World Community Grid: Neuigkeiten der Subprojekte im August 2020

Africa Rainfall Project - Originaltext - Diskussion

Auf der Suche nach einem zusätzlichen Teammitglied

Die Forscher suchen nach einem zusätzlichen Teammitglied, das bei der Nachbearbeitung der Daten hilft. Die Suche nach einer geeigneten Person wird voraussichtlich einige Monate dauern.


Bevorstehende Konferenzen

Das Forschungsteam hat eine Zusammenfassung für einen Vortrag auf der Konferenz der American Geophysical Union eingereicht, die im Dezember stattfinden soll. Aufgrund der andauernden Pandemie wird die Konferenz in diesem Jahr virtuell und nicht persönlich stattfinden.


Aktueller Status der Arbeitseinheiten

Gegenwärtig senden wir die Generationen 18 und 19 aus (eine Generation ist eine Reihe von Arbeiten - in diesem Fall eine Reihe von Computersimulationen der Regenfälle in Subsahara-Afrika). Das World Community Grid Technik-Team erhöht die Geschwindigkeit, mit der wir Arbeiten aussenden. Wir werden über diese Erhöhung im Forum des African Rainfall Project (engl.) posten, sobald sie umgesetzt ist.



FightAIDS@Home - Phase 2 - Originaltext - Diskussion

Arbeiten an Phase 2

Das Projekt ist derzeit pausiert, und das Phase 2 Team hat alle Arbeitseinheiten, die im World Community Grid betrieben wurden, zurückerhalten.

Die Forscher beider Phasen des Projekts hielten kürzlich ein virtuelles Treffen ab und planen, in den nächsten Wochen ein weiteres Treffen abzuhalten. Sie entscheiden gerade, auf welche chemischen Verbindungen sie sich genau konzentrieren wollen, um die Phase 2 wieder zu beginnen. Sie können auch weitere Analysen zu Verbindungen durchführen, die nicht die massive Rechenleistung des World Community Grid benötigen.


AutoDock auf GPU

Das Forschungsteam für Phase 1 hat vor kurzem einen Bericht über die GPU-Version von AutoDock abgeschlossen. Sie planen, ihn demnächst für eine mögliche Veröffentlichung einzureichen; wir werden den Bericht veröffentlichen, falls und sobald er veröffentlicht wird.


30 Jahre AutoDock

Die Phase 1 schloss vor kurzem einen Bericht über das AutoDock-Programm ab, das sie vor 30 Jahren bei Scripps Research ins Leben gerufen haben. Dieser Bericht wurde zur Veröffentlichung angenommen, und World Community Grid wird allen mitteilen, sobald er verfügbar ist.


Aktueller Status der Arbeitseinheiten

Pausiert



Help Stop Tuberculosis - Originaltext - Diskussion

Suche nach neuen Teammitgliedern

Das Forschungsteam begrüßte Anfang des Jahres ein neues Mitglied, das ihr in ihrem neuesten Projekt-Update kennen lernen könnt. Sie sind weiterhin auf der Suche nach zusätzlichen Studenten, die bei dem Projekt mithelfen. Die Suche kann unter normalen Umständen Monate dauern, und in den letzten Jahren sind die Bewerbungen von Doktoranden an ihrer Universität um etwa 75 Prozent zurückgegangen. In letzter Zeit wurde die Suche durch die andauernde globale Pandemie noch weiter erschwert.


Formatierung der Daten

Die Forscher beginnen darüber nachzudenken, wie sie ihre Daten im Einklang mit der Open-Data-Politik von World Community Grid austauschen können. Sie haben ausreichend Speicherplatz für die Daten, die sie bereits haben - und genug für die zusätzlichen Daten, die sie zu erhalten erwarten - aber sie wollen eine bessere Benutzerschnittstelle entwerfen, so dass die Daten für andere Wissenschaftler zugänglicher und nützlicher sind.


Aktueller Status der Arbeitseinheiten

In Bearbeitung: 44 Batches (1.085 Arbeitseinheiten)
Abgeschlossen: 23.541 Batches (75 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 2,5 Batches pro Tag)

Hinweis: Für dieses spezielle Projekt müssen die Forscher oft die Batches analysieren, die wir ihnen zurückschicken, bevor sie weitere Arbeitseinheiten bauen können. Dies kann manchmal zu einer verzögerten Lieferung von Arbeitseinheiten führen.



Mapping Cancer Markers - Originaltext - Diskussion

Lungenkrebs-Marker

Die erste Reihe von Arbeitseinheiten, die von Freiwilligen des World Community Grid bearbeitet wurden, half dem Forschungsteam bei der Suche nach Lungenkrebs-Markern. Seitdem hat das Forschungsteam die Daten analysiert, während es auch Daten für Arbeitseinheiten zu Eierstockkrebs auswertet und uns weiterhin Arbeitseinheiten zu Sarkomen schickt.

Die Forscher haben eine erste Zusammenfassung ihrer Erkenntnisse über Lungenkrebs-Signaturen zusammengestellt, und der Forschungsleiter wendet sich an seine Kollegen aus der klinischen Praxis, um ihre Meinung über die Bedeutung einiger Ergebnisse des Projekts einzuholen.


Beta-Tests an neuen Sarkom-Arbeitseinheiten

Das technische Team von World Community Grid hat sich um ein kleines Problem mit den kürzlich in Betrieb genommenen Beta-Sarkom-Arbeitseinheiten gekümmert. Möglicherweise führen wir in naher Zukunft einen zusätzlichen Betatest durch; wenn dies geschieht, werden wir eine Mitteilung in unserem Forum für Ankündigungen von Betatests (engl.) veröffentlichen, so dass interessierte Freiwillige daran teilnehmen können. (Ihr könnt eure Einstellungen überprüfen, um zu sehen, ob ihr euch für den Betatest angemeldet haben).


Aktueller Status der Arbeitseinheiten

Zum Herunterladen verfügbar: 842 Batches
In Bearbeitung: 941 Batches (7.392.542 Arbeitseinheiten)
Abgeschlossen: 64.955 Batches (691 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 23 Batches pro Tag)
Geschätzter Vorrat: 36 Tage



Microbiome Immunity Project - Originaltext - Diskussion

Aufgrund von Terminkonflikten werden wir im August keine monatlichen Gespräche mit den Forschern führen. Das technische Team von WCG ist per E-Mail mit dem Forschungsteam in Kontakt getreten, und es gibt keine Probleme oder Neuigkeiten zu berichten.

Wir planen unser nächstes monatliches Gespräch mit den Forschern im September. Die Themen, die wir während dieses Aufrufs diskutieren, werden in einem Nachrichtenartikel auf der Webseite (engl.) veröffentlicht.


Aktueller Status der Arbeitseinheiten

Zum Herunterladen verfügbar: 6.892 Batches
In Bearbeitung: 6.824 Batches (15.636.609 Arbeitseinheiten )
Abgeschlossen: 308.730 Batches (7.756 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 258 Batches pro Tag)
Geschätzter Arbeitspuffer: 26 Tage



OpenPandemics - Originaltext - Diskussion

Analyse der Daten

Seit dem Start von OpenPandemics - COVID-19 im Mai hat das Projekt Millionen chemischer Verbindungen untersucht, die potenzielle Behandlungsmöglichkeiten für die Krankheit darstellen könnten. Das Screening ist noch nicht abgeschlossen, aber das Forschungsteam hat die bisherigen Ergebnisse analysiert (45,7 Millionen Durchläufe und 2,3 Milliarden Posen) und die anfängliche Gruppe auf etwa 1.500 Verbindungen (0,00003 % der insgesamt angedockten Liganden!) eingegrenzt, die aufgrund ihrer Wechselwirkungen mit den Zielproteinen ausgewählt wurden und die eine weitere Analyse rechtfertigen.

Aus der derzeitigen Gruppe von 1.500 Verbindungen werden die Forscher eine manuelle Analyse durchführen, um etwa 100 der vielversprechendsten zu identifizieren, die dann für weitere Laboruntersuchungen an ihre Mitarbeiter weitergeleitet werden. (Eine Liste der Mitarbeiter findet ihr unten auf der Seite Forschungsteilnehmer, engl.).

Während diese Tests weitergehen, werden sie die Daten, die sie von uns erhalten, weiter analysieren und uns weiterhin neue Arbeiten zusenden.


Zusätzliche Kollaborationen

Der Forschungsleiter steht in Kontakt mit dem Team europäischer Wissenschaftler der Coronavirus Structural Taskforce, um die Qualität der Ergebnisse für die gesamte Grundlagenforschung zu SARS-CoV-2 zu verbessern. Das Team sammelt und kuratiert die verfügbaren Protein-Strukturdaten über die SARS-CoV- und SARS-CoV-2-Viren, die ständig von Forschern auf der ganzen Welt produziert werden. Sie verfeinern die veröffentlichten Daten und führen statistische Validierung und Diagnostik der Strukturen durch, um experimentelle Fehler oder Schwankungen zu korrigieren.


Zuschuss

Das Forli Lab erhielt kürzlich einen Young Investigator Award der Baxter Foundation (engl.) für die Identifizierung neuer chemischer Verbindungen als vielversprechende Kandidaten für die Arzneimittelentwicklung.


GPU-Version

Das World Community Grid Entwicklungsteam beginnt mit der Schaffung von Arbeitseinheiten für erste Alpha-Tests. Ihr aktuelles Thema ist die Erstellung von Arbeitseinheiten, die sowohl auf CPU als auch auf GPU laufen können, anstatt zwei verschiedene Versionen erstellen zu müssen, was die Komplexität des Projekts erhöhen würde. Der nächste Schritt innerhalb von IBM wird eine Sicherheitsüberprüfung der neuen Version sein. Die Arbeit ist im Gange, und es gibt derzeit keine Schätzung, wann sie abgeschlossen sein wird.


Mögliche Veröffentlichungen

Die Forscher arbeiten an mehreren Berichten. Einer davon ist ein Bericht über die Geschichte von AutoDock (die Software, mit der OpenPandemics läuft und die bei Scripps Research erstellt wurde). Wenn der Bericht angenommen wird, wird er Anfang 2021 veröffentlicht werden.

Sie reichten auch einen Bericht ein, der die Entwicklung und Anwendung von Protokollen für die Untersuchung kovalenter Inhibitoren beschreibt (einschließlich des reaktiven Andockprotokolls, das in OpenPandemics verwendet wird).

Ein weiterer Bericht wurde eingereicht, in dem ihre Zusammenarbeit mit dem Team des Oak Ridge National Laboratory und NVIDIA bei der Durchführung von Simulationen zur Identifizierung neuer Moleküle gegen das SARS-CoV-2-Virus beschrieben wird.


Aktueller Status der Arbeitseinheiten

Zum Herunterladen verfügbar: 4.882 Batches
In Bearbeitung: 2.052 Batches (16.101.394 Arbeitseinheiten)
Abgeschlossen: 5.459 Batches (2.587 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 86 Batches pro Tag)
Geschätzter Vorrat: 56 Tage



Smash Childhood Cancer - Originaltext - Diskussion

Tests neuer Arbeitseinheiten

Das World Community Grid Technik Team führt derzeit Alpha-Tests (oder interne Tests einer kleinen Stichprobe) für neue Arbeitseinheiten durch, die sich mit einem Protein befassen, das die Forscher untersuchen möchten.

Wir werden im World Community Grid Forum posten, sobald dieser Prozess abgeschlossen ist und wir bereit sind, mit den Beta-Tests zu beginnen.


Analyse der Daten

Während das Technik Team an den Alpha-Tests arbeitet, sind die Forscher damit beschäftigt, Daten aus den früheren Batches zu analysieren, die im World Community Grid verarbeitet wurden.

Nachstehend findet ihr eine Liste der wichtigsten Proteine, die bisher untersucht wurden, zusammen mit einer kurzen Beschreibung ihres aktuellen Status. Jedes dieser Proteine ist an der Entwicklung von mindestens einer Art von Krebs bei Kindern beteiligt, und einige davon können auch bei Krebserkrankungen im Erwachsenenalter von Bedeutung sein.

• Beta-Catenin
  Arbeit am World Community Grid abgeschlossen, Forscher führen Tests an 12 Verbindungen durch, die das Potenzial zeigten, auf dieses Protein zu zielen
  
  
• LIN28B
  Fortsetzung der Analyse der Proteinstruktur und Suche nach zusätzlicher Finanzierung für weitere Studien
  
  
• Osteopontin
  Fortsetzung der Analyse der Proteinstruktur
  
  
• PAX3:FOX01
  Beginn der Analyse der Ergebnisse von World Community Grid Daten und Suche nach zusätzlichen Finanzmitteln für weitere Studien
  
  
• PRDM14
  Beantraging von Zuschüssen zur Finanzierung weiterer Analysen

Jeder Schritt im Datenanalyseprozess kann viele Monate dauern. Wir werden alle in zukünftigen monatlichen Updates benachrichtigen, wenn es bemerkenswerte Fortschritte bei der Analyse für jedes der oben aufgeführten Proteine gibt.


Suche nach weiteren Mitgliedern des Forschungsteams

Das Forschungsteam sucht derzeit nach einem zusätzlichen Teammitglied oder Mitarbeiter, der bei der Aufbereitung der Eingabedaten hilft, die zur Generierung von Forschungsaufgaben (oder Arbeitseinheiten) für das World Community Grid erforderlich sind.


Aktueller Status der Arbeitseinheiten

Pause bis zum Abschluss der Alpha-Tests (siehe Abschnitt Tests neuer Arbeitseinheiten oben).