World Community Grid: Neuigkeiten der Subprojekte im Dezember 2020

Africa Rainfall Project - Originaltext - Diskussion

Analyse der Ergebnisse

Die Technische Universität Delft wird den Wissenschaftlern des Projekts etwa 340 Stunden Unterstützung bei der laufenden Datenorganisation geben. Die Forscher planen mit dieser Hilfe eine Struktur aufzubauen, mit der die enormen Datenmengen, die sie erhalten, leichter gescannt und gelesen werden können.


Zwei kürzliche Präsentationen

Der Hauptforscher des Projekts gab Anfang des Monats auf zwei virtuellen Konferenzen Präsentationen. Die Forscher bereiten auf der Grundlage dieser Materialien ein Projekt-Update für die Freiwilligen vor.


Aktueller Status der Arbeitseinheiten

World Community Grid verschickt derzeit die Generationen 39 und 40. (Eine Generation ist eine Reihe von Arbeiten - in diesem Fall eine Reihe von Computersimulationen der Regenfälle in Afrika südlich der Sahara).


Das im zweiten Punkt angekündigte Projekt-Update (Originaltext, Diskussion):

Status und Ergebnisse

Das Africa Rainfall Project läuft gut. Etwa ein Viertel der geplanten Simulationen sind dank der vielen freiwilligen Helfer des World Community Grid abgeschlossen.

Das bedeutet, dass wir bereits die ersten Ergebnisse betrachten können, die den größten Teil der Regenzeit in Westafrika abdecken. Diese Ergebnisse zeigen in der Tat den Beginn der Regenzeit, wenn die Monsunwinde Feuchtigkeit vom Golf von Guinea auf den Kontinent tragen, wo sie sich abregnet. Der größte Teil der Niederschläge fiel während Wärmegewittern, die sich schnell über relativ kleinen Gebieten entwickeln. Wegen dieser lokal begrenzten Natur der Niederschläge in Afrika ist das Africa Rainfall Project notwendig.

Durch die Nutzung der Rechenleistung der Maschinen von Freiwilligen wird es möglich, diese regenerzeugenden Prozesse auf einer sehr feinen Skala heranzuzoomen und aufzulösen. Im feinsten Maßstab ist die Auflösung ein Gitter mit Zellen von einem mal einem Kilometer.


Präsentation auf der Herbsttagung der Amerikanischen Geophysikalischen Union

Jedes Jahr in der ersten Dezemberhälfte hält die Amerikanische Geophysikalische Union (AGU) ihre Herbsttagung ab. Normalerweise treffen sich mehr als 20.000 Wissenschaftler aus der ganzen Welt, um Ergebnisse auszutauschen und neue Pläne für das Jahr zu schmieden. Dieses Jahr hätte das Treffen in San Francisco stattfinden sollen, wurde aber wegen COVID-19 ins Internet verlegt.

Bei dieser Gelegenheit wurde das Africa Rainfall Project den speziell an afrikanischem Wetter und Klima interessierten Wissenschaftlern in der Sitzung "Klimavariabilität und die afrikanische Umwelt, Wasserressourcen und Ernährungssicherheit" vorgestellt. Die Sitzung war lebhaft und gut besucht, mit interessanten Diskussionen im Anschluss an die kurzen Online-Präsentationen.

Ein interessantes Ergebnis, das diskutiert wurde, betraf den optimalen Maßstab, in dem Wärmegewitter simuliert werden sollten. Einige argumentierten, dass eine Auflösung von drei Kilometern ausreichend sein könnte, während andere das feinere Ein-Kilometer-Gitter bevorzugten. Dies ist eine wichtige wissenschaftliche Frage, die das Projekt bald beantworten kann.


Ausblick

Das Africa Rainfall Project produziert viele Dateien mit Wettersimulationsergebnissen. Am Ende erwarten wir, dass wir fast vier Milliarden Dateien erhalten werden! Es ist nicht trivial, so viele Dateien zu speichern und zu organisieren, geschweige denn sie online zugänglich zu machen. Die produzierte Datenmenge beträgt etwa 0,5 Petabyte, oder, nostalgisch ausgedrückt, ein Stapel von über 370 Millionen 3,5-Zoll-Disketten. Dieser Stapel würde über 6.700 Tonnen wiegen und wäre über 1.200 km hoch.

Mit Unterstützung von SURF, einem kooperativen Zusammenschluss niederländischer Bildungs- und Forschungseinrichtungen, und der Technischen Universität Delft werden die Dateien konsolidiert und effizient gespeichert. Der nächste Schritt wird die Entwicklung einer Webseite sein, auf der jeder ein Gebiet von Interesse auswählen kann, um die Ergebnisse des Africa Rainfall Project zu visualisieren. Diese wird voraussichtlich Anfang 2021 online gehen und allen Freiwilligen die Möglichkeit geben, sich die bisherigen Gesamtergebnisse anzuschauen.

Vielen Dank an alle, die das Africa Rainfall Project unterstützen.



Help Stop Tuberculosis - Originaltext - Diskussion

Fortschritte beim bevorstehenden Forschungsbericht

Die Forscher machen letzte Änderungen an einem Bericht über die Ergebnisse des Projekts, mit dem Ziel, den Bericht in den kommenden Wochen zur Begutachtung einzureichen.


Aktueller Status der Arbeitseinheiten

In Bearbeitung: 33 Batches (3.276 Arbeitseinheiten)
Abgeschlossen: 23.798 Batches (72 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 2,43 Batches pro Tag)

Hinweis: Für dieses spezielle Projekt müssen die Forscher oft die Batches analysieren, die wir ihnen zurückschicken, bevor sie weitere Arbeitseinheiten erstellen können. Dies kann manchmal zu einer verzögerten Bereitstellung von Arbeitseinheiten führen.



Mapping Cancer Markers - Originaltext - Diskussion

Detailliertes Projektupdate von den Forschern

Anfang des Monats haben wir ein Update direkt vom Forschungsteam veröffentlicht, das ihr hier (engl.) lesen könnt. In diesem Artikel erklärt das Team, wie eine relativ kleine Änderung des Codes eine große Auswirkung auf die Fähigkeit des Projekts haben könnte, Marker für verschiedene Arten von Sarkomen zu analysieren.


Weitere Feinabstimmung der neuen Sarkom Arbeitseinheiten

Das Forschungsteam hat die Analyse der Ergebnisse des Betatests für die neuen Sarkom-Arbeitseinheiten abgeschlossen. Sie fanden einige kleinere Unterschiede zwischen ihren eigenen Test-WUs und denen, die im World Community Grid ausgeführt wurden. Das World Community Grid Technikteam untersucht diese Unterschiede. Währenddessen wird viel Arbeit mit den bestehenden Sarkom-Arbeitseinheiten verfügbar sein.


Aktueller Status der Arbeitseinheiten

Zum Herunterladen verfügbar: 799 Batches
In Bearbeitung: 1.066 Batches (64.982.542 Arbeitseinheiten)
Abgeschlossen: 68.465 Batches (1.007 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 33,6 Batches pro Tag)
Geschätzter Vorrat: 23 Tage



Microbiome Immunity Project - Originaltext - Diskussion

Potenzielle neue Art von Arbeitseinheit

Wie wir erstmals im Oktober-Update erwähnt haben, möchte das Forschungsteam Änderungen an den Arbeitseinheiten vornehmen, die sie beim World Community Grid einreichen. Diese Änderungen könnten ihre Forschung möglicherweise beschleunigen.

Das technische Team von World Community Grid arbeitet mit den Forschern weiterhin an Folgendem:

• Standardisierung der Länge der neuen Arbeitseinheiten
• Entscheidung, ob sie mehr physischen Speicher als normal benötigen
• Änderungen an den Bildschirmschonergrafiken vornehmen

Wir werden weiterhin Informationen zur Verfügung stellen, während diese Arbeit voranschreitet.


Neue Technologie angekündigt

Vor ein paar Wochen nahmen die Forscher an der alle zwei Jahre stattfindenden Konferenz zur Vorhersage von Proteinstrukturen (CASP14) teil. In diesem Jahr hörten sie von einer brandneuen Technologie, die einen großen Einfluss auf das Problem der Proteinstrukturvorhersage und die Untersuchung von Proteinformen im Allgemeinen haben könnte. Es ist sehr aufregend, solche Fortschritte auf dem Gebiet zu sehen, von denen wir alle langfristig profitieren werden.

In den kommenden Monaten werden die Forscher mehr über diese Technologie erfahren, ob und wie man sie einsetzen kann und wie rechnerisch machbar sie in dem Maßstab ist, an dem sie arbeiten. Sie werden uns wissen lassen, ob/wann das Microbiome Immunity Project sie einsetzen wird.


Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

Zum Herunterladen verfügbar: 4.242 Batches
In Bearbeitung: 4.864 Batches (5.865.035 Arbeitseinheiten)
Abgeschlossen: 321.694 Batches (2.476 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 82,5 Batches pro Tag)
Geschätzter Vorrat: 51 Tage



OpenPandemics - Originaltext - Diskussion

Erster Satz von Wirkstoffen für Labortests bestellt

Wie die Forscher in ihrem Projekt-Update Ende Oktober erwähnten, haben sie 70 Wirkstoffe für experimentelle Tests identifiziert. Bisher konnten sie eine Teilmenge dieser Wirkstoffe bestellen, die an die Laborkollegen verschickt wurden. Wir werden alle informieren, sobald der Testprozess im Labor beginnt.


OpenPandemics für GPU

Die Portierung von Code auf GPU ist ein langwieriger Prozess, da es eine Reihe von notwendigen Schritten gibt, um sicherzustellen, dass die Arbeitseinheiten gut und sicher funktionieren, bevor sie an Freiwillige gesendet werden.

Der Code hat gerade eine IBM-Sicherheitsüberprüfung durchlaufen. Die Prüfer empfahlen ein paar kleinere Änderungen, die vom technischen Team des World Community Grid ausgewertet werden.


Aktueller Status der Arbeitseinheiten

Zum Herunterladen verfügbar: 11.090 Batches
In Bearbeitung: 4.364 Batches (18.750.423 Arbeitseinheiten)
Abgeschlossen: 23.674 Batches (6.994 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 233 Batches pro Tag)
Geschätzter Vorrat: 47 Tage



Smash Childhood Cancer - Originaltext - Diskussion

Projekt vorübergehend pausiert

Alle Arbeitseinheiten für das EWSR1 wurden an die Freiwilligen verschickt und die meisten wurden zurückgeschickt. Wie wir im letzten Update erwähnt haben, wird das Projekt nun pausieren, während das Forschungsteam seine Entscheidung für ein anderes Protein abschließt und neue Arbeitseinheiten erstellt. Wir haben noch keinen Zeitplan für den Neustart, werden aber alle informieren, sobald wir mehr Informationen von den Forschern haben.


Datenanalyse

Während die Forscher über das nächste Ziel des Projekts entscheiden, analysieren sie weiterhin die Daten aus den vorherigen Batches.

Weiter unten findet ihr die Schlüsselproteine, die bisher untersucht wurden, und eine kurze Beschreibung ihres aktuellen Status. Jedes dieser Proteine ist an der Entwicklung von mindestens einer Art von Krebs im Kindesalter beteiligt, und einige könnten auch bei Krebserkrankungen im Erwachsenenalter von Bedeutung sein.

• Beta-Catenin
  Die Forscher haben einen Stoff identifiziert, der bei diesem Protein wirksam sein könnte, und planen weitere Tests.
  
  
• LIN28B
  Noch auf der Suche nach Finanzierung für weitere Studien
  
  
• Osteopontin
  Die Forscher haben mindestens einen Stoff identifiziert, der gegen dieses Protein wirksam sein könnte; sie werden in den nächsten Wochen mit den Tests beginnen*
  
  
• PAX3:FOX01
  Die Forscher haben einen Stoff identifiziert, der gegen dieses Protein wirksam sein könnte; sie werden in den nächsten Wochen mit den Tests beginnen*
  
  
• PRDM14
  Die Forscher haben eine Finanzierung erhalten, die ihnen zumindest bei einem Teil der Analyse dieses Proteins helfen sollte; sie haben mehrere Stoffe identifiziert, die gegen dieses Protein wirksam sein könnten, und haben mit dem Einkaufsprozess für einige dieser Stoffe begonnen**

*Die Prüfung von Stoffen auf ihre Wirksamkeit im Labor erfordert im Allgemeinen mehrere Phasen, und jede Phase kann mindestens mehrere Monate dauern.

**Die Bestellung von Stoffen für Labortests ist ein mehrstufiger Prozess, der mindestens mehrere Monate dauern kann, und dieser Prozess läuft für viele Forschungseinrichtungen aufgrund von COVID-19-Beschränkungen und Prioritäten langsamer.


Aktueller Status der Arbeitseinheiten

Projekt pausiert