• Dennis-TW

    von Veröffentlicht: 09.07.2021 10:10
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Durchlauf durch rund 300 Millionen kleine Moleküle für OpenPandemics - COVID-19 als Teil des Systemtests

    Zusammenfassung
    Der kürzlich durchgeführte Stresstest im World Community Grid ermöglichte es den Forschern, schnell Simulationen für 300 Millionen kleine Moleküle durchzuführen.

    Hintergrund
    OpenPandemics - COVID-19 wurde ins Leben gerufen, um die Suche nach möglichen COVID-19-Behandlungen zu beschleunigen. Das Projekt zielt auch darauf ab, ein reaktionsschnelles, quelloffenes Toolkit aufzubauen, das allen Wissenschaftlern bei der schnellen Suche nach Behandlungen im Falle zukünftiger Pandemien helfen kann.

    Ende 2020 gaben wir die Auswahl von 70 Verbindungen (aus einer ursprünglichen Gruppe von ca. 20.000) bekannt, die vielversprechend sein könnten, um als potenzielle Inhibitoren des Virus, das COVID-19 verursacht, untersucht zu werden. Für einige dieser Verbindungen laufen derzeit Labortests (Details siehe am Ende dieses Berichts).

    Ende April und Anfang Mai haben wir dem World Community Grid etwa 30.000 Batches von GPU-Arbeitseinheiten zur Verfügung gestellt. Dies war Teil eines Stresstests der World-Community-Grid-Infrastruktur und des Analyseablaufs und generierte für uns schnell eine extrem große Datenmenge.

    Was haben wir aus dem jüngsten Stresstest gelernt?
    Der Stresstest war eine großartige Übung, um Engpässe in unserem Workflow aufzudecken. Aufgrund der nahezu unglaublichen Menge an zurückgemeldeten Ergebnissen - das Äquivalent von etwa 3/4 der Anzahl der CPU-Ergebnisse eines Jahres in einer Woche - wurde uns klar, dass der größte Engpass das war, was wir intern "Rehydrierung/Analyse" nennen. Dies ist der Schritt, bei dem wir das sogenannte "Genom", das die Lage, die Rotation und den Torsionszustand eines gegebenen Docking-Ergebnisses beschreibt, in xyz-Atomkoordinaten umwandeln und die Analyse durchführen.

    Der Stresstest motivierte uns, erhebliche Optimierungen in unserem Code für die GPU-Version zu entwickeln. Diese Optimierungen beschleunigten die Rehydrierung/Analyse um mehr als das Zehnfache, was zu einer Gesamtbeschleunigung unseres Workflows um den Faktor 5 führte. Diese Optimierungen sollen in unseren Mainstream-Quellcode auf der AutoDock-GPU-GitHub-Seite (engl.) einfließen und der gesamten Community zur Verfügung stehen, was allen Forschern zugute kommt, die unseren Code für ihre Simulationen verwenden.

    Ziele, die derzeit auf dem World Community Grid laufen
    Derzeit konzentrieren sich alle Berechnungen auf das Spike-Protein des SARS-CoV-2-Virus. Die ersten Arbeitseinheiten, die auf den Spike abzielten, waren der "Stresstest", bei dem etwa 300 Millionen kleine Moleküle an eine von vielen möglichen Bindungsstellen angedockt wurden. Anschließend haben wir mehrere mögliche Bindungstaschen mit sowohl reaktiven als auch nicht reaktiven Molekülen ins Visier genommen.

    Die reaktiven Moleküle enthalten eine chemische Gruppe, die in der Lage ist, selektiv entweder mit Tyrosin- oder Lysin-Aminosäuren (die häufige Bausteine von Proteinen sind) zu reagieren, und zwar unter Verwendung einer bestimmten Art von Schwefelchemie (Sulfonylfluorid-Austausch, SuFEx). Wenn eines dieser Moleküle tatsächlich an das Spike-Protein bindet, könnte es den Eintritt des Virus in menschliche Zellen behindern und damit die Replikation des Virus verlangsamen.

    Laufende Tests von Verbindungen
    In unserer Analyse haben wir die rohen Docking-Ergebnisse gefiltert, um die vielversprechendsten Verbindungen zu identifizieren, die synthetisiert und in biologischen Tests getestet werden sollen. Während dieses Prozesses wurde die Anzahl der Ergebnisse von Hunderten von Millionen von Molekülen auf einige Dutzend reduziert, welche die interessantesten Interaktionsmuster mit den viralen Enzymen zeigten.

    Mit unseren Partnern bei Enamine (engl.) identifizierten wir diejenigen, die durch synthetische Chemie besser zugänglich waren, und wählten schließlich Moleküle aus, die gegen zwei der wichtigsten Proteasen des SARS-CoV-2-Virus gerichtet sein könnten: 28 für die Protease Plpro und 47 für die Protease Mpro. Enamine hat die Moleküle rasch synthetisiert, gereinigt und an die Labors unserer experimentellen Partner bei Scripps Florida (die Labore von Griffin und Kojetin) und an der Emory University (Labor von Sarafianos) versandt. Sobald die biologischen Ergebnisse vorliegen, werden wir sie mit der Community teilen.

    Vielen Dank an alle, die dieses Projekt unterstützen!
    08.07.2021

    Originaltext:
    https://www.worldcommunitygrid.org/a...?articleId=715
    von Veröffentlicht: 29.06.2021 09:25
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Africa Rainfall Project - Originaltext - Diskussion

    Speicherung und gemeinsame Nutzung von Daten

    Seit einigen Monaten arbeitet das Forschungsteam daran, die Daten so aufzubereiten, dass sie leicht mit anderen Wissenschaftlern und der Öffentlichkeit geteilt werden können. Da der Datensatz sehr groß und komplex ist, ist dies keine leichte Aufgabe.

    Der Server, auf dem die Projektdaten gespeichert werden, ist nun bereit. Der nächste Schritt wird sein, die Daten zusammenzustellen und zu verschieben. Es gibt allerdings Probleme bei der Anmeldung im System, um die Übergabe abzuschließen. Der Arbeitsablauf ist noch nicht vollständig - die verbleibenden Arbeitsgänge müssen noch herausgefunden werden.


    Meilenstein des Forschungsteams

    Camille Le Coz, das Forschungsteammitglied, das die Arbeitseinheiten vorbereitet und die Ergebnisse interpretiert, wird diesen Monat ihre Dissertation verteidigen. Wir wünschen ihr alles Gute für diesen wichtigen Meilenstein!


    Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

    World Community Grid verschickt derzeit die Generation 70. (Eine Generation ist eine Reihe von Arbeitseinheiten - in diesem Fall eine Reihe von Computersimulationen von Regenfällen in Afrika südlich der Sahara.)



    Help Stop Tuberculosis - Originaltext - Diskussion

    Datenanalyse

    Connor McGee, das neueste Mitglied des Forschungsteams, entwickelt auf maschinellem Lernen basierende Arbeitsabläufe, die bei der Analyse der vom World Community Grid stammenden Daten helfen sollen. Das Team ist dabei, ein Projekt-Update fertigzustellen, das weitere Informationen enthalten wird.

    Die Forscher entscheiden auch, ob sie ihre bisherigen Ergebnisse in einem Bericht zusammenfassen oder zwei Berichte auf Basis der bisher analysierten Daten erstellen.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    In Bearbeitung: 24 Batches (850 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 24.181 Batches (59 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 2,0 Batches pro Tag)

    Hinweis: Für dieses spezielle Projekt müssen die Forscher oft die Batches analysieren, die wir ihnen zurückschicken, bevor sie weitere Arbeitseinheiten erstellen können. Dies kann manchmal zu einer verzögerten Bereitstellung von Arbeitseinheiten führen.



    Mapping Cancer Markers - Originaltext - Diskussion

    Die Hilfe aller wird gebraucht

    Mapping Cancer Markers hat im Allgemeinen einen großen, stetigen Vorrat an Arbeitseinheiten, und das Forschungsteam erwartet, dass dies auch in absehbarer Zukunft so bleiben wird. Mit dem kürzlich bekannt gegebenen Ende eines anderen World-Community-Grid-Projekts bitten wir Freiwillige, die nicht bereits Rechenleistung für Mapping Cancer Markers spenden, es zu ihrer Liste der Projekte hinzuzufügen. Ihr könnt die Projekte, die ihr unterstützt, hier überprüfen und ändern.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Zum Download verfügbar: 863 Batches
    In Bearbeitung: 1.251 Batches
    Abgeschlossen: 75.671 Batches (1.130 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 37,7 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 22,9 Tage



    Microbiome Immunity Project - Originaltext - Diskussion

    Erster Bericht veröffentlicht (und weitere in Arbeit)

    Das Forscherteam hat vor kurzem einen Bericht in Nature Communications über die Techniken veröffentlicht, die sie als Ergebnis des Projekts entwickelt haben.

    Zwei weitere Berichte sind in Arbeit, und die Forscher werden uns über den Stand der Dinge auf dem Laufenden halten, während die Arbeit voranschreitet.


    Die Zukunft des Projekts

    Die Rechenleistung der Freiwilligen hat dem Forscherteam geholfen, die Strukturen von mehr als 330.000 Proteinen vorherzusagen, seit das Projekt im Jahr 2017 gestartet wurde. Mit den jüngsten Fortschritten in der Technologie gibt es nun Möglichkeiten, diese spezielle Art von Daten schneller zu analysieren, als es noch vor vier Jahren möglich war. Daher wird die Zeit des Projekts im World Community Grid enden, sobald die aktuellen Arbeitseinheiten abgeschlossen sind.

    Wir bedanken uns bei allen, die seit Beginn an diesem Projekt mitgearbeitet haben. Die Forscher bereiten ein Update für uns vor und werden uns über zukünftige Arbeiten und Entdeckungen, die sich aus den Daten ergeben könnten, auf dem Laufenden halten.

    Ihr könnt einen Beitrag direkt von den Forschern im Microbiome Immunity Project Forum (engl., deutsche Übersetzung) lesen.


    Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

    Zum Download verfügbar: 1.310 Batches
    In Bearbeitung: 3.846 Batches (8.420.064 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 331.125 Batches (1.368 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 46 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 28 Tage



    OpenPandemics - Originaltext - Diskussion

    Analyse einer noch nie dagewesenen Menge an Daten

    Im vergangenen Monat stellte das Forschungsteam dem World Community Grid etwa 30.000 Batches von GPU-Arbeitseinheiten zur Verfügung. Dies war Teil eines Stresstests der World-Community-Grid-Infrastruktur und generierte schnell eine extrem große Menge an Daten, die von den Forschern analysiert werden.

    Das World-Community-Grid-Tech-Team hat in unserem Forum (engl., deutsche Übersetzung) über die Entdeckungen gepostet, die sie hinsichtlich der aktuellen technischen Möglichkeiten des Programms gemacht haben. Das Forschungsteam arbeitet derzeit an einem Update über das, was sie bisher aus der riesigen Datenmenge herausgefunden haben, aber in der Zwischenzeit haben sie auch über ein paar Statistiken und Projektmeilensteine getwittert.

    Vielen Dank an alle, die am Stresstest teilgenommen haben und die weiterhin Rechenleistung zum Projekt beitragen!


    Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

    CPU

    Zum Download verfügbar: 6.063 Batches
    In Bearbeitung: 2.199 Batches
    Abgeschlossen: 51.189 Batches (6.770 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 225,7 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 26,9 Tage


    GPU

    Zum Herunterladen verfügbar: 16.283 Batches
    In Bearbeitung: 4.174 Batches
    Abgeschlossen: 52.292 Batches (15.366 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 512,2 pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 31,8 Tage
    von Veröffentlicht: 03.06.2021 15:15
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Am Ende dieses Monats wird das Subprojekt Microbiome Immunity Project eingestellt, da die Berechnungen mit neuen Methoden auf Basis maschinellen Lernens erheblich effizienter durchgeführt werden können und die Leistung des World Community Grid nicht mehr benötigt wird. Zudem sind für den morgigen Freitag Wartungsarbeiten angekündigt.

    Wichtige Ankündigung zur Zukunft des Microbiome Immunity Project
    Liebe Freiwillige des World Community Grid,

    vielen Dank für eure heldenhaften Beiträge zum Microbiome Immunity Project! Eure Bemühungen haben es uns ermöglicht, die Strukturen von mehr als 330.000 im Mikrobiom enthaltenen Proteinen vorherzusagen, was unser Verständnis der Funktionen dieser unglaublich komplexen Gemeinschaft, die unseren Körper bewohnt und viele Aspekte unserer Gesundheit und Krankheit unterstützt, drastisch verbessert.

    Mit dem jüngsten Aufkommen neuer Proteinfaltungsmethoden, die auf KI und Deep Learning basieren, ist es nun möglich, diese Strukturen hundertmal schneller zu berechnen als zu Beginn des Projekts. Daher schließen wir das Projekt Ende Juni ab und überführen die Ergebnisse in neue, schnellere Techniken, die auf herkömmlichen High-Performance Compute-Clustern durchgeführt werden können und nicht die Leistung des World Community Grid benötigen.

    Euer freiwilliger Einsatz hat die Zugänglichkeit der Strukturbiologie für Mikrobiom-Forscher weltweit verändert und es ermöglicht, diese Techniken in Tausende von Mikrobiom-Projekten einzubinden, die auf Krankheiten von Typ-1 Diabetes und entzündlichen Darmerkrankungen über Krebs bis hin zu neurologischen Erkrankungen abzielen und auf der ganzen Welt durchgeführt werden.

    Wir haben bereits einen wissenschaftlichen Artikel (engl.) veröffentlicht, der aus den Techniken resultiert, die in diesem Projekt entwickelt wurden, und ein zweiter ist auf dem Weg, der diese Protokolle auf die von euch generierten Ergebnisse anwenden wird. Wir werden euch über weitere Ergebnisse auf dem Laufenden halten, sobald wir sie veröffentlichen.

    Nochmals vielen Dank für eure beeindruckenden Beiträge zum MIP!


    Mit besten Grüßen,
    Das Microbiome Immunity Project Team
    01.06.2021 22:04:50 MEZ


    Geplante Wartung am Freitag, 4. Juni

    Zusammenfassung

    Wir aktualisieren das Betriebssystem auf unseren Servern am Freitag, den 4. Juni, ab 16:00 MESZ.
    ---
    Wir werden am Freitag, den 4. Juni, ab 16:00 MESZ eine wichtige Aktualisierung des Betriebssystems auf unseren Servern installieren. Wir gehen davon aus, dass die Arbeiten etwa vier Stunden dauern werden.

    Während dieser Zeit können Teilnehmer zeitweise keine neue Arbeit hoch- oder herunterladen und die Website ist nicht erreichbar.

    Die Freiwilligen müssen keine besonderen Maßnahmen ergreifen, da eure Geräte nach Abschluss der Wartungsarbeiten automatisch erneut versuchen, Verbindung aufzunehmen.

    Wir bedanken uns für eure Geduld und Teilnahme.
    02.06.2021


    Originaltexte:
    Zitat Zitat von https://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread?thread=43484
    Important Announcement about the future of the Microbiome Immunity Project
    Dear World Community Grid volunteers,

    Thank you for your heroic contributions to the Microbiome Immunity Project! Your efforts have allowed us to predict the structures of more than 330,000 proteins contained in the microbiome, dramatically improving our understanding of the functions contained in this incredibly complex community that inhabits all our bodies and underpins many aspects of our health and disease.

    With the recent advent of new protein folding techniques based on AI and deep learning, it is now possible to compute these structures hundreds of times faster than when we started the project. We are therefore drawing the project to a close at the end of June, bridging results to new, faster techniques that can be performed on traditional high-performance compute clusters and do not need the power of World Community Grid.

    What this means is that your volunteer effort has transformed the accessibility of structural biology for microbiome researchers worldwide, allowing these techniques to be incorporated into the thousands of microbiome projects, targeting diseases ranging from type-1 diabetes and inflammatory bowel disease to cancer to neurological disease, and being conducted around the world.

    We already have one scientific article published resulting from the techniques developed from this project, with a second on the way that will apply those protocols to the results that you generated. We will keep you updated on more findings as we publish them.

    Thank you again for your impressive contributions to MIP!


    Best,
    The Microbiome Immunity Project team
    Jun 1, 2021 9:04:50 PM
    Zitat Zitat von https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=706
    Planned Maintenance on Friday, June 4

    Summary

    We are updating the operating system on our servers on Friday, June 4, beginning at 14:00 UTC.
    ---
    We will be applying an important operating system update to our servers on Friday, June 4, beginning at 14:00 UTC. We anticipate that the work will take approximately four hours.

    During some of this time, volunteers will not be able to upload or download new work, and the website will not be accessible.

    Volunteers will not need to take any particular action, as your devices will automatically retry their connections after the maintenance work is completed.

    We appreciate your patience and participation.
    2 Jun 2021
    von Veröffentlicht: 31.05.2021 16:10
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Africa Rainfall Project - Originaltext - Diskussion

    Konferenzvortrag

    Am 29. April hielt Camille Le Coz, Mitglied des Forschungsteams, einen Vortrag über das Projekt auf der EGU General Assembly 2021, einer virtuellen Konferenz der Europäischen Geowissenschaftlichen Union. Der Vortrag kam gut an und die Teilnehmer sind daran interessiert, weitere Daten zu sehen, wenn das Projekt fortschreitet.


    Speicherung und gemeinsame Nutzung von Daten

    Die Forscher arbeiten weiterhin sowohl an einer Datenbankstruktur als auch an einer einfachen grafischen Schnittstelle, um die gemeinsame Nutzung der Projektdaten zu erleichtern. Sie haben Ende des Monats ein weiteres Treffen, um ihre Fortschritte mit Kollegen zu besprechen, die bei dieser Arbeit helfen.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    World Community Grid verschickt derzeit die Generationen 64 und 65. (Eine Generation ist eine Reihe von Arbeitseinheiten - in diesem Fall eine Reihe von Computersimulationen von Regenfällen in Afrika südlich der Sahara.)



    Mapping Cancer Markers - Originaltext - Diskussion

    Forschungsbericht über Lungenkrebsmarker

    Die Forscher haben weitere Datenvalidierungen für diesen Forschungsbericht durchgeführt. Die Signatur, die sie untersuchen, hat sich gut gegen verschiedene unabhängige Datensätze mit einer Vielzahl von Proben (solide Tumore, Blut, etc.) validiert.


    Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

    Zum Download verfügbar: 824 Batches
    In Bearbeitung: 1.202 Batches
    Abgeschlossen: 74.639 Batches (1.265 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 42 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 19,5 Tage



    Microbiome Immunity Project - Originaltext - Diskussion

    BOINC Pentathlon 2021

    Jedes Jahr veranstaltet SETI.Germany einen BOINC Pentathlon, um eine Reihe von förderungswürdigen Projekten zu unterstützen. Das Microbiome Immunity Project war eines der glücklichen Projekte, die dieses Jahr extra Rechenzeit bekamen. Vielen Dank an die vielen Freiwilligen, die teilgenommen haben!


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 3.097 Arbeitseinheiten
    In Bearbeitung: 3.355 Batches (5.866.258 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 329.818 Batches (1.334 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 44,47 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 70 Tage



    OpenPandemics - Originaltext - Diskussion

    GPU-Arbeitseinheiten

    Wir haben kürzlich den Betatest abgeschlossen und GPU-Arbeitseinheiten für dieses Projekt freigegeben. Derzeit sendet das Projekt alle 30 Minuten 1.700 neue Arbeitseinheiten aus. Wir gehen davon aus, dass wir in absehbarer Zukunft GPU-Arbeitseinheiten in diesem Tempo versenden werden.

    Wir werden weiterhin regelmäßige Arbeitseinheiten erstellen und veröffentlichen, die CPU-Leistung verwenden. Dies wird dazu beitragen, dass die Arbeit in einem guten Tempo weiterläuft, und wird sicherstellen, dass jeder teilnehmen kann, der Rechenleistung beisteuern möchte.


    Stresstest der technischen Infrastruktur des World Community Grid

    Anfang des Monats wollte das technische Team des World Community Grid die Obergrenze der Rechenleistung für das Programm bestimmen und herausfinden, ob die aktuelle Infrastruktur die Last tragen kann, wenn wir genügend GPU-Arbeit zur Verfügung stellen, um die Nachfrage zu decken.

    Die Wissenschaftler für OpenPandemics - COVID-19 stellten uns ca. 30.000 Batches an GPU-Arbeit zur Verfügung (das entspricht der Menge an Arbeit, die in etwa 10 Monaten von CPUs erledigt wird), und wir ließen diese Batches laufen, bis sie vollständig verarbeitet waren.

    Der Stresstest dauerte acht Tage, vom 26. April bis zum 4. Mai 2021. Vielen Dank an alle, die an diesem wichtigen Test teilgenommen haben. Wir erwarten in Kürze einen Forumsbeitrag des technischen Teams, in dem sie zusammenfassen, was sie über die aktuellen Fähigkeiten und Grenzen von World Community Grid gelernt haben.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    CPU

    Zum Herunterladen verfügbar: 1.322 Batches
    In Bearbeitung: 6.240 Batches
    Abgeschlossen: 44.810 Batches (5.596 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 186,5 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 7,1 Tage*

    *Das Forschungsteam baut weitere Arbeitseinheiten auf.


    GPU

    In Bearbeitung: 2.391 Batches
    Abgeschlossen: 37.569 Batches (35.296 Batches in den letzten 30 Tagen [größtenteils durch den Stresstest bedingt], durchschnittlich 1.176,5 pro Tag [wiederum größtenteils durch den Stresstest bedingt])



    Smash Childhood Cancer - Originaltext - Diskussion

    Fortlaufende Datenanalyse

    Seit Anfang des Jahres analysieren die Forscher die Daten aus den Arbeiten am World Community Grid.

    Nachfolgend sind die Schlüsselproteine aufgeführt, für die wir neue Updates haben. Jedes dieser Proteine ist an der Entwicklung von mindestens einer Art von Krebs im Kindesalter beteiligt.

    • Beta-Catenin
      Die ersten Tests mit den drei bereits erwähnten Verbindungen sind vielversprechend. Die Forscher sind der Meinung, dass sie genügend erste Daten haben, um mit der Veröffentlichung ihrer Ergebnisse zu beginnen. (Dieser Prozess kann ein Jahr oder länger dauern.)

    • PRDM14
      Die Forscher haben kürzlich einen Förderantrag eingereicht, um weitere Studien zu diesem Ziel zu finanzieren. Sie hoffen, bis zum Ende dieses Sommers eine Antwort von der Finanzierungsquelle zu erhalten.

    • TrkB (NTRK2)
      Die Forscher haben vor kurzem einen Förderantrag für die weitere Erforschung dieses Ziels eingereicht.

    Hinweis: Das Testen von Verbindungen im Labor erfordert in der Regel mehrere Phasen, und jede Phase kann mindestens mehrere Monate dauern.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Pausiert
    von Veröffentlicht: 30.04.2021 18:35
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Africa Rainfall Project - Originaltext - Diskussion

    Präsentationen

    Im März hielt Professor Nick van de Giesen (der Leiter des Projekts) eine Präsentation über das Projekt vor einer Gruppe von IBM-Mitarbeitern. Viele der Informationen, die er präsentierte, könnt ihr in ihrem jüngsten Projekt-Update (engl.) nachlesen.

    Camille Le Coz, Mitglied des Forschungsteams, wird auf der EGU General Assembly 2021, einer virtuellen Konferenz der European Geosciences Union, einen Vortrag halten. Die Konferenz ist für Ende April geplant.


    Speicherung und gemeinsame Nutzung von Daten

    Die Forscher arbeiten weiter daran, die Daten in ein Format zu bringen, das leicht mit anderen Wissenschaftlern und der Öffentlichkeit geteilt werden kann. Um dies zu erleichtern, hoffen sie, in einigen Monaten eine erste Version einer Webschnittstelle fertig zu haben.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    World Community Grid verschickt derzeit Generation 59. (Eine Generation ist eine Reihe von Arbeitseinheiten - in diesem Fall eine Reihe von Computersimulationen von Regenfällen in Afrika südlich der Sahara.)



    Help Stop Tuberculosis - Originaltext - Diskussion

    Neues festes Teammitglied

    Ende letzten Jahres absolvierte der Doktorand Connor McGee ein achtwöchiges Praktikum in unserem Forschungsteam. Wir freuen uns, bekannt geben zu können, dass Connor nun dem Team in Vollzeit beigetreten ist! Wir werden die Details seiner Rolle in das nächste Projektupdate der Forscher aufnehmen.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    In Bearbeitung: 27 Batches (2.700 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 24.060 Batches (60 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 2,0 Batches pro Tag)

    Hinweis: Für dieses spezielle Projekt müssen die Forscher oft die Batches analysieren, die wir ihnen zurückschicken, bevor sie weitere Arbeitseinheiten erstellen können. Dies kann manchmal zu einer verzögerten Bereitstellung von Arbeitseinheiten führen.



    Mapping Cancer Markers - Originaltext - Diskussion

    Forschungsbericht über Lungenkrebsmarker

    Das Forschungsteam arbeitet weiterhin mit einigen ihrer Kollegen aus der klinischen Praxis an diesem Forschungsbericht zusammen. Sie warten auf zusätzliches Feedback und Daten von einigen ihrer Mitarbeiter.


    Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 772 Batches
    In Bearbeitung: 1.223 Batches (10.624.703 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 73.550 Batches (1.232 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 41 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 18,8 Tage



    Microbiome Immunity Project - Originaltext - Diskussion

    In Arbeit befindliche Berichte (einschließlich einem, der bald veröffentlicht wird)

    Seit vielen Monaten arbeiten die Forscher hart an drei Berichten über das Projekt. Sie analysieren weiterhin Daten für zwei der Berichte, aber der dritte wurde kürzlich zur Veröffentlichung angenommen. Wir werden alle informieren, sobald der Bericht online ist.


    Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 4.282 Batches
    In Bearbeitung: 3.263 Batches (6.050.867 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 328.609 Batches (1.285 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 42,83 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 100 Tage



    Smash Childhood Cancer - Originaltext - Diskussion

    Fortlaufende Datenanalyse

    Seit Anfang des Jahres analysieren die Forscher die Daten aus den Arbeiten am World Community Grid.

    Nachfolgend sind die Schlüsselproteine aufgeführt, für die wir neue Updates haben. Jedes dieser Proteine ist an der Entwicklung von mindestens einer Art von Krebs im Kindesalter beteiligt.

    • Osteopontin
      Die ersten Ergebnisse der Forscher für mehrere Verbindungen, die auf dieses Protein abzielen könnten, sind vielversprechend. Das Labor, das die Tests durchführt, wird mit einem Biochemiker zusammenarbeiten, um weitere Untersuchungen durchzuführen.*

    • PRDM14
      Die Forscher haben eine Liste von mehr als einem Dutzend Verbindungen, die sie gegen dieses Protein testen wollen. Sie sind dabei, den Einkaufsprozess zu durchlaufen, und arbeiten auch daran, die Hilfe eines medizinischen Chemikers für diese Tests zu bekommen.*

    • TrkB (NTRK2)
      Die Forscher arbeiten daran, eine Finanzierung für die weitere Untersuchung dieses Proteins zu erhalten.

    *Das Testen von Verbindungen im Labor erfordert in der Regel mehrere Phasen, und jede Phase kann mindestens mehrere Monate dauern.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Pausiert
    von Veröffentlicht: 07.04.2021 09:00
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    OpenPandemics - COVID-19 läuft jetzt auf Maschinen mit Grafikprozessoren

    Zusammenfassung

    Die Software für OpenPandemics - COVID-19 wurde angepasst, um die Leistung von Grafikprozessoren zu nutzen. Dies wird den Forschern nicht nur helfen, mehr Moleküle zu screenen, sondern könnte ihnen auch helfen, komplexere Moleküle zu untersuchen.

    Mehrere Monate lang haben die Forscher von OpenPandemics - COVID-19 im Forli Lab bei Scripps Research und das technische Team von World Community Grid hinter den Kulissen daran gearbeitet, AutoDock 4, die Software, die das Projekt nutzt, für die Verwendung auf Geräten mit Grafikprozessoren (GPUs) anzupassen.

    Während der Beta-Tests haben wir festgestellt, dass die Arbeitseinheiten, die auf den GPUs der Freiwilligen liefen, im Durchschnitt 500 Mal schneller abgeschlossen wurden (GPU-Zeit im Vergleich zur CPU-Zeit) als die gleiche Menge an Arbeit, wenn sie mit der CPU-Version von AutoDock ausgeführt wurde.

    Was ist eine GPU?

    Eine Grafikverarbeitungseinheit (GPU) ist ein anderer Name für die Grafikkarte in einem Computer, die ursprünglich für die Anzeige von Text und Bildern auf einem Monitor verwendet wurde. Mit der Weiterentwicklung der GPUs wurde eine enorme Menge an paralleler Verarbeitungsleistung erreicht. Ursprünglich war dies ein Nebenprodukt der Beschleunigung spezieller grafikbezogener Berechnungen, aber schließlich erweiterten die Hersteller diese Fähigkeiten, um Berechnungen für allgemeine Zwecke zu ermöglichen. Infolgedessen können moderne GPUs bestimmte Arten von Berechnungen deutlich schneller durchführen als die zentralen Recheneinheiten (CPUs), die die gesamte Arbeit in einem Computer orchestrieren. Um einen Grafikprozessor für wissenschaftliche Berechnungen zu nutzen, müssen die Anwendungen jedoch so modifiziert werden, dass sie ein hohes Maß an Parallelität nutzen können, um die Rechenfähigkeiten des Grafikprozessors effizient zu nutzen.

    Wenn ein Freiwilliger OpenPandemics - COVID-19 auf einem Gerät ausführt, das über einen geeigneten Grafikprozessor verfügt, und seine Einstellungen entsprechend anpasst, kann dieses Gerät Arbeitseinheiten viel schneller abschließen als ein Gerät, das nur eine CPU verwendet.

    Warum ist es wichtig, die Geschwindigkeit dieses Projekts zu erhöhen?

    AutoDock-GPU (AD-GPU) könnte die Chancen des Projekts, ein Molekül mit antiviralen Eigenschaften zu finden, noch weiter erhöhen.

    Im Vergleich zu AutoDock 4 (der aktuellen Version der Software, die für OpenPandemics - COVID-19 verwendet wird) ist AD-GPU viel schneller, was der bereits erstaunlichen Rate an angedockten Ergebnissen einen schönen Schub geben wird.

    Darüber hinaus verfügt AD-GPU über einen verbesserten Suchalgorithmus, der eine größere Wahrscheinlichkeit aufweist, starke Wechselwirkungen zwischen den Molekülen und den viralen Proteinen zu finden, und der gut geeignet ist, größere oder komplexere Moleküle anzudocken. Das bedeutet, dass die Forscher mit AD-GPU nicht nur mehr Moleküle screenen können, sondern auch die Suche nach komplexeren Molekülen ermöglichen.



    Vergleich von OpenPandemics GPU zu CPU für die ursprünglich auf CPU ausgelegten Batches 30010-30019, die während des Beta-Tests ausgeführt wurden. Die durchschnittlichen Tage bis zur Fertigstellung eines gesamten Batches (blaue Balken) sind mit den durchschnittlichen Punkten pro Batch (orangefarbene Balken) dargestellt. Die durchschnittliche Gesamtbeschleunigung betrug das 334-fache (das maximal beobachtete Ergebnis war das 516-fache). Die durchschnittlichen Gesamtpunkte pro Batch zeigen eine 1,6-fache Steigerung der algorithmischen Effizienz der GPU. Diese gesteigerte Effizienz wird in GPU-gezielten Paketen genutzt und führt zu viel höheren Punkten pro GPU-Batch.

    Mehr Moleküle, komplexere Moleküle, und das in kürzerer Zeit... das alles ist entscheidend, um mögliche Behandlungen für ein Virus zu finden, das sich nicht nur in den meisten Teilen der Welt immer noch ausbreitet, sondern auch weiter mutiert.

    Sind also auch Geräte ohne GPUs für dieses Projekt wichtig?

    Ja! Derzeit kommen nur etwa 20 Prozent der Leistung des World Community Grid von Geräten mit GPU, daher ist die Teilnahme von jedem CPU-fähigen Computer, Android-Gerät und Raspberry Pi weiterhin entscheidend.

    Vielen Dank an alle, die OpenPandemics - COVID-19 unterstützen!

    Um mehr über GPU-Leistung für dieses Projekt zu erfahren - einschließlich der Frage, wie ihr GPU-fähige Geräte zur Teilnahme befähigt - besucht unsere GPU FAQs.
    06.04.2021

    Originaltext
    von Veröffentlicht: 29.03.2021 20:30
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Africa Rainfall Project - Originaltext - Diskussion

    Bevorstehende Präsentationen

    Wie wir im Update des letzten Monats erwähnt haben, wurde das Mitglied des Forschungsteams, Camille Le Coz, kürzlich als Vortragende bei der EGU General Assembly 2021, einer virtuellen Konferenz der Europäischen Geowissenschaftlichen Union, bestätigt. Die Konferenz ist derzeit für Ende April geplant.

    Darüber hinaus wird der Leiter des Projekts, Professor Nick van de Giesen, am 11. März auf einer IBM-Veranstaltung einen Vortrag über das Projekt halten.


    Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

    World Community Grid verschickt derzeit Generation 54. (Eine Generation ist eine Reihe von Arbeitseinheiten - in diesem Fall eine Reihe von Computersimulationen von Regenfällen in Afrika südlich der Sahara.)



    Mapping Cancer Markers - Originaltext - Diskussion

    Forschungsbericht über Lungenkrebsmarker

    Ein Entwurf des Forschungsberichts wird gerade fertiggestellt. Das Forschungsteam wartet auf zusätzliche Daten von einem Partner, um fortfahren zu können.


    Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 606 Batches
    In Bearbeitung: 1.109 Batches (10.492.542 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 70.937 Batches (1.220 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 40,66 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 14,9 Tage



    Microbiome Immunity Project - Originaltext - Diskussion

    Winter RosettaCon 2021

    Dr. Julia Koehler Leman, ein Mitglied des Forschungsteams, wird auf der Winter RosettaCon 2021, einer virtuellen Konferenz für Benutzer der Rosetta-Software, über das Projekt sprechen. (Das für die molekulare Modellierung entwickelte Rosetta wird vom Forschungsteam des Microbiome Immunity Project verwendet, um die Proteine zu untersuchen, die von den Bakterien im menschlichen Darmmikrobiom produziert werden.)


    In Arbeit befindliche Berichte

    Die Forscher arbeiten gleichzeitig an drei Berichten, die sich in verschiedenen Stadien des Erstellungsprozesses befinden. Einer der Berichte wurde bereits bei einer akademischen Zeitschrift zur Begutachtung eingereicht, und die Forscher analysieren die Datensätze für die beiden anderen.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 5.759 Batches
    In Bearbeitung: 3.352 Batches (5.852.847 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 327.167 Batches (1.237 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 41,23 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 139 Tage



    OpenPandemics - Originaltext - Diskussion

    Beta-Tests für GPU-Arbeitseinheiten

    Wir führen derzeit Beta-Tests für GPU-Arbeitseinheiten durch. (Beta-Tests sind in der Regel der letzte Schritt, bevor ein Programm oder Produkt für die breite Öffentlichkeit freigegeben wird.) Bislang hat das technische Team von World Community Grid vier Runden dieser Tests abgeschlossen und kürzlich eine fünfte Runde gestartet, über die ihr in unserem Forum lesen könnt (engl.).

    Jede Testrunde hilft, Fehler zu identifizieren, die dann vor der Veröffentlichung der endgültigen Version behoben werden. Wir sind sehr dankbar für alle Freiwilligen, die sich an diesen Tests beteiligen, indem sie ihre GPU-Leistung spenden und ihre Ergebnisse dokumentieren.

    Auch nachdem die GPU-Arbeitseinheiten für alle Freiwilligen mit Geräten mit GPU freigegeben sind, werden wir weiterhin reguläre Arbeitseinheiten erstellen und freigeben, die CPU-Leistung verwenden. Dies wird helfen, die Arbeit in einem guten Tempo zu halten, und wird sicherstellen, dass jeder teilnehmen kann, der Rechenleistung beitragen möchte.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 1.682 Batches
    In Bearbeitung: 2.602 Batches (18.377.085 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 30.576 Batches (3.071 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 102 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 16 Tage*

    *Wir werden weitere Arbeitseinheiten erstellen, da noch mehr Arbeit für dieses Projekt zu erledigen ist.



    Smash Childhood Cancer - Originaltext - Diskussion

    Datenanalyse

    Das Forschungsteam analysiert weiterhin die Daten aus den vorherigen Batches der Arbeiten, die im World Community Grid durchgeführt wurden.

    Nachfolgend sind die wichtigsten Proteine aufgeführt, die bisher untersucht wurden und für die es neue Updates gibt. Jedes der aufgeführten Proteine ist an der Entstehung von mindestens einer Art von Krebs im Kindesalter beteiligt.

    • Beta-Catenin
      Das Forschungsteam hat beschlossen, weitere Tests mit drei Verbindungen durchzuführen, die sich als vielversprechend gegen das Beta-Catenin-Protein erwiesen haben.*

    • Osteopontin
      Die Tests mit mehreren Verbindungen, die gegen dieses Protein gerichtet sein könnten, werden fortgesetzt.*

    • PAX3:FOX01
      Die Forscher führen Labortests mit einer Verbindung durch, die möglicherweise gegen dieses Protein wirksam ist.

    *Das Testen von Verbindungen im Labor erfordert in der Regel mehrere Phasen, und jede Phase kann mindestens mehrere Monate dauern.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Projekt pausiert
    von Veröffentlicht: 28.02.2021 10:00
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Africa Rainfall Project - Originaltext - Diskussion

    Projekt-Update der Forscher

    Seht euch unbedingt dieses Update (engl., Übersetzung in den Neuigkeiten der Subprojekte im Dezember 2020) an, das uns das Forschungsteam im Dezember gegeben hat. Das Update enthält Informationen über die jüngste Präsentation des Forschungsleiters zum Projekt sowie über ihre Pläne für die riesigen Mengen an Speicherplatz, die für die Projektdaten benötigt werden.


    Bevorstehende Präsentation

    Camille Le Coz, ein Mitglied des Forschungsteams, wurde kürzlich als Vortragende bei der EGU General Assembly 2021, einer virtuellen Konferenz der Europäischen Geowissenschaftlichen Union, bestätigt. Die Konferenz ist derzeit für Ende April geplant.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    World Community Grid verschickt derzeit Generation 50. (Eine Generation ist eine Reihe von Arbeiten - in diesem Fall eine Reihe von Computersimulationen der Regenfälle in Afrika südlich der Sahara).



    Mapping Cancer Markers - Originaltext - Diskussion

    Forschungsbericht über Lungenkrebsmarker

    Das Forschungsteam beginnt mit der Fertigstellung eines Entwurfs ihres Forschungsberichts, und sie arbeiten weiterhin mit einigen ihrer Kollegen aus der klinischen Praxis daran.


    Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 654 Batches
    In Bearbeitung: 1.175 Batches (10.062.542 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 69.806 Batches (1.186 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 39,53 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 16,5 Tage



    Microbiome Immunity Project - Originaltext - Diskussion

    Forschungsberichte in Arbeit

    Das Gespräch in diesem Monat konzentrierte sich hauptsächlich auf drei Forschungsberichte, die sich in verschiedenen Stadien des Erstellungsprozesses befinden.

    • Forschungsbericht 1: Die Forscher analysieren mehrere Datensätze für diesen Forschungsbericht (mindestens drei).
    • Forschungsbericht 2: Die Forscher warten auf die Ergebnisse von 11 Datensätzen aus dem World Community Grid, um die Datenanalyse für diesen Forschungsbericht fortzusetzen.
    • Forschungsbericht 3: Dieser Forschungsbericht wurde zur Begutachtung bei einer wissenschaftlichen Zeitschrift eingereicht. (Seit Beginn der Pandemie dauert der Begutachtungsprozess etwas länger als normal).



    Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 6.595 Batches
    In Bearbeitung: 3.395 Batches (6.111.703 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 326.288 Batches (1.247 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 41,6 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 158,5 Tage



    OpenPandemics - Originaltext - Diskussion

    Ende 2020 gaben die Forscher bekannt, dass sie 70 Verbindungen (aus einer ursprünglichen Gruppe von ca. 20.000) ausgewählt hatten, die vielversprechend sein könnten, um als potenzielle Hemmstoffe für das Virus, das COVID-19 verursacht, untersucht zu werden.


    Erster Satz von Verbindungen wird im Labor getestet

    Aus der oben erwähnten Gruppe von 70 Verbindungen haben die Forscher vor kurzem die ersten 25 vielversprechenden Verbindungen bestellt und an ihre Laborkollegen geschickt, und die Labortests haben begonnen. Wir werden alle informieren, sobald wir einige Updates zu den biologischen Testergebnissen haben.


    OpenPandemics für GPU

    Der Prozess der Portierung des Codes der Forschungsanwendung auf GPU ist in vollem Gange, da wir sicherstellen möchten, dass die Arbeitseinheiten gut und sicher funktionieren, bevor sie an Freiwillige gesendet werden. Die Sicherheitsüberprüfung des Codes ist abgeschlossen.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 6.025 Batches
    In Bearbeitung: 2.528 Batches (17.384.490 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 30.576 Batches (3.098 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 103 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 58 Tage



    Smash Childhood Cancer - Originaltext - Diskussion

    Entscheidung über das nächste Ziel des Projekts

    Das Forschungsteam hat eine Liste weiterer potenzieller Ziele, die bei der Entstehung verschiedener Krebsarten im Kindesalter von Bedeutung sein könnten. Sie führen nun eine Überprüfung der vorhandenen Literatur über diese Ziele durch. Dies ist ein erster Schritt, um die ursprüngliche Liste einzugrenzen und den Forschern bei der Entscheidung zu helfen, worauf sie sich als nächstes konzentrieren wollen.


    Datenanalyse

    Das Forschungsteam analysiert weiterhin die Daten aus den vorherigen Batches der Arbeiten, die im World Community Grid durchgeführt wurden.

    Nachfolgend sind die wichtigsten Proteine aufgeführt, die bisher untersucht wurden und für die es neue Updates gibt. Jedes der aufgeführten Proteine ist an der Entstehung von mindestens einer Art von Krebs im Kindesalter beteiligt.

    • Beta-Catenin
      Ende letzten Jahres haben die Forscher eine Verbindung identifiziert, die gegen dieses Protein gerichtet sein könnte. Diese Verbindung wird jetzt getestet.

    • Osteopontin
      Die Erprobung mehrerer Verbindungen, die gegen dieses Protein gerichtet sein könnten, hat bereits begonnen.*

    • PAX3:FOX01
      Ende letzten Jahres haben die Forscher eine Verbindung identifiziert, die möglicherweise gegen dieses Protein wirkt, und die Labortests für diese Verbindung haben begonnen.

    *Das Testen von Verbindungen im Labor erfordert in der Regel mehrere Phasen, und jede Phase kann mindestens mehrere Monate dauern.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Projekt pausiert
    von Veröffentlicht: 30.12.2020 11:05
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Africa Rainfall Project - Originaltext - Diskussion

    Analyse der Ergebnisse

    Die Technische Universität Delft wird den Wissenschaftlern des Projekts etwa 340 Stunden Unterstützung bei der laufenden Datenorganisation geben. Die Forscher planen mit dieser Hilfe eine Struktur aufzubauen, mit der die enormen Datenmengen, die sie erhalten, leichter gescannt und gelesen werden können.


    Zwei kürzliche Präsentationen

    Der Hauptforscher des Projekts gab Anfang des Monats auf zwei virtuellen Konferenzen Präsentationen. Die Forscher bereiten auf der Grundlage dieser Materialien ein Projekt-Update für die Freiwilligen vor.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    World Community Grid verschickt derzeit die Generationen 39 und 40. (Eine Generation ist eine Reihe von Arbeiten - in diesem Fall eine Reihe von Computersimulationen der Regenfälle in Afrika südlich der Sahara).


    Das im zweiten Punkt angekündigte Projekt-Update (Originaltext, Diskussion):

    Status und Ergebnisse

    Das Africa Rainfall Project läuft gut. Etwa ein Viertel der geplanten Simulationen sind dank der vielen freiwilligen Helfer des World Community Grid abgeschlossen.

    Das bedeutet, dass wir bereits die ersten Ergebnisse betrachten können, die den größten Teil der Regenzeit in Westafrika abdecken. Diese Ergebnisse zeigen in der Tat den Beginn der Regenzeit, wenn die Monsunwinde Feuchtigkeit vom Golf von Guinea auf den Kontinent tragen, wo sie sich abregnet. Der größte Teil der Niederschläge fiel während Wärmegewittern, die sich schnell über relativ kleinen Gebieten entwickeln. Wegen dieser lokal begrenzten Natur der Niederschläge in Afrika ist das Africa Rainfall Project notwendig.

    Durch die Nutzung der Rechenleistung der Maschinen von Freiwilligen wird es möglich, diese regenerzeugenden Prozesse auf einer sehr feinen Skala heranzuzoomen und aufzulösen. Im feinsten Maßstab ist die Auflösung ein Gitter mit Zellen von einem mal einem Kilometer.


    Präsentation auf der Herbsttagung der Amerikanischen Geophysikalischen Union

    Jedes Jahr in der ersten Dezemberhälfte hält die Amerikanische Geophysikalische Union (AGU) ihre Herbsttagung ab. Normalerweise treffen sich mehr als 20.000 Wissenschaftler aus der ganzen Welt, um Ergebnisse auszutauschen und neue Pläne für das Jahr zu schmieden. Dieses Jahr hätte das Treffen in San Francisco stattfinden sollen, wurde aber wegen COVID-19 ins Internet verlegt.

    Bei dieser Gelegenheit wurde das Africa Rainfall Project den speziell an afrikanischem Wetter und Klima interessierten Wissenschaftlern in der Sitzung "Klimavariabilität und die afrikanische Umwelt, Wasserressourcen und Ernährungssicherheit" vorgestellt. Die Sitzung war lebhaft und gut besucht, mit interessanten Diskussionen im Anschluss an die kurzen Online-Präsentationen.

    Ein interessantes Ergebnis, das diskutiert wurde, betraf den optimalen Maßstab, in dem Wärmegewitter simuliert werden sollten. Einige argumentierten, dass eine Auflösung von drei Kilometern ausreichend sein könnte, während andere das feinere Ein-Kilometer-Gitter bevorzugten. Dies ist eine wichtige wissenschaftliche Frage, die das Projekt bald beantworten kann.


    Ausblick

    Das Africa Rainfall Project produziert viele Dateien mit Wettersimulationsergebnissen. Am Ende erwarten wir, dass wir fast vier Milliarden Dateien erhalten werden! Es ist nicht trivial, so viele Dateien zu speichern und zu organisieren, geschweige denn sie online zugänglich zu machen. Die produzierte Datenmenge beträgt etwa 0,5 Petabyte, oder, nostalgisch ausgedrückt, ein Stapel von über 370 Millionen 3,5-Zoll-Disketten. Dieser Stapel würde über 6.700 Tonnen wiegen und wäre über 1.200 km hoch.

    Mit Unterstützung von SURF, einem kooperativen Zusammenschluss niederländischer Bildungs- und Forschungseinrichtungen, und der Technischen Universität Delft werden die Dateien konsolidiert und effizient gespeichert. Der nächste Schritt wird die Entwicklung einer Webseite sein, auf der jeder ein Gebiet von Interesse auswählen kann, um die Ergebnisse des Africa Rainfall Project zu visualisieren. Diese wird voraussichtlich Anfang 2021 online gehen und allen Freiwilligen die Möglichkeit geben, sich die bisherigen Gesamtergebnisse anzuschauen.

    Vielen Dank an alle, die das Africa Rainfall Project unterstützen.



    Help Stop Tuberculosis - Originaltext - Diskussion

    Fortschritte beim bevorstehenden Forschungsbericht

    Die Forscher machen letzte Änderungen an einem Bericht über die Ergebnisse des Projekts, mit dem Ziel, den Bericht in den kommenden Wochen zur Begutachtung einzureichen.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    In Bearbeitung: 33 Batches (3.276 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 23.798 Batches (72 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 2,43 Batches pro Tag)

    Hinweis: Für dieses spezielle Projekt müssen die Forscher oft die Batches analysieren, die wir ihnen zurückschicken, bevor sie weitere Arbeitseinheiten erstellen können. Dies kann manchmal zu einer verzögerten Bereitstellung von Arbeitseinheiten führen.



    Mapping Cancer Markers - Originaltext - Diskussion

    Detailliertes Projektupdate von den Forschern

    Anfang des Monats haben wir ein Update direkt vom Forschungsteam veröffentlicht, das ihr hier (engl.) lesen könnt. In diesem Artikel erklärt das Team, wie eine relativ kleine Änderung des Codes eine große Auswirkung auf die Fähigkeit des Projekts haben könnte, Marker für verschiedene Arten von Sarkomen zu analysieren.


    Weitere Feinabstimmung der neuen Sarkom Arbeitseinheiten

    Das Forschungsteam hat die Analyse der Ergebnisse des Betatests für die neuen Sarkom-Arbeitseinheiten abgeschlossen. Sie fanden einige kleinere Unterschiede zwischen ihren eigenen Test-WUs und denen, die im World Community Grid ausgeführt wurden. Das World Community Grid Technikteam untersucht diese Unterschiede. Währenddessen wird viel Arbeit mit den bestehenden Sarkom-Arbeitseinheiten verfügbar sein.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 799 Batches
    In Bearbeitung: 1.066 Batches (64.982.542 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 68.465 Batches (1.007 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 33,6 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 23 Tage



    Microbiome Immunity Project - Originaltext - Diskussion

    Potenzielle neue Art von Arbeitseinheit

    Wie wir erstmals im Oktober-Update erwähnt haben, möchte das Forschungsteam Änderungen an den Arbeitseinheiten vornehmen, die sie beim World Community Grid einreichen. Diese Änderungen könnten ihre Forschung möglicherweise beschleunigen.

    Das technische Team von World Community Grid arbeitet mit den Forschern weiterhin an Folgendem:

    • Standardisierung der Länge der neuen Arbeitseinheiten
    • Entscheidung, ob sie mehr physischen Speicher als normal benötigen
    • Änderungen an den Bildschirmschonergrafiken vornehmen


    Wir werden weiterhin Informationen zur Verfügung stellen, während diese Arbeit voranschreitet.


    Neue Technologie angekündigt

    Vor ein paar Wochen nahmen die Forscher an der alle zwei Jahre stattfindenden Konferenz zur Vorhersage von Proteinstrukturen (CASP14) teil. In diesem Jahr hörten sie von einer brandneuen Technologie, die einen großen Einfluss auf das Problem der Proteinstrukturvorhersage und die Untersuchung von Proteinformen im Allgemeinen haben könnte. Es ist sehr aufregend, solche Fortschritte auf dem Gebiet zu sehen, von denen wir alle langfristig profitieren werden.

    In den kommenden Monaten werden die Forscher mehr über diese Technologie erfahren, ob und wie man sie einsetzen kann und wie rechnerisch machbar sie in dem Maßstab ist, an dem sie arbeiten. Sie werden uns wissen lassen, ob/wann das Microbiome Immunity Project sie einsetzen wird.


    Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 4.242 Batches
    In Bearbeitung: 4.864 Batches (5.865.035 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 321.694 Batches (2.476 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 82,5 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 51 Tage



    OpenPandemics - Originaltext - Diskussion

    Erster Satz von Wirkstoffen für Labortests bestellt

    Wie die Forscher in ihrem Projekt-Update Ende Oktober erwähnten, haben sie 70 Wirkstoffe für experimentelle Tests identifiziert. Bisher konnten sie eine Teilmenge dieser Wirkstoffe bestellen, die an die Laborkollegen verschickt wurden. Wir werden alle informieren, sobald der Testprozess im Labor beginnt.


    OpenPandemics für GPU

    Die Portierung von Code auf GPU ist ein langwieriger Prozess, da es eine Reihe von notwendigen Schritten gibt, um sicherzustellen, dass die Arbeitseinheiten gut und sicher funktionieren, bevor sie an Freiwillige gesendet werden.

    Der Code hat gerade eine IBM-Sicherheitsüberprüfung durchlaufen. Die Prüfer empfahlen ein paar kleinere Änderungen, die vom technischen Team des World Community Grid ausgewertet werden.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 11.090 Batches
    In Bearbeitung: 4.364 Batches (18.750.423 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 23.674 Batches (6.994 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 233 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 47 Tage



    Smash Childhood Cancer - Originaltext - Diskussion

    Projekt vorübergehend pausiert

    Alle Arbeitseinheiten für das EWSR1 wurden an die Freiwilligen verschickt und die meisten wurden zurückgeschickt. Wie wir im letzten Update erwähnt haben, wird das Projekt nun pausieren, während das Forschungsteam seine Entscheidung für ein anderes Protein abschließt und neue Arbeitseinheiten erstellt. Wir haben noch keinen Zeitplan für den Neustart, werden aber alle informieren, sobald wir mehr Informationen von den Forschern haben.


    Datenanalyse

    Während die Forscher über das nächste Ziel des Projekts entscheiden, analysieren sie weiterhin die Daten aus den vorherigen Batches.

    Weiter unten findet ihr die Schlüsselproteine, die bisher untersucht wurden, und eine kurze Beschreibung ihres aktuellen Status. Jedes dieser Proteine ist an der Entwicklung von mindestens einer Art von Krebs im Kindesalter beteiligt, und einige könnten auch bei Krebserkrankungen im Erwachsenenalter von Bedeutung sein.

    • Beta-Catenin
      Die Forscher haben einen Stoff identifiziert, der bei diesem Protein wirksam sein könnte, und planen weitere Tests.

    • LIN28B
      Noch auf der Suche nach Finanzierung für weitere Studien

    • Osteopontin
      Die Forscher haben mindestens einen Stoff identifiziert, der gegen dieses Protein wirksam sein könnte; sie werden in den nächsten Wochen mit den Tests beginnen*

    • PAX3:FOX01
      Die Forscher haben einen Stoff identifiziert, der gegen dieses Protein wirksam sein könnte; sie werden in den nächsten Wochen mit den Tests beginnen*

    • PRDM14
      Die Forscher haben eine Finanzierung erhalten, die ihnen zumindest bei einem Teil der Analyse dieses Proteins helfen sollte; sie haben mehrere Stoffe identifiziert, die gegen dieses Protein wirksam sein könnten, und haben mit dem Einkaufsprozess für einige dieser Stoffe begonnen**

    *Die Prüfung von Stoffen auf ihre Wirksamkeit im Labor erfordert im Allgemeinen mehrere Phasen, und jede Phase kann mindestens mehrere Monate dauern.

    **Die Bestellung von Stoffen für Labortests ist ein mehrstufiger Prozess, der mindestens mehrere Monate dauern kann, und dieser Prozess läuft für viele Forschungseinrichtungen aufgrund von COVID-19-Beschränkungen und Prioritäten langsamer.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Projekt pausiert
    von Veröffentlicht: 27.11.2020 15:45
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Africa Rainfall Project - Originaltext - Diskussion

    Analyse der Ergebnisse

    Im Update vom letzten Monat erwähnten wir eine Studentin, die einige Wochen lang mit den Forschern zusammenarbeitete, um bei der Datenanalyse zu helfen. Die Studentin hat nun ihr Praktikum abgeschlossen, und die Forscher werden ihre Arbeit in den kommenden Wochen weiter überprüfen. Sie werden die Ergebnisse der Analyse mitteilen, sobald diese abgeschlossen ist.


    Bevorstehende Konferenzen

    Der Forschungsleiter des Projekts, Professor Nick van de Giesen, wird noch vor Ende 2020 an zwei virtuellen Konferenzen teilnehmen und Präsentationen halten. Eine Präsentation wird auf der Herbsttagung der American Geophysical Union gehalten, die zweite für die Norwegische Meteorologische Gesellschaft. Beide Präsentationen werden sich um das Africa Rainfall Project drehen.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    World Community Grid verschickt derzeit die Generationen 35 und 36. (Eine Generation ist eine Reihe von Arbeiten - in diesem Fall eine Reihe von Computersimulationen der Regenfälle in Afrika südlich der Sahara).



    Help Stop Tuberculosis - Originaltext - Diskussion

    Bevorstehender Forschungsbericht

    Eines der früheren Mitglieder des Forschungsteams, Dr. Athina Meletiou, fertigte vor dem Wechsel an eines neues Institut einen Entwurf eines Forschungsberichts über die Ergebnisse des Projekts an. Die Forschungsleiterin, Dr. Anna Croft, und das neueste ständige Teammitglied, Dr. Marko Hanževački, überprüfen diesen Entwurf und werden bei Bedarf Aktualisierungen vornehmen. Wir werden alle wissen lassen, sobald sie fertig sind und die Arbeit bei akademischen Zeitschriften zur Begutachtung und Veröffentlichung einreichen.


    Willkommen, Connor

    Im letzten Monat haben wir erwähnt, dass ein neuer Student für ein achtwöchiges Praktikum Teil des Forschungsteams sein wird, und er war diesen Monat beim Gespräch mit den Forschern dabei.

    Connor McGee ist Doktorand im Doktorandenausbildungsprogramm für Biowissenschaften an der Universität von Nottingham. Für eine seiner Projektpraktika hat er sich dem Croft Forschungsteam unter der Leitung von Anna Croft und Christof Jager angeschlossen, das die strukturellen Eigenschaften von Mykolsäuren in der Tuberkulosezellwand untersucht.

    Zuvor schloss Connor seinen Master of Science in Psychologie ab, wobei er sich auf die mathematische Modellierung von neuronalen und glialen Systemen konzentrierte. Sein primäres Forschungsinteresse gilt der Anwendung von Computermethoden zur Untersuchung von Struktur-Funktions-Beziehungen in einer Reihe von biologischen Themen, einschließlich Neurowissenschaften, Zellbiologie und molekularen Systemen. Er interessiert sich auch für die Methodenentwicklung sowohl in der Datenanalyse als auch in der mathematischen Modellierung.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    In Bearbeitung: 34 Batches (3.369 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 23.660 Batches (74 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 2,67 Batches pro Tag)

    Hinweis: Für dieses spezielle Projekt müssen die Forscher oft die Batches analysieren, die wir ihnen zurückschicken, bevor sie weitere Arbeitseinheiten erstellen können. Dies kann manchmal zu einer verzögerten Bereitstellung von Arbeitseinheiten führen.



    Mapping Cancer Markers - Originaltext - Diskussion

    Untersuchung der Ergebnisse von Betatests an neuen Sarkom-Arbeitseinheiten

    Das Forschungsteam hat die Analyse der Ergebnisse der Betatests abgeschlossen. Sie haben das World Community Grid Team gebeten, zusätzliche Tests durchzuführen, um die Ergebnisse des Betatests zu bestätigen. Wenn dafür ein zusätzlicher Betatest nötig ist, werden wir es allen mitteilen, so dass die Freiwilligen sicherstellen können, dass sie sich dafür angemeldet haben.


    Lungenkrebs Forschungsbericht

    Die Forscher arbeiten seit einiger Zeit an einem Bericht über ihre Lungenkrebsbefunde. Dazu gehörte auch die Zusammenarbeit mit ihren Kollegen, die im klinischen Bereich arbeiten, um den Bericht mit Inhalt zu füllen. Sie stehen nun kurz vor der Fertigstellung des endgültigen Entwurfs und planen, den Bericht in den nächsten Wochen bei Fachzeitschriften einzureichen, damit er zur Veröffentlichung in Betracht gezogen werden kann.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 872 Batches
    In Bearbeitung: 1.066 Batches (64.982.542 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 67.506 Batches (908 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 30,3 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 28 Tage



    Microbiome Immunity Project - Originaltext - Diskussion

    Potenzielle neue Art von Arbeitseinheiten

    Wie wir bereits im Update letzten Monat erwähnt haben, möchte das Forschungsteam Änderungen an den Arbeitseinheiten vornehmen, die sie beim World Community Grid einreichen. Diese Änderungen könnten ihre Forschung möglicherweise beschleunigen.

    Das technische Team von World Community Grid hat den ersten Satz dieser neuen Arbeitseinheiten getestet. Zurzeit arbeiten sie mit den Forschern an Folgendem:

    • Standardisierung der Länge der neuen Arbeitseinheiten
    • Entscheidung, ob sie mehr physischen Speicher als normal benötigen
    • Änderungen an den Bildschirmschonergrafiken vornehmen


    Zu diesem Zeitpunkt ist das technische Team der Ansicht, dass die für die neuen Arbeitseinheiten erforderlichen Codeänderungen keine gesonderte Sicherheitsüberprüfung erfordern werden. (Wir werden alle wissen lassen, wenn sich dies ändert).

    Wir werden weiterhin Informationen zur Verfügung stellen, während diese Arbeit voranschreitet. In der Zwischenzeit gibt es mit der derzeitigen Art von Arbeitseinheiten noch viel Forschungsarbeit zu leisten.


    Laufende Forschungsberichte

    Das Forschungsteam setzt seine Arbeit an drei Forschungsberichten fort, die sich auf die von World Community Grid verarbeiteten Daten beziehen. Ein Forschungsberichte wurde im Oktober bei einer Zeitschrift zur Begutachtung eingereicht und wird noch geprüft. Die übrigen beiden Forschungsberichte befinden sich in der Phase der Datenanalyse, die voraussichtlich noch einige Monate dauern wird.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 713 Batches
    In Bearbeitung: 4.970 Batches (7.006.135 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 317.650 Batches (1.959 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 65 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 10 Tage (die Forscher erstellen weitere Arbeitseinheiten und wir rechnen nicht mit einer Arbeitspause)



    OpenPandemics - Originaltext - Diskussion

    Bestellung von Wirkstoffen für Labortests

    Wie die Forscher in ihrem Projekt-Update vor einigen Wochen erwähnten, haben sie 70 Wirkstoffe identifiziert, die von ihren Labormitarbeitern experimentell getestet werden sollen. Sie arbeiten mit einem Chemikalienhändler namens Enamine zusammen, um diese Wirkstoffe zu bestellen. (Dies ist ein Prozess, der manchmal einige Monate dauern kann.) Sobald die Wirkstoffe eingegangen sind und die Labortests beginnen, werden wir allen Bescheid geben.


    OpenPandemics für GPU

    Arbeitseinheiten für GPU haben technische Überprüfungen und eine Open Source Überprüfung durchlaufen und werden nun einer Sicherheitsüberprüfung unterzogen. Die Portierung von Code auf GPU ist ein langwieriger Prozess, aber all diese Schritte sind notwendig, um sicherzustellen, dass alles gut und sicher funktioniert, bevor Arbeitseinheiten an Freiwillige geschickt werden.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 7.304 Batches
    In Bearbeitung: 3.937 Batches (15.329.9549 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 15.737 Batches (3.598 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 119,9 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 60,9 Tage



    Smash Childhood Cancer - Originaltext - Diskussion

    Nahe Vollendung des aktuellen Ziels im World Community Grid

    Die aktuelle Arbeitsrunde am World Community Grid konzentriert sich auf ein Gen namens EWSR1. Dieses Gen ist von Bedeutung für die Entwicklung des Ewing-Sarkoms, einer seltenen Krebserkrankung im Kindesalter, die normalerweise in einem Knochen oder im Weichgewebe um einen Knochen herum beginnt und sich auf die Lunge oder andere Knochen ausbreiten kann.

    Die Arbeiten wurden schneller abgeschlossen, als wir ursprünglich dachten (siehe unten für den neuesten geschätzten Vorrat). Wir gehen jetzt davon aus, dass die derzeit zum Herunterladen verfügbaren Arbeiten in den nächsten Tagen an die Freiwilligen verschickt werden und die Bearbeitung bis zu zwei Wochen dauern wird.

    Sobald alle Arbeitseinheiten für EWSR1 fertiggestellt sind, wird das Projekt pausieren, während das Forschungsteam seine Entscheidung über ein weiteres neues Ziel abschließt und neue Arbeitseinheiten aufbaut. Wir haben noch keinen Zeitplan für den Neustart, aber wir werden es alle wissen lassen, sobald wir mehr Informationen von den Forschern haben.

    Vielen Dank an alle, die Rechenleistung für die Berechnungen zum Verständnis des EWSR1 Gens beigetragen haben.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 2 Batches
    In Bearbeitung: 100 Batches (10.000.000 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 3.967 Batches (41 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 1,36 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 2-3 Tage (Stand: 19. November)
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