SETI.Germany Forum - SiDock@home: Berechnungen zum Stachel von SARS-CoV-2

Die aktuellen Berechnungsserien zum Hüllprotein und der Hauptprotease sind nahezu abgeschlossen, als nächstes widmet sich das Projekt dem Stachel- oder Spike-Protein der Delta-Variante von SARS-CoV-2.

Bindungsziel 11 - Sprot_delta_v1
Liebe Teilnehmer,

wir setzen die Berechnungen unablässig fort. Wir stoßen nun zu einer Serie von Proteasestudien zur Erforschung eines neuen Bindungsziels vor, der rezeptorbindenden Domäne (RBD) der mit ACE2 interagierenden Oberfläche des Stachel-Proteins (Sprot). Dies ist das vieldiskutierte Stachel-Protein, das auch zur Benennung des Coronavirus geführt hat. Wir konzentrieren uns hierbei auf das Stachel-Protein der Delta-Variante (B.1.617.2), speziell eine kryoelektronenmikroskopische Struktur des Stachel-Proteins mit einer RBD in "up"-Anordnung. In vergleichenden Variantenstudien werden wir versuchen herauszufinden, ob es eine besondere Unterscheidung beim Binden kleiner Liganden gibt. Dies könnte uns helfen, diese Oberfläche mit Protein-Protein-Interaktionen in weiteren Studien besser zu verstehen oder sogar kleine Sondenmoleküle zur Erforschung dieser Interaktionen zu entwickeln.
Vielen Dank euch allen und wir freuen uns auf zukünftige gemeinsame Studien!

Mit besten Grüßen,
das SiDock@home-Team
10.02.2022, 14:45:49 MEZ

Originaltext:

Zitat von https://www.sidock.si/sidock/forum_thread.php?id=185

Target 11 - Sprot_delta_v1
Dear Participants,

We continue diligently with the calculations. Now we are breaking through a series of protease studies to explore a new target, the RBD (receptor-binding domain) Sprot domain surface interacting with ACE2. This is the much-discussed spike protein that also contributed to the naming of coronavirus. We focus here on Sprot from the delta variant (B.1.617.2), specifically a Cryo-EM structure of Sprot with an RBD in up conformation. In comparative variant studies, we will try to determine if there is a specific discrimination upon binding of small ligands. This may help us better understand this PPI surface in further studies and even develop a small molecule probes to study these interactions.
Thank You all and we look forward to future studies together!

With best wishes,
Team SiDock@home
10 Feb 2022, 13:45:49 UTC