• SETI.Germany News RSS-Feed

    von Veröffentlicht: 05.04.2020 11:25
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Mehr als acht Monate lagen die letzten beiden Funde bei SR5-LLR zurück, als in der Woche vor der Year of the Rat Challenge endlich der nächste Schritt zum Beweis der Vermutung, dass k=346802 das kleinste k ist, sodass k*5^n-1 niemals prim ist. Drei weitere Schritte gelangen in den folgenden elf Tagen, doch der Reihe nach:

    SR5-Megaprimzahl!
    Am 5. März 2020 um 15:40:22 MEZ hat PrimeGrids Subprojekt Sierpinski/Riesel Base 5 Problem k=35816 durch Finden einer Megaprimzahl eliminiert:

    35816*5^2945294-1

    Die Primzahl hat 2058677 Dezimalstellen, erreicht Chris Caldwells "Datenbank der größten bekannten Primzahlen" auf Platz 73 insgesamt und ist die größte bekannte Primzahl mit Basis 5. 66 ks verbleiben zum Beweis der verallgemeinerten Riesel-Vermutung zur Basis 5.

    Die Entdeckung gelang Pavel Atnashev (Pavel Atnashev) aus Russland mit einem Intel Xeon E5-2660 v2 @ 2,20 GHz mit 8 GB RAM unter Linux. Dieser Rechner brauchte etwa 3 Stunden 56 Minuten für den Primalitätstest mit LLR. Pavel Atnashev ist Mitglied des Teams Ural Federal University.

    Die Primzahl wurde am 6. März 2020 um 22:41:36 MEZ von John Hall (JH30895) aus den Vereinigten Staaten mit einem Intel Xeon W-3245 @ 3,20 GHz mit 385 GB RAM unter macOS bestätigt. Dieser Rechner brauchte etwa 1 Tag 7 Stunden 33 Minuten für den Primalitätstest mit LLR. John Hall ist Mitglied des Teams Antarctic Crunchers.

    Für weitere Einzelheiten siehe bitte die offizielle Bekanntgabe.
    11.03.2020 | 02:13:15 MEZ


    Ebenfalls im Vorfeld der Challenge konnte ein Mitglied von SETI.Germany ein k eliminieren:

    SR5-Megaprimzahl!
    Am 9. März 2020 um 22:32:46 MEZ hat PrimeGrids Subprojekt Sierpinski/Riesel Base 5 Problem k=146264 durch Finden einer Megaprimzahl eliminiert:

    146264*5^2953282-1

    Die Primzahl hat 2064261 Dezimalstellen, erreicht Chris Caldwells "Datenbank der größten bekannten Primzahlen" auf Platz 74 insgesamt und ist die größte bekannte Primzahl mit Basis 5. 65 ks verbleiben zum Beweis der verallgemeinerten Riesel-Vermutung zur Basis 5.

    Die Entdeckung gelang Wolfgang Schwieger (DeleteNull) aus Deutschland mit einem Intel Core i5-8600K @ 3,60 GHz mit 8 GB RAM unter Windows 10. Dieser Rechner brauchte etwa 6 Stunden 25 Minuten für den Primalitätstest mit LLR. Wolfgang Schwieger ist Mitglied des Teams SETI.Germany.

    Die Primzahl wurde intern mit einem Intel Core i7-7700K @ 4,20 GHz mit 32 GB RAM unter Linux bestätigt.

    Für weitere Einzelheiten siehe bitte die offizielle Bekanntgabe.
    31.03.2020 | 15:40:54 MEZ


    Die beiden weiteren Funde kamen schließlich während der Challenge hinzu:

    Noch eine SR5-Megaprimzahl!
    Am 12. März 2020 um 20:16:51 MEZ hat PrimeGrids Subprojekt Sierpinski/Riesel Base 5 Problem k=238694 durch Finden einer Megaprimzahl eliminiert:

    238694*5^2979422-1

    Die Primzahl hat 2082532 Dezimalstellen, erreicht Chris Caldwells "Datenbank der größten bekannten Primzahlen" auf Platz 76 insgesamt und ist die größte bekannte Primzahl mit Basis 5. 64 ks verbleiben zum Beweis der verallgemeinerten Riesel-Vermutung zur Basis 5.

    Die Entdeckung gelang Chris Howell (Khali) aus den Vereinigten Staaten mit einem Intel Core i9-9900K @ 3,60 GHz mit 32 GB RAM unter Windows 10. Dieser Rechner brauchte etwa 5 Stunden 56 Minuten für den Primalitätstest mit LLR. Chris Howell ist Mitglied des Teams Crunching@EVGA.

    Die Primzahl wurde am 13. März 2020 um 22:25:52 MEZ von Yuki Yoshigoe (SAKAGE@AMD@jisaku) aus Japan mit einem AMD Ryzen Threadripper 3970X mit 128 GB RAM unter Windows 10 bestätigt. Dieser Rechner brauchte etwa 1 Tag 5 Stunden 24 Minuten für den Primalitätstest mit LLR. Yuki Yoshigoe ist Mitglied von Team 2ch.

    Für weitere Einzelheiten siehe bitte die offizielle Bekanntgabe.
    31.03.2020 | 15:49:08 MEZ


    Und noch eine SR5-Megaprimzahl!
    Am 16. März 2020 um 09:21:46 MEZ hat PrimeGrids Subprojekt Sierpinski/Riesel Base 5 Problem k=207494 durch Finden einer Megaprimzahl eliminiert:

    207494*5^3017502-1

    Die Primzahl hat 2109149 Dezimalstellen, erreicht Chris Caldwells "Datenbank der größten bekannten Primzahlen" auf Platz 75 insgesamt und ist die größte bekannte Primzahl mit Basis 5. 63 ks verbleiben zum Beweis der verallgemeinerten Riesel-Vermutung zur Basis 5.

    Die Entdeckung gelang Todd Pickering (EXT64) aus den Vereinigten Staaten mit einem AMD EPYC 7601 mit 126 GB RAM unter Linux. Dieser Rechner brauchte etwa 1 Tag 17 Stunden 59 Minuten für den Primalitätstest mit LLR. Todd Pickering ist Mitglied des Teams [H]ard|OCP.

    Die Primzahl wurde intern mit einem Intel Core i7-7700K @ 4,20 GHz mit 32 GB RAM unter Linux bestätigt.

    Für weitere Einzelheiten siehe bitte die offizielle Bekanntgabe.
    31.03.2020 | 15:55:09 MEZ


    Originaltexte:
    Zitat Zitat von https://www.primegrid.com/forum_thread.php?id=9078
    SR5 Mega Prime!
    On 5 March 2020, 14:40:22 UTC, PrimeGrid’s Sierpinski/Riesel Base 5 Problem project eliminated k=35816 by finding the mega prime:

    35816*5^2945294-1

    The prime is 2,058,677 digits long and enters Chris Caldwell's “The Largest Known Primes Database” ranked 73rd overall and is the largest known base 5 prime. 66 k’s now remain in the Riesel Base 5 problem.

    The discovery was made by Pavel Atnashev (Pavel Atnashev) of Russia using an Intel(R) Xeon(R) E5-2660 v2 CPU @ 2.20GHz with 8GB RAM running Linux. This computer took about 3 hours 56 minutes to complete the primality test using LLR. Pavel Atnashev is a member of the Ural Federal University team.

    The prime was verified on 6 March 2020, 21:41:36 UTC by John Hall (JH30895) of the United States using an Intel(R) Xeon(R) W-3245 CPU @ 3.20GHz with 385GB RAM, running Darwin 19.3.0. This computer took about 1 day, 7 hours 33 minutes to complete the primality test using LLR. John Hall is a member of the Antarctic Crunchers team.

    For more details, please see the official announcement.
    11 Mar 2020 | 1:13:15 UTC
    Zitat Zitat von https://www.primegrid.com/forum_thread.php?id=9098
    SR5 Mega Prime!
    On 9 March 2020, 21:32:46, PrimeGrid’s Sierpinski/Riesel Base 5 Problem project eliminated k=146264 by finding the mega prime:

    146264*5^2953282-1

    The prime is 2,064,261 digits long and enters Chris Caldwell's “The Largest Known Primes Database” ranked 74th overall and is the largest known base 5 prime. 65 k’s now remain in the Riesel Base 5 problem.

    The discovery was made by Wolfgang Schwieger (DeleteNull) of Germany using an Intel(R) Core(TM) i5-8600K CPU @ 3.60GHz with 8GB RAM, running Microsoft Windows 10 Professional x64 Edition. This computer took about 6 hours, 25 minutes to complete the primality test using LLR. Wolfgang Schwieger is a member of the SETI.Germany team.

    The prime was verified internally using an Intel(R) Core(TM) i7-7700K CPU @ 4.20GHz with 32GB RAM, running Linux Debian.

    For more details, please see the official announcement.
    31 Mar 2020 | 14:40:54 UTC
    Zitat Zitat von https://www.primegrid.com/forum_thread.php?id=9099
    Another SR5 Mega Prime!
    On 12 March 2020, 19:16:51 UTC, PrimeGrid’s Sierpinski/Riesel Base 5 Problem project eliminated k=238694 by finding the mega prime:

    238694*5^2979422-1

    The prime is 2,082,532 digits long and enters Chris Caldwell's “The Largest Known Primes Database” ranked 76th overall and is the largest known base 5 prime. 64 k’s now remain in the Riesel Base 5 problem.

    The discovery was made by Chris Howell (Khali) of the United States using an Intel(R) Core(TM) i9-9900K CPU @ 3.60GHz with 32GB RAM, running Microsoft Windows 10 Professional x64 Edition. This computer took about 5 hours, 56 minutes to complete the primality test using LLR. Chris Howell is a member of the Crunching@EVGA team.

    The prime was verified on 13 March 2020, 21:25:52 UTC by Yuki Yoshigoe (SAKAGE@AMD@jisaku) of Japan using an AMD Ryzen Threadripper 3970X 32-Core Processor with 128GB RAM, running Microsoft Windows 10 Professional x64 Edition. This computer took about 1 day, 5 hours, 24 minutes to complete the primality test using LLR. Yuki Yoshigoe is a member of the Team 2ch team.

    For more details, please see the official announcement.
    31 Mar 2020 | 14:49:08 UTC
    Zitat Zitat von https://www.primegrid.com/forum_thread.php?id=9100
    And Another SR5 Mega Prime!
    On 16 March 2020, 08:21:46, PrimeGrid’s Sierpinski/Riesel Base 5 Problem project eliminated k=207494 by finding the mega prime:

    207494*5^3017502-1

    The prime is 2,109,149 digits long and enters Chris Caldwell's “The Largest Known Primes Database” ranked 75th overall and is the largest known base 5 prime. 63 k’s now remain in the Riesel Base 5 problem.

    The discovery was made by Todd Pickering (EXT64) of Germany using an the United States using an AMD EPYC 7601 32-Core Processor with 126GB RAM, running Linux Ubuntu. This computer took about 1 day, 17 hours, 59 minutes to complete the primality test using LLR. Todd Pickering is a member of the [H]ard|OCP team.

    The prime was verified internally using an Intel(R) Core(TM) i7-7700K CPU @ 4.20GHz with 32GB RAM, running Linux Debian.

    For more details, please see the official announcement.
    31 Mar 2020 | 14:55:09 UTC
    von Veröffentlicht: 03.04.2020 07:40
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Über Nacht sind nicht nur zehntausende WUs aufgetaucht, sondern auch ein neuer Beitrag, der die Arbeiten im Kampf gegen COVID-19 beschreibt und hier übersetzt wurde.


    Hilfe im Kampf gegen COVID-19

    Seit dem jüngsten Ausbruch von COVID-19 wurde R@h zur Vorhersage der Struktur von Proteinen verwendet, die für die Krankheit wichtig sind, sowie zur Herstellung neuer, stabiler Mini-Proteine, die als potenzielle Therapeutika und Diagnostika eingesetzt werden können, wie das hier abgebildete Protein, das an einen Teil des COVID-19-Spike-Proteins gebunden ist.

    Um unsere Forschung zu unterstützen, freuen wir uns, ein neues Anwendungs-Update bekannt zu geben, und dank der Hilfe der ARM-Entwicklungsgemeinschaft, einschließlich Rex St. John, Dmitry Moskalchuk, David Tischler, Lloyd Watts und Sahaj Sarup, freuen wir uns, auch die Linux-ARM-Plattform mit aufzunehmen. Mit diesem Update werden wir weiterhin Proteinbinder für COVID-19 und verwandte Ziele unter Verwendung der neuesten Rosetta-Source entwickeln.

    Vielen Dank an die freiwilligen Helfer von R@h für eure anhaltende Unterstützung dieses Projekts. Eure Rechenzeit wird nicht nur für die genaue Modellierung der Strukturen wichtiger Proteine, sondern auch für das Design neuer Proteine verwendet. Schließen wir uns zusammen und kämpfen wir gegen COVID-19!

    Die primäre Art und Weise, wie Proteine miteinander interagieren, ist das Binden aneinander. Wie ihr vielleicht in der Grafikanwendung gesehen habt, gibt es Proteine in allen Formen und Größen. Aus diesem Grund binden die meisten Proteine nicht willkürlich aneinander, sondern nur sehr spezifisch an eine Handvoll anderer Proteine. Zum Beispiel bindet das virale Spike-Protein von COVID-19 an das menschliche ACE2-Protein, wodurch das Virus in die Zelle gelangt.

    Das IPD hat hart daran gearbeitet, die Fähigkeit zur Gestaltung solcher Bindungsinteraktionen zu verbessern. Dieser Prozess beginnt mit der Schaffung eines Satzes von Gitternetzproteinen, die keinen anderen Zweck haben, als sich genau zu einer atomaren Struktur zu falten. Diese Gitter werden dann an ein Zielprotein von Interesse angedockt und ihre Oberflächen so gestaltet, dass sie das Ziel perfekt ergänzen. Abschließend werden die Designs analysiert, gefiltert und im Labor getestet.

    Wir werden nun den Schritt des Oberflächendesigns mit R@h durchführen. Das Andocken und Filtern geht schnell, aber das eigentliche Proteindesign ist langsam. Wir werden die enorme Rechenleistung von R@h nutzen, um jede Aminosäure an jeder Stelle der Oberfläche zu testen. Dann werden wir die besten Kombinationen von Aminosäuren mit Hilfe von Abkühlungs- und Monte-Carlo-Simulationen auswählen. Eine große Anzahl von Simulationen ist der entscheidende Faktor für diesen Vorgang, und deshalb verwenden wir R@h.

    Begleitet uns also in den kommenden Wochen bei der Herstellung von Proteinbindern für COVID-19 und verwandte Proteine. Wir werden immer noch Strukturvorhersagen und das Design von Strukturen durchführen, da diese auch für die Proteinforschung absolut entscheidend sind. Aber haltet Ausschau nach den Anwendungen für das Oberflächendesign, denn jemand könnte die nächste Therapie für COVID-19 entwickeln.

    Und hoffentlich bleibt ihr dabei, wenn die Pandemie vorbei ist. Wir können nur deshalb solche Proteinbinder entwerfen, weil wir seit Jahren hart an diesem Problem arbeiten. Aber es liegt noch ein langer Weg vor uns. Die Weiterentwicklung der Wissenschaft erfordert Zeit und Rechenleistung, deshalb hoffen wir, dass ihr uns auf dieser aufregenden Reise begleiten werdet.


    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=13702#93153

    With the recent COVID-19 outbreak, R@h has been used to predict the structure of proteins important to the disease as well as to produce new, stable mini-proteins to be used as potential therapeutics and diagnostics, like the one displayed above which is bound to part of the COVID-19 spike protein.

    To help our research, we are happy to announce a new application update, and thanks to the help from the Arm development community, including Rex St. John, Dmitry Moskalchuk, David Tischler, Lloyd Watts, and Sahaj Sarup, we are excited to also include the Linux-ARM platform. With this update we will continue to make protein binders to COVID-19 and related targets using the latest Rosetta source.

    Thank you R@h volunteers for your continued support to this project. Your CPU hours are used not only to accurately model the structures of important proteins, but to design new ones as well. Let's band together and fight COVID-19!

    The primary way proteins interact with each other is by sticking to one another. As you may have seen from the R@h graphics application, proteins come in all shapes and sizes. For this reason, most proteins do not stick randomly to each other, but rather stick very specifically to a handful of other proteins. For instance, the viral spike protein of COVID-19 sticks to the human ACE2 protein which is how the virus gains entry to the cell.

    The IPD has been working hard at improving the ability to design such binding interactions. This process starts by creating a set of scaffold proteins that do not have a purpose other than to fold precisely to an atomic structure. These scaffolds are then docked onto a target protein of interest and their surfaces designed to perfectly complement the target. Finally, the designs are scored, filtered, and tested for binding in the lab.

    We will now be using R@h to do the surface design step. Docking and filtering are fast, but actually doing protein design is slow. We will be using the massive amounts of compute power available on R@h to sample every amino acid at every position at the interface. We will then pick the best combinations of amino acids using simulated annealing and Monte-Carlo. Sampling is key for this process and this is why we turn to R@h.

    So, join us in the coming weeks as we make binders to COVID-19 and related proteins. We'll still be doing structure prediction and scaffold design as these are absolutely critical to protein science as well. But look out for the interface design cases, because someone might be designing the next COVID-19 cure.

    And hopefully you'll stick around once the pandemic is over. We can only design binders like this because we've been working hard at the problem for years. There's still a long way to go, though. Improving the science takes time and computing, so we hope you'll join us on this exciting ride.
    von Veröffentlicht: 01.04.2020 01:00
    1. Kategorien:
    2. SETI.Germany

    Liebe Mitcruncher,

    gut fünf Jahre nach den "Gemeinsam gegen Ebola"-Aktionen bei Rosetta@home und World Community Grid steht nun ein anderes Virus im Fokus der Teamwork-Projektempfehlung. Das im internen Subforum für alle SETI.Germany-Mitglieder ausgewählte Projekt ist wiederum Rosetta@home.

    In den ersten 20 April-Tagen können wir das sogar im Rahmen des Charity Events gemeinsam mit L'Alliance Francophone als Charity Team angehen.

    Projekt-URL: https://boinc.bakerlab.org/rosetta/
    SETI.Germany beitreten: https://boinc.bakerlab.org/rosetta/t...form.php?id=26
    Artikel im SG-Wiki: https://www.seti-germany.de/wiki/Rosetta@home

    Stats von XSmeagolX: Team-Vergleich, Mitglieder von SETI.Germany

    Teilnahme über den SG-Booster-Account ist mit dieser XML-Datei möglich: account_boinc.bakerlab.org_rosetta.xml (Anleitung)

    Anwendungen gibt es für Windows und Linux (32- und 64-Bit) sowie macOS (nur 64-Bit).

    Dieses Projekt soll eine zwanglose Empfehlung für alle sein, die noch etwas für arbeitslose Rechner suchen, oder auch als Backupprojekt während anderer Aktionen dienen.

    Wir laden alle SETI.Germany-Mitglieder ein, für die eine oder andere WU vorbeizuschauen. Happy Vollgascrunching!

    Zum Diskussionsthread
    von Veröffentlicht: 30.03.2020 14:00
    1. Kategorien:
    2. Allgemein



    Liebe Mitglieder und Freunde von SETI.Germany,

    unter dem Eindruck der Coronavirus-Pandemie reanimieren wir in diesem Jahr gemeinsam mit unseren Freunden vom Team L'Alliance Francophone die Idee des Charity Events. Vom 01.04. um 2:00 MESZ bis zum 21.04. um 1:59 MESZ sind die Cruncher aus den Teams SETI.Germany, L'Alliance Francophone und darüber hinaus eingeladen, gemeinsam als Charity Team beim Projekt Rosetta@home einen Beitrag zum besseren Verständnis des Virus SARS-CoV-2 zu leisten.

    Projekt-URL: http://boinc.bakerlab.org/rosetta/
    Beitritt zum Charity Team: https://boinc.bakerlab.org/rosetta/t...m.php?id=10787

    Diskussionsthread im SETI.Germany-Forum: https://www.seti-germany.de/forum/th...ht-da-noch-was
    Internationales Charity-Team-Forum: https://forum.charity.boinc-af.org/index.php?board=13.0

    Teilnahme ohne eigenen Account ist über den SG-Booster-Account mit dieser XML-Datei möglich: account_boinc.bakerlab.org_rosetta.xml (Anleitung)
    von Veröffentlicht: 29.03.2020 14:00
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Bevor es in eine längere Pentathlon-Pause geht, macht die PrimeGrid Challenge Series erstmals seit drei Jahren wieder Station beim LLR-Subprojekt mit den kürzesten WUs. Anlass ist der 244. Geburtstag der Namensgeberin:

    Sophie Germain's Birthday Challenge
    Beginn: 01.04.2020, 12:00 UTC = 13:00 MEZ = 14:00 MESZ
    Ende: 04.04.2020, 12:00 UTC = 13:00 MEZ = 14:00 MESZ
    Subprojekt: Sophie Germain Prime Search LLR (SGS)


    Der offizielle Thread zur Challenge im PrimeGrid-Forum ist hier zu finden.

    Es zählen für diese Challenge nur WUs des Subprojekts Sophie Germain Prime Search LLR (SGS), die nach dem 01.04. um 14:00 Uhr heruntergeladen und vor dem 04.04. um 14:00 Uhr zurückgemeldet werden! Das gewünschte Subprojekt kann in den PrimeGrid-Einstellungen festgelegt werden.

    Anwendungen gibt es für Windows und Linux (32- und 64-Bit) sowie macOS (64-Bit). Wer in den letzten Monaten keine WUs von einem PrimeGrid-LLR-Subprojekt berechnet hat, sollte dies vielleicht schon vor der Challenge mit kleineren WUs wie SGS nachholen, um die relativ große Anwendung (~35 MB) bereits auf dem Rechner zu haben.

    Die verwendete LLR-Anwendung belastet die CPU sehr stark und toleriert keinerlei Fehler. Daher bitte nicht zu stark übertakten und auf gute Kühlung achten!

    Die Laufzeiten liegen bei wenigen Minuten auf den schnellsten CPUs, moderne CPUs profitieren von den automatisch verwendeten Befehlssatzerweiterungen wie AVX, FMA3 und AVX-512. Anders als bei LLR-Subprojekten mit längeren WUs erreichen die meisten Rechner den größten Durchsatz mit einer WU pro CPU-Kern (in den Projekteinstellungen sollte Multi-threading: Max # of threads for each task also auf 1 stehen).

    Die Punkte für die Challenge-Statistik sind identisch mit den BOINC-Credits, werden jedoch sofort gutgeschrieben, während die BOINC-Credits erst vergeben werden, wenn das Quorum von 2 übereinstimmenden Ergebnissen erreicht ist.

    Team-Stats bei PrimeGrid
    User-Stats bei PrimeGrid

    Team-Stats bei SETI.Germany
    Detail-Statistik für SETI.Germany
    User-Stats bei SETI.Germany

    Zum Diskussionsthread
    von Veröffentlicht: 29.03.2020 12:05
    1. Kategorien:
    2. SETI.Germany

    Zum bevorstehenden Ruhezustand bei SETI@home und dem Charity Event bei Rosetta@home wurde soeben die folgende neue Ausgabe des SETI.Germany-Newsletters versendet:

    SETI.Germany Newsletter #78

    Liebe Mitglieder und Freunde von SETI.Germany,

    in dieser Zeit, in der von persönlichen Begegnungen abzuraten ist, ist es von Vorteil, dass sich unser gemeinsames Hobby größtenteils in den eigenen vier Wänden abspielt und wir über digitale Wege wie unser Forum und unseren Chat in Kontakt sind. Das wird auch weiterhin gelten, wenn SETI@home keine Arbeitspakete mehr verteilt, zudem können wir mit unserer Rechenleistung einen Beitrag zur Bekämpfung des unser öffentliches Leben auf den Kopf stellenden Coronavirus leisten.


    Inhalt:

    1) SETI@home im Ruhezustand
    2) Charity Event bei Rosetta@home (01.-21. April)

    ------------------------------------------------------------

    1) SETI@home im Ruhezustand

    Nach mehr als 20 Jahren wird unser namensgebendes Projekt SETI@home zum Monatsende die Verteilung von Arbeitspaketen bis auf weiteres einstellen. Dieser -sicherlich für manchen überraschende- Schritt wird damit begründet, dass die Forscher sich verstärkt der Auswertung des über die Jahre angesammelten Datenberges und der Veröffentlichung von Ergebnissen widmen wollen und daher zunächst keine weiteren Daten benötigt werden. Das muss nicht das endgültige Ende des Projektes sein, Ideen für eine Fortsetzung mit gegebenenfalls anderem Schwerpunkt sollen in den kommenden Monaten ausgearbeitet werden.

    In jedem Fall bedeutet dies weder das Ende noch eine Pause für unser Team SETI.Germany, schließlich sind noch viele Rechenaufgaben zu lösen. Trotz in den letzten Jahren rückläufiger Anzahl aktiver Projekte kann allein mit der BOINC-Software noch immer ein ganzer Zoo verschiedener Forschungsgebiete unterstützt werden. So muss sich kein Rechner langweilen, sondern kann etwa bei Einstein@Home weiterhin aus dem All empfangene Signale auswerten oder auch ganz andere Dinge tun, etwa ganz aktuell bei Rosetta@home die Proteine erforschen, aus denen das Coronavirus SARS-CoV-2 aufgebaut ist. Bei jedem Projekt ist es möglich, im Team SETI.Germany aktiv zu sein.

    Links:
    * Nachricht des Projektes (Übersetzung): https://www.seti-germany.de/forum/co...-31-Maerz-2020
    * Diskussionsthread: https://www.seti-germany.de/forum/th...Ende-Seti-Home
    * Projektliste: https://www.seti-germany.de/wiki/Projekte

    ------------------------------------------------------------

    2) Charity Event 2020 bei Rosetta@home (01.-21. April)

    Wie bereits erwähnt beschäftigt sich das Projekt Rosetta@home derzeit unter anderem mit der Erforschung des Coronavirus SARS-CoV-2 (wie außerdem auch das nicht unter BOINC laufende Projekt Folding@home sowie zu einem kleinen Teil das Projekt TN-Grid und geplantermaßen GPUGRID). Aus diesem Grund reanimieren die Teams SETI.Germany und L'Alliance Francophone gemeinsam das Charity Event: Nach einem monatelangen Wettrennen beider Teams gegeneinander um den Jahreswechsel 2007/08 entstand die Idee, miteinander als temporäres Charity Team ein kleines Projekt aus dem medizinischen Bereich zu unterstützen. Von 2009 bis 2018 wurde das Charity Event bei wechselnden Projekten jeweils für zwei Wochen im Januar ausgetragen, nun wird es anlässlich der Coronavirus-Pandemie neu aufgelegt.

    Das Charity Event 2020 wird vom 1. bis 21. April (jeweils 2:00 MESZ) stattfinden. Mitglieder von SETI.Germany, L'Alliance Francophone und darüber hinaus sind eingeladen, sich in dieser Zeit dem Charity Team anzuschließen. Wer keinen eigenen Account beim Projekt erstellen möchte, kann den SG-Booster-Account verwenden.

    Links:
    * Rosetta@home: http://boinc.bakerlab.org/rosetta/
    * Charity Team bei Rosetta@home: https://boinc.bakerlab.org/rosetta/t...p?teamid=10787
    * Charity-Event-Forum: https://forum.charity.boinc-af.org/index.php?board=13.0
    * Diskussionsthread im SETI.Germany-Forum: https://www.seti-germany.de/forum/th...ht-da-noch-was
    * Teilnahme über SG-Booster-Account: https://www.seti-germany.de/forum/sh...921#post325921


    Happy Vollgascrunching und bleibt gesund!
    von Veröffentlicht: 27.03.2020 17:35
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Während Schulen, Museen, Büros und Geschäfte geschlossen werden, um die Ausbreitung des neuen Coronavirus zu verlangsamen, sitzen nun Millionen von Menschen zu Hause fest. Glücklicherweise gibt es selbst in diesen schwierigen Zeiten kleine Schritte, die jeder machen kann, um bei der Bekämpfung von COVID-19 zu helfen.

    Eine Möglichkeit ist die Spende für die biomedizinische Forschung - aber dazu muss man nicht unbedingt seine Brieftasche öffnen.

    Rosetta@Home ist ein verteiltes Computerprojekt, das sich auf ein Netzwerk von Computern von Freiwilligen stützt. Ziel des Projekts ist es, mehr über wichtige Biomoleküle zu erfahren, einschließlich der Proteine, aus denen das neue Coronavirus besteht. Auf diese Weise können die Wissenschaftler entdecken, wie man Medikamente und Impfstoffe gegen das Coronavirus entwickeln kann. Rosetta@Home arbeitet auf der seit 2002 bestehenden offenen Infrastruktur für Netzwerk-Computing (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing, BOINC). BOINC ist quelloffen und wird hauptsächlich von der National Science Foundation finanziert.

    In den letzten Tagen hat Rosetta@Home eine Welle neuer Freiwilliger erlebt, die großzügig die Nutzung ihrer ungenutzten Desktop-, Laptop- und Smartphone-Prozessoren spenden. Die Zahl der aktiven Benutzer hat sich verdoppelt, und vier der zehn outputstärksten Tage des Projekts sind erst in der letzten Woche entstanden. Diese Unterstützung treibt die Forschung über das neue Coronavirus am UW-Institut für Proteindesign und an anderen Universitäten voran.

    Neue Freiwillige treten in den Dienst des Projekts

    Um die Öffentlichkeit vor dem neuen Coronavirus zu schützen, musste das Phillip and Patricia Frost Museum of Science in Miami vorübergehend geschlossen werden. Das Museum beherbergt ein hochmodernes Planetarium, das von den Dell PowerEdge 7910-Servern des Frost-Planetariums, bestehend aus 168 Prozessoren, betrieben wird. Das Frost-Museum hat gerade kommuniziert, dass es seine freigewordene Rechenkraft großzügig für das Rosetta@Home-Projekt einsetzt.

    "Als eine führende wissenschaftliche Einrichtung wollten wir einen Weg finden, die leistungsstarke Computertechnologie, die wir mit unserer Schließung ungenutzt gelassen hatten, wieder zu nutzen. Jetzt unterstützen wir aktiv bahnbrechende Forschung, die uns helfen wird, einige der größten Herausforderungen der Welt zu lösen, wie z.B. COVID-19. Jetzt müssen wir mehr denn je zusammenarbeiten und Wissenschaft und hochwertige Forschung an der Spitze unseres Denkens halten. Wir ermutigen andere, sich unserem Frost Science BOINC-Team anzuschließen und direkt von zu Hause aus zu helfen, etwas zu verändern", sagte Frank Steslow, Präsident und CEO von Frost Science.

    Modus Create, eine multinationale Beratungsfirma, hat ebenfalls angekündigt, dass sie alle Computer-Ersatzteile an ihrem Hauptsitz in Reston, Virginia, sowohl für Rosetta@Home als auch für Folding@Home, ein ähnliches Projekt, spenden wird. "Der Einfallsreichtum der Menschheit zeigt sich oft am besten in Zeiten der Krise", schreiben sie. Wie viele Freiwillige hat auch Modus ein Team bei BOINC gebildet, das ihre Spenden organisiert. Es wurden über 11.000 solcher Teams gebildet, darunter viele aus Universitäten, Unternehmen und anderen Institutionen.

    Es ist einfach, Rosetta@Home beizutreten

    Der Beitritt zu Rosetta@Home ist einfach. Laden Sie zunächst die BOINC-Anwendung auf ein kompatibles Gerät (Windows, Mac, Linux oder Android) herunter. Wählen Sie dann Rosetta@Home als Ihr bevorzugtes Projekt aus. Das war's schon! Rosetta@Home ist nicht gewinnorientiert, wird von Akademikern betrieben und sammelt keine Ihrer persönlichen Daten. Folgen Sie dem Projekt auf Twitter für Updates: @RosettaAtHome

    Wenn Rosetta@Home auf Ihren Geräten läuft, können Sie selbst im Schlaf einen Beitrag zur Wissenschaft leisten.


    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://www.ipd.uw.edu/2020/03/volunteers-rally-to-rosettahome-to-stop-covid-19/
    As schools, museums, offices and stores shutter to slow the spread of the new coronavirus, millions of people are now finding themselves stuck at home. Fortunately, even in these trying times, there are are small steps that anyone can be take to help combat COVID-19.

    One option is to donate to biomedical research — but doing so doesn’t necessarily require opening your wallet.

    Rosetta@Home is a distributed computing project that relies on a network of volunteer computers. The goal of the project is to learn more about important biomolecules, including the proteins that comprise the new coronavirus. In doing so, scientists may discover how to create medicines and vaccines to stop it. Rosetta@Home operates on the Berkeley Open Infrastructure for Network Computing, or BOINC, which has existed since 2002. BOINC is open-source and funded primarily by the National Science Foundation.

    In recent days, Rosetta@Home has seen a surge of new volunteers who are generously donating the use of their idle desktop, laptop and smartphone processors. The number of active users has doubled, and four of the project’s ten best compute days have occurred just in the last week. This giving is powering research on the new coronavirus at the UW Institute for Protein Design and at other universities.

    New volunteers stepping up

    To keep the public safe from the new coronavirus, the Phillip and Patricia Frost Museum of Science in Miami, Floria has had to temporarily close. The museum is home to a state-of-the-art planetarium, powered by the Frost Planetarium’s Dell PowerEdge 7910 servers, consisting of 168 processors. The Frost Museum just announced that it is generously donating its computer downtime to the Rosetta@Home project.

    “As a leading scientific institution, we wanted to find a way to repurpose the powerful computing technology we had idle with our closure. We are now actively supporting groundbreaking research that will help us solve some of the world’s biggest challenges, such as COVID-19. Now more than ever, we need to work together and keep science and high quality research at the forefront of our thinking. We encourage others to join our Frost Science BOINC team and help make a difference, right from their homes” said Frank Steslow, Frost Science President & CEO.

    Modus Create, a multi-national consulting firm, has also announced that it is donating all spare computer parts at its headquarters in Reston, Virginia to both Rosetta@Home and Folding@Home, a similar project. “Humanity’s ingenuity is often best demonstrated at times of crisis,” they write. Like many volunteers, Modus has also created a team on BOINC to organize their giving. Over 11,000 such teams have been formed, including many from universities, business and other institutions.

    It is easy to join Rosetta@Home

    Joining Rosetta@Home is simple. First, download the BOINC app on a compatible device (Windows, Mac, Linux or Android). Then, select Rosetta@Home as your preferred project. That’s it! Rosetta@Home is not for profit, operated by academics and will not collect any of your personal information. Follow the project on Twitter for updates: @RosettaAtHome

    With Rosetta@Home running on your devices, you can contribute to science even as you sleep.
    von Veröffentlicht: 23.03.2020 17:55
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Die Anwendung für NVIDIA-Grafikkarten wurde aktualisiert, sodass jetzt auch aktuelle Grafikkarten unterstützt werden.

    Neue CUDA-Anwendung für Windows x64
    Wir freuen uns, euch die neue CUDA-Anwendung vorzustellen, die unser Team gestern herausgegeben hat.

    Was wurde verbessert?
    • Wir haben Unterstützung für die neuesten Befehlssätze (Compute Capabilities, CC) hinzugefügt. Die Anwendung wurde mit dem neuesten CUDA SDK v10.2 erstellt, um NVIDIA-Grafikkarten mit den neuesten Befehlssätzen zu unterstützen. Diese Version unterstützt CC 3.0, 3.5, 3.7, 5.0, 5.2, 6.0, 6.1, 7.0, und 7.5 der Architekturen Kepler, Maxwell, Pascal, Volta und Turing und der entsprechenden GeForce-, Quadro-, NVS- und Tesla-Serien, aber KEINE Tegra- oder Jetson-SoC-Geräte (CC 3.2, 5.3, 6.2 und 7.2), welche für dieses Projekt nicht interessant sind.
    • Problem mit besonderen Lichtkurven mit mehr als 1000 Datenpunkten behoben.


    Es gibt keine x86-Version (32 Bit). CUDA 10.2 unterstützt nur x64-Betriebssysteme (64 Bit).

    Die Aktualisierung könnte zu Nebenwirkungen führen.
    Falls euer BOINC-Client für die WUs eine ungewöhnliche Restzeit anzeigt, könnt ihr wie folgt vorgehen:
    1. Im Reiter "Projekte" für Asteroids@Home "keine neuen Aufgaben" einstellen.
    2. Alle bereits heruntergelandenen Aufgaben zu Ende laufen lassen.
    3. Wenn alle fertig berechnet und an den Server gemeldet sind, das Projekt mit dem "Projekt zurücksetzen"-Knopf im Reiter Projekte zurücksetzen.


    Wir empfehlen außerdem, die neueste stabile Version des BOINC-Clients (7.14) zu verwenden.

    Zu guter Letzt empfehlen wir Teilnehmern mit CUDA-Grafikkarten dringend, ihre Treiber auf die aktuelle Version zu aktualisieren. Derzeit ist das 445.75 (WHQL). Ihr könnt diese hier finden: https://www.nvidia.de/Download/drive...aspx/159223/de
    Treiber für ältere Grafikkarten sind hier zu finden: https://www.nvidia.de/Download/Find.aspx?lang=de

    Trotz Herausgabe der neuen CUDA-Anwendung werden wir weiterhin ältere Grafikkarten mit älteren Treibern mit der bisherigen CUDA55-Anwendung unterstützen.

    Ich möchte außerdem Georgi Vidinski danken, der die Version ermöglicht hat.


    Radim Vančo (FoxKyong)
    23.03.2020, 9:55:20 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von http://asteroidsathome.net/boinc/forum_thread.php?id=791
    New CUDA application for Windows x64 Release
    We are proud to present you the new CUDA application that was released by our team yesterday.

    What's improved?
    - We've Added support for latest Compute Capabilities (CC). Application was built with latest CUDA SDK v10.2 adding support for latest NVIDIA devices with Compute Capabilities (CC). This build supports CC 3.0, 3.5, 3.7, 5.0, 5.2, 6.0, 6.1, 7.0, & 7.5 from Kepler, Maxwell, Pascal, Volta & Turing architectures and their GeForce, Quadro, NVS and Tesla series, but does NOT supports Tegra and Jetson SoC Series devices (CC 3.2, 5.3, 6.2 & 7.2) which are not subject of interest for this project.
    - Fixed issue with special Light curves which has more than 1000 points.

    There is no x86 (32bit) version. CUDA 10.2 supports x64 (64bits) operating systems only.

    Side effects that could be observed because of the update.
    If your client shows unusual "Remaining time" for the tasks you can follow these steps:
    1) Set "No new tasks" from "Project" tab for "Asteroids@Home" project.
    2) Then you need to finish your recently downloaded tasks.
    3) When all are done and reported to the server please reset the project with 'Reset project' button at Project tab.

    We also suggest to use the latest stable version 7.14.0 of BOINC client.

    And last but not least we strongly suggest users, who has CUDA enabled devices to upgrade their drivers to the latest one. For today it is 442.74 - WHQL. You will find it here: https://www.nvidia.com/Download/driv...x/158759/en-us
    For legacy drivers you will find drivers here: https://www.geforce.com/drivers/beta-legacy

    Despite new CUDA application is release we will continue to support older devices with older drivers by the previous CUDA55 application.

    I would also like to thank Georgi Vidinski who made this release possible.


    Radim Vančo (FoxKyong)
    23 Mar 2020, 8:55:20 UTC
    von Veröffentlicht: 20.03.2020 17:35
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Im Rosetta@home-Forum wird über eine spannende Publikation berichtet, die an dieser Stelle übersetzt sei.

    Das Designen formverändernder Proteine

    Heute berichten wir über das Design von Proteinsequenzen, die mehr als eine gut gefaltete Struktur annehmen, was an virale Fusionsproteine erinnert. Diese Forschung bringt uns der Schaffung künstlicher Proteinsysteme mit zuverlässigen beweglichen Teilen näher.

    In der Natur verändern viele Proteine ihre Form als Reaktion auf ihre Umgebung. Diese Plastizität ist oft mit der biologischen Funktion verbunden. Während das rechnergestützte Proteindesign dazu verwendet wurde, Moleküle zu schaffen, die sich in einen einzigen stabilen Zustand falten, und natürliche Proteine umzugestalten, um ihre Dynamik oder Faltung zu verändern, ist das Design von Grund auf eng verwandter Sequenzen, die gut definierte, aber divergierende Strukturen annehmen, eine herausragende Herausforderung geblieben.

    Um formverändernde Proteine zu erzeugen, begann ein Team unter der Leitung der kürzlich im Baker-Labor promovierten Kathy Wei damit, Sätze von Aminosäuresequenzen zu identifizieren, von denen vorhergesagt wurde, dass sie sich in sehr unterschiedliche Strukturen falten - in diesem Fall Paare zylindrischer Helixbündel mit unterschiedlichen Längen.

    "Wir wussten von Anfang an, dass wir eine Sequenz zwischen einem kurzen Zustand mit spiralförmigen "Armen", die "nach unten" zeigen, und einem langen Zustand mit spiralförmigen "Armen", die "nach oben" zeigen, umwandeln wollten. Der Plan war, mit Hilfe etablierter Protokolle zunächst verschiedene Proteine zu entwerfen, die sich in jedem der beiden Zustände befinden, und dann die Sequenzen dieser beiden Ausgangspunkte zueinander zu mutieren, bis wir eine Sequenz gefunden haben, die sich in beide Zustände falten lässt", sagt Wei.

    Nach den Designrunden am Computer und Tests im Labor gelang es dem Team, ein einziges Molekül zu schaffen, das in beiden Zuständen zu sehen ist.

    "Eine der größten Herausforderungen bei diesem Projekt war es, einen Weg zu finden, um zu erkennen, ob die Proteine die Form annehmen, für die sie entworfen wurden. Hochdurchsatz-Screeningmethoden neigen dazu, sich auf eine enzymatische Eigenschaft eines Proteins zu verlassen. Da sich diese entworfenen Proteine nur in ihrer Form unterschieden, mussten wir ihre Faltung mittels Kristallographie und NMR überprüfen, was ein langsamer Prozess ist und nicht garantiert zu Ergebnissen führt."

    "Wir haben zwar eine wirklich vielversprechende Proteinsequenz gefunden, die wir in beiden geplanten Zuständen messen können, aber sie ist überraschend viel weniger dynamisch, als wir erwartet hätten. Als Nächstes wollen wir verstehen, wie wir die Konformationsänderungen dynamischer machen und wie wir sie kontrolliert auslösen können."

    Dem Team gehörten Wissenschaftler der Universität von Washington, der UC Berkeley, der UC Santa Cruz und der Stanford University an. Ihre Arbeit wurde von NIH, DOE, HHMI und dem Chan Zuckerberg Biohub unterstützt.

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://www.ipd.uw.edu/2020/03/designing-shape-shifting-proteins/
    Today we report the design of protein sequences that adopt more than one well-folded structure, reminiscent of viral fusion proteins. This research moves us closer to creating artificial protein systems with reliable moving parts.

    In nature, many proteins change shape in response to their environment. This plasticity is often linked to biological function. While computational protein design has been used to create molecules that fold to a single stable state and to re-engineer natural proteins to alter their dynamics or fold, the design from scratch of closely related sequences that adopt well-defined but divergent structures has remained an outstanding challenge.
    Kathy Wei, Ph.D.

    To create shape-shifting proteins, a team led by recent Baker lab postdoc Kathy Wei, Ph.D., began by identifying sets of amino acid sequences predicted to fold into very different structures — in this case, pairs of cylindrical helical bundles with different lengths.

    “We knew from the beginning that we wanted a sequence to transform between a short state with helical “arms” pointed “down” and a long state with helical “arms” pointed “up”. The plan was to use established protocols to first design different proteins that are in each of the two states and then mutate the sequences of these two starting points toward each other until we found a sequence that could fold into both states,” said Wei.

    After rounds of design on the computer and testing in the lab, the team succeeded in creating a single molecule that could be seen in both states.

    “One of the main challenges for this project was finding a way to tell if the proteins took on the shape they were designed to be in. High-throughput screening methods tend to rely on an enzymatic property of a protein. Since these designed proteins only differed in their shapes, we had to use crystallography and NMR to check their folding, which is a slow process and not guaranteed to yield results.”

    “While we found a really promising protein sequence that we can measure in both of the designed states, it’s surprisingly much less dynamic than we would’ve expected. Next, we want to understand how to make the conformational changes more dynamic and how to trigger them in a controlled manner.“

    The team included scientists from the University of Washington, UC Berkeley, UC Santa Cruz, and Stanford. Their work was supported by the NIH, DOE, HHMI and the Chan Zuckerberg Biohub.
    von Veröffentlicht: 19.03.2020 17:50
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Das Subprojekt Universe ULX, welches sich mit der Sternentwicklung zu ultraleuchtkräftigen Röntgenquellen (engl. ultraluminous X-ray sources, ULX) befasst, ist seit gestern mit neuer Anwendung wieder aktiv:

    Neue ULX-WUs
    Neue Serien von ULX-WUs sind auf dem Server.

    Die WUs sind nicht so lang und sollten weniger als zwei Stunden auf Mittelklasse-Rechnern laufen.

    Die Anwendung wurde auf Debian 9.1 mit Kernel 4.9 kompiliert.
    Auf älteren Kernels wird die Anwendung Fehler erzeugen...
    18.03.2020, 17:30:57 MEZ

    Zitat Zitat von https://universeathome.pl/universe/forum_thread.php?id=507
    New ULX's
    New batch of ULX WU's are on server.

    The work units are not so long and should finish in less then two ours on medium specs computer.

    The application is compiled on 4.9 kernel in Debian 9.1.
    On older kernels application will generate errors...
    18 Mar 2020, 16:30:57 UTC

    Seite 11 von 122 Erste ... 9 10 11 12 13 21 61 111 ... Letzte
Single Sign On provided by vBSSO