SETI.Germany Forum - SiDock@home: erster Überblick zum Projektfortschritt

Das derzeit noch in der Testphase befindliche Projekt SiDock@home, welches das Projekt COVID.SI (engl.) bei der Erforschung des Coronavirus SARS-CoV-2 mittels BOINC unterstützt, hat einen ersten Zwischenstand mitgeteilt:

Fortschrittsbericht vom 04.12.2020
Hallo zusammen!

Hier ist ein Überblick der bisherigen Arbeit.

Erstens haben wir die Bindung von 48% der Liganden-Datenbank an das erste Ziel, 3CL Pro, simuliert. 480 Millionen kleine Moleküle wurden in silico getestet. Das ist gute Arbeit! Jetzt machen wir weiter, um eine Abdeckung von 100% der Datenbank zu erreichen.
Das virtuelle Screening ist eine komplexe Prozedur, welche die Nachbearbeitung von Ergebnissen beinhaltet, von denen einige redundant sind. Der nächste wichtige Schritt wird die Verarbeitung der Ergebnisse und das Untersuchen des von ihnen repräsentierten chemischen Unterraums sein. Es ist wichtig zu verstehen, wie die Bindungsqualität über den Datensatz verteilt ist. Danach wird unser Team effizientere Filterregeln entwickeln.

Zweitens wird das nächste Bindungsziel vorbereitet. Insgesamt sind im Zusammenhang mit SARS-CoV-2 59 Ziele zu untersuchen.

Drittens wurde das neue Bindungssimulationsprogramm CurieMarieDock auf Basis von RxDock entwickelt. Es ist optimiert und läuft schneller. Versionen für Windows, macOS und Linux wurden veröffentlicht. Eine ARM-Version ist in Vorbereitung.

Es ist faszinierend, mit euch allen zu arbeiten! Vielen Dank für eure Teilnahme! Schönes Wochenende.

Mit freundlichen Grüßen,
Natalia
04.12.2020, 19:18:08 MEZ

Originaltext:

Zitat von https://fightcovid.boinc.ru/sidocktest/forum_thread.php?id=42

2020-12-04: progress report
Hello everyone!

Here is an overview of the work done so far.

Firstly, we have docked 48% of the ligands database to the first target, 3CL Pro. 480 million small molecules were tested in silico. This is a great job! Now we move on to cover 100% of the database.
Virtual screening is a complex procedure that includes post-processing of results, some of them redundant. So the next important step will be processing of the results and studying the chemical subspace they represent. It is important to understand how are the docking scores divided in the dataset. Then our team will develop more efficient filtering rules.

Secondly, the next target for docking is being prepared. Overall, there are 59 targets related to SARS-CoV-2 to investigate.

Thirdly, the new docking software CurieMarieDock has been developed as a fork of RxDock. It is optimised and runs faster. Windows, MacOS and Linux versions are released. ARM version is being prepared.

It is fascinating to work with all of you! Thank you for participating! Have a nice weekend.

With best wishes,
Natalia
4 Dec 2020, 18:18:08 UTC