• SETI.Germany News RSS-Feed

    von Veröffentlicht: 07.03.2012 19:00
    1. Kategorien:
    2. SPEG

    Nach dem logischen Ausflug nach Russland ist das nächste SPEG-Speedprojekt deutlich weiter westlich beheimatet: AlmereGrid Boinc Grid.

    Dieses Projekt stellt praktisch einen verteilten Supercomputer für die Stadt Almere in den Niederlanden dar. Die aktuellen Berechnungen sind vergleichbar mit dem Projekt Correlizer.

    In den Statistiken befindet sich SETI.Germany derzeit auf Platz 2. Der Rückstand auf den derzeit von L'Alliance Francophone gehaltenen Platz an der Sonne beträgt rund 500k Cobblestones.

    Projekt-URL: http://boinc.almeregrid.nl/
    SETI.Germany beitreten: http://boinc.almeregrid.nl/team_join_form.php?id=2
    Artikel im SG-Wiki: http://www.seti-germany.de/wiki/AlmereGrid

    Anwendungen sind vorhanden für Windows, Linux und MacOS (Intel). Im Falle von Problemen empfehlen wir weiterhin unser mit der 2nd Wave gemeinsames Teamwork-Projekt Rosetta@home.

    Alle Mitglieder von SETI.Germany sind zum Mithelfen eingeladen. Wir wünschen viel Spaß und 'Happy Vollgascrunching'!
    von Veröffentlicht: 24.02.2012 18:00
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Achtung! Wegen verschiedener Probleme wird diese Challenge nicht wie geplant als Bestandteil der Challenge Series durchgeführt! Weitere Informationen in diesem Post.

    Zum Jahresauftakt haben wir uns mit reiner CPU-Leistung wieder in die Top3 bei einer LLR-Challenge vorgearbeitet. Für die zweite Challenge sind jetzt vor allem die NVIDIA-Grafikkarten gefordert, Anlass ist der Schalttag:

    The Leap Day Challenge
    Beginn: 29.02.2012, 18:00 UTC = 19:00 MEZ
    Ende: 01.03.2012, 18:00 UTC = 19:00 MEZ
    Subprojekt: Cullen/Woodall Prime Search (Sieve)


    Der offizielle Thread zur Challenge im PrimeGrid-Forum ist hier zu finden.

    Es zählen für diese Challenge nur WUs vom Subprojekt Cullen/Woodall Prime Search (Sieve), die nach dem 29.02. um 19:00 Uhr heruntergeladen und vor dem 01.03. um 19:00 Uhr zurückgemeldet werden! Das passende Subprojekt kann in den PrimeGrid-Einstellungen festgelegt werden.

    Anwendungen sind vorhanden für:
    CPUs: Linux (32bit), MacOS (Intel32)
    NVIDIA-GPUs: Windows, Linux, MacOS

    Es werden alle CUDA-fähigen NVIDIA-Grafikkarten unterstützt, sofern ein nicht völlig veralteter Treiber installiert ist.

    Die WU-Laufzeiten liegen auf Grafikkarten bei ein paar Minuten, auf CPUs im Bereich von mehreren Stunden. Es gibt feste 1093,43 Credits pro WU, entsprechend werden für die Statistik einfach nur die Credits gezählt.

    Team-Stats bei PrimeGrid*
    User-Stats bei PrimeGrid*

    Team-Stats bei BOINCstats*
    User-Stats bei BOINCstats*

    * Sämtliche Statistiken haben keine Relevanz für die Gesamtwertung der PrimeGrid Challenge Series 2012.
    von Veröffentlicht: 22.02.2012 19:40
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Beim World Community Grid gibt ein neues Unterprojekt:



    Say No to Schistosoma (SN2S)

    ZIEL:
    Ziel des 'Say No to Schistosoma'-Projekt ist es, potentielle Medikamenten-Kandidaten zu identifizieren, die zur Behandlung von Bilharziose weiterentwickelt werden können. Die enorme Rechenkraft des WCG wird zur Berechnung von Simulationen der Wechselwirkungen zwsichen Millionen chemischer Substanzen und gewisser Zielproteine eingesetzt. Dies wird helfen die meist versprechenden Kandidaten herauszufiltern und könnte zu einer effektiven Therapie dieser Krankheit führen.

    BEDEUTUNG:
    Bilharziose ist eine Tropenkrankheit, die durch einen parasitär lebenden Wurm, der über Süßwasserschnecken übertragen wird, hervorgerufen wird. Die Krankheit tötet jährlich 200000 Menschen und befällt über 207 Millionen Menschen. Wissenschaftler der Infórium University in Belo Horizonte und FIOCRUZ-Minas, Brasilien, benutzen das WCG zur Suche nach chemischen Substanzen, die zu neuen Medikamenten in der Krankheitstherapie führen können.

    HERANGEHENSWEISE:
    Eine Software namens VINA vom 'The Scripps Research Institute' in La Jolla, Kalifornien, wird zum Durchführen der Experimente benutzt. Diese virtuellen Experimente werden nach chemischen Substanzen suchen, die bestimmte zum Überleben des Parasits notwendige Proteine ausschalten können. Die Suche nach möglichen Medikamenten-Kandidaten ist ein früher Schritt auf dem Weg eine effektive Krankheitstherapie zur entwickeln. Mit genügend Rechenkraft kann diese Suche sehr viel schneller durchgeführt werden als mit konventionellen Laborexperimenten. Mit den den Wissenschaftlern zur Verfügung stehenden Computern würde die Suche etwa 30 Jahre dauern. Es ist anzunehmen, dass das WCG diese Zeit auf ein Jahr oder weniger verkürzen kann. Nachrichten über die besten Kandidaten-Moleküle werden von den Wissenschaftlern in der Public Domain veröffentlicht, damit andere Wissenschaftler auf diesen Ergebnisse aufbauen können. Weiterführende Laborarbeit mit den besten identifizierten Kandidaten kann zur Entwicklung von besseren Medikamenten zur Bekämpfung von Bilharziose führen.

    Für die Berechnung an diesem Projekt werden vom WCG folgende Badges vergeben:

    PROJEKT-DETAILS:

    Bilharziose ist eine Tropenkrankheit, die durch parasitäre Würmer hervorgerufen wird und pro Jahr 200000 Menschen tötet und über 207 Millionen in 74 Ländern befällt. Bis heute gibt es trotz intensiver Forschung keine Impfstoffe gegen diese Krankheit. Die sozio-ökonomischen Folgen von Bilharziose werden nur von Malaria übertroffen.

    Die Krankheit wird durch eine parasitären Saugwurm (Pärchenegel) hervorgerufen. Die Larven des Parasiten, durch Süßwasserschnecken freigesetzt, durchdringen die Haut und gelangen mit dem Blutstrom zur Leber. Nachdem sie sich vom Blut des Wirts ernährt haben und gereift sind, wandern sie durch die Venen zu anderen Teilen des Körpers wie Blase und Eingeweide. Während ihrer jahrzehntelangen Lebenszeit produzieren hunderte Eier am Tag. Einige der Eier werden mit Urin oder Stuhl ausgeschieden. Nach dem Schlüpfen können weitere Schnecken infiziert werden.

    Die Immunreaktion des Körpers auf die im Körper verbleibenden Eier ist die Hauptursache der Krankheit. Eine Immunreaktion ist die natürliche Verteidigungsreaktion des Körpers auf Eindringlinge und ruft normalerweise eine verübergehende Entzündung im betroffenen Gewebe hervor. Allerdings löst diese Krankheit eine chronische Entzündung hervor, die die betroffenen Organe schädigt und die Lage verschlimmert. Bilharziose kann verschiedene Organe wie Leber, Milz, Eingeweide und Nieren befallen und zum Tode führen. Eine Art des Pärchenegel kann auch Blasenkrebs hervorrufen.

    Antimon, Oxamniquine, Mirazid und Metrifonat sind Medikamente die zur Behandlung von Bilharziose eingesetzt wurden. Aber diese Medikamente sind entweder nicht sehr effektiv, sind vom Markt genommen oder wirken nur gegen eine bestimmte Krankheitsform. Ein oral verabreichter Wirkstoff namens Praziquantel ist derzeit die beste Behandlung von Bilharziose. Allerdings gibt es Anzeichen, dass der Pärchenegel gegen Praziquantel Resistenzen entwickelt. Aus diesen Gründen gibt es dringenden Bedarf neue Therapien zu entwickeln.

    Um die Suche nach potentiellen Wirkstoff-Kandidaten gegen Bilharziose zu beschleunigen, wird die Rechenkraft des WCG zum Screening von Millionen chemischer Substanzen, die als Wirkstoff-Kandidaten in Frage kommen, eingesetzt. Anstatt teure und zeitintensive Laborversuche durchzuführen, werden Millionen von Experimenten mit Software auf den Computern der WCG-Mitglieder simuliert.

    Ein Software-Programm namens VINA vom 'The Scripps Research Insitute' in La Jolla, Kalifornien, wird zum Durchführen der virtuellen chemischen Experimente, bekannt als 'molecular docking'-Experimente, benutzt. 'Molecular docking' ist der Prozess die Kraft der Wechselwirkung zwischen zwei chemischen Substanzen hervorzusagen. Eine der chemischen Substanzen wird als 'target' (Ziel) bezeichnet, in diesem Fall ist dies eins von mehreren Proteinen, die für das Überleben des Parasiten nötig sind. Die andere Substanz ist eine aus einer Sammlung von Millionen Substanzen aus einer Datenbank, in der bekannte Substanzen und ihr atomarer Aufbau katalogisiert sind. Die Dockingversuche platzieren die beiden Substanzen in allen möglichen Orientierungen, berechnen die Wechselwirkungsenergie, die aussagt, wie gut beide Moleküle in dieser Konfiguration miteinander binden. Falls eine Substanz gut an das Target-Protein bindet, kann sie zum Ausschalten dieses Proteins nützlich sein und so das Fortschreiten der Krankheit behindern. Die Forscher identifizieren Proteine im Pärchenegel, die für dieses Projekt benutzt werden und klären die atomare Struktur dieser Proteine, damit sie als Targets der molecular docking-Experimente benutzt werden können.

    Die VINA-Berechnungen werden benutzt um die meist versprechenden Moleküle zu identifizieren, die diese Proteine hemmen können. Die betreffenden Berechnungen sind sehr umfangreich und würden auf den derzeit den Forschern zur Verfügung stehenden Computern 30 Jahre dauern. WCG wird in der Lage sein, die Zeit zum Testen von Millionen Substanzen gegen diese Proteine auf ein Jahr oder weniger zu reduzieren. Nachrichten über die besten Kandidaten-Moleküle werden von den Wissenschaftlern in der Public Domain veröffentlicht, damit andere Wissenschaftler auf diesen Ergebnisse aufbauen können. Das Forscherteam plant zusätzliche Laborarbeiten, die mit den besten der mit den VINA-Berechnungen gefundenen Kandidaten durchgeführt werden, und zur Entwicklung besserer Wirkstoffe gegen Bilharziose führen können.

     
    von Veröffentlicht: 31.01.2012 23:00
    1. Kategorien:
    2. SPEG

    Nachdem der Januar einem ruhigen Start ins Jahr und dem Charity-Event vorbehalten war, greift die SPEG nun wieder mit einem Speedprojekt ins Geschehen ein. Dafür wurde das Projekt SAT@home ausgesucht.

    Dieses erst vor vier Monaten gestartete russische Projekt beschäftigt sich mit dem Erfüllbarkeitsproblem der Aussagenlogik, das viele Anwendungen in der Informatik hat.

    SETI.Germany befindet sich bei diesem Projekt derzeit auf Platz 3. Im Rahmen dieses Speedprojektes sollen die rund 1,4 Millionen Cobblestones Rückstand auf Platz 1 aufgeholt werden.

    Projekt-URL: http://sat.isa.ru/pdsat/
    SETI.Germany beitreten: http://sat.isa.ru/pdsat/team_join_form.php?id=10
    Artikel im SG-Wiki: http://www.seti-germany.de/wiki/SAT%40home

    Anwendungen sind für Windows und Linux vorhanden. Im Falle von Problemen empfehlen wir weiterhin unser mit der 2nd Wave gemeinsames Teamwork-Projekt Rosetta@home.

    Wir laden alle SETI.Germany-Mitglieder ein, bei diesem Speedprojekt mitzuhelfen, wünschen viel Spaß und 'Happy Vollgascrunching'!
    von Veröffentlicht: 18.01.2012 18:00
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Wie aus den letzten Jahren gewohnt startet die PrimeGrid Challenge Series mit einem Feuerwerk zum chinesischen Neujahrsfest. Nach dem chinesischen Kalender beginnt am 23.01. das Jahr des Drachens, des kräftigsten chinesischen Tierkreiszeichens. Der Drache steht für Kraft, Stärke und Glück. Die Auftaktchallenge bietet die Gelegenheit, die Kraft des Drachens zum Finden einiger Primzahlen zu nutzen.

    The Year of the Dragon Challenge
    Beginn: 23.01.2012, 18:00 UTC = 19:00 MEZ
    Ende: 28.01.2012, 18:00 UTC = 19:00 MEZ
    Subprojekt: Proth Prime Search (LLR)


    Der offizielle Thread zur Challenge im PrimeGrid-Forum ist hier zu finden.

    Es zählen für diese Challenge nur WUs vom Subprojekt Proth Prime Search (LLR), die nach dem 23.01. um 19:00 Uhr heruntergeladen und vor dem 28.01. um 19:00 Uhr zurückgemeldet werden! Das passende Subprojekt kann in den PrimeGrid-Einstellungen festgelegt werden.

    Eine Anwendung gibt es für Windows, Linux und MacOS (Intel), jeweils 32bit; 64bit-Clients bekommen automatisch die 32bit-App zugeschickt. Eine 64bit-App hätte bei LLR keine Vorteile. Da die Anwendung relativ groß ist (~25MB) bietet es sich an, bereits vor der Challenge wenigstens eine PrimeGrid-LLR-WU zu crunchen, falls noch nicht geschehen.

    Die verwendete LLR-Anwendung belastet die CPU sehr stark und toleriert keinerlei Fehler. Daher bitte nicht zu stark übertakten und auf gute Kühlung achten, auch wenn jetzt im Januar noch keine Rekordtemperaturen zu erwarten sind!

    Die WU-Laufzeiten liegen im Bereich unter einer Stunde auf schnellen Rechnern, aber auch ältere Rechner können in den 5 Tagen einige WUs schaffen.

    Für die Challenge-Statistik werden nicht die BOINC-Cobblestones verwendet, sondern spezielle Challenge Points, die nach einer recht komplizierten Formel abhängig von der jeweils getesten Zahl berechnet werden. Während die BOINC-Credits für die WUs erst beim Erreichen des Quorums vergeben werden, werden die Challenge Points sofort gutgeschrieben. Sollte sich allerdings ein Ergebnis als falsch erweisen, werden die Punkte natürlich wieder abgezogen.

    User-Stats bei PrimeGrid
    Team-Stats bei PrimeGrid

    User-Stats bei BOINCstats
    Team-Stats bei BOINCstats
    von Veröffentlicht: 31.12.2011 23:00
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    2. 2nd Wave,
    3. SETI.Germany

    Frohes neues Jahr!

    Im vergangenen Jahr gab es in der SPEG sogenannte Basisprojekte, bei denen längerfristige Ziele erreicht werden sollten, während die 2nd Wave im Rahmen einer Jahresaktion die Projektempfehlung WCG ausgegeben hatte, um dort in die Top25 einzuziehen. 2012 soll es stattdessen eine gemeinsame Projektempfehlung für jeweils ungefähr 3 Monate geben.

    Dieses Projekt soll also als Backup-Projekt während anderer Aktionen dienen, für die SPEG ein Lückenfüller sein, wenn es kein Speedprojekt gibt, und eine Empfehlung für Mitglieder der 2nd Wave, die außerhalb von Notfällen ein Projekt suchen. Natürlich sind auch alle anderen Mitglieder von SETI.Germany eingeladen, sich ein wenig an diesem Projekt zu beteiligen.

    Als erstes Teamwork-Projekt wurde Rosetta@home ausgewählt. Bei diesem relativ alten Projekt befindet sich SETI.Germany derzeit auf Platz 13, es ist also eins der wenigen Projekte, bei denen SETI.Germany nicht in den Top10 zu finden ist. Mal schauen, ob wir das nicht ändern können.

    Projekt-URL: http://boinc.bakerlab.org/rosetta/
    SETI.Germany beitreten: http://boinc.bakerlab.org/rosetta/team_join_form.php?id=26
    Artikel im SG-Wiki: http://www.seti-germany.de/wiki/Rosetta%40home

    Anwendungen sind vorhanden für Windows, Linux und MacOS.

    Wir wünschen allen SETI.Germany-Mitgliedern ein erfolgreiches Jahr 2012 und allzeit Happy Vollgascrunching!
    von Veröffentlicht: 20.12.2011 23:00
    1. Kategorien:
    2. 2nd Wave

    Unser alter, befreundeter Rivale L'Alliance Francophone gibt in den Projektstats mächtig Gas und versucht uns zu überholen. In den letzten 5 Tagen haben sie bereits zwei der ursprünglich mehr als sechs Millionen Cobblestones an Vorsprung pulverisiert. Dunkel erinnern wir uns an die Abwehrschlacht, die schon einmal während eines Adventscrunchen startete und aus der SETI.Germany siegreich hervorging.

    Insofern gibt es kein Pardon! Diese #1 sollten - nein müssen wir mit aller Macht verteidigen.

     

    Aus diesem Grund rufen wir den Notfall bei YOYO@home aus!


     

    Zeigen wir also mal wieder die Power der 2ndWave!

    Nähere Informationen über das Projekt findet ihr hier:

     

    Gruß
    Marodeur6, Dude und Sysadm@Nbg
    von Veröffentlicht: 18.12.2011 23:00
    1. Kategorien:
    2. SETI.Germany

    Drei Wochen Adventscrunchen unter dem Motto "Weihnachten in Deutschland" liegen hinter uns. Das vierte und letzte Projekt war schon seit gestern im Adventscrunchkalender zu finden, für alle, die es noch nicht erraten haben.

    Projekt 4 vom 19.12. bis 25.12. ist...
    QMC@HOME

    Projekt-URL: http://qah.uni-muenster.de/
    SETI.Germany
    beitreten: http://qah.uni-muenster.de/team_join_form.php?id=14
    Artikel im SG-Wiki: http://www.seti-germany.de/wiki/QMC@HOME

    Wir wünschen uns allen viel Spaß bei diesem letzten Projekt des diesjährigen Adventscrunchens sowie ein frohes Weihnachtsfest!
    von Veröffentlicht: 12.12.2011 05:30
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Das Jahr geht dem Ende entgegen, der Winter steht vor der Tür. Wie jedes Jahr geht die PrimeGrid Challenge Series pünktlich zur Wintersonnenwende zu Ende. Für die letzte Challenge des Jahres sind noch einmal drei Tage lang besonders die Grafikkarten gefragt.

    Winter Solstice Challenge
    Beginn: 19.12.2011, 05:30 UTC = 06:30 MEZ
    Ende: 22.12.2011, 05:30 UTC = 06:30 MEZ
    Subprojekt: Proth Prime Search (Sieve)


    Der offizielle Thread zur Challenge im PrimeGrid-Forum ist hier zu finden.

    Es zählen für diese Challenge nur WUs vom Subprojekt Proth Prime Search (Sieve), die nach dem 19.12. um 06:30 Uhr heruntergeladen und vor dem 22.12. um 06:30 Uhr zurückgemeldet werden! Das passende Subprojekt kann in den PrimeGrid-Einstellungen festgelegt werden. Die ungewöhnliche Start- und Endzeit ist kein Schreibfehler (das Ende fällt exakt mit der Wintersonnenwende zusammen)!

    Anwendungen sind vorhanden für:
    CPUs: Windows (32bit/64bit), Linux (32/64), MacOS (Intel32/64)
    NVIDIA-GPUs: Windows, Linux, MacOS
    ATI/AMD-GPUs: Windows, Linux, MacOS

    Es werden alle CUDA-fähigen NVIDIA-Grafikkarten unterstützt, sofern ein nicht völlig veralteter Treiber installiert ist.

    Bei den ATI/AMD-Karten wird der OpenCL-fähige APP-Treiber benötigt, der bei aktuellen Treiberpaketen aber standardmäßig dabei ist. Natürlich muss die Grafikkarte auch OpenCL unterstützen, also ist mindestens eine HD4xxx erforderlich.

    Die WU-Laufzeiten liegen auf den schnellsten NVIDIA-Grafikkarten bei 15-20 Minuten, auf älteren NVIDIAs und ATIs im Bereich von 90 Minuten, auf CPUs laufen sie durchaus einige Stunden. Es gibt feste 3371 Credits pro WU, entsprechend werden für die Statistik einfach nur die Credits gezählt.

    Für SETI.Germany geht es noch um den erneuten zweiten Platz in der Gesamtwertung. Dazu müssen 84 Punkte auf das Team Ukraine aufgeholt werden. In Platzierungen ausgedrückt heißt das:

    • erreicht SETI.Germany Platz 3, darf Ukraine höchstens Platz 9 erreichen

    • erreicht SETI.Germany Platz 2, darf Ukraine höchstens Platz 8 erreichen

    • erreicht SETI.Germany Platz 1, darf Ukraine höchstens Platz 6 erreichen


    Bisher ist Ukraine bei GPU-lastigen Challenges nie groß in Erscheinung getreten, zuletzt gab es im Juni einen 12. Platz. Es ist also durchaus noch möglich, dieses Ziel zu erreichen.

    Auch hat die Winter Solstice Challenge bisher immer einen Ausblick darauf gegeben, wie die Challenge Series des nächsten Jahres verlaufen sollte. Eine gute Platzierung wäre also ein gutes Signal für 2012.

    User-Stats bei PrimeGrid
    Team-Stats bei PrimeGrid

    User-Stats bei BOINCstats
    Team-Stats bei BOINCstats
    von Veröffentlicht: 11.12.2011 23:00
    1. Kategorien:
    2. SETI.Germany

    Das Projekt der zweiten Adventscrunchwoche, primaboinca, hat uns leider die meiste Zeit im Stich gelassen. Das dritte Projekt sollte aber wieder deutlich besser funktionieren. Wer es noch nicht vorher erraten hatte, konnte es gestern im Adventscrunchkalender nachlesen.

    Projekt 3 vom 12.12. bis 18.12. ist...
    POEM@HOME

    Projekt-URL: http://boinc.fzk.de/poem/
    SETI.Germany
    beitreten: http://boinc.fzk.de/poem/team_join_form.php?id=3
    Artikel im SG-Wiki: http://www.seti-germany.de/wiki/POEM@HOME

    Wir wünschen uns allen viel Spaß bei diesem Projekt!

    Wer das vierte Projekt erraten möchte, bekommt ab Donnerstag, den 15.12., an gewohnter Stelle weitere Hinweise darauf.

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