• Dennis-TW

    von Veröffentlicht: 15.09.2021 21:30
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Nach 17 Jahren werden sich die Wege von IBM und dem World Community Grid trennen. Neue Heimat des Projekts ist das kanadische Krembil Research Institute, welches bereits an den Subprojekten Mapping Cancer Markers und Help Conquer Cancer beteiligt war. Zudem sind Wartungsarbeiten am morgigen Donnerstagnachmittag (16.09.) geplant.



    Das World Community Grid findet ein neues Zuhause im Krembil Research Institute

    Zusammenfassung

    Wir freuen uns, ankündigen zu können, dass das World Community Grid nun vom Krembil Research Institute, einer der weltweit führenden Einrichtungen für Grundlagenwissenschaft und klinische Forschung, betrieben und unterstützt wird.
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    Wir ziehen um!

    Krembil Research Institute - Relentless (engl., unerbittlich)

    Das World Community Grid wird Teil des Krembil Research Institute (engl.), einer führenden wissenschaftlichen Forschungseinrichtung in Toronto, Kanada. Das Krembil Research Institute gehört zum University Health Network (engl.), dem größten Krankenhaus-Forschungsnetzwerk Nordamerikas, und ist mit der University of Toronto - einer der besten öffentlichen Universitäten der Welt - verbunden. Ebenso wichtig ist, dass es die berufliche Heimat von Dr. Igor Jurisica (engl.), leitender Wissenschaftler bei Krembil, Professor an der Universität von Toronto und langjähriger Mitarbeiter des World Community Grid, ist. Dr. Jurisica wird das World Community Grid auf dem Weg in das nächste Kapitel leiten.

    IBM gründete World Community Grid im Jahr 2004 als Proof-of-Concept für Verteiltes Rechnen (oder Grid Computing). Im Laufe der Jahre, die das Programm bei IBM verbrachte, baute es eine weltweite Basis von Freiwilligen auf und wurde zu einer bedeutenden Quelle von Rechenleistung für humanitäre wissenschaftliche Forschung. Und nun wird das Krembil Research Institute das Programm weiter ausbauen.


    Laufende Forschungsprojekte werden fortgesetzt

    Das World Community Grid führt derzeit vier aktive Forschungsprojekte (engl.) durch (plus ein Projekt, das pausiert ist). Wir planen, diese Projekte fortzuführen, und hoffen, dass ihr weiterhin Rechenleistung für die Erforschung von Krebs, Tuberkulose, COVID-19 und Niederschlagsmustern in Afrika südlich der Sahara spenden werdet, zusätzlich zu neuen Forschungsthemen, die wir in Kürze starten wollen, sobald wir den Betrieb des Grids vollständig umgestellt haben.

    "Das OpenPandemics - COVID-19 Team freut sich über die Nachricht, dass das Krembil Research Institute das World Community Grid verwalten wird. Wir freuen uns darauf, weiterhin mit Dr. Jurisica zusammenzuarbeiten, um unsere Freiwilligen bei der Suche nach potenziellen Medikamentenkandidaten gegen COVID-19 zu unterstützen."

    Stefano Forli, PhD
    Assistenzprofessor, Scripps Research
    Forschungsleiter, OpenPandemics - COVID-19


    Datenschutz und Sicherheitsstandards werden hoch bleiben

    Für das World Community Grid standen Datenschutz und Sicherheit schon immer an erster Stelle. Auch wenn sich unsere Heimatorganisation ändert, bleibt unser Engagement für Sicherheit und Datenschutz unverändert.

    • Wenn ihr euch beim World Community Grid anmeldet, benötigen wir die E-Mail Adressen von Freiwilligen. (Dies ermöglicht uns unter anderem, mit euch zu kommunizieren.) Wir werden diese Informationen niemals verkaufen oder weitergeben.
    • Wir setzen auf jeder Ebene unserer Plattform strenge Sicherheitsverfahren um.
    • Wir befolgen strenge Datenschutzstandards, wie sie in der Datenschutz-Grundverordnung (DSGVO) und dem Personal Information Protection and Electronic Documents Act (engl., PIPEDA) festgelegt sind. So werden eure Daten beispielsweise nicht im World-Community-Grid-Forum angezeigt, es sei denn, ihr habt die Standardeinstellungen (engl.) des Programms außer Kraft gesetzt.



    Die Umstellung beginnt

    Wir werden bald damit beginnen, die Güter und den Betrieb des World Community Grid von IBM auf das Krembil Research Institute zu übertragen. Wir werden euch in den kommenden Monaten über den Fortgang des Transfers auf dem Laufenden halten und euch auch über einen vorübergehenden Ausfall informieren, falls wir das Senden und Empfangen von Arbeitseinheiten während des Umzugs auf einen neuen Server unterbrechen müssen.

    Außerdem geben wir unser Wissen über die Projekte und Praktiken von World Community Grid an das Team des Krembil Research Institute weiter. Durch die Projekte Mapping Cancer Markers und Help Conquer Cancer sind Dr. Jurisica und sein Team bereits mit den Möglichkeiten von World Community Grid vertraut. Sie freuen sich darauf, noch mehr über dessen Funktionsweise zu erfahren und die Möglichkeiten der Bürgerwissenschaft zu nutzen. Mit dem Transfer wollen wir auch die Erfahrung der Freiwilligen erweitern, neue Projekte in einer Vielzahl von Krankheitsbereichen starten und die Anzahl der Softwareprogramme erhöhen, die im World Community Grid laufen können.


    Ein Blick in die Zukunft

    Kurzfristig wird die erste große Veränderung für das World Community Grid eine aktualisierte Webseite sein - bleibt dran für eine Ankündigung mit Details in Kürze. Darüber hinaus befinden wir uns in der frühen Planungsphase eines neuen Projekts, das neue Behandlungsmethoden für die Parkinson-Krankheit erforschen soll, und wir planen ein Jugendprogramm, um Schüler der Oberstufe für Wissenschaft und Technologie zu begeistern.

    Langfristig freuen wir uns, Teil einer Organisation zu sein, deren Hauptaufgabe die Spitzenforschung zum Wohle der Menschheit ist. Wir hoffen, dass ihr das World Community Grid in dieser aufregenden Zeit - und darüber hinaus - weiterhin eure dringend benötigte Rechenleistung spenden werdet.

    Vielen Dank an jeden von euch für die Unterstützung der humanitären wissenschaftlichen Forschung und die Schaffung eines weltweiten TEAM, denn gemeinsam erreichen wir mehr (engl.: Together Everyone Accomplishes More). Bürgerwissenschaft ist der Motor für offene Wissenschaft und Open Data, die unsere Träume Wirklichkeit werden lassen und die Welt zu einem besseren Ort machen. Wir danken euch!

    Wie immer sind wir dankbar für die Unterstützung aller Freiwilligen und Partner, einschließlich Kanadas New Digital Research Infrastructure Organization (NDRIO), Compute Ontario, Sharcnet und Cancer Computer. Mit ihrer kontinuierlichen Unterstützung können wir den Übergang vollziehen und das künftige Wachstum des Programms sicherstellen.

    Fragen? Besucht unser Forum zum Wechsel zu Krembil (engl.)
    13.09.2021



    Geplante Wartung am Donnerstag, 16. September

    Zusammenfassung

    Wir aktualisieren das Betriebssystem auf unseren Servern am Donnerstag, den 2. September, ab 18:00 MESZ.
    ---
    Wir werden am Donnerstag, den 16. September, ab 18:00 MESZ eine wichtige Aktualisierung des Betriebssystems auf unseren Servern installieren. Wir gehen davon aus, dass die Arbeiten etwa zwei Stunden dauern werden.

    Während dieser Zeit können Teilnehmer zeitweise keine neue Arbeit hoch- oder herunterladen und die Website ist nicht erreichbar.

    Die Freiwilligen müssen keine besonderen Maßnahmen ergreifen, da eure Geräte nach Abschluss der Wartungsarbeiten automatisch erneut versuchen, Verbindung aufzunehmen.

    Wir bedanken uns für eure Geduld und Teilnahme.
    14.09.2021



    Originaltexte:
    https://www.worldcommunitygrid.org/a...?articleId=732
    https://www.worldcommunitygrid.org/a...?articleId=733
    von Veröffentlicht: 31.08.2021 18:30
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Africa Rainfall Project - Originaltext - Diskussion

    Das Tempo des Projekts erhöht sich

    Im letzten Update haben wir Freiwillige des Projekts gebeten, eine Änderung ihrer World-Community-Grid-Einstellungen vorzunehmen, um mehr als eine Arbeitseinheit auf einmal zu bearbeiten.

    Dank der Freiwilligen, die dieser Aufforderung nachgekommen sind, hat sich das Projekt wie folgt verbessert:
    • Das Tempo hat sich seit letztem Monat von einer Generation alle 5,1 Tage auf eine Generation alle 4,4 Tage erhöht (und von etwa 6 Tagen zu Beginn des Jahres verringert).
    • Die nächste Generation von Arbeitseinheiten läuft auf den Maschinen der Freiwilligen innerhalb von 15 Minuten nach der Validierung der vorherigen Generation.



    Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

    Wir haben die Art und Weise geändert, wie wir den Status der Arbeitseinheiten für dieses Projekt melden, um den Freiwilligen ein genaueres Bild des Fortschritts zu vermitteln.

    Neueste Generation: 86,0
    Durchschnittliche Generation: 80,4
    Tempo: 1 Generation alle 4,4 Tage (basierend auf dem letzten 7-Tage Durchschnitt)



    Help Stop Tuberculosis - Originaltext - Diskussion

    Arbeit an zwei Fachartikeln geht weiter

    Mit den kürzlich hinzugekommenen neuen Teammitgliedern treffen die Forscher Entscheidungen über das weitere Vorgehen bei zwei in Arbeit befindlichen Fachartikeln. Derzeit führen sie Tests durch und überprüfen die Analysen für Fachartikel 1 mit neuen, kürzlich entwickelten Methoden. Sobald sie diese Analysen abgeschlossen haben, werden sie die beste Richtung für Fachartikel 2 festlegen.


    Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

    In Bearbeitung: 25 Batches (1.020 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 24.287 Batches (51 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 1,7 Batches pro Tag)

    Hinweis: Für dieses spezielle Projekt müssen die Forscher oft die Batches analysieren, die wir ihnen zurückschicken, bevor sie weitere Arbeitseinheiten erstellen können. Dies kann manchmal zu einer verzögerten Bereitstellung von Arbeitseinheiten führen.



    Mapping Cancer Markers - Originaltext - Diskussion

    Arbeitstempo beschleunigt sich

    Vielen Dank an die Freiwilligen, die auf unsere jüngste Bitte um zusätzliche gespendete Rechenzeit für Mapping Cancer Markers reagiert haben! Das Projekt wird immer schneller; nach Angaben unseres technischen Teams läuft es jetzt etwa 30% schneller als vor einem Monat (was bereits ein höheres Tempo als normal war).

    Als Freiwillige könnt ihr die Projekte, die ihr unterstützt, hier jederzeit überprüfen und ändern.


    Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 709 Batches
    In Bearbeitung: 1.251 Batches
    Abgeschlossen: 78.424 Batches (1.288 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 42,9 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 16,5 Tage



    OpenPandemics - Originaltext - Diskussion

    Priorisierung der Arbeit im World Community Grid an vier Bindungsstellen

    Das Forschungsteam hat kürzlich 600 Batches mit priorisierten Arbeiten an das World Community Grid geschickt. Diese Batches enthielten simulierte Experimente zu mehreren wichtigen Bindungsstellen und zusätzlichen Verbindungen, die als potenzielle Behandlungen vielversprechend sein könnten.

    Sulfonylfluorid (SuFEx) ist ein Molekül, von dem bekannt ist, dass es mit Lysin- (K) und Tyrosin- (Y) Aminosäureseitenketten in Proteinen reagiert und kovalent bindet.

    Die Forscher wählten vier mögliche Bindungsstellen in der Hauptprotease (Mpro) von SARS-CoV-2 aus, die den K- und Y-Seitenketten benachbart sind. Anschließend bereiteten sie etwa 600 Pakete vor, die an fast 300.000 Moleküle von Enamine, die SuFEx enthalten, angedockt werden sollten. Diese Batches wurden kürzlich im World Community Grid abgeschlossen.

    Die vielversprechendsten Moleküle werden gekauft oder synthetisiert und dann an das Labor von Prof. Chris Schofield am Chemistry Research Laboratory der Universität Oxford geschickt, um experimentell zu überprüfen, ob sie an SARS-CoV-2-Mpro binden.


    Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

    CPU

    Zum Herunterladen verfügbar: 2.110 Batches
    28-Tage-Durchschnitt von 94,0 Batches pro Tag
    Geschätzter Vorrat: 21,5 Tage

    GPU

    Zum Herunterladen verfügbar: 3.357 Batches
    28-Tage-Durchschnitt von 398 Batches pro Tag
    Geschätzter Vorrat: 8,8 Tage



    Smash Childhood Cancer - Originaltext - Diskussion

    Hintergrund

    Das Forschungsteam von Smash Childhood Cancer hat Proteine und andere Moleküle identifiziert, die bei bestimmten Krebsarten im Kindesalter eine Schlüsselrolle spielen. Die Herausforderung besteht nun darin, chemische Wirkstoffkandidaten zu finden, die speziell auf diese Schlüsselmoleküle abzielen und somit die Krebszellen kontrollieren.


    Japanische Regierung bittet um Beiträge von Dr. Nakagawara

    Dr. Akira Nakagawara, der Forschungsleiter von Help Fight Childhood Cancer und Gründer dieses Projekts, wurde kürzlich von der japanischen Regierung gebeten, einen Beitrag zu einer vorgeschlagenen nationalen Forschungsstudie über Kinderkrebs zu leisten.


    Aktualisierte Datenanalyse

    Seit Anfang des Jahres analysieren die Forscher die Daten aus der Arbeit am World Community Grid.

    Im Folgenden sind die Schlüsselproteine aufgeführt, für die wir in diesem Monat neue Updates erhalten haben. Jedes dieser Proteine ist an der Entwicklung von mindestens einer Art von Krebs im Kindesalter beteiligt.
    • Beta-Catenin
      Die Forscher setzen die Tests mit den beiden vielversprechenden Verbindungen fort, die im letzten Update als wirksam für dieses Protein beschrieben wurden.

    • Osteopontin
      Der Biochemiker, der zur Unterstützung bei den Tests für dieses Protein hinzugezogen wurde, setzt nun neue Instrumente ein, um bei den Affinitätstests zu helfen (eine Art von Tests, die bei der Entdeckung von Arzneimitteln häufig eingesetzt wird, um erste Ergebnisse zu verfeinern).

    • TrkB
      Seit dem letzten monatlichen Update haben die Forscher beim National Cancer Institute einen Zuschussantrag eingereicht, um weitere Forschungen zu diesem Protein zu finanzieren.

    Hinweis: Das Testen von Verbindungen im Labor erfordert in der Regel mehrere Phasen, und jede Phase kann mindestens mehrere Monate dauern.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Pausiert
    von Veröffentlicht: 30.07.2021 18:10
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Africa Rainfall Project - Originaltext - Diskussion

    Mehr Rechenleistung nötig

    Bei dem derzeitigen Tempo wird das Projekt bis Ende 2021 eine ganze Regenzeit simulieren können. Unser technisches Team hat jedoch festgestellt, dass wir die Arbeit noch schneller erledigen können.

    Wenn ihr derzeit das Africa Rainfall Project unterstützt, würdet ihr bitte in Betracht ziehen, das Projekt durch eine einfache Änderung eurer aktuellen Einstellungen zu beschleunigen?

    Die Standardeinstellung für dieses Projekt ist, dass jedes Gerät jeweils eine Arbeitseinheit bearbeitet. Ihr könnt mehr Arbeit auf eurem Gerät zulassen, indem ihr die folgenden Anweisungen befolgt:
    • Geht zu https://www.worldcommunitygrid.org/m...iewProfiles.do.
    • Klickt auf den Profilnamen für das Profil, das ihr erhöhen möchtet. Für die meisten Benutzer wird dies "Default" sein.
    • Wählt auf dem nächsten Bildschirm die Option "Custom Profile" aus.
    • Ändert unten auf der Seite im Abschnitt "Project Limits" das Dropdown-Menü für "Africa Rainfall Project" auf "2" oder mehr.
    • Klickt auf "Save".



    Herzlichen Glückwunsch, Dr. Le Coz!

    Das Forschungsteammitglied Camille Le Coz hat letzten Monat erfolgreich ihre Dissertation verteidigt und ist nun Dr. Le Coz! Wir gratulieren ihr zu dieser Leistung.


    Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

    World Community Grid verschickt derzeit die Generation 76. (Eine Generation ist eine Reihe von Arbeitseinheiten - in diesem Fall eine Reihe von Computersimulationen von Regenfällen in Afrika südlich der Sahara.)



    Help Stop Tuberculosis - Originaltext - Diskussion

    Datenanalyse

    Seitdem das neueste Mitglied des Forschungsteams fest zum Team gehört, konnte die Gruppe ein paar weitere Methoden entwickeln, die ihnen bei der Datenanalyse helfen. Im Moment überprüfen sie, dass diese Methoden konsistent laufen und stellen sicher, dass die Daten bereit sind.


    Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

    In Bearbeitung: 25 Batches (4.100 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 24.229 Batches (57 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 1,9 Batches pro Tag)

    Hinweis: Für dieses spezielle Projekt müssen die Forscher oft die Batches analysieren, die wir ihnen zurückschicken, bevor sie weitere Arbeitseinheiten erstellen können. Dies kann manchmal zu einer verzögerten Bereitstellung von Arbeitseinheiten führen.



    Mapping Cancer Markers - Originaltext - Diskussion

    Vielen Dank für die verstärkte Unterstützung

    Letzten Monat haben wir alle Freiwilligen, die noch keine Rechenleistung für dieses Projekt zur Verfügung gestellt haben, darum gebeten, sich zu beteiligen. Vielen Dank an alle, die dieser Aufforderung nachgekommen sind! Im Folgenden findet ihr die bisherigen Ergebnisse:
    • Die Zahl der im Juli (bis heute) bearbeiteten Batches ist höher als im letzten Monat (1.230 gegenüber 1.130).
    • Die durchschnittliche Anzahl der Batches pro Tag ist von 37,7 auf 41,0 gestiegen.

    (Und das während des Sommers auf der Nordhalbkugel, wenn die Beteiligung im Allgemeinen zurückgeht.)

    Zur Erinnerung: Ihr könnt die Projekte, die ihr unterstützt, hier jederzeit überprüfen und ändern.


    Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 824 Batches
    In Bearbeitung: 1.038 Batches
    Abgeschlossen: 77.242 Batches (1.230 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 41,0 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 18 Tage



    Microbiome Immunity Project - Originaltext - Diskussion

    Geplante Fachartikel

    Die Forscher planen zwei Fachartikel, die Daten aus dem World Community Grid verwenden werden. (Ihr erster Fachartikel (engl.), der sich auf Techniken bezieht, die sie im Rahmen des Projekts entwickelt haben, wurde Ende Mai veröffentlicht.) In diesem Monat konzentrieren sie sich auf die weitere Analyse und das Schreiben eines der Fachartikel, von dem sie glauben, dass er für andere Wissenschaftler, die am Mikrobiom und in verwandten Bereichen arbeiten, von großem Interesse sein wird.


    Pläne für die Zukunft

    Wie wir im letzten Monat angekündigt haben, wird die Zeit des Projekts im World Community Grid enden, sobald die aktuellen Arbeitseinheiten abgeschlossen sind. Ihr könnt einen übersetzten Beitrag von einem der Forscher aus dem Microbiome Immunity Project Forum mit weiteren Informationen lesen.

    Dies wird das letzte monatliche Update für das Projekt sein, aber wir bleiben in den kommenden Monaten mit dem Forscherteam in Kontakt, während ihre Datenanalyse voranschreitet. Zunächst bereiten die Forscher ein Projekt-Update vor, das wir veröffentlichen werden, sobald es fertig ist. Wir werden auch Ankündigungen machen, wenn ihre Fachartikel veröffentlicht werden oder wenn sie andere Neuigkeiten haben.


    Status der Arbeitseinheiten

    Wir gehen davon aus, dass der aktuelle Vorrat an Arbeitseinheiten bis zum 17. Juli an die Freiwilligen verschickt wird, plus/minus ein paar Tage. Danach werden noch etwa zwei Wochen lang Arbeitseinheiten in Bearbeitung sein (einschließlich möglicher neu verschickter). Wir gehen davon aus, dass alle Arbeitseinheiten bis Ende Juli vollständig bearbeitet sein werden.



    OpenPandemics - Originaltext - Diskussion

    Neues von den Forschern zum Projekt

    Das Forschungsteam hat uns Anfang des Monats ein offizielles Update gegeben. Zu den Highlights des Updates gehören:
    • Was sie während des Stresstests (engl.) im Frühjahr dieses Jahres über ihre eigenen Arbeitsabläufe und Werkzeuge gelernt haben und wie dies der aktuellen und zukünftigen Forschung helfen könnte
    • Weitere Informationen darüber, was genau sie mit Hilfe der gespendeten Rechenleistung analysieren
    • Details über die laufenden Labortests von Substanzen, die als mögliche Behandlungsmethoden für COVID-19 in Frage kommen

    Seit der Veröffentlichung des Updates haben die Forscher auch damit begonnen, eine zweite Gruppe von Substanzen zu testen. Sie werden weitere Einzelheiten bekannt geben, wenn dies geschieht.


    Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

    CPU

    Zum Herunterladen verfügbar: 3.601 Batches
    In Bearbeitung: 2.245 Batches
    Abgeschlossen: 53.615 Batches (2.950 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 98,0 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 36,6 Tage

    GPU

    Zum Herunterladen verfügbar: 6.338 Batches
    In Bearbeitung: 5.441 Batches
    Abgeschlossen: 60.876 Batches (9.520 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 317,0 pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 20,0 Tage



    Smash Childhood Cancer - Originaltext - Diskussion

    Updates zur Datenanalyse

    Seit Anfang des Jahres analysieren die Forscher die Daten aus der Arbeit am World Community Grid.

    Im Folgenden sind die Schlüsselproteine aufgeführt, für die es diesen Monat neue Updates gibt. Jedes dieser Proteine ist an der Entwicklung von mindestens einer Art von Krebs im Kindesalter beteiligt.
    • Beta-Catenin
      Frühe Tests mit den drei bereits erwähnten Verbindungen sind vielversprechend, insbesondere für zwei der Verbindungen. Die Forscher haben begonnen, über ihre Ergebnisse zu schreiben. Sie erwägen auch, weitere Mitarbeiter für die weitere Erprobung der Substanzen hinzuzuziehen.

    • Osteopontin
      Ein Biochemiker, der mit den Forschern zusammenarbeitet, beginnt mit weiteren Tests an diesem Schlüsselprotein.

    • PRDM14
      Die Forscher haben 11 Verbindungen getestet, um herauszufinden, ob und wie sie auf dieses Protein abzielen könnten. Eine Verbindung ist bisher vielversprechend und wird weiter getestet.

    Hinweis: Das Testen von Verbindungen im Labor erfordert in der Regel mehrere Phasen, und jede Phase kann mindestens mehrere Monate dauern.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Pausiert
    von Veröffentlicht: 09.07.2021 10:10
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Durchlauf durch rund 300 Millionen kleine Moleküle für OpenPandemics - COVID-19 als Teil des Systemtests

    Zusammenfassung
    Der kürzlich durchgeführte Stresstest im World Community Grid ermöglichte es den Forschern, schnell Simulationen für 300 Millionen kleine Moleküle durchzuführen.

    Hintergrund
    OpenPandemics - COVID-19 wurde ins Leben gerufen, um die Suche nach möglichen COVID-19-Behandlungen zu beschleunigen. Das Projekt zielt auch darauf ab, ein reaktionsschnelles, quelloffenes Toolkit aufzubauen, das allen Wissenschaftlern bei der schnellen Suche nach Behandlungen im Falle zukünftiger Pandemien helfen kann.

    Ende 2020 gaben wir die Auswahl von 70 Verbindungen (aus einer ursprünglichen Gruppe von ca. 20.000) bekannt, die vielversprechend sein könnten, um als potenzielle Inhibitoren des Virus, das COVID-19 verursacht, untersucht zu werden. Für einige dieser Verbindungen laufen derzeit Labortests (Details siehe am Ende dieses Berichts).

    Ende April und Anfang Mai haben wir dem World Community Grid etwa 30.000 Batches von GPU-Arbeitseinheiten zur Verfügung gestellt. Dies war Teil eines Stresstests der World-Community-Grid-Infrastruktur und des Analyseablaufs und generierte für uns schnell eine extrem große Datenmenge.

    Was haben wir aus dem jüngsten Stresstest gelernt?
    Der Stresstest war eine großartige Übung, um Engpässe in unserem Workflow aufzudecken. Aufgrund der nahezu unglaublichen Menge an zurückgemeldeten Ergebnissen - das Äquivalent von etwa 3/4 der Anzahl der CPU-Ergebnisse eines Jahres in einer Woche - wurde uns klar, dass der größte Engpass das war, was wir intern "Rehydrierung/Analyse" nennen. Dies ist der Schritt, bei dem wir das sogenannte "Genom", das die Lage, die Rotation und den Torsionszustand eines gegebenen Docking-Ergebnisses beschreibt, in xyz-Atomkoordinaten umwandeln und die Analyse durchführen.

    Der Stresstest motivierte uns, erhebliche Optimierungen in unserem Code für die GPU-Version zu entwickeln. Diese Optimierungen beschleunigten die Rehydrierung/Analyse um mehr als das Zehnfache, was zu einer Gesamtbeschleunigung unseres Workflows um den Faktor 5 führte. Diese Optimierungen sollen in unseren Mainstream-Quellcode auf der AutoDock-GPU-GitHub-Seite (engl.) einfließen und der gesamten Community zur Verfügung stehen, was allen Forschern zugute kommt, die unseren Code für ihre Simulationen verwenden.

    Ziele, die derzeit auf dem World Community Grid laufen
    Derzeit konzentrieren sich alle Berechnungen auf das Spike-Protein des SARS-CoV-2-Virus. Die ersten Arbeitseinheiten, die auf den Spike abzielten, waren der "Stresstest", bei dem etwa 300 Millionen kleine Moleküle an eine von vielen möglichen Bindungsstellen angedockt wurden. Anschließend haben wir mehrere mögliche Bindungstaschen mit sowohl reaktiven als auch nicht reaktiven Molekülen ins Visier genommen.

    Die reaktiven Moleküle enthalten eine chemische Gruppe, die in der Lage ist, selektiv entweder mit Tyrosin- oder Lysin-Aminosäuren (die häufige Bausteine von Proteinen sind) zu reagieren, und zwar unter Verwendung einer bestimmten Art von Schwefelchemie (Sulfonylfluorid-Austausch, SuFEx). Wenn eines dieser Moleküle tatsächlich an das Spike-Protein bindet, könnte es den Eintritt des Virus in menschliche Zellen behindern und damit die Replikation des Virus verlangsamen.

    Laufende Tests von Verbindungen
    In unserer Analyse haben wir die rohen Docking-Ergebnisse gefiltert, um die vielversprechendsten Verbindungen zu identifizieren, die synthetisiert und in biologischen Tests getestet werden sollen. Während dieses Prozesses wurde die Anzahl der Ergebnisse von Hunderten von Millionen von Molekülen auf einige Dutzend reduziert, welche die interessantesten Interaktionsmuster mit den viralen Enzymen zeigten.

    Mit unseren Partnern bei Enamine (engl.) identifizierten wir diejenigen, die durch synthetische Chemie besser zugänglich waren, und wählten schließlich Moleküle aus, die gegen zwei der wichtigsten Proteasen des SARS-CoV-2-Virus gerichtet sein könnten: 28 für die Protease Plpro und 47 für die Protease Mpro. Enamine hat die Moleküle rasch synthetisiert, gereinigt und an die Labors unserer experimentellen Partner bei Scripps Florida (die Labore von Griffin und Kojetin) und an der Emory University (Labor von Sarafianos) versandt. Sobald die biologischen Ergebnisse vorliegen, werden wir sie mit der Community teilen.

    Vielen Dank an alle, die dieses Projekt unterstützen!
    08.07.2021

    Originaltext:
    https://www.worldcommunitygrid.org/a...?articleId=715
    von Veröffentlicht: 29.06.2021 09:25
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Africa Rainfall Project - Originaltext - Diskussion

    Speicherung und gemeinsame Nutzung von Daten

    Seit einigen Monaten arbeitet das Forschungsteam daran, die Daten so aufzubereiten, dass sie leicht mit anderen Wissenschaftlern und der Öffentlichkeit geteilt werden können. Da der Datensatz sehr groß und komplex ist, ist dies keine leichte Aufgabe.

    Der Server, auf dem die Projektdaten gespeichert werden, ist nun bereit. Der nächste Schritt wird sein, die Daten zusammenzustellen und zu verschieben. Es gibt allerdings Probleme bei der Anmeldung im System, um die Übergabe abzuschließen. Der Arbeitsablauf ist noch nicht vollständig - die verbleibenden Arbeitsgänge müssen noch herausgefunden werden.


    Meilenstein des Forschungsteams

    Camille Le Coz, das Forschungsteammitglied, das die Arbeitseinheiten vorbereitet und die Ergebnisse interpretiert, wird diesen Monat ihre Dissertation verteidigen. Wir wünschen ihr alles Gute für diesen wichtigen Meilenstein!


    Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

    World Community Grid verschickt derzeit die Generation 70. (Eine Generation ist eine Reihe von Arbeitseinheiten - in diesem Fall eine Reihe von Computersimulationen von Regenfällen in Afrika südlich der Sahara.)



    Help Stop Tuberculosis - Originaltext - Diskussion

    Datenanalyse

    Connor McGee, das neueste Mitglied des Forschungsteams, entwickelt auf maschinellem Lernen basierende Arbeitsabläufe, die bei der Analyse der vom World Community Grid stammenden Daten helfen sollen. Das Team ist dabei, ein Projekt-Update fertigzustellen, das weitere Informationen enthalten wird.

    Die Forscher entscheiden auch, ob sie ihre bisherigen Ergebnisse in einem Bericht zusammenfassen oder zwei Berichte auf Basis der bisher analysierten Daten erstellen.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    In Bearbeitung: 24 Batches (850 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 24.181 Batches (59 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 2,0 Batches pro Tag)

    Hinweis: Für dieses spezielle Projekt müssen die Forscher oft die Batches analysieren, die wir ihnen zurückschicken, bevor sie weitere Arbeitseinheiten erstellen können. Dies kann manchmal zu einer verzögerten Bereitstellung von Arbeitseinheiten führen.



    Mapping Cancer Markers - Originaltext - Diskussion

    Die Hilfe aller wird gebraucht

    Mapping Cancer Markers hat im Allgemeinen einen großen, stetigen Vorrat an Arbeitseinheiten, und das Forschungsteam erwartet, dass dies auch in absehbarer Zukunft so bleiben wird. Mit dem kürzlich bekannt gegebenen Ende eines anderen World-Community-Grid-Projekts bitten wir Freiwillige, die nicht bereits Rechenleistung für Mapping Cancer Markers spenden, es zu ihrer Liste der Projekte hinzuzufügen. Ihr könnt die Projekte, die ihr unterstützt, hier überprüfen und ändern.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Zum Download verfügbar: 863 Batches
    In Bearbeitung: 1.251 Batches
    Abgeschlossen: 75.671 Batches (1.130 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 37,7 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 22,9 Tage



    Microbiome Immunity Project - Originaltext - Diskussion

    Erster Bericht veröffentlicht (und weitere in Arbeit)

    Das Forscherteam hat vor kurzem einen Bericht in Nature Communications über die Techniken veröffentlicht, die sie als Ergebnis des Projekts entwickelt haben.

    Zwei weitere Berichte sind in Arbeit, und die Forscher werden uns über den Stand der Dinge auf dem Laufenden halten, während die Arbeit voranschreitet.


    Die Zukunft des Projekts

    Die Rechenleistung der Freiwilligen hat dem Forscherteam geholfen, die Strukturen von mehr als 330.000 Proteinen vorherzusagen, seit das Projekt im Jahr 2017 gestartet wurde. Mit den jüngsten Fortschritten in der Technologie gibt es nun Möglichkeiten, diese spezielle Art von Daten schneller zu analysieren, als es noch vor vier Jahren möglich war. Daher wird die Zeit des Projekts im World Community Grid enden, sobald die aktuellen Arbeitseinheiten abgeschlossen sind.

    Wir bedanken uns bei allen, die seit Beginn an diesem Projekt mitgearbeitet haben. Die Forscher bereiten ein Update für uns vor und werden uns über zukünftige Arbeiten und Entdeckungen, die sich aus den Daten ergeben könnten, auf dem Laufenden halten.

    Ihr könnt einen Beitrag direkt von den Forschern im Microbiome Immunity Project Forum (engl., deutsche Übersetzung) lesen.


    Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

    Zum Download verfügbar: 1.310 Batches
    In Bearbeitung: 3.846 Batches (8.420.064 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 331.125 Batches (1.368 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 46 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 28 Tage



    OpenPandemics - Originaltext - Diskussion

    Analyse einer noch nie dagewesenen Menge an Daten

    Im vergangenen Monat stellte das Forschungsteam dem World Community Grid etwa 30.000 Batches von GPU-Arbeitseinheiten zur Verfügung. Dies war Teil eines Stresstests der World-Community-Grid-Infrastruktur und generierte schnell eine extrem große Menge an Daten, die von den Forschern analysiert werden.

    Das World-Community-Grid-Tech-Team hat in unserem Forum (engl., deutsche Übersetzung) über die Entdeckungen gepostet, die sie hinsichtlich der aktuellen technischen Möglichkeiten des Programms gemacht haben. Das Forschungsteam arbeitet derzeit an einem Update über das, was sie bisher aus der riesigen Datenmenge herausgefunden haben, aber in der Zwischenzeit haben sie auch über ein paar Statistiken und Projektmeilensteine getwittert.

    Vielen Dank an alle, die am Stresstest teilgenommen haben und die weiterhin Rechenleistung zum Projekt beitragen!


    Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

    CPU

    Zum Download verfügbar: 6.063 Batches
    In Bearbeitung: 2.199 Batches
    Abgeschlossen: 51.189 Batches (6.770 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 225,7 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 26,9 Tage


    GPU

    Zum Herunterladen verfügbar: 16.283 Batches
    In Bearbeitung: 4.174 Batches
    Abgeschlossen: 52.292 Batches (15.366 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 512,2 pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 31,8 Tage
    von Veröffentlicht: 03.06.2021 15:15
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Am Ende dieses Monats wird das Subprojekt Microbiome Immunity Project eingestellt, da die Berechnungen mit neuen Methoden auf Basis maschinellen Lernens erheblich effizienter durchgeführt werden können und die Leistung des World Community Grid nicht mehr benötigt wird. Zudem sind für den morgigen Freitag Wartungsarbeiten angekündigt.

    Wichtige Ankündigung zur Zukunft des Microbiome Immunity Project
    Liebe Freiwillige des World Community Grid,

    vielen Dank für eure heldenhaften Beiträge zum Microbiome Immunity Project! Eure Bemühungen haben es uns ermöglicht, die Strukturen von mehr als 330.000 im Mikrobiom enthaltenen Proteinen vorherzusagen, was unser Verständnis der Funktionen dieser unglaublich komplexen Gemeinschaft, die unseren Körper bewohnt und viele Aspekte unserer Gesundheit und Krankheit unterstützt, drastisch verbessert.

    Mit dem jüngsten Aufkommen neuer Proteinfaltungsmethoden, die auf KI und Deep Learning basieren, ist es nun möglich, diese Strukturen hundertmal schneller zu berechnen als zu Beginn des Projekts. Daher schließen wir das Projekt Ende Juni ab und überführen die Ergebnisse in neue, schnellere Techniken, die auf herkömmlichen High-Performance Compute-Clustern durchgeführt werden können und nicht die Leistung des World Community Grid benötigen.

    Euer freiwilliger Einsatz hat die Zugänglichkeit der Strukturbiologie für Mikrobiom-Forscher weltweit verändert und es ermöglicht, diese Techniken in Tausende von Mikrobiom-Projekten einzubinden, die auf Krankheiten von Typ-1 Diabetes und entzündlichen Darmerkrankungen über Krebs bis hin zu neurologischen Erkrankungen abzielen und auf der ganzen Welt durchgeführt werden.

    Wir haben bereits einen wissenschaftlichen Artikel (engl.) veröffentlicht, der aus den Techniken resultiert, die in diesem Projekt entwickelt wurden, und ein zweiter ist auf dem Weg, der diese Protokolle auf die von euch generierten Ergebnisse anwenden wird. Wir werden euch über weitere Ergebnisse auf dem Laufenden halten, sobald wir sie veröffentlichen.

    Nochmals vielen Dank für eure beeindruckenden Beiträge zum MIP!


    Mit besten Grüßen,
    Das Microbiome Immunity Project Team
    01.06.2021 22:04:50 MEZ


    Geplante Wartung am Freitag, 4. Juni

    Zusammenfassung

    Wir aktualisieren das Betriebssystem auf unseren Servern am Freitag, den 4. Juni, ab 16:00 MESZ.
    ---
    Wir werden am Freitag, den 4. Juni, ab 16:00 MESZ eine wichtige Aktualisierung des Betriebssystems auf unseren Servern installieren. Wir gehen davon aus, dass die Arbeiten etwa vier Stunden dauern werden.

    Während dieser Zeit können Teilnehmer zeitweise keine neue Arbeit hoch- oder herunterladen und die Website ist nicht erreichbar.

    Die Freiwilligen müssen keine besonderen Maßnahmen ergreifen, da eure Geräte nach Abschluss der Wartungsarbeiten automatisch erneut versuchen, Verbindung aufzunehmen.

    Wir bedanken uns für eure Geduld und Teilnahme.
    02.06.2021


    Originaltexte:
    Zitat Zitat von https://www.worldcommunitygrid.org/forums/wcg/viewthread?thread=43484
    Important Announcement about the future of the Microbiome Immunity Project
    Dear World Community Grid volunteers,

    Thank you for your heroic contributions to the Microbiome Immunity Project! Your efforts have allowed us to predict the structures of more than 330,000 proteins contained in the microbiome, dramatically improving our understanding of the functions contained in this incredibly complex community that inhabits all our bodies and underpins many aspects of our health and disease.

    With the recent advent of new protein folding techniques based on AI and deep learning, it is now possible to compute these structures hundreds of times faster than when we started the project. We are therefore drawing the project to a close at the end of June, bridging results to new, faster techniques that can be performed on traditional high-performance compute clusters and do not need the power of World Community Grid.

    What this means is that your volunteer effort has transformed the accessibility of structural biology for microbiome researchers worldwide, allowing these techniques to be incorporated into the thousands of microbiome projects, targeting diseases ranging from type-1 diabetes and inflammatory bowel disease to cancer to neurological disease, and being conducted around the world.

    We already have one scientific article published resulting from the techniques developed from this project, with a second on the way that will apply those protocols to the results that you generated. We will keep you updated on more findings as we publish them.

    Thank you again for your impressive contributions to MIP!


    Best,
    The Microbiome Immunity Project team
    Jun 1, 2021 9:04:50 PM
    Zitat Zitat von https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=706
    Planned Maintenance on Friday, June 4

    Summary

    We are updating the operating system on our servers on Friday, June 4, beginning at 14:00 UTC.
    ---
    We will be applying an important operating system update to our servers on Friday, June 4, beginning at 14:00 UTC. We anticipate that the work will take approximately four hours.

    During some of this time, volunteers will not be able to upload or download new work, and the website will not be accessible.

    Volunteers will not need to take any particular action, as your devices will automatically retry their connections after the maintenance work is completed.

    We appreciate your patience and participation.
    2 Jun 2021
    von Veröffentlicht: 31.05.2021 16:10
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Africa Rainfall Project - Originaltext - Diskussion

    Konferenzvortrag

    Am 29. April hielt Camille Le Coz, Mitglied des Forschungsteams, einen Vortrag über das Projekt auf der EGU General Assembly 2021, einer virtuellen Konferenz der Europäischen Geowissenschaftlichen Union. Der Vortrag kam gut an und die Teilnehmer sind daran interessiert, weitere Daten zu sehen, wenn das Projekt fortschreitet.


    Speicherung und gemeinsame Nutzung von Daten

    Die Forscher arbeiten weiterhin sowohl an einer Datenbankstruktur als auch an einer einfachen grafischen Schnittstelle, um die gemeinsame Nutzung der Projektdaten zu erleichtern. Sie haben Ende des Monats ein weiteres Treffen, um ihre Fortschritte mit Kollegen zu besprechen, die bei dieser Arbeit helfen.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    World Community Grid verschickt derzeit die Generationen 64 und 65. (Eine Generation ist eine Reihe von Arbeitseinheiten - in diesem Fall eine Reihe von Computersimulationen von Regenfällen in Afrika südlich der Sahara.)



    Mapping Cancer Markers - Originaltext - Diskussion

    Forschungsbericht über Lungenkrebsmarker

    Die Forscher haben weitere Datenvalidierungen für diesen Forschungsbericht durchgeführt. Die Signatur, die sie untersuchen, hat sich gut gegen verschiedene unabhängige Datensätze mit einer Vielzahl von Proben (solide Tumore, Blut, etc.) validiert.


    Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

    Zum Download verfügbar: 824 Batches
    In Bearbeitung: 1.202 Batches
    Abgeschlossen: 74.639 Batches (1.265 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 42 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 19,5 Tage



    Microbiome Immunity Project - Originaltext - Diskussion

    BOINC Pentathlon 2021

    Jedes Jahr veranstaltet SETI.Germany einen BOINC Pentathlon, um eine Reihe von förderungswürdigen Projekten zu unterstützen. Das Microbiome Immunity Project war eines der glücklichen Projekte, die dieses Jahr extra Rechenzeit bekamen. Vielen Dank an die vielen Freiwilligen, die teilgenommen haben!


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 3.097 Arbeitseinheiten
    In Bearbeitung: 3.355 Batches (5.866.258 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 329.818 Batches (1.334 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 44,47 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 70 Tage



    OpenPandemics - Originaltext - Diskussion

    GPU-Arbeitseinheiten

    Wir haben kürzlich den Betatest abgeschlossen und GPU-Arbeitseinheiten für dieses Projekt freigegeben. Derzeit sendet das Projekt alle 30 Minuten 1.700 neue Arbeitseinheiten aus. Wir gehen davon aus, dass wir in absehbarer Zukunft GPU-Arbeitseinheiten in diesem Tempo versenden werden.

    Wir werden weiterhin regelmäßige Arbeitseinheiten erstellen und veröffentlichen, die CPU-Leistung verwenden. Dies wird dazu beitragen, dass die Arbeit in einem guten Tempo weiterläuft, und wird sicherstellen, dass jeder teilnehmen kann, der Rechenleistung beisteuern möchte.


    Stresstest der technischen Infrastruktur des World Community Grid

    Anfang des Monats wollte das technische Team des World Community Grid die Obergrenze der Rechenleistung für das Programm bestimmen und herausfinden, ob die aktuelle Infrastruktur die Last tragen kann, wenn wir genügend GPU-Arbeit zur Verfügung stellen, um die Nachfrage zu decken.

    Die Wissenschaftler für OpenPandemics - COVID-19 stellten uns ca. 30.000 Batches an GPU-Arbeit zur Verfügung (das entspricht der Menge an Arbeit, die in etwa 10 Monaten von CPUs erledigt wird), und wir ließen diese Batches laufen, bis sie vollständig verarbeitet waren.

    Der Stresstest dauerte acht Tage, vom 26. April bis zum 4. Mai 2021. Vielen Dank an alle, die an diesem wichtigen Test teilgenommen haben. Wir erwarten in Kürze einen Forumsbeitrag des technischen Teams, in dem sie zusammenfassen, was sie über die aktuellen Fähigkeiten und Grenzen von World Community Grid gelernt haben.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    CPU

    Zum Herunterladen verfügbar: 1.322 Batches
    In Bearbeitung: 6.240 Batches
    Abgeschlossen: 44.810 Batches (5.596 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 186,5 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 7,1 Tage*

    *Das Forschungsteam baut weitere Arbeitseinheiten auf.


    GPU

    In Bearbeitung: 2.391 Batches
    Abgeschlossen: 37.569 Batches (35.296 Batches in den letzten 30 Tagen [größtenteils durch den Stresstest bedingt], durchschnittlich 1.176,5 pro Tag [wiederum größtenteils durch den Stresstest bedingt])



    Smash Childhood Cancer - Originaltext - Diskussion

    Fortlaufende Datenanalyse

    Seit Anfang des Jahres analysieren die Forscher die Daten aus den Arbeiten am World Community Grid.

    Nachfolgend sind die Schlüsselproteine aufgeführt, für die wir neue Updates haben. Jedes dieser Proteine ist an der Entwicklung von mindestens einer Art von Krebs im Kindesalter beteiligt.

    • Beta-Catenin
      Die ersten Tests mit den drei bereits erwähnten Verbindungen sind vielversprechend. Die Forscher sind der Meinung, dass sie genügend erste Daten haben, um mit der Veröffentlichung ihrer Ergebnisse zu beginnen. (Dieser Prozess kann ein Jahr oder länger dauern.)

    • PRDM14
      Die Forscher haben kürzlich einen Förderantrag eingereicht, um weitere Studien zu diesem Ziel zu finanzieren. Sie hoffen, bis zum Ende dieses Sommers eine Antwort von der Finanzierungsquelle zu erhalten.

    • TrkB (NTRK2)
      Die Forscher haben vor kurzem einen Förderantrag für die weitere Erforschung dieses Ziels eingereicht.

    Hinweis: Das Testen von Verbindungen im Labor erfordert in der Regel mehrere Phasen, und jede Phase kann mindestens mehrere Monate dauern.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Pausiert
    von Veröffentlicht: 30.04.2021 18:35
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Africa Rainfall Project - Originaltext - Diskussion

    Präsentationen

    Im März hielt Professor Nick van de Giesen (der Leiter des Projekts) eine Präsentation über das Projekt vor einer Gruppe von IBM-Mitarbeitern. Viele der Informationen, die er präsentierte, könnt ihr in ihrem jüngsten Projekt-Update (engl.) nachlesen.

    Camille Le Coz, Mitglied des Forschungsteams, wird auf der EGU General Assembly 2021, einer virtuellen Konferenz der European Geosciences Union, einen Vortrag halten. Die Konferenz ist für Ende April geplant.


    Speicherung und gemeinsame Nutzung von Daten

    Die Forscher arbeiten weiter daran, die Daten in ein Format zu bringen, das leicht mit anderen Wissenschaftlern und der Öffentlichkeit geteilt werden kann. Um dies zu erleichtern, hoffen sie, in einigen Monaten eine erste Version einer Webschnittstelle fertig zu haben.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    World Community Grid verschickt derzeit Generation 59. (Eine Generation ist eine Reihe von Arbeitseinheiten - in diesem Fall eine Reihe von Computersimulationen von Regenfällen in Afrika südlich der Sahara.)



    Help Stop Tuberculosis - Originaltext - Diskussion

    Neues festes Teammitglied

    Ende letzten Jahres absolvierte der Doktorand Connor McGee ein achtwöchiges Praktikum in unserem Forschungsteam. Wir freuen uns, bekannt geben zu können, dass Connor nun dem Team in Vollzeit beigetreten ist! Wir werden die Details seiner Rolle in das nächste Projektupdate der Forscher aufnehmen.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    In Bearbeitung: 27 Batches (2.700 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 24.060 Batches (60 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 2,0 Batches pro Tag)

    Hinweis: Für dieses spezielle Projekt müssen die Forscher oft die Batches analysieren, die wir ihnen zurückschicken, bevor sie weitere Arbeitseinheiten erstellen können. Dies kann manchmal zu einer verzögerten Bereitstellung von Arbeitseinheiten führen.



    Mapping Cancer Markers - Originaltext - Diskussion

    Forschungsbericht über Lungenkrebsmarker

    Das Forschungsteam arbeitet weiterhin mit einigen ihrer Kollegen aus der klinischen Praxis an diesem Forschungsbericht zusammen. Sie warten auf zusätzliches Feedback und Daten von einigen ihrer Mitarbeiter.


    Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 772 Batches
    In Bearbeitung: 1.223 Batches (10.624.703 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 73.550 Batches (1.232 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 41 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 18,8 Tage



    Microbiome Immunity Project - Originaltext - Diskussion

    In Arbeit befindliche Berichte (einschließlich einem, der bald veröffentlicht wird)

    Seit vielen Monaten arbeiten die Forscher hart an drei Berichten über das Projekt. Sie analysieren weiterhin Daten für zwei der Berichte, aber der dritte wurde kürzlich zur Veröffentlichung angenommen. Wir werden alle informieren, sobald der Bericht online ist.


    Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 4.282 Batches
    In Bearbeitung: 3.263 Batches (6.050.867 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 328.609 Batches (1.285 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 42,83 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 100 Tage



    Smash Childhood Cancer - Originaltext - Diskussion

    Fortlaufende Datenanalyse

    Seit Anfang des Jahres analysieren die Forscher die Daten aus den Arbeiten am World Community Grid.

    Nachfolgend sind die Schlüsselproteine aufgeführt, für die wir neue Updates haben. Jedes dieser Proteine ist an der Entwicklung von mindestens einer Art von Krebs im Kindesalter beteiligt.

    • Osteopontin
      Die ersten Ergebnisse der Forscher für mehrere Verbindungen, die auf dieses Protein abzielen könnten, sind vielversprechend. Das Labor, das die Tests durchführt, wird mit einem Biochemiker zusammenarbeiten, um weitere Untersuchungen durchzuführen.*

    • PRDM14
      Die Forscher haben eine Liste von mehr als einem Dutzend Verbindungen, die sie gegen dieses Protein testen wollen. Sie sind dabei, den Einkaufsprozess zu durchlaufen, und arbeiten auch daran, die Hilfe eines medizinischen Chemikers für diese Tests zu bekommen.*

    • TrkB (NTRK2)
      Die Forscher arbeiten daran, eine Finanzierung für die weitere Untersuchung dieses Proteins zu erhalten.

    *Das Testen von Verbindungen im Labor erfordert in der Regel mehrere Phasen, und jede Phase kann mindestens mehrere Monate dauern.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Pausiert
    von Veröffentlicht: 07.04.2021 09:00
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    OpenPandemics - COVID-19 läuft jetzt auf Maschinen mit Grafikprozessoren

    Zusammenfassung

    Die Software für OpenPandemics - COVID-19 wurde angepasst, um die Leistung von Grafikprozessoren zu nutzen. Dies wird den Forschern nicht nur helfen, mehr Moleküle zu screenen, sondern könnte ihnen auch helfen, komplexere Moleküle zu untersuchen.

    Mehrere Monate lang haben die Forscher von OpenPandemics - COVID-19 im Forli Lab bei Scripps Research und das technische Team von World Community Grid hinter den Kulissen daran gearbeitet, AutoDock 4, die Software, die das Projekt nutzt, für die Verwendung auf Geräten mit Grafikprozessoren (GPUs) anzupassen.

    Während der Beta-Tests haben wir festgestellt, dass die Arbeitseinheiten, die auf den GPUs der Freiwilligen liefen, im Durchschnitt 500 Mal schneller abgeschlossen wurden (GPU-Zeit im Vergleich zur CPU-Zeit) als die gleiche Menge an Arbeit, wenn sie mit der CPU-Version von AutoDock ausgeführt wurde.

    Was ist eine GPU?

    Eine Grafikverarbeitungseinheit (GPU) ist ein anderer Name für die Grafikkarte in einem Computer, die ursprünglich für die Anzeige von Text und Bildern auf einem Monitor verwendet wurde. Mit der Weiterentwicklung der GPUs wurde eine enorme Menge an paralleler Verarbeitungsleistung erreicht. Ursprünglich war dies ein Nebenprodukt der Beschleunigung spezieller grafikbezogener Berechnungen, aber schließlich erweiterten die Hersteller diese Fähigkeiten, um Berechnungen für allgemeine Zwecke zu ermöglichen. Infolgedessen können moderne GPUs bestimmte Arten von Berechnungen deutlich schneller durchführen als die zentralen Recheneinheiten (CPUs), die die gesamte Arbeit in einem Computer orchestrieren. Um einen Grafikprozessor für wissenschaftliche Berechnungen zu nutzen, müssen die Anwendungen jedoch so modifiziert werden, dass sie ein hohes Maß an Parallelität nutzen können, um die Rechenfähigkeiten des Grafikprozessors effizient zu nutzen.

    Wenn ein Freiwilliger OpenPandemics - COVID-19 auf einem Gerät ausführt, das über einen geeigneten Grafikprozessor verfügt, und seine Einstellungen entsprechend anpasst, kann dieses Gerät Arbeitseinheiten viel schneller abschließen als ein Gerät, das nur eine CPU verwendet.

    Warum ist es wichtig, die Geschwindigkeit dieses Projekts zu erhöhen?

    AutoDock-GPU (AD-GPU) könnte die Chancen des Projekts, ein Molekül mit antiviralen Eigenschaften zu finden, noch weiter erhöhen.

    Im Vergleich zu AutoDock 4 (der aktuellen Version der Software, die für OpenPandemics - COVID-19 verwendet wird) ist AD-GPU viel schneller, was der bereits erstaunlichen Rate an angedockten Ergebnissen einen schönen Schub geben wird.

    Darüber hinaus verfügt AD-GPU über einen verbesserten Suchalgorithmus, der eine größere Wahrscheinlichkeit aufweist, starke Wechselwirkungen zwischen den Molekülen und den viralen Proteinen zu finden, und der gut geeignet ist, größere oder komplexere Moleküle anzudocken. Das bedeutet, dass die Forscher mit AD-GPU nicht nur mehr Moleküle screenen können, sondern auch die Suche nach komplexeren Molekülen ermöglichen.



    Vergleich von OpenPandemics GPU zu CPU für die ursprünglich auf CPU ausgelegten Batches 30010-30019, die während des Beta-Tests ausgeführt wurden. Die durchschnittlichen Tage bis zur Fertigstellung eines gesamten Batches (blaue Balken) sind mit den durchschnittlichen Punkten pro Batch (orangefarbene Balken) dargestellt. Die durchschnittliche Gesamtbeschleunigung betrug das 334-fache (das maximal beobachtete Ergebnis war das 516-fache). Die durchschnittlichen Gesamtpunkte pro Batch zeigen eine 1,6-fache Steigerung der algorithmischen Effizienz der GPU. Diese gesteigerte Effizienz wird in GPU-gezielten Paketen genutzt und führt zu viel höheren Punkten pro GPU-Batch.

    Mehr Moleküle, komplexere Moleküle, und das in kürzerer Zeit... das alles ist entscheidend, um mögliche Behandlungen für ein Virus zu finden, das sich nicht nur in den meisten Teilen der Welt immer noch ausbreitet, sondern auch weiter mutiert.

    Sind also auch Geräte ohne GPUs für dieses Projekt wichtig?

    Ja! Derzeit kommen nur etwa 20 Prozent der Leistung des World Community Grid von Geräten mit GPU, daher ist die Teilnahme von jedem CPU-fähigen Computer, Android-Gerät und Raspberry Pi weiterhin entscheidend.

    Vielen Dank an alle, die OpenPandemics - COVID-19 unterstützen!

    Um mehr über GPU-Leistung für dieses Projekt zu erfahren - einschließlich der Frage, wie ihr GPU-fähige Geräte zur Teilnahme befähigt - besucht unsere GPU FAQs.
    06.04.2021

    Originaltext
    von Veröffentlicht: 29.03.2021 20:30
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Africa Rainfall Project - Originaltext - Diskussion

    Bevorstehende Präsentationen

    Wie wir im Update des letzten Monats erwähnt haben, wurde das Mitglied des Forschungsteams, Camille Le Coz, kürzlich als Vortragende bei der EGU General Assembly 2021, einer virtuellen Konferenz der Europäischen Geowissenschaftlichen Union, bestätigt. Die Konferenz ist derzeit für Ende April geplant.

    Darüber hinaus wird der Leiter des Projekts, Professor Nick van de Giesen, am 11. März auf einer IBM-Veranstaltung einen Vortrag über das Projekt halten.


    Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

    World Community Grid verschickt derzeit Generation 54. (Eine Generation ist eine Reihe von Arbeitseinheiten - in diesem Fall eine Reihe von Computersimulationen von Regenfällen in Afrika südlich der Sahara.)



    Mapping Cancer Markers - Originaltext - Diskussion

    Forschungsbericht über Lungenkrebsmarker

    Ein Entwurf des Forschungsberichts wird gerade fertiggestellt. Das Forschungsteam wartet auf zusätzliche Daten von einem Partner, um fortfahren zu können.


    Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 606 Batches
    In Bearbeitung: 1.109 Batches (10.492.542 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 70.937 Batches (1.220 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 40,66 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 14,9 Tage



    Microbiome Immunity Project - Originaltext - Diskussion

    Winter RosettaCon 2021

    Dr. Julia Koehler Leman, ein Mitglied des Forschungsteams, wird auf der Winter RosettaCon 2021, einer virtuellen Konferenz für Benutzer der Rosetta-Software, über das Projekt sprechen. (Das für die molekulare Modellierung entwickelte Rosetta wird vom Forschungsteam des Microbiome Immunity Project verwendet, um die Proteine zu untersuchen, die von den Bakterien im menschlichen Darmmikrobiom produziert werden.)


    In Arbeit befindliche Berichte

    Die Forscher arbeiten gleichzeitig an drei Berichten, die sich in verschiedenen Stadien des Erstellungsprozesses befinden. Einer der Berichte wurde bereits bei einer akademischen Zeitschrift zur Begutachtung eingereicht, und die Forscher analysieren die Datensätze für die beiden anderen.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 5.759 Batches
    In Bearbeitung: 3.352 Batches (5.852.847 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 327.167 Batches (1.237 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 41,23 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 139 Tage



    OpenPandemics - Originaltext - Diskussion

    Beta-Tests für GPU-Arbeitseinheiten

    Wir führen derzeit Beta-Tests für GPU-Arbeitseinheiten durch. (Beta-Tests sind in der Regel der letzte Schritt, bevor ein Programm oder Produkt für die breite Öffentlichkeit freigegeben wird.) Bislang hat das technische Team von World Community Grid vier Runden dieser Tests abgeschlossen und kürzlich eine fünfte Runde gestartet, über die ihr in unserem Forum lesen könnt (engl.).

    Jede Testrunde hilft, Fehler zu identifizieren, die dann vor der Veröffentlichung der endgültigen Version behoben werden. Wir sind sehr dankbar für alle Freiwilligen, die sich an diesen Tests beteiligen, indem sie ihre GPU-Leistung spenden und ihre Ergebnisse dokumentieren.

    Auch nachdem die GPU-Arbeitseinheiten für alle Freiwilligen mit Geräten mit GPU freigegeben sind, werden wir weiterhin reguläre Arbeitseinheiten erstellen und freigeben, die CPU-Leistung verwenden. Dies wird helfen, die Arbeit in einem guten Tempo zu halten, und wird sicherstellen, dass jeder teilnehmen kann, der Rechenleistung beitragen möchte.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 1.682 Batches
    In Bearbeitung: 2.602 Batches (18.377.085 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 30.576 Batches (3.071 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 102 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 16 Tage*

    *Wir werden weitere Arbeitseinheiten erstellen, da noch mehr Arbeit für dieses Projekt zu erledigen ist.



    Smash Childhood Cancer - Originaltext - Diskussion

    Datenanalyse

    Das Forschungsteam analysiert weiterhin die Daten aus den vorherigen Batches der Arbeiten, die im World Community Grid durchgeführt wurden.

    Nachfolgend sind die wichtigsten Proteine aufgeführt, die bisher untersucht wurden und für die es neue Updates gibt. Jedes der aufgeführten Proteine ist an der Entstehung von mindestens einer Art von Krebs im Kindesalter beteiligt.

    • Beta-Catenin
      Das Forschungsteam hat beschlossen, weitere Tests mit drei Verbindungen durchzuführen, die sich als vielversprechend gegen das Beta-Catenin-Protein erwiesen haben.*

    • Osteopontin
      Die Tests mit mehreren Verbindungen, die gegen dieses Protein gerichtet sein könnten, werden fortgesetzt.*

    • PAX3:FOX01
      Die Forscher führen Labortests mit einer Verbindung durch, die möglicherweise gegen dieses Protein wirksam ist.

    *Das Testen von Verbindungen im Labor erfordert in der Regel mehrere Phasen, und jede Phase kann mindestens mehrere Monate dauern.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Projekt pausiert
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