summarize the current state:

Science. We are post-processing the obtained results and simultaneously performing virtual screening for the 5th target. With results obtained for several targets, we focus on viral proteases and are in the phase of getting physical samples of compounds for wet-lab testing. We will present the project at the BOINC Workshop (https://www.boincworkshop.org/schedule) on April 28. The event starts at 09:00 PDT / 12:00 EDT / 18:00 CEST / 19:00 EEST, our talk is at +00:40.

Society. The BOINC Pentathlon (https://www.seti-germany.de/boinc_pentathlon/) team selected SiDock@home as this year's Marathon project. The Marathon discipline is announced on 30 April and runs for two weeks from 05 through 18 May.

Technicals. Before the BOINC Pentathlon, we plan to move to a new physical server. The URL will stay the same. But we stop generating tasks and the project will be unavailable for 1-2 days. Also, we are implementing checkpoints as soon as possible.

Best wishes,
SiDock@home team
23 Apr 2021, 10:19:03 UTC

xii5ku_AT
25.04.2021, 11:26
ein halbes Jahr, ein neuer Server und vorausgeworfene Schatten
Diese Vorausverschattung ist UPF-50+-zertifiziert nach DIN EN 13758-2.

Felix_M_
25.04.2021, 12:28
Spoiler-Alarm :Pfeif: :Pfeif: :Pfeif:





Gesellschaft. Die Organisatoren des BOINC Pentathlon (https://www.seti-germany.de/boinc_pentathlon/) haben SiDock@home als diesjähriges Marathon-Projekt ausgewählt. Die Marathon-Disziplin wird am 30. April bekanntgegeben und läuft zwei Wochen vom 5. bis einschließlich 18. Mai.

No_Name
30.04.2021, 11:29
Ist der Umzug nun eigentlich abgeschlossen?

Konnte im Projektforum nichts finden.

pschoefer
30.04.2021, 11:47
Eine vollständige Vollzugsmeldung gab es noch nicht, aber das Projekt läuft inzwischen auf dem neuen Server.

nexiagsi16v
30.04.2021, 13:52
Gibt eine neue Anwendungsvariante "CurieMarieDock on BOINC + zipped input". Schienbar noch im Probiertmodus, da aktuell nur 3 WUs auf dem Server. Ich hoffe sie versuchen es nicht wärend des Pentathlon zu entbuggen.

No_Name
10.05.2021, 10:57
Gibt es mittlerweile zufällig Checkpoints?

taurec
10.05.2021, 11:00
Gibt es mittlerweile zufällig Checkpoints?

nix gemerkt bisher von Checkpoints ....

Urs
10.05.2021, 19:00
Laufzeit und Punkte erhöht. Mag aber an der aktuellen config liegen.

pschoefer
22.05.2021, 16:12
Seit zwei Tagen ist für Windows und Linux nun die neue Anwendungsversion im Einsatz (für macOS noch nicht), bei der nach jedem Liganden der Zwischenstand der Berechnungen gespeichert wird, sodass die Berechnungen nicht mehr von vorne beginnen, falls z.B. der Rechner neu gestartet wurde. Außerdem stellt das Projekt jetzt auch ohne größere Bastelarbeit eine Anwendung für 32-Bit-Linux auf ARM-CPUs bereit.

Freigabe von CmDock v0.1.2
Hallo zusammen,

wir freuen uns, die neue Anwendungsversion mit Checkpoints anzukündigen, CmDock v0.1.2 (cmdock-boinc-zip 2.0 im BOINC-Projekt). Derzeit ist diese Version für 64-Bit-Windows, 64-Bit-Linux und Raspberry Pi im Einsatz (beachtet für RPi bitte diesen Thread (https://www.sidock.si/sidock/forum_thread.php?id=110&postid=925) [engl.], falls ihr eine Anleitung zur Einrichtung des Clients benötigt).

Die neue Version wurde getestet, aber nicht auf jedem existierenden Rechner. Falls es Probleme gibt, meldet diese bitte.

Danke euch allen für eure Teilnahme!
20.05.2021, 18:00:11 MEZ

Originaltext:

Release CmDock v 0.1.2
Hello everyone,

We are glad to announce the new app version with checkpoints, CmDock v 0.1.2 (cmdock-boinc-zip 2.0 in the BOINC project). Currently it is implemented for Windows 64bit, Linux 64bit and Raspberry Pi (for RPi, please check this thread (https://www.sidock.si/sidock/forum_thread.php?id=110&postid=925) if you need instructions on configuring the client).

The new release has been tested, but not on every existing computer. In case of any problems, please report.

Thank you all for participation!
20 May 2021, 17:00:11 UTC

Isenherz
24.05.2021, 13:46
MMh, die WUs laufen jetzt seit 1 Tag und 7 Stunden auf dem Odroid C2 :confused: Ob die auch ohne fehler laufen? (Deren Anwendung, eure hab ich da gerade nicht implementiert) Auf dem C1er blockiert gerade noch Einstein das Projekt.

xii5ku_AT
28.05.2021, 17:56
Das nenne ich Fortschritt!
https://www.sidock.si/sidock/forum_thread.php?id=127
"cmdock-boinc-zcp has been released… with (z)ipped input, (c)heckpoints and enhanced (p)rogress bar."

Isenherz
28.05.2021, 20:43
Lorbeeren für pschoefer und walli:

Thanks to the CmDock team and pschoefer & walli for the release!

Danke für eure arbeit mit den Checkpoints!

Felix_M_
29.05.2021, 10:07
macht so weiter und bald ist jedes Projekt optimiert bis zu geht nicht mehr :)

Respekt, dass ihr euch da so reingefuchst habt, ist ja jetzt nicht das erste Projekt, dem ihr geholfen habt. sgaktiv

nexiagsi16v
29.05.2021, 13:45
Ich hoffe es wurde ein SG-Hack einbaut...so 3x Punktezahl für SG-Mitglieder :D
Ansonsten Top-Nummer! sgaktiv

walli
29.05.2021, 14:29
Moment, langsam!

pschoefer und ich hatten uns lediglich die Sache mit der Fortschrittsberechnung angesehen, mit den Checkpoints haben wir nichts zu tun :).

Ausserdem wurde unser Vorschlag nicht genau übernommen und sie haben durch ihre eigene Lösung wohl auch direkt einen Bug eingebaut: https://www.sidock.si/sidock/forum_thread.php?id=127#983.

Isenherz
29.05.2021, 16:13
Moment, langsam!

pschoefer und ich hatten uns lediglich die Sache mit der Fortschrittsberechnung angesehen, mit den Checkpoints haben wir nichts zu tun :).

Ausserdem wurde unser Vorschlag nicht genau übernommen und sie haben durch ihre eigene Lösung wohl auch direkt einen Bug eingebaut: https://www.sidock.si/sidock/forum_thread.php?id=127#983.

Ups, wenn man seine eigenen Sachen mach ;-D Haben die das nicht getestet? Hätte jetzt gedacht, das Sie das testen.

Aber trotzdem danke an euch beide, denke sonst hätte das nicht so schnell geklappt.

pschoefer
31.05.2021, 19:59
Inzwischen ist der vor einigen Wochen angekündigte Vortrag zum Projekt beim virtuellen BOINC Workshop auf YouTube verfügbar (https://youtu.be/bzkFI1HRzLE) (engl.). Zudem sei noch die bereits diskutierte Meldung zur neuen Anwendungsversion übersetzt:

Freigabe von CmDock v0.1.3
Liebe Teilnehmer!

Die folgenden Änderungen werden transparent sein, aber falls ihr euch für technische Einzelheiten interessiert, so sind diese hier aufgelistet. Die neue Anwendung cmdock-boinc-zcp wurde freigegeben und beinhaltet die neue CmDock-Version 0.1.3 mit gezippten Eingabedateien, Checkpoints und einer erweiterten Fortschrittsanzeige (engl. progress bar). Zusätzlich wird ein neues Docking-Experiment unter neuem Protokoll begonnen.

Danke an das CmDock-Team sowie pschoefer (https://www.sidock.si/sidock/show_user.php?userid=751) & walli (https://www.sidock.si/sidock/show_user.php?userid=3398) für diese Version!
28.05.2021, 12:07:44 MEZ

Originaltext:

Release CmDock v 0.1.3
Dear participants!

The following changes will be transparent, but if you are interested in technical details, then here they are. A new application cmdock-boinc-zcp has been released, including the new CmDock v0.1.3 release with (z)ipped input, (c)heckpoints and enhanced (p)rogress bar. In addition, a new docking experiment will begin under a new protocol.

Thanks to the CmDock team and pschoefer (https://www.sidock.si/sidock/show_user.php?userid=751) & walli (https://www.sidock.si/sidock/show_user.php?userid=3398) for the release!
28 May 2021, 11:07:44 UTC

bossmaniac
01.06.2021, 08:10
Lorbeeren für pschoefer und walli:

Thanks to the CmDock team and pschoefer & walli for the release!

Danke für eure arbeit mit den Checkpoints!

Dem schieße ich mich an. Danke, nun kann man guten gewissens Rechenleistung spenden. :thumbup:

- - - Aktualisiert - - -

7703
Wobei.. so ganz sauber läufts noch nicht...

Felix_M_
02.06.2021, 14:25
Komisch, bei mir läufts mit gescheit angezeigten Zeiten. 1 Ungültige WU hab ich zwar, aber ich denk das ist okay

pschoefer
11.07.2021, 08:46
Inzwischen haben biologische Testreihen mit 30 potentiellen Liganden für die 3C-ähnliche (engl. 3C-like protease, 3CLpro) und die papain-ähnliche Protease (engl. papain-like protease, PLpro) des Coronavirus SARS-CoV-2 begonnen, die Ende letzten Jahres/Anfang dieses Jahres von SiDock@home identifiziert wurden. Die umfangreichen Berechnungen zum derzeitigen fünften Bindungsziel (dem Hüllprotein) sind nun zu gut zwei Fünfteln abgeschlossen.

Projektstatus im Juli 2021
Hallo zusammen,

unsere Forschung schreitet voran! Mitarbeiter haben gerade mit der biologischen Auswertung von 30 chemischen Verbindungen begonnen, die von SiDock@home für die Bindungsziele 3CLpro und PLpro ausgewählt wurden. Die biologische in-vitro-Auswertung arbeitet mit den vielversprechendsten Ergebnissen, die eure Rechner in silico ausgewählt haben. Der Vorgang ist iterativ und wird aus hunderten Experimenten bestehen.

Mit eurer Hilfe haben wir bereits vier Bindungsziele und 43% des fünften bearbeitet. Weitere WUs werden auf Basis der biologischen Auswertung und der neuesten wissenschaftlichen Erkenntnisse über die Bindungszeile erzeugt.

Vielen Dank und beste Grüße,
das SiDock@home-Team
09.07.2021, 19:21:50 MEZ

Originaltext:

Project status: July 2021
Dear all,

Our research is going on! Collaborators just started biological evaluation of 30 chemical compounds selected in SiDock@home for targets 3CLpro and PLpro. Biological evaluation in vitro works with the most prospective results that your computers have selected in silico. The process is iterative and will involve hundreds of experiments.

With your help, we have already processed 4 targets and 43% of the fifth one. Further workunits will be created basing on the biological evaluation and the latest scientific knowledge about the targets.

Many thanks and best wishes,
Team of SiDock@home
9 Jul 2021, 18:21:50 UTC

pschoefer
28.08.2021, 19:03
Das Projekt wird die laufenden Berechnungen zum Hüllprotein des Coronavirus SARS-CoV-2 unterbrechen, um sich drei möglichen Angriffspunkten an der 3C-ähnlichen Protease (https://insidecorona.net/de/protein/nsp5-hauptprotease/) (auch: Hauptprotease) zu widmen.

Bindungsziele sechs, sieben und acht
Liebe Teilnehmer,

wir haben drei neue Bindungsziele für euch vorbereitet! Alle basieren auf der 3C-ähnlichen Protease (engl. 3C-like protease, 3CLpro), einem Hauptziel der Suche nach antiviralen Medikamenten wegen ihrer zentralen Rolle bei der Vermehrung des Virus. Ein weiterer Grund, sie auf unserer Prioritätenliste nach oben zu setzen, ist, dass wir eine gute Möglichkeit haben, interessante Ergebnisse im Labor zu testen. Die Bindungsziele 6, 7 und 8 sind mittels Röntgenuntersuchung identifizierte allosterische Zentren von 3CLpro (https://science.sciencemag.org/content/372/6542/642.full) (engl.). Wir werden eine begrenzte Anzahl WUs erzeugen, um sicherzustellen, dass alles funktioniert, und dann ein vollständiges Screening der neuen Ziele beginnen. Wir werden dazu die Bearbeitung von Bindungsziel 5 vorübergehend pausieren.

Mit besten Grüßen,
das SiDock@home-Team
28.08.2021, 17:18:49 MEZ

Originaltext:

Targets six, seven, eight
Dear participants,

we have prepared three new targets for you! They all base on 3CLpro protein, a prime target for antiviral drug discovery because of its central involvement in virus replication. Another reason to put them high on the list is that we have a good possibility to test interesting results in a lab. The targets 6, 7 and 8 are X-ray identified allosteric sites on 3Clpro (https://science.sciencemag.org/content/372/6542/642.full). We will make a limited number of workunits to ensure everything works fine, and then launch full-scale screening on the new targets. We will temporarily pause processing of Target 5 in favour of the new ones.

With best wishes,
Team SiDock@home
28 Aug 2021, 16:18:49 UTC

pschoefer
12.09.2021, 22:45
Um die Arbeit an den kürzlich eingestreuten drei Bindungszielen in der Hauptprotease von SARS-CoV-2 zu beschleunigen, veranstaltet SiDock@home einen Teamwettbewerb über das BOINCstats-Challengesystem (https://www.boincstats.com/stats/challenge/team/chat/1094) (wo SETI.Germany automatisch für alle Wettbewerbe angemeldet ist).

Gewertet werden alle Punkte, die nach dem 15.09. um 2:00 MESZ und vor dem 22.09. um 2:00 MESZ gutgeschrieben werden (auch wenn die WUs schon vor Beginn heruntergeladen wurden). Die drei besten Teams werden ähnlich wie beim Marathon des diesjährigen BOINC Pentathlon mit einem Abzeichen ausgezeichnet, das in diesem Fall die Strukturformel des roten Farbstoffes Häm b abbildet.


SiDock@home September Sailing
Liebe Teilnehmer,

eure Rechner bearbeiten gerade drei Zielproteine auf einmal. Wegen der kurzen Laufzeiten und (vor allem) der freundlichen Mitwirkung der Teilnehmer und ihrer Teams werden die Daten schnell bearbeitet, und wir danken euch allen dafür.
Wir kündigen einen neuen Team-Wettbewerb an, SiDock@home September Sailing (https://www.boincstats.com/stats/challenge/team/chat/1094). Die Gewinner erhalten folgende Abzeichen:
1. Platz:
https://www.sidock.si/sidock/project_badges/badge_challenge_2021-09_heme_1st_place.png

2. Platz:
https://www.sidock.si/sidock/project_badges/badge_challenge_2021-09_heme_2nd_place.png

3. Platz:
https://www.sidock.si/sidock/project_badges/badge_challenge_2021-09_heme_3rd_place.png

Häm b (https://de.wikipedia.org/wiki/H%C3%A4me_(Stoffgruppe)), der bekannte Ligand im Hämoglobin-Komplex (https://de.wikipedia.org/wiki/H%C3%A4moglobin), hilft beim Sauerstofftransport in unserem Blutkreislauf. Wie wir heute wissen, ist es aus nur zwei Mutationen entstanden, die im Genom eines Vorfahren der heutigen Wirbeltiere vor mehr als 400 Millionen Jahren aufgetreten ist [1,2].

[1] https://phys.org/news/2020-05-reveal-complex-hemoglobin-resurrecting-ancient.html (engl.)
[2] Pillai, A.S., Chandler, S.A., Liu, Y. et al. "Origin of complexity in haemoglobin evolution" (Ursprung der Komplexität in der Evolution von Hämoglobin). Nature 581, 480–485 (2020) (https://doi.org/10.1038/s41586-020-2292-y) (engl.)
12.09.2021, 9:19:15 MEZ


Originaltext:

SiDock@home September Sailing
Dear participants!

Just now, your computers are hitting three protein targets at once (https://www.sidock.si/sidock/forum_thread.php?id=140). Due to the low runtimes and (mainly) the friendly contributions of participants and their teams, the data is being processed fast, and we express our gratitude to all of you.
We announce a new competition between teams, SiDock@home September Sailing (https://www.boincstats.com/stats/challenge/team/chat/1094). Top winners will get the badges:
1st place:
[img]

2nd place:
[img]

3rd place:
[img]

Heme B (https://en.wikipedia.org/wiki/Heme_B), the well-known ligand in the complex of Hemoglobin (https://en.wikipedia.org/wiki/Hemoglobin), helps to carry oxygen in our bloodstream. As we know today, it has emerged from just two mutations that occurred in genome of one of predecessors of modern vertebrates more than 400 million years ago [1,2].

[1] https://phys.org/news/2020-05-reveal-complex-hemoglobin-resurrecting-ancient.html
[2] Pillai, A.S., Chandler, S.A., Liu, Y. et al. Origin of complexity in haemoglobin evolution. Nature 581, 480–485 (2020) (https://doi.org/10.1038/s41586-020-2292-y).
12 Sep 2021, 8:19:15 UTC

walli
15.09.2021, 02:39
Tjoa, offiziell läuft die Challenge bereits seit über anderthalb Stunden, aber noch immer gibt es keinerlei Stats (https://www.boincstats.com/stats/challenge/team/chat/1094). Bei einer vorherigen SiDock@home-Challenge bei BOINCstats gab es alle 15 Minuten grafische und alle 60 Minuten tabellarische Datenpunkte in den Statistiken, bisher gibt es nicht einmal eine Art Bestätigung, dass überhaupt Initialdaten abgerufen und importiert werden konnten. Die Webseite von SiDock@home ist auch schon seit vielen Stunden extrem laggy und nicht selten kommt es zu Timeouts...

Aktuell versuche ich ein paar Results durch die Leitung zu drücken, aber der Server scheint gerade mit allem komplett überfordert zu sein.

Ich bin schon sehr auf eine Reaktion seitens des Projekts gespannt...

Dennis-TW
15.09.2021, 03:36
Die Stats sind soeben erwacht :)

Die Frage ist nur, ob jetzt die Credits seit 2 Uhr als Initialdaten gewertet wurden oder nur die Credits der letzten Stunde. Wahrscheinlich letzteres, weil ein paar 2:xx Uhr WUs von mir nicht in der Wertung sind.

Mit dem Upload des Bunkers noch mal wartend...

pschoefer
15.09.2021, 06:33
Wenn ab 2:30 UTC/4:30 MESZ die ersten Zahlen angezeigt wurden, wird BOINCstats wohl um 2:15 UTC/4:15 MESZ erstmals mit dem Stats-Abruf durchgekommen sein. Also fehlen die ersten zweieinviertel Stunden. Seitdem gab es offenbar keine Probleme mehr, die Grafiken haben alle 15 Minuten einen neuen Datenpunkt.

No_Name
15.09.2021, 07:30
Aktuell gehen bei mir mehr WUs raus wie ich reinbekomme. Nun versuche ich, mit einem Tag Puffer die Kisten zu beschäftigen.

Felix_M_
15.09.2021, 07:50
Hab meinen PC mit Script voll bekommen, und das sogar recht schnell



:start
"C:\Program Files\BOINC\boinccmd.exe" --project https://www.sidock.si/sidock/ update
timeout /T 15
GOTO start

Dennis-TW
15.09.2021, 07:56
Ja, so kommt es hin.

Erster Dateneintrag 2:30 Uhr UTC zur Referenz 2:15 UTC und von daher Aktualisierung der stündlichen Tabelle jeweils um xx:30 Uhr + ein paar Minuten.

Beim Problem der WU Versorgung hoffe ich, dass ihnen im Laufe des Tages noch was besseres als jetzt einfällt. An der Menge liegt es ja wohl nicht, wohl aber an der Verteilung.

pschoefer
15.09.2021, 08:05
Laut Serverstatus-Seite arbeiten sie nun schon mit mehreren Feedern. Ich fürchte aber, dass der Flaschenhals erst dahinter kommt.

Die Tabelle bei BOINCstats wird übrigens auch alle 15 Minuten aktualisiert, nur werden da nicht alle Datenpunkte angezeigt.

Dennis-TW
15.09.2021, 08:35
Die Tabelle bei BOINCstats wird übrigens auch alle 15 Minuten aktualisiert, nur werden da nicht alle Datenpunkte angezeigt.
Ah ok, jetzt hab ich es auch geschnallt. Zudem, dass die Werte bei -1:00, -2:00 usw. nicht die jeweiligen Stundencredits sind (hatte ich mich schon gefreut)

Sehr verwirrend das Ganze und nicht so schön wie man das woanders her kennt ;) Aber trotzdem auch brauchbar, wenn man um die Unterschiede weiß.

Und in Sachen WU Versorgung hab ich jetzt erstmal 24 Stunden Ruhe :cool:

pschoefer
15.09.2021, 08:53
Nun wird es noch verwirrender; die Tabelle zeigt alle Teams bis auf TSBT mit 0 Punkten, die Grafiken wurden aber sauber aktualisiert, sodass es wohl nicht an einem fehlerhaften Abruf der Daten vom Projekt liegt. :confused:

Dennis-TW
15.09.2021, 09:21
Die Challenge heißt ja "September Sailing"

Wird langsam Zeit für ein paar Segelmetaphern :D

Bei dem Gegenwind momentan ist es ja kein Wunder, dass der Server ständig im Zickzack hart am Wind (https://de.wikipedia.org/wiki/Kurse_zum_Wind#Am_Wind) fahren muss. Vielleicht ist er aber auch schon gekentert. :undecided:

pschoefer
15.09.2021, 11:44
Die zusätzlichen Segel waren wohl so löchrig, dass sie laut Serverstatus-Seite wieder eingeholt wurden. WU-Versorgung ist trotzdem nicht schlechter als zuvor, irgendwann kommt immer etwas.

Leider gibt es keine gute Segelschule, wo man das Boot unter den Bedingungen testen kann, denen es dann auf dem Ozean ausgesetzt ist. Hoffentlich ist dieser Schwerwettertörn wenigstens lehrreich. ;)

taurec
15.09.2021, 11:54
Sorry Team, bekomme bei SiDock nix, bin aber auf einem anderen Törn ;)

Edit: Kaum geschrieben trudelt doch so eine WU ein :cool:

ID4
15.09.2021, 12:18
Sorry Team, bekomme bei SiDock nix, bin aber auf einem anderen Törn ;)

Edit: Kaum geschrieben trudelt doch so eine WU ein :cool:

Leider hilft zur Zeit wohl nur eine Bat Datei die alle 20 Sekunden nach Arbeit fragt.


Viel mehr ärgert mich eigentlich, dass Walli s und mein erster Bunker mit jeweils 2048 WU nicht in der Wertung sind. :( :cry: :ranting: :boxen:

No_Name
15.09.2021, 13:26
Also ich frage alle 5 Minuten nach, sonst hat der Server ja keine Chance mehr ;)
Aktuell sind alle Rechner versorgt, aber es kommen gerade auch wieder weniger WUs nach.

xii5ku_AT
15.09.2021, 13:46
Leider hilft zur Zeit wohl nur eine Bat Datei die alle 20 Sekunden nach Arbeit fragt.
Ich habe gestern Abend vier Rechner nach SiDock geschaltet, also noch vor nominellem Beginn des Wettkampfs. (Weil ich nur dann dazu Zeit hatte.) Ich habe selbstverständlich ebenfalls ein Updater-Skript zum Füllen der Rechner benutzt. Jedoch zählt das Skript zunächst, wie viele Tasks gerade auf dem Client sind, und löst nur dann ein Update aus, wenn weniger als eine definierte Anzahl auszuführender Tasks vorhanden sind oder mehr als eine definierte Anzahl zu meldender Resultate da sind. Anderenfalls lässt das Skript den Client und Server in Ruhe.

Das Skript hat nur während knapp einer halben Stunde nach Start der Clients mehrere Updates ausgelöst. Danach haben die Clients ihre Puffer ganz allein hinreichend voll gehalten. (Mit hinreichend meine ich aber mehr als die zurzeit projektseitig vorgesehenen 2 tasks in progress/CPU. Dieses Limit war OK bei den vormals 8 Stunden Laufzeit pro SiDock-Task, aber mit den jetzt 30 oder 20 Minuten pro Task ist dieses Limit doch etwas unzweckmäßig.)

Diese Anmerkung mit der kleinen Fallabfrage im Skript hinterlasse ich hier einfach mal so als Anregung. In bash ist das trivial zu implementieren, in MS-DOS .bat sollte das aber auch nicht all zu kompliziert sein.

Dennis-TW
15.09.2021, 14:10
Viel mehr ärgert mich eigentlich, dass Walli s und mein erster Bunker mit jeweils 2048 WU nicht in der Wertung sind.
Ärgerlich, sicherlich.

Ist mir auch mal beim Seti WOW-Event passiert, zieht die Stimmung erstmal richtig runter.

Aber genau so wie das Wissen um Skripte und ncpus gehört zum Wissen für Challenges auch dazu, erst mal zu schauen, dass die Statistik läuft. Ich hatte einen kleinen Bunker und zwei Rechner live. Als ich nach 4 Uhr (deutscher Zeit) gesehen hatte, dass die Stats noch immer komplett leer sind, bin ich gleich hierher und hab gesehen, dass walli das auch schon gemerkt hat (ansonsten hätte ich es geschrieben). Letztlich hab ich erst nach 6 Uhr hochgeladen, als die Stats dann stabil liefen.

ID4
15.09.2021, 14:17
Ärgerlich, sicherlich.

Ist mir auch mal beim Seti WOW-Event passiert, zieht die Stimmung erstmal richtig runter.

Aber genau so wie das Wissen um Skripte und ncpus gehört zum Wissen für Challenges auch dazu, erst mal zu schauen, dass die Statistik läuft. Ich hatte einen kleinen Bunker und zwei Rechner live. Als ich nach 4 Uhr (deutscher Zeit) gesehen hatte, dass die Stats noch immer komplett leer sind, bin ich gleich hierher und hab gesehen, dass walli das auch schon gemerkt hat (ansonsten hätte ich es geschrieben). Letztlich hab ich erst nach 6 Uhr hochgeladen, als die Stats dann stabil liefen.

Beim Walli waren es sogar 4096 WU für das Klo.

CHALLENGE BEGINN SOLLTE UM 2 UHR DEUTSCHER ZEIT SEIN UND NICHT UM 4 ODER SONSTWANN!!!

Wir haben ja schon bis nach 3 Uhr gewartet, aber wie lange sollen wir denn warten?

1. Hatte mein Rechner keine Arbeit mehr.
2. will ich ja irgendwann mal ins Bett.


Wir können ja mal den UTC 0 Scheiß aufhören und das ganze EU freundlicher machen.
Challenges beginnen UTC 12.......

Sollen sich doch mal andere Erdteile die Nacht um die Ohren schlagen! :ranting:

xii5ku_AT
15.09.2021, 14:32
Diese winzigen SiDock-Tasks bunkern ist schon ziemlich aufwändig. Hut ab vor allen, die sich der Mühe unterzogen haben. (Ich hatte diesmal dazu keine Zeit. Bin auch eher spät auf die Challenge aufmerksam geworden.)

Dennis-TW
15.09.2021, 15:14
Ich dachte mir schon, dass dazu keine freundliche Antwort kommt :p


Wir haben ja schon bis nach 3 Uhr gewartet, aber wie lange sollen wir denn warten?
Bis die Challenge offiziell beginnt. Und das tut sie - kann sie nur tun - wenn der Statsexport geklappt hat.


Wir können ja mal den UTC 0 Scheiß aufhören und das ganze EU freundlicher machen.
Musst du dem Organisator der Challenge so mitteilen (der ja selbst in Slowenien und Russland/Moskau sitzt)

Oder den Bunker so planen, dass er zu einer dir angenehmen Zeit geleert werden kann. Das würde übrigens auch das Problem mit den verspäteten Stats lösen.


Sollen sich doch mal andere Erdteile die Nacht um die Ohren schlagen! :ranting:
Mir egal.

Ich bin noch nie wegen Boinc bis 3 Uhr nachts wach geblieben und würde es auch nie tun. Entweder plane ich in dem Fall vor oder steige erste später ein, oder gar nicht. Es gibt da auf jeden Fall mehr als eine Möglichkeit.

Jetzt ist es nun einmal schief gegangen, beim nächsten Mal läuft es wieder besser.

walli
15.09.2021, 15:16
Hi xii5ku,

@SiDock-Thread: Das mit dem Abwarten, bis erste Zahlen da sind, wissen wir natürlich. Ich selbst habe bis 4:17 MESZ gewartet (hätte ich mal noch 13 Minuten drangehängt *schnief*) und dann ein paar volle Bunker geleert, denn auf den schnellsten Rechnern sind eh auch schnell wieder neue Aufgaben fertig und ich hatte keine Lust, extra nochmal neue Instanzen aufzusetzen und weiterhin eine ungewisse Zeit zu warten, bis der Server wieder tut. Die Arbeit kommt ja eh dem Projekt zugute, wenn auch nicht der Challenge.

Leider tut der Server noch immer nicht richtig, allerdings gibt es jetzt sowas wie initiale, wenn auch komplett falsche, Startstatistiken. Es ist schade für Kleincruncher und weniger erfahrene User, die ihrem Team helfen wollen und nun das erste Mal dabei sind oder gar ihre ersten Bunkererfahrungen machen. Das Projekt hätte lieber die Challenge selbst austragen sollen, als das über BOINCstats zu regeln.

Warten wir mal ab, wann und wie das Chaos ein Ende findet :).

Viele Grüße

walli

pschoefer
16.09.2021, 00:05
Nun wird es noch verwirrender; die Tabelle zeigt alle Teams bis auf TSBT mit 0 Punkten, die Grafiken wurden aber sauber aktualisiert, sodass es wohl nicht an einem fehlerhaften Abruf der Daten vom Projekt liegt. :confused:
Diese Verwirrung kann ich mittlerweile aufklären: Auch die Grafiken wurden nicht aktualisiert, nur die Zeitstempel der Datenpunkte sind in der oberen Grafik verschoben (und die untere zeigt sowieso die falschen Platzierungen an). Also liegt das wohl doch an fehlgeschlagenen Datenabrufen (und schlechter Fehlerbehandlung seitens BOINCstats). Hoffentlich klappt bald mal wieder eine Aktualisierung, ich habe nämlich das Gefühl, dass wir inzwischen nicht mehr auf #6 liegen. :cool:

- - - Aktualisiert - - -

Da BOINCstats immer noch keine neuen Daten zeigt (ich vermute, dass die relativ aufwendigen Abfragen der Mitgliederlisten der angemeldeten Teams für die Userstats zumindest teilweise fehlschlagen und durch schlechte Fehlerbehandlung dann auch die Teamstats nicht aktualisiert werden), habe ich einmal versucht, selbst einen Zwischenstand auszurechnen. Die Startwerte habe ich für 2:15 UTC aus Werten für 2:00 UTC und 3:00 UTC interpoliert; die Abweichungen könnten sich in der Größenordnung von wenigen 10k Punkten bewegen, daher runde ich auch jeweils auf 10k.

# Team Punkte
1 Planet 3DNow! 1370k
2 SETI.Germany 940k
3 TeAm AnandTech 700k
4 Rechenkraft.net 570k
5 SETI.USA 440k
6 [H]ard|OCP 420k

Mit Startwerten von 0:00 UTC wäre die Reihenfolge identisch, aber unser Vorsprung auf TAAT noch etwa 40k größer (aber auch der Rückstand auf P3D etwa 100k größer).

Dennis-TW
16.09.2021, 01:57
Mit Startwerten von 0:00 UTC wäre die Reihenfolge identisch, aber unser Vorsprung auf TAAT noch etwa 40k größer (aber auch der Rückstand auf P3D etwa 100k größer).
Das hat mit Sicherheit mit den verschollenen Bunkern zu tun.

Insgesamt wäre ich dafür - falls technisch möglich und die Werte verfügbar - den Stand von 0:00 UTC zu nehmen und von dann zu rechnen. 15 Minuten Stats sind zwar eine schöne Idee, aber wenn das zu solchen Folgen führt, dann würde ich mich auch mit 24 Stunden nur Teamstatistik wie bei WCG zufrieden geben. Hauptsache keine Diskussion über Wertung von Credits, da die Stimmung darunter doch sehr leidet.

PS: Und kaum sag ich es, da funktionieren die Stats wieder und stellen auch genau das dar, was Patrick ausgerechnet hat. Beweisfoto anbei.

7833

pschoefer
16.09.2021, 08:30
Seit dem frühen Morgen wird wieder eine Serie der deutlich längeren Eprot-WUs verteilt und die Situation hat sich erheblich entspannt. Wir halten uns auf #2 uns sind derzeit auch schneller als oder zumindest etwa genauso schnell wie die Verfolger, was allerdings auch erstmal ein Effekt der längeren WUs sein könnte.


Das hat mit Sicherheit mit den verschollenen Bunkern zu tun.
Ja, das passt ziemlich gut. Bei uns beträgt die Differenz etwa 126k, bei RKN sind es 50k, bei [H] 41k. Im Normalbetrieb waren wir gestern etwas langsamer als diese beiden Teams und die fehlenden Bunker lagen bei etwas über 100k, wovon ein paar WUs vielleicht auch noch lange genug auf den Validator warteten.


Insgesamt wäre ich dafür - falls technisch möglich und die Werte verfügbar - den Stand von 0:00 UTC zu nehmen und von dann zu rechnen. 15 Minuten Stats sind zwar eine schöne Idee, aber wenn das zu solchen Folgen führt, dann würde ich mich auch mit 24 Stunden nur Teamstatistik wie bei WCG zufrieden geben. Hauptsache keine Diskussion über Wertung von Credits, da die Stimmung darunter doch sehr leidet.
WCG ist mit dem Speichern der Punktestände um 0:00 UTC leider ein Einzelfall (den ich lieber nicht zu laut lobe, sonst baut Krembil genau das um :p). Die für meine Hochrechnung verwendeten Werte waren aus einer nicht-öffentlichen Second-Hand-Quelle, die zufällig zu einem halbwegs passenden Zeitpunkt die Daten abgerufen hat.

[SG] Dirk Heinemann
17.09.2021, 08:57
Ich habe mich vorgestern angemeldet und bisher keine Aufgabe bekommen. :undecided:

xii5ku_AT
17.09.2021, 09:41
Seit dem frühen Morgen wird wieder eine Serie der deutlich längeren Eprot-WUs verteilt und die Situation hat sich erheblich entspannt.

Dirk Heinemann;337410']Ich habe mich vorgestern angemeldet und bisher keine Aufgabe bekommen. :undecided:
Die langen Eprot- und kurzen 3CLpro-Einheiten gibt es zurzeit abwechselnd (https://www.sidock.si/sidock/forum_thread.php?id=146&postid=1185). Solange der Feeder gerade eine Ladung 3CLpro ausgibt, sind die allermeisten (aber nicht alle¹) Arbeitsanfragen erfolglos. Das dauert solange an, bis der Feeder wieder in Eprot-Gefilde vorgedrungen ist und so viele Hosts Eprot erhalten haben, dass die Mehrheit erstmal wieder ruhiggestellt ist.

________
¹) "nicht alle" = statistisch über alle Hosts gesehen. Manche Hosts mögen vielleicht auch tagelang leer ausgehen.

pschoefer
17.09.2021, 10:50
Ja, als gestern nur Eprot-WUs verteilt wurden, war die Versorgung eigentlich kein Problem (derzeit sollte es auch wieder einen Satz Eprot geben). Leider hört BOINC aber standardmäßig irgendwann auf, nach WUs zu fragen, wenn mehrere Anfragen nacheinander erfolglos blieben. Da hilft dann nur gelegentliches manuelles Aktualisieren per Knopf im Manager oder automatisiertes Aktualisieren mit den berühmt-berüchtigten .bat-Dateien (siehe z.B. hier).

xii5ku_AT
17.09.2021, 18:53
Diese 15 s Schleifenperiode könnte man nochmal überdenken.

pschoefer
17.09.2021, 18:58
Derzeit fließen sowieso selbst die eingestreuten 3CLpro-WUs problemlos, sodass eigentlich gar keine Nachhilfe erforderlich ist.

[SG] Dirk Heinemann
18.09.2021, 10:50
Ich habe inzwischen WUs bekommen. :thumbup:

Handicap SG-FC
18.09.2021, 10:52
Sagt mal habt Ihr das auch das die WU's lange Zeit mit 100% stehen und nichts weiter passiert ??

ID4
18.09.2021, 11:21
Sagt mal habt Ihr das auch das die WU's lange Zeit mit 100% stehen und nichts weiter passiert ??

Scheint normal zu sein, habe ich auch so.

pschoefer
18.09.2021, 11:30
Sagt mal habt Ihr das auch das die WU's lange Zeit mit 100% stehen und nichts weiter passiert ??
Ja, leider ist da ein kleiner Fehler in der Umsetzung der Fortschrittsanzeige. Der Fortschritt wird nach jeder Iteration in die Datei docking_out.progress geschrieben, allerdings wird der alte Inhalt vorher nicht sauber gelöscht. Das führt dann dazu, dass manchmal Mist mit zwei Dezimalpunkten in dieser Datei steht, den BOINC dann wiederum nicht als Wert zwischen 0 und 1 interpretieren kann und stattdessen als 100% anzeigt. Sobald wieder ein gültiger Wert in der Datei steht, springt die Fortschrittsanzeige dann auf den korrekten Wert zurück, allerdings kann das einige Iterationen und somit insbesondere bei den längeren Eprot-WUs einige Zeit dauern.

Mit der nächsten Anwendungsversion wird das behoben.

Handicap SG-FC
18.09.2021, 11:57
Merci für die Erklärung.

Oh Du Mein Esel :troest:

pschoefer
18.09.2021, 13:07
Die Hälfte ist geschafft.

# Team Punkte
1 Planet 3DNow! 9 124 520
2 TeAm AnandTech 4 592 214
3 SETI.Germany 4 138 800
4 Rechenkraft.net 3 338 844
5 [H]ard|OCP 3 049 389
6 SETI.USA 2 537 540
TAAT kann sich mal etwas schneller, mal etwas langsamer absetzen, die Verfolger kommen nicht in besorgniserregendem Tempo näher. Somit liegen wir auf Kurs für einen sehr guten dritten Platz. :cool:

No_Name
21.09.2021, 11:11
Hier wurde alles im laufe der Nacht geleert.

Wir sollten den dritten Platz locker halten können und uns somit ein Team-Badge sichern :thumbup:

Handicap SG-FC
21.09.2021, 14:25
Hat den wer noch Bunker liegen ??

ID4
21.09.2021, 15:26
Hat den wer noch Bunker liegen ??

Hier :x)

xii5ku_AT
21.09.2021, 16:21
Wir sollten den dritten Platz locker halten können
Nur Platz drei? Meinst Du, TSBT schafft es noch auf die Zwei? :-)

pschoefer
21.09.2021, 16:25
Nur Platz drei? Meinst Du, TSBT schafft es noch auf die Zwei? :-)
Zählst du die vom anderen Planeten nicht mit? ;)

No_Name
21.09.2021, 16:26
Nur Platz drei? Meinst Du, TSBT schafft es noch auf die Zwei? :-)

Nein, aber da ihr auf Platz 2 außerhalb unserer Reichweite seid und P3D vor euch ist, (auch wenn ihr sie nicht mehr sehen könnt) wird es für uns wohl Platz 3 werden :D

xii5ku_AT
22.09.2021, 05:28
Guten Morgen!

Zählst du die vom anderen Planeten nicht mit? ;)
Planet 3DNow! habe ich keineswegs übersehen. Hatte nur von den Bunkern von vor ≈5 Tagen sehr kühn auf die Bunker zum Finale extrapoliert. :-)

No_Name
22.09.2021, 08:59
Glückwunsch zum dritten Platz :thumbup:

Nun bekommen wir bei SiDock unser erstes Teambadge ;)


Guten Morgen!

Planet 3DNow! habe ich keineswegs übersehen. Hatte nur von den Bunkern von vor ≈5 Tagen sehr kühn auf die Bunker zum Finale extrapoliert. :-)

Das wäre zu schon gewesen, um wahr zu sein :D

pschoefer
22.09.2021, 09:08
Die Challenge wäre überstanden mit folgendem Ergebnis:

# Team Punkte
1 Planet 3DNow! 17 904 271
2 TeAm AnandTech 9 993 841
3 SETI.Germany 8 816 140
4 Rechenkraft.net 6 810 163
5 [H]ard|OCP 6 772 559
6 SETI.USA 5 197 210
7 The Scottish Boinc Team 3 714 931
8 L'Alliance Francophone 3 349 537
Dafür, dass wir nicht als das flexibelste Team bekannt sind und angeblich sowieso nie die Top 3 erreichen könnten, ist das doch ganz ordentlich gelaufen und wird mit einem der Häm-b-Abzeichen belohnt. :cool:

Eine Liste derer, die zu dieser Teamleistung beigetragen haben:

SG # Name Punkte
1 4 walli 2 220 104
2 19 Freezing  960 780
3 26 PC-COLLEGE  892 548
4 27 ID4  825 994
5 41 pschoefer  475 413
6 51 No_Name  390 293
7 59 [SG-2W]Kurzer  303 980
8 65 Rainer Baumeister  265 638
9 78 taurec  203 288
10 83 JayPi2  189 192
11 87 pons66  183 867
12 89 bossmaniac  164 304
13 92 UrsD  161 692
14 93 SG-Booster  161 064
15 100 Handicap [SG-FC]  139 950
16 109 Gaucho  124 417
17 115 [SG-FC] dingdong  105 961
18 130 Roadranner   84 582
19 139 kle   75 346
20 144 Dennis-TW   68 999
21 148 [SG-FC]shka   62 762
22 152 [SG-FC] oki   60 717
23 156 [SG] Felix   58 933
24 161 Friedhelm Baumeister   54 707
25 164 DF1DX   54 314
26 172 fnord   48 865
27 184 mse29   39 275
28 199 Fox2k7   32 512
29 205 Matthias Lehmkuhl   28 801
30 206 nebelhorn   28 513
31 214 Holger   23 825
32 216 [SG]ATA-Rolf   23 668
33 220 Kai-Uwe Wehrheim   22 545
34 221 -jb-   22 545
35 223 [SG] h3px   21 569
36 226 grandmoffgigi   20 515
37 229 lugu   19 050
38 233 Isenherz   17 283
39 238 Fornax   16 564
40 251 Paddy   12 445
41 252 Umlauf   12 135
42 253 Grisu   11 840
43 257 obele   10 818
44 258 Thoboe   10 651
45 259 Obsidian Order   10 577
46 266 mriesler   9 824
47 270 newman   9 100
48 284 DJA-1990   6 759
49 290 guenter schatz   6 358
50 300 Silberdistel   5 722
51 305 DerLetzteGermane   5 530
52 306 ShootY   5 495
53 309 hinrix   5 243
54 314 Chris_The_Master1993   4 299
55 318 wijo5   3 725
56 322 CThiede   3 618
57 328 Mark   3 403
58 333 Derivator   3 299
59 336 Hoshione   2 879
60 340 Fabian Bleier   2 482
61 341 Pauschi   2 430
62 349 Dirk Heinemann   1 996
63 354 jochen   1 808
64 361 Sascha Becker   1 522
65 362 Alfred Koop   1 500
66 369 DeleteNull   1 140
67 371 smetchewit   1 124
68 373 EmmettDe   1 115
69 378 aendgraend    984
70 396 Sinclair    575
71 398 fisch    562
72 414 sewkz    300
73 436 ZUSE     29
Insgesamt haben 440 Mitglieder der teilnehmenden Teams Punkte gesammelt, da stellen wir mit 73 also schon eine ziemlich große Delegation. Nur RKN war mit 72 Teilnehmern praktisch genauso zahlreich vertreten.

Was das Projekt betrifft, ist mein Fazit ambivalenter. Klar positiv ist, dass es nach den anfänglichen Schwierigkeiten bei der WU-Versorgung dann doch noch gelungen ist, den Flaschenhals in der Konfiguration zu finden und abzuschalten. Ich würde sogar vermuten, dass es dann auch ohne Beimischung der längeren WUs keine ernsthaften Probleme mehr gegeben hätte. Die längeren WUs hatten dann erstmal die Lage entschärft, als der Flaschenhals noch nicht gefunden war, aber durch unpassende Schätzung des Rechenaufwands die Punktevergabe von "irgendwie noch akzeptabel" in "völliges Chaos" verwandelt; wenn es für vergleichbare WUs dann einmal 200 Cobblestones gibt und ein anderes Mal nur 4, dann sind das schlicht keine fairen Bedingungen mehr und bei einer Challenge nützt es auch nicht viel, wenn sich das langfristig wieder ausgleicht. Insgesamt hatte ich aber schon den Eindruck, dass man sich bemüht, Probleme zu lösen. Wenn das auch noch bei der Punktevergabe geschieht, wird das noch ein ganz passables Projekt für Wettbewerbe, wie es gar nicht einmal so viele gibt. ;)


Planet 3DNow! habe ich keineswegs übersehen. Hatte nur von den Bunkern von vor ≈5 Tagen sehr kühn auf die Bunker zum Finale extrapoliert. :-)
Bei einer Lotterie knackt man mal den Jackpot, mal hat man nur Nieten. ;)

Ich denke, die Abstände zwischen den drei stärksten Teams waren groß genug, dass auch mit einem die erbrachte Arbeit besser widerspiegelnden Punktesystem die gleiche Reihenfolge herausgekommen wäre. Die Plätze 4 und 5 hingegen hätten auch leicht andersherum sein können.

[SG] Dirk Heinemann
01.10.2021, 12:13
Ich kann aktuell keine WUs hochladen. Habt ihr auch Probleme?

ID4
01.10.2021, 12:28
Da steht die Lösung

https://www.seti-germany.de/forum/threads/9549-abgelaufenes-SSL-Zertifikat-verhindert-Kontakt-zu-mehreren-Projekten?p=337624&viewfull=1#post337624

[SG] Dirk Heinemann
01.10.2021, 17:51
Da steht die Lösung

https://www.seti-germany.de/forum/threads/9549-abgelaufenes-SSL-Zertifikat-verhindert-Kontakt-zu-mehreren-Projekten?p=337624&viewfull=1#post337624

Danke, das hat geklappt. :D