• Defender

    von Veröffentlicht: 19.06.2019 19:25
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    OpenIFShome vereint zwei leistungsstarke Tools: OpenIFS, eine einfach zu bedienende, unterstützte Version des Integrierten Prognosesystems (IFS) des ECMWF, das in Forschung und Lehre weit verbreitet ist, und Climateprediction.net (CPDN) an der University of Oxford, einem sehr erfolgreichen Freiwilligen-Computerprojekt, das seit 2003 läuft.

    "CPDN hat in den letzten 15 Jahren von der Leistung von mehr als 600.000 Heimcomputern profitiert und hat derzeit etwa 32.000 aktive Freiwillige an Bord", sagt Professor David Wallom, der die Innovation am Oxford e-Research Centre (Department of Engineering Science) überwacht.

    "Durch die Nutzung der verteilten Rechenleistung von Zehntausenden von Freiwilligen kann CPDN Wetter- und Klimaexperimente durchführen, die selbst für Supercomputer zu rechenintensiv wären", betont er.

    David erklärt, dass eine solche Rechenleistung erforderlich ist, wenn Wissenschaftler Tausende von leicht veränderten Versionen eines Modells für dasselbe Ereignis ausführen wollen.

    "Sehr große Ensembles von Wetter- und Klimasimulationen sind unerlässlich, um die Vorhersagbarkeit von Extremereignissen zu untersuchen", sagt Antje Weisheimer, eine Wissenschaftlerin des ECMWF, die auch an der University of Oxford arbeitet.

    Antje nennt das Beispiel von Karl, einem tropischen Sturm, der sich im September 2016 im Atlantik entwickelte. Die NAWDEX-Feldkampagne beobachtete den Sturm im Zusammenspiel mit dem Jetstream.

    "Dieser Sturm hat bei Forschern großes Interesse geweckt, die die Gründe für die Abweichungen der Wettervorhersage in Europa untersuchen", sagt Antje.

    "Um die Vorhersagbarkeit solcher Stürme und ihre Auswirkungen auf das nachfolgende Wetter in Europa zu untersuchen, müssen wir Tausende von leicht veränderten Simulationen durchführen, und genau hier setzt CPDN an."

    Der OpenIFS-Workshop vom 17. bis 21. Juni widmet sich den Auswirkungen von Verdunstungsprozessen auf die Wettervorhersage und wird Arbeiten an Karl beinhalten.

    Am 18. Juni eröffnete David ein OpenIFS-Experiment auf Karl für etwa 8.000 CPDN-Freiwillige, die Linux-Betriebssysteme auf ihren Computern haben.

    Am Ende der Woche werden die Ergebnisse mit den Ergebnissen eines ähnlichen Experiments auf der Hochleistungsrechenanlage des EZMW verglichen.

    OpenIFShome stellt einen neuen Ansatz für OpenIFS und CPDN dar.

    "Das Projekt bietet beispiellose Möglichkeiten für Anwender von OpenIFS", sagt Glenn Carver, der das OpenIFS-Projekt am ECMWF leitet.

    "Wenn sie nur begrenzten Zugang zu Supercomputern haben oder Experimente mit sehr großen Ensembles durchführen wollen, könnte OpenIFShome für sie geeignet sein", sagt er.

    Marcus Köhler vom OpenIFS-Team stellt fest, dass die OpenIFShome-Experimente derzeit auf einen Rasterabstand von etwa 125 km beschränkt sind.

    Er fügt jedoch hinzu, dass die maximale horizontale Auflösung in Zukunft zunehmen wird. "Mit zunehmender Rechenleistung von Heimcomputern sollte es möglich werden, mit OpenIFShome hochauflösende Experimente durchzuführen", sagt er.

    Dr. Sarah Sparrow, die Programmkoordinatorin für das CPDN-Projekt, stellt fest, dass OpenIFShome eine bedeutende Erweiterung des Programms darstellt.

    "Wir hatten einige Diskussionen über die Notwendigkeit, auf eine Multi-Modell-Fähigkeit umzustellen, und OpenIFS schien eine gute Wahl zu sein, um das CPDN-Modellportfolio zu erweitern."

    Sie fügt hinzu, dass es einen Zusammenhang mit dem traditionellen Fokus des CPDN auf das Klima gibt, da es in Zukunft möglich sein wird, OpenIFS für Extremereignis-Attributionsstudien zu nutzen. Solche Studien zielen darauf ab, zu ermitteln, wie die Wahrscheinlichkeit des Auftretens bestimmter Wetterereignisse durch den Klimawandel beeinflusst wird.

    "Der Kontakt zum OpenIFS-Team des ECMWF erfolgte über Antje, die am Physikalischen Institut der Universität Oxford und am ECMWF tätig ist. Die Zusammenarbeit mit dem ECMWF war hervorragend und wir freuen uns darauf, dass OpenIFShome zum Wohle der modernen Wetter- und Klimaforschung eingesetzt wird."

    Florian Pappenberger, Direktor für Prognosen des ECMWF, begrüßte die Verfügbarkeit von OpenIFS auf CPDN: "Ich möchte allen Beteiligten für die Arbeit danken, die sie in dieses Projekt gesteckt haben. OpenIFShome wird wichtige Forschungsarbeiten über die Vorhersagbarkeit von Extremwetter erleichtern, was letztendlich zu besseren Wettervorhersagen für unsere Mitgliedstaaten und kooperierenden Staaten führen wird."

    Wissenschaftler, die an der Verwendung von OpenIFS auf CPDN interessiert sind, sollten das neue OpenIFShome Anfrageformular für die Zusammenarbeit auf der CPDN-Website ausfüllen.



    Link zum Originalbeitrag: Link
    von Veröffentlicht: 12.06.2019 09:35
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    Bürgerwissenschaftler können Foldit nun nutzen, um erfolgreich synthetische Proteine zu entwerfen. Die ersten Ergebnisse dieser einzigartigen Zusammenarbeit sind in Nature beschrieben.

    Brian Koepnick, ein frischgebackener Doktorand im BakerLab, leitete ein Team, das hinter den Kulissen an Foldit arbeitete und neue Funktionen in das Spiel einführte, von denen sie glaubten, dass sie den Spielern helfen würden, bessere gefaltete Strukturen zu finden. Lesen Sie mehr aus dem Baker Lab.

    Vielen Dank an alle Rosetta@home-Teilnehmer, die an dieser Studie mitgewirkt haben. Viele der Entwürfe wurden durch Faltungsalgorithmen auf Rosetta@home validiert.

    Lesen Sie das vollständige Manuskript: PDF

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=13145#90826
    Citizen scientists can now use Foldit to successfully design synthetic proteins. The initial results of this unique collaboration are described in Nature.

    Brian Koepnick, a recent PhD graduate in the Baker lab, led a team that worked on Foldit behind the scenes, introducing new features into the game that they believed would help players home in on better folded structures. Read more from the Baker Lab.

    Thanks to all Rosetta@home participants who helped in this study. Many of the designs were validated using forward folding on Rosetta@home.

    Read the full manuscript: https://doi.org/10.1038/s41586-019-1274-4 PDF

    von Veröffentlicht: 06.06.2019 17:00
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    Wir haben einige neue Webseiten, die Freiwillige mit den Publikationen verlinken, zu denen ihre Rechenzeit beigetragen hat. Sie können über die folgende URL aufgerufen werden:

    https://www.cpdn.org/cpdnboinc/user_publications.php

    Wenn Sie auf die Titel klicken, gelangen Sie zur vollständigen wissenschaftlichen Publikation.

    Wir sind immer noch dabei, Wissenschaftler dazu zu bringen, Publikationsinformationen nachzutragen und werden natürlich dafür sorgen, dass neue Publikationen in Zukunft erfasst werden.


    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://www.climateprediction.net/news-about-links-to-publications/
    We have some new webpages that link volunteers to the publications that their computing time has contributed to. They can be accessed via the following url

    https://www.cpdn.org/cpdnboinc/user_publications.php

    If you click on the paper titles it should take you to the full academic publication.

    We are still in the process of getting scientists to back fill publication information and will obviously make sure new publications are recorded going forwards.
    von Veröffentlicht: 08.03.2019 16:20
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    Heute ist der Internationale Frauentag und wir haben große Neuigkeiten: Großzügige Unterstützer sind eingestiegen, um unser größtes Eintagesziel aller Zeiten für diesen Feiertag anzubieten, sie haben 1,5 Millionen Dollar zugesagt, um in Frauen zu investieren!

    Wir haben bereits die Kredite von 6.000 weiblichen Kreditnehmern auf Kiva finanziert! Helfen Sie uns, bis Mitternacht auf 10.000 zu kommen, und verdoppeln Sie die Wirkung für Unternehmerinnen.
    Verleihen Sie an Frauen - verdoppeln Sie Ihre Wirkung!
    Wenn wir in Frauen wie Juliana, Alix, Teofila oder Rosa investieren, helfen wir ihnen, ihre Ziele zu erreichen und gleichzeitig eine Geschlechterdifferenz zu überwinden, die in weiten Teilen der Welt fortbesteht. Investieren wir in 10.000 Frauen wie sie und zeigen wir unsere Unterstützung für Chancengleichheit.

    Dieses Match-Angebot endet um Mitternacht und die Gelder gehen zu Ende, also zögern Sie nicht, diesen Internationalen Frauentag zu etwas Besonderem zu machen!

    Los geht's!



    Originaltext:
    Zitat Zitat von Kiva Newsletter

    today is International Women's Day and we have big news: generous supporters have stepped in to offer our biggest one-day match ever for this holiday, they've pledged $1.5 million to invest in women!

    We've already funded the loans of 6,000 women borrowers on Kiva! Help us get to 10,000 by midnight, and make DOUBLE the impact for women entrepreneurs.
    Lend to women – double your impact!
    When we invest in women like Juliana, Alix, Teofila or Rosa we're helping them to achieve their goals while bridging a gender gap that persists in much of the world. Let's invest in 10,000 women like them and show our support for equal opportunity.

    This match offer ends at midnight and funds will run out, so don't wait to make this International Women's Day count!

    Let’s do this!
    von Veröffentlicht: 24.12.2018 12:45
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    Wie versprochen ist der Weihnachtsmann auch bei SETI.Germany gelandet und hat Geschenke für alle dabei. Beim Blick in den Geschenkesack konnte ich 24 Kiva-Codes sehen, die diejenigen bekommen sollen, die es zwischen dem Kauf der letzten Geschenke an der Tankstelle und Ommas Absackerschnaps hier in den Thread schaffen. Also alle brav in Reihe und Glied aufstellen und die Hand aufhalten. Ich werde die Codes dann per Direktnachricht zustellen. Bitte beachtet noch, dass die Codes ihre Gültigkeit mit Ablauf des Jahres verlieren und deshalb zügig eingelöst werden möchten.

    Frohe Weihnachten an alle, auf dass der Fortschrittsbalken platzen möge!
    von Veröffentlicht: 01.12.2018 06:15
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    Eine weitere de-novo-Design-Publikation wurde heute veröffentlicht, die das Design von selbstfaltenden Helixfilamenten im Mikrometerbereich beschreibt, die auf zuvor entwickelten Wiederholungsproteinen basieren, zu deren Berechnung die R@h-Teilnehmer beigetragen haben. Obwohl R@h nicht direkt für diese Studie verwendet wurde, stellten die R@h-Teilnehmer Rechenleistung für verwandte Forschungsarbeiten zur Verfügung. Vielen Dank an Sie alle für Ihre kontinuierlichen Beiträge.

    Lesen Sie mehr hier im Science-Magazin.

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=12826#89865
    Another de novo design publication was released today describing the design of micron scale self-assembling helical filaments based on previously designed repeat proteins for which R@h participants contributed computing towards. Although R@h was not directly used for this study, R@h participants provided computing for related research. Thank you all for your continued contributions.

    Read more here in Science.
    von Veröffentlicht: 30.11.2018 20:15
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    Liebe Mitcruncher,

    wieder einmal nähert sich das Jahr dem Ende und es wird Zeit, dass wir den Kopf einmal aus den BOINCstats ziehen und den Blick auf die Welt außerhalb des Computergehäuses richten. Hin zu den Menschen, denen es nicht so gut geht wie uns. Zusammen machen wir das in unserem Kiva-Team das ganze Jahr über und haben in 2018 bereits über 80.000$ an Spenden gesammelt und an Kleinstunternehmer in 91 Ländern auf der ganzen Welt vergeben.

    Gemächlich angehen lassen wollen wir es trotz dieser tollen Summe nicht und so soll es auch dieses Jahr das End-of-the-Year-Race geben, in dem wir für den guten Zweck noch einmal richtig Vollgas geben und einen Meilenstein erreichen wollen.

    Den altbekannten und weihnachtlichen Fortschrittsbalken gibt es natürlich wieder, dieses Mal sogar in bester Wettkampfmanier mit stündlicher Aktualisierung. Als besondere Feature für die Community gibt es einen BB-Code, mit dem ihr euch den Fortschrittsbalken für die Dauer des Races in eure Signatur holen könnt:
    HTML-Code:
    [sgkiva]Spekulatius[/sgkiva]
    Jeder ist herzlich eingeladen bereits mit 25$ einzusteigen, im Diskussionsthread mitzufiebern und gemeinsam etwas Tolles zu schaffen. Auf ein tolles Race!

    Zum Wiki-Artikel
    von Veröffentlicht: 24.11.2018 07:35
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    Neuigkeiten von Kiva, es gibt wieder ein gutes Angebot. Die Gutscheine können übrigens auch auf dem eigenen Account eingelöst werden.

    Investiere heute und erhalte einen Bonus-Loan!

    Dieses Wochenende werden an Thanksgiving Millionen Menschen zusammenkommen um einen weltweiten Tag des Schenkens zu feiern - Kiva ist wieder vorne mit dabei und startet eine tolle Aktion.

    Bis zum 27. November erhaltet ihr, wenn ihr für 50$ oder mehr Geschenkkarten kauft, einen Bonus in Höhe von 25$.
    Feiert diesen weltweiten Tag des Schenkens indem ihr eure Lieben beschenkt - und einen kostenlosen Loan an Unternehmer mit einem Traum vergebt.

    Link

    Die Beschenkten können den Kredit an einen Unternehmer ihrer Wahl vergeben. Wenn der Kredit abbezahlt ist, können sie das Guthaben wieder und wieder verwenden! Der Bonuskredit ist nur einmalig verwendbar. Übrigens eine tolle Gelegenheit sich für die anstehende Weihnachtsrallye warm zu machen...
    von Veröffentlicht: 01.11.2018 16:25
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    Ein interessanter Artikel wurde gestern im Discover Magazine veröffentlicht, der sich mit dem historischen Fortschritt von David Bakers Forschung beschäftigt und damit, wie sich das auf die Rosetta Commons Community und das Fachgebiet des Proteindesigns ausgewirkt hat. Es enthält ein Fallbeispiel der de-novo-Designforschung und eine Perspektive darauf, was neuartige Proteine ermöglichen können. Vielen Dank an alle für die kontinuierliche Unterstützung und die Beiträge zu dieser Forschung!

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=12813#89811
    An interesting article was released yesterday in Discover magazine about the historical progression of David Baker's research and how it has evolved into the Rosetta Commons community and the field of protein design. It includes a case example of de novo design research, and a perspective of what novel proteins may enable. Thank you all for your continued help and contributions to this research!
    von Veröffentlicht: 20.09.2018 10:05
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    Herzlichen Glückwunsch an alle Rosetta@home-Freiwilligen, die zu einem kürzlich in Nature erschienenen Bericht beigetragen haben, in dem das Design eines vollständig künstlich fluoreszierenden Beta-Barrel-Proteins beschrieben wird. Hier die Beschreibung eines der Hauptautoren, Anastassia, aus einem Forenbeitrag:

    Die Publikation stellt viele Innovationen der computergestützten Proteinsynthese vor. Es ist das erste de-novo-Design der Beta-Barrel-Faltung (eine der am häufigsten beschriebenen Faltungen der letzten 35 Jahre, die bis heute noch Rätsel aufgibt). Es ist auch das erste de-novo-Design eines Proteins, das auf die Bindung eines kleinen Moleküls zugeschnitten ist, was eine sehr hohe Genauigkeit bei der Platzierung von Seitenketten auf von Grund auf neu zusammengesetzten Protein-Grundstrukturen erfordert. Darüber hinaus konnten wir zeigen, dass diese neuen Proteine sich falten und wie erwartet in vivo funktionieren können! Wir hoffen, dass die in dem Beitrag beschriebenen Fortschritte das de-novo-Design vieler Biosensoren und Katalysatoren, die auf spezifische Anwendungen zugeschnitten sind, weiter ermöglichen werden.

    Vielen Dank an alle Freiwilligen von Rosetta@home, die zur Validierung der von uns entwickelten Proteine und Bindungsstellen beigetragen haben.

    Hier ist der Link zur IPD-Webseite, die eine Kopie des Artikels enthält. Die Arbeit wurde auch in den folgenden Nachrichtenartikeln vorgestellt (der Beitrag im Science-Magazin enthält ein Video von einem unserer Proteine, das in lebenden Zellen leuchtet).

    https://www.bakerlab.org/index.php/2...scent-proteins

    https://cen.acs.org/physical-chemist...binding/96/i37
    http://www.sciencemag.org/news/2018/...t-their-target



    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=12760#89576
    Congrats to all Rosetta@home volunteers who contributed to a recent report in Nature describing the design of a completely artificial fluorescent beta-barrel protein. As described by one of the main authors, Anastassia, in this forum post:

    The paper presents many “firsts” in computational protein design. It is the first de novo design of the beta-barrel fold (one of the most described folds in the past 35 years, yet mysterious until now). It is also the first de novo design of a protein tailored to bind a small-molecule, which requires very high accuracy in the placement of side chains on protein backbones assembled from scratch. Additionally, we could show that these new proteins could fold and function as expected in vivo! We hope that the advances described in the paper will further enable the de novo design of many biosensors and catalysts tailored for specific applications.

    Thanks to all the Rosetta@home volunteers who contributed to the validation of our designed proteins and binding sites.

    Here is the link to the IPD webpage that contains a copy of the paper. The work was also featured in the news articles below (the news in Science contains a video of one of our proteins glowing in living cells).

    https://www.bakerlab.org/index.php/2...scent-proteins

    https://cen.acs.org/physical-chemist...binding/96/i37
    http://www.sciencemag.org/news/2018/...t-their-target
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