• Dennis-TW

    von Veröffentlicht: 30.04.2021 18:35
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Africa Rainfall Project - Originaltext - Diskussion

    Präsentationen

    Im März hielt Professor Nick van de Giesen (der Leiter des Projekts) eine Präsentation über das Projekt vor einer Gruppe von IBM-Mitarbeitern. Viele der Informationen, die er präsentierte, könnt ihr in ihrem jüngsten Projekt-Update (engl.) nachlesen.

    Camille Le Coz, Mitglied des Forschungsteams, wird auf der EGU General Assembly 2021, einer virtuellen Konferenz der European Geosciences Union, einen Vortrag halten. Die Konferenz ist für Ende April geplant.


    Speicherung und gemeinsame Nutzung von Daten

    Die Forscher arbeiten weiter daran, die Daten in ein Format zu bringen, das leicht mit anderen Wissenschaftlern und der Öffentlichkeit geteilt werden kann. Um dies zu erleichtern, hoffen sie, in einigen Monaten eine erste Version einer Webschnittstelle fertig zu haben.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    World Community Grid verschickt derzeit Generation 59. (Eine Generation ist eine Reihe von Arbeitseinheiten - in diesem Fall eine Reihe von Computersimulationen von Regenfällen in Afrika südlich der Sahara.)



    Help Stop Tuberculosis - Originaltext - Diskussion

    Neues festes Teammitglied

    Ende letzten Jahres absolvierte der Doktorand Connor McGee ein achtwöchiges Praktikum in unserem Forschungsteam. Wir freuen uns, bekannt geben zu können, dass Connor nun dem Team in Vollzeit beigetreten ist! Wir werden die Details seiner Rolle in das nächste Projektupdate der Forscher aufnehmen.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    In Bearbeitung: 27 Batches (2.700 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 24.060 Batches (60 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 2,0 Batches pro Tag)

    Hinweis: Für dieses spezielle Projekt müssen die Forscher oft die Batches analysieren, die wir ihnen zurückschicken, bevor sie weitere Arbeitseinheiten erstellen können. Dies kann manchmal zu einer verzögerten Bereitstellung von Arbeitseinheiten führen.



    Mapping Cancer Markers - Originaltext - Diskussion

    Forschungsbericht über Lungenkrebsmarker

    Das Forschungsteam arbeitet weiterhin mit einigen ihrer Kollegen aus der klinischen Praxis an diesem Forschungsbericht zusammen. Sie warten auf zusätzliches Feedback und Daten von einigen ihrer Mitarbeiter.


    Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 772 Batches
    In Bearbeitung: 1.223 Batches (10.624.703 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 73.550 Batches (1.232 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 41 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 18,8 Tage



    Microbiome Immunity Project - Originaltext - Diskussion

    In Arbeit befindliche Berichte (einschließlich einem, der bald veröffentlicht wird)

    Seit vielen Monaten arbeiten die Forscher hart an drei Berichten über das Projekt. Sie analysieren weiterhin Daten für zwei der Berichte, aber der dritte wurde kürzlich zur Veröffentlichung angenommen. Wir werden alle informieren, sobald der Bericht online ist.


    Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 4.282 Batches
    In Bearbeitung: 3.263 Batches (6.050.867 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 328.609 Batches (1.285 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 42,83 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 100 Tage



    Smash Childhood Cancer - Originaltext - Diskussion

    Fortlaufende Datenanalyse

    Seit Anfang des Jahres analysieren die Forscher die Daten aus den Arbeiten am World Community Grid.

    Nachfolgend sind die Schlüsselproteine aufgeführt, für die wir neue Updates haben. Jedes dieser Proteine ist an der Entwicklung von mindestens einer Art von Krebs im Kindesalter beteiligt.

    • Osteopontin
      Die ersten Ergebnisse der Forscher für mehrere Verbindungen, die auf dieses Protein abzielen könnten, sind vielversprechend. Das Labor, das die Tests durchführt, wird mit einem Biochemiker zusammenarbeiten, um weitere Untersuchungen durchzuführen.*

    • PRDM14
      Die Forscher haben eine Liste von mehr als einem Dutzend Verbindungen, die sie gegen dieses Protein testen wollen. Sie sind dabei, den Einkaufsprozess zu durchlaufen, und arbeiten auch daran, die Hilfe eines medizinischen Chemikers für diese Tests zu bekommen.*

    • TrkB (NTRK2)
      Die Forscher arbeiten daran, eine Finanzierung für die weitere Untersuchung dieses Proteins zu erhalten.

    *Das Testen von Verbindungen im Labor erfordert in der Regel mehrere Phasen, und jede Phase kann mindestens mehrere Monate dauern.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Pausiert
    von Veröffentlicht: 07.04.2021 09:00
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    OpenPandemics - COVID-19 läuft jetzt auf Maschinen mit Grafikprozessoren

    Zusammenfassung

    Die Software für OpenPandemics - COVID-19 wurde angepasst, um die Leistung von Grafikprozessoren zu nutzen. Dies wird den Forschern nicht nur helfen, mehr Moleküle zu screenen, sondern könnte ihnen auch helfen, komplexere Moleküle zu untersuchen.

    Mehrere Monate lang haben die Forscher von OpenPandemics - COVID-19 im Forli Lab bei Scripps Research und das technische Team von World Community Grid hinter den Kulissen daran gearbeitet, AutoDock 4, die Software, die das Projekt nutzt, für die Verwendung auf Geräten mit Grafikprozessoren (GPUs) anzupassen.

    Während der Beta-Tests haben wir festgestellt, dass die Arbeitseinheiten, die auf den GPUs der Freiwilligen liefen, im Durchschnitt 500 Mal schneller abgeschlossen wurden (GPU-Zeit im Vergleich zur CPU-Zeit) als die gleiche Menge an Arbeit, wenn sie mit der CPU-Version von AutoDock ausgeführt wurde.

    Was ist eine GPU?

    Eine Grafikverarbeitungseinheit (GPU) ist ein anderer Name für die Grafikkarte in einem Computer, die ursprünglich für die Anzeige von Text und Bildern auf einem Monitor verwendet wurde. Mit der Weiterentwicklung der GPUs wurde eine enorme Menge an paralleler Verarbeitungsleistung erreicht. Ursprünglich war dies ein Nebenprodukt der Beschleunigung spezieller grafikbezogener Berechnungen, aber schließlich erweiterten die Hersteller diese Fähigkeiten, um Berechnungen für allgemeine Zwecke zu ermöglichen. Infolgedessen können moderne GPUs bestimmte Arten von Berechnungen deutlich schneller durchführen als die zentralen Recheneinheiten (CPUs), die die gesamte Arbeit in einem Computer orchestrieren. Um einen Grafikprozessor für wissenschaftliche Berechnungen zu nutzen, müssen die Anwendungen jedoch so modifiziert werden, dass sie ein hohes Maß an Parallelität nutzen können, um die Rechenfähigkeiten des Grafikprozessors effizient zu nutzen.

    Wenn ein Freiwilliger OpenPandemics - COVID-19 auf einem Gerät ausführt, das über einen geeigneten Grafikprozessor verfügt, und seine Einstellungen entsprechend anpasst, kann dieses Gerät Arbeitseinheiten viel schneller abschließen als ein Gerät, das nur eine CPU verwendet.

    Warum ist es wichtig, die Geschwindigkeit dieses Projekts zu erhöhen?

    AutoDock-GPU (AD-GPU) könnte die Chancen des Projekts, ein Molekül mit antiviralen Eigenschaften zu finden, noch weiter erhöhen.

    Im Vergleich zu AutoDock 4 (der aktuellen Version der Software, die für OpenPandemics - COVID-19 verwendet wird) ist AD-GPU viel schneller, was der bereits erstaunlichen Rate an angedockten Ergebnissen einen schönen Schub geben wird.

    Darüber hinaus verfügt AD-GPU über einen verbesserten Suchalgorithmus, der eine größere Wahrscheinlichkeit aufweist, starke Wechselwirkungen zwischen den Molekülen und den viralen Proteinen zu finden, und der gut geeignet ist, größere oder komplexere Moleküle anzudocken. Das bedeutet, dass die Forscher mit AD-GPU nicht nur mehr Moleküle screenen können, sondern auch die Suche nach komplexeren Molekülen ermöglichen.



    Vergleich von OpenPandemics GPU zu CPU für die ursprünglich auf CPU ausgelegten Batches 30010-30019, die während des Beta-Tests ausgeführt wurden. Die durchschnittlichen Tage bis zur Fertigstellung eines gesamten Batches (blaue Balken) sind mit den durchschnittlichen Punkten pro Batch (orangefarbene Balken) dargestellt. Die durchschnittliche Gesamtbeschleunigung betrug das 334-fache (das maximal beobachtete Ergebnis war das 516-fache). Die durchschnittlichen Gesamtpunkte pro Batch zeigen eine 1,6-fache Steigerung der algorithmischen Effizienz der GPU. Diese gesteigerte Effizienz wird in GPU-gezielten Paketen genutzt und führt zu viel höheren Punkten pro GPU-Batch.

    Mehr Moleküle, komplexere Moleküle, und das in kürzerer Zeit... das alles ist entscheidend, um mögliche Behandlungen für ein Virus zu finden, das sich nicht nur in den meisten Teilen der Welt immer noch ausbreitet, sondern auch weiter mutiert.

    Sind also auch Geräte ohne GPUs für dieses Projekt wichtig?

    Ja! Derzeit kommen nur etwa 20 Prozent der Leistung des World Community Grid von Geräten mit GPU, daher ist die Teilnahme von jedem CPU-fähigen Computer, Android-Gerät und Raspberry Pi weiterhin entscheidend.

    Vielen Dank an alle, die OpenPandemics - COVID-19 unterstützen!

    Um mehr über GPU-Leistung für dieses Projekt zu erfahren - einschließlich der Frage, wie ihr GPU-fähige Geräte zur Teilnahme befähigt - besucht unsere GPU FAQs.
    06.04.2021

    Originaltext
    von Veröffentlicht: 29.03.2021 20:30
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Africa Rainfall Project - Originaltext - Diskussion

    Bevorstehende Präsentationen

    Wie wir im Update des letzten Monats erwähnt haben, wurde das Mitglied des Forschungsteams, Camille Le Coz, kürzlich als Vortragende bei der EGU General Assembly 2021, einer virtuellen Konferenz der Europäischen Geowissenschaftlichen Union, bestätigt. Die Konferenz ist derzeit für Ende April geplant.

    Darüber hinaus wird der Leiter des Projekts, Professor Nick van de Giesen, am 11. März auf einer IBM-Veranstaltung einen Vortrag über das Projekt halten.


    Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

    World Community Grid verschickt derzeit Generation 54. (Eine Generation ist eine Reihe von Arbeitseinheiten - in diesem Fall eine Reihe von Computersimulationen von Regenfällen in Afrika südlich der Sahara.)



    Mapping Cancer Markers - Originaltext - Diskussion

    Forschungsbericht über Lungenkrebsmarker

    Ein Entwurf des Forschungsberichts wird gerade fertiggestellt. Das Forschungsteam wartet auf zusätzliche Daten von einem Partner, um fortfahren zu können.


    Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 606 Batches
    In Bearbeitung: 1.109 Batches (10.492.542 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 70.937 Batches (1.220 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 40,66 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 14,9 Tage



    Microbiome Immunity Project - Originaltext - Diskussion

    Winter RosettaCon 2021

    Dr. Julia Koehler Leman, ein Mitglied des Forschungsteams, wird auf der Winter RosettaCon 2021, einer virtuellen Konferenz für Benutzer der Rosetta-Software, über das Projekt sprechen. (Das für die molekulare Modellierung entwickelte Rosetta wird vom Forschungsteam des Microbiome Immunity Project verwendet, um die Proteine zu untersuchen, die von den Bakterien im menschlichen Darmmikrobiom produziert werden.)


    In Arbeit befindliche Berichte

    Die Forscher arbeiten gleichzeitig an drei Berichten, die sich in verschiedenen Stadien des Erstellungsprozesses befinden. Einer der Berichte wurde bereits bei einer akademischen Zeitschrift zur Begutachtung eingereicht, und die Forscher analysieren die Datensätze für die beiden anderen.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 5.759 Batches
    In Bearbeitung: 3.352 Batches (5.852.847 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 327.167 Batches (1.237 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 41,23 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 139 Tage



    OpenPandemics - Originaltext - Diskussion

    Beta-Tests für GPU-Arbeitseinheiten

    Wir führen derzeit Beta-Tests für GPU-Arbeitseinheiten durch. (Beta-Tests sind in der Regel der letzte Schritt, bevor ein Programm oder Produkt für die breite Öffentlichkeit freigegeben wird.) Bislang hat das technische Team von World Community Grid vier Runden dieser Tests abgeschlossen und kürzlich eine fünfte Runde gestartet, über die ihr in unserem Forum lesen könnt (engl.).

    Jede Testrunde hilft, Fehler zu identifizieren, die dann vor der Veröffentlichung der endgültigen Version behoben werden. Wir sind sehr dankbar für alle Freiwilligen, die sich an diesen Tests beteiligen, indem sie ihre GPU-Leistung spenden und ihre Ergebnisse dokumentieren.

    Auch nachdem die GPU-Arbeitseinheiten für alle Freiwilligen mit Geräten mit GPU freigegeben sind, werden wir weiterhin reguläre Arbeitseinheiten erstellen und freigeben, die CPU-Leistung verwenden. Dies wird helfen, die Arbeit in einem guten Tempo zu halten, und wird sicherstellen, dass jeder teilnehmen kann, der Rechenleistung beitragen möchte.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 1.682 Batches
    In Bearbeitung: 2.602 Batches (18.377.085 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 30.576 Batches (3.071 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 102 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 16 Tage*

    *Wir werden weitere Arbeitseinheiten erstellen, da noch mehr Arbeit für dieses Projekt zu erledigen ist.



    Smash Childhood Cancer - Originaltext - Diskussion

    Datenanalyse

    Das Forschungsteam analysiert weiterhin die Daten aus den vorherigen Batches der Arbeiten, die im World Community Grid durchgeführt wurden.

    Nachfolgend sind die wichtigsten Proteine aufgeführt, die bisher untersucht wurden und für die es neue Updates gibt. Jedes der aufgeführten Proteine ist an der Entstehung von mindestens einer Art von Krebs im Kindesalter beteiligt.

    • Beta-Catenin
      Das Forschungsteam hat beschlossen, weitere Tests mit drei Verbindungen durchzuführen, die sich als vielversprechend gegen das Beta-Catenin-Protein erwiesen haben.*

    • Osteopontin
      Die Tests mit mehreren Verbindungen, die gegen dieses Protein gerichtet sein könnten, werden fortgesetzt.*

    • PAX3:FOX01
      Die Forscher führen Labortests mit einer Verbindung durch, die möglicherweise gegen dieses Protein wirksam ist.

    *Das Testen von Verbindungen im Labor erfordert in der Regel mehrere Phasen, und jede Phase kann mindestens mehrere Monate dauern.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Projekt pausiert
    von Veröffentlicht: 28.02.2021 10:00
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Africa Rainfall Project - Originaltext - Diskussion

    Projekt-Update der Forscher

    Seht euch unbedingt dieses Update (engl., Übersetzung in den Neuigkeiten der Subprojekte im Dezember 2020) an, das uns das Forschungsteam im Dezember gegeben hat. Das Update enthält Informationen über die jüngste Präsentation des Forschungsleiters zum Projekt sowie über ihre Pläne für die riesigen Mengen an Speicherplatz, die für die Projektdaten benötigt werden.


    Bevorstehende Präsentation

    Camille Le Coz, ein Mitglied des Forschungsteams, wurde kürzlich als Vortragende bei der EGU General Assembly 2021, einer virtuellen Konferenz der Europäischen Geowissenschaftlichen Union, bestätigt. Die Konferenz ist derzeit für Ende April geplant.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    World Community Grid verschickt derzeit Generation 50. (Eine Generation ist eine Reihe von Arbeiten - in diesem Fall eine Reihe von Computersimulationen der Regenfälle in Afrika südlich der Sahara).



    Mapping Cancer Markers - Originaltext - Diskussion

    Forschungsbericht über Lungenkrebsmarker

    Das Forschungsteam beginnt mit der Fertigstellung eines Entwurfs ihres Forschungsberichts, und sie arbeiten weiterhin mit einigen ihrer Kollegen aus der klinischen Praxis daran.


    Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 654 Batches
    In Bearbeitung: 1.175 Batches (10.062.542 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 69.806 Batches (1.186 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 39,53 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 16,5 Tage



    Microbiome Immunity Project - Originaltext - Diskussion

    Forschungsberichte in Arbeit

    Das Gespräch in diesem Monat konzentrierte sich hauptsächlich auf drei Forschungsberichte, die sich in verschiedenen Stadien des Erstellungsprozesses befinden.

    • Forschungsbericht 1: Die Forscher analysieren mehrere Datensätze für diesen Forschungsbericht (mindestens drei).
    • Forschungsbericht 2: Die Forscher warten auf die Ergebnisse von 11 Datensätzen aus dem World Community Grid, um die Datenanalyse für diesen Forschungsbericht fortzusetzen.
    • Forschungsbericht 3: Dieser Forschungsbericht wurde zur Begutachtung bei einer wissenschaftlichen Zeitschrift eingereicht. (Seit Beginn der Pandemie dauert der Begutachtungsprozess etwas länger als normal).



    Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 6.595 Batches
    In Bearbeitung: 3.395 Batches (6.111.703 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 326.288 Batches (1.247 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 41,6 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 158,5 Tage



    OpenPandemics - Originaltext - Diskussion

    Ende 2020 gaben die Forscher bekannt, dass sie 70 Verbindungen (aus einer ursprünglichen Gruppe von ca. 20.000) ausgewählt hatten, die vielversprechend sein könnten, um als potenzielle Hemmstoffe für das Virus, das COVID-19 verursacht, untersucht zu werden.


    Erster Satz von Verbindungen wird im Labor getestet

    Aus der oben erwähnten Gruppe von 70 Verbindungen haben die Forscher vor kurzem die ersten 25 vielversprechenden Verbindungen bestellt und an ihre Laborkollegen geschickt, und die Labortests haben begonnen. Wir werden alle informieren, sobald wir einige Updates zu den biologischen Testergebnissen haben.


    OpenPandemics für GPU

    Der Prozess der Portierung des Codes der Forschungsanwendung auf GPU ist in vollem Gange, da wir sicherstellen möchten, dass die Arbeitseinheiten gut und sicher funktionieren, bevor sie an Freiwillige gesendet werden. Die Sicherheitsüberprüfung des Codes ist abgeschlossen.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 6.025 Batches
    In Bearbeitung: 2.528 Batches (17.384.490 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 30.576 Batches (3.098 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 103 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 58 Tage



    Smash Childhood Cancer - Originaltext - Diskussion

    Entscheidung über das nächste Ziel des Projekts

    Das Forschungsteam hat eine Liste weiterer potenzieller Ziele, die bei der Entstehung verschiedener Krebsarten im Kindesalter von Bedeutung sein könnten. Sie führen nun eine Überprüfung der vorhandenen Literatur über diese Ziele durch. Dies ist ein erster Schritt, um die ursprüngliche Liste einzugrenzen und den Forschern bei der Entscheidung zu helfen, worauf sie sich als nächstes konzentrieren wollen.


    Datenanalyse

    Das Forschungsteam analysiert weiterhin die Daten aus den vorherigen Batches der Arbeiten, die im World Community Grid durchgeführt wurden.

    Nachfolgend sind die wichtigsten Proteine aufgeführt, die bisher untersucht wurden und für die es neue Updates gibt. Jedes der aufgeführten Proteine ist an der Entstehung von mindestens einer Art von Krebs im Kindesalter beteiligt.

    • Beta-Catenin
      Ende letzten Jahres haben die Forscher eine Verbindung identifiziert, die gegen dieses Protein gerichtet sein könnte. Diese Verbindung wird jetzt getestet.

    • Osteopontin
      Die Erprobung mehrerer Verbindungen, die gegen dieses Protein gerichtet sein könnten, hat bereits begonnen.*

    • PAX3:FOX01
      Ende letzten Jahres haben die Forscher eine Verbindung identifiziert, die möglicherweise gegen dieses Protein wirkt, und die Labortests für diese Verbindung haben begonnen.

    *Das Testen von Verbindungen im Labor erfordert in der Regel mehrere Phasen, und jede Phase kann mindestens mehrere Monate dauern.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Projekt pausiert
    von Veröffentlicht: 30.12.2020 11:05
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Africa Rainfall Project - Originaltext - Diskussion

    Analyse der Ergebnisse

    Die Technische Universität Delft wird den Wissenschaftlern des Projekts etwa 340 Stunden Unterstützung bei der laufenden Datenorganisation geben. Die Forscher planen mit dieser Hilfe eine Struktur aufzubauen, mit der die enormen Datenmengen, die sie erhalten, leichter gescannt und gelesen werden können.


    Zwei kürzliche Präsentationen

    Der Hauptforscher des Projekts gab Anfang des Monats auf zwei virtuellen Konferenzen Präsentationen. Die Forscher bereiten auf der Grundlage dieser Materialien ein Projekt-Update für die Freiwilligen vor.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    World Community Grid verschickt derzeit die Generationen 39 und 40. (Eine Generation ist eine Reihe von Arbeiten - in diesem Fall eine Reihe von Computersimulationen der Regenfälle in Afrika südlich der Sahara).


    Das im zweiten Punkt angekündigte Projekt-Update (Originaltext, Diskussion):

    Status und Ergebnisse

    Das Africa Rainfall Project läuft gut. Etwa ein Viertel der geplanten Simulationen sind dank der vielen freiwilligen Helfer des World Community Grid abgeschlossen.

    Das bedeutet, dass wir bereits die ersten Ergebnisse betrachten können, die den größten Teil der Regenzeit in Westafrika abdecken. Diese Ergebnisse zeigen in der Tat den Beginn der Regenzeit, wenn die Monsunwinde Feuchtigkeit vom Golf von Guinea auf den Kontinent tragen, wo sie sich abregnet. Der größte Teil der Niederschläge fiel während Wärmegewittern, die sich schnell über relativ kleinen Gebieten entwickeln. Wegen dieser lokal begrenzten Natur der Niederschläge in Afrika ist das Africa Rainfall Project notwendig.

    Durch die Nutzung der Rechenleistung der Maschinen von Freiwilligen wird es möglich, diese regenerzeugenden Prozesse auf einer sehr feinen Skala heranzuzoomen und aufzulösen. Im feinsten Maßstab ist die Auflösung ein Gitter mit Zellen von einem mal einem Kilometer.


    Präsentation auf der Herbsttagung der Amerikanischen Geophysikalischen Union

    Jedes Jahr in der ersten Dezemberhälfte hält die Amerikanische Geophysikalische Union (AGU) ihre Herbsttagung ab. Normalerweise treffen sich mehr als 20.000 Wissenschaftler aus der ganzen Welt, um Ergebnisse auszutauschen und neue Pläne für das Jahr zu schmieden. Dieses Jahr hätte das Treffen in San Francisco stattfinden sollen, wurde aber wegen COVID-19 ins Internet verlegt.

    Bei dieser Gelegenheit wurde das Africa Rainfall Project den speziell an afrikanischem Wetter und Klima interessierten Wissenschaftlern in der Sitzung "Klimavariabilität und die afrikanische Umwelt, Wasserressourcen und Ernährungssicherheit" vorgestellt. Die Sitzung war lebhaft und gut besucht, mit interessanten Diskussionen im Anschluss an die kurzen Online-Präsentationen.

    Ein interessantes Ergebnis, das diskutiert wurde, betraf den optimalen Maßstab, in dem Wärmegewitter simuliert werden sollten. Einige argumentierten, dass eine Auflösung von drei Kilometern ausreichend sein könnte, während andere das feinere Ein-Kilometer-Gitter bevorzugten. Dies ist eine wichtige wissenschaftliche Frage, die das Projekt bald beantworten kann.


    Ausblick

    Das Africa Rainfall Project produziert viele Dateien mit Wettersimulationsergebnissen. Am Ende erwarten wir, dass wir fast vier Milliarden Dateien erhalten werden! Es ist nicht trivial, so viele Dateien zu speichern und zu organisieren, geschweige denn sie online zugänglich zu machen. Die produzierte Datenmenge beträgt etwa 0,5 Petabyte, oder, nostalgisch ausgedrückt, ein Stapel von über 370 Millionen 3,5-Zoll-Disketten. Dieser Stapel würde über 6.700 Tonnen wiegen und wäre über 1.200 km hoch.

    Mit Unterstützung von SURF, einem kooperativen Zusammenschluss niederländischer Bildungs- und Forschungseinrichtungen, und der Technischen Universität Delft werden die Dateien konsolidiert und effizient gespeichert. Der nächste Schritt wird die Entwicklung einer Webseite sein, auf der jeder ein Gebiet von Interesse auswählen kann, um die Ergebnisse des Africa Rainfall Project zu visualisieren. Diese wird voraussichtlich Anfang 2021 online gehen und allen Freiwilligen die Möglichkeit geben, sich die bisherigen Gesamtergebnisse anzuschauen.

    Vielen Dank an alle, die das Africa Rainfall Project unterstützen.



    Help Stop Tuberculosis - Originaltext - Diskussion

    Fortschritte beim bevorstehenden Forschungsbericht

    Die Forscher machen letzte Änderungen an einem Bericht über die Ergebnisse des Projekts, mit dem Ziel, den Bericht in den kommenden Wochen zur Begutachtung einzureichen.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    In Bearbeitung: 33 Batches (3.276 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 23.798 Batches (72 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 2,43 Batches pro Tag)

    Hinweis: Für dieses spezielle Projekt müssen die Forscher oft die Batches analysieren, die wir ihnen zurückschicken, bevor sie weitere Arbeitseinheiten erstellen können. Dies kann manchmal zu einer verzögerten Bereitstellung von Arbeitseinheiten führen.



    Mapping Cancer Markers - Originaltext - Diskussion

    Detailliertes Projektupdate von den Forschern

    Anfang des Monats haben wir ein Update direkt vom Forschungsteam veröffentlicht, das ihr hier (engl.) lesen könnt. In diesem Artikel erklärt das Team, wie eine relativ kleine Änderung des Codes eine große Auswirkung auf die Fähigkeit des Projekts haben könnte, Marker für verschiedene Arten von Sarkomen zu analysieren.


    Weitere Feinabstimmung der neuen Sarkom Arbeitseinheiten

    Das Forschungsteam hat die Analyse der Ergebnisse des Betatests für die neuen Sarkom-Arbeitseinheiten abgeschlossen. Sie fanden einige kleinere Unterschiede zwischen ihren eigenen Test-WUs und denen, die im World Community Grid ausgeführt wurden. Das World Community Grid Technikteam untersucht diese Unterschiede. Währenddessen wird viel Arbeit mit den bestehenden Sarkom-Arbeitseinheiten verfügbar sein.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 799 Batches
    In Bearbeitung: 1.066 Batches (64.982.542 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 68.465 Batches (1.007 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 33,6 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 23 Tage



    Microbiome Immunity Project - Originaltext - Diskussion

    Potenzielle neue Art von Arbeitseinheit

    Wie wir erstmals im Oktober-Update erwähnt haben, möchte das Forschungsteam Änderungen an den Arbeitseinheiten vornehmen, die sie beim World Community Grid einreichen. Diese Änderungen könnten ihre Forschung möglicherweise beschleunigen.

    Das technische Team von World Community Grid arbeitet mit den Forschern weiterhin an Folgendem:

    • Standardisierung der Länge der neuen Arbeitseinheiten
    • Entscheidung, ob sie mehr physischen Speicher als normal benötigen
    • Änderungen an den Bildschirmschonergrafiken vornehmen


    Wir werden weiterhin Informationen zur Verfügung stellen, während diese Arbeit voranschreitet.


    Neue Technologie angekündigt

    Vor ein paar Wochen nahmen die Forscher an der alle zwei Jahre stattfindenden Konferenz zur Vorhersage von Proteinstrukturen (CASP14) teil. In diesem Jahr hörten sie von einer brandneuen Technologie, die einen großen Einfluss auf das Problem der Proteinstrukturvorhersage und die Untersuchung von Proteinformen im Allgemeinen haben könnte. Es ist sehr aufregend, solche Fortschritte auf dem Gebiet zu sehen, von denen wir alle langfristig profitieren werden.

    In den kommenden Monaten werden die Forscher mehr über diese Technologie erfahren, ob und wie man sie einsetzen kann und wie rechnerisch machbar sie in dem Maßstab ist, an dem sie arbeiten. Sie werden uns wissen lassen, ob/wann das Microbiome Immunity Project sie einsetzen wird.


    Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 4.242 Batches
    In Bearbeitung: 4.864 Batches (5.865.035 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 321.694 Batches (2.476 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 82,5 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 51 Tage



    OpenPandemics - Originaltext - Diskussion

    Erster Satz von Wirkstoffen für Labortests bestellt

    Wie die Forscher in ihrem Projekt-Update Ende Oktober erwähnten, haben sie 70 Wirkstoffe für experimentelle Tests identifiziert. Bisher konnten sie eine Teilmenge dieser Wirkstoffe bestellen, die an die Laborkollegen verschickt wurden. Wir werden alle informieren, sobald der Testprozess im Labor beginnt.


    OpenPandemics für GPU

    Die Portierung von Code auf GPU ist ein langwieriger Prozess, da es eine Reihe von notwendigen Schritten gibt, um sicherzustellen, dass die Arbeitseinheiten gut und sicher funktionieren, bevor sie an Freiwillige gesendet werden.

    Der Code hat gerade eine IBM-Sicherheitsüberprüfung durchlaufen. Die Prüfer empfahlen ein paar kleinere Änderungen, die vom technischen Team des World Community Grid ausgewertet werden.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 11.090 Batches
    In Bearbeitung: 4.364 Batches (18.750.423 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 23.674 Batches (6.994 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 233 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 47 Tage



    Smash Childhood Cancer - Originaltext - Diskussion

    Projekt vorübergehend pausiert

    Alle Arbeitseinheiten für das EWSR1 wurden an die Freiwilligen verschickt und die meisten wurden zurückgeschickt. Wie wir im letzten Update erwähnt haben, wird das Projekt nun pausieren, während das Forschungsteam seine Entscheidung für ein anderes Protein abschließt und neue Arbeitseinheiten erstellt. Wir haben noch keinen Zeitplan für den Neustart, werden aber alle informieren, sobald wir mehr Informationen von den Forschern haben.


    Datenanalyse

    Während die Forscher über das nächste Ziel des Projekts entscheiden, analysieren sie weiterhin die Daten aus den vorherigen Batches.

    Weiter unten findet ihr die Schlüsselproteine, die bisher untersucht wurden, und eine kurze Beschreibung ihres aktuellen Status. Jedes dieser Proteine ist an der Entwicklung von mindestens einer Art von Krebs im Kindesalter beteiligt, und einige könnten auch bei Krebserkrankungen im Erwachsenenalter von Bedeutung sein.

    • Beta-Catenin
      Die Forscher haben einen Stoff identifiziert, der bei diesem Protein wirksam sein könnte, und planen weitere Tests.

    • LIN28B
      Noch auf der Suche nach Finanzierung für weitere Studien

    • Osteopontin
      Die Forscher haben mindestens einen Stoff identifiziert, der gegen dieses Protein wirksam sein könnte; sie werden in den nächsten Wochen mit den Tests beginnen*

    • PAX3:FOX01
      Die Forscher haben einen Stoff identifiziert, der gegen dieses Protein wirksam sein könnte; sie werden in den nächsten Wochen mit den Tests beginnen*

    • PRDM14
      Die Forscher haben eine Finanzierung erhalten, die ihnen zumindest bei einem Teil der Analyse dieses Proteins helfen sollte; sie haben mehrere Stoffe identifiziert, die gegen dieses Protein wirksam sein könnten, und haben mit dem Einkaufsprozess für einige dieser Stoffe begonnen**

    *Die Prüfung von Stoffen auf ihre Wirksamkeit im Labor erfordert im Allgemeinen mehrere Phasen, und jede Phase kann mindestens mehrere Monate dauern.

    **Die Bestellung von Stoffen für Labortests ist ein mehrstufiger Prozess, der mindestens mehrere Monate dauern kann, und dieser Prozess läuft für viele Forschungseinrichtungen aufgrund von COVID-19-Beschränkungen und Prioritäten langsamer.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Projekt pausiert
    von Veröffentlicht: 27.11.2020 15:45
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Africa Rainfall Project - Originaltext - Diskussion

    Analyse der Ergebnisse

    Im Update vom letzten Monat erwähnten wir eine Studentin, die einige Wochen lang mit den Forschern zusammenarbeitete, um bei der Datenanalyse zu helfen. Die Studentin hat nun ihr Praktikum abgeschlossen, und die Forscher werden ihre Arbeit in den kommenden Wochen weiter überprüfen. Sie werden die Ergebnisse der Analyse mitteilen, sobald diese abgeschlossen ist.


    Bevorstehende Konferenzen

    Der Forschungsleiter des Projekts, Professor Nick van de Giesen, wird noch vor Ende 2020 an zwei virtuellen Konferenzen teilnehmen und Präsentationen halten. Eine Präsentation wird auf der Herbsttagung der American Geophysical Union gehalten, die zweite für die Norwegische Meteorologische Gesellschaft. Beide Präsentationen werden sich um das Africa Rainfall Project drehen.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    World Community Grid verschickt derzeit die Generationen 35 und 36. (Eine Generation ist eine Reihe von Arbeiten - in diesem Fall eine Reihe von Computersimulationen der Regenfälle in Afrika südlich der Sahara).



    Help Stop Tuberculosis - Originaltext - Diskussion

    Bevorstehender Forschungsbericht

    Eines der früheren Mitglieder des Forschungsteams, Dr. Athina Meletiou, fertigte vor dem Wechsel an eines neues Institut einen Entwurf eines Forschungsberichts über die Ergebnisse des Projekts an. Die Forschungsleiterin, Dr. Anna Croft, und das neueste ständige Teammitglied, Dr. Marko Hanževački, überprüfen diesen Entwurf und werden bei Bedarf Aktualisierungen vornehmen. Wir werden alle wissen lassen, sobald sie fertig sind und die Arbeit bei akademischen Zeitschriften zur Begutachtung und Veröffentlichung einreichen.


    Willkommen, Connor

    Im letzten Monat haben wir erwähnt, dass ein neuer Student für ein achtwöchiges Praktikum Teil des Forschungsteams sein wird, und er war diesen Monat beim Gespräch mit den Forschern dabei.

    Connor McGee ist Doktorand im Doktorandenausbildungsprogramm für Biowissenschaften an der Universität von Nottingham. Für eine seiner Projektpraktika hat er sich dem Croft Forschungsteam unter der Leitung von Anna Croft und Christof Jager angeschlossen, das die strukturellen Eigenschaften von Mykolsäuren in der Tuberkulosezellwand untersucht.

    Zuvor schloss Connor seinen Master of Science in Psychologie ab, wobei er sich auf die mathematische Modellierung von neuronalen und glialen Systemen konzentrierte. Sein primäres Forschungsinteresse gilt der Anwendung von Computermethoden zur Untersuchung von Struktur-Funktions-Beziehungen in einer Reihe von biologischen Themen, einschließlich Neurowissenschaften, Zellbiologie und molekularen Systemen. Er interessiert sich auch für die Methodenentwicklung sowohl in der Datenanalyse als auch in der mathematischen Modellierung.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    In Bearbeitung: 34 Batches (3.369 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 23.660 Batches (74 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 2,67 Batches pro Tag)

    Hinweis: Für dieses spezielle Projekt müssen die Forscher oft die Batches analysieren, die wir ihnen zurückschicken, bevor sie weitere Arbeitseinheiten erstellen können. Dies kann manchmal zu einer verzögerten Bereitstellung von Arbeitseinheiten führen.



    Mapping Cancer Markers - Originaltext - Diskussion

    Untersuchung der Ergebnisse von Betatests an neuen Sarkom-Arbeitseinheiten

    Das Forschungsteam hat die Analyse der Ergebnisse der Betatests abgeschlossen. Sie haben das World Community Grid Team gebeten, zusätzliche Tests durchzuführen, um die Ergebnisse des Betatests zu bestätigen. Wenn dafür ein zusätzlicher Betatest nötig ist, werden wir es allen mitteilen, so dass die Freiwilligen sicherstellen können, dass sie sich dafür angemeldet haben.


    Lungenkrebs Forschungsbericht

    Die Forscher arbeiten seit einiger Zeit an einem Bericht über ihre Lungenkrebsbefunde. Dazu gehörte auch die Zusammenarbeit mit ihren Kollegen, die im klinischen Bereich arbeiten, um den Bericht mit Inhalt zu füllen. Sie stehen nun kurz vor der Fertigstellung des endgültigen Entwurfs und planen, den Bericht in den nächsten Wochen bei Fachzeitschriften einzureichen, damit er zur Veröffentlichung in Betracht gezogen werden kann.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 872 Batches
    In Bearbeitung: 1.066 Batches (64.982.542 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 67.506 Batches (908 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 30,3 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 28 Tage



    Microbiome Immunity Project - Originaltext - Diskussion

    Potenzielle neue Art von Arbeitseinheiten

    Wie wir bereits im Update letzten Monat erwähnt haben, möchte das Forschungsteam Änderungen an den Arbeitseinheiten vornehmen, die sie beim World Community Grid einreichen. Diese Änderungen könnten ihre Forschung möglicherweise beschleunigen.

    Das technische Team von World Community Grid hat den ersten Satz dieser neuen Arbeitseinheiten getestet. Zurzeit arbeiten sie mit den Forschern an Folgendem:

    • Standardisierung der Länge der neuen Arbeitseinheiten
    • Entscheidung, ob sie mehr physischen Speicher als normal benötigen
    • Änderungen an den Bildschirmschonergrafiken vornehmen


    Zu diesem Zeitpunkt ist das technische Team der Ansicht, dass die für die neuen Arbeitseinheiten erforderlichen Codeänderungen keine gesonderte Sicherheitsüberprüfung erfordern werden. (Wir werden alle wissen lassen, wenn sich dies ändert).

    Wir werden weiterhin Informationen zur Verfügung stellen, während diese Arbeit voranschreitet. In der Zwischenzeit gibt es mit der derzeitigen Art von Arbeitseinheiten noch viel Forschungsarbeit zu leisten.


    Laufende Forschungsberichte

    Das Forschungsteam setzt seine Arbeit an drei Forschungsberichten fort, die sich auf die von World Community Grid verarbeiteten Daten beziehen. Ein Forschungsberichte wurde im Oktober bei einer Zeitschrift zur Begutachtung eingereicht und wird noch geprüft. Die übrigen beiden Forschungsberichte befinden sich in der Phase der Datenanalyse, die voraussichtlich noch einige Monate dauern wird.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 713 Batches
    In Bearbeitung: 4.970 Batches (7.006.135 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 317.650 Batches (1.959 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 65 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 10 Tage (die Forscher erstellen weitere Arbeitseinheiten und wir rechnen nicht mit einer Arbeitspause)



    OpenPandemics - Originaltext - Diskussion

    Bestellung von Wirkstoffen für Labortests

    Wie die Forscher in ihrem Projekt-Update vor einigen Wochen erwähnten, haben sie 70 Wirkstoffe identifiziert, die von ihren Labormitarbeitern experimentell getestet werden sollen. Sie arbeiten mit einem Chemikalienhändler namens Enamine zusammen, um diese Wirkstoffe zu bestellen. (Dies ist ein Prozess, der manchmal einige Monate dauern kann.) Sobald die Wirkstoffe eingegangen sind und die Labortests beginnen, werden wir allen Bescheid geben.


    OpenPandemics für GPU

    Arbeitseinheiten für GPU haben technische Überprüfungen und eine Open Source Überprüfung durchlaufen und werden nun einer Sicherheitsüberprüfung unterzogen. Die Portierung von Code auf GPU ist ein langwieriger Prozess, aber all diese Schritte sind notwendig, um sicherzustellen, dass alles gut und sicher funktioniert, bevor Arbeitseinheiten an Freiwillige geschickt werden.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 7.304 Batches
    In Bearbeitung: 3.937 Batches (15.329.9549 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 15.737 Batches (3.598 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 119,9 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 60,9 Tage



    Smash Childhood Cancer - Originaltext - Diskussion

    Nahe Vollendung des aktuellen Ziels im World Community Grid

    Die aktuelle Arbeitsrunde am World Community Grid konzentriert sich auf ein Gen namens EWSR1. Dieses Gen ist von Bedeutung für die Entwicklung des Ewing-Sarkoms, einer seltenen Krebserkrankung im Kindesalter, die normalerweise in einem Knochen oder im Weichgewebe um einen Knochen herum beginnt und sich auf die Lunge oder andere Knochen ausbreiten kann.

    Die Arbeiten wurden schneller abgeschlossen, als wir ursprünglich dachten (siehe unten für den neuesten geschätzten Vorrat). Wir gehen jetzt davon aus, dass die derzeit zum Herunterladen verfügbaren Arbeiten in den nächsten Tagen an die Freiwilligen verschickt werden und die Bearbeitung bis zu zwei Wochen dauern wird.

    Sobald alle Arbeitseinheiten für EWSR1 fertiggestellt sind, wird das Projekt pausieren, während das Forschungsteam seine Entscheidung über ein weiteres neues Ziel abschließt und neue Arbeitseinheiten aufbaut. Wir haben noch keinen Zeitplan für den Neustart, aber wir werden es alle wissen lassen, sobald wir mehr Informationen von den Forschern haben.

    Vielen Dank an alle, die Rechenleistung für die Berechnungen zum Verständnis des EWSR1 Gens beigetragen haben.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 2 Batches
    In Bearbeitung: 100 Batches (10.000.000 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 3.967 Batches (41 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 1,36 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 2-3 Tage (Stand: 19. November)
    von Veröffentlicht: 30.10.2020 15:00
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Africa Rainfall Project - Originaltext - Diskussion

    Analyse der Ergebnisse

    Der neue Student, der dem Team beigetreten ist, um bei der Nachbearbeitung der Datenanalyse zu helfen, macht gute Fortschritte. Zurzeit werden auf der Grundlage der vom World Community Grid erhaltenen Daten 1-km-Niederschlagsmodelle erstellt. Dies ist deshalb von Bedeutung, weil viele Regenschauer südlich der Sahara nur lokal auftreten - fast auf der Fläche nur einer einzigen Farm - und Modelle für Niederschläge auf 1-km-Ebene für diese Region nur selten verfügbar sind.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Das World Community Grid verschickt derzeit die Generation 28 (eine Generation ist eine Reihe von Arbeiten - in diesem Fall eine Reihe von Computersimulationen der Regenfälle in Afrika südlich der Sahara).



    FightAIDS@Home - Phase 2 - Originaltext - Diskussion

    Status der Arbeitseinheiten

    Alle fertig gestellten Arbeitseinheiten wurden zur Analyse an das Phase 2 Team der Temple University geschickt.


    Zukünftige Ausrichtung

    Die Forscher beider Phasen besprechen im Detail, was sie in Zukunft gemeinsam tun möchten. Insbesondere untersuchen sie, welche neuen Ansätze und Technologien (falls vorhanden) zur Rationalisierung ihrer Arbeit beitragen können.

    Wir lassen es alle wissen, sobald die Forscher ihre Entscheidungen getroffen haben.


    30 Jahre AutoDock Suite

    Die Wissenschaftler der Phase 1 haben vor kurzem einen Bericht über das AutoDoc-Programm abgeschlossen, das sie vor 30 Jahren bei Scripps Research ins Leben gerufen haben. Ihr könnt mehr über die Geschichte von AutoDock (das mehrere World Community Grid Projekte unterstützt hat) in diesem kürzlich erschienenen Artikel lesen, der auch einen Link zu dem Bericht selbst enthält.


    AutoDock auf GPU

    Das Phase 1 Team hat vor kurzem auch einen Bericht über die GPU-Version von AutoDock fertiggestellt, den sie vor einigen Wochen einer Fachzeitschrift zur Prüfung vorgelegt haben (die GPU-Version von AutoDock für den Einsatz im World Community Grid wird derzeit bei IBM einer Sicherheitsüberprüfung unterzogen).


    Aktueller Stand des Projekts

    Pause bis zur Neuausrichtung des Forschungsteams



    Help Stop Tuberculosis - Originaltext - Diskussion

    Am 14. Oktober veröffentlichte die Weltgesundheitsorganisation die neuesten globalen Statistiken über Tuberkulose, u.a.:
    • Im Jahr 2019 erkrankten schätzungsweise 10 Millionen Menschen an TB.
    • Im Jahr 2019 starben 1,4 Millionen Menschen an TB.
    • Tuberkulose ist nach wie vor eine der 10 häufigsten Todesursachen weltweit und die führende Ursache eines einzelnen Infektionserregers (vor HIV/AIDS).


    Neuer Student beginnt Praktikum

    Zusätzlich zu dem neuen Teammitglied, das im letzten Projekt-Update vorgestellt wurde, haben die Forscher ein studentisches Teammitglied hinzugefügt, das vor einigen Tagen ein achtwöchiges Praktikum im Labor begonnen hat. Der Student hat einen Hintergrund und Interesse an Statistik, was für die Datenanalyse hilfreich sein wird.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    In Bearbeitung: 4 Batches (3.369 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 23.660 Batches (80 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 2,67 Batches pro Tag)

    Hinweis: Für dieses spezielle Projekt müssen die Forscher oft die Batches analysieren, die wir ihnen zurückschicken, bevor sie weitere Arbeitseinheiten bauen können. Dies kann manchmal zu einer verzögerten Lieferung von Arbeitseinheiten führen.



    Mapping Cancer Markers - Originaltext - Diskussion

    Informationen über neue Sarkom-Arbeitseinheiten

    Mapping Cancer Markers hat Anfang dieses Jahres damit begonnen, Sarkom-Arbeitseinheiten im World Community Grid zu berechnen. Das Forschungsteam verfügt nun über Daten, die sieben Subtypen von Sarkomen umfassen. Sie haben einen neuen Typ von Arbeitseinheit mit einem Code erstellt, der es ihnen erlaubt, Unterschiede zwischen diesen Subtypen zu identifizieren.

    Die Ergebnisse von früheren und aktuellen Sarkom-Arbeitseinheiten sind weiterhin gültig.


    Betatests an neuen Sarkom-Arbeitseinheiten

    Freiwillige Helfer des World Community Grid und das Technikteam haben kürzlich einen Betatest der oben beschriebenen neuen Arbeitseinheiten abgeschlossen. Diese Beta-Arbeitseinheiten sind jetzt alle an das Forschungsteam zurückgegeben worden, das die Ergebnisse analysiert.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 710 Batches
    In Bearbeitung: 1.047 Batches (9.212.542 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 66.671 Batches (934 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 31 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 22 Tage



    Microbiome Immunity Project - Originaltext - Diskussion

    Potenzielle neue Art von Arbeitseinheiten

    Das Forschungsteam möchte Änderungen an den Arbeitseinheiten vornehmen, die es beim World Community Grid einreicht. Diese Änderungen könnten ihre Forschung möglicherweise beschleunigen. Sie haben unserem technischen Team einige experimentelle Arbeitseinheiten zum Testen gegeben. Dieser Prozess befindet sich noch im Anfangsstadium der Erprobung, und die Forscher und das technische Team werden noch einige Zeit gemeinsam an diesen neuen Einheiten arbeiten.

    Wir werden im Laufe der Arbeiten weitere Informationen bereitstellen. In der Zwischenzeit gibt es noch viel Forschungsarbeit, die mit der derzeitigen Art von Arbeitseinheiten durchgeführt werden muss.


    Laufende Forschungsberichte

    Das Forschungsteam arbeitet an drei Forschungsberichten, die sich auf die von World Community Grid verarbeiteten Daten beziehen. Ein Forschungsbericht wurde vor kurzem bei einer Zeitschrift eingereicht; wir werden weitere Informationen bereitstellen, wenn er angenommen wird. Die anderen beiden Forschungsberichten befinden sich in der Phase der Datenanalyse.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 3.353 Batches
    In Bearbeitung: 3.965 Batches (9.344.968 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 317.650 Batches (3.726 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 124,2 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 27 Tage



    OpenPandemics - Originaltext - Diskussion

    GPU-Version von OpenPandemics

    Das technische Team von World Community Grid wartet auf Rückmeldungen zum Code aus der Open-Source-Prüfung von IBM.


    Potenzielle Bezugsquellen von Wirkstoffen für Labortests

    Das Forschungsteam befindet sich in Gesprächen mit Unternehmen, die potentielle Bezugsquellen für die Wirkstoffe sein könnten, die sich nach der Analyse von Daten aus dem World Community Grid als vielversprechend erweisen. Der Kauf von Wirkstoffen kann ein zeitaufwändiger Prozess sein, daher ist es das Ziel des Teams, jetzt eine Partnerschaft mit einem Anbieter aufzubauen und schnell zum Kauf bereit zu sein, wenn es Zeit für Labortests potenzieller Behandlungen ist.


    Eingereichte Forschungsberichte

    Die Forscher haben kürzlich zwei Berichte, die sich auf das World Community Grid beziehen, zur Begutachtung durch akademische Fachzeitschriften eingereicht. Wir informieren alle, falls/wenn sie zur Veröffentlichung angenommen werden.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 369 Batches
    In Bearbeitung: 2.513 Batches (19.806.849 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 9.479 Batches (3.044 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 101,5 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 3,6 Tage*

    *Die Forscher werden demnächst weitere Arbeitseinheiten hinzufügen; es wird noch lange Zeit viel Arbeit für dieses Projekt geben.



    Smash Childhood Cancer - Originaltext - Diskussion

    Neues Ziel im World Community Grid

    Wie im Update vom letzten Monat erwähnt, konzentriert sich die aktuelle Arbeit im World Community Grid auf ein Gen mit dem Namen EWSR1. Dieses Gen ist von Bedeutung für die Entwicklung des Ewing-Sarkoms, einer seltenen Krebserkrankung im Kindesalter, die normalerweise in einem Knochen oder im Weichgewebe um einen Knochen herum beginnt und sich auf die Lunge oder andere Knochen ausbreiten kann.


    Analyse der Daten

    Während das neue Ziel im World Community Grid läuft, analysieren die Forscher weiterhin Daten aus den früheren Arbeitspaketen.

    Unten findet ihr die wichtigsten Proteine, die bisher untersucht wurden, sowie eine kurze Beschreibung ihres aktuellen Status. Jedes dieser Proteine ist an der Entwicklung mindestens einer Krebsart im Kindesalter beteiligt, und einige können auch bei Krebserkrankungen im Erwachsenenalter von Bedeutung sein.

    • Beta-Catenin
      Die Arbeiten im World Community Grid sind beendet, die Forscher schließen die Tests an einer kleinen Gruppe von Verbindungen ab, die das Potenzial zeigten, auf dieses Protein zu zielen

    • LIN28B
      Suchen weiterhin nach Finanzierung für weitere Studien

    • Osteopontin
      Haben eine Verbindung identifiziert, die gegen dieses Protein wirksam sein könnte, haben die Verbindung bestellt und planen Labortests*

    • PAX3:FOX01
      Haben eine Verbindung identifiziert und sind dabei, dieses Protein zu bestellen*

    • PRDM14
      Noch keine bewilligten Finanzhilfen, aber immer noch in der Lage, die Analyse voranzutreiben

    *Die Bestellung von Verbindungen ist ein mehrstufiger Prozess, der manchmal Monate dauern kann.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 93 Batches
    In Bearbeitung: 50 Batches (5.000.000 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 3.926 Batches (Monatsdurchschnitte noch nicht verfügbar, da das Projekt gerade neu gestartet wurde)
    Geschätzter Vorrat: 180 Tage
    von Veröffentlicht: 27.09.2020 09:10
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Africa Rainfall Project - Originaltext - Diskussion

    Forschungsteam begrüßt einen Studenten

    Ein neuer Student hat sich den Forschern angeschlossen, um bei der Datenanalyse zu helfen. Sie werden die Ergebnisse der Daten aus dem World Community Grid mit Daten aus anderen Quellen vergleichen.


    Bevorstehende Konferenzen

    Der Forschungsleiter des Projekts, Professor Nick van de Giesen, wird auf der Konferenz der American Geophysical Union, die im Dezember stattfindet, einen Vortrag halten.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Das World Community Grid verschickt derzeit die Generationen 22 und 23 (eine Generation ist eine Reihe von Arbeiten - in diesem Fall eine Reihe von Computersimulationen der Regenfälle in Afrika südlich der Sahara).



    FightAIDS@Home - Phase 2 - Originaltext - Diskussion

    Zukünftige Ausrichtung

    Mehrere Monate lang hatten die Forschungsteams für beide Phasen von FightAIDS@Home mögliche neue Ziele für die nächste Runde der Arbeit am World Community Grid diskutiert. In den letzten Wochen haben sie sich jedoch der Frage zugewandt, wie neue Ansätze und Technologien am besten genutzt werden können, um ihre Datenanalysen weiter zu verfeinern und möglicherweise zu beschleunigen.

    Sie befinden sich nun in einem sehr frühen Stadium der Untersuchung, welche neuen Ansätze und Technologien (falls vorhanden) zur Rationalisierung ihrer Arbeit beitragen könnten. Daher planen sie zwar zusätzliche Arbeiten am World Community Grid, aber der Zeitrahmen dafür wird länger sein als wir ursprünglich dachten.

    Wir werden alle auf dem Laufenden halten, sobald uns mehr Informationen von den Forschern vorliegen.


    30 Jahre AutoDock Suite

    Die Wissenschaftler der Phase 1 haben vor kurzem einen Bericht über das AutoDock Programm abgeschlossen, das sie vor 30 Jahren bei Scripps Research ins Leben gerufen haben. Dieser Bericht wurde vor kurzem veröffentlicht, befindet sich aber derzeit hinter einer Paywall. Wir werden es alle wissen lassen, sobald wir eine frei zugängliche Version haben (was voraussichtlich in einigen Tagen der Fall sein wird).


    Aktueller Stand des Projekts

    Abschluss von Phase 2, in Erwartung einer Neuausrichtung des Forschungsteams



    Help Stop Tuberculosis - Originaltext - Diskussion

    Studenten-Rotation

    Zusätzlich zu dem neuen Teammitglied, das in der letzten Projektaktualisierung vorgestellt wurde, werden die Forscher ab Oktober einige Monate lang einen zusätzlichen Studenten haben, der bei der Datenanalyse helfen wird.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    In Bearbeitung: 41 Batches (4.100 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 23.574 Batches (34 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 1,1 Batches pro Tag)

    Hinweis: Für dieses spezielle Projekt müssen die Forscher oft die Batches analysieren, die wir ihnen zurückschicken, bevor sie weitere Arbeitseinheiten bauen können. Dies kann manchmal zu einer verzögerten Lieferung von Arbeitseinheiten führen.



    Mapping Cancer Markers - Originaltext - Diskussion

    Lungenkrebs-Marker

    Wie bereits im letzten Monatsbericht erwähnt, haben die Forscher damit begonnen, mit einigen ihrer Kollegen aus der klinischen Praxis zusammenzuarbeiten, um Input über die Bedeutung einiger der Ergebnisse des Projekts über Lungenkrebs-Marker zu erhalten. Dieser Prozess ist im Gange und könnte viele Monate dauern.

    Sobald das Forschungsteam die Gespräche mit den Kollegen beendet hat, werden diese ihr Feedback in einen Forschungsbericht einfließen lassen.


    Beta-Tests an neuen Sarkom-Arbeitseinheiten

    Das World Community Grid Tech Team hofft, einen weiteren Betatest für neue Sarkom-Arbeitseinheiten durchführen zu können. Wenn dieser Beta-Test bereit ist, werden wir in unserem Forum für Beta-Test-Ankündigungen eine Mitteilung veröffentlichen, damit interessierte Freiwillige daran teilnehmen können. Freiwillige können hier ihre Einstellungen überprüfen, um zu sehen, ob sie sich für den Betatest angemeldet haben.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 844 Batches
    In Bearbeitung: 889 Batches (7.152.542 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 65.645 Batches (749 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 25 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 33 Tage



    Microbiome Immunity Project - Originaltext - Diskussion

    Checkpointing überprüfen

    Beim verteilten Rechnen ist das Checkpointing eine Technik, mit der sichergestellt wird, dass Arbeitseinheiten auch dann abgeschlossen werden können, wenn das Gerät, das an ihnen arbeitet, eine Pause macht, ohne dass die Arbeitseinheiten neu gestartet werden müssen. Das technische Team von World Community Grid hat kürzlich einige Arbeiten zu einem Checkpointing-Problem für die Arbeitseinheiten des Microbiome Immunity Projekts durchgeführt. Wir gehen davon aus, dass es aufgrund dieses Problems zu keinem Verlust von Forschungsdaten kommen wird.


    Laufende Berichte

    Das Forschungsteam arbeitet derzeit an drei Berichten, die sich auf die von World Community Grid verarbeiteten Daten beziehen.

    Bericht #1 - wird demnächst, hoffentlich in den nächsten Wochen, bei einer Zeitschrift eingereicht
    Bericht #2 - Fertigstellung der Analyse und der Grafiken für das Manuskript, das bis Ende 2020 bei einer Zeitschrift eingereicht werden soll
    Bericht #3 - Arbeit an der Datenanalyse, keine geschätzte Zeit für die Einreichung


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 3.923 Batches
    In Bearbeitung: 5.148 Batches (15.564.135 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 313.375 Batches (4.852 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 161,7 Batches pro Tag)
    Geschätzter Arbeitspuffer: 24 Tage



    OpenPandemics - Originaltext - Diskussion

    GPU-Version von OpenPandemics

    Sowohl das Forschungsteam als auch das World Community Grid Tech Team machen weiterhin Fortschritte bei der Portierung der OpenPandemics-Software auf GPU.

    Die Forscher arbeiten an Leistungsverbesserungen für eine OpenCL-Version. In der Zwischenzeit hat World Community Grid den Code für die IBM-Open-Source-Prüfung und eine Sicherheitsüberprüfung eingereicht. Wir wissen derzeit noch nicht genau, wann die IBM-Prüfungen fertig sein werden.


    AutoDock Suite wird 30

    Das Forscherteam veröffentlichte vor kurzem einen Bericht über die Geschichte von AutoDock, der Software, die OpenPandemics, FightAIDS@Home und andere Projekte unterstützt, die nach potenziellen Behandlungsmethoden für verschiedene Krankheiten gesucht haben. Ihr könnt den Bericht hier (engl.) lesen.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 3.452 Batches
    In Bearbeitung: 2.259 Batches (18.949.527 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 9.479 Batches (2.991 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 99,7 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 34,6 Tage



    Smash Childhood Cancer - Originaltext - Diskussion

    Beta-Tests abgeschlossen

    Das World Community Grid Team hat Anfang dieses Monats einen Betatest neuer Arbeitseinheiten gestartet. Die Tests verliefen reibungslos, und wir sind dankbar für alle Freiwilligen, die sich angemeldet haben, um Rechenzeit für diesen wichtigen Prozess zu spenden.


    Projekt fortgesetzt!

    Nach dem erfolgreichen Betatest hat Smash Childhood Cancer am 22. September das Senden und Empfangen von Arbeit mit dem World Community Grid wieder aufgenommen.

    Für diese Arbeitsreihe konzentriert sich das Forschungsteam auf ein Gen namens EWSR1. Dieses Gen spielt eine wichtige Rolle bei der Entwicklung des Ewing-Sarkoms, einem seltenen Krebs im Kindesalter, der normalerweise in einem Knochen oder im Weichgewebe um einen Knochen herum beginnt und sich auf die Lunge oder andere Knochen ausbreiten kann.

    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Projekt wurde am 22. September mit 143 Batches von Arbeitseinheiten fortgesetzt.
    von Veröffentlicht: 24.08.2020 18:20
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Africa Rainfall Project - Originaltext - Diskussion

    Auf der Suche nach einem zusätzlichen Teammitglied

    Die Forscher suchen nach einem zusätzlichen Teammitglied, das bei der Nachbearbeitung der Daten hilft. Die Suche nach einer geeigneten Person wird voraussichtlich einige Monate dauern.


    Bevorstehende Konferenzen

    Das Forschungsteam hat eine Zusammenfassung für einen Vortrag auf der Konferenz der American Geophysical Union eingereicht, die im Dezember stattfinden soll. Aufgrund der andauernden Pandemie wird die Konferenz in diesem Jahr virtuell und nicht persönlich stattfinden.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Gegenwärtig senden wir die Generationen 18 und 19 aus (eine Generation ist eine Reihe von Arbeiten - in diesem Fall eine Reihe von Computersimulationen der Regenfälle in Subsahara-Afrika). Das World Community Grid Technik-Team erhöht die Geschwindigkeit, mit der wir Arbeiten aussenden. Wir werden über diese Erhöhung im Forum des African Rainfall Project (engl.) posten, sobald sie umgesetzt ist.



    FightAIDS@Home - Phase 2 - Originaltext - Diskussion

    Arbeiten an Phase 2

    Das Projekt ist derzeit pausiert, und das Phase 2 Team hat alle Arbeitseinheiten, die im World Community Grid betrieben wurden, zurückerhalten.

    Die Forscher beider Phasen des Projekts hielten kürzlich ein virtuelles Treffen ab und planen, in den nächsten Wochen ein weiteres Treffen abzuhalten. Sie entscheiden gerade, auf welche chemischen Verbindungen sie sich genau konzentrieren wollen, um die Phase 2 wieder zu beginnen. Sie können auch weitere Analysen zu Verbindungen durchführen, die nicht die massive Rechenleistung des World Community Grid benötigen.


    AutoDock auf GPU

    Das Forschungsteam für Phase 1 hat vor kurzem einen Bericht über die GPU-Version von AutoDock abgeschlossen. Sie planen, ihn demnächst für eine mögliche Veröffentlichung einzureichen; wir werden den Bericht veröffentlichen, falls und sobald er veröffentlicht wird.


    30 Jahre AutoDock

    Die Phase 1 schloss vor kurzem einen Bericht über das AutoDock-Programm ab, das sie vor 30 Jahren bei Scripps Research ins Leben gerufen haben. Dieser Bericht wurde zur Veröffentlichung angenommen, und World Community Grid wird allen mitteilen, sobald er verfügbar ist.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Pausiert



    Help Stop Tuberculosis - Originaltext - Diskussion

    Suche nach neuen Teammitgliedern

    Das Forschungsteam begrüßte Anfang des Jahres ein neues Mitglied, das ihr in ihrem neuesten Projekt-Update kennen lernen könnt. Sie sind weiterhin auf der Suche nach zusätzlichen Studenten, die bei dem Projekt mithelfen. Die Suche kann unter normalen Umständen Monate dauern, und in den letzten Jahren sind die Bewerbungen von Doktoranden an ihrer Universität um etwa 75 Prozent zurückgegangen. In letzter Zeit wurde die Suche durch die andauernde globale Pandemie noch weiter erschwert.


    Formatierung der Daten

    Die Forscher beginnen darüber nachzudenken, wie sie ihre Daten im Einklang mit der Open-Data-Politik von World Community Grid austauschen können. Sie haben ausreichend Speicherplatz für die Daten, die sie bereits haben - und genug für die zusätzlichen Daten, die sie zu erhalten erwarten - aber sie wollen eine bessere Benutzerschnittstelle entwerfen, so dass die Daten für andere Wissenschaftler zugänglicher und nützlicher sind.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    In Bearbeitung: 44 Batches (1.085 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 23.541 Batches (75 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 2,5 Batches pro Tag)

    Hinweis: Für dieses spezielle Projekt müssen die Forscher oft die Batches analysieren, die wir ihnen zurückschicken, bevor sie weitere Arbeitseinheiten bauen können. Dies kann manchmal zu einer verzögerten Lieferung von Arbeitseinheiten führen.



    Mapping Cancer Markers - Originaltext - Diskussion

    Lungenkrebs-Marker

    Die erste Reihe von Arbeitseinheiten, die von Freiwilligen des World Community Grid bearbeitet wurden, half dem Forschungsteam bei der Suche nach Lungenkrebs-Markern. Seitdem hat das Forschungsteam die Daten analysiert, während es auch Daten für Arbeitseinheiten zu Eierstockkrebs auswertet und uns weiterhin Arbeitseinheiten zu Sarkomen schickt.

    Die Forscher haben eine erste Zusammenfassung ihrer Erkenntnisse über Lungenkrebs-Signaturen zusammengestellt, und der Forschungsleiter wendet sich an seine Kollegen aus der klinischen Praxis, um ihre Meinung über die Bedeutung einiger Ergebnisse des Projekts einzuholen.


    Beta-Tests an neuen Sarkom-Arbeitseinheiten

    Das technische Team von World Community Grid hat sich um ein kleines Problem mit den kürzlich in Betrieb genommenen Beta-Sarkom-Arbeitseinheiten gekümmert. Möglicherweise führen wir in naher Zukunft einen zusätzlichen Betatest durch; wenn dies geschieht, werden wir eine Mitteilung in unserem Forum für Ankündigungen von Betatests (engl.) veröffentlichen, so dass interessierte Freiwillige daran teilnehmen können. (Ihr könnt eure Einstellungen überprüfen, um zu sehen, ob ihr euch für den Betatest angemeldet haben).


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 842 Batches
    In Bearbeitung: 941 Batches (7.392.542 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 64.955 Batches (691 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 23 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 36 Tage



    Microbiome Immunity Project - Originaltext - Diskussion

    Aufgrund von Terminkonflikten werden wir im August keine monatlichen Gespräche mit den Forschern führen. Das technische Team von WCG ist per E-Mail mit dem Forschungsteam in Kontakt getreten, und es gibt keine Probleme oder Neuigkeiten zu berichten.

    Wir planen unser nächstes monatliches Gespräch mit den Forschern im September. Die Themen, die wir während dieses Aufrufs diskutieren, werden in einem Nachrichtenartikel auf der Webseite (engl.) veröffentlicht.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 6.892 Batches
    In Bearbeitung: 6.824 Batches (15.636.609 Arbeitseinheiten )
    Abgeschlossen: 308.730 Batches (7.756 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 258 Batches pro Tag)
    Geschätzter Arbeitspuffer: 26 Tage



    OpenPandemics - Originaltext - Diskussion

    Analyse der Daten

    Seit dem Start von OpenPandemics - COVID-19 im Mai hat das Projekt Millionen chemischer Verbindungen untersucht, die potenzielle Behandlungsmöglichkeiten für die Krankheit darstellen könnten. Das Screening ist noch nicht abgeschlossen, aber das Forschungsteam hat die bisherigen Ergebnisse analysiert (45,7 Millionen Durchläufe und 2,3 Milliarden Posen) und die anfängliche Gruppe auf etwa 1.500 Verbindungen (0,00003 % der insgesamt angedockten Liganden!) eingegrenzt, die aufgrund ihrer Wechselwirkungen mit den Zielproteinen ausgewählt wurden und die eine weitere Analyse rechtfertigen.

    Aus der derzeitigen Gruppe von 1.500 Verbindungen werden die Forscher eine manuelle Analyse durchführen, um etwa 100 der vielversprechendsten zu identifizieren, die dann für weitere Laboruntersuchungen an ihre Mitarbeiter weitergeleitet werden. (Eine Liste der Mitarbeiter findet ihr unten auf der Seite Forschungsteilnehmer, engl.).

    Während diese Tests weitergehen, werden sie die Daten, die sie von uns erhalten, weiter analysieren und uns weiterhin neue Arbeiten zusenden.


    Zusätzliche Kollaborationen

    Der Forschungsleiter steht in Kontakt mit dem Team europäischer Wissenschaftler der Coronavirus Structural Taskforce, um die Qualität der Ergebnisse für die gesamte Grundlagenforschung zu SARS-CoV-2 zu verbessern. Das Team sammelt und kuratiert die verfügbaren Protein-Strukturdaten über die SARS-CoV- und SARS-CoV-2-Viren, die ständig von Forschern auf der ganzen Welt produziert werden. Sie verfeinern die veröffentlichten Daten und führen statistische Validierung und Diagnostik der Strukturen durch, um experimentelle Fehler oder Schwankungen zu korrigieren.


    Zuschuss

    Das Forli Lab erhielt kürzlich einen Young Investigator Award der Baxter Foundation (engl.) für die Identifizierung neuer chemischer Verbindungen als vielversprechende Kandidaten für die Arzneimittelentwicklung.


    GPU-Version

    Das World Community Grid Entwicklungsteam beginnt mit der Schaffung von Arbeitseinheiten für erste Alpha-Tests. Ihr aktuelles Thema ist die Erstellung von Arbeitseinheiten, die sowohl auf CPU als auch auf GPU laufen können, anstatt zwei verschiedene Versionen erstellen zu müssen, was die Komplexität des Projekts erhöhen würde. Der nächste Schritt innerhalb von IBM wird eine Sicherheitsüberprüfung der neuen Version sein. Die Arbeit ist im Gange, und es gibt derzeit keine Schätzung, wann sie abgeschlossen sein wird.


    Mögliche Veröffentlichungen

    Die Forscher arbeiten an mehreren Berichten. Einer davon ist ein Bericht über die Geschichte von AutoDock (die Software, mit der OpenPandemics läuft und die bei Scripps Research erstellt wurde). Wenn der Bericht angenommen wird, wird er Anfang 2021 veröffentlicht werden.

    Sie reichten auch einen Bericht ein, der die Entwicklung und Anwendung von Protokollen für die Untersuchung kovalenter Inhibitoren beschreibt (einschließlich des reaktiven Andockprotokolls, das in OpenPandemics verwendet wird).

    Ein weiterer Bericht wurde eingereicht, in dem ihre Zusammenarbeit mit dem Team des Oak Ridge National Laboratory und NVIDIA bei der Durchführung von Simulationen zur Identifizierung neuer Moleküle gegen das SARS-CoV-2-Virus beschrieben wird.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 4.882 Batches
    In Bearbeitung: 2.052 Batches (16.101.394 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 5.459 Batches (2.587 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 86 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 56 Tage



    Smash Childhood Cancer - Originaltext - Diskussion

    Tests neuer Arbeitseinheiten

    Das World Community Grid Technik Team führt derzeit Alpha-Tests (oder interne Tests einer kleinen Stichprobe) für neue Arbeitseinheiten durch, die sich mit einem Protein befassen, das die Forscher untersuchen möchten.

    Wir werden im World Community Grid Forum posten, sobald dieser Prozess abgeschlossen ist und wir bereit sind, mit den Beta-Tests zu beginnen.


    Analyse der Daten

    Während das Technik Team an den Alpha-Tests arbeitet, sind die Forscher damit beschäftigt, Daten aus den früheren Batches zu analysieren, die im World Community Grid verarbeitet wurden.

    Nachstehend findet ihr eine Liste der wichtigsten Proteine, die bisher untersucht wurden, zusammen mit einer kurzen Beschreibung ihres aktuellen Status. Jedes dieser Proteine ist an der Entwicklung von mindestens einer Art von Krebs bei Kindern beteiligt, und einige davon können auch bei Krebserkrankungen im Erwachsenenalter von Bedeutung sein.


    • Beta-Catenin
      Arbeit am World Community Grid abgeschlossen, Forscher führen Tests an 12 Verbindungen durch, die das Potenzial zeigten, auf dieses Protein zu zielen

    • LIN28B
      Fortsetzung der Analyse der Proteinstruktur und Suche nach zusätzlicher Finanzierung für weitere Studien

    • Osteopontin
      Fortsetzung der Analyse der Proteinstruktur

    • PAX3:FOX01
      Beginn der Analyse der Ergebnisse von World Community Grid Daten und Suche nach zusätzlichen Finanzmitteln für weitere Studien

    • PRDM14
      Beantraging von Zuschüssen zur Finanzierung weiterer Analysen



    Jeder Schritt im Datenanalyseprozess kann viele Monate dauern. Wir werden alle in zukünftigen monatlichen Updates benachrichtigen, wenn es bemerkenswerte Fortschritte bei der Analyse für jedes der oben aufgeführten Proteine gibt.


    Suche nach weiteren Mitgliedern des Forschungsteams

    Das Forschungsteam sucht derzeit nach einem zusätzlichen Teammitglied oder Mitarbeiter, der bei der Aufbereitung der Eingabedaten hilft, die zur Generierung von Forschungsaufgaben (oder Arbeitseinheiten) für das World Community Grid erforderlich sind.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Pause bis zum Abschluss der Alpha-Tests (siehe Abschnitt Tests neuer Arbeitseinheiten oben).
    von Veröffentlicht: 22.07.2020 07:35
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Africa Rainfall Project - Originaltext - Diskussion

    Wir hatten gerade unseren Anruf im Juli mit dem Forschungsteam.

    1. Wir werden die Geschwindigkeit der Arbeitseinheiten für Freiwillige in den nächsten Wochen wieder erhöhen. Die Techniker werden im Forum weitere Einzelheiten bekannt geben, wenn sie dies tun.
    2. Sie besprachen ein kleines Problem mit dem Verzeichnis, das Arbeit zum Herunterladen für die Forscher bereithält. Das Problem wurde gelöst, und wir haben einen Plan, um sicherzustellen, dass es sich nicht wiederholt.
    3. Die Forscher behalten ein Auge auf alle bevorstehenden (virtuellen) akademischen Konferenzen. Bei den meisten ändert sich die Planung fortlaufend - das hören wir von allen Wissenschaftlern, mit denen wir derzeit zusammenarbeiten.
    4. Sie beginnen, nach zusätzlicher Hilfe bei der Datenverarbeitung zu suchen. Jemanden zu finden, wird wahrscheinlich mindestens ein paar Monate dauern.



    FightAIDS@Home - Phase 2 - Originaltext - Diskussion

    Soeben haben wir unser Gespräch mit den Forschern im Juli beendet.

    1. Wir haben den Versand der Arbeiten für Phase 2 unterbrochen. Das WCG-Team stellt sicher, dass wir alles an die Forscher zurückgeschickt haben.
    2. Es wird mindestens 2-3 Monate dauern, bis wir mehr Arbeitseinheiten haben, möglicherweise sogar länger.
    3. Die Teams von Phase 1 und Phase 2 haben für Ende dieses Monats ein virtuelles Treffen geplant, um die nächste Gruppe von Arbeitseinheiten weiter zu besprechen. Wir werden es alle wissen lassen, sobald wir mehr Informationen von ihnen erhalten haben.
    4. Unser nächstes FAAH-Update wird möglicherweise nicht im August stattfinden. Es könnte später stattfinden, je nachdem, ob es Neuigkeiten zu berichten gibt.

    Aktueller Status der Arbeitseinheiten: pausiert


    Help Stop Tuberculosis - Originaltext - Diskussion

    Wir hatten heute ein sehr kurzes monatliches Gespräch mit den Forschern. Die einzige Nachricht war, dass sie daran arbeiten, das neue Teammitglied (Marko) mit den Daten vertraut zu machen, die sie vom World Community Grid erhalten haben.

    Aktueller Status der Arbeitseinheiten (fast identisch zum letzten Monat):

    In Bearbeitung: 45 Batches (4.500 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 23.448 Batches - 97 Batches in den letzten 30 Tagen - durchschnittlich 3,2 Batches pro Tag


    Mapping Cancer Markers - Originaltext - Diskussion

    Wir haben gerade unser monatliches Gespräch mit dem Forschungsteam beendet.

    1. Die Forscher begrüssten kürzlich ein neues Teammitglied, Dr. Davide Chicco, der an der Datenanalyse arbeiten wird.
    2. Wir werden einen Betatest für Arbeitseinheiten ankündigen, die eine geringfügige Code-Änderung enthalten. Achtet auf eine baldige Ankündigung im Betatest-Forum (noch keine genaue ETA).
    3. Noch keine Antwort auf den im Update vom letzten Monat erwähnten Zuschussantrag.

    Aktueller Status der Arbeitseinheiten:

    Zum Herunterladen verfügbar: 828 Batches
    In Bearbeitung: 830 Batches (6.862.542 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 64.121 Batches - 767 Batches in den letzten 30 Tagen - durchschnittlich 25 Batches pro Tag
    Geschätzter Vorrat: 33 Tage


    Microbiome Immunity Project - Originaltext - Diskussion

    Wir haben gerade unser monatliches Gespräch mit dem Forschungsteam beendet.

    1. Wir besprachen die jüngste Rate der Batches pro Tag und den Arbeitspuffer (siehe unten für die neuesten Statistiken). Das Forschungsteam ist dabei, weitere Batches aufzubauen, die wir Ende dieser Woche oder Anfang nächster Woche haben sollten. Sie sind mit dem derzeitigen Tempo zufrieden.
    2. Wir haben an anderer Stelle im Forum auf eine kürzlich gestellte Frage zum MIP hingewiesen. Einer der Forscher wird die Frage selbst beantworten.
    3. Sie setzen die Arbeit an den Veröffentlichungen fort, die wir in früheren Updates erwähnt haben. Eine Arbeit wurde von der ersten Zeitschrift, bei der sie eingereicht haben, nicht angenommen (obwohl sie gute Rezensionen erhielt, aber das menschliche Mikrobiom steht für viele Zeitschriften im Moment nicht weit oben auf der Prioritätsliste), so dass sie sie für eine andere Zeitschrift vorbereiten. Ein weitere Veröffentlichung ist fast fertig zum Einreichen.

    Aktueller Status der Arbeitseinheiten:

    Zum Download verfügbar: 775 Batches
    In Bearbeitung: 9.007 Batches (16.199.030 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 301.472 Batches insgesamt - 5.604 Batches in den letzten 30 Tagen - durchschnittlich 186 Batches pro Tag
    Geschätzter Arbeitspuffer: 4 Tage


    OpenPandemics - Originaltext - Diskussion

    Wir haben gerade unseren Anruf im Juli mit dem Forschungsteam beendet.

    1. Die jetzigen Arbeitseinheiten sind alle für die ersten beiden Ziele, die sie untersuchen möchten. (Es handelt sich dabei um unterschiedliche Formationen eines dieser beiden Ziele.) Die Daten befinden sich in ihrer Datenbank, und sie erstellen Indizes, um ihre Analysen zu beschleunigen und zu verfeinern.
    2. Sie verwenden für die Analyse einen Prozess, der reaktives Andocken genannt wird, was zur Beschleunigung ihrer Arbeit beiträgt. Reaktives Andocken bedeutet, dass der Ligand die Bindungsstelle gefunden und mit ihr reagiert hat.
    3. Die Wissenschaftler haben sich weiterhin mit anderen Wissenschaftlern in Verbindung gesetzt, die in der COVID-19-Forschung arbeiten - bisher gibt es noch keine Updates über eine formelle Zusammenarbeit.
    4. Sie sind dabei, ihr erstes Projekt-Update fertigzustellen, das sehr bald auf der Webseite des Forli-Labors erscheinen wird. Wir werden es in diesem Forum veröffentlichen, sobald der Link online ist.
    5. Sie haben einen Bericht eingereicht, in dem sowohl OpenPandemics als auch WCG erwähnt werden und der derzeit geprüft wird. (Die Überprüfung kann unter normalen Umständen Monate dauern... und in letzter Zeit dauert es noch länger).

    Aktueller Status der Arbeitseinheiten:

    Zum Herunterladen verfügbar: 5.964 Batches
    In Bearbeitung: 2.157 Batches (14.831.896 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 4.272 Batches insgesamt - 2.388 Batches in den letzten 30 Tagen - durchschnittlich 79 Batches pro Tag
    Geschätzter Vorrat: 75 Tage


    Smash Childhood Cancer - Originaltext - Diskussion

    Wir haben gerade unser monatliches Gespräch mit dem Forschungsteam des SCC beendet.

    1. Sie setzen die Analyse für Osteopontin fort, die im letzten Monat erwähnt wurde.
    2. Sie warten immer noch darauf, von einem der im letzten Monat erwähnten Zuschüsse zu hören, und einer wurde für diesen Finanzierungszyklus nicht genehmigt. Dies beeinträchtigt ihre Fähigkeit, weitere Analysen so schnell durchzuführen, wie sie es wünschen.
    3. Sie haben Arbeitseinheiten für ihr nächstes Ziel erzeugt, das im World Community Grid untersucht werden soll. Unser technisches Team wird die Arbeitseinheiten bald herunterladen und mit den Alpha-Tests beginnen. Es gibt noch keinen Zeitplan, wie lange dieser Prozess dauern wird oder wie lange die Arbeit dauern wird, aber das technische Team wird hier im Forum eine Ankündigung machen, nachdem es die Gelegenheit hatte, die Batches anzusehen und zu testen. Sobald das erledigt ist, werden wir alle wissen lassen, ob Beta-Tests erforderlich sind. Wir werden auch mehr Informationen über das Ziel selbst erhalten und mit den Forschern zusammenarbeiten, um ein Projekt-Update zu erstellen, wenn das Projekt fortgesetzt wird.
    4. Die jährliche SIOP Asia Konferenz wurde aufgrund anhaltender COVID-19 Ausbrüche und Reisebeschränkungen erneut verschoben. Sie ist nun vorläufig für Anfang nächsten Jahres geplant.

    Aktueller Status der Arbeitseinheiten: pausiert
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