• SETI.Germany News RSS-Feed

    von Veröffentlicht: 25.10.2020 13:35
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    Die Auswirkungen der International Bacon Day Challenge am Anfang des Monats sind unverkennbar: Der September war nach dem Februar (Tour de Primes) und dem April (Sophie Germain's Birthday Challenge bei SGS) der Monat mit den bisher drittmeisten Primzahlfunden in diesem Jahr. Von insgesamt 245 Funden entfielen 14 Erstfunde und 14 Doublechecks auf Mitglieder von SETI.Germany.

    Kein Fund erreichte die Top 100 der größten bekannten Primzahlen, aber acht Primzahlen haben mehr als 1 Million Dezimalstellen (die beiden aufeinanderfolgenden Primzahlen mit gleichem Erstfinder und Doublechecker sind kein Copy&Paste-Fehler ):

    • Die 1034045-stellige verallgemeinerte Fermat-Primzahl 77469882^131072+1 wurde am 07.09.2020 um 05:56:24 MEZ von DeleteNull (Team: SETI.Germany) aus Deutschland mit einer NVIDIA GeForce RTX 2070 SUPER in Verbund mit einem AMD Ryzen 7 3700X gefunden, wobei für den PRP-Test mit Genefer 3 Minuten 46 Sekunden benötigt wurden. Die Bestätigung erfolgte am 07.09.2020 um 06:01:46 MEZ durch vaughan (AMD Users) aus Australien mit einer NVIDIA GeForce GTX 1080 in Verbund mit einem Intel Core i5-3570K, wobei für den PRP-Test mit Genefer 7 Minuten 29 Sekunden benötigt wurden.

    • Die 1004742-stellige Proth-Primzahl 2957*2^3337667+1 wurde am 08.09.2020 um 01:24:29 MEZ von Jason (Columbia College Hollywood) aus den Vereinigten Staaten mit einem Intel Core i3-6100 gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR auf 2 Threads etwa 1 Stunde 14 Minuten benötigt wurden. Die Bestätigung erfolgte am 08.09.2020 um 04:09:05 MEZ durch Federico Vera (CIM-FCM-UNC) aus Argentinien mit einem Intel Core i5-7400, wobei für den Primalitätstest mit LLR etwa 55 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1846702-stellige verallgemeinerte Fermat-Primzahl 11081688^262144+1 wurde am 18.09.2020 um 14:47:26 MEZ von zombie67 [MM] (SETI.USA) aus den Vereinigten Staaten mit einer NVIDIA GeForce RTX 2080 Ti in Verbund mit einem Intel Core i9-9820X gefunden, wobei für den PRP-Test mit Genefer 12 Minuten 3 Sekunden benötigt wurden. Die Bestätigung erfolgte am 18.09.2020 um 15:06:21 MEZ durch walli (SETI.Germany) aus Deutschland mit einer NVIDIA GeForce GTX 1060 6GB in Verbund mit einem AMD Phenom II X6 1090T, wobei für den PRP-Test mit Genefer 35 Minuten 10 Sekunden benötigt wurden.

    • Die 1034374-stellige verallgemeinerte Fermat-Primzahl 77918854^131072+1 wurde am 20.09.2020 um 04:03:40 MEZ von k4m1k4z3 (Overclock.net) aus den Vereinigten Staaten mit einer NVIDIA GeForce GTX 1080 Ti in Verbund mit einem Intel Core i7-6700K gefunden, wobei für den PRP-Test mit Genefer 5 Minuten 21 Sekunden benötigt wurden. Die Bestätigung erfolgte am 20.09.2020 um 04:35:00 MEZ durch gemini8 (Rechenkraft.net) aus Deutschland mit einer NVIDIA GeForce GTX 1050 Ti in Verbund mit einem Intel Core i7-2600K, wobei für den PRP-Test mit Genefer 17 Minuten 29 Sekunden benötigt wurden.

    • Die 1034378-stellige verallgemeinerte Fermat-Primzahl 77924964^131072+1 wurde am 20.09.2020 um 07:47:11 MEZ von zombie67 [MM] (SETI.USA) aus den Vereinigten Staaten mit einer NVIDIA GeForce GTX 1660 Ti in Verbund mit einem AMD Ryzen Threadripper 3970X gefunden, wobei für den PRP-Test mit Genefer 6 Minuten 1 Sekunde benötigt wurden. Die Bestätigung erfolgte am 20.09.2020 um 07:58:07 MEZ durch michalides (SETI.Germany) aus Deutschland mit einer NVIDIA GeForce GTX 1050 Ti in Verbund mit einem AMD Phenom II X6 1090T, wobei für den PRP-Test mit Genefer 17 Minuten 58 Sekunden benötigt wurden.

    • Die 1034498-stellige verallgemeinerte Fermat-Primzahl 78089172^131072+1 wurde am 24.09.2020 um 19:24:27 MEZ von tng (Antarctic Crunchers) aus den Vereinigten Staaten mit einer NVIDIA GeForce RTX 2070 in Verbund mit einem Intel Core i9-10920X gefunden, wobei für den PRP-Test mit Genefer 5 Minuten 16 Sekunden benötigt wurden. Die Bestätigung erfolgte am 24.09.2020 um 20:57:23 MEZ durch Doc No (Heinlein Fans) aus den Vereinigten Staaten mit einer AMD Radeon RX 580 in Verbund mit einem Intel Xeon E5520, wobei für den PRP-Test mit Genefer 22 Minuten 20 Sekunden benötigt wurden.

    • Die 1034608-stellige verallgemeinerte Fermat-Primzahl 78240016^131072+1 wurde am 28.09.2020 um 18:25:28 MEZ von tng (Antarctic Crunchers) aus den Vereinigten Staaten mit einer NVIDIA GeForce RTX 2070 SUPER in Verbund mit einem Intel Core i7-9700K gefunden, wobei für den PRP-Test mit Genefer 5 Minuten 1 Sekunde benötigt wurden. Die Bestätigung erfolgte am 28.09.2020 um 18:51:45 MEZ durch Doc No (Heinlein Fans) aus den Vereinigten Staaten mit einer NVIDIA GeForce GTX 1080 Ti in Verbund mit einem Intel Core i7-7700K, wobei für den PRP-Test mit Genefer 5 Minuten 45 Sekunden benötigt wurden.

    • Die 1004905-stellige Proth-Primzahl 2189*2^3338209+1 wurde am 29.09.2020 um 00:30:45 MEZ von Walleye24 (USA) aus den Vereinigten Staaten mit einem AMD Ryzen 7 3700X gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR etwa 48 Minuten benötigt wurden. Die Bestätigung erfolgte am 29.09.2020 um 00:35:52 MEZ durch Per (US Navy) aus den Vereinigten Staaten mit einem Intel Core i7-6950X, wobei für den Primalitätstest mit LLR auf 4 Threads etwa 36 Minuten benötigt wurden.


    Hinzu kamen 237 kleinere Primzahlen bei folgenden Subprojekten:

    • Proth Prime Search (PPS): 4 Funde im Bereich 2885928 ≤ n ≤ 2887934 (868754-869358 Dezimalstellen)
    • Proth Prime Search Extended (PPSE): 146 Funde im Bereich 1585871 ≤ n ≤ 1605472 (477399-483299 Dezimalstellen), darunter drei Erstfunde und ein Doublecheck von Freezing, zwei Erstfunde und drei Doublechecks von walli, je ein Erstfund und ein Doublecheck von No_Name und Patrick Schmeer, je ein Erstfund von DerLetzteGermane und lugu sowie je ein Doublecheck von jubdo, Terminator und Tikamthi
    • Sophie Germain Prime Search (SGS): 43 Funde im Bereich 5551311952725 ≤ k ≤ 5609137368375 (388342 Dezimalstellen), darunter je ein Erstfund von No_Name und pschoefer sowie ein Doublecheck von jnamath
    • Generalized Fermat Prime Search (n=15): 38 Funde im Bereich 193744168 ≤ b ≤ 197851350 (271556-271855 Dezimalstellen), darunter je ein Erstfund und ein Doublecheck von rolfo und Juergen
    • Generalized Fermat Prime Search (n=16): 5 Funde im Bereich 96338398 ≤ b ≤ 97496720 (523227-523567 Dezimalstellen)
    • Generalized Fermat Prime Search (n=17 Low): 1 Fund: 20968936^131072+1 (959654 Dezimalstellen)


    von Veröffentlicht: 22.10.2020 21:45
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    Ein Fachartikel mit dem Titel "Discovery of a Gamma-Ray Black Widow Pulsar by GPU-accelerated Einstein@Home" (engl., Entdeckung einer Schwarzen Witwe im Gammastrahl-Bereich mit dem GPU-beschleunigten Einstein@Home) ist heute in Astrophysical Journal Letters erschienen. Mit "Schwarze Witwe" ist hierbei natürlich nicht die Spinne gemeint, sondern eine spezielle Art von Pulsaren mit massearmen Begleitobjekten, die durch die Strahlung des Pulsars im Laufe der Zeit verdampft werden. Der nun von Einstein@Home entdeckte Neutronenstern PSR J1653−0158 pulsiert im Gammastrahl-Bereich mit einer Periode von 1,97 Millisekunden und wird einmal in 75 Minuten von einem Begleiter mit nur etwa 1% der Sonnenmasse umkreist. Diese Umlaufzeit ist die bisher kürzeste bekannte für Doppelsternsysteme mit einem aus Rotationsenergie gespeisten Pulsar.

    Die neueste Einstein@Home-Entdeckung
    Ich bin stolz, die neueste Entdeckung von Einstein@Home bekanntzugeben, welche heute in Astrophysical Journal Letters veröffentlicht wurde. Eine "Schwarze Witwe" in den Daten des Large Area Telescope an Bord des Fermi-Satelliten wurde identifiziert. Unsere Entdeckung enthüllt die Natur einer mysteriösen Quelle, die zum ersten Mal vor zwei Jahrzehnten vom EGRET-Satelliten beobachtet wurde. Wir wissen nun, dass die treibende Kraft im Zentrum dieser Quelle ein bemerkenswertes Doppelsternsystem ist, das aus einem Pulsar besteht, der eng von einem sehr leichten Stern umkreist wird. Wenn ihr mehr erfahren wollt, ist der Artikel frei zugänglich und hier (engl.) verfügbar. Vielen Dank an die Tausenden Freiwilligen, welche diese Entdeckung durch das Spenden ihrer Rechenzeit für Einstein@Home ermöglich haben, und an diejenigen, deren Rechner PSR J1653−0158 als erste entdeckt haben: Yi-Sheng Wu aus Taoyuan in Taiwan und Daniel Scott aus Ankeny in Iowa, USA.

    Bruce Allen, Direktor von Einstein@home
    22.10.2020 10:42:44 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://einsteinathome.org/content/latest-einsteinhome-discovery
    The Latest Einstein@Home Discovery
    I'm proud to announce the latest Einstein@Home discovery, which was published today in Astrophysical Journal Letters. This identifies a "black-widow" pulsar in data from the Large Area Telescope on board the Fermi satellite. Our discovery resolves the nature of a mysterious source, first seen two decades ago by the EGRET satellite. We now know that the powerhouse at the center of this source is a remarkable binary system, consisting of a pulsar in close orbit with a very lightweight star. If you want to learn more, the paper is open-access and is available here. Thank you to the thousands of volunteers who made this discovery possible by donating their computing time to Einstein@Home, and to those whose computers first detected PSR J1653−0158: Yi-Sheng Wu of Taoyuan, Taiwan, and Daniel Scott of Ankeny, Iowa, USA.

    Bruce Allen, Director of Einstein@home
    22 Oct 2020 9:42:44 UTC
    von Veröffentlicht: 21.10.2020 17:15
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    Im Rahmen von gene@home rekonstruiert TN-Grid derzeit menschliche Gennetzwerke. Ein neuer Fachartikel beschreibt die Methode und ihre Umsetzung sowie zwei Anwendungsbeispiele, bei denen es darum geht, bereits zugelassene medizinische Wirkstoffe zu finden, die auch gegen andere Krankheiten eingesetzt werden können (engl. Drug Repositioning): Prostatakrebs und koronare Herzkrankheit.

    Artikel in IEEE Transactions on Emerging Topics in Computing veröffentlicht
    Der Artikel "A Computing System for Discovering Causal Relationships among Human Genes to Improve Drug Repositioning" (engl., Ein Rechnersystem zur Entdeckung kausaler Zusammenhänge zwischen menschlichen Genen zur verbesserten Umnutzung von Medikamenten) ist als Vordruck auf IEEE Xplore verfügbar. Dieser Artikel wurde zur Veröffentlichung in einer zukünftigen Ausgabe des Journals angenommen, wurde jedoch noch nicht editiert und der Inhalt könnte sich vor der endgültigen Veröffentlichung noch ändern. Er erscheint im Journal IEEE Transactions on Emerging Topics in Computing, DOI-Nummer: 10.1109/TETC.2020.3031024. Ihr könnt ihn hier finden: https://ieeexplore.ieee.org/document/9224179 (engl.)
    Vielen Dank euch allen für eure unschätzbar wertvolle Unterstützung!
    16.10.2020, 10:18:59 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=298
    Paper published on IEEE Transactions on Emerging Topics in Computing
    The following article, "A Computing System for Discovering Causal Relationships among Human Genes to Improve Drug Repositioning," is available under the "Early Access" area on IEEE Xplore. This article has been accepted for publication in a future issue of this journal, but has not been edited and content may change prior to final publication. This paper appears in: IEEE Transactions on Emerging Topics in Computing, Digital Object Identifier: 10.1109/TETC.2020.3031024. You may find it here: https://ieeexplore.ieee.org/document/9224179
    Thank you all for your invaluable support!
    16 Oct 2020, 9:18:59 UTC
    von Veröffentlicht: 15.10.2020 08:00
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    Ursprünglich anlässlich der Weltausstellung 2020 in Dubai geplant, erinnert die nächste Etappe der diesjährigen PrimeGrid Challenge Series nun an den 209. Geburtstag des französischen Mathematikers Évariste Galois.

    Évariste Galois Challenge
    Beginn: 20.10.2020, 06:00 UTC = 07:00 MEZ = 08:00 MESZ
    Ende: 25.10.2020, 06:00 UTC = 07:00 MEZ
    Subprojekt: Fermat Divisor Search LLR (PPS-DIV)


    Der offizielle Thread zur Challenge im PrimeGrid-Forum ist hier zu finden.

    Es zählen für diese Challenge nur WUs des Subprojekts Fermat Divisor Search LLR (PPS-DIV), die nach dem 20.10. um 08:00 Uhr heruntergeladen und vor dem 25.10. um 07:00 Uhr zurückgemeldet werden! Das gewünschte Subprojekt kann in den PrimeGrid-Einstellungen festgelegt werden.

    Anwendungen gibt es für Windows und Linux (32- und 64-Bit) sowie macOS (64-Bit). Wer in den letzten Monaten keine WUs von längeren LLR-Subprojekten berechnet hat, sollte dies eventuell schon vor der Challenge nachholen, um die relativ große Anwendung (~35 MB) bereits auf dem Rechner zu haben.

    Die verwendete LLR-Anwendung belastet die CPU sehr stark und die automatische Fehlerkorrektur kann die Laufzeiten im Fehlerfall deutlich erhöhen. Daher bitte nicht zu stark übertakten und auf gute Kühlung achten!

    Die Laufzeiten (für normale WUs) liegen im Bereich um eine Stunde. Je nach CPU kann es für den Gesamtdurchsatz vorteilhaft sein, mehrere Kerne an einer WU arbeiten zu lassen (mit der Einstellung Multi-threading: Max # of threads for each task in den Projekteinstellungen). In jedem Fall haben moderne Intel- und die neuesten AMD-Ryzen-CPUs durch die automatisch benutzten Optimierungen (AVX, FMA3, AVX-512) einen erheblichen Vorteil. CPUs, die Hyperthreading unterstützen, laufen oft effizienter, wenn Hyperthreading nicht benutzt wird.

    Die Punkte für die Challenge-Statistik sind identisch mit den BOINC-Credits, werden jedoch sofort gutgeschrieben, während die BOINC-Credits erst vergeben werden, wenn das Ergebnis überprüft ist. Bei dieser Challenge kommt erstmals ein neuer Doublecheck-Mechanismus zum Einsatz, bei welchem am Ende der WU ein wenige MB großes Zertifikat erstellt und hochgeladen wird. Die Überprüfung erfolgt mit einer deutlich kleineren WU (erkennbar an einem c im Namen). Da die Zertifikate viel Speicherplatz auf dem Server einnehmen und die Erzeugung der Bestätigungs-WUs recht fordernd für den Server ist, sollten fertige WUs möglichst sofort gemeldet werden, um die Last zu verteilen.

    Team-Stats bei PrimeGrid
    User-Stats bei PrimeGrid

    Team-Stats bei SETI.Germany
    Detail-Statistik für SETI.Germany
    User-Stats bei SETI.Germany

    Zum Diskussionsthread
    von Veröffentlicht: 14.10.2020 09:15
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    Geplante Wartung am Donnerstag, 15. Oktober 2020

    Zusammenfassung

    Wir aktualisieren das Betriebssystem auf unseren Servern am Donnerstag, den 15. Oktober ab 17:00 MESZ.
    ---
    Wir werden am Donnerstag, den 15. Oktober ab 17:00 MESZ eine wichtige Aktualisierung des Betriebssystems auf unseren Servern installieren. Wir gehen davon aus, dass diese Arbeit ungefähr vier Stunden dauern wird.

    Während dieser Zeit können Teilnehmer zeitweise keine neuen Arbeiten hochladen oder herunterladen und die Website ist nicht zugänglich.

    Die Freiwilligen müssen keine besonderen Maßnahmen ergreifen, da eure Geräte nach Abschluss der Wartungsarbeiten automatisch erneut versuchen, Verbindung aufzunehmen.

    Wir bedanken uns für eure Geduld und Teilnahme.
    13.10.2020

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=654
    Planned Maintenance on Thursday, October 15, 2020

    Summary
    We are updating the operating system on our servers on Thursday, October 15 beginning at 15:00 UTC.
    ---
    We will be applying an important operating system update to our servers on Thursday, October 15 beginning at 15:00 UTC. We anticipate that the work will take approximately four hours.

    During some of this time, volunteers will not be able to upload or download new work, and the website will not be accessible.

    Volunteers will not need to take any particular action, as your devices will automatically retry their connections after the maintenance work is completed.

    We appreciate your patience and participation.
    13 Oct 2020
    von Veröffentlicht: 06.10.2020 16:55
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    Ein neuer Fachartikel in A&A stellt eine Auswertung von mit den ATLAS-Teleskopen auf Hawaii gewonnenen Asteroiden-Lichtkurven vor, die zum Teil mit Asteroids@home durchgeführt wurde. Für etwa 2750 von insgesamt 100000 Asteroiden mit hinreichend vielen Datenpunkten konnte ein eindeutiges Modell rekonstruiert werden, für etwa 1800 davon war bisher kein Modell bekannt.

    Neue Modelle aus ATLAS-Photometrie rekonstruiert
    Unsere neue Beschreibung von aus ATLAS-Photometrie rekonstruierten Asteroidenmodellen wurde zur Veröffentlichung in Astronomy & Astrophysics angenommen. Der Artikel ist auf arXiv verfügbar. Vielen Dank für euren Beitrag!
    06.10.2020, 8:31:05 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von http://asteroidsathome.net/boinc/forum_thread.php?id=863
    New models reconstructed from ATLAS photometry
    Our new paper describing asteroid models reconstructed from ATLAS photometry has been accepted for publication in Astronomy and Astrophysics. The paper is available at arXiv. Thank you for your contribution!
    6 Oct 2020, 7:31:05 UTC
    von Veröffentlicht: 01.10.2020 01:00
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    Liebe Mitcruncher,

    nach den "Gemeinsam gegen Corona"-Aktionen bei Rosetta@home und World Community Grid wurde im internen Subforum für alle SETI.Germany-Mitglieder nun wieder ein Projekt aus einem anderen Themengebiet als Projektempfehlung für die letzten drei Monate des Jahres ausgewählt. Mit Universe@Home kehren wir in die Astrophysik zurück:

    Projekt-URL: https://universeathome.pl/universe
    SETI.Germany beitreten: https://universeathome.pl/universe/t..._form.php?id=2
    Artikel im SG-Wiki: https://www.seti-germany.de/wiki/Universe@Home

    Stats von XSmeagolX: Team-Vergleich, Mitglieder von SETI.Germany

    Teilnahme über den SG-Booster-Account ist mit dieser XML-Datei möglich: account_universeathome.pl_universe.xml (Anleitung)

    Anwendungen gibt es für Windows (64-Bit), Linux (64-Bit und ARM) und Android (ARM).

    Dieses Projekt soll eine zwanglose Empfehlung für alle sein, die noch etwas für arbeitslose Rechner suchen, oder auch als Backupprojekt während anderer Aktionen dienen.

    Wir laden alle SETI.Germany-Mitglieder ein, für die eine oder andere WU vorbeizuschauen. Happy Vollgascrunching!

    Zum Diskussionsthread
    von Veröffentlicht: 29.09.2020 22:05
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    Unter bereits vorhandenen Medikamenten sind auf der Suche nach Mitteln gegen Covid-19 bisher zwei Arzneistoffe positiv aufgefallen, Remdesivir und Tenofovir. Das nicht zuletzt vom diesjährigen BOINC Pentathlon vorangetriebene Ibercivis-Projekt COVID-PHYM simulierte die Wirkung dieser Arzneistoffe auf das Virus SARS-CoV-2. Ein nun in einer Vorabversion veröffentlichter Fachartikel über die Ergebnisse enthält Anhaltspunkte, weshalb klinische Studien bisher durchaus widersprüchliche Ergebnisse hervorbrachten.

    Vorabdruck zum Projekt COVID-PHYM veröffentlicht
    Das Projekt COVID-PHYM, an welchem ihr gemeinsam mit der Ibercivis-Stiftung und der Arbeitsgruppe für die Biophysik makromolekularer Systeme des CSIC teilgenommen habt, präsentiert seine ersten Ergebnisse als noch nicht begutachteten Vorabdruck. Das Forschungsteam arbeitet weiter am Projekt, um endgültige Ergebnisse vorzulegen.

    Das Projekt schlug vor, Simulationen der Interaktion von Medikamenten gegen Ebola, HIV-Infektionen, Grippe oder Hepatitis B mit dem Replikationsmechanismus des Virus-Genoms von SARS-CoV-2 durchzuführen, wobei das Ziel, effektive Medikamente gegen das Coronavirus zu haben, wichtig zum Verringern der Schwere und der Mortalität der Krankheit ist.

    Die von der Ibercivis-Stiftung geleitete Bürgerbeteiligung über das Verteiltes-Rechnen-Netzwerk BOINC spielte eine wesentliche Rolle beim Ablauf dieses Projekts. Tausende Rechner in aller Welt waren in den Monaten von April bis Juni 2020 zu einem großen Netzwerk zusammengeschlossen, um ihre Rechenleistung für die zur Durchführung des Experiments notwendigen Berechnungen beizusteuern. An all euch private Teilnehmer und die BOINC-Gemeinschaft:

    Vielen Dank!

    zum vollständigen Vorabdruck (engl.)


    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://mailchi.mp/8e02e3ecd2cc/publicadopublished-preprint-del-proyecto-covid-phym
    The COVID-PHYM project preprint has been published
    The COVID-PHYM project in which you participated together with the Ibercivis Foundation and the Biophym group of the Institute for the Structure of Matter of the CSIC presents its first results in the form of pre-printing and lack of peer review. The scientific team continues working on the project in order to produce conclusive results.

    The project proposed to carry out simulations of the interaction of drugs used against Ebola, HIV infection, influenza or hepatitis B with the replication machinery of the SARS-Co-V virus genome, with the aim of having effective drugs against the coronavirus is essential to decrease the severity and mortality of the disease.

    Citizen participation through the Boinc distributed computing network, which we lead from the Ibercivis Foundation, has played a fundamental role in the development of this project. Thousands of computers around the world were connected to a large network during the months of April to June 2020 to contribute their processing capacity to perform the necessary calculations to carry out the experiment. To all of you as private participants and to the Boinc community,

    Thank you very much!

    acces to the full preprint article
    von Veröffentlicht: 29.09.2020 19:55
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    Der vor zwei Monaten beim Journal of Cheminformatics eingereichte Artikel über das Molekül-Erzeugungsprogramm EvoMol wurde inzwischen begutachtet und veröffentlicht, die Zusammenfassung ist in der folgenden Übersetzung enthalten. Außerdem gibt es einen Ausblick auf bevorstehende Arbeiten.

    Wissenschaftliche Veröffentlichung und Neuigkeiten
    Liebe Cruncher,

    vielen Dank für eure Hilfe.

    Ich freue mich, die Veröffentlichung unseres neuesten Open-Access-Artikels über EvoMol, unser quelloffenes Molekül-Erzeugungsprogramm, bekanntzugeben.

    EvoMol: ein flexibler und interpretierbarer evolutionärer Algorithmus zur unvoreingenommenen Neuschöpfung von Molekülen
    Ziel dieser Arbeit ist das Entwerfen eines Molekül-Erzeugungsprogramms, das sowohl bekannte als auch weniger bekannte Abschnitte des chemischen Raums erforschen kann.
    Unsere Methode muss sich flexibel an sehr unterschiedliche Probleme anpassen können. Daher muss sie mit oder ohne den Einfluss vorheriger Daten und Wissens funktionieren. Außerdem sollte sie unabhängig vom Erfolg so gut wie möglich interpretierbar sein, um Diagnosen und Verbesserungen zuzulassen.
    Wir schlagen hier eine neue quelloffene Erzeugungsmethode zum sequentiellen Aufbau molekularer Graphen unter Verwendung eines evolutionären Algorithmus vor. Sie ist unabhängig von den Startwerten und kann bisher nicht gesehene chemische Verbindungen erzeugen. Um einen großen Abschnitt des chemischen Raums durchsuchen zu können, definieren wir einen ursprünglichen Satz von 7 generischen Mutationen nahe an der atomaren Ebene.
    Unsere Methode erreicht hervorragende Leistungen und sogar Rekorde bei QED, plogP, SAscore und CLscore sowie dem Satz zielorientierter Funktionen in GuacaMol. Um ihre Flexibilität zu demonstrieren, gehen wir eine sehr andersartige Zielsetzung aus dem Gebiet der organischen molekularen Festkörper an. Wir zeigen, dass EvoMol allein von Methan ausgehend Sätze optimierter Moleküle mit hochenergetischen höchsten besetzten Molekülorbitalen (engl. highest occupied molecular orbital, HOMO) und niedrigenergetischen niedrigsten unbesetzten Molekülorbitalen (engl. lowest unoccupied molecular orbital, LUMO) erzeugen kann. Wir können auch Synthetisierbarkeit und strukturelle Eigenschaften einschränken. Schließlich erlaubt die Interpretierbarkeit von EvoMol die Darstellung seines Erforschungsprozesses als chemisch relevantes Baumdiagramm.


    Ihr könnt den vollständigen Artikel kostenlos aufrufen:
    https://www.researchgate.net/publica...lar_generation (engl.)
    oder hier:
    https://jcheminf.biomedcentral.com/a...21-020-00458-z (engl.)

    Ihr könnt uns ein wenig mehr helfen, indem ihr diese Seiten besucht, um uns Sichtbarkeit zu verschaffen, und ihr könnt sie auch in euren Teamforen und/oder in Sozialen Netzwerken wie Twitter (@b_damota) teilen.

    Wir arbeiten nun schon seit einiger Zeit am nächsten Artikel. Dieser wird sich insbesondere mit den seit Projektbeginn von euch durchgeführten Berechnungen befassen. Das Ergebnis wird ein frei zugänglicher Datensatz sein. Während wir diesen Artikel schreiben, arbeiten wir auch an den nächsten Schritten. Ohne zuviel zu verraten kann ich nur erzählen, dass eure Berechnungen uns helfen werden, ein einzigartiges, für Chemiker besonders nützliches Werkzeug vorzuschlagen. Wir werden euch natürlich auf dem Laufenden halten! Derzeit laufen zwei Kampagnen, die nicht die oben genannte Arbeit betreffen. Die "nwchem long"-WUs und die neuen "nwchem"-WUs mit dem Präfix "CL9" werden neue Ergebnisse für Artikel Ende 2021 oder 2022 hervorbringen.

    Mit freundlichem Gruß,
    Benoit
    29.09.2020, 9:09:19 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://quchempedia.univ-angers.fr/athome/forum_thread.php?id=122
    Scientific publication and news
    Dear Crunchers.

    Thank you very much for your help.

    I am pleased to announce the publication of our latest open access article describing EvoMol, our opensource molecule generator.

    EvoMol: a flexible and interpretable evolutionary algorithm for unbiased de novo molecular generation
    The objective of this work is to design a molecular generator capable of exploring known as well as unfamiliar areas of the chemical space.
    Our method must be flexible to adapt to very different problems. Therefore, it has to be able to work with or without the influence of prior data and knowledge. Moreover, regardless of the success, it should be as interpretable as possible to allow for diagnosis and improvement.
    We propose here a new open source generation method using an evolutionary algorithm to sequentially build molecular graphs. It is independent of starting data and can generate totally unseen compounds. To be able to search a large part of the chemical space, we define an original set of 7 generic mutations close to the atomic level.
    Our method achieves excellent performances and even records on the QED, penalised logP, SAscore, CLscore as well as the set of goal-directed functions defined in GuacaMol. To demonstrate its flexibility, we tackle a very different objective issued from the organic molecular materials domain. We show that EvoMol can generate sets of optimised molecules having high energy HOMO or low energy LUMO, starting only from methane. We can also set constraints on a synthesizability score and structural features. Finally, the interpretability of EvoMol allows for the visualisation of its exploration process as a chemically relevant tree.


    You can find for free the full article :
    https://www.researchgate.net/publica...lar_generation
    or here :
    https://jcheminf.biomedcentral.com/a...21-020-00458-z

    You can help us a little bit more by visiting these pages to give us visibility and you can also share on your teams forums and/or social websites like tweeter.(@b_damota)

    We have been working for some time now on the following article. It will deal in particular with the calculations you have made since the beginning of the project. The result will be an open access dataset. While we are writing this article we are also working on the next parts. Without divulging, I can only tell you that your calculations will help us to propose a unique tool that is particularly useful for chemists. We will of course keep you informed! Currently, two campaigns are in progress and do not concern the work mentioned above. The "nwchem long" units and the new "nwchem" with tasks with prefix "CL9" will also bring new results for articles probably end of 2021 or 2022.

    Kindly
    Benoit
    29 Sep 2020, 8:09:19 UTC
    von Veröffentlicht: 29.09.2020 17:45
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    In diesen Tagen wurde nicht nur in Zusammenarbeit mit Gerasim@Home ein neues Subprojekt begonnen (vorerst nur mit einer Anwendung für 64-Bit-Windows), sondern auch die Ergebnisse des Ende Juli/Anfang August durchgeführten SAT-CMS-Experiments veröffentlicht:

    Ergebnisse von SAT-CMS
    Als Ergebnis des SAT-CMS-Experiments wurden 29 Paare orthogonaler diagonaler lateinischer Quadrate (engl. orthogonal diagonal Latin squares, ODLS) zehnter Ordnung gefunden. Zwei Zellenzuordnungsschemen (engl. cell mapping schemas, CMS) wurden dafür verwendet. 18 gefundene Paare basieren auf dem ersten CMS, die übrigen elf auf dem zweiten. Ein CMS ist tatsächlich eine Beziehung zwischen zwei lateinischen Quadraten aus einem orthogonalen Paar: für jedes Element des ersten Quadrats zeigt es an, wo dieses Element im zweiten Quadrat zu platzieren ist. Somit kann das zweite Quadrat eines Paares aus dem ersten Quadrat konstruiert werden. Die verwendete Anwendung basiert auf einem konfliktbasierten Algorithmus (CDCL, engl.) zum Lösen des Erfüllbarkeitsproblems der Aussagenlogik (engl. satisfiability problem, SAT). Für jedes untersuchte CMS haben wir zunächst das Problem, Paare (zum CMS passender) ODLS zehnter Ordnung zu finden, auf ein SAT zurückgeführt. Dann wurde das erhaltene SAT in Teilprobleme aufgeteilt, aus denen die WUs erzeugt wurden. Schließlich haben wir aus den gefundenen erfüllenden Zuordnungen (Lösungen des SAT) die entsprechenden ODLS-Paare konstruiert. Alle gefundenen Paare sind hier aufgelistet. Wir sind allen Crunchern, die an diesem Experiment teilgenommen haben, sehr dankbar!
    27.09.2020, 18:30:31 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://rake.boincfast.ru/rakesearch/forum_thread.php?id=244
    Results of SAT-CMS
    As a result of the SAT-CMS experiment, 29 pairs of orthogonal diagonal Latin squares (ODLS) of order 10 were found. 2 cell mapping schemas (CMS) were used for this purpose. 18 found pairs are based on the first CMS, the remaining 11 pairs are based on the second one. CMS is in fact a relation between 2 Latin square from an orthogonal pair: for each element of the first square it shows where this element should be placed in the second square. Therefore, one can effectively construct the second square from a pair given the first square. The computing application was based on the CDCL algorithm aimed at solving the Boolean satisfiability problem (SAT). For each studied CMS, we first reduced a problem of finding pairs of ODLS of order 10 (that match the CMS) to SAT. Then, the obtained SAT problem was splitted into subproblems which in turn formed workunits. Finally, from found satisfying assignments (solutions of the SAT problems) we constructed the corresponding pairs of ODLS. All the found pairs are listed here. We are very grateful to all the crunchers who took part in the experiment!
    27 Sep 2020, 17:30:31 UTC

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