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    von Veröffentlicht: 21.10.2020 16:15
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    Im Rahmen von gene@home rekonstruiert TN-Grid derzeit menschliche Gennetzwerke. Ein neuer Fachartikel beschreibt die Methode und ihre Umsetzung sowie zwei Anwendungsbeispiele, bei denen es darum geht, bereits zugelassene medizinische Wirkstoffe zu finden, die auch gegen andere Krankheiten eingesetzt werden können (engl. Drug Repositioning): Prostatakrebs und koronare Herzkrankheit.

    Artikel in IEEE Transactions on Emerging Topics in Computing veröffentlicht
    Der Artikel "A Computing System for Discovering Causal Relationships among Human Genes to Improve Drug Repositioning" (engl., Ein Rechnersystem zur Entdeckung kausaler Zusammenhänge zwischen menschlichen Genen zur verbesserten Umnutzung von Medikamenten) ist als Vordruck auf IEEE Xplore verfügbar. Dieser Artikel wurde zur Veröffentlichung in einer zukünftigen Ausgabe des Journals angenommen, wurde jedoch noch nicht editiert und der Inhalt könnte sich vor der endgültigen Veröffentlichung noch ändern. Er erscheint im Journal IEEE Transactions on Emerging Topics in Computing, DOI-Nummer: 10.1109/TETC.2020.3031024. Ihr könnt ihn hier finden: https://ieeexplore.ieee.org/document/9224179 (engl.)
    Vielen Dank euch allen für eure unschätzbar wertvolle Unterstützung!
    16.10.2020, 10:18:59 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=298
    Paper published on IEEE Transactions on Emerging Topics in Computing
    The following article, "A Computing System for Discovering Causal Relationships among Human Genes to Improve Drug Repositioning," is available under the "Early Access" area on IEEE Xplore. This article has been accepted for publication in a future issue of this journal, but has not been edited and content may change prior to final publication. This paper appears in: IEEE Transactions on Emerging Topics in Computing, Digital Object Identifier: 10.1109/TETC.2020.3031024. You may find it here: https://ieeexplore.ieee.org/document/9224179
    Thank you all for your invaluable support!
    16 Oct 2020, 9:18:59 UTC
    von Veröffentlicht: 15.10.2020 07:00
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    Ursprünglich anlässlich der Weltausstellung 2020 in Dubai geplant, erinnert die nächste Etappe der diesjährigen PrimeGrid Challenge Series nun an den 209. Geburtstag des französischen Mathematikers Évariste Galois.

    Évariste Galois Challenge
    Beginn: 20.10.2020, 06:00 UTC = 07:00 MEZ = 08:00 MESZ
    Ende: 25.10.2020, 06:00 UTC = 07:00 MEZ
    Subprojekt: Fermat Divisor Search LLR (PPS-DIV)


    Der offizielle Thread zur Challenge im PrimeGrid-Forum ist hier zu finden.

    Es zählen für diese Challenge nur WUs des Subprojekts Fermat Divisor Search LLR (PPS-DIV), die nach dem 20.10. um 08:00 Uhr heruntergeladen und vor dem 25.10. um 07:00 Uhr zurückgemeldet werden! Das gewünschte Subprojekt kann in den PrimeGrid-Einstellungen festgelegt werden.

    Anwendungen gibt es für Windows und Linux (32- und 64-Bit) sowie macOS (64-Bit). Wer in den letzten Monaten keine WUs von längeren LLR-Subprojekten berechnet hat, sollte dies eventuell schon vor der Challenge nachholen, um die relativ große Anwendung (~35 MB) bereits auf dem Rechner zu haben.

    Die verwendete LLR-Anwendung belastet die CPU sehr stark und die automatische Fehlerkorrektur kann die Laufzeiten im Fehlerfall deutlich erhöhen. Daher bitte nicht zu stark übertakten und auf gute Kühlung achten!

    Die Laufzeiten (für normale WUs) liegen im Bereich um eine Stunde. Je nach CPU kann es für den Gesamtdurchsatz vorteilhaft sein, mehrere Kerne an einer WU arbeiten zu lassen (mit der Einstellung Multi-threading: Max # of threads for each task in den Projekteinstellungen). In jedem Fall haben moderne Intel- und die neuesten AMD-Ryzen-CPUs durch die automatisch benutzten Optimierungen (AVX, FMA3, AVX-512) einen erheblichen Vorteil. CPUs, die Hyperthreading unterstützen, laufen oft effizienter, wenn Hyperthreading nicht benutzt wird.

    Die Punkte für die Challenge-Statistik sind identisch mit den BOINC-Credits, werden jedoch sofort gutgeschrieben, während die BOINC-Credits erst vergeben werden, wenn das Ergebnis überprüft ist. Bei dieser Challenge kommt erstmals ein neuer Doublecheck-Mechanismus zum Einsatz, bei welchem am Ende der WU ein wenige MB großes Zertifikat erstellt und hochgeladen wird. Die Überprüfung erfolgt mit einer deutlich kleineren WU (erkennbar an einem c im Namen). Da die Zertifikate viel Speicherplatz auf dem Server einnehmen und die Erzeugung der Bestätigungs-WUs recht fordernd für den Server ist, sollten fertige WUs möglichst sofort gemeldet werden, um die Last zu verteilen.

    Team-Stats bei PrimeGrid
    User-Stats bei PrimeGrid

    Team-Stats bei SETI.Germany
    Detail-Statistik für SETI.Germany
    User-Stats bei SETI.Germany

    Zum Diskussionsthread
    von Veröffentlicht: 14.10.2020 08:15
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    Geplante Wartung am Donnerstag, 15. Oktober 2020

    Zusammenfassung

    Wir aktualisieren das Betriebssystem auf unseren Servern am Donnerstag, den 15. Oktober ab 17:00 MESZ.
    ---
    Wir werden am Donnerstag, den 15. Oktober ab 17:00 MESZ eine wichtige Aktualisierung des Betriebssystems auf unseren Servern installieren. Wir gehen davon aus, dass diese Arbeit ungefähr vier Stunden dauern wird.

    Während dieser Zeit können Teilnehmer zeitweise keine neuen Arbeiten hochladen oder herunterladen und die Website ist nicht zugänglich.

    Die Freiwilligen müssen keine besonderen Maßnahmen ergreifen, da eure Geräte nach Abschluss der Wartungsarbeiten automatisch erneut versuchen, Verbindung aufzunehmen.

    Wir bedanken uns für eure Geduld und Teilnahme.
    13.10.2020

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=654
    Planned Maintenance on Thursday, October 15, 2020

    Summary
    We are updating the operating system on our servers on Thursday, October 15 beginning at 15:00 UTC.
    ---
    We will be applying an important operating system update to our servers on Thursday, October 15 beginning at 15:00 UTC. We anticipate that the work will take approximately four hours.

    During some of this time, volunteers will not be able to upload or download new work, and the website will not be accessible.

    Volunteers will not need to take any particular action, as your devices will automatically retry their connections after the maintenance work is completed.

    We appreciate your patience and participation.
    13 Oct 2020
    von Veröffentlicht: 06.10.2020 15:55
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    Ein neuer Fachartikel in A&A stellt eine Auswertung von mit den ATLAS-Teleskopen auf Hawaii gewonnenen Asteroiden-Lichtkurven vor, die zum Teil mit Asteroids@home durchgeführt wurde. Für etwa 2750 von insgesamt 100000 Asteroiden mit hinreichend vielen Datenpunkten konnte ein eindeutiges Modell rekonstruiert werden, für etwa 1800 davon war bisher kein Modell bekannt.

    Neue Modelle aus ATLAS-Photometrie rekonstruiert
    Unsere neue Beschreibung von aus ATLAS-Photometrie rekonstruierten Asteroidenmodellen wurde zur Veröffentlichung in Astronomy & Astrophysics angenommen. Der Artikel ist auf arXiv verfügbar. Vielen Dank für euren Beitrag!
    06.10.2020, 8:31:05 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von http://asteroidsathome.net/boinc/forum_thread.php?id=863
    New models reconstructed from ATLAS photometry
    Our new paper describing asteroid models reconstructed from ATLAS photometry has been accepted for publication in Astronomy and Astrophysics. The paper is available at arXiv. Thank you for your contribution!
    6 Oct 2020, 7:31:05 UTC
    von Veröffentlicht: 29.09.2020 21:05
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    Unter bereits vorhandenen Medikamenten sind auf der Suche nach Mitteln gegen Covid-19 bisher zwei Arzneistoffe positiv aufgefallen, Remdesivir und Tenofovir. Das nicht zuletzt vom diesjährigen BOINC Pentathlon vorangetriebene Ibercivis-Projekt COVID-PHYM simulierte die Wirkung dieser Arzneistoffe auf das Virus SARS-CoV-2. Ein nun in einer Vorabversion veröffentlichter Fachartikel über die Ergebnisse enthält Anhaltspunkte, weshalb klinische Studien bisher durchaus widersprüchliche Ergebnisse hervorbrachten.

    Vorabdruck zum Projekt COVID-PHYM veröffentlicht
    Das Projekt COVID-PHYM, an welchem ihr gemeinsam mit der Ibercivis-Stiftung und der Arbeitsgruppe für die Biophysik makromolekularer Systeme des CSIC teilgenommen habt, präsentiert seine ersten Ergebnisse als noch nicht begutachteten Vorabdruck. Das Forschungsteam arbeitet weiter am Projekt, um endgültige Ergebnisse vorzulegen.

    Das Projekt schlug vor, Simulationen der Interaktion von Medikamenten gegen Ebola, HIV-Infektionen, Grippe oder Hepatitis B mit dem Replikationsmechanismus des Virus-Genoms von SARS-CoV-2 durchzuführen, wobei das Ziel, effektive Medikamente gegen das Coronavirus zu haben, wichtig zum Verringern der Schwere und der Mortalität der Krankheit ist.

    Die von der Ibercivis-Stiftung geleitete Bürgerbeteiligung über das Verteiltes-Rechnen-Netzwerk BOINC spielte eine wesentliche Rolle beim Ablauf dieses Projekts. Tausende Rechner in aller Welt waren in den Monaten von April bis Juni 2020 zu einem großen Netzwerk zusammengeschlossen, um ihre Rechenleistung für die zur Durchführung des Experiments notwendigen Berechnungen beizusteuern. An all euch private Teilnehmer und die BOINC-Gemeinschaft:

    Vielen Dank!

    zum vollständigen Vorabdruck (engl.)


    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://mailchi.mp/8e02e3ecd2cc/publicadopublished-preprint-del-proyecto-covid-phym
    The COVID-PHYM project preprint has been published
    The COVID-PHYM project in which you participated together with the Ibercivis Foundation and the Biophym group of the Institute for the Structure of Matter of the CSIC presents its first results in the form of pre-printing and lack of peer review. The scientific team continues working on the project in order to produce conclusive results.

    The project proposed to carry out simulations of the interaction of drugs used against Ebola, HIV infection, influenza or hepatitis B with the replication machinery of the SARS-Co-V virus genome, with the aim of having effective drugs against the coronavirus is essential to decrease the severity and mortality of the disease.

    Citizen participation through the Boinc distributed computing network, which we lead from the Ibercivis Foundation, has played a fundamental role in the development of this project. Thousands of computers around the world were connected to a large network during the months of April to June 2020 to contribute their processing capacity to perform the necessary calculations to carry out the experiment. To all of you as private participants and to the Boinc community,

    Thank you very much!

    acces to the full preprint article
    von Veröffentlicht: 29.09.2020 18:55
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    Der vor zwei Monaten beim Journal of Cheminformatics eingereichte Artikel über das Molekül-Erzeugungsprogramm EvoMol wurde inzwischen begutachtet und veröffentlicht, die Zusammenfassung ist in der folgenden Übersetzung enthalten. Außerdem gibt es einen Ausblick auf bevorstehende Arbeiten.

    Wissenschaftliche Veröffentlichung und Neuigkeiten
    Liebe Cruncher,

    vielen Dank für eure Hilfe.

    Ich freue mich, die Veröffentlichung unseres neuesten Open-Access-Artikels über EvoMol, unser quelloffenes Molekül-Erzeugungsprogramm, bekanntzugeben.

    EvoMol: ein flexibler und interpretierbarer evolutionärer Algorithmus zur unvoreingenommenen Neuschöpfung von Molekülen
    Ziel dieser Arbeit ist das Entwerfen eines Molekül-Erzeugungsprogramms, das sowohl bekannte als auch weniger bekannte Abschnitte des chemischen Raums erforschen kann.
    Unsere Methode muss sich flexibel an sehr unterschiedliche Probleme anpassen können. Daher muss sie mit oder ohne den Einfluss vorheriger Daten und Wissens funktionieren. Außerdem sollte sie unabhängig vom Erfolg so gut wie möglich interpretierbar sein, um Diagnosen und Verbesserungen zuzulassen.
    Wir schlagen hier eine neue quelloffene Erzeugungsmethode zum sequentiellen Aufbau molekularer Graphen unter Verwendung eines evolutionären Algorithmus vor. Sie ist unabhängig von den Startwerten und kann bisher nicht gesehene chemische Verbindungen erzeugen. Um einen großen Abschnitt des chemischen Raums durchsuchen zu können, definieren wir einen ursprünglichen Satz von 7 generischen Mutationen nahe an der atomaren Ebene.
    Unsere Methode erreicht hervorragende Leistungen und sogar Rekorde bei QED, plogP, SAscore und CLscore sowie dem Satz zielorientierter Funktionen in GuacaMol. Um ihre Flexibilität zu demonstrieren, gehen wir eine sehr andersartige Zielsetzung aus dem Gebiet der organischen molekularen Festkörper an. Wir zeigen, dass EvoMol allein von Methan ausgehend Sätze optimierter Moleküle mit hochenergetischen höchsten besetzten Molekülorbitalen (engl. highest occupied molecular orbital, HOMO) und niedrigenergetischen niedrigsten unbesetzten Molekülorbitalen (engl. lowest unoccupied molecular orbital, LUMO) erzeugen kann. Wir können auch Synthetisierbarkeit und strukturelle Eigenschaften einschränken. Schließlich erlaubt die Interpretierbarkeit von EvoMol die Darstellung seines Erforschungsprozesses als chemisch relevantes Baumdiagramm.


    Ihr könnt den vollständigen Artikel kostenlos aufrufen:
    https://www.researchgate.net/publica...lar_generation (engl.)
    oder hier:
    https://jcheminf.biomedcentral.com/a...21-020-00458-z (engl.)

    Ihr könnt uns ein wenig mehr helfen, indem ihr diese Seiten besucht, um uns Sichtbarkeit zu verschaffen, und ihr könnt sie auch in euren Teamforen und/oder in Sozialen Netzwerken wie Twitter (@b_damota) teilen.

    Wir arbeiten nun schon seit einiger Zeit am nächsten Artikel. Dieser wird sich insbesondere mit den seit Projektbeginn von euch durchgeführten Berechnungen befassen. Das Ergebnis wird ein frei zugänglicher Datensatz sein. Während wir diesen Artikel schreiben, arbeiten wir auch an den nächsten Schritten. Ohne zuviel zu verraten kann ich nur erzählen, dass eure Berechnungen uns helfen werden, ein einzigartiges, für Chemiker besonders nützliches Werkzeug vorzuschlagen. Wir werden euch natürlich auf dem Laufenden halten! Derzeit laufen zwei Kampagnen, die nicht die oben genannte Arbeit betreffen. Die "nwchem long"-WUs und die neuen "nwchem"-WUs mit dem Präfix "CL9" werden neue Ergebnisse für Artikel Ende 2021 oder 2022 hervorbringen.

    Mit freundlichem Gruß,
    Benoit
    29.09.2020, 9:09:19 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://quchempedia.univ-angers.fr/athome/forum_thread.php?id=122
    Scientific publication and news
    Dear Crunchers.

    Thank you very much for your help.

    I am pleased to announce the publication of our latest open access article describing EvoMol, our opensource molecule generator.

    EvoMol: a flexible and interpretable evolutionary algorithm for unbiased de novo molecular generation
    The objective of this work is to design a molecular generator capable of exploring known as well as unfamiliar areas of the chemical space.
    Our method must be flexible to adapt to very different problems. Therefore, it has to be able to work with or without the influence of prior data and knowledge. Moreover, regardless of the success, it should be as interpretable as possible to allow for diagnosis and improvement.
    We propose here a new open source generation method using an evolutionary algorithm to sequentially build molecular graphs. It is independent of starting data and can generate totally unseen compounds. To be able to search a large part of the chemical space, we define an original set of 7 generic mutations close to the atomic level.
    Our method achieves excellent performances and even records on the QED, penalised logP, SAscore, CLscore as well as the set of goal-directed functions defined in GuacaMol. To demonstrate its flexibility, we tackle a very different objective issued from the organic molecular materials domain. We show that EvoMol can generate sets of optimised molecules having high energy HOMO or low energy LUMO, starting only from methane. We can also set constraints on a synthesizability score and structural features. Finally, the interpretability of EvoMol allows for the visualisation of its exploration process as a chemically relevant tree.


    You can find for free the full article :
    https://www.researchgate.net/publica...lar_generation
    or here :
    https://jcheminf.biomedcentral.com/a...21-020-00458-z

    You can help us a little bit more by visiting these pages to give us visibility and you can also share on your teams forums and/or social websites like tweeter.(@b_damota)

    We have been working for some time now on the following article. It will deal in particular with the calculations you have made since the beginning of the project. The result will be an open access dataset. While we are writing this article we are also working on the next parts. Without divulging, I can only tell you that your calculations will help us to propose a unique tool that is particularly useful for chemists. We will of course keep you informed! Currently, two campaigns are in progress and do not concern the work mentioned above. The "nwchem long" units and the new "nwchem" with tasks with prefix "CL9" will also bring new results for articles probably end of 2021 or 2022.

    Kindly
    Benoit
    29 Sep 2020, 8:09:19 UTC
    von Veröffentlicht: 29.09.2020 16:45
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    In diesen Tagen wurde nicht nur in Zusammenarbeit mit Gerasim@Home ein neues Subprojekt begonnen (vorerst nur mit einer Anwendung für 64-Bit-Windows), sondern auch die Ergebnisse des Ende Juli/Anfang August durchgeführten SAT-CMS-Experiments veröffentlicht:

    Ergebnisse von SAT-CMS
    Als Ergebnis des SAT-CMS-Experiments wurden 29 Paare orthogonaler diagonaler lateinischer Quadrate (engl. orthogonal diagonal Latin squares, ODLS) zehnter Ordnung gefunden. Zwei Zellenzuordnungsschemen (engl. cell mapping schemas, CMS) wurden dafür verwendet. 18 gefundene Paare basieren auf dem ersten CMS, die übrigen elf auf dem zweiten. Ein CMS ist tatsächlich eine Beziehung zwischen zwei lateinischen Quadraten aus einem orthogonalen Paar: für jedes Element des ersten Quadrats zeigt es an, wo dieses Element im zweiten Quadrat zu platzieren ist. Somit kann das zweite Quadrat eines Paares aus dem ersten Quadrat konstruiert werden. Die verwendete Anwendung basiert auf einem konfliktbasierten Algorithmus (CDCL, engl.) zum Lösen des Erfüllbarkeitsproblems der Aussagenlogik (engl. satisfiability problem, SAT). Für jedes untersuchte CMS haben wir zunächst das Problem, Paare (zum CMS passender) ODLS zehnter Ordnung zu finden, auf ein SAT zurückgeführt. Dann wurde das erhaltene SAT in Teilprobleme aufgeteilt, aus denen die WUs erzeugt wurden. Schließlich haben wir aus den gefundenen erfüllenden Zuordnungen (Lösungen des SAT) die entsprechenden ODLS-Paare konstruiert. Alle gefundenen Paare sind hier aufgelistet. Wir sind allen Crunchern, die an diesem Experiment teilgenommen haben, sehr dankbar!
    27.09.2020, 18:30:31 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://rake.boincfast.ru/rakesearch/forum_thread.php?id=244
    Results of SAT-CMS
    As a result of the SAT-CMS experiment, 29 pairs of orthogonal diagonal Latin squares (ODLS) of order 10 were found. 2 cell mapping schemas (CMS) were used for this purpose. 18 found pairs are based on the first CMS, the remaining 11 pairs are based on the second one. CMS is in fact a relation between 2 Latin square from an orthogonal pair: for each element of the first square it shows where this element should be placed in the second square. Therefore, one can effectively construct the second square from a pair given the first square. The computing application was based on the CDCL algorithm aimed at solving the Boolean satisfiability problem (SAT). For each studied CMS, we first reduced a problem of finding pairs of ODLS of order 10 (that match the CMS) to SAT. Then, the obtained SAT problem was splitted into subproblems which in turn formed workunits. Finally, from found satisfying assignments (solutions of the SAT problems) we constructed the corresponding pairs of ODLS. All the found pairs are listed here. We are very grateful to all the crunchers who took part in the experiment!
    27 Sep 2020, 17:30:31 UTC
    von Veröffentlicht: 28.09.2020 16:45
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    Im August wurden wieder mehr Primzahlen gefunden als in den Monaten zuvor. An den insgesamt 153 Funden waren Mitglieder von SETI.Germany zehnmal als Erstfinder und zwölfmal als Doublechecker beteiligt.

    Erstmals seit Mai war wieder ein Top-100-Fund dabei, der daher schon über die Projektnachrichten vermeldet wurde:

    • 109838*5^3168862-1, 2214945 Dezimalstellen, gefunden von zombie67 [MM] (Team: SETI.USA) aus den Vereinigten Staaten am 13.08.2020 um 18:09:10 MEZ, bestätigt von Soulfly (Antarctic Crunchers) aus Dänemark am 13.08.2020 um 23:53:05 MEZ


    Es gab sieben weitere Funde mit mehr als 1 Million Dezimalstellen, darunter auch ein verallgemeinerter Fermatzahl-Teiler:

    • Die 1004437-stellige Proth-Primzahl 8397*2^3336654+1 wurde am 03.08.2020 um 19:58:24 MEZ von Nita aus Finnland mit einem Intel Core i7-9700K gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR auf 2 Threads etwa 28 Minuten benötigt wurden. Die Bestätigung erfolgte am 08.08.2020 um 07:06:40 MEZ durch kmpoon aus Hongkong mit einem Intel Core i7-6700, wobei für den Primalitätstest mit LLR auf 4 Threads etwa 28 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1855741-stellige Proth-Primzahl 39*2^6164630+1 wurde am 15.08.2020 um 21:16:05 MEZ von Freezing (SETI.Germany) aus Deutschland mit einem Intel Core i9-10940X gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR auf 7 Threads etwa 38 Minuten benötigt wurden. Diese Megaprimzahl ist ein Teiler der verallgemeinerten Fermat-Zahl GF(6164629,5)=5^2^6164629+1 sowie der erweiterten verallgemeinerten Fermat-Zahl xGF(6164629,11,6)=11^2^6164629+6^2^6164629.

    • Die 1004576-stellige Proth-Primzahl 1251*2^3337116+1 wurde am 17.08.2020 um 21:04:47 MEZ von mfl0p (Aggie The Pew) aus den Vereinigten Staaten mit einem AMD Ryzen 9 3950X gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR auf 4 Threads etwa 13 Minuten benötigt wurden. Die Bestätigung erfolgte am 17.08.2020 um 21:39:06 MEZ durch Scott Cox (The Knights Who Say Ni!) aus den Vereinigten Staaten mit einem Intel Core i5-3350P, wobei für den Primalitätstest mit LLR etwa 1 Stunde 53 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1004623-stellige Proth-Primzahl 7933*2^3337270+1 wurde am 23.08.2020 um 23:24:00 MEZ von Renix (Storm) aus den Vereinigten Staaten mit einem Intel Core i5-6600 gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR auf 2 Threads etwa 31 Minuten benötigt wurden. Die Bestätigung erfolgte am 24.08.2020 um 00:17:57 MEZ durch Buckeye4lf (Antarctic Crunchers) aus den Vereinigten Staaten mit einem AMD Ryzen Threadripper 3970X, wobei für den Primalitätstest mit LLR auf 4 Threads etwa 19 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1845650-stellige verallgemeinerte Fermat-Primzahl 10979776^262144+1 wurde am 26.08.2020 um 15:31:41 MEZ von JH30895 (Antarctic Crunchers) aus den Vereinigten Staaten mit einer AMD Radeon RX 5700 XT in Verbund mit einem Intel Xeon W-3245 gefunden, wobei für den PRP-Test mit Genefer 30 Minuten 44 Sekunden benötigt wurden. Die Bestätigung erfolgte am 26.08.2020 um 16:37:00 MEZ durch fnord (SETI.Germany) aus Deutschland mit einer NVIDIA GeForce RTX 2070 in Verbund mit einem AMD Ryzen 5 1600X, wobei für den PRP-Test mit Genefer 15 Minuten 32 Sekunden benötigt wurden.

    • Die 1004658-stellige Proth-Primzahl 1515*2^3337389+1 wurde am 28.08.2020 um 13:46:23 MEZ von LucasBrown (XKCD) aus den Vereinigten Staaten mit einem Intel Core i7-6700K gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR etwa 46 Minuten benötigt wurden. Die Bestätigung erfolgte am 28.08.2020 um 14:44:43 MEZ durch Randall J. Scalise aus den Vereinigten Staaten mit einem Intel Core i5-4590, wobei für den Primalitätstest mit LLR etwa 1 Stunde 28 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1033906-stellige verallgemeinerte Fermat-Primzahl 77281404^131072+1 wurde am 30.08.2020 um 19:12:32 MEZ von Homefarm (UK BOINC Team) aus dem Vereinigten Königreich mit einer NVIDIA GeForce RTX 2080 Ti in Verbund mit einem Intel Core i9-9900K gefunden, wobei für den PRP-Test mit Genefer 2 Minuten 52 Sekunden benötigt wurden. Die Bestätigung erfolgte am 30.08.2020 um 19:14:21 MEZ durch SEARCHER (BOINC@Pfalz) aus Deutschland mit einer NVIDIA GeForce GTX 1660 Ti in Verbund mit einem Intel Core i9-9900K, wobei für den PRP-Test mit Genefer 15 Minuten 32 Sekunden benötigt wurden.


    Die verbliebenen 145 Primzahlfunde verteilen sich auf folgende Subprojekte:

    • Proth Prime Search (PPS): 3 Funde im Bereich 2879973 ≤ n ≤ 2884844 (866962-868428 Dezimalstellen), darunter ein Doublecheck von rmcknt
    • Proth Prime Search Extended (PPSE): 19 Funde im Bereich 1583150 ≤ n ≤ 1585568 (476580-477308 Dezimalstellen)
    • Sophie Germain Prime Search (SGS): 49 Funde im Bereich 5497273169157 ≤ k ≤ 5551228961535 (388342 Dezimalstellen), darunter ein Erstfund und ein Doublecheck von No_Name sowie ein Doublecheck von jnamath
    • Generalized Fermat Prime Search (n=15): 60 Funde im Bereich 186197914 ≤ b ≤ 193526634 (270991-271540 Dezimalstellen), darunter drei Erstfunde und vier Doublechecks von walli, drei Erstfunde von Kai Gerstenberger, ein Erstfund und ein Doublecheck von rolfo sowie zwei Doublechecks von Juergen
    • Generalized Fermat Prime Search (n=16): 13 Funde im Bereich 95020906 ≤ b ≤ 96255150 (522835-523202 Dezimalstellen), darunter ein Erstfund von rolfo sowie ein Doublecheck von Terminator
    • Generalized Fermat Prime Search (n=17 Low): 1 Fund: 20674450^131072+1 (958849 Dezimalstellen)


    von Veröffentlicht: 27.09.2020 09:10
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    Africa Rainfall Project - Originaltext - Diskussion

    Forschungsteam begrüßt einen Studenten

    Ein neuer Student hat sich den Forschern angeschlossen, um bei der Datenanalyse zu helfen. Sie werden die Ergebnisse der Daten aus dem World Community Grid mit Daten aus anderen Quellen vergleichen.


    Bevorstehende Konferenzen

    Der Forschungsleiter des Projekts, Professor Nick van de Giesen, wird auf der Konferenz der American Geophysical Union, die im Dezember stattfindet, einen Vortrag halten.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Das World Community Grid verschickt derzeit die Generationen 22 und 23 (eine Generation ist eine Reihe von Arbeiten - in diesem Fall eine Reihe von Computersimulationen der Regenfälle in Afrika südlich der Sahara).



    FightAIDS@Home - Phase 2 - Originaltext - Diskussion

    Zukünftige Ausrichtung

    Mehrere Monate lang hatten die Forschungsteams für beide Phasen von FightAIDS@Home mögliche neue Ziele für die nächste Runde der Arbeit am World Community Grid diskutiert. In den letzten Wochen haben sie sich jedoch der Frage zugewandt, wie neue Ansätze und Technologien am besten genutzt werden können, um ihre Datenanalysen weiter zu verfeinern und möglicherweise zu beschleunigen.

    Sie befinden sich nun in einem sehr frühen Stadium der Untersuchung, welche neuen Ansätze und Technologien (falls vorhanden) zur Rationalisierung ihrer Arbeit beitragen könnten. Daher planen sie zwar zusätzliche Arbeiten am World Community Grid, aber der Zeitrahmen dafür wird länger sein als wir ursprünglich dachten.

    Wir werden alle auf dem Laufenden halten, sobald uns mehr Informationen von den Forschern vorliegen.


    30 Jahre AutoDock Suite

    Die Wissenschaftler der Phase 1 haben vor kurzem einen Bericht über das AutoDock Programm abgeschlossen, das sie vor 30 Jahren bei Scripps Research ins Leben gerufen haben. Dieser Bericht wurde vor kurzem veröffentlicht, befindet sich aber derzeit hinter einer Paywall. Wir werden es alle wissen lassen, sobald wir eine frei zugängliche Version haben (was voraussichtlich in einigen Tagen der Fall sein wird).


    Aktueller Stand des Projekts

    Abschluss von Phase 2, in Erwartung einer Neuausrichtung des Forschungsteams



    Help Stop Tuberculosis - Originaltext - Diskussion

    Studenten-Rotation

    Zusätzlich zu dem neuen Teammitglied, das in der letzten Projektaktualisierung vorgestellt wurde, werden die Forscher ab Oktober einige Monate lang einen zusätzlichen Studenten haben, der bei der Datenanalyse helfen wird.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    In Bearbeitung: 41 Batches (4.100 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 23.574 Batches (34 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 1,1 Batches pro Tag)

    Hinweis: Für dieses spezielle Projekt müssen die Forscher oft die Batches analysieren, die wir ihnen zurückschicken, bevor sie weitere Arbeitseinheiten bauen können. Dies kann manchmal zu einer verzögerten Lieferung von Arbeitseinheiten führen.



    Mapping Cancer Markers - Originaltext - Diskussion

    Lungenkrebs-Marker

    Wie bereits im letzten Monatsbericht erwähnt, haben die Forscher damit begonnen, mit einigen ihrer Kollegen aus der klinischen Praxis zusammenzuarbeiten, um Input über die Bedeutung einiger der Ergebnisse des Projekts über Lungenkrebs-Marker zu erhalten. Dieser Prozess ist im Gange und könnte viele Monate dauern.

    Sobald das Forschungsteam die Gespräche mit den Kollegen beendet hat, werden diese ihr Feedback in einen Forschungsbericht einfließen lassen.


    Beta-Tests an neuen Sarkom-Arbeitseinheiten

    Das World Community Grid Tech Team hofft, einen weiteren Betatest für neue Sarkom-Arbeitseinheiten durchführen zu können. Wenn dieser Beta-Test bereit ist, werden wir in unserem Forum für Beta-Test-Ankündigungen eine Mitteilung veröffentlichen, damit interessierte Freiwillige daran teilnehmen können. Freiwillige können hier ihre Einstellungen überprüfen, um zu sehen, ob sie sich für den Betatest angemeldet haben.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 844 Batches
    In Bearbeitung: 889 Batches (7.152.542 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 65.645 Batches (749 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 25 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 33 Tage



    Microbiome Immunity Project - Originaltext - Diskussion

    Checkpointing überprüfen

    Beim verteilten Rechnen ist das Checkpointing eine Technik, mit der sichergestellt wird, dass Arbeitseinheiten auch dann abgeschlossen werden können, wenn das Gerät, das an ihnen arbeitet, eine Pause macht, ohne dass die Arbeitseinheiten neu gestartet werden müssen. Das technische Team von World Community Grid hat kürzlich einige Arbeiten zu einem Checkpointing-Problem für die Arbeitseinheiten des Microbiome Immunity Projekts durchgeführt. Wir gehen davon aus, dass es aufgrund dieses Problems zu keinem Verlust von Forschungsdaten kommen wird.


    Laufende Berichte

    Das Forschungsteam arbeitet derzeit an drei Berichten, die sich auf die von World Community Grid verarbeiteten Daten beziehen.

    Bericht #1 - wird demnächst, hoffentlich in den nächsten Wochen, bei einer Zeitschrift eingereicht
    Bericht #2 - Fertigstellung der Analyse und der Grafiken für das Manuskript, das bis Ende 2020 bei einer Zeitschrift eingereicht werden soll
    Bericht #3 - Arbeit an der Datenanalyse, keine geschätzte Zeit für die Einreichung


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 3.923 Batches
    In Bearbeitung: 5.148 Batches (15.564.135 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 313.375 Batches (4.852 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 161,7 Batches pro Tag)
    Geschätzter Arbeitspuffer: 24 Tage



    OpenPandemics - Originaltext - Diskussion

    GPU-Version von OpenPandemics

    Sowohl das Forschungsteam als auch das World Community Grid Tech Team machen weiterhin Fortschritte bei der Portierung der OpenPandemics-Software auf GPU.

    Die Forscher arbeiten an Leistungsverbesserungen für eine OpenCL-Version. In der Zwischenzeit hat World Community Grid den Code für die IBM-Open-Source-Prüfung und eine Sicherheitsüberprüfung eingereicht. Wir wissen derzeit noch nicht genau, wann die IBM-Prüfungen fertig sein werden.


    AutoDock Suite wird 30

    Das Forscherteam veröffentlichte vor kurzem einen Bericht über die Geschichte von AutoDock, der Software, die OpenPandemics, FightAIDS@Home und andere Projekte unterstützt, die nach potenziellen Behandlungsmethoden für verschiedene Krankheiten gesucht haben. Ihr könnt den Bericht hier (engl.) lesen.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 3.452 Batches
    In Bearbeitung: 2.259 Batches (18.949.527 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 9.479 Batches (2.991 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 99,7 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 34,6 Tage



    Smash Childhood Cancer - Originaltext - Diskussion

    Beta-Tests abgeschlossen

    Das World Community Grid Team hat Anfang dieses Monats einen Betatest neuer Arbeitseinheiten gestartet. Die Tests verliefen reibungslos, und wir sind dankbar für alle Freiwilligen, die sich angemeldet haben, um Rechenzeit für diesen wichtigen Prozess zu spenden.


    Projekt fortgesetzt!

    Nach dem erfolgreichen Betatest hat Smash Childhood Cancer am 22. September das Senden und Empfangen von Arbeit mit dem World Community Grid wieder aufgenommen.

    Für diese Arbeitsreihe konzentriert sich das Forschungsteam auf ein Gen namens EWSR1. Dieses Gen spielt eine wichtige Rolle bei der Entwicklung des Ewing-Sarkoms, einem seltenen Krebs im Kindesalter, der normalerweise in einem Knochen oder im Weichgewebe um einen Knochen herum beginnt und sich auf die Lunge oder andere Knochen ausbreiten kann.

    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Projekt wurde am 22. September mit 143 Batches von Arbeitseinheiten fortgesetzt.
    von Veröffentlicht: 27.09.2020 08:45
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Ein neuer Artikel in der Fachzeitschrift Science beschreibt die Entwicklung von Miniproteinen, die an die "Spitzen" des Coronavirus SARS-CoV-2 ankoppeln und dadurch dessen Bindung an das menschliche Enzym ACE2 verhindern können. Solche Hemmstoffe können vor oder in der Frühphase einer Infektion die Vermehrung des Virus verhindern und daher beispielsweise in prophylaktischen Medikamenten für medizinisches Personal mit Kontakt zu potentiellen Covid-19-Patienten Anwendung finden. Rosetta@home spielte beim Finden dafür geeigneter Gerüstproteine eine Rolle. David Baker beschreibt die Vorgehensweise bei der Forschung recht allgemeinverständlich (allerdings in englischer Sprache) in einem Video (dessen Einbettung in die Originalnachricht des Projekts leider auch störende Auswirkungen hatte).

    Neues zum Coronavirus von David Baker. Danke euch allen für eure Beiträge!
    Hier ist ein kurzes Video, in welchem David Baker einige spannende Ergebnisse der auf SARS-CoV-2 abzielenden Wirkstoffentwicklung beschreibt.

    Danke euch allen für eure Beiträge zu dieser Forschung! Zwar wurde R@h nicht direkt für die in der (unten verlinkten) Veröffentlichung beschriebene Arbeit verwendet, aber R@h wurde zum Optimieren dafür relevanter Gerüstproteine verwendet. Außerdem gibt es derzeit mehrere vergleichbare Optimierungen, die an SARS-CoV-2 und verwandte Ziele binden und mit R@h entwickelt wurden.

    https://www.youtube.com/embed/ODEIN5V3yLg (engl.)

    Weiterführende Informationen sind in der Veröffentlichung De novo design of picomolar SARS-CoV-2 mini protein inhibitors (engl., Neuschöpfung pikomolarer Miniprotein-Hemmstoffe für SARS-CoV-2) zu finden.
    22.09.2020, 00:16:33 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=14226
    Coronavirus update from David Baker. Thank you all for your contributions!
    Here is a short video of David Baker describing some exciting results from de novo designs targeting SARS-Cov-2.

    Thank you all for your contributions to this research! Although R@h was not directly used for the work described in the publication (link provided below), R@h was used for designing relevant scaffolds. Additionally, there are currently many similar designs that bind SARS-Cov-2 and related targets that were engineered using R@h.

    https://www.youtube.com/embed/ODEIN5V3yLg

    More information is available from the publication, De novo design of picomolar SARS-CoV-2 mini protein inhibitors.
    21 Sep 2020, 23:16:33 UTC
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