Rosetta@home: Anpassungen bezüglich COVID und anderer großer Proteine

Rosetta@home nimmt künftig nun auch große Proteine mit bis zu 2000 Aminosäuren (hier ein Beispiel mit 1273 Gliedern) ins Visier und veranschlagt dafür bis zu 4 GB RAM.

Rosetta@home: Anpassungen bezüglich COVID und anderer großer Proteine

Ich wollte versuchen, allen bewusst zu machen, dass das Projekt einige der größten Protein-WUs vorbereitet, die jemals auf R@h liefen. Diese werden pro Modell viel länger brauchen als kleinere Proteine. Das wird es sehr schwierig machen, die "geschätzte verbleibende Laufzeit" genau darzustellen. Es wird die Wahrscheinlichkeit erhöhen, dass Aufgaben länger laufen als eure WU-Laufzeitpräferenz vorgibt, insbesondere wenn ihr eine Laufzeitpräferenz habt, die weniger als die 8 Stunden Standardlaufzeit beträgt. Um dem Rechnung zu tragen, wird der Watchdog länger ruhen als früher und nur WUs beenden, die mehr als 10 CPU-Stunden länger als die Laufzeitpräferenz gelaufen sind.

Diese lang laufenden Modelle werden zu einem hohen Grad an Laufzeitschwankungen zwischen den einzelnen Aufgaben führen. Es kann vorkommen, dass eine Aufgabe fast doppelt so viel Punkte erhält wie eine andere. Das liegt daran, dass sie zwei Modelle ausgeführt hat, anstatt eines. Die Gutschrift sollte im Allgemeinen proportional zur Menge der in die Aufgabe investierten CPU-Zeit sein.

Diese hohe Variation in der Laufzeit wird eine Herausforderung für den BOINC-Manager bei der Entscheidung darstellen, wie viel Arbeit er anfordern sollte. Ihr könnt dem BOINC-Manager helfen, zu viel Arbeit zu vermeiden, wenn ihr euren Arbeitspuffer auf unter einen Tag begrenzt.

Außerdem haben einige von euch kürzlich Arbeitseinheiten gemeldet, die vor ihrer Laufzeitpräferenz abgeschlossen wurden. Dies wird auch bei diesen lang laufenden Modellen häufiger vorkommen. Wenn ihr z.B. die standardmäßige Laufzeitpräferenz von 8 Stunden habt und das erste Modell 5 Stunden für die Fertigstellung benötigt, dann wird es nach 5 Stunden aufhören und zurück gemeldet, weil ein zweites Modell die Präferenz überschreiten würde. Das Projektteam zieht es vor, dass ihr die Laufzeitpräferenz nicht ändert, was derzeit zu 8 Stunden Laufzeit führt. Wenn diese hohen Laufzeitschwankungen euch jedoch Probleme bereiten, möchte ich darauf hinweisen, dass die Einstellung einer längeren Laufzeitpräferenz im Allgemeinen zu konsistenteren Bearbeitungszeiten führt. Beachtet einfach, dass Änderungen der Laufzeitpräferenz sowohl auf bestehende heruntergeladenen Arbeitseinheiten als auch auf neue Arbeitsanforderungen angewendet werden. Daher schlage ich immer vor, Änderungen nur dann vorzunehmen, wenn ihr einen kleinen Arbeitspuffer habt, und die Laufzeitpräferenz nur um kleine Schritte auf einmal zu ändern, damit der BOINC-Manager Zeit hat, die WUs mit den neuen Laufzeiten fertiggestellt zu sehen. Dies hilft ihm dabei, die Menge an Arbeit anzufordern, die euren Präferenzen entspricht.

Die Arbeitseinheiten, auf denen sehr kurze Modelle liefen und die enden, wenn sie 1.000 Modelle (vor ihrer Laufzeitpräferenz) oder andere sehr runde Zahlen erreicht haben, wurden angepasst, um eine größere maximale Anzahl von Modellen zu ermöglichen. Dies wird helfen, eure vorgegebene Laufzeitpräferenz einzuhalten und die zusätzliche Zeit zu nutzen, um mehr Modelle zu berechnen. Dies wird dazu beitragen, dass die Laufzeiten dieser Art von Arbeitseinheiten konsistenter sind.


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