• SETI.Germany News RSS-Feed

    von Veröffentlicht: 09.07.2021 10:10
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    Durchlauf durch rund 300 Millionen kleine Moleküle für OpenPandemics - COVID-19 als Teil des Systemtests

    Zusammenfassung
    Der kürzlich durchgeführte Stresstest im World Community Grid ermöglichte es den Forschern, schnell Simulationen für 300 Millionen kleine Moleküle durchzuführen.

    Hintergrund
    OpenPandemics - COVID-19 wurde ins Leben gerufen, um die Suche nach möglichen COVID-19-Behandlungen zu beschleunigen. Das Projekt zielt auch darauf ab, ein reaktionsschnelles, quelloffenes Toolkit aufzubauen, das allen Wissenschaftlern bei der schnellen Suche nach Behandlungen im Falle zukünftiger Pandemien helfen kann.

    Ende 2020 gaben wir die Auswahl von 70 Verbindungen (aus einer ursprünglichen Gruppe von ca. 20.000) bekannt, die vielversprechend sein könnten, um als potenzielle Inhibitoren des Virus, das COVID-19 verursacht, untersucht zu werden. Für einige dieser Verbindungen laufen derzeit Labortests (Details siehe am Ende dieses Berichts).

    Ende April und Anfang Mai haben wir dem World Community Grid etwa 30.000 Batches von GPU-Arbeitseinheiten zur Verfügung gestellt. Dies war Teil eines Stresstests der World-Community-Grid-Infrastruktur und des Analyseablaufs und generierte für uns schnell eine extrem große Datenmenge.

    Was haben wir aus dem jüngsten Stresstest gelernt?
    Der Stresstest war eine großartige Übung, um Engpässe in unserem Workflow aufzudecken. Aufgrund der nahezu unglaublichen Menge an zurückgemeldeten Ergebnissen - das Äquivalent von etwa 3/4 der Anzahl der CPU-Ergebnisse eines Jahres in einer Woche - wurde uns klar, dass der größte Engpass das war, was wir intern "Rehydrierung/Analyse" nennen. Dies ist der Schritt, bei dem wir das sogenannte "Genom", das die Lage, die Rotation und den Torsionszustand eines gegebenen Docking-Ergebnisses beschreibt, in xyz-Atomkoordinaten umwandeln und die Analyse durchführen.

    Der Stresstest motivierte uns, erhebliche Optimierungen in unserem Code für die GPU-Version zu entwickeln. Diese Optimierungen beschleunigten die Rehydrierung/Analyse um mehr als das Zehnfache, was zu einer Gesamtbeschleunigung unseres Workflows um den Faktor 5 führte. Diese Optimierungen sollen in unseren Mainstream-Quellcode auf der AutoDock-GPU-GitHub-Seite (engl.) einfließen und der gesamten Community zur Verfügung stehen, was allen Forschern zugute kommt, die unseren Code für ihre Simulationen verwenden.

    Ziele, die derzeit auf dem World Community Grid laufen
    Derzeit konzentrieren sich alle Berechnungen auf das Spike-Protein des SARS-CoV-2-Virus. Die ersten Arbeitseinheiten, die auf den Spike abzielten, waren der "Stresstest", bei dem etwa 300 Millionen kleine Moleküle an eine von vielen möglichen Bindungsstellen angedockt wurden. Anschließend haben wir mehrere mögliche Bindungstaschen mit sowohl reaktiven als auch nicht reaktiven Molekülen ins Visier genommen.

    Die reaktiven Moleküle enthalten eine chemische Gruppe, die in der Lage ist, selektiv entweder mit Tyrosin- oder Lysin-Aminosäuren (die häufige Bausteine von Proteinen sind) zu reagieren, und zwar unter Verwendung einer bestimmten Art von Schwefelchemie (Sulfonylfluorid-Austausch, SuFEx). Wenn eines dieser Moleküle tatsächlich an das Spike-Protein bindet, könnte es den Eintritt des Virus in menschliche Zellen behindern und damit die Replikation des Virus verlangsamen.

    Laufende Tests von Verbindungen
    In unserer Analyse haben wir die rohen Docking-Ergebnisse gefiltert, um die vielversprechendsten Verbindungen zu identifizieren, die synthetisiert und in biologischen Tests getestet werden sollen. Während dieses Prozesses wurde die Anzahl der Ergebnisse von Hunderten von Millionen von Molekülen auf einige Dutzend reduziert, welche die interessantesten Interaktionsmuster mit den viralen Enzymen zeigten.

    Mit unseren Partnern bei Enamine (engl.) identifizierten wir diejenigen, die durch synthetische Chemie besser zugänglich waren, und wählten schließlich Moleküle aus, die gegen zwei der wichtigsten Proteasen des SARS-CoV-2-Virus gerichtet sein könnten: 28 für die Protease Plpro und 47 für die Protease Mpro. Enamine hat die Moleküle rasch synthetisiert, gereinigt und an die Labors unserer experimentellen Partner bei Scripps Florida (die Labore von Griffin und Kojetin) und an der Emory University (Labor von Sarafianos) versandt. Sobald die biologischen Ergebnisse vorliegen, werden wir sie mit der Community teilen.

    Vielen Dank an alle, die dieses Projekt unterstützen!
    08.07.2021

    Originaltext:
    https://www.worldcommunitygrid.org/a...?articleId=715
    von Veröffentlicht: 04.07.2021 22:30
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    2. Projekte

    Das Subprojekt TF (Trial Factoring, engl., Test-Faktorisierung) hat einen neuen Zahlbereich erreicht, was sich in zunächst deutlich längeren WU-Laufzeiten niederschlägt. Die insgesamt im jetzt begonnenen Bereich zu erwartenden Faktoren von Mersenne-Primzahlkandidaten werden Primalitätstests im Umfang von fast 30000 Jahren CPU-Zeit einsparen.

    Test-Faktorisierungen im Bereich 73-74 Bit gestartet
    Der Bereich 72-73 Bit ist fast erledigt. Neue Arbeit für 73-74 Bit beginnt. Die Laufzeit beträgt etwa 45 Minuten auf einer RX 5500 XT und sinkt.
    04.07.2021, 19:47:06 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://srbase.my-firewall.org/sr5/forum_thread.php?id=1613
    Trial Factoring 73-74bit range started
    The range 72-73bit is nearly done. There is starting new work for 73-74bit. The runtime is around 45min on a RX5500XT and decreasing.
    4 Jul 2021, 18:47:06 UTC
    von Veröffentlicht: 04.07.2021 20:35
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    2. Projekte

    Die offizielle Bekanntgabe des letzten Fundes beim Mitte März beendeten Subprojekt Fermat Divisor Search wurde kürzlich nachgereicht. Es handelt sich um einen Teiler der erweiterten verallgemeinerten Fermatzahl xGF(8788627,11,4)=11^2^8788627+4^2^8788627.

    DIV-Megaprimzahl! (Nachtrag)
    Am 1. März 2021 um 03:47:51 MEZ hat PrimeGrids Fermat Divisor Search eine Megaprimzahl gefunden:

    25*2^8788628+1

    Die Primzahl hat 2 645 643 Dezimalstellen und erreicht Chris Caldwells Datenbank der größten bekannten Primzahlen auf Platz 75 insgesamt.

    Die Entdeckung gelang Tom Greer (tng) aus den Vereinigten Staaten mit einem AMD Ryzen 9 5950X @ 4,90 GHz mit 32 GB RAM unter Windows 10. Dieser Rechner brauchte etwa 2 Stunden 46 Minuten für den Primalitätstest mit LLR2. Tom Greer ist Mitglied des Teams Antarctic Crunchers.

    Für weitere Einzelheiten siehe bitte die offizielle Bekanntgabe.
    01.07.2021 | 20:48:36 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://www.primegrid.com/forum_thread.php?id=9702
    DIV Mega Prime! (Belated Posting)
    On 1 March 2021, 02:47:51 UTC, PrimeGrid's Fermat Divisor Search found the Mega Prime:

    25*2^8788628+1

    The prime is 2,645,643 digits long and enters Chris Caldwell's “The Largest Known Primes Database” ranked 75th overall.

    The discovery was made by Tom Greer (tng) of the United States using an Authentic AMD Ryzen 9 5950X CPU @ 4.90GHz with 32GB RAM, running Microsoft Windows 10 Professional. This computer took about 2 hours and 46 minutes to complete the primality test using LLR2. Tom Greer is a member of the Antarctic Crunchers team.

    For more details, please see the official announcement.
    1 Jul 2021 | 19:48:36 UTC
    von Veröffentlicht: 01.07.2021 00:00
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    2. SETI.Germany

    Liebe Mitcruncher,

    nachdem nun ein halbes Jahr lang SiDock@home das Teamwork-Projekt war, wurde im internen Subforum für alle SETI.Germany-Mitglieder nun eine neue Projektempfehlung ausgewählt. Mit TN-Grid ist diese ein alter Bekannter, ebenfalls aus dem BioMed-Bereich.

    Projekt-URL: http://gene.disi.unitn.it/test/
    Account erstellen: https://gene.disi.unitn.it/test/create_account_form.php (Invitation Code: science@tn)
    SETI.Germany beitreten: https://gene.disi.unitn.it/test/team...form.php?id=20
    Artikel im SG-Wiki: https://www.seti-germany.de/wiki/TN-Grid

    Stats von XSmeagolX: Team-Vergleich, Mitglieder von SETI.Germany

    Teilnahme über den SG-Booster-Account ist mit dieser XML-Datei möglich: account_gene.disi.unitn.it_test.xml (Anleitung)

    Anwendungen gibt es für Windows (x86 und x86_64), Linux (x86, x86_64 und ARM) und macOS (x86_64).

    Dieses Projekt soll eine zwanglose Empfehlung für alle sein, die noch etwas für arbeitslose Rechner suchen, oder auch als Backupprojekt während anderer Aktionen dienen.

    Wir laden alle SETI.Germany-Mitglieder ein, für die eine oder andere WU vorbeizuschauen. Happy Vollgascrunching!
    von Veröffentlicht: 29.06.2021 09:25
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    2. Projekte

    Africa Rainfall Project - Originaltext - Diskussion

    Speicherung und gemeinsame Nutzung von Daten

    Seit einigen Monaten arbeitet das Forschungsteam daran, die Daten so aufzubereiten, dass sie leicht mit anderen Wissenschaftlern und der Öffentlichkeit geteilt werden können. Da der Datensatz sehr groß und komplex ist, ist dies keine leichte Aufgabe.

    Der Server, auf dem die Projektdaten gespeichert werden, ist nun bereit. Der nächste Schritt wird sein, die Daten zusammenzustellen und zu verschieben. Es gibt allerdings Probleme bei der Anmeldung im System, um die Übergabe abzuschließen. Der Arbeitsablauf ist noch nicht vollständig - die verbleibenden Arbeitsgänge müssen noch herausgefunden werden.


    Meilenstein des Forschungsteams

    Camille Le Coz, das Forschungsteammitglied, das die Arbeitseinheiten vorbereitet und die Ergebnisse interpretiert, wird diesen Monat ihre Dissertation verteidigen. Wir wünschen ihr alles Gute für diesen wichtigen Meilenstein!


    Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

    World Community Grid verschickt derzeit die Generation 70. (Eine Generation ist eine Reihe von Arbeitseinheiten - in diesem Fall eine Reihe von Computersimulationen von Regenfällen in Afrika südlich der Sahara.)



    Help Stop Tuberculosis - Originaltext - Diskussion

    Datenanalyse

    Connor McGee, das neueste Mitglied des Forschungsteams, entwickelt auf maschinellem Lernen basierende Arbeitsabläufe, die bei der Analyse der vom World Community Grid stammenden Daten helfen sollen. Das Team ist dabei, ein Projekt-Update fertigzustellen, das weitere Informationen enthalten wird.

    Die Forscher entscheiden auch, ob sie ihre bisherigen Ergebnisse in einem Bericht zusammenfassen oder zwei Berichte auf Basis der bisher analysierten Daten erstellen.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    In Bearbeitung: 24 Batches (850 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 24.181 Batches (59 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 2,0 Batches pro Tag)

    Hinweis: Für dieses spezielle Projekt müssen die Forscher oft die Batches analysieren, die wir ihnen zurückschicken, bevor sie weitere Arbeitseinheiten erstellen können. Dies kann manchmal zu einer verzögerten Bereitstellung von Arbeitseinheiten führen.



    Mapping Cancer Markers - Originaltext - Diskussion

    Die Hilfe aller wird gebraucht

    Mapping Cancer Markers hat im Allgemeinen einen großen, stetigen Vorrat an Arbeitseinheiten, und das Forschungsteam erwartet, dass dies auch in absehbarer Zukunft so bleiben wird. Mit dem kürzlich bekannt gegebenen Ende eines anderen World-Community-Grid-Projekts bitten wir Freiwillige, die nicht bereits Rechenleistung für Mapping Cancer Markers spenden, es zu ihrer Liste der Projekte hinzuzufügen. Ihr könnt die Projekte, die ihr unterstützt, hier überprüfen und ändern.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Zum Download verfügbar: 863 Batches
    In Bearbeitung: 1.251 Batches
    Abgeschlossen: 75.671 Batches (1.130 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 37,7 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 22,9 Tage



    Microbiome Immunity Project - Originaltext - Diskussion

    Erster Bericht veröffentlicht (und weitere in Arbeit)

    Das Forscherteam hat vor kurzem einen Bericht in Nature Communications über die Techniken veröffentlicht, die sie als Ergebnis des Projekts entwickelt haben.

    Zwei weitere Berichte sind in Arbeit, und die Forscher werden uns über den Stand der Dinge auf dem Laufenden halten, während die Arbeit voranschreitet.


    Die Zukunft des Projekts

    Die Rechenleistung der Freiwilligen hat dem Forscherteam geholfen, die Strukturen von mehr als 330.000 Proteinen vorherzusagen, seit das Projekt im Jahr 2017 gestartet wurde. Mit den jüngsten Fortschritten in der Technologie gibt es nun Möglichkeiten, diese spezielle Art von Daten schneller zu analysieren, als es noch vor vier Jahren möglich war. Daher wird die Zeit des Projekts im World Community Grid enden, sobald die aktuellen Arbeitseinheiten abgeschlossen sind.

    Wir bedanken uns bei allen, die seit Beginn an diesem Projekt mitgearbeitet haben. Die Forscher bereiten ein Update für uns vor und werden uns über zukünftige Arbeiten und Entdeckungen, die sich aus den Daten ergeben könnten, auf dem Laufenden halten.

    Ihr könnt einen Beitrag direkt von den Forschern im Microbiome Immunity Project Forum (engl., deutsche Übersetzung) lesen.


    Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

    Zum Download verfügbar: 1.310 Batches
    In Bearbeitung: 3.846 Batches (8.420.064 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 331.125 Batches (1.368 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 46 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 28 Tage



    OpenPandemics - Originaltext - Diskussion

    Analyse einer noch nie dagewesenen Menge an Daten

    Im vergangenen Monat stellte das Forschungsteam dem World Community Grid etwa 30.000 Batches von GPU-Arbeitseinheiten zur Verfügung. Dies war Teil eines Stresstests der World-Community-Grid-Infrastruktur und generierte schnell eine extrem große Menge an Daten, die von den Forschern analysiert werden.

    Das World-Community-Grid-Tech-Team hat in unserem Forum (engl., deutsche Übersetzung) über die Entdeckungen gepostet, die sie hinsichtlich der aktuellen technischen Möglichkeiten des Programms gemacht haben. Das Forschungsteam arbeitet derzeit an einem Update über das, was sie bisher aus der riesigen Datenmenge herausgefunden haben, aber in der Zwischenzeit haben sie auch über ein paar Statistiken und Projektmeilensteine getwittert.

    Vielen Dank an alle, die am Stresstest teilgenommen haben und die weiterhin Rechenleistung zum Projekt beitragen!


    Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

    CPU

    Zum Download verfügbar: 6.063 Batches
    In Bearbeitung: 2.199 Batches
    Abgeschlossen: 51.189 Batches (6.770 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 225,7 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 26,9 Tage


    GPU

    Zum Herunterladen verfügbar: 16.283 Batches
    In Bearbeitung: 4.174 Batches
    Abgeschlossen: 52.292 Batches (15.366 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 512,2 pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 31,8 Tage
    von Veröffentlicht: 27.06.2021 16:15
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    2. Projekte

    In einem kurzen Video (engl.) berichten David Baker und Neil King über zwei derzeit in klinischen Tests befindliche Produkte der Covid-19-Forschung, zu denen Rosetta@home beigetragen hat.

    Dabei handelt es sich zum einen um einen Impfstoff in Form von Nanopartikeln, die mit Fragmenten des Spike-Proteins sozusagen als SARS-CoV-2 verkleidet werden und so die Antikörperproduktion anregen. Phase-I/II-Studien laufen derzeit, im Erfolgsfall könnte der Impfstoff noch in diesem Jahr auch Phase III durchlaufen und anschließend zugelassen werden. Ein Fachartikel dazu ist im vergangenen November in der Zeitschrift Cell erschienen (Walls et al.: "Elicitation of Potent Neutralizing Antibody Responses by Designed Protein Nanoparticle Vaccines for SARS-CoV-2", engl., "Auslösen starker neutralisierender Antikörperreaktionen durch SARS-CoV-2-Impfstoffe mit konzipierten Protein-Nanopartikeln").

    Zum anderen wurden Mikroproteine konzipiert, die das Virus daran hindern, an menschliche oder auch tierische Zellen zu binden, um sich zu vermehren. Sie wirken auch gegen die Varianten Alpha, Beta und Delta und könnten prophylaktisch oder in der Frühphase einer Infektion eingenommen werden, um eine ernsthafte Erkrankung zu verhindern. Auch dazu wurde bereits im letzten Jahr ein Fachartikel veröffentlicht, nämlich in Science (Cao et al.: "De novo design of picomolar SARS-CoV-2 miniprotein inhibitors", engl., "De-novo-Design picomolarer Miniprotein-Hemmstoffe für SARS-CoV-2").
    von Veröffentlicht: 25.06.2021 17:50
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    2. Projekte

    Es wird wärmer auf der Nordhalbkugel, was die Anzahl der Primzahlfunde etwas drückt. Im Mai gab es 166, darunter zwölf Erstfunde und acht Doublechecks von Mitgliedern von SETI.Germany.

    Seit dem Ende von PPS-DIV im März sind die Top-100-Funde wieder sehr selten geworden, sodass es auch im Mai keinen gab. Zwanzig Funde haben mehr als eine Million Dezimalstellen, darunter ist auch ein erweiterter verallgemeinerter Fermatzahl-Teiler:

    • Die 1 012 946-stellige Proth-Primzahl 8523*2^3364918+1 wurde am 02.05.2021 um 02:01:44 MEZ von DeleteNull (Team: SETI.Germany) aus Deutschland mit einem AMD Ryzen 9 3900XT gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR2 auf 4 Threads etwa 20 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1 012 999-stellige Proth-Primzahl 5173*2^3365096+1 wurde am 03.05.2021 um 06:11:35 MEZ von Nick (BOINC@AUSTRALIA) aus Australien mit einem Intel Core i9-9960X gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR2 auf 2 Threads etwa 28 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1 869 628-stellige verallgemeinerte Fermat-Primzahl 13553882^262144+1 wurde am 03.05.2021 um 17:31:16 MEZ von IKI aus Frankreich mit einer NVIDIA GeForce RTX 2080 in Verbund mit einem AMD Ryzen 7 2700X gefunden, wobei für den PRP-Test mit Genefer 11 Minuten 47 Sekunden benötigt wurden. Die Bestätigung erfolgte am 03.05.2021 um 18:16:44 MEZ durch Johny (Czech National Team) aus Tschechien mit einer NVIDIA GeForce GTX 1070 Ti in Verbund mit einem AMD Ryzen 9 3900X, wobei für den PRP-Test mit Genefer 27 Minuten 24 Sekunden benötigt wurden.

    • Die 1 013 016-stellige Proth-Primzahl 9885*2^3365151+1 wurde am 04.05.2021 um 16:48:15 MEZ von Matthew L aus den Vereinigten Staaten mit einem Intel Xeon E3-1231 v3 gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR2 auf 8 Threads etwa 16 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1 013 056-stellige Proth-Primzahl 8201*2^3365283+1 wurde am 05.05.2021 um 12:04:38 MEZ von Andrew Johnson aus den Vereinigten Staaten mit einem Intel Core2 Quad Q8200 gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR2 etwa 7 Stunden 20 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1 013 165-stellige Proth-Primzahl 8557*2^3365648+1 wurde am 07.05.2021 um 22:16:49 MEZ von KylePolansky aus den Vereinigten Staaten mit einem Intel Core i7-6800K gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR2 auf 3 Threads etwa 24 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1 013 240-stellige Proth-Primzahl 7665*2^3365896+1 wurde am 09.05.2021 um 23:54:20 MEZ von Andrew Johnson aus den Vereinigten Staaten mit einem Intel Core i5-5250U gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR2 etwa 2 Stunden 48 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1 042 446-stellige verallgemeinerte Fermat-Primzahl 89790434^131072+1 wurde am 15.05.2021 um 10:08:40 MEZ von Sean (Ultimate Chaos) aus den Vereinigten Staaten mit einer NVIDIA Quadro P4000 in Verbund mit einem Intel Xeon W-2133 gefunden, wobei für den PRP-Test mit Genefer 9 Minuten 29 Sekunden benötigt wurden. Die Bestätigung erfolgte am 15.05.2021 um 10:47:28 MEZ durch DaveSun mit einer AMD Radeon HD 6870 in Verbund mit einem Intel Core2 Duo E6550, wobei für den PRP-Test mit Genefer 37 Minuten 45 Sekunden benötigt wurden.

    • Die 1 013 454-stellige Proth-Primzahl 9853*2^3366608+1 wurde am 16.05.2021 um 09:47:01 MEZ von 288larsson (Sicituradastra.) aus Schweden mit einem Intel Core i9-7980XE gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR2 etwa 49 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1 013 560-stellige Proth-Primzahl 5941*2^3366960+1 wurde am 19.05.2021 um 20:32:08 MEZ von Charles Jackson aus den Vereinigten Staaten mit einer Intel-CPU gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR2 etwa 1 Stunde 29 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1 013 559-stellige Proth-Primzahl 5845*2^3366956+1 wurde am 20.05.2021 um 06:20:39 MEZ von Ryan Propper aus den Vereinigten Staaten mit einem Intel Xeon gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR2 etwa 3 Stunden 26 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1 013 667-stellige Proth-Primzahl 2529*2^3367317+1 wurde am 23.05.2021 um 04:45:05 MEZ von DeleteNull (SETI.Germany) aus Deutschland mit einem AMD Ryzen 9 3900X gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR2 auf 4 Threads etwa 21 Minuten benötigt wurden. Diese Megaprimzahl ist ein Teiler der erweiterten verallgemeinerten Fermat-Zahl xGF(3367314,10,9)=10^2^3367314+9^2^3367314.

    • Die 1 042 565-stellige verallgemeinerte Fermat-Primzahl 89977312^131072+1 wurde am 23.05.2021 um 06:45:07 MEZ von Michael Millerick (University of California, Berkeley) aus den Vereinigten Staaten mit einer NVIDIA GeForce RTX 3070 in Verbund mit einem Intel Core i5-7600K gefunden, wobei für den PRP-Test mit Genefer 2 Minuten 40 Sekunden benötigt wurden. Die Bestätigung erfolgte am 23.05.2021 um 07:04:24 MEZ durch tyrone (The Scottish Boinc Team) aus dem Vereinigten Königreich mit einer NVIDIA GeForce GTX 960 in Verbund mit einem Intel Core i5-4690, wobei für den PRP-Test mit Genefer 18 Minuten 40 Sekunden benötigt wurden.

    • Die 1 013 678-stellige Proth-Primzahl 9609*2^3367351+1 wurde am 23.05.2021 um 13:02:08 MEZ von Nick (BOINC@AUSTRALIA) aus Australien mit einem Intel Core i9-9980XE gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR2 auf 2 Threads etwa 33 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1 042 583-stellige verallgemeinerte Fermat-Primzahl 90006846^131072+1 wurde am 24.05.2021 um 13:26:23 MEZ von teppot (Universe Examiners) aus Finnland mit einer NVIDIA GeForce RTX 2060 in Verbund mit einem Intel Core i5-10400 gefunden, wobei für den PRP-Test mit Genefer 5 Minuten 6 Sekunden benötigt wurden. Die Bestätigung erfolgte am 24.05.2021 um 14:56:24 MEZ durch Patrick Eiler (BOINC@Austria) aus Österreich mit einer NVIDIA GeForce GTX 1080 Ti in Verbund mit einem AMD Ryzen 5 3600, wobei für den PRP-Test mit Genefer 5 Minuten 20 Sekunden benötigt wurden.

    • Die 1 013 738-stellige Proth-Primzahl 6001*2^3367552+1 wurde am 25.05.2021 um 10:50:08 MEZ von Buckeye4lf (Antarctic Crunchers) aus den Vereinigten Staaten mit einem AMD Ryzen Threadripper 3970X gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR2 auf 2 Threads etwa 30 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1 013 772-stellige Proth-Primzahl 2533*2^3367666+1 wurde am 26.05.2021 um 13:46:59 MEZ von GhostOfElectricity aus dem Vereinigten Königreich mit einem Intel Core i7-8750H gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR2 auf 3 Threads etwa 1 Stunde 37 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1 013 796-stellige Proth-Primzahl 6497*2^3367743+1 wurde am 27.05.2021 um 04:18:17 MEZ von Nick (BOINC@AUSTRALIA) aus Australien mit einem Intel Core i9-9900K gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR2 auf 2 Threads etwa 25 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1 870 352-stellige verallgemeinerte Fermat-Primzahl 13640376^262144+1 wurde am 29.05.2021 um 02:58:51 MEZ von IKI aus Frankreich mit einer NVIDIA GeForce RTX 2080 in Verbund mit einem AMD Ryzen 7 2700X gefunden, wobei für den PRP-Test mit Genefer 11 Minuten 51 Sekunden benötigt wurden. Die Bestätigung erfolgte am 03.06.2021 um 09:13:52 MEZ durch Johny (Czech National Team) aus Tschechien mit einem AMD Ryzen 9 3900X, wobei für den PRP-Test mit Genefer 2 Stunden 29 Minuten 22 Sekunden benötigt wurden.

    • Die 1 013 872-stellige Proth-Primzahl 1847*2^3367999+1 wurde am 29.05.2021 um 06:38:50 MEZ von Staranders aus Schweden mit einem Intel Core i5-6600 gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR2 etwa 56 Minuten benötigt wurden.


    Auch unter den kleineren Funden war ein erweiterter verallgemeinerter Fermatzahl-Teiler:

    • Die 915 266-stellige Proth-Primzahl 639*2^3040438+1 ist ein Teiler der erweiterten verallgemeinerten Fermatzahl xGF(3040436,12,11)=12^2^3040436+11^2^3040436. Sie wurde am 21.05.2021 um 10:07:33 MEZ von Penguin (Antarctic Crunchers) aus den Vereinigten Staaten mit einer Intel-CPU gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR2 etwa 20 Minuten benötigt wurden.


    Die übrigen 145 Funde entfallen auf folgende Subprojekte:

    • Proth Prime Search (PPS): 13 Funde im Bereich 3025527 ≤ n ≤ 3041954 (910 778-915 723 Dezimalstellen)
    • Proth Prime Search Extended (PPSE): 14 Funde im Bereich 1638191 ≤ n ≤ 1639386 (493 149-493 509 Dezimalstellen)
    • Sophie Germain Prime Search (SGS): 65 Funde im Bereich 6152791994835 ≤ k ≤ 6220344524277 (388 342 Dezimalstellen), darunter acht Erstfunde und ein Doublecheck von boss, ein Erstfund von ETX sowie ein Doublecheck von SETIBOOSTER
    • Generalized Fermat Prime Search (n=15): 36 Funde im Bereich 236827398 ≤ b ≤ 240714818 (274 414-274 646 Dezimalstellen), darunter ein Erstfund und drei Doublechecks von POPSIE
    • Generalized Fermat Prime Search (n=16): 15 Funde im Bereich 125489168 ≤ b ≤ 126749898 (530 751-531 035 Dezimalstellen), darunter drei Doublechecks von Terminator
    • Generalized Fermat Prime Search (n=17 low): 2 Funde: 24486806^131072+1 (968 483 Dezimalstellen), 24522386^131072+1 (968 565 Dezimalstellen)


    von Veröffentlicht: 18.06.2021 10:45
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Während der Fachartikel darüber noch in Vorbereitung ist, wurden 14 weitere mit Einstein@Home gefundene Pulsare in der Liste der Pulsar-Entdeckungen ergänzt. Die Anzahl der Neuentdeckungen in den Daten des Fermi-Satelliten ist somit um 56% gestiegen.

    14 neue Pulsar-Entdeckungen durch Einstein@Home in Fermi-LAT-Daten
    Glückwunsch an alle Einstein@Home-Freiwilligen, deren Rechner 14 neue Pulsare in den Daten des Large Area Telescope (LAT) an Bord des Gamma-Satelliten Fermi gefunden haben. Diese neuen Pulsare sind auf der Webseite für FGRP-Entdeckungen (engl.) zusammen mit den Namen der Freiwilligen aufgelistet, deren Rechner die neuen Systeme mit der höchsten Signifikanz gefunden haben. Insgesamt hat Einstein@Home jetzt 39 neue Gamma-Pulsare in Fermi-LAT-Daten gefunden.

    Wir bereiten einen Artikel in einer Fachzeitschrift über diese neuen Pulsare vor und werden einen Link dazu im Bereich Wissenschaft/Veröffentlichungen teilen, wenn er fertig ist. In der Zwischenzeit geht die Suche nach neuen Pulsaren weiter!
    15.06.2021 20:51:17 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://einsteinathome.org/content/14-new-einsteinhome-pulsar-discoveries-fermi-lat-data
    14 New Einstein@Home Pulsar Discoveries In Fermi-LAT Data
    Congratulations to all Einstein@Home volunteers, whose computers have found 14 new pulsars in data from the Large Area Telescope (LAT) on board the Fermi gamma-ray satellite. These new pulsars are listed on the FGRP discoveries webpage, along with the names of the volunteers whose computers identified the new systems with the highest significance. In total, Einstein@Home has now found 39 new gamma-ray pulsars in Fermi LAT data.

    We are preparing a journal publication about these new pulsars, and will post a link to it in the science/publications area when it is finished. Meanwhile, the search for new pulsars continues!
    15 Jun 2021 19:51:17 UTC
    von Veröffentlicht: 07.06.2021 14:00
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    2. Projekte

    Am 12. Juni 2005 startete das Projekt Message@Home, das MD5-verschlüsselte Texte wieder entschlüsselte, um eine in der Programmiersprache Perl umgesetzte Version des BOINC-Servers zu testen. 16 Jahre später heißt das Projekt längst anders, widmet sich anderen Zielen und auch von PerlBOINC ist nicht mehr allzu viel übrig. Dennoch ist die erste Challenge nach der Pentathlon-Pause eine Geburtstagsfeier des Projekts:

    PrimeGrid's 16th Birthday Challenge
    Beginn: 12.06.2021, 13:00 UTC = 14:00 MEZ = 15:00 MESZ
    Ende: 17.06.2021, 13:00 UTC = 14:00 MEZ = 15:00 MESZ
    Subprojekt: Extended Sierpinski Problem LLR (ESP)


    Der offizielle Thread zur Challenge im PrimeGrid-Forum ist hier zu finden.

    Es zählen für diese Challenge nur WUs des Subprojekts Extended Sierpinski Problem LLR (ESP), die nach dem 12.06. um 15:00 Uhr heruntergeladen und vor dem 17.06. um 15:00 Uhr zurückgemeldet werden! Das gewünschte Subprojekt kann in den PrimeGrid-Einstellungen festgelegt werden.

    Anwendungen gibt es für Windows und Linux (32- und 64-Bit) sowie macOS (64-Bit). Wer in den letzten Monaten keine WUs von längeren LLR-Subprojekten berechnet hat, sollte dies eventuell schon vor der Challenge nachholen, um die relativ große Anwendung (~35 MB) bereits auf dem Rechner zu haben.

    Die verwendete LLR-Anwendung belastet die CPU sehr stark und die automatische Fehlerkorrektur kann die Laufzeiten im Fehlerfall deutlich erhöhen. Daher bitte nicht zu stark übertakten und auf gute Kühlung achten!

    Die Laufzeiten liegen bei über einem Tag bei Verwendung eines einzelnen CPU-Kerns; schneller und meist auch effizienter geht es, wenn mehrere CPU-Kerne an einer WU arbeiten, was sich mit der Einstellung Multi-threading: Max # of threads for each task in den Projekteinstellungen erreichen lässt. In jedem Fall haben moderne Intel- und die neuesten AMD-Ryzen-CPUs durch die automatisch benutzten Optimierungen (AVX, FMA3, AVX-512) einen erheblichen Vorteil. CPUs, die Hyperthreading unterstützen, laufen oft effizienter, wenn Hyperthreading nicht benutzt wird.

    Die Punkte für die Challenge-Statistik sind identisch mit den BOINC-Credits, werden jedoch sofort gutgeschrieben, während die BOINC-Credits erst vergeben werden, wenn das Ergebnis überprüft ist. Das Subprojekt verwendet den schnellen Doublecheck-Mechanismus, bei welchem am Ende der WU ein wenige MB großes Zertifikat erstellt und hochgeladen wird. Die Überprüfung erfolgt mit einer deutlich kleineren WU (erkennbar an einem c im Namen).

    Team-Stats bei PrimeGrid
    User-Stats bei PrimeGrid

    Team-Stats bei SETI.Germany
    Detail-Statistik für SETI.Germany
    User-Stats bei SETI.Germany

    Zum Diskussionsthread
    von Veröffentlicht: 03.06.2021 15:15
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    2. Projekte

    Am Ende dieses Monats wird das Subprojekt Microbiome Immunity Project eingestellt, da die Berechnungen mit neuen Methoden auf Basis maschinellen Lernens erheblich effizienter durchgeführt werden können und die Leistung des World Community Grid nicht mehr benötigt wird. Zudem sind für den morgigen Freitag Wartungsarbeiten angekündigt.

    Wichtige Ankündigung zur Zukunft des Microbiome Immunity Project
    Liebe Freiwillige des World Community Grid,

    vielen Dank für eure heldenhaften Beiträge zum Microbiome Immunity Project! Eure Bemühungen haben es uns ermöglicht, die Strukturen von mehr als 330.000 im Mikrobiom enthaltenen Proteinen vorherzusagen, was unser Verständnis der Funktionen dieser unglaublich komplexen Gemeinschaft, die unseren Körper bewohnt und viele Aspekte unserer Gesundheit und Krankheit unterstützt, drastisch verbessert.

    Mit dem jüngsten Aufkommen neuer Proteinfaltungsmethoden, die auf KI und Deep Learning basieren, ist es nun möglich, diese Strukturen hundertmal schneller zu berechnen als zu Beginn des Projekts. Daher schließen wir das Projekt Ende Juni ab und überführen die Ergebnisse in neue, schnellere Techniken, die auf herkömmlichen High-Performance Compute-Clustern durchgeführt werden können und nicht die Leistung des World Community Grid benötigen.

    Euer freiwilliger Einsatz hat die Zugänglichkeit der Strukturbiologie für Mikrobiom-Forscher weltweit verändert und es ermöglicht, diese Techniken in Tausende von Mikrobiom-Projekten einzubinden, die auf Krankheiten von Typ-1 Diabetes und entzündlichen Darmerkrankungen über Krebs bis hin zu neurologischen Erkrankungen abzielen und auf der ganzen Welt durchgeführt werden.

    Wir haben bereits einen wissenschaftlichen Artikel (engl.) veröffentlicht, der aus den Techniken resultiert, die in diesem Projekt entwickelt wurden, und ein zweiter ist auf dem Weg, der diese Protokolle auf die von euch generierten Ergebnisse anwenden wird. Wir werden euch über weitere Ergebnisse auf dem Laufenden halten, sobald wir sie veröffentlichen.

    Nochmals vielen Dank für eure beeindruckenden Beiträge zum MIP!


    Mit besten Grüßen,
    Das Microbiome Immunity Project Team
    01.06.2021 22:04:50 MEZ


    Geplante Wartung am Freitag, 4. Juni

    Zusammenfassung

    Wir aktualisieren das Betriebssystem auf unseren Servern am Freitag, den 4. Juni, ab 16:00 MESZ.
    ---
    Wir werden am Freitag, den 4. Juni, ab 16:00 MESZ eine wichtige Aktualisierung des Betriebssystems auf unseren Servern installieren. Wir gehen davon aus, dass die Arbeiten etwa vier Stunden dauern werden.

    Während dieser Zeit können Teilnehmer zeitweise keine neue Arbeit hoch- oder herunterladen und die Website ist nicht erreichbar.

    Die Freiwilligen müssen keine besonderen Maßnahmen ergreifen, da eure Geräte nach Abschluss der Wartungsarbeiten automatisch erneut versuchen, Verbindung aufzunehmen.

    Wir bedanken uns für eure Geduld und Teilnahme.
    02.06.2021


    Originaltexte:
    Zitat Zitat von https://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread?thread=43484
    Important Announcement about the future of the Microbiome Immunity Project
    Dear World Community Grid volunteers,

    Thank you for your heroic contributions to the Microbiome Immunity Project! Your efforts have allowed us to predict the structures of more than 330,000 proteins contained in the microbiome, dramatically improving our understanding of the functions contained in this incredibly complex community that inhabits all our bodies and underpins many aspects of our health and disease.

    With the recent advent of new protein folding techniques based on AI and deep learning, it is now possible to compute these structures hundreds of times faster than when we started the project. We are therefore drawing the project to a close at the end of June, bridging results to new, faster techniques that can be performed on traditional high-performance compute clusters and do not need the power of World Community Grid.

    What this means is that your volunteer effort has transformed the accessibility of structural biology for microbiome researchers worldwide, allowing these techniques to be incorporated into the thousands of microbiome projects, targeting diseases ranging from type-1 diabetes and inflammatory bowel disease to cancer to neurological disease, and being conducted around the world.

    We already have one scientific article published resulting from the techniques developed from this project, with a second on the way that will apply those protocols to the results that you generated. We will keep you updated on more findings as we publish them.

    Thank you again for your impressive contributions to MIP!


    Best,
    The Microbiome Immunity Project team
    Jun 1, 2021 9:04:50 PM
    Zitat Zitat von https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=706
    Planned Maintenance on Friday, June 4

    Summary

    We are updating the operating system on our servers on Friday, June 4, beginning at 14:00 UTC.
    ---
    We will be applying an important operating system update to our servers on Friday, June 4, beginning at 14:00 UTC. We anticipate that the work will take approximately four hours.

    During some of this time, volunteers will not be able to upload or download new work, and the website will not be accessible.

    Volunteers will not need to take any particular action, as your devices will automatically retry their connections after the maintenance work is completed.

    We appreciate your patience and participation.
    2 Jun 2021

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