• pschoefer

    von Veröffentlicht: 29.09.2020 21:05
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    2. Projekte

    Unter bereits vorhandenen Medikamenten sind auf der Suche nach Mitteln gegen Covid-19 bisher zwei Arzneistoffe positiv aufgefallen, Remdesivir und Tenofovir. Das nicht zuletzt vom diesjährigen BOINC Pentathlon vorangetriebene Ibercivis-Projekt COVID-PHYM simulierte die Wirkung dieser Arzneistoffe auf das Virus SARS-CoV-2. Ein nun in einer Vorabversion veröffentlichter Fachartikel über die Ergebnisse enthält Anhaltspunkte, weshalb klinische Studien bisher durchaus widersprüchliche Ergebnisse hervorbrachten.

    Vorabdruck zum Projekt COVID-PHYM veröffentlicht
    Das Projekt COVID-PHYM, an welchem ihr gemeinsam mit der Ibercivis-Stiftung und der Arbeitsgruppe für die Biophysik makromolekularer Systeme des CSIC teilgenommen habt, präsentiert seine ersten Ergebnisse als noch nicht begutachteten Vorabdruck. Das Forschungsteam arbeitet weiter am Projekt, um endgültige Ergebnisse vorzulegen.

    Das Projekt schlug vor, Simulationen der Interaktion von Medikamenten gegen Ebola, HIV-Infektionen, Grippe oder Hepatitis B mit dem Replikationsmechanismus des Virus-Genoms von SARS-CoV-2 durchzuführen, wobei das Ziel, effektive Medikamente gegen das Coronavirus zu haben, wichtig zum Verringern der Schwere und der Mortalität der Krankheit ist.

    Die von der Ibercivis-Stiftung geleitete Bürgerbeteiligung über das Verteiltes-Rechnen-Netzwerk BOINC spielte eine wesentliche Rolle beim Ablauf dieses Projekts. Tausende Rechner in aller Welt waren in den Monaten von April bis Juni 2020 zu einem großen Netzwerk zusammengeschlossen, um ihre Rechenleistung für die zur Durchführung des Experiments notwendigen Berechnungen beizusteuern. An all euch private Teilnehmer und die BOINC-Gemeinschaft:

    Vielen Dank!

    zum vollständigen Vorabdruck (engl.)


    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://mailchi.mp/8e02e3ecd2cc/publicadopublished-preprint-del-proyecto-covid-phym
    The COVID-PHYM project preprint has been published
    The COVID-PHYM project in which you participated together with the Ibercivis Foundation and the Biophym group of the Institute for the Structure of Matter of the CSIC presents its first results in the form of pre-printing and lack of peer review. The scientific team continues working on the project in order to produce conclusive results.

    The project proposed to carry out simulations of the interaction of drugs used against Ebola, HIV infection, influenza or hepatitis B with the replication machinery of the SARS-Co-V virus genome, with the aim of having effective drugs against the coronavirus is essential to decrease the severity and mortality of the disease.

    Citizen participation through the Boinc distributed computing network, which we lead from the Ibercivis Foundation, has played a fundamental role in the development of this project. Thousands of computers around the world were connected to a large network during the months of April to June 2020 to contribute their processing capacity to perform the necessary calculations to carry out the experiment. To all of you as private participants and to the Boinc community,

    Thank you very much!

    acces to the full preprint article
    von Veröffentlicht: 29.09.2020 18:55
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    2. Projekte

    Der vor zwei Monaten beim Journal of Cheminformatics eingereichte Artikel über das Molekül-Erzeugungsprogramm EvoMol wurde inzwischen begutachtet und veröffentlicht, die Zusammenfassung ist in der folgenden Übersetzung enthalten. Außerdem gibt es einen Ausblick auf bevorstehende Arbeiten.

    Wissenschaftliche Veröffentlichung und Neuigkeiten
    Liebe Cruncher,

    vielen Dank für eure Hilfe.

    Ich freue mich, die Veröffentlichung unseres neuesten Open-Access-Artikels über EvoMol, unser quelloffenes Molekül-Erzeugungsprogramm, bekanntzugeben.

    EvoMol: ein flexibler und interpretierbarer evolutionärer Algorithmus zur unvoreingenommenen Neuschöpfung von Molekülen
    Ziel dieser Arbeit ist das Entwerfen eines Molekül-Erzeugungsprogramms, das sowohl bekannte als auch weniger bekannte Abschnitte des chemischen Raums erforschen kann.
    Unsere Methode muss sich flexibel an sehr unterschiedliche Probleme anpassen können. Daher muss sie mit oder ohne den Einfluss vorheriger Daten und Wissens funktionieren. Außerdem sollte sie unabhängig vom Erfolg so gut wie möglich interpretierbar sein, um Diagnosen und Verbesserungen zuzulassen.
    Wir schlagen hier eine neue quelloffene Erzeugungsmethode zum sequentiellen Aufbau molekularer Graphen unter Verwendung eines evolutionären Algorithmus vor. Sie ist unabhängig von den Startwerten und kann bisher nicht gesehene chemische Verbindungen erzeugen. Um einen großen Abschnitt des chemischen Raums durchsuchen zu können, definieren wir einen ursprünglichen Satz von 7 generischen Mutationen nahe an der atomaren Ebene.
    Unsere Methode erreicht hervorragende Leistungen und sogar Rekorde bei QED, plogP, SAscore und CLscore sowie dem Satz zielorientierter Funktionen in GuacaMol. Um ihre Flexibilität zu demonstrieren, gehen wir eine sehr andersartige Zielsetzung aus dem Gebiet der organischen molekularen Festkörper an. Wir zeigen, dass EvoMol allein von Methan ausgehend Sätze optimierter Moleküle mit hochenergetischen höchsten besetzten Molekülorbitalen (engl. highest occupied molecular orbital, HOMO) und niedrigenergetischen niedrigsten unbesetzten Molekülorbitalen (engl. lowest unoccupied molecular orbital, LUMO) erzeugen kann. Wir können auch Synthetisierbarkeit und strukturelle Eigenschaften einschränken. Schließlich erlaubt die Interpretierbarkeit von EvoMol die Darstellung seines Erforschungsprozesses als chemisch relevantes Baumdiagramm.


    Ihr könnt den vollständigen Artikel kostenlos aufrufen:
    https://www.researchgate.net/publica...lar_generation (engl.)
    oder hier:
    https://jcheminf.biomedcentral.com/a...21-020-00458-z (engl.)

    Ihr könnt uns ein wenig mehr helfen, indem ihr diese Seiten besucht, um uns Sichtbarkeit zu verschaffen, und ihr könnt sie auch in euren Teamforen und/oder in Sozialen Netzwerken wie Twitter (@b_damota) teilen.

    Wir arbeiten nun schon seit einiger Zeit am nächsten Artikel. Dieser wird sich insbesondere mit den seit Projektbeginn von euch durchgeführten Berechnungen befassen. Das Ergebnis wird ein frei zugänglicher Datensatz sein. Während wir diesen Artikel schreiben, arbeiten wir auch an den nächsten Schritten. Ohne zuviel zu verraten kann ich nur erzählen, dass eure Berechnungen uns helfen werden, ein einzigartiges, für Chemiker besonders nützliches Werkzeug vorzuschlagen. Wir werden euch natürlich auf dem Laufenden halten! Derzeit laufen zwei Kampagnen, die nicht die oben genannte Arbeit betreffen. Die "nwchem long"-WUs und die neuen "nwchem"-WUs mit dem Präfix "CL9" werden neue Ergebnisse für Artikel Ende 2021 oder 2022 hervorbringen.

    Mit freundlichem Gruß,
    Benoit
    29.09.2020, 9:09:19 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://quchempedia.univ-angers.fr/athome/forum_thread.php?id=122
    Scientific publication and news
    Dear Crunchers.

    Thank you very much for your help.

    I am pleased to announce the publication of our latest open access article describing EvoMol, our opensource molecule generator.

    EvoMol: a flexible and interpretable evolutionary algorithm for unbiased de novo molecular generation
    The objective of this work is to design a molecular generator capable of exploring known as well as unfamiliar areas of the chemical space.
    Our method must be flexible to adapt to very different problems. Therefore, it has to be able to work with or without the influence of prior data and knowledge. Moreover, regardless of the success, it should be as interpretable as possible to allow for diagnosis and improvement.
    We propose here a new open source generation method using an evolutionary algorithm to sequentially build molecular graphs. It is independent of starting data and can generate totally unseen compounds. To be able to search a large part of the chemical space, we define an original set of 7 generic mutations close to the atomic level.
    Our method achieves excellent performances and even records on the QED, penalised logP, SAscore, CLscore as well as the set of goal-directed functions defined in GuacaMol. To demonstrate its flexibility, we tackle a very different objective issued from the organic molecular materials domain. We show that EvoMol can generate sets of optimised molecules having high energy HOMO or low energy LUMO, starting only from methane. We can also set constraints on a synthesizability score and structural features. Finally, the interpretability of EvoMol allows for the visualisation of its exploration process as a chemically relevant tree.


    You can find for free the full article :
    https://www.researchgate.net/publica...lar_generation
    or here :
    https://jcheminf.biomedcentral.com/a...21-020-00458-z

    You can help us a little bit more by visiting these pages to give us visibility and you can also share on your teams forums and/or social websites like tweeter.(@b_damota)

    We have been working for some time now on the following article. It will deal in particular with the calculations you have made since the beginning of the project. The result will be an open access dataset. While we are writing this article we are also working on the next parts. Without divulging, I can only tell you that your calculations will help us to propose a unique tool that is particularly useful for chemists. We will of course keep you informed! Currently, two campaigns are in progress and do not concern the work mentioned above. The "nwchem long" units and the new "nwchem" with tasks with prefix "CL9" will also bring new results for articles probably end of 2021 or 2022.

    Kindly
    Benoit
    29 Sep 2020, 8:09:19 UTC
    von Veröffentlicht: 29.09.2020 16:45
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    In diesen Tagen wurde nicht nur in Zusammenarbeit mit Gerasim@Home ein neues Subprojekt begonnen (vorerst nur mit einer Anwendung für 64-Bit-Windows), sondern auch die Ergebnisse des Ende Juli/Anfang August durchgeführten SAT-CMS-Experiments veröffentlicht:

    Ergebnisse von SAT-CMS
    Als Ergebnis des SAT-CMS-Experiments wurden 29 Paare orthogonaler diagonaler lateinischer Quadrate (engl. orthogonal diagonal Latin squares, ODLS) zehnter Ordnung gefunden. Zwei Zellenzuordnungsschemen (engl. cell mapping schemas, CMS) wurden dafür verwendet. 18 gefundene Paare basieren auf dem ersten CMS, die übrigen elf auf dem zweiten. Ein CMS ist tatsächlich eine Beziehung zwischen zwei lateinischen Quadraten aus einem orthogonalen Paar: für jedes Element des ersten Quadrats zeigt es an, wo dieses Element im zweiten Quadrat zu platzieren ist. Somit kann das zweite Quadrat eines Paares aus dem ersten Quadrat konstruiert werden. Die verwendete Anwendung basiert auf einem konfliktbasierten Algorithmus (CDCL, engl.) zum Lösen des Erfüllbarkeitsproblems der Aussagenlogik (engl. satisfiability problem, SAT). Für jedes untersuchte CMS haben wir zunächst das Problem, Paare (zum CMS passender) ODLS zehnter Ordnung zu finden, auf ein SAT zurückgeführt. Dann wurde das erhaltene SAT in Teilprobleme aufgeteilt, aus denen die WUs erzeugt wurden. Schließlich haben wir aus den gefundenen erfüllenden Zuordnungen (Lösungen des SAT) die entsprechenden ODLS-Paare konstruiert. Alle gefundenen Paare sind hier aufgelistet. Wir sind allen Crunchern, die an diesem Experiment teilgenommen haben, sehr dankbar!
    27.09.2020, 18:30:31 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://rake.boincfast.ru/rakesearch/forum_thread.php?id=244
    Results of SAT-CMS
    As a result of the SAT-CMS experiment, 29 pairs of orthogonal diagonal Latin squares (ODLS) of order 10 were found. 2 cell mapping schemas (CMS) were used for this purpose. 18 found pairs are based on the first CMS, the remaining 11 pairs are based on the second one. CMS is in fact a relation between 2 Latin square from an orthogonal pair: for each element of the first square it shows where this element should be placed in the second square. Therefore, one can effectively construct the second square from a pair given the first square. The computing application was based on the CDCL algorithm aimed at solving the Boolean satisfiability problem (SAT). For each studied CMS, we first reduced a problem of finding pairs of ODLS of order 10 (that match the CMS) to SAT. Then, the obtained SAT problem was splitted into subproblems which in turn formed workunits. Finally, from found satisfying assignments (solutions of the SAT problems) we constructed the corresponding pairs of ODLS. All the found pairs are listed here. We are very grateful to all the crunchers who took part in the experiment!
    27 Sep 2020, 17:30:31 UTC
    von Veröffentlicht: 28.09.2020 16:45
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    Im August wurden wieder mehr Primzahlen gefunden als in den Monaten zuvor. An den insgesamt 153 Funden waren Mitglieder von SETI.Germany zehnmal als Erstfinder und zwölfmal als Doublechecker beteiligt.

    Erstmals seit Mai war wieder ein Top-100-Fund dabei, der daher schon über die Projektnachrichten vermeldet wurde:

    • 109838*5^3168862-1, 2214945 Dezimalstellen, gefunden von zombie67 [MM] (Team: SETI.USA) aus den Vereinigten Staaten am 13.08.2020 um 18:09:10 MEZ, bestätigt von Soulfly (Antarctic Crunchers) aus Dänemark am 13.08.2020 um 23:53:05 MEZ


    Es gab sieben weitere Funde mit mehr als 1 Million Dezimalstellen, darunter auch ein verallgemeinerter Fermatzahl-Teiler:

    • Die 1004437-stellige Proth-Primzahl 8397*2^3336654+1 wurde am 03.08.2020 um 19:58:24 MEZ von Nita aus Finnland mit einem Intel Core i7-9700K gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR auf 2 Threads etwa 28 Minuten benötigt wurden. Die Bestätigung erfolgte am 08.08.2020 um 07:06:40 MEZ durch kmpoon aus Hongkong mit einem Intel Core i7-6700, wobei für den Primalitätstest mit LLR auf 4 Threads etwa 28 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1855741-stellige Proth-Primzahl 39*2^6164630+1 wurde am 15.08.2020 um 21:16:05 MEZ von Freezing (SETI.Germany) aus Deutschland mit einem Intel Core i9-10940X gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR auf 7 Threads etwa 38 Minuten benötigt wurden. Diese Megaprimzahl ist ein Teiler der verallgemeinerten Fermat-Zahl GF(6164629,5)=5^2^6164629+1 sowie der erweiterten verallgemeinerten Fermat-Zahl xGF(6164629,11,6)=11^2^6164629+6^2^6164629.

    • Die 1004576-stellige Proth-Primzahl 1251*2^3337116+1 wurde am 17.08.2020 um 21:04:47 MEZ von mfl0p (Aggie The Pew) aus den Vereinigten Staaten mit einem AMD Ryzen 9 3950X gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR auf 4 Threads etwa 13 Minuten benötigt wurden. Die Bestätigung erfolgte am 17.08.2020 um 21:39:06 MEZ durch Scott Cox (The Knights Who Say Ni!) aus den Vereinigten Staaten mit einem Intel Core i5-3350P, wobei für den Primalitätstest mit LLR etwa 1 Stunde 53 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1004623-stellige Proth-Primzahl 7933*2^3337270+1 wurde am 23.08.2020 um 23:24:00 MEZ von Renix (Storm) aus den Vereinigten Staaten mit einem Intel Core i5-6600 gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR auf 2 Threads etwa 31 Minuten benötigt wurden. Die Bestätigung erfolgte am 24.08.2020 um 00:17:57 MEZ durch Buckeye4lf (Antarctic Crunchers) aus den Vereinigten Staaten mit einem AMD Ryzen Threadripper 3970X, wobei für den Primalitätstest mit LLR auf 4 Threads etwa 19 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1845650-stellige verallgemeinerte Fermat-Primzahl 10979776^262144+1 wurde am 26.08.2020 um 15:31:41 MEZ von JH30895 (Antarctic Crunchers) aus den Vereinigten Staaten mit einer AMD Radeon RX 5700 XT in Verbund mit einem Intel Xeon W-3245 gefunden, wobei für den PRP-Test mit Genefer 30 Minuten 44 Sekunden benötigt wurden. Die Bestätigung erfolgte am 26.08.2020 um 16:37:00 MEZ durch fnord (SETI.Germany) aus Deutschland mit einer NVIDIA GeForce RTX 2070 in Verbund mit einem AMD Ryzen 5 1600X, wobei für den PRP-Test mit Genefer 15 Minuten 32 Sekunden benötigt wurden.

    • Die 1004658-stellige Proth-Primzahl 1515*2^3337389+1 wurde am 28.08.2020 um 13:46:23 MEZ von LucasBrown (XKCD) aus den Vereinigten Staaten mit einem Intel Core i7-6700K gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR etwa 46 Minuten benötigt wurden. Die Bestätigung erfolgte am 28.08.2020 um 14:44:43 MEZ durch Randall J. Scalise aus den Vereinigten Staaten mit einem Intel Core i5-4590, wobei für den Primalitätstest mit LLR etwa 1 Stunde 28 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1033906-stellige verallgemeinerte Fermat-Primzahl 77281404^131072+1 wurde am 30.08.2020 um 19:12:32 MEZ von Homefarm (UK BOINC Team) aus dem Vereinigten Königreich mit einer NVIDIA GeForce RTX 2080 Ti in Verbund mit einem Intel Core i9-9900K gefunden, wobei für den PRP-Test mit Genefer 2 Minuten 52 Sekunden benötigt wurden. Die Bestätigung erfolgte am 30.08.2020 um 19:14:21 MEZ durch SEARCHER (BOINC@Pfalz) aus Deutschland mit einer NVIDIA GeForce GTX 1660 Ti in Verbund mit einem Intel Core i9-9900K, wobei für den PRP-Test mit Genefer 15 Minuten 32 Sekunden benötigt wurden.


    Die verbliebenen 145 Primzahlfunde verteilen sich auf folgende Subprojekte:

    • Proth Prime Search (PPS): 3 Funde im Bereich 2879973 ≤ n ≤ 2884844 (866962-868428 Dezimalstellen), darunter ein Doublecheck von rmcknt
    • Proth Prime Search Extended (PPSE): 19 Funde im Bereich 1583150 ≤ n ≤ 1585568 (476580-477308 Dezimalstellen)
    • Sophie Germain Prime Search (SGS): 49 Funde im Bereich 5497273169157 ≤ k ≤ 5551228961535 (388342 Dezimalstellen), darunter ein Erstfund und ein Doublecheck von No_Name sowie ein Doublecheck von jnamath
    • Generalized Fermat Prime Search (n=15): 60 Funde im Bereich 186197914 ≤ b ≤ 193526634 (270991-271540 Dezimalstellen), darunter drei Erstfunde und vier Doublechecks von walli, drei Erstfunde von Kai Gerstenberger, ein Erstfund und ein Doublecheck von rolfo sowie zwei Doublechecks von Juergen
    • Generalized Fermat Prime Search (n=16): 13 Funde im Bereich 95020906 ≤ b ≤ 96255150 (522835-523202 Dezimalstellen), darunter ein Erstfund von rolfo sowie ein Doublecheck von Terminator
    • Generalized Fermat Prime Search (n=17 Low): 1 Fund: 20674450^131072+1 (958849 Dezimalstellen)


    von Veröffentlicht: 27.09.2020 08:45
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    Ein neuer Artikel in der Fachzeitschrift Science beschreibt die Entwicklung von Miniproteinen, die an die "Spitzen" des Coronavirus SARS-CoV-2 ankoppeln und dadurch dessen Bindung an das menschliche Enzym ACE2 verhindern können. Solche Hemmstoffe können vor oder in der Frühphase einer Infektion die Vermehrung des Virus verhindern und daher beispielsweise in prophylaktischen Medikamenten für medizinisches Personal mit Kontakt zu potentiellen Covid-19-Patienten Anwendung finden. Rosetta@home spielte beim Finden dafür geeigneter Gerüstproteine eine Rolle. David Baker beschreibt die Vorgehensweise bei der Forschung recht allgemeinverständlich (allerdings in englischer Sprache) in einem Video (dessen Einbettung in die Originalnachricht des Projekts leider auch störende Auswirkungen hatte).

    Neues zum Coronavirus von David Baker. Danke euch allen für eure Beiträge!
    Hier ist ein kurzes Video, in welchem David Baker einige spannende Ergebnisse der auf SARS-CoV-2 abzielenden Wirkstoffentwicklung beschreibt.

    Danke euch allen für eure Beiträge zu dieser Forschung! Zwar wurde R@h nicht direkt für die in der (unten verlinkten) Veröffentlichung beschriebene Arbeit verwendet, aber R@h wurde zum Optimieren dafür relevanter Gerüstproteine verwendet. Außerdem gibt es derzeit mehrere vergleichbare Optimierungen, die an SARS-CoV-2 und verwandte Ziele binden und mit R@h entwickelt wurden.

    https://www.youtube.com/embed/ODEIN5V3yLg (engl.)

    Weiterführende Informationen sind in der Veröffentlichung De novo design of picomolar SARS-CoV-2 mini protein inhibitors (engl., Neuschöpfung pikomolarer Miniprotein-Hemmstoffe für SARS-CoV-2) zu finden.
    22.09.2020, 00:16:33 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=14226
    Coronavirus update from David Baker. Thank you all for your contributions!
    Here is a short video of David Baker describing some exciting results from de novo designs targeting SARS-Cov-2.

    Thank you all for your contributions to this research! Although R@h was not directly used for the work described in the publication (link provided below), R@h was used for designing relevant scaffolds. Additionally, there are currently many similar designs that bind SARS-Cov-2 and related targets that were engineered using R@h.

    https://www.youtube.com/embed/ODEIN5V3yLg

    More information is available from the publication, De novo design of picomolar SARS-CoV-2 mini protein inhibitors.
    21 Sep 2020, 23:16:33 UTC
    von Veröffentlicht: 19.09.2020 16:10
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    Das (bisher einzige) TN-Grid-Subprojekt gene@home erhält im Rahmen einer COVID-19-Forschungsförderung von AMD für ein Jahr Zugriff auf zwei Server mit Epyc-CPUs und je acht Radeon-Instinct-Rechenkarten (MI50). Leider wäre es zu umständlich, TN-Grid-Serverdienste zeitweise auf diese Maschinen auszulagern, sodass die Auswirkungen auf das BOINC-Projekt eher überschaubar bleiben werden. Stattdessen sollen die Ressourcen beispielsweise zum Testen von Deep-Learning-basierten Algorithmen verwendet werden.

    AMD weitet COVID-19-Hochleistungsrechnen-Förderung auf weitere Forschungsinstitute aus
    Unser Projekt gene@home (durchgeführt an der Universität Trient, Italien) wurde von AMD als Begünstigter ihrer COVID-19-Hochleistungsrechnen-Förderung ausgewählt, siehe die offizielle Bekanntgabe: https://www.amd.com/de/corporate/hpc-fund

    Wir sind sehr dankbar, diese Spende zu erhalten, sie wird uns Zugriff auf Hochleistungs-Rechenknoten ermöglichen, um unsere Forschung voranzubringen. Weitere Informationen und Kommentare sind hier zu finden: https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=291 (engl.)
    16.09.2020, 23:53:39 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=292
    AMD COVID-19 HPC Fund Adds New Research Institutions
    Our gene@home project (hosted by the University of Trento, Italy) has been chosen by AMD as a recipient for their COVID-19 HPC fund, see the official announcement https://www.amd.com/en/corporate/hpc-fund

    We are really grateful to receive this donation, it will give us access to high performance computing nodes, boosting our research. More info and comments here: https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=291
    16 Sep 2020, 22:53:39 UTC
    von Veröffentlicht: 10.09.2020 20:30
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    In der heute vor 10 Jahren erschienenen Ausgabe der Fachzeitschrift Science wurde die Entdeckung des Radiopulsars J2007+2722 bekanntgegeben. Dies war der erste Fund von Einstein@Home:

    Zehnter Jahrestag der ersten Einstein@Home-Entdeckung
    Vor zehn Jahren hat Einstein@Home seine erste astronomische Entdeckung veröffentlicht. Der Radiopulsar J2007+2722 wurde im Juli 2010 mit unserer Radiopulsar-Suche gefunden, die Daten des Radioteleskops in Arecibo auswertete. Der Artikel zur Entdeckung erschien am 10. September 2010 (engl.). Ein ausführlicherer Artikel (engl.) über die Entdeckung wurde später veröffentlicht.

    Die für die Entdeckung verantwortlichen Einstein@Home-Freiwilligen waren Chris und Helen Colvin aus Ames in Iowa und Daniel Gebhardt von der Universität Mainz, Bereich Musikinformatik, in Deutschland. Ihr könnt in unseren Foren (engl.) mehr über ihre Sichtweisen lesen.

    Bisher hat die Radiopulsar-Suche im Rahmen von Einstein@Home 55 neue Pulsare in Daten der Radioteleskope in Arecibo und Parkes gefunden. Seit 2011 durchsucht Einstein@Home auch Daten des Fermi-Gammastrahlen-Satelliten. Bisher wurden 25 Entdeckungen im Gamma-Bereich veröffentlicht und weitere werden folgen. Die verwendeten Methoden sind neu und wurden ursprünglich für die Suche nach kontinuierlichen Gravitationswellen entwickelt.

    Die Suchprogramme nach kontinuierlichen Gravitationswellen laufen noch immer bei Einstein@Home. Obwohl bisher noch keine Quellen gefunden wurden, sind sie weiterhin die empfindlichsten aller derzeit durchgeführten Suchprogramme nach kontinuierlichen Gravitationswellen.

    Die neueste Entdeckung der Fermi-Gammapulsar-Suche mit Einstein@Home wurde kürzlich zur Veröffentlichung in Astrophysical Journal Letters eingereicht und ist hier (engl.) abrufbar. Sie ist recht spannend: PSR J1653−0158 ist ein rekordverdächtiger Doppelpulsar. Der Neutronenstern in seinem Zentrum rotiert 508 Mal pro Sekunde und ist somit der am schnellsten rotierende der bisherigen Funde. Die Umlaufdauer von 75 Minuten ist die kürzeste, die jemals bei vergleichbaren Doppelpulsaren beobachtet wurde, und das Magnetfeld an seiner Oberfläche ist womöglich das schwächste bisher bekannte. PSR J1653−0158 ist der zweite Doppelpulsar, der im Gamma-Bereich entdeckt wurde. Da er im Radio-Bereich unsichtbar ist, hätte er tatsächlich auch auf keinem anderen Weg entdeckt werden können.

    Ich möchte all den Hunderttausenden Einstein@Home-Freiwilliger für eure fortwährende Unterstützung danken. Ohne euch wären unsere Entdeckungen und die darauf aufbauende Wissenschaft nicht möglich gewesen.

    Im Auftrag von Bruce Allen, Direktor von Einstein@Home
    10.09.2020 6:39:27 MEZ


    Familie Colvin teilte in dem verlinkten Thread das folgende Bild, das den von Benjamin Knispel und Bruce Allen signierten Science-Artikel sowie die am Fund beteiligte CPU und GPU zeigt:




    Originaltexte:
    Zitat Zitat von https://einsteinathome.org/content/tenth-anniversary-first-einsteinhome-discovery
    Tenth Anniversary Of The First Einstein@Home Discovery
    Ten years ago, Einstein@Home published its first astronomical discovery. The radio pulsar J2007+2722 was found in July 2010 with our radio pulsar search, analyzing data from the Arecibo Radio Telescope. The discovery appeared in print on 10 September 2010. A more detailed article about the discovery was published later.

    The Einstein@Home volunteers responsible for the discovery were Chris and Helen Colvin, of Ames, Iowa and Daniel Gebhardt, of Universität Mainz, Musikinformatik, Germany. Read more about their perspectives a decade later, in our forums.
    10 Sep 2020 5:39:27 UTC
    Zitat Zitat von https://einsteinathome.org/goto/comment/179933
    To date, the Einstein@Home radio pulsar search has found 55 new pulsars in data from the Arecibo and Parkes radio telescopes. Since 2011, Einstein@Home has also been searching data from the Fermi gamma-ray satellite. To date, 25 gamma-ray discoveries have been published, and more are forthcoming. The methods being used are new, and were originally developed for continuous gravitational-wave searches.

    These continuous gravitational-wave searches are still ongoing on Einstein@Home. While they have not yet found any sources, they continue to be the most sensitive of all searches being carried out for continuous gravitational waves.

    The latest discovery from the Fermi gamma-ray pulsar search with Einstein@Home has just been submitted for publication to the Astrophysical Journal Letters and is available here. It is quite exciting: PSR J1653−0158 is a record-breaking binary pulsar. The neutron star at its center is rotating 508 times each second, which makes it one of the fastest-spinning ever found. The orbital period of 75 minutes is the shortest ever seen in similar binary pulsars, and the pulsar's surface magnetic field is possibly the weakest known to date. PSR J1653−0158 is the second binary pulsar discovered in gamma-rays. In fact, because it is invisible at radio wavelengths, it could not have been found by other means.

    I would like to thank all of the hundreds of thousands Einstein@Home volunteers, for your continued support. Without you, our discoveries and the science that follows, would not have been possible.

    posted on behalf of Bruce Allen, Einstein@Home director
    von Veröffentlicht: 09.09.2020 08:00
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Seit gestern ist BOINC 7.16.11 die empfohlene Version für Windows und macOS (für Linux sind die Paketbetreuer der jeweiligen Distribution zuständig). Unter anderem wurden die Fehler behoben, dass das -meist bewusst vom Benutzer vorgenommene- Abschalten von CPU- oder GPU-WUs auf einer Projektseite zu sehr aufdringlichen Fehlermeldungen führte (Your settings do not allow fetching tasks for xxx. To fix this, you can change Project Preferences on the project's web site.) und dass etliche Standard-Einträge im Log fehlen, wenn keine cc_config.xml angelegt wurde. Außerdem muss ein Projekt jetzt nicht mehr ab- und neu angemeldet werden, wenn die URL von http auf https umgestellt wurde.

    Die offiziellen Download-Links: Windows, macOS

    Client-Version 7.16.11 veröffentlicht
    Version 7.16.11 der BOINC-Client-Software wurde für macOS und Windows veröffentlicht. Die Versionshinweise sind hier.
    08.09.2020, 22:19:29 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://boinc.berkeley.edu/forum_thread.php?id=13958
    7.16.11 client released
    Version 7.16.11 of the BOINC client software has been released for Mac OS and Windows. Release notes are here.
    8 Sep 2020, 21:19:29 UTC
    von Veröffentlicht: 09.09.2020 07:05
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Seit GFN-18 keine hinreichend großen Kandidaten mehr testet, ist SR5 das Subprojekt mit der größten Wahrscheinlichkeit eines Top-100-Fundes (wobei in nicht allzu langer Zeit auch PPS-DIV in diesen Bereich vordringen wird). Daher ist es nicht überraschend, dass der erste über die Projektnachrichten bekanntgegebene Primzahlfund des zweiten Halbjahres bei diesem Subprojekt gelang:

    SR5 Mega Prime!
    Am 13. August 2020 um 18:09:10 MEZ hat PrimeGrids Subprojekt Sierpinski/Riesel Base 5 Problem k=109838 durch Finden einer Megaprimzahl eliminiert:

    109838*5^3168862-1

    Die Primzahl hat 2 214 945 Dezimalstellen, erreicht Chris Caldwells "Datenbank der größten bekannten Primzahlen" auf Platz 72 insgesamt und ist die größte bekannte Primzahl mit Basis 5. 62 ks verbleiben zum Beweis der verallgemeinerten Riesel-Vermutung zur Basis 5.

    Die Entdeckung gelang Erik Veit (zombie67 [MM]) aus den Vereinigten Staaten mit einem AMD Ryzen Threadripper 3970X mit 64 GB RAM unter Linux. Dieser Rechner brauchte etwa 6 Stunden 14 Minuten für den Primalitätstest mit LLR. Erik Veit ist Mitglied des Teams SETI.USA.

    Die Primzahl wurde am 13. August 2020 um 23:53:05 MEZ von Frederik Schiøler (Soulfly) aus Dänemark mit einem Intel Xeon Gold 6140 @ 2,30 GHz mit 1 GB RAM unter Linux bestätigt. Dieser Rechner brauchte etwa 11 Stunden 52 Minuten für den Primalitätstest mit LLR. Frederik Schiøler ist Mitglied des Teams Antarctic Crunchers.

    Für weitere Einzelheiten siehe bitte die offizielle Bekanntgabe.
    20.08.2020 | 18:56:53 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://www.primegrid.com/forum_thread.php?id=9272
    SR5 Mega Prime!
    On 13 August 2020, 17:09:10 UTC, PrimeGrid’s Sierpinski/Riesel Base 5 Problem project eliminated k=109838 by finding the mega prime:

    109838*5^3168862-1

    The prime is 2,214,945 digits long and enters Chris Caldwell's “The Largest Known Primes Database” ranked 72ns overall and is the largest known base 5 prime. 62 k’s now remain in the Riesel Base 5 problem.

    The discovery was made by Erik Veit (zombie67 [MM]) of the United States AMD Ryzen Threadripper 3970X 32-Core Processor with 63GB RAM, running Linux Mint. This computer took about 6 hours, 14 minutes to complete the primality test using LLR. Erik Veit is a member of the SETI.USA team.

    The prime was verified on 13 August 2020, 22:53:05 UTC by Frederik Schiøler (Soulfly) of Denmark using an Intel(R) Xeon(R) Gold 6140 CPU @ 2.30GHz with 1GB RAM, running Linux Ubuntu. This computer took about 11 hours, 52 minutes to complete the primality test using LLR. Frederik Schiøler is a member of the Antarctic Crunchers team.

    For more details, please see the official announcement.
    20 Aug 2020 | 17:56:53 UTC
    von Veröffentlicht: 08.09.2020 16:45
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Am morgigen Mittwoch wird TN-Grid wahrscheinlich eine kurze Pause einlegen:

    Server nicht erreichbar (09.09.2020, von 05:30 bis 08:00 MESZ)
    Am Mittwoch, den 09.09., werden von 05:30 bis 08:00 MESZ die IT-Dienste der UniTrento aufgrund geplanter Wartungsarbeiten nicht verfügbar sein. Der TN-Grid-Server (von UniTrento bereitgestellt) wird während dieser Zeit wahrscheinlich nicht erreichbar sein.
    08.09.2020, 9:44:17 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=289
    Server unreachable (2020-09-09, from 05:30 to 08:00 CEST)
    Wednesday 09/09, from 05:30 to 08:00 CEST, the IT services of UniTrento will not be available because of a planned IT maintenance. The TN-Grid server (hosted by UniTrento) will probably be not reachable during this period.
    8 Sep 2020, 8:44:17 UTC
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