• SETI.Germany News RSS-Feed

    von Veröffentlicht: 01.12.2021 19:55
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    Africa Rainfall Project - Originaltext - Diskussion

    Das Team sicherte sich den nötigen Speicherplatz

    Das African Rainfall Project wird eine große Menge an Daten (500 TB) produzieren. Um diese für Forscher und interessierte Freiwillige leicht zugänglich zu machen, müssen die Daten in Form von Karten über eine einfache Webschnittstelle präsentiert werden.

    Vor kurzem hat die Technische Universität Delft ausreichend permanenten Speicherplatz zur Verfügung gestellt, um dieses wichtige Projekt zu ermöglichen. Technisch läuft dies über einen THREDDS-Server, der von der University Corporation for Atmospheric Research (UCAR) entwickelt und von der National Science Foundation gefördert wird. Am Ende wird jeder in der Lage sein, einen Teil Afrikas von besonderem Interesse heranzuzoomen und Variablen wie Niederschlag oder Temperatur sowie einen bestimmten Zeitraum auszuwählen, woraufhin eine Karte angezeigt wird. Angesichts des derzeitigen Projektfortschritts gehen wir davon aus, dass alle Daten und Karten bis November 2022 verfügbar sein werden.


    Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

    Mit der neueren Art von Berichten für Arbeitseinheiten ist der Status für dieses Projekt folgender:

    Neueste Generation: 110
    Durchschnittliche Generation: 102,2
    Tempo: 1 Generation alle 3,6 Tage (basierend auf dem letzten 14-Tage-Durchschnitt)



    Help Stop Tuberculosis - Originaltext - Diskussion

    Das Team macht Fortschritte bei der Analyse der aktuellen Ergebnisse

    Das Team überprüft die Ergebnisse kontinuierlich und hat vor kurzem einen neuen, leistungsfähigeren Laptop erhalten, um die Daten besser analysieren zu können. Derzeit werden einige Methoden des maschinellen Lernens getestet, um die Bedingungen für Validierungsversuche im Anschluss an die daraus resultierenden Vorhersagen vorab zu optimieren.

    Aufgrund seines Fachwissens zu diesem Thema wurde das Forschungsmitglied Connor McGee eingeladen, einen Vortrag über maschinelles Lernen zu halten.


    Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

    In Bearbeitung: 21 Batches (655 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 24.397 Batches (42 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 1,4 Batches pro Tag)

    Hinweis: Für dieses spezielle Projekt müssen die Forscher oft die Batches analysieren, die wir ihnen zurückschicken, bevor sie weitere Arbeitseinheiten erstellen können. Dies kann manchmal zu einer verzögerten Bereitstellung von Arbeitseinheiten führen.



    Smash Childhood Cancer - Originaltext - Diskussion

    Auszeichnungen

    Die Forscher gewannen einen Zuschuss und erhielten 500.000 US-Dollar von einem Spender, um intrakranielle Tumore zu untersuchen. Außerdem wurde Dr. Gell mit dem Young Investigator Award ausgezeichnet.


    Aktualisierte Datenanalyse

    Seit Anfang des Jahres analysieren die Forscher die Daten aus der Arbeit am World Community Grid.

    Nachfolgend sind die Schlüsselproteine aufgeführt, für die wir in diesem Monat neue Updates erhalten haben. Jedes dieser Proteine ist an der Entwicklung von mindestens einer Art von Krebs im Kindesalter beteiligt.
    • Beta-Catenin
      Ein vielversprechender Wirkstoff bindet nachweislich auch K-Ras, so dass die Forscher versuchen, die Verbindung zwischen den beiden Proteinen zu verstehen. Weitere ähnliche Verbindungen werden derzeit synthetisiert und getestet.

    • Osteopontin
      Eine Verbindung wird derzeit getestet und zeigt eine dosisabhängige Bindung (eine vielversprechende vorläufige Validierung).

    • TrkB
      Seit der letzten monatlichen Aktualisierung hat ein Spender 250.000 US-Dollar für die Validierung zur Verfügung gestellt, so dass die Forscher fünf Verbindungen validieren wollen.

    Hinweis: Aufgrund der Pandemie gibt es einen weltweiten Mangel an Reagenzien, der die normale Geschwindigkeit der Experimente behindert.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Pausiert
    von Veröffentlicht: 30.11.2021 22:05
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    2. Projekte

    Das Projekt weist auf eine von Studierenden der National University of Science and Technology (MISiS) in Moskau durchgeführte Umfrage (in englischer Sprache) zur Motivation von Rechenzeitspendern hin. Achtung: Zwischenergebnisse sind nach Eingabe der Antworten sichtbar, inklusive bei der letzten Frage angegebener E-Mail-Adressen; wer eine nicht ohnehin weithin bekannte E-Mail-Adresse verwendet, sollte dieses Feld daher vielleicht besser leer lassen.

    Umfrage zu Volunteer-Computing-Projekten
    Hallo zusammen,

    Studierende, die sich mit Volunteer Computing beschäftigen, führen eine Umfrage durch. Die Fragen sollen die Motivation der Teilnehmer erforschen. Wenn ihr wollt und etwas Zeit habt, teilt eure Meinungen unter https://forms.gle/tcLYdtoeVfMMREPE7 (engl.) mit. Die Ergebnisse werden ausgewertet und der Öffentlichkeit vorgestellt. Vielen Dank!

    Mit besten Grüßen,
    das SiDock@home-Team
    24.11.2021, 12:51:31 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://www.sidock.si/sidock/forum_thread.php?id=166
    A poll about distributed computing projects
    Dear all,

    there is a poll created by students who investigate volunteer computing. The questions aim to explore the motivation of participants. If you wish and have a minute, please express your opinion at https://forms.gle/tcLYdtoeVfMMREPE7. The results will be analyzed and presented to the public. Thank you!

    With best wishes,
    Team of SiDock@home
    24 Nov 2021, 11:51:31 UTC
    von Veröffentlicht: 30.11.2021 21:30
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    2. Projekte

    Geplante Wartung am Mittwoch, 1. Dezember
    Wir aktualisieren das Betriebssystem auf unseren Servern am Mittwoch, den 1. Dezember, ab 16:30 MEZ.
    ---
    Wir werden am Mittwoch, den 1. Dezember, ab 16:30 MEZ eine wichtige Aktualisierung des Betriebssystems auf unseren Servern installieren. Wir gehen davon aus, dass die Arbeiten etwa zwei Stunden dauern werden.

    Während dieser Zeit können Freiwillige teilweise keine neue Arbeit hoch- oder herunterladen und die Webseite wird nicht erreichbar sein.

    Die Freiwilligen müssen keine besonderen Maßnahmen ergreifen, da ihre Geräte nach Abschluss der Wartungsarbeiten automatisch wieder eine Verbindung herstellen.

    Wir danken euch für eure Geduld und eure Teilnahme.
    29.11.2021

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/article.s?articleId=749
    Planned Maintenance on Wednesday, December 1
    We are updating the operating system on our servers on Wednesday, December 1st, beginning at 15:30 UTC.
    ---
    We will be applying an important operating system update to our servers on Wednesday, December 1st, beginning at 15:30 UTC. We anticipate that the work will take approximately two hours.

    During some of this time, volunteers will not be able to upload or download new work, and the website will not be accessible.

    Volunteers will not need to take any particular action, as your devices will automatically retry their connections after the maintenance work is completed.

    We appreciate your patience and participation.
    29 Nov 2021
    von Veröffentlicht: 26.11.2021 20:20
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    Die globalen Zahlen für den Oktober 2021 lauten: 174 Primzahlfunde, dabei 4 Erstfunde und 10 Doublechecks durch Mitglieder von SETI.Germany.

    Nach der längeren Durststrecke zwischen März und August gab es nun im dritten Monat in Folge einen Top-100-Fund, auch wenn die offizielle Bekanntgabe noch aussteht:

    • 102818*5^3440382-1, 2 404 729 Dezimalstellen, gefunden von emoga (TeAm AnandTech) aus Kanada am 08.10.2021 um 02:38:53 MEZ


    Dreizehn weitere Funde haben mehr als eine Million Dezimalstellen, woran auch zwei Mitglieder von SETI.Germany einen Anteil hatten.

    • Die 1 017 624-stellige Proth-Primzahl 7899*2^3380459+1 wurde am 02.10.2021 um 19:32:01 MEZ von meso@Mayoineko (Team 2ch) aus Japan mit einer Intel-CPU gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR2 etwa 51 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1 017 662-stellige Proth-Primzahl 3381*2^3380585+1 wurde am 03.10.2021 um 23:32:33 MEZ von DeleteNull (SETI.Germany) aus Deutschland mit einem AMD Ryzen 9 5900X gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR2 auf 4 Threads etwa 16 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1 874 151-stellige verallgemeinerte Fermat-Primzahl 14103144^262144+1 wurde am 06.10.2021 um 16:00:33 MEZ von Kai Gerstenberger (SETI.Germany) aus Deutschland mit einer NVIDIA GeForce RTX 2080 Ti in Verbund mit einem AMD Ryzen 9 3900X gefunden, wobei für den PRP-Test mit Genefer 11 Minuten 30 Sekunden benötigt wurden. Die Bestätigung erfolgte am 06.10.2021 um 17:14:38 MEZ durch Frank (Antarctic Crunchers) aus den Niederlanden mit einer NVIDIA GeForce GTX 1660 Ti in Verbund mit einem AMD Ryzen 5 5600X, wobei für den PRP-Test mit Genefer 25 Minuten 39 Sekunden benötigt wurden.

    • Die 1 017 825-stellige Proth-Primzahl 2445*2^3381129+1 wurde am 09.10.2021 um 07:55:23 MEZ von zombie67 [MM] (SETI.USA) aus den Vereinigten Staaten mit einem AMD Ryzen Threadripper 3970X gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR2 etwa 47 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1 044 760-stellige verallgemeinerte Fermat-Primzahl 93514592^131072+1 wurde am 11.10.2021 um 07:48:37 MEZ von DeleteNull (SETI.Germany) aus Deutschland mit einer NVIDIA GeForce GTX 1650 SUPER in Verbund mit einem Intel Core i7-3930K gefunden, wobei für den PRP-Test mit Genefer 7 Minuten 52 Sekunden benötigt wurden. Die Bestätigung erfolgte am 11.10.2021 um 09:15:06 MEZ durch reiner (Planet 3DNow!) aus Deutschland mit einem AMD EPYC 7352, wobei für den PRP-Test mit Genefer 58 Minuten 11 Sekunden benötigt wurden.

    • Die 1 017 994-stellige Proth-Primzahl 6675*2^3381688+1 wurde am 14.10.2021 um 15:26:58 MEZ von Ryan Propper (Antarctic Crunchers) aus den Vereinigten Staaten mit einem Intel Xeon gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR2 etwa 4 Stunden 47 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1 018 069-stellige Proth-Primzahl 8877*2^3381936+1 wurde am 17.10.2021 um 02:54:38 MEZ von Andre M* aus der Schweiz mit einem Intel Core i7-9700K gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR2 auf 3 Threads etwa 15 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1 044 917-stellige verallgemeinerte Fermat-Primzahl 93773904^131072+1 wurde am 19.10.2021 um 20:32:03 MEZ von GregCinAZ (AMD Users) aus den Vereinigten Staaten mit einer NVIDIA GeForce GTX 1070 Ti in Verbund mit einem AMD Ryzen 9 3900X gefunden, wobei für den PRP-Test mit Genefer 8 Minuten 8 Sekunden benötigt wurden. Die Bestätigung erfolgte am 19.10.2021 um 20:59:48 MEZ durch Astraeus (The Knights Who Say Ni!) mit einer NVIDIA GeForce RTX 3090 in Verbund mit einem AMD Ryzen 5 3400G, wobei für den PRP-Test mit Genefer 2 Minuten 3 Sekunden benötigt wurden.

    • Die 1 044 985-stellige verallgemeinerte Fermat-Primzahl 93886318^131072+1 wurde am 24.10.2021 um 13:53:59 MEZ von Apeiria (Team 2ch) aus Japan mit einer NVIDIA GeForce GTX 1060 6GB in Verbund mit einem AMD Ryzen 5 5600X gefunden, wobei für den PRP-Test mit Genefer 10 Minuten 51 Sekunden benötigt wurden. Die Bestätigung erfolgte am 24.10.2021 um 14:07:03 MEZ durch DeleteNull (SETI.Germany) aus Deutschland mit einer NVIDIA GeForce GTX 1650 SUPER in Verbund mit einem Intel Core i7-10700, wobei für den PRP-Test mit Genefer 8 Minuten 36 Sekunden benötigt wurden.

    • Die 1 045 025-stellige verallgemeinerte Fermat-Primzahl 93950924^131072+1 wurde am 27.10.2021 um 03:52:47 MEZ von LIWI (Rechenkraft.net) aus Deutschland mit einer AMD Radeon RX 580 in Verbund mit einem Intel Core i7-860 gefunden, wobei für den PRP-Test mit Genefer 10 Minuten 16 Sekunden benötigt wurden. Die Bestätigung erfolgte am 27.10.2021 um 04:54:55 MEZ durch Charles Jackson aus den Vereinigten Staaten mit einer NVIDIA GeForce GTX 980 Ti in Verbund mit einem Intel Core i7-5820K, wobei für den PRP-Test mit Genefer 9 Minuten 46 Sekunden benötigt wurden.

    • Die 1 018 326-stellige Proth-Primzahl 9783*2^3382792+1 wurde am 28.10.2021 um 21:36:16 MEZ von Charles Jackson aus den Vereinigten Staaten mit einer Intel-CPU gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR2 etwa 1 Stunde 29 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1 018 332-stellige Proth-Primzahl 4883*2^3382813+1 wurde am 29.10.2021 um 01:17:22 MEZ von tng (Antarctic Crunchers) aus den Vereinigten Staaten mit einem Intel Core i7-6700 gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR2 etwa 55 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1 018 349-stellige Proth-Primzahl 7409*2^3382869+1 wurde am 29.10.2021 um 09:40:20 MEZ von tng (Antarctic Crunchers) aus den Vereinigten Staaten mit einem Intel Core i9-9900X gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR2 etwa 40 Minuten benötigt wurden.


    Die weiteren 160 Funde verteilen sich auf folgende Subprojekte:

    • Proth Prime Search (PPS): 4 Funde im Bereich 3102639 ≤ n ≤ 3111838 (933 991-936 760 Dezimalstellen)
    • Proth Prime Search Extended (PPSE): 27 Funde im Bereich 1645233 ≤ n ≤ 1648172 (495 269-496 153 Dezimalstellen), darunter ein Doublecheck von Terminator
    • Sophie Germain Prime Search (SGS): 78 Funde im Bereich 6403994051427 ≤ k ≤ 6542132125587 (388 342 Dezimalstellen), darunter je ein Doublecheck von boss, Bur und pschoefer
    • Generalized Fermat Prime Search (n=15): 31 Funde im Bereich 256884712 ≤ b ≤ 260593290 (275 571-275 775 Dezimalstellen), darunter ein Erstfund von EmmettDe sowie fünf Doublechecks von POPSIE
    • Generalized Fermat Prime Search (n=16): 17 Funde im Bereich 133629454 ≤ b ≤ 135367280 (532 540-532 907 Dezimalstellen)
    • Generalized Fermat Prime Search (n=17 low): 3 Funde im Bereich 34087952 ≤ b ≤ 34585314 (987 314-988 138 Dezimalstellen)


    von Veröffentlicht: 24.11.2021 08:15
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    In der Fachzeitschrift Biomolecules ist ein Artikel mit Ergebnissen der vor einiger Zeit durchgeführten Berechnungen zum Genom der Weinrebe (Vitis vinifera) erschienen. Darin wird die Rolle zweier Genfamilien bei Stoffwechselvorgängen beschrieben. Nach dem Artikel über die Anpassung der Pflanze an klimatische Veränderungen ist dies der zweite Fachartikel, der auf diesen Berechnungen basiert.

    Artikel in Biomolecules veröffentlicht
    Zwar ist das menschliche Genom der derzeitige Schwerpunkt unserer Arbeit, aber in der näheren Vergangenheit haben wir in Zusammenarbeit mit der Edmund-Mach-Stiftung und auch unter Beteiligung einiger Studierender einige Genomerweiterungsexperimente zu Vitis vinifera durchgeführt. Wir freuen uns, euch mitzuteilen, dass unser Artikel "Vitis OneGenE: A Causality-Based Approach to Generate Gene Networks in Vitis vinifera Sheds Light on the Laccase and Dirigent Gene Families" (Vitis OneGenE: ein kausalitätsbasierter Ansatz zur Erzeugung von Gennetzwerken in Vitis vinifera beleuchtet Laccase- und dirigente Genfamilie) in Biomolecules als Teil der Sonderausgabe "Gene Regulatory Networks Controlling Secondary Metabolism in Plants: Computational Approaches and Mechanistic Insights" (Genregulierungsnetzwerke kontrollieren den Sekundärstoffwechsel von Pflanzen: Rechnergestützte Ansätze und mechanistische Erkenntnisse) veröffentlicht wurde und online verfügbar ist:
    https://www.mdpi.com/2218-273X/11/12/1744 (engl.)
    Danke euch allen für euren unschätzbar wertvollen Beitrag!
    23.11.2021, 19:42:01 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=322
    Paper published on Biomolecules
    Although the current focus of our job is on Human genome, in the recent past we also ran some gene expansion experiments on the Vitis vinifera organism, in collaboration with the Edmund Mach Foundation, also involving some students. We are pleased to inform you that our article "Vitis OneGenE: A Causality-Based Approach to Generate Gene Networks in Vitis vinifera Sheds Light on the Laccase and Dirigent Gene Families" has been published in Biomolecules as part of the Special Issue Gene Regulatory Networks Controlling Secondary Metabolism in Plants: Computational Approaches and Mechanistic Insights and is available online:
    https://www.mdpi.com/2218-273X/11/12/1744
    Thank you all for your invaluable contribution!
    23 Nov 2021, 18:42:01 UTC
    von Veröffentlicht: 22.11.2021 10:40
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    2. Projekte

    Das zehnte Bindungsziel wurde angekündigt und ist sehr eng mit dem neunten verwandt, weshalb die vorherige Meldung überarbeitet wurde. Die übersetzte Neufassung:

    Neuntes und zehntes Bindungsziel
    Liebe Teilnehmer,

    wir haben ein neues Bindungsziel an einem neuen allosterischen Zentrum der Hauptprotease von SARS-CoV-2. Das Zentrum wurde mit der MixMD-Methode [1] am College of Pharmacy der University of Michigan entdeckt. Bei der Vorbereitung des Bindungsziels hat Jelena Tošović (Slowenien) geholfen.

    Die beiden nächsten Bindungsziele und die Ergebnisse werden die mittels Röntgenuntersuchung von Sebastian Günther et al. [2] identifizierten allosterischen Zentren ergänzen. Für diese Bindungsziele bestehen gute Chancen auf baldige Tests im Nasslabor und weitere experimentelle Unterstützung.

    (Wir werden wieder zeitweise die Berechnungen zu Bindungsziel 5 unterbrechen)

    Mit besten Grüßen,
    das SiDock@home-Team

    [1] Phani Ghanakota and Heather A. Carlson "Moving Beyond Active-Site Detection: MixMD Applied to Allosteric Systems" (Über die Erkennung aktiver Zentren hinaus: Anwendung von MixMD auf allosterische Systeme). The Journal of Physical Chemistry B 2016 120 (33), 8685-8695. DOI: 10.1021/acs.jpcb.6b03515 (engl.)
    [2] Sebastian Günther et al. "X-ray screening identifies active site and allosteric inhibitors of SARS-CoV-2 main protease" (Röntgenuntersuchung identifiziert aktive Zentren und allosterische Hemmstoffe der Hauptprotease von SARS-CoV-2). Science 2021 372 (6542), 642-646. DOI: 10.1126/science.abf7945 (engl.)
    20.11.2021, 12:19:45 MEZ


    Außerdem wird eine neue Anwendungsversion verteilt, die unter anderem das Problem der oft fälschlich auf 100% springenden Fortschrittsanzeige behebt. Diese wird automatisch bei der Zuteilung neuer WUs heruntergeladen, sofern nicht (mittels app_info.xml) explizit eine andere Version erzwungen wird.

    Veröffentlichung CmDock v0.1.4
    Liebe Gemeinschaft. Eine neue Version von CmDock ist fertig. Die CmDock-Version 0.1.4 enthält Korrekturen beim Speichern von Zwischenständen und der Fortschrittsanzeige sowie Unterstützung für komprimierte Ein- und Ausgabe mit cmzip. Die neue CmDock-Version beinhaltet außerdem ein aktualisiertes SDF-Tools-Submodul, das den Forschenden mit Unterstützung großer Molekülbibliotheken bei der Bearbeitung von Ein- und Ausgabedateien helfen soll.

    Auch die Anwendung für BOINC wurde aktualisiert. Das Team arbeitet hart und wird CmDock auch in der Zukunft engagiert unterstützen. Danke!

    Marko & Natalia
    21.11.2021, 18:10:00 MEZ


    Originaltexte:
    Zitat Zitat von https://www.sidock.si/sidock/forum_thread.php?id=163
    Ninth and tenth targets
    Dear participants,

    We have a new target which resides at a novel allosteric site on SARS-CoV-2 main protease. The site was identified by MixMD method [1] with collaboration at College of Pharmacy, University of Michigan. Target preparation was helped by Jelena Tošović (Slovenia).

    The two upcoming targets and results will complement the allosteric sites identified with X-ray screening by Sebastian Günther et al. [2]. The targets have good chances for wet-lab testing as soon as possible and further experimental support.

    (We will again temporarily pause processing of Target 5)

    With best wishes,
    Team SiDock@home

    [1] Phani Ghanakota and Heather A. Carlson. Moving Beyond Active-Site Detection: MixMD Applied to Allosteric Systems. The Journal of Physical Chemistry B 2016 120 (33), 8685-8695. DOI: 10.1021/acs.jpcb.6b03515
    [2] Sebastian Günther et al. X-ray screening identifies active site and allosteric inhibitors of SARS-CoV-2 main protease. Science 2021 372 (6542), 642-646. DOI: 10.1126/science.abf7945
    20 Nov 2021, 11:19:45 UTC
    Zitat Zitat von https://www.sidock.si/sidock/forum_thread.php?id=165
    Release CmDock v 0.1.4
    Dear community. New release of CmDock was prepared. The v0.1.4 of CmDock incorporates fixed checkpointing and progress bar patch along with support for compressed input and output via cmzip. New CmDock release also includes an Updated SDF-Tools submodule that should help the userbase manipulate input/output files with support for large molecular libraries.

    Along with the new release, BOINC client is up to date also. The team is working hard and we are committed to support CmDock in the future. Thank You!

    Marko & Natalia
    21 Nov 2021, 17:10:00 UTC
    von Veröffentlicht: 20.11.2021 06:00
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Eine der bedeutendsten mathematischen Konstanten ist die Eulersche Zahl, die Basis des natürlichen Logarithmus und der natürlichen Exponentialfunktion. In einem Brief an Christian Goldbach verwendete Leonhard Euler am 25. November 1731 das Symbol e für diese Zahl, eine der frühesten überlieferten Verwendungen dieses bis heute gebräuchlichen Symbols. 290 Jahre später erinnert die vorletzte Etappe der PrimeGrid Challenge Series 2021 mit einer dreitägigen, eher grafikkartenlastigen

    Euler's Number Challenge
    Beginn: 23.11.2021, 05:00 UTC = 06:00 MEZ
    Ende: 26.11.2021, 05:00 UTC = 06:00 MEZ
    Subprojekt: Arithmetic Progression of Primes 27 (AP27)


    Der offizielle Thread zur Challenge im PrimeGrid-Forum ist hier zu finden.

    Es zählen für diese Challenge nur WUs des Subprojekts Arithmetic Progression of Primes 27 (AP27), die nach dem 23.11. um 06:00 Uhr heruntergeladen und vor dem 26.11. um 06:00 Uhr zurückgemeldet werden! Das gewünschte Subprojekt kann in den PrimeGrid-Einstellungen festgelegt werden.

    Anwendungen sind vorhanden für OpenCL-fähige NVIDIA- und AMD/ATI-Grafikkarten sowie CPUs, jeweils für die 64-Bit-Versionen von Windows, Linux und macOS. Die OpenCL-Anwendung belegt bis zu 1,5 GB Grafikspeicher, weshalb Grafikkarten mit weniger Speicher keine WUs erhalten. Die CPU-Anwendung verwendet, sofern vom jeweiligen Rechner unterstützt, automatisch Optimierungen wie AVX, AVX2 und AVX-512, dennoch sind Grafikkarten deutlich schneller. Mit der Einstellung Multi-threading: Max # of threads for each task kann eingestellt werden, wie viele CPU-Kerne an einer WU arbeiten sollen; für die meisten CPUs dürfte die Einstellung No limit (d.h. alle Kerne rechnen an einer WU) am sinnvollsten sein.

    Die schnellsten aktuellen NVIDIA-Grafikkarten brauchen unter 10 Minuten pro WU, ältere/schwächere NVIDIA- und AMD-Grafikkarten liegen im Bereich weniger Stunden. Moderne CPUs mit vielen Kernen können auch in diesen Bereich vorstoßen, sofern alle Kerne für eine WU verwendet werden.

    Pro WU gibt es 4043 Punkte, in der Challenge-Statistik werden auch Pendings bereits eingerechnet und die Punkte im Falle eines falschen Ergebnisses nachträglich wieder abgezogen.

    Team-Stats bei PrimeGrid
    User-Stats bei PrimeGrid

    Team-Stats bei SETI.Germany
    Detail-Statistik für SETI.Germany
    User-Stats bei SETI.Germany

    Zum Diskussionsthread
    von Veröffentlicht: 18.11.2021 11:50
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    2. Projekte

    Pünktlich zum 17. Geburtstag und dem Beginn der WCG Birthday Challenge erschien auch ein ausführlicher Bericht über Mapping Cancer Markers:

    Freiwillige haben 15 Billionen Signaturen für das Projekt Mapping Cancer Markers getestet
    In diesem Update, das zeitgleich mit dem 17. Jahrestag von WCG erscheint, fasst das Forschungsteam den Beitrag aller Freiwilligen zu jeder Tumorart und Signaturgröße zusammen, die Mapping Cancer Markers bisher untersucht hat.

    Hintergrund

    Mapping Cancer Markers (MCM) zielt darauf ab, die Marker (manchmal auch als Signaturen bezeichnet) zu identifizieren, die mit verschiedenen Krebsarten in Verbindung stehen. Im Rahmen des Projekts werden Millionen von Datenpunkten analysiert, die von Tausenden Gewebeproben gesunder und krebskranker Patienten stammen. Bislang wurden Gewebeproben von Lungenkrebs, Eierstockkrebs und Sarkomen untersucht.

    Ein Blick auf den enormen Beitrag der Freiwilligen

    Jede Mapping-Cancer-Markers-Arbeitseinheit testet mehrere Gruppen von Biomarkern anhand eines Krebsdatensatzes auf ihre Verwendbarkeit als diagnostische oder prognostische Signaturen. Derzeit ist dieser Datensatz unser Sarkom-Datensatz. MCM hat bisher drei Datensätze untersucht: Lungenkrebs, Eierstockkrebs und Sarkome. Für Lungen- und Eierstockkrebs untersuchte MCM unterschiedliche Signaturlängen (d.h. unterschiedliche Anzahl von Genen, die in die Signatur aufgenommen wurden), während die Sarkom-Signaturen alle die gleiche Länge, aber unterschiedliche Zusammensetzungen haben (d.h. sie enthalten Marker, die mit unterschiedlichen Techniken und in unterschiedlichen Prozentsätzen gemessen wurden). Zum Zeitpunkt der Erstellung dieses Berichts haben die Freiwilligen etwa 800 Millionen Arbeitseinheiten analysiert.


    Abbildung 1. Zahl der fertigen Arbeitseinheiten pro Krebsart (v.l.n.r. Lungenkrebs, Eierstockkrebs, Sarkome) und Signaturgröße (farbkodiert).

    Eine Arbeitseinheit testet Signaturen einer bestimmten Größe (Anzahl der Biomarker) anhand ihres Datensatzes. Zusammengenommen haben die Teilnehmer des World Community Grid etwa 15 Billionen Signaturen getestet, eine Zahl, die ohne eure Unterstützung nicht denkbar gewesen wäre.


    Abbildung 2. Ausgewertete Signaturen pro Datensatz (und Größe) für alle Tumoren (A) bzw. nur für Eierstockkrebs (B).]

    Die benötigte Rechenzeit pro Signatur in einer bestimmten Arbeitseinheit hängt von der Signaturgröße und dem Datensatz ab. Da wir versuchen, den Gesamtberechnungsaufwand pro Arbeitseinheit konstant zu halten, variiert auch die Anzahl der Signaturen pro Arbeitseinheit je nach Signaturgröße und Datensatz.

    Bei den meisten Datensätzen benötigen größere Signaturen mehr Rechenzeit als kürzere Signaturen. Unser Lungen-Datensatz folgt im Allgemeinen diesem Muster, während bei unserem Eierstock-Datensatz das Gegenteil der Fall ist. Für den Eierstockkrebs-Datensatz testete MCM prognostische Signaturen, die kurze oder lange Überlebenszeiten vorhersagten. Diese Aufgabe war von Natur aus schwieriger als die Diagnoseaufgaben bei Lungenkrebs (Krebs/kein Krebs) oder einem Sarkom (Unterscheidung von Sarkom-Subtypen). Aufgrund dieser Schwierigkeit konnte MCM nicht annähernd so viele Signaturen pro Eierstockkrebs-Arbeitseinheit berechnen wie bei anderen Datensätzen, unabhängig von der Signaturgröße.


    Abbildung 3. Ausgewertete Signaturen pro Arbeitseinheit nach Datensatz (und Größe) für alle Tumoren (A) und speziell für Eierstockkrebs (B).

    In einem nächsten Schritt werden wir untersuchen, wie sich die unterschiedliche Zusammensetzung der Sarkom-Signaturen auf ihre Vorhersagekraft auswirkt.

    Wir sind allen dankbar, die Mapping Cancer Markers und alle wichtigen Projekte im World Community Grid unterstützen.

    Wenn wir heute den 17. Jahrestag des WCG feiern, dann nur wegen euren Engagements.

    Wir danken euch!
    16.11.2021

    Originaltext:
    https://www.worldcommunitygrid.org/a...?articleId=747
    von Veröffentlicht: 18.11.2021 09:25
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Die OpenCL-Anwendung kann jetzt auch auf Intel-GPUs genutzt werden, sofern in den Projekteinstellungen die Ausführung von Testanwendungen erlaubt ist. Offen ist die Frage, ob auch dafür ein CPU-Kern reserviert werden muss und ob dieser nicht mit der CPU-Anwendung allein mehr leisten würde.

    Unterstützung für Intel-GPUs
    Ich habe gerade Unterstützung für Intel-GPUs eingerichtet. Es gibt zwei Versionen, 64-Bit-Linux und 64-Bit-Windows, beide benötigen OpenCL 1.1 oder höher.

    Ich habe keine Intel-GPU, kann sie also nicht testen. Es ist aber der gleiche OpenCL-Code, der auf anderen GPUs funktioniert, theoretisch sollten sie also funktionieren. Für die Linux-Version musste ich nur das Intel-OpenCL-SDK herunterladen und die Anwendung gegen die Include-Dateien und Bibliotheken von Intel linken. Die Windows-Version habe ich wie für AMD- und NVIDIA-Karten mit mingw64 cross-kompiliert.

    Da die Anwendungen neu und ungetestet sind, habe ich sie als Beta markiert.
    17.11.2021, 23:57:27 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://numberfields.asu.edu/NumberFields/forum_thread.php?id=501
    Support for Intel GPUs
    I just added support for Intel GPUs. There are 2 versions - 64 bit linux and 64 bit windows, both require openCL 1.1 or higher.

    I don't have an Intel GPU, so I can't test them. But it's the same openCL code that works on other GPUs, so in theory they should work. For the linux version, it was just a matter of downloading the Intel openCL SDK and then linking against Intel's include files and libraries. For the windows version, I cross compiled using mingw64 as I do with AMD/Nvidia cards.

    Since they are new and untested, I made them beta apps.
    17 Nov 2021, 22:57:27 UTC
    von Veröffentlicht: 18.11.2021 08:25
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Da b≥42 597 774 bereits von einem separaten Subprojekt bearbeitet wird, ist der Suchbereich von Generalized Fermat Prime Search n=17 (GFN-17-Low) beschränkt und nach jetzt fast sechseinhalb Jahren bald ausgeschöpft. Ein genaues Enddatum lässt sich nicht nennen, weil nicht absehbar ist, wie sich die Geschwindigkeit dieses Subprojekt durch die anstehenden Challenges bei anderen Subprojekten auf der einen Seite und durch das nahende Ende motivierte zusätzliche Teilnehmer auf der anderen Seite entwickelt. Deshalb erfolgte nun obligatorische 30-Tage-Warnung:

    GFN-17-Low wird beendet
    Beim Subprojekt GFN-17-Low sind nur noch weniger als eine Million Kandidaten zu testen, sodass es in den nächsten Monaten zum Ende kommen wird.

    Diskussionsthread: https://www.primegrid.com/forum_thread.php?id=9796 (engl.)
    14.11.2021 | 18:27:34 MEZ

    Die wichtigste Information aus dem Diskussionsthread:

    ---
    Dies ist die offizielle Warnung vor dem Ende des Subprojekts.

    Betrachtet dies als die offizielle 30-Tage-Warnung, obwohl es vermutlich eher vier Monate als einen Monat dauern wird. Es kommt darauf an, wie viele Leute das Subprojekt laufen lassen und dazustoßen, wenn das Ende näher rückt. Deshalb warne ich euch frühzeitig.

    Es verbleiben weniger als eine Million Kandidaten und wir schaffen derzeit etwa 15000 Aufgaben pro Tag (2 Aufgaben pro Kandidat).
    14.11.2021 | 18:22:54 MEZ


    Originaltexte:
    Zitat Zitat von https://www.primegrid.com/forum_thread.php?id=9797
    GFN-17-Low is finishing
    The GFN-17-LOW project has less than a million candidates to be tested, and thus will come to an end in the next few months.

    Forum discussion thread: https://www.primegrid.com/forum_thread.php?id=9796
    14 Nov 2021 | 17:27:34 UTC
    Zitat Zitat von https://www.primegrid.com/forum_thread.php?id=9796&nowrap=true#152256
    This is the official warning for the sub-project end.

    Consider this to be the official 30 day warning, although it's probably closer to 4 months than to 1 month. It all depends on how much people run 17-low, and as we get closer to the end more and more people will pile onto 17-low. I am therefore giving you the warning early.

    There's less than a million candidates to go, and we're currently doing about 15K tasks per day (2 tasks per candidate.)
    14 Nov 2021 | 17:22:54 UTC

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