• XSmeagolX

    von Veröffentlicht: 17.05.2020 23:35
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Originaltext: https://www.worldcommunitygrid.org/r...n1/overview.do

    Problem
    COVID-19 ist eine Krankheit, die durch SARS-CoV-2, ein Virus aus der Familie der Coronaviren, verursacht wird. Diese Viren verursachen Krankheiten, die hauptsächlich das menschliche Atmungssystem und möglicherweise andere wichtige Organe befallen. COVID-19 kann zu schweren Erkrankungen oder sogar zum Tod führen.

    Zum Zeitpunkt des Starts dieses Projekts gibt es keine Behandlung, Heilung oder einen Impfstoff für COVID-19.

    Vorgeschlagene Lösung
    Wissenschaftler beim Scripps Research führen molekulare Modellierungssimulationen durch, um nach möglichen Kandidaten für die Entwicklung von Behandlungen für COVID-19 zu suchen, aber um erfolgreich zu sein, benötigen sie massive Rechenleistung, um Millionen von simulierten Laborexperimenten durchzuführen.

    Deshalb arbeitet Scripps Research mit World Community Grid zusammen, einer sozial ausgerichteten IBM-Initiative, die es jedem, der über einen Computer und eine Internetverbindung verfügt, ermöglicht, die Rechenleistung seines Geräts zu spenden, um Wissenschaftler bei der Untersuchung der weltweit größten Probleme in den Bereichen Gesundheit und Nachhaltigkeit zu unterstützen. Mit dieser gespendeten Rechenleistung wollen die Wissenschaftler vielversprechende chemische Verbindungen für weitere Labortests identifizieren.

    Das Forschungsteam will nicht nur bei der Suche nach Behandlungsmöglichkeiten für COVID-19 helfen, sondern auch ein schnell reagierendes Open-Source-Toolkit erstellen, das allen Wissenschaftlern bei der schnellen Suche nach Behandlungsmöglichkeiten für künftige Pandemien helfen soll. Im Einklang mit der Open-Data-Politik des World Community Grid stehen alle Daten und Werkzeuge, die im Rahmen dieses Projekts entwickelt werden, in der wissenschaftlichen Gemeinschaft frei zur Verfügung.

    Das Hauptziel des Projekts ist die Suche nach potenziellen Behandlungsmöglichkeiten für COVID-19, weshalb die Untersuchung von Proteinen von SARS-CoV-2 (dem Virus, das COVID-19 verursacht) höchste Priorität hat.

    Darüber hinaus wollen die Wissenschaftler nicht nur den aktuellen Notfall bekämpfen, sondern sich auch auf die wahrscheinlich folgenden vorbereiten. Künftige Pandemien könnten aus einer fortschreitenden Anhäufung von Mutationen entstehen, die schließlich zu einer neuen Virusvariante führen können. Dies geschah, als das Virus SARS-CoV-1 zu SARS-CoV-2 mutierte. Das Forschungsteam bezieht also Proteine des SARS-CoV-1-Virus und anderer Viren ein, die im Rahmen von OpenPandemics - COVID-19 untersucht werden sollen, um beurteilen zu können, wie schwierig es wäre, Moleküle zu finden oder zu entwerfen, die in der Lage sind, die unvermeidlichen Mutationen zu überwinden.

    Wie du helfen kannst
    Als freiwilliger Teilnehmer am World Community Grid kannst du ein sicheres Softwareprogramm auf deinen Computer herunterladen. Und wenn dein Computer nicht seine volle Rechenleistung ausschöpft, führt er im Hintergrund automatisch ein simuliertes Experiment durch, mit dessen Hilfe die Wirksamkeit einer bestimmten chemischen Verbindung als mögliche Behandlung von COVID-19 vorhergesagt werden kann. Dann kontaktiert dein Computer den World Community Grid-Server, um ihn wissen zu lassen, dass er die Simulation abgeschlossen hat, die automatisch und sicher an uns zurückgeschickt wird.

    All dies geschieht unauffällig, während du deinen regulären Aktivitäten nachgehen, z.B. eine E-Mail tippen, im Internet surfen oder während dein Computer im Leerlauf ist, aber eingeschaltet bleibt.

    World Community Grid empfängt die Ergebnisse, die von dir zurückgesendet (oft als Arbeitseinheiten oder Forschungsaufgaben bezeichnet), kombiniert diese mit Hunderttausenden von Ergebnissen anderer Freiwilliger aus der ganzen Welt und sendet sie an das Scripps Research Team. Die Forscher beginnen dann mit der schwierigen Arbeit, die Daten zu analysieren. Dieser Prozess geschieht zwar nicht von heute auf morgen, aber er beschleunigt, was sonst viele Jahre dauern würde oder sogar unmöglich sein könnte.

    Badges:
    von Veröffentlicht: 02.11.2019 14:00
    1. Kategorien:
    2. SETI.Germany,
    3. Teamaktion,
    4. WCG Birthday Challenge

    SETI.Germany lädt zur 15th Birthday Challenge bei WCG ein.



    Die Challenge findet vom

    Beginn: 16.11.2019 00:00 Uhr (UTC) (d. h. 16.11.2019, 01:00 Uhr MEZ)
    Ende: 22.11.2019 23:59:59 Uhr (UTC) (d. h. 23.11.2019, 00:59:59 Uhr MEZ)

    statt.

    Link zu unseren Challenge-Seiten (mehrsprachig): https://www.seti-germany.de/wcg


    Wie kann ich teilnehmen?

    SETI.Germany-Mitglieder nehmen automatisch teil, eine gesonderte Anmeldung ist nicht erforderlich.
    Da es sich um eine Team-Challenge handelt, nehmen automatisch alle Mitglieder der angemeldeten Teams teil. Welche Teams sich zur Challenge angemeldet haben, kann man auf unseren Challenge-Seiten oder hier https://secure.worldcommunitygrid.or...allengeId=9700 einsehen.

    Wie melde ich mich an?
    Um dein Team zur Challenge anzumelden, muss euer WCG-Team-Captain euer Team auf dieser Seite anmelden: https://secure.worldcommunitygrid.or...allengeId=9700
    Sollte Euer Team-Captain nicht mehr erreichbar sein, so solltet ihr schnellstmöglich einen Wechsel des Team-Captains beantragen. Dieser dauert beim WCG mindestens 4 Wochen!

    Gewertet werden alle während der Challenge gutgeschriebenen WCG-Points, auch wenn die WU bereits vor Beginn der Challenge berechnet wurde. WUs, die zu Challenge-Ende im Pending sind, können jedoch nicht berücksichtigt werden!

    Weitere Informationen zu den diesjährigen Challenge-Modalitäten findet ihr hier: https://www.seti-germany.de/wcg/1_de_Willkommen.html

    Um im Laufe der Challenge in Kontakt zu treten, hast Du mehrere Möglichkeiten:

    1. Benutze die Shoutbox auf unserer speziellen Challenge-Seite (https://seti-germany.de/wcg)
    2. Schreibe hier in dem Thread
    3. Benutze den Thread im WCG-Forum

    SETI.Germany wünscht euch viel Spaß bei der 15th Birthday Challenge.
    von Veröffentlicht: 14.03.2019 17:50
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Am morgigen Freitag, den 15. März, wird RakeSearch den ganzen Tag über zeitweise nicht erreichbar sein:

    Technische Arbeiten am 15. März, 07:00-19:00 MEZ
    Liebe Teilnehmer!

    Morgen, am 15. März, wird der Server zwischen 7:00 Uhr und 19:00 Uhr (MEZ) aufgrund technischer Arbeiten zeitweise nicht verfügbar sein.

    Danke für eure Aufmerksamkeit und frohes Crunchen!
    14.03.2019, 14:34:47 MEZ


    Außerdem wurde vor wenigen Tagen auch der zweite Teil der von der NASA-Sonde New Horizons inspirierten "Vorbeiflugsgraphen" veröffentlicht:

    Vorbeiflugsgraphen. Teil 2
    Liebe Leute!

    Auf der vorläufigen Ergebnisseite haben wir den zweiten Teil der Vorbeiflugsgraphen veröffentlicht!

    [R9_000565630_02] - 38 Knoten und 94 Kanten. Der dritte bekannte Graph mit 38 Knoten, aber mit 94 Kanten (die bisher gefundenen Graphen hatten 106 bzw. 96 Kanten.


    [R9_000572497_01] - 113616 Knoten und 675264 Kanten. Der zweitgrößte bekannte Graph aus orthogonalen diagonalen lateinischen Quadraten (engl. orthogonal diagonal Latin squares, ODLS) neunten Ranges und der drittgrößte im gesamten erforschten ODLS-Raum! Ihr könnt auch diese Animation (13,4 MB) ansehen, in welcher dieser Graph schrittweise gezeichnet wird.


    [R9_000585425_01] - 224 Knoten und 1112 Kanten. Der erste Graph mit 224 Knoten und erst der sechste im Bereich von 200 bis 299 Knoten.


    [R9_000604259_01] - 4048 Knoten und 6968 Kanten. Ein weiterer interessanter Graph tritt im Bereich der großen Graphen mit 2388 bis 9056 Knoten auf! Ihr könnt auch diese Animation (4,7 MB) ansehen.


    [R9_000698093_02] - 56 Knoten und 284 Kanten. Ein neues Gebilde aus der Zukunft der Weltraumforschung.


    [R9_000704747_01] - 72 Knoten und 294 Kanten. Ein erstaunlicher Graph! Eine dreieckige Figur mit "Knotenelementen" wie einige vorher gefundene Graphen!


    [R9_000704751_02] - 120 Knoten und 924 Kanten. Ein weiterer dreieckiger Graph mit einer Figur über jeder Ecke!


    Danke für eure Teilnahme und frohes Crunchen!
    09.03.2019, 16:01:34 MEZ


    Originaltexte:
    Zitat Zitat von https://rake.boincfast.ru/rakesearch/forum_thread.php?id=156
    Technical works on March 15, 06:00-18:00 UTC
    Technical works on March 15, 06:00-18:00 UTC
    Dear participants!

    Tomorrow, at March 15, the server will experience periods of unavailability since 06:00 to 18:00 UTC due to technical works.

    Thank you for attention and happy crunching!
    14 Mar 2019, 13:34:47 UTC
    Zitat Zitat von https://rake.boincfast.ru/rakesearch/forum_thread.php?id=154
    Flyby graphs. Part 2
    Dear folks!

    On preliminary results page, we publish the second part of Flyby graphs!

    [R9_000565630_02] - 38 vertices and 94 edges. The third known graph with 38 vertices, but with 94 edges (in early finded graphs numbers of edges equals to 106 and 96).
    [img]

    [R9_000572497_01] - 113616 vertices and 675264 edges. The new second known largest graph from orthogonal diagonal Latin squares of rank 9 and the third over entire processed space of ODLS! Also, you can see this animation (13.4 Mb) of gradual drawing of this graph.
    [img]

    [R9_000585425_01] - 224 vertices and 1112 edges. The first graph with 224 vertices and only the sixth - in range of [200 .. 299] vertices in a graph.
    [img]

    [R9_000604259_01] - 4048 vertices and 6968 edges. Another interesting graph arises between large graphs with 2388 and 9056 vertices! Also, you can see this animation (4.7 Mb).
    [img]

    [R9_000698093_02] - 56 vertices and 284 edges. New construction from future of space exploration. :)
    [img]

    [R9_000704747_01] - 72 vertices and 294 edges. Astonishing graph! Triangle-based figure with "vertex elements" like some of the previously detected graphs!
    [img]

    [R9_000704751_02] - 120 vertices and 924 edges. One more triangle-base graph with a figure above each angle!
    [img]

    Thank you for your participation and happy crunching! :)
    9 Mar 2019, 15:01:34 UTC
    von Veröffentlicht: 05.12.2018 20:50
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Das Projekt "Outsmart Ebola Together" beim World Community Grid wurde offiziell für beendet erklärt.

    Wir haben OET abgeschlossen. Vielen Dank für Ihre Hilfe und Ihren Beitrag zu diesem Projekt.

    Danke,
    -Uplinger
    Originalpost im WCG-Forum:
    Zitat Zitat von https://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread_thread,41288
    We have completed OET. Thank you for your help and contribution towards this project.

    Thanks,
    -Uplinger
    von Veröffentlicht: 27.11.2018 21:30
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Zusammenfassung

    Am Donnerstag, den 29. November, beginnend um 20:00 Uhr UTC (21:00 Uhr MEZ) aktualisieren wir das Betriebssystem auf unseren Servern.

    Wir werden am Donnerstag, den 29. November, ab 20:00 Uhr UTC (21:00 Uhr MEZ) ein wichtiges Betriebssystem-Update auf unsere Server anwenden.
    Wir gehen davon aus, dass die Arbeiten etwa vier Stunden dauern werden.

    Während dieser Zeit werden die Teilnehmer nicht in der Lage sein, neue Arbeiten hoch- oder herunterzuladen, und die Website wird nicht zugänglich sein.
    Die Teilnehmer brauchen keine besonderen Maßnahmen zu ergreifen, da Ihre Geräte nach Abschluss der Wartungsarbeiten automatisch wieder ihre Verbindungen herstellen.

    Wir freuen uns über Ihre Geduld und Teilnahme.


    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=580
    Summary
    We are updating the operating system on our servers on Thursday, November 29, beginning at 20:00 UTC.

    We will be applying an important operating system update to our servers on Thursday, November 29, beginning at 20:00 UTC.
    We anticipate that the work will take approximately four hours.

    During some of this time, volunteers will not be able to upload or download new work, and the website will not be accessible.
    Volunteers will not need to take any particular action, as your devices will automatically retry their connections after the maintenance work is completed.

    We appreciate your patience and participation.
    von Veröffentlicht: 13.11.2018 21:45
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Originalbeitrag des WCG: https://www.worldcommunitygrid.org/a...t=body-content

    Zusammenfassung
    Wissenschaftler und die Wissenschaft selbst stehen in vielen Teilen der Welt vor immer größeren Herausforderungen. Anlässlich des 14-jährigen Bestehens von World Community Grid bitten wir Sie, Ihre Unterstützung für die Wissenschaft in Social Media, in unserem Forum und auf Ihrer eigenen Website oder Ihrem eigenen Blog öffentlich zu zeigen.



    Wissenschaft und Wissenschaftler werden auf der ganzen Welt angegriffen. Bereiche wie Klimaforschung, Wirkstofffindung und Umweltschutz werden zunehmend politisiert. Einmal gesicherte Quellen der Forschungsförderung schrumpfen oder verschwinden.

    Aber das World Community Grid war ein Leuchtturm für die Wissenschaft für Menschen, die die Notwendigkeit der kontinuierlichen Forschung seit seiner Gründung im Jahr 2004 verstehen. Was zunächst als relativ kleine, kurzfristige Proof-of-Concept-Initiative begann, hat sich zu einer wichtigen Quelle der Rechenleistung für 29 (und mehr) humanitäre wissenschaftliche Forschungsprojekte entwickelt. Bisher hat dies zu bahnbrechenden Entdeckungen bei Krebs im Kindesalter, Wasserfiltration und erneuerbaren Energien sowie zu vielen kleineren Entdeckungen geführt, die eines Tages zu zukünftigen Durchbrüchen führen können.

    Dies ist nur möglich, weil großzügige Menschen auf der ganzen Welt ihre ungenutzte Rechenleistung für die Forschung zur Verfügung stellen, und Wissenschaftler, die die Geduld und Kompetenz haben, heikle Probleme anzugehen, die keine offensichtlichen Antworten haben.

    Wir laden alle Beteiligten des World Community Grid ein, am 16. November, unserem 14. Jahrestag, ein Leuchtfeuer der Wissenschaft zu setzen. Du kannst dies tun, indem du:

    - Erstellen Sie Ihre eigenen Social Media Beiträge auf Ihrer Lieblingsplattform (markieren Sie uns auf Twitter oder Facebook, damit wir uns bedanken können, und verwenden Sie den Hashtag #Beacon4Science).
    - Veröffentlichen Sie Ihre Gedanken über die Teilnahme am World Community Grid in unserem Forum.
    - Teilen unseres Facebook-Posts und/oder erneutes Twittern unserer Tweets am 16. November
    - Senden Sie uns eine E-Mail mit Ihren Gedanken an beacon@worldcommunitygrid.org

    Sie können gerne Bilder oder Videos beifügen, insbesondere wenn es sich um wissenschaftliche oder um World Community Grid-bezogene Bilder handelt.

    Wir möchten die Gedanken und Geschichten derer teilen, die uns die Erlaubnis geben, die Wissenschaftler, mit denen wir zusammenarbeiten, und alle anderen Unterstützer der humanitären wissenschaftlichen Forschung wissen lassen, dass sie Freunde auf der ganzen Welt haben.

    Danke, dass du uns geholfen hast, seit 2004 ein Leuchtfeuer für die Wissenschaft zu setzen.

    -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

    Anläßlich dieser "Shining a Beacon for Science"-Kampagne (Ein Leuchturm für die Wissenschaft) des WCG möchte ich Euch meinen Kommentar im WCG-Forum dazu nicht vorenthalten.

    https://www.worldcommunitygrid.org/f...ffset,0#598169

    ins Deutsche übersetzt:

    Hallo Freiwillige des World Community Grid,
    Hallo WCG-Techs und alle anderen Leute, die hinter dem Projekt stehen!

    als Mitglied und WCG-Teamchef von SETI.Germany ist es immer eine große Freude, ungenutzte Computerleistung in dieses Projekt einzubringen. SETI.Germany ist seit Jahren Partner dieses großartigen Projekts und mit Beginn des 5. Geburtstages des WCG organisiert unser Team die jährliche Geburtstags-Challenge, damit Teams ihre Community-Power zeigen können, um den Beitrag zu diesem Projekt zu verstärken.
    Ich mag es, mich auf diese Weise wie ein Wissenschaftler zu fühlen und mit Menschen zu interagieren, die genauso denken!

    Neben dem wissenschaftlichen Nutzen stehen die Gemeinschaft und der Spaß an Herausforderungen im Vordergrund. Die aktuelle Entwicklung und Dominanz von Teams mit überwiegend münzbasierten Absichten und wenig Community-Interaktion macht mich traurig. Selbst wenn der wissenschaftliche Nutzen zunähme, würde die persönliche Note und die Community-Interaktion von Verteiltem Rechnen verloren gehen.

    Bitte beachtet, dass aktive Gemeinschaften mit Diskussionen über die Arbeit und die Wissenschaft mehr wert sind als jede Münze.

    Ich weiß, dass das World Community Grid immer die Priorität in der persönlichen Interaktion und Unterstützung hat. Das ist ein Grund, warum ich meine Computerleistung hauptsächlich für dieses Projekt aufbrauche.

    Vielen Dank an die WCG-Techs, die alle diese tolle Arbeit leisten und dieses Projekt am Laufen halten!
    von Veröffentlicht: 03.11.2018 12:00
    1. Kategorien:
    2. SETI.Germany,
    3. Teamaktion,
    4. WCG Birthday Challenge

    SETI.Germany lädt zur 14th Birthday Challenge bei WCG ein.



    Die Challenge findet vom

    Beginn: 16.11.2018 00:00 Uhr (UTC) (d. h. 16.11.2018, 01:00 Uhr MEZ)
    Ende: 22.11.2018 23:59:59 Uhr UTC (UTC) (d. h. 23.11.2018, 00:59:59 Uhr MEZ)

    statt.

    Wie kann ich teilnehmen?

    SETI.Germany-Mitglieder nehmen automatisch teil, eine gesonderte Anmeldung ist nicht erforderlich.
    Da es sich um eine Team-Challenge handelt, nehmen automatisch alle Mitglieder der angemeldeten Teams teil. Welche Teams sich zur Challenge angemeldet haben, kann man hier https://secure.worldcommunitygrid.or...allengeId=9145 einsehen.

    Wie melde ich mich an?
    Um dein Team zur Challenge anzumelden, muss euer WCG-Team-Captain euer Team auf dieser Seite anmelden: https://secure.worldcommunitygrid.or...allengeId=9145
    Sollte Euer Team-Captain nicht mehr erreichbar sein, so solltet ihr schnellstmöglich einen Wechsel des Team-Captains beantragen. Dieser dauert beim WCG mindestens 4 Wochen!

    Gewertet werden alle während der Challenge gutgeschriebenen WCG-Points, auch wenn die WU bereits vor Beginn der Challenge berechnet wurde. WUs, die zu Challenge-Ende im Pending sind, können jedoch nicht berücksichtigt werden!

    Weitere Informationen zu den diesjährigen Challenge-Modalitäten findet ihr hier: https://www.seti-germany.de/wcg/1_de_Willkommen.html

    Um im Laufe der Challenge in Kontakt zu treten, hast Du mehrere Möglichkeiten:

    1. Benutze die Shoutbox
    2. Schreibe hier in dem Thread
    3. Benutze den Thread im WCG-Forum

    SETI.Germany wünscht euch viel Spaß bei der 14th Birthday Challenge.
    von Veröffentlicht: 06.06.2018 07:43
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Link zum Originalartikel mit Video: https://www.worldcommunitygrid.org/a...?articleId=563 (englisch)

    Smash Childhood Cancer Forscher wählen neue Zielmoleküle
    Von: Dr. Akira Nakagawara, Dr.
    CEO des Saga Medical Center KOSEIKAN und Präsident Emeritus, Chiba Cancer Center
    5. Juni 2018

    Zusammenfassung
    Das Forschungsteam von Smash Childhood Cancer hat kürzlich mehrere neue Zielmoleküle als Schwerpunkt ihrer aktuellen Arbeit ausgewählt.
    Erfahren Sie mehr über die Bedeutung dieser Moleküle in diesem Update.

    Seit dem Start des Smash Childhood Cancer-Projekts sind fast anderthalb Jahre vergangen. Im Namen aller Teammitglieder schätze ich die Beiträge von Freiwilligen zu diesem Projekt sehr.

    Durch die Aufnahme neuer Mitglieder aus dem Projekt Help Fight Childhood Cancer ist unser Forschungsteam für Smash Childhood Cancer ziemlich international geworden. Kinderärzte aus Japan, Hongkong und den Vereinigten Staaten beteiligen sich an diesem großen, neuen Projekt der Medikamentenentwicklung.

    Ziel des Projekts "Help Fight Childhood Cancer" war es, nach neuen und besseren Behandlungsmethoden für Neuroblastome zu suchen. Smash Childhood Cancer befasst sich jedoch nicht nur mit Neuroblastomen, sondern auch mit anderen Krebserkrankungen wie Hirntumoren, Osteosarkomen (Knochenkrebs), Keimzelltumoren, Hepatoblastomen (Leberkrebs) und andere.

    Mehrere Proteine ​​- beta-Catenin, LIN28B, N-CYM und andere - wurden als Zielmoleküle neu ausgewählt. Die Strukturen der Beta-Catenin- und LIN28B-Proteine ​​wurden bestimmt, so dass mit dem computergestützten Screening begonnen wurde, indem nach Verbindungen mit hoher Bindungsaffinität aus einer Bibliothek von mehr als 3 Millionen kleinen Molekülen gesucht wurde.

    Das N-CYM-Protein, das von meinem Team und mir entdeckt wurde, ist das neuartige treibende Genprodukt des Neuroblastoms. Das Protein kommt nur in Menschen und Schimpansen vor und wird durch De-novo-Evolution erzeugt (was bedeutet, dass es ein Teil der Evolution des Krebses ist). Das Protein ist aus irgendeinem Grund ziemlich schwierig zu kristallisieren und wir arbeiten immer noch daran, seine genaue Struktur zu bestimmen, so dass die Entdeckung von Medikamenten dagegen beginnen könnte.

    Kürzlich erhielten wir von der japanischen Regierung ein Stipendium zur Unterstützung unserer Arzneimittelentdeckung gegen das LIN28B-Protein, was unseren Fortschritt bei Smash Childhood Cancer beschleunigen könnte.

    Noch einmal möchte ich unseren Dank an die Freiwilligen auf der ganzen Welt aussprechen, die das Projekt unterstützt haben. Für Kinder, die gegen Krebs im Kindesalter kämpfen, möchten wir so schnell wie möglich ein neues Medikament entdecken und eine Behandlung ohne Nebenwirkungen entwickeln.
    von Veröffentlicht: 13.02.2018 07:21     Seitenaufrufe: 646 
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Von: Dr. Arthur Olson
    Professor am The Scripps Forschungsinstitut
    9. Februar 2018

    Dieser Beitrag ist eine Übersetzung des Original-Newsbeitrags beim World Community Grid

    Zusammenfassung
    Das Projekt von FightAIDS@Home sucht nach möglichen Verbindungen, die auf die Proteinhülle im Inneren von HIV zielen (Kapsidkern genannt), die die virale RNA schützt. Derzeit gibt es keine zugelassenen Medikamente, die auf diese Proteinhülle abzielen. In diesem Update fasst Dr. Olson die bisherigen Fortschritte des Teams zusammen, beschreibt ein neues Softwaretool, welches bei der Arbeit unterstützt, und stellt uns ein neues Forscherteam vor.


    Die HIV-1 Capsid (CA) Proteinstruktur ist oben gezeigt. Das Team von FightAIDS@Home sucht nach aktiven Verbindungen, die sich an die CA-Proteine ​​anlagern und den Aufbau des Kapsidkerns vermitteln können.
    (Quelle: WCG-News)

    Untersuchung des HIV-Kapsid
    Unsere neueste Forschung in der HIV-Wirkstoffforschung untersucht das HIV-Kapsid, ein neues Zielprotein für die Entwicklung von HIV-Virostatika, das die Wahrscheinlichkeit von Arzneimittelresistenzen bei infizierten Patienten verringern kann. Dr. Pierrick Craveur hat umfangreiche virtuelle Screens mit vier vielversprechenden Stellen auf diesem für Infektionen notwendigen viralen Protein durchgeführt. Er schloss die Einreichung von über 600 Millionen Docking-Läufen mit einer Bibliothek von mehr als 1,5 Millionen verfügbaren chemischen Verbindungen gegen mehr als 30 Variationen dieser vier Zielorte ab.

    Die meisten Ergebnisse von FAAH-Freiwilligen wurden nun erhalten, und wir sind jetzt dabei, 30 der vielversprechendsten Verbindungen gegen die ersten beiden Kapsidstellen experimentell zu untersuchen. Damit haben wir den computergestützen Teil von FightAIDS@Home abgeschlossen.

    Neues Filterwerkzeug
    Zusätzlich zu seinen virtuellen Screening-Bemühungen hat Dr. Craveur ein webbasiertes Tool entwickelt, das es uns ermöglicht, diese Millionen von Docking-Ergebnissen auf einfache Weise zu filtern, um Verbindungen mit spezifischen chemischen und energetischen Bindungseigenschaften zu finden, die als vielversprechende Wirkstoffkandidaten in Frage kommen. Dieses Tool wurde verwendet, um diese ersten 30 Verbindungen zu identifizieren, die in biologischen Assays geordnet und getestet werden.

    Dr. Craveur hat sein Postdoktorat bei Scripps abgeschlossen und kehrte in seine Heimat Frankreich zurück, um in der Biotech-Industrie zu arbeiten. Er wird weiterhin mit der Olson-Gruppe zusammenarbeiten, um die bahnbrechenden Forschungen weiterzuführen, die er während dieser Zeit durchgeführt hat.

    Neues Mitglied des Forschungsteams
    In der Zwischenzeit haben wir einen neuen Postdoktoranden in unserem Labor angenommen: Dr. Giulia Bianco aus Sardinien, Italien. Sie wird Anfang März unserer Gruppe beitreten, um unser Programm zur Entdeckung von HIV-Medikamenten fortzusetzen. Sie wird zunächst die virtuellen Bildschirme evaluieren, die Dr. Craveur abgeschlossen hat, um neue vielversprechende Kandidaten von den beiden anderen Seiten zu finden, die von FightAIDS@Home untersucht wurden. Sie wird auch unser Phase I-Projekt "FightAIDS@Home" fortsetzen, das höchstwahrscheinlich auf Integrase, ein weiteres vielversprechendes HIV-Ziel, abzielt. Die Forschung aus unserem HIVE-Zentrum hat gezeigt, dass dieses Ziel eine unerwartete neue und wichtige Funktion im viralen Lebenszyklus hat.

    Wir erwarten eine Pause von etwa vier Monaten, während Dr. Bianco die bestehenden FAAH-Ergebnisse bewertet und die Phase I unserer virtuellen Screening-Arbeit wieder aufnimmt.

    Danke an alle, die FightAIDS @ Home unterstützt haben. Wir werden uns melden, wenn wir mit der nächsten Projektphase beginnen.
    von Veröffentlicht: 22.08.2017 19:46     Seitenaufrufe: 967 
    1. Kategorien:
    2. Projekte



    Hintergrund
    Jeder von uns hat so ungefähr 30 Billionen Bakterien, welche in und auf unserem Körper leben. Diese Bakterien, von denen die meisten in unseren Verdauungssystemen leben, sind Teil eines Systems, welches menschliches Mikrobiom genannt wird. Die meisten dieser Bakterien sind harmlos oder sogar vorteilhaft. Allerdings stehen einige mit Krankheiten wie Typ-1-Diabetes, Morbus Crohn und Colitis ulcerosa in Verbindung.

    Die jüngsten technologischen Fortschritte ermöglichen es den Wissenschaftlern, das menschliche Mikrobiom erstmals detailliert zu erforschen. Da die Wissenschaftler ein besseres Verständnis der Rolle des menschlichen Mikrobioms bei der Entwicklung von Krankheiten erhalten, können sie bessere Diagnosen und Behandlungen finden und schaffen.

    Problem
    Um die Rollen, die von den verschiedenen Bakterien im menschlichen Mikrobiom gespielt werden, besser zu verstehen, müssen die Wissenschaftler die von diesen Bakterien produzierten Proteine ​​untersuchen, die in ihren Genomen codiert sind. Der erste Schritt besteht darin, die physikalischen Strukturen (Formen) der Proteinmoleküle zu bestimmen, die von den Bakteriengenen codiert werden. Dies ist wichtig, weil die physikalische Struktur eines Proteins seine Funktion bestimmt.

    Sobald die Proteinfunktionen bestimmt sind, können Wissenschaftler untersuchen, wie die bakteriellen Proteine ​​miteinander reagieren und bestimmen, welche Proteine ​​bei einer beliebigen Anzahl von Krankheiten eine Rolle spielen. Aus diesen Einsichten könnten Wissenschaftler in die Lage versetzt werden, Medikamente zu entwickeln, um diese speziellen Proteine ​​zu kontrollieren und Krankheiten zu behandeln, die entstehen oder durch das menschliche Mikrobiom beeinflusst werden.

    Der Umfang dieser Forschung ist enorm: Das Mikrobiom besteht aus etwa 3 Millionen einzigartigen bakteriellen Genen. Im Vergleich dazu hat der menschliche Körper etwa 20.000 Gene. Die Proteine ​​zu studieren, die jedem dieser Gene entsprechen, wäre eine monumentale Aufgabe, die in einem Laboratorium fast unmöglich ist. Die meisten dieser Proteine ​​wurden daher nicht untersucht.

    Während die Verwendung von traditionellen Labortechniken für den Umfang des Problems unmöglich ist, können auch rechnerische Methoden verwendet werden, um die Proteinstrukturen vorherzusagen. Allerdings erfordert dies bei der Skala erheblich mehr Rechenleistung als typischerweise für Wissenschaftler zur Verfügung steht. World Community Grid adressiert diese Notwendigkeit durch die Nutzung von Rechenleistung von Freiwilligen aus der ganzen Welt.

    Vorgeschlagene Lösung

    Das Mikrobiome Immunity Project nutzt die Macht des World Community Grids, um diesen ersten Schritt der Vorhersage von Proteinstrukturen des menschlichen Mikrobioms zu beschleunigen. Speziell nutzen World-Community-Grid-Freiwillige die unbenutzte Rechenleistung ihrer Computer, um Millionen von virtuellen Experimenten auszuführen, die jeweils die Struktur eines Proteins voraussagen.

    Die daraus resultierenden Daten werden von den Forschern analysiert, um die wahrscheinlichste Struktur für jedes der untersuchten Proteine ​​zu finden. Das Forschungsteam wird ihre Daten öffentlich für andere Wissenschaftler zugänglich machen und beschleunigt die Weiterentwicklung der wissenschaftlichen Erkenntnisse in diesem wichtigen neuen Bereich der Forschung.

    Das Projekt konzentriert sich zunächst auf die Gene, die im Mikrobiom des menschlichen Darms gefunden wurden, und auf Krankheiten, die bereits gezeigt haben, dass sie mit Darmbakterien einschließlich Typ-1-Diabetes, Morbus Crohn und Colitis ulcerosa assoziiert sind.

    Die Hilfe von World-Community-Grid-Freiwilligen und die massive Menge an aggregierter Rechenleistung, die sie zum Microbiome Immunity Project bringen, werden dieses spannende Forschungsgebiet erheblich vorantreiben.

    Badges: (nur ein Teil)
    Seite 1 von 2 1 2 Letzte
Single Sign On provided by vBSSO