• Rosetta@home: Neue Publikationen in Science und Nature

    Aktuelle Publikationen aus dem Bereich Wissenschaft und Naturwissenschaften. Glückwunsch!

    Zwei Forschungspublikationen wurden letzte Woche in den Magazinen Science und Nature veröffentlicht. Die Science-Publikation beschreibt Arbeiten, die sich auf Berechnungen von Rosetta@home stützten, von denen die meisten von Android-Geräten stammten. Die Nature-Publikation verwendete Rosetta@home aufgrund der Größe der Entwürfe nicht direkt, sondern Rosetta. Herzlichen Glückwunsch und vielen Dank für Ihre Beiträge!


    Umfassendes rechnerisches Design geordneter Peptidmakrozyklen. Wie im Abstract beschrieben, wurden makrozyklische Peptide, die aus L- und D-Aminosäuren zusammengesetzt sind, durch eine nahezu vollständige Stichprobenziehung des Rückgrats entworfen, gefolgt von Sequenzdesign und Energieberechnungen. Mehr als 200 Designs wurden korrekt vorhergesagt, um sich in einzelne stabile Strukturen zu falten, ein Vielfaches mehr als die Anzahl der derzeit verfügbaren ungebundenen Peptid-Makrozyklus-Strukturen. Kernspinresonanzstrukturen von 9 der 12 entworfenen 7- bis 10-gliedrigen Makrozyklen und drei 11- bis 14-gliedrigen bicyclischen Designs liegen nahe bei den Berechnungsmodellen. Die Ergebnisse liefern eine nahezu vollständige Abdeckung des reichhaltigen Raums an Strukturen, die für kurze Peptidmakrozyklen möglich sind und erhöhen die verfügbaren Ansatzpunkte für rationales Arzneimitteldesign und Datenbankarbeiten erheblich.

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    Evolution einer entworfenen Protein-Baugruppe, die ihr eigenes RNA-Genom verkapselt. Wie im Abstract beschrieben, wurden synthetische Nukleokapside, die aus ikosaedrischen Proteingruppen mit positiv geladenen Innenflächen bestehen, rechnerisch konstruiert. Die Fähigkeit dieser Nukleokapside, virenähnliche Eigenschaften zu entwickeln, indem sie diversifizierte Populationen erzeugen und für eine verbesserte Genomverpackung und Eignung gegen Nukleaseanfälligkeit auswählen, wurde ebenfalls untersucht. Die Ergebnisse zeigen, dass es einfache evolutionäre Pfade gibt, über die Protein-Baugruppen virusähnliche Genomverpackungen und -schutz erwerben können. Die Fähigkeit, synthetische Nanomaterialien rechnerisch zu entwerfen und durch Evolution zu optimieren, ermöglicht nun einen komplementären Bottom-up-Ansatz mit erheblichen Vorteilen in der Programmierbarkeit und Kontrolle.


    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://boinc.bakerlab.org/rosetta/
    Recent Science and Nature publications. Congrats!

    Two research publications were released last week in Science and Nature. The Science publication describes work which relied on computations from Rosetta@home most of which were from Android devices. The Nature publication did not directly use Rosetta@home due to the large size of the designs but used Rosetta. Congrats and thank you for your contributions!


    Comprehensive computational design of ordered peptide macrocycles. As described in the abstract, macrocyclic peptides composed of l- and d-amino acids were designed by near-exhaustive backbone sampling followed by sequence design and energy landscape calculations. More than 200 designs were predicted to fold into single stable structures, many times more than the number of currently available unbound peptide macrocycle structures. Nuclear magnetic resonance structures of 9 of 12 designed 7- to 10-residue macrocycles, and three 11- to 14-residue bicyclic designs, are close to the computational models. The results provide a nearly complete coverage of the rich space of structures possible for short peptide macrocycles and vastly increase the available starting scaffolds for both rational drug design and library selection methods.

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    Evolution of a designed protein assembly encapsulating its own RNA genome
    . As described in the abstract, synthetic nucleocapsids composed of icosahedral protein assemblies with positively charged inner surfaces were computationally designed. The ability of these nucleocapsids to evolve virus-like properties by generating diversified populations and selecting for improved genome packaging and fitness against nuclease challenge was also explored. The results show that there are simple evolutionary paths through which protein assemblies can acquire virus-like genome packaging and protection. Considerable effort has been directed at ‘top-down’ modification of viruses to be safe and effective for drug delivery and vaccine applications; the ability to design synthetic nanomaterials computationally and to optimize them through evolution now enables a complementary ‘bottom-up’ approach with considerable advantages in programmability and control.
    Ursprünglich wurde dieser Artikel in diesem Thema veröffentlicht: News von der Rosetta-HP - Erstellt von: Major Original-Beitrag anzeigen
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