• SiDock@home: kürzere WUs für ARM-CPUs und neues Bindungsziel

    von
    pschoefer
    Veröffentlicht: 19.01.2023 11:45
    Seit einigen Tagen kann in den Projekteinstellungen zwischen langen (long tasks) und kurzen WUs (short tasks) gewählt werden. Die kurzen WUs richten sich explizit an langsamere Einplatinenrechner und sind daher ausschließlich für Linux auf ARM-CPUs verfügbar.

    СmDock-Anwendungen für lange und kurze WUs
    Liebe Teilnehmer!

    Wir haben neue Anwendungen namens CurieMarieDock 0.2.0 long tasks und CurieMarieDock 0.2.0 short tasks erstellt, die beide auf der CmDock-Version 0.2.0 (engl.) basieren. Der Algorithmus beider Anwendungen ist identisch, aber für short tasks haben wir nur die ARM-Version erstellt und planen spezielle, fünfmal kleinere WUs zu erzeugen, welche einen Teil des gesamten Aufgabensatzes abdecken. Wir empfehlen allen Besitzern von kleinen Einplatinenrechnern wie Raspberry Pi, diese short tasks-Anwendung auszuwählen.

    In den nächsten ein, zwei Tagen werden wir weiterhin neue Sprot_delta_v1-WUs (erweiterter Durchlauf) für beide Anwendungen erzeugen, aber später werden wir eine Stichprobe von Aufgaben für ein neues Bindungsziel (#22) verteilen und diese nur als long tasks, weil alle Aufgaben dieser Stichprobe groß sein werden. Gleichzeitig wird das Projekt weiterhin Sprot_delta_v1-WUs als short tasks verschicken. Und dann werden wir weiter lange und kurze WUs für die jeweiligen Anwendungen verschicken.

    Wir hoffen, dass diese Erklärung die Situation klarstellt.

    Danke für eure Teilnahme und CPU-Zeit-Spenden!
    14.01.2023, 00:35:04 MEZ


    Zum genannten Bindungsziel #22 gibt es inzwischen genauere Informationen. Es geht um ein Enzym, das vor zwei Jahren schon einmal behandelt wurde.

    Bindungsziel #22: corona_RdRp_v2
    Liebe Teilnehmer,

    nach ersten Untersuchungen des anerkannten SARS-CoV-2-Ziels RNA-abhängige RNA-Polymerase (engl. RNA-dependent RNA polymerase, RdRp) verlassen wir die Protease-Untersuchungen und konzentrieren uns auf RdRp zusammen mit weiteren Nichtstrukturproteinen (NSP). RdRp (NSP12) ist nämlich für die Transkription der Gene des Virus und letztlich die Reproduktion des Virusgenoms verantwortlich. Die untersuchte Stelle bindet RNA und wurde zuvor im Zusammenhang mit Remdesivir, Galidesivir, Molnupiravir und einigen anderen kleinen Molekülen untersucht. Weiterführende Literatur:



    Abbildung 1: RdRp (weiß) zusammen mit einer RNA-Kette und N4-Hydroxycytidin von Molnupiravir in der aktiven Bindungsstelle (rotes Stäbchenmodell).

    Mit besten Grüßen,
    Natalia, Marko, Črtomir, hoarfrost
    15.01.2023, 18:45:23 MEZ


    Originaltexte:
    Zitat Zitat von https://www.sidock.si/sidock/forum_thread.php?id=225
    СmDock "long" and "short" tasks applications
    Dear participants!

    We created new applications named as "CurieMarieDock 0.2.0 long tasks" and "CurieMarieDock 0.2.0 short tasks", both based on CmDock 0.2.0 release. Algorithm of both applications are identical, but for "short tasks" we created only ARM-version and we plan to generate a special, smaller in 5 times tasks that covers one of part of entire tasks set. We advice all owners of small single-board computers like Raspberry Pi, to switch to "short tasks" application.

    In next 1 .. 2 days we continue to generate new tasks "Sprot_delta_v1" (extended run) for both application, but later we issue a sample tasks set for new target (# 22) and only for "long application" because all task of sample set will be large. Simultaneously, project will continue to send Sprot_delta_v1 tasks for "short" application. And then we will proceed to sent long and short tasks for appropriate applications.

    Hope that this explanation makes situation is clear.

    Thank you for participation and donation of CPU time!
    13 Jan 2023, 23:35:04 UTC
    Zitat Zitat von https://www.sidock.si/sidock/forum_thread.php?id=229
    Target # 22: corona_RdRp_v2
    Dear participants,

    After doing initial studies on an established SARS-CoV-2 target RNA dependent RNA polymerase (RdRp), we are departing from protease studies and focus on RdRp along with additional NSP targets. Namely, RdRp (NSP12), is responsible for the transcription of viral genes and ultimately replication of the viral genome. The studied active site binds RNA and was previously studied in the context of remdesivir, galidesivir, molnupiravir and several other small molecules. Further reading below:


    [ img ]
    Figure 1: RdRp in white color along with RNA chain and N4-hydroxycytidine from Molnupiravir in the active site (red stick model).

    With best wishes,
    Natalia, Marko, Črtomir, hoarfrost.
    15 Jan 2023, 17:45:23 UTC
    Ursprünglich wurde dieser Artikel in diesem Thema veröffentlicht: SiDock@home - Erstellt von: pschoefer Original-Beitrag anzeigen
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