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    von Veröffentlicht: 22.08.2017 20:46     Seitenaufrufe: 905 
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    Hintergrund
    Jeder von uns hat so ungefähr 30 Billionen Bakterien, welche in und auf unserem Körper leben. Diese Bakterien, von denen die meisten in unseren Verdauungssystemen leben, sind Teil eines Systems, welches menschliches Mikrobiom genannt wird. Die meisten dieser Bakterien sind harmlos oder sogar vorteilhaft. Allerdings stehen einige mit Krankheiten wie Typ-1-Diabetes, Morbus Crohn und Colitis ulcerosa in Verbindung.

    Die jüngsten technologischen Fortschritte ermöglichen es den Wissenschaftlern, das menschliche Mikrobiom erstmals detailliert zu erforschen. Da die Wissenschaftler ein besseres Verständnis der Rolle des menschlichen Mikrobioms bei der Entwicklung von Krankheiten erhalten, können sie bessere Diagnosen und Behandlungen finden und schaffen.

    Problem
    Um die Rollen, die von den verschiedenen Bakterien im menschlichen Mikrobiom gespielt werden, besser zu verstehen, müssen die Wissenschaftler die von diesen Bakterien produzierten Proteine ​​untersuchen, die in ihren Genomen codiert sind. Der erste Schritt besteht darin, die physikalischen Strukturen (Formen) der Proteinmoleküle zu bestimmen, die von den Bakteriengenen codiert werden. Dies ist wichtig, weil die physikalische Struktur eines Proteins seine Funktion bestimmt.

    Sobald die Proteinfunktionen bestimmt sind, können Wissenschaftler untersuchen, wie die bakteriellen Proteine ​​miteinander reagieren und bestimmen, welche Proteine ​​bei einer beliebigen Anzahl von Krankheiten eine Rolle spielen. Aus diesen Einsichten könnten Wissenschaftler in die Lage versetzt werden, Medikamente zu entwickeln, um diese speziellen Proteine ​​zu kontrollieren und Krankheiten zu behandeln, die entstehen oder durch das menschliche Mikrobiom beeinflusst werden.

    Der Umfang dieser Forschung ist enorm: Das Mikrobiom besteht aus etwa 3 Millionen einzigartigen bakteriellen Genen. Im Vergleich dazu hat der menschliche Körper etwa 20.000 Gene. Die Proteine ​​zu studieren, die jedem dieser Gene entsprechen, wäre eine monumentale Aufgabe, die in einem Laboratorium fast unmöglich ist. Die meisten dieser Proteine ​​wurden daher nicht untersucht.

    Während die Verwendung von traditionellen Labortechniken für den Umfang des Problems unmöglich ist, können auch rechnerische Methoden verwendet werden, um die Proteinstrukturen vorherzusagen. Allerdings erfordert dies bei der Skala erheblich mehr Rechenleistung als typischerweise für Wissenschaftler zur Verfügung steht. World Community Grid adressiert diese Notwendigkeit durch die Nutzung von Rechenleistung von Freiwilligen aus der ganzen Welt.

    Vorgeschlagene Lösung

    Das Mikrobiome Immunity Project nutzt die Macht des World Community Grids, um diesen ersten Schritt der Vorhersage von Proteinstrukturen des menschlichen Mikrobioms zu beschleunigen. Speziell nutzen World-Community-Grid-Freiwillige die unbenutzte Rechenleistung ihrer Computer, um Millionen von virtuellen Experimenten auszuführen, die jeweils die Struktur eines Proteins voraussagen.

    Die daraus resultierenden Daten werden von den Forschern analysiert, um die wahrscheinlichste Struktur für jedes der untersuchten Proteine ​​zu finden. Das Forschungsteam wird ihre Daten öffentlich für andere Wissenschaftler zugänglich machen und beschleunigt die Weiterentwicklung der wissenschaftlichen Erkenntnisse in diesem wichtigen neuen Bereich der Forschung.

    Das Projekt konzentriert sich zunächst auf die Gene, die im Mikrobiom des menschlichen Darms gefunden wurden, und auf Krankheiten, die bereits gezeigt haben, dass sie mit Darmbakterien einschließlich Typ-1-Diabetes, Morbus Crohn und Colitis ulcerosa assoziiert sind.

    Die Hilfe von World-Community-Grid-Freiwilligen und die massive Menge an aggregierter Rechenleistung, die sie zum Microbiome Immunity Project bringen, werden dieses spannende Forschungsgebiet erheblich vorantreiben.

    Badges: (nur ein Teil)
    von Veröffentlicht: 18.08.2017 20:35
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    Aufgrund einer serverseitigen Umstrukturierung wird das Projekt Ende des Monats eine zweitägige Pause einlegen:

    Wartungspause
    Wir planen eine Wartungspause am 28. und 29. August.

    An diesen beiden Tagen werden wir den Hauptserver und den Arbeitsplatz an einen neuen Ort umziehen und außerdem einen weiteren, neuen Server einbinden.

    Der neue Server wird als Speicherplatz benutzt werden, um unsere Ergebnisdatenbank im Internet anzubieten und für alle interessierten Personen oder Institutionen zur Verfügung zu stellen.
    18.08.2017, 16:17:58 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von http://universeathome.pl/universe/
    Maintenance break
    We are planning maintenance break on 28th and 29th of August.

    In this two days we will move main server and work station to new location and also we will connect another new server.

    The new server will be used as storage machine to serve our results database on Internet and make it available for every interested person or institution.
    18 Aug 2017, 15:17:58 UTC
    von Veröffentlicht: 18.08.2017 20:00
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    Damit es zur Great American Eclipse nicht zu finster wird, gibt es eine Gelegenheit, die CPUs glühen zu lassen. Schauplatz ist das maßgeblich durch die Challenge im Januar vorbereitete Subprojekt GCW-LLR:

    Solar Eclipse Challenge
    Beginn: 20.08.2017, 18:00 UTC = 19:00 MEZ = 20:00 MESZ
    Ende: 23.08.2017, 18:00 UTC = 19:00 MEZ = 20:00 MESZ
    Subprojekt: Generalized Cullen/Woodall Prime Search LLR (GCW)


    Der offizielle Thread zur Challenge im PrimeGrid-Forum ist hier zu finden.

    Es zählen für diese Challenge nur WUs des Subprojekts Generalized Cullen/Woodall Prime Search LLR (GCW), die nach dem 20.08. um 20:00 Uhr heruntergeladen und vor dem 23.08. um 20:00 Uhr zurückgemeldet werden! Das gewünschte Subprojekt kann in den PrimeGrid-Einstellungen festgelegt werden.

    Anwendungen gibt es für Windows, Linux und MacOS (Intel), jeweils 32- und 64-Bit. Wer in letzter Zeit keine WUs von einem PrimeGrid-LLR-Subprojekt berechnet hat, sollte dies vielleicht schon vor der Challenge nachholen, um die relativ große Anwendung (~35 MB) bereits auf dem Rechner zu haben.

    Die verwendete LLR-Anwendung belastet die CPU sehr stark und toleriert keinerlei Fehler. Daher bitte nicht zu stark übertakten und auf gute Kühlung achten!

    Zu erwarten sind WU-Laufzeiten von bis zu 10 Stunden auf den schnellsten CPUs, über einem Tag auf langsameren und älteren CPUs. Moderne Intel-CPUs haben durch die automatisch benutzten Optimierungen (AVX, FMA3) einen erheblichen Vorteil. CPUs, die Hyperthreading unterstützen, laufen in der Regel effizienter, wenn Hyperthreading nicht benutzt wird. Während standardmäßig jeder CPU-Kern eine WU bearbeitet, ist es oft von Vorteil, eine WU von mehreren CPU-Kernen bearbeiten zu lassen. Das lässt sich mit einer app_config.xml erreichen (im Beispiel für 4 Kerne):
    Code:
    <app_config>
      <app_version>
        <app_name>llrGCW</app_name>
        <cmdline>-t 4</cmdline>
        <avg_ncpus>4</avg_ncpus>
      </app_version>
    </app_config>
    Dieser Text muss als app_config.xml im Unterverzeichnis projects\www.primegrid.com des BOINC-Datenverzeichnisses (unter Windows standardmäßig C:\ProgramData\BOINC) gespeichert werden. Die Einstellung wird durch Konfigurationsdatei einlesen oder Neustart für neue WUs übernommen.

    Die Punkte für die Challenge-Statistik sind identisch mit den BOINC-Credits, werden jedoch sofort gutgeschrieben, während die BOINC-Credits erst vergeben werden, wenn das Quorum von 2 übereinstimmenden Ergebnissen erreicht ist. Sollte sich ein Ergebnis als falsch erweisen, werden die Punkte natürlich wieder abgezogen.

    Team-Stats bei PrimeGrid
    User-Stats bei PrimeGrid

    Zum Diskussionsthread
    von Veröffentlicht: 18.08.2017 18:10
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    Das Projekt ist nun wieder unter seiner angestammten Adresse erreichbar.

    Erklärung der Auszeit von cosmologyathome.org
    Hallo Leute. Wie ihr vielleicht mitbekommen habt, war cosmologyathome.org in den letzten etwa zweieinhalb Tagen nicht erreichbar. Grund dafür war, dass unser Domainname nicht korrekt neu registriert wurde, als wir den Server früher im Jahr von einer Universität zu einer anderen umgezogen haben. Außerdem haben wir versucht, eine E-Mail-Benachrichtigung zu dem Problem zu versenden, da wir euch nicht über die Website kontaktieren konnten, aber aufgrund eines Problems mit der Serversoftware haben viele von euch diese E-Mail nicht erhalten. Wir werden daran arbeiten, sodass dies zukünftig nicht wieder geschehen wird. Jetzt sollte alles wieder normal laufen, obwohl es weitere bis zu 24 Stunden dauern könnte, bis die Domaininformation überall angekommen ist. Wir bitten vielmals um Entschuldigung für diese ausgedehnte Auszeit.
    18.08.2017, 14:25:52 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von http://www.cosmologyathome.org/
    cosmologyathome.org downtime explanation
    Hi all. As you might have noticed, cosmologyathome.org was unreachable for the last ~2.5 days. This was due to a failure properly reregistering our domain name after moving the server from one university to another earlier this year. In addition, as we couldn't contact you via the website, we tried to send out email notification of the issue, but due to a problem with the server software many of you did not receive this email. We'll work on addressing this so in the future it doesn't happen again. All should be back to normal now, although it may take as long as another 24 hours for the domain to fully propagate everywhere. We greatly apologize for this extended down time.
    18 Aug 2017, 13:25:52 UTC
    von Veröffentlicht: 17.08.2017 21:15
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    Sowohl über das Teilprojekt, welches die Rechenkraft der Teilnehmer benötigt, als auch über das Teilprojekt, welches die Sehkraft der Teilnehmer benötigt, wird jeweils eine Publikation auf der kommenden IEEE-eScience-Konferenz in Auckland vorgestellt:

    Zwei Publikationen für die diesjährige IEEE-eScience-Konferenz angenommen
    Zwei Publikationen von uns wurden für die 13th IEEE International Conference on eScience in diesem Jahr angenommen! Eine über EXACT (wofür ihr gerechnet habt) und die andere über die Luftbilder von unbemannten Systemen, in welchen ihr Markierungen vorgenommen habt. Wenn ihr die Vordrucke lesen möchtet, könnt ihr sie hier finden:

    Developing a Volunteer Computing Project to Evolve Convolutional Neural Networks and Their Hyperparameters (engl., Entwicklung eines Volunteer-Computing-Projektes zur Entwicklung von Faltungs-Neuronennetzwerken und ihrer Hyperparameter)

    Toward Using Citizen Scientists to Drive Automated Ecological Object Detection in Aerial Imagery (engl., Einsatz von Bürgerwissenschaftlern zum Vorantreiben automatisierter Erkennung von ökologischen Objekten auf Luftbildern)

    Glückwunsch an Marshall und Connor zu ihrer Publikation!
    Travis Desell am Donnerstag, den 17. August

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://csgrid.org/csg/
    [wildlife] two publications accepted to this year's IEEE eScience conference
    So we had two papers accepted to the 13th IEEE International Conference on eScience this year! One on EXACT (what you've been crunching) and the other on the unmanned aerial systems imagery you've been marking up. If you'd like to read pre-prints here they are:

    Developing a Volunteer Computing Project to Evolve Convolutional Neural Networks and Their Hyperparameters.

    Toward Using Citizen Scientists to Drive Automated Ecological Object Detection in Aerial Imagery.

    Congrats to Marshall and Connor on their paper!
    Travis Desell on Thursday, August 17th
    von Veröffentlicht: 16.08.2017 17:55
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    Das Projekt ist seit heute nicht mehr unter seiner angestammten Adresse erreichbar, da die Domainregistrierung abgelaufen ist. An einer Lösung wird gearbeitet, übergangsweise ist die Projektseite unter https://cosmos.iap.fr erreichbar. Es ist jedoch nicht möglich, BOINC-Clients über diese URL anzumelden.

    Domain cosmologyathome.org temporär nicht verfügbar
    Hallo Leute. Wegen einer Verwirrung beim Serverumzug von einer Universität zu einer anderen früher im Jahr haben wir die Domain cosmologyathome.org nicht ordnungsgemäß verlängert und sie ist heute abgelaufen. Wir sind dabei, herauszufinden, was wir tun können. Bis dahin könnt ihr die Website unter der temporären URL https://cosmos.iap.fr erreichen und ich werde hier weiter über die Lage berichten. Wir bitten, diese Auszeit zu entschuldigen.
    16.08.2017, 1:04:38 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://cosmos.iap.fr/
    cosmologyathome.org domain temporarily down
    Hi folks. Due to a mix-up related to having moved servers from one university to another earlier this year, we failed to properly renew the cosmologyathome.org domain, which expired today. We are in the process of seeing what can be done to fix this. Until then, you can access the website at the temporary URL you are currently at, https://cosmos.iap.fr, and I will post the latest news on the situation here. We apologize for this downtime.
    16 Aug 2017, 0:04:38 UTC
    von Veröffentlicht: 16.08.2017 17:35
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    Die letzten WUs auf nach befreundeten Zahlenpaaren kleiner als 2^64 wurden bearbeitet, somit ist jetzt nur noch das Subprojekt für die Suche bis 10^20 aktiv.

    Die Suche bis 2^64 ist abgeschlossen!
    Glückwunsch an alle, die an dieser Suche teilgenommen haben!

    - es gibt insgesamt 2390655 befreundete Zahlenpaare mit dem kleineren Partner unterhalb von 2^64
    - BOINC-Teilnehmer haben 552874 neue befreundete Zahlenpaare unter 2^64 gefunden

    Eine ausführlichere Auswertung der Verteilung der befreundeten Zahlenpaare folgt später diesen Monat. Vergesst nicht, eure Einstellungen zu ändern und zu prüfen, dass ihr alles für die aktuelle Suche bis 10^20 eingerichtet habt.
    16.08.2017, 8:26:12 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://sech.me/boinc/Amicable/
    The search up to 2^64 is complete!
    Congratulations to everyone who took part in this search!

    - There are 2,390,655 amicable pairs with smaller member below 2^64 in total
    - BOINC volunteers found 552,874 new amicable pairs below 2^64

    A more detailed analysis of amicable pairs distribution will follow later this month. And don't forget to edit your preferences and check that you're all set up to run the current search up to 10^20.
    16 Aug 2017, 7:26:12 UTC
    von Veröffentlicht: 14.08.2017 21:40
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    Nachdem ein Fund in der Woche zuvor eine längere Durststrecke beendet hatte, folgten nun zwei weitere Funde innerhalb von nur zwei Tagen. Nummer eins:

    Noch eine PPS-Megaprimzahl!
    Am 9. August 2017 um 01:27:22 MEZ hat PrimeGrids Subprojekt PPS Mega Prime Search eine Megaprimzahl gefunden:
    999*2^3418885+1

    Die Primzahl hat 1029190 Dezimalstellen und erreicht Chris Caldwells Datenbank der größten bekannten Primzahlen auf Platz 198 insgesamt.

    Die Entdeckung gelang Randall Scalise (Randall J. Scalise) aus den Vereinigten Staaten mit einem Intel Core i5-4590 @ 3,30 GHz mit 8 GB RAM unter Linux. Dieser Rechner brauchte etwa 1 Stunde 20 Minuten für den Primalitätstest mit LLR.

    Die Primzahl wurde am 9. August 2017 um 05:07:04 MEZ von Eric Eskam (Doc No) aus den Vereinigten Staaten mit einem Intel Core2 Quad Q6600 @ 2,40 GHz mit 3 GB RAM unter Windows 10 bestätigt. Dieser Rechner brauchte etwa 5 Stunden 2 Minuten für den Primalitätstest mit LLR. Eric ist Mitglied des Teams Heinlein Fans.

    Für weitere Einzelheiten siehe bitte die offizielle Bekanntgabe.
    14.08.2017 | 18:59:48 MEZ


    Nummer zwei:

    Und noch eine PPS-Megaprimzahl!
    Am 10. August 2017 um 19:14:53 MEZ hat PrimeGrids Subprojekt PPS Mega Prime Search eine Megaprimzahl gefunden:
    975*2^3419230+1

    Die Primzahl hat 1029294 Dezimalstellen und erreicht Chris Caldwells Datenbak der größten bekannten Primzahlen auf Platz 199 insgesamt.

    Die Entdeckung gelang Eric Eskam (Doc No) aus den Vereinigten Staaten mit einem Intel Core2 Quad Q6600 @ 2,40 GHz mit 3 GB RAM unter Windows 10. Dieser Rechner brauchte etwa 4 Stunden 47 Minuten für den Primalitätstest mit LLR. Eric ist Mitglied des Teams Heinlein Fans.

    Die Primzahl wurde am 10. August 2017 um 19:58:22 MEZ von Stephen Draycott (Stephen Draycott) aus dem Vereinigten Königreich mit einem Intel Xeon E5-2670v3 @ 2,30 GHz mit 64 GB RAM unter Windows 10 bestätigt. Dieser Rechner brauchte etwa 2 Stunden 2 Minuten für den Primalitätstest mit LLR.

    Für weitere Einzelheiten siehe bitte die offizielle Bekanntgabe.
    14.08.2017 | 19:17:28 MEZ


    Originaltexte:
    Zitat Zitat von https://www.primegrid.com/
    Another PPS-Mega Prime!
    On 9 August 2017, 00:27:22 UTC, PrimeGrid’s PPS Mega Prime Search project found the Mega Prime:
    999*2^3418885+1

    The prime is 1,029,190 digits long and will enter Chris Caldwell's The Largest Known Primes Database ranked 198th overall.

    The discovery was made by Randall Scalise (Randall J. Scalise) of the United States using an Intel(R) Core(TM) i5-4590 CPU @ 3.30GHz with 8GB RAM, running Linux. This computer took about 1 hour 20 minutes to complete the primality test using LLR.

    The prime was verified on 9 August 2017, 04:07:04 UTC by Eric Eskam (Doc No) of the United States using an Intel(R) Core(TM)2 Quad Q6600 CPU @ 2.40GHz with 3GB RAM, running Microsoft Windows 10 Professional Edition. This computer took about 5 hours 2 minutes to complete the primality test using LLR. Eric is a member of the Heinlein Fans team.

    For more details, please see the official announcement.
    14 Aug 2017 | 17:59:48 UTC
    Zitat Zitat von https://www.primegrid.com/
    And, Its Another PPS-Mega Prime!
    On 10 August 2017, 18:14:53 UTC, PrimeGrid’s PPS Mega Prime Search project found the Mega Prime:
    975*2^3419230+1

    The prime is 1,029,294 digits long and will enter Chris Caldwell's The Largest Known Primes Database ranked 199th overall.

    The discovery was made by Eric Eskam (Doc No) of the United States using an Intel(R) Core(TM)2 Quad Q6600 CPU @ 2.40GHz with 3GB RAM, running Microsoft Windows 10 Professional Edition. This computer took about 4 hours 47 minutes to complete the primality test using LLR. Eric is a member of the Heinlein Fans team.

    The prime was verified on 10 August 2017, 18:58:22 UTC by Stephen Draycott (Stephen Draycott) of the United Kingdom using an Intel(R) Xeon(R) E5-2670v3 CPU @ 2.30GHz with 64GB RAM, running Microsoft Windows 10 Professional Edition. This computer took about 2 hours 2 minutes to complete the primality test using LLR.

    For more details, please see the official announcement.
    14 Aug 2017 | 18:17:28 UTC
    von Veröffentlicht: 14.08.2017 19:45
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    2. Projekte

    Mit Nontrivial Collatz Cycle ist ein neues Subprojekt in Vorbereitung, welches die Collatz-Vermutung für alle Zahlen bis 2^67 beweisen soll. Das ebenfalls mit dieser Vermutung beschäftigte Projekt Collatz Conjecture untersucht Zahlen größer als 2^71, sodass es keine Überschneidungen gibt.

    Neue Collatz-Anwendung in Kürze
    Es wird bald ein neues Subprojekt in yoyo@home integriert, welches sich mit einem Teil des Collatz-Problems beschäftigt. Ihr müsst dieses Projekt in euren Einstellungen aktivieren und Testanwendungen erlauben. Die erste Version wird es für 64-Bit-Linux geben.
    14. August 2017

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://www.rechenkraft.net/yoyo/
    New app collatz soon
    There will be soon a new subproject attacking an collatz issue integrated in yoyo@home. You have to enable this project in your settings and allow test applications. Linux 64 bit will be the first version.
    14 August 2017
    von Veröffentlicht: 12.08.2017 11:50
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Nachdem dies schon beim Testprojekt erprobt wurde, gibt es nun auch beim Hauptprojekt die Möglichkeit, ATLAS-Aufgaben auf Linux-Rechnern auch ohne VirtualBox zu berechnen. Dazu muss in den Projekteinstellungen die Ausführung von Testanwendungen erlaubt und natürlich das Subprojekt ATLAS Simulation ausgewählt sein, außerdem muss die zusätzliche Software installiert sein, die normalerweise in der vbox installiert ist. Erfolgreich getestet wurde das bisher auf zwei Linux-Distributionen, weitere könnten funktionieren, sofern sich alles korrekt installieren lässt.

    Neue Version der ATLAS-Anwendung für Linux-Rechner veröffentlicht
    Wir haben heute eine neue Version der ATLAS-Anwendung veröffentlicht, 2.41 für die Plattform x86_64-pc-linux-gnu.
    Neu an dieser Version ist:
    1. Als Betriebssystem wird Scientific Linux 6 oder Cent OS 7 vorausgesetzt.
    2. Statt VirtualBox werden CVMFS und Singularity zum Ausführen der ATLAS-Aufgaben benötigt.
    3. Sie ist wegen der Vermeidung der Benutzung von VirtualBox effizienter.
    Derzeit ist diese Version als Beta-Version eingerichtet.

    Für diejenigen, die es ausprobieren wollen, bieten wir hier ein Script zur Installation von allen Abhängigkeiten inklusive CVMFS und Singularity an.

    Probiert es aus, wenn ihr Interesse habt!
    10.08.2017, 12:04:25 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://lhcathome.cern.ch/lhcathome/
    New ATLAS app version released for Linux hosts
    We released a new version of the ATLAS app today, 2.41 for the x86_64-pc-linux-gnu platform.
    The new features of this version include:
    1. It requires the host OS to be either Scentific Linux 6 or Cent OS 7.
    2. It require CVMFS and Singularity instead of Virtualbox to run the ATLAS jobs.
    3. It is more efficient, as the avoidance of using Virtualbox.
    Currently, this version is set to beta version.

    For people who want to try it out,we provide a script to install everything including CVMFS, singularity here,

    Try it if you are interested!
    10 Aug 2017, 11:04:25 UTC

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