• QuChemPedIA@home: Artikel über EvoMol und Ausblick

    Der vor zwei Monaten beim Journal of Cheminformatics eingereichte Artikel über das Molekül-Erzeugungsprogramm EvoMol wurde inzwischen begutachtet und veröffentlicht, die Zusammenfassung ist in der folgenden Übersetzung enthalten. Außerdem gibt es einen Ausblick auf bevorstehende Arbeiten.

    Wissenschaftliche Veröffentlichung und Neuigkeiten
    Liebe Cruncher,

    vielen Dank für eure Hilfe.

    Ich freue mich, die Veröffentlichung unseres neuesten Open-Access-Artikels über EvoMol, unser quelloffenes Molekül-Erzeugungsprogramm, bekanntzugeben.

    EvoMol: ein flexibler und interpretierbarer evolutionärer Algorithmus zur unvoreingenommenen Neuschöpfung von Molekülen
    Ziel dieser Arbeit ist das Entwerfen eines Molekül-Erzeugungsprogramms, das sowohl bekannte als auch weniger bekannte Abschnitte des chemischen Raums erforschen kann.
    Unsere Methode muss sich flexibel an sehr unterschiedliche Probleme anpassen können. Daher muss sie mit oder ohne den Einfluss vorheriger Daten und Wissens funktionieren. Außerdem sollte sie unabhängig vom Erfolg so gut wie möglich interpretierbar sein, um Diagnosen und Verbesserungen zuzulassen.
    Wir schlagen hier eine neue quelloffene Erzeugungsmethode zum sequentiellen Aufbau molekularer Graphen unter Verwendung eines evolutionären Algorithmus vor. Sie ist unabhängig von den Startwerten und kann bisher nicht gesehene chemische Verbindungen erzeugen. Um einen großen Abschnitt des chemischen Raums durchsuchen zu können, definieren wir einen ursprünglichen Satz von 7 generischen Mutationen nahe an der atomaren Ebene.
    Unsere Methode erreicht hervorragende Leistungen und sogar Rekorde bei QED, plogP, SAscore und CLscore sowie dem Satz zielorientierter Funktionen in GuacaMol. Um ihre Flexibilität zu demonstrieren, gehen wir eine sehr andersartige Zielsetzung aus dem Gebiet der organischen molekularen Festkörper an. Wir zeigen, dass EvoMol allein von Methan ausgehend Sätze optimierter Moleküle mit hochenergetischen höchsten besetzten Molekülorbitalen (engl. highest occupied molecular orbital, HOMO) und niedrigenergetischen niedrigsten unbesetzten Molekülorbitalen (engl. lowest unoccupied molecular orbital, LUMO) erzeugen kann. Wir können auch Synthetisierbarkeit und strukturelle Eigenschaften einschränken. Schließlich erlaubt die Interpretierbarkeit von EvoMol die Darstellung seines Erforschungsprozesses als chemisch relevantes Baumdiagramm.


    Ihr könnt den vollständigen Artikel kostenlos aufrufen:
    https://www.researchgate.net/publica...lar_generation (engl.)
    oder hier:
    https://jcheminf.biomedcentral.com/a...21-020-00458-z (engl.)

    Ihr könnt uns ein wenig mehr helfen, indem ihr diese Seiten besucht, um uns Sichtbarkeit zu verschaffen, und ihr könnt sie auch in euren Teamforen und/oder in Sozialen Netzwerken wie Twitter (@b_damota) teilen.

    Wir arbeiten nun schon seit einiger Zeit am nächsten Artikel. Dieser wird sich insbesondere mit den seit Projektbeginn von euch durchgeführten Berechnungen befassen. Das Ergebnis wird ein frei zugänglicher Datensatz sein. Während wir diesen Artikel schreiben, arbeiten wir auch an den nächsten Schritten. Ohne zuviel zu verraten kann ich nur erzählen, dass eure Berechnungen uns helfen werden, ein einzigartiges, für Chemiker besonders nützliches Werkzeug vorzuschlagen. Wir werden euch natürlich auf dem Laufenden halten! Derzeit laufen zwei Kampagnen, die nicht die oben genannte Arbeit betreffen. Die "nwchem long"-WUs und die neuen "nwchem"-WUs mit dem Präfix "CL9" werden neue Ergebnisse für Artikel Ende 2021 oder 2022 hervorbringen.

    Mit freundlichem Gruß,
    Benoit
    29.09.2020, 9:09:19 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://quchempedia.univ-angers.fr/athome/forum_thread.php?id=122
    Scientific publication and news
    Dear Crunchers.

    Thank you very much for your help.

    I am pleased to announce the publication of our latest open access article describing EvoMol, our opensource molecule generator.

    EvoMol: a flexible and interpretable evolutionary algorithm for unbiased de novo molecular generation
    The objective of this work is to design a molecular generator capable of exploring known as well as unfamiliar areas of the chemical space.
    Our method must be flexible to adapt to very different problems. Therefore, it has to be able to work with or without the influence of prior data and knowledge. Moreover, regardless of the success, it should be as interpretable as possible to allow for diagnosis and improvement.
    We propose here a new open source generation method using an evolutionary algorithm to sequentially build molecular graphs. It is independent of starting data and can generate totally unseen compounds. To be able to search a large part of the chemical space, we define an original set of 7 generic mutations close to the atomic level.
    Our method achieves excellent performances and even records on the QED, penalised logP, SAscore, CLscore as well as the set of goal-directed functions defined in GuacaMol. To demonstrate its flexibility, we tackle a very different objective issued from the organic molecular materials domain. We show that EvoMol can generate sets of optimised molecules having high energy HOMO or low energy LUMO, starting only from methane. We can also set constraints on a synthesizability score and structural features. Finally, the interpretability of EvoMol allows for the visualisation of its exploration process as a chemically relevant tree.


    You can find for free the full article :
    https://www.researchgate.net/publica...lar_generation
    or here :
    https://jcheminf.biomedcentral.com/a...21-020-00458-z

    You can help us a little bit more by visiting these pages to give us visibility and you can also share on your teams forums and/or social websites like tweeter.(@b_damota)

    We have been working for some time now on the following article. It will deal in particular with the calculations you have made since the beginning of the project. The result will be an open access dataset. While we are writing this article we are also working on the next parts. Without divulging, I can only tell you that your calculations will help us to propose a unique tool that is particularly useful for chemists. We will of course keep you informed! Currently, two campaigns are in progress and do not concern the work mentioned above. The "nwchem long" units and the new "nwchem" with tasks with prefix "CL9" will also bring new results for articles probably end of 2021 or 2022.

    Kindly
    Benoit
    29 Sep 2020, 8:09:19 UTC
    Ursprünglich wurde dieser Artikel in diesem Thema veröffentlicht: QuChemPedIA@home - Erstellt von: taurec Original-Beitrag anzeigen
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