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    von Veröffentlicht: 06.12.2021 12:10
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    Ein kleiner Animationsfilm führt zum Ursprung kontinuierlicher Gravitationswellen, nach denen die entsprechenden Subprojekte von Einstein@Home suchen.

    Animationsfilm über Neutronensterne, Pulsare und kontinuierliche Gravitationswellen
    Begleite uns auf eine Reise in die Tiefen unserer Milchstraße mit einem Animationsfilm über Neutronensterne, Pulsare und kontinuierliche Gravitationswellen! Dieses neue Video wurde von der Forschungsgruppe von Dr. M.A. Papa erstellt, die mit der Einstein@Home-Gravitationswellensuche arbeitet. Es führt dich durch unsere Milchstraße zu einer ganz besonderen Art von Stern: einem Neutronenstern. Schnell rotierende Neutronensterne sind das Hauptziel von Einstein@Home, da sie kontinuierlich Gravitationswellen aussenden. Die Entdeckung dieser Wellen wird ein neues Instrument für astrophysikalische Untersuchungen sein. Viel Spaß mit dem Film!
    02.12.2021 17:01:30 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://einsteinathome.org/content/animated-movie-about-neutron-stars-pulsars-and-continuous-gravitational-waves
    Animated movie about neutron stars, pulsars, and continuous gravitational waves
    Join us on a journey into the depths of our Galaxy with an animated movie about neutron stars, pulsars, and continuous gravitational waves! This new video was created by Dr. M.A. Papa's research group that deploys the Einstein@Home gravitational wave searches. It will take you through our Galaxy to a very special type of star: a neutron star. Rapidly rotating neutron stars are the main target of Einstein@Home because of their continuous gravitational wave emission. Detecting these waves will be a new tool for astrophysical investigations. Enjoy the movie!
    2 Dec 2021 16:01:30 UTC
    von Veröffentlicht: 06.12.2021 11:00
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    Nachdem nach dem Ausfall im August über längere Zeit auch die Webseite des Projekts nicht mehr erreichbar war, ist diese nun wiederhergestellt und beinhaltet folgende Nachricht zur Serversituation:

    Serverstatus - außer Betrieb
    Die Projektserver sind derzeit länger als erwartet vom Netz. Hauptgrund dafür ist, dass wir länger auf den neuen Server warten mussten als gedacht. Wir haben nun endlich einen neuen Server, aber es wird noch etwas Zeit brauchen, das Projekt wieder zu starten. Der neue Server wird an einem anderen Ort stehen als die alten Server, alle Projektdaten müssen übertragen werden und die BOINC-Serversoftware muss auf die neueste Version aktualisiert werden, bevor es weitergeht. Das Projekt lief bisher auf drei Servern, von denen zwei abgestürzt sind. Die Daten des BOINC-Projekts lagen auf diesen defekten Servern, die nicht zum BOINC-Projekt gehörenden Daten lagen auf dem dritten Server. Auf dem neuen Server werden sämtliche BOINC-Daten der beiden defekten Server untergebracht.

    Es tut mir Leid, dass ich nicht früher Neuigkeiten gepostet habe. Falls nötig, werde ich hier weitere Informationen posten. Ich nehme an, dass das Projekt bis zum Monatsende wieder bereit ist. Diese Webseite läuft nun vorübergehend auf einem Raspberry Pi und wird auf den neuen Server übertragen, sobald fertig.
    02.12.2021

    Originaltext:
    Zitat Zitat von http://asteroidsathome.net/project.html
    Server status - offline
    Project servers are currently offline for longer period than expected. The main reason is that waiting for a new server took longer than expected. We finally have a new server but it will still take some time to start the project again. The new server will be at a different location than old servers are, all the project data have to be transferred there and BOINC server must be upgraded to the latest version before running up again. The project was running on three servers which two of them crashed. BOINC project data was using those two bad servers, non-BOINC project data was on the third server. New server will be running BOINC project data from both bad servers.

    I am sorry I didn't post any news earlier. If needed I will post additional information here. I suppose that the project will be ready to continue by the end of month. This website is now running temporary on a Raspberry Pi and will switch to a new server when ready.
    02-12-2021
    von Veröffentlicht: 02.12.2021 08:00
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    Das Jahresende naht und so geht auch die PrimeGrid Challenge Series 2021 ihrem Ende entgegen. Den Schlusspunkt bildet wie seit vielen Jahren üblich eine eher Grafikkarten-lastige Veranstaltung. Als Aufhänger dient erstmals der Meteorstrom der Geminiden, nachdem den meist weniger ergiebigen Perseiden im August und den meist sehr viel weniger ergiebigen Leoniden im November diese Ehre in der Vergangenheit schon mehrfach zuteilwurde.

    Geminids Shower Challenge
    Beginn: 07.12.2021, 07:00 UTC = 08:00 MEZ
    Ende: 17.12.2021, 07:00 UTC = 08:00 MEZ
    Subprojekte:
    - Generalized Fermat Prime Search n=21 (GFN-21)
    - Generalized Fermat Prime Search n=22 (GFN-22)
    - Do You Feel Lucky? (GFN World Record Attempt)


    Der offizielle Thread zur Challenge im PrimeGrid-Forum ist hier zu finden.

    Es zählen für diese Challenge nur WUs der Subprojekte Generalized Fermat Prime Search n=21 (GFN-21), Generalized Fermat Prime Search n=22 (GFN-22) oder Do You Feel Lucky? (GFN World Record), die nach dem 07.12. um 08:00 Uhr heruntergeladen und vor dem 17.12. um 08:00 Uhr zurückgemeldet werden! Die Subprojekte können in den PrimeGrid-Einstellungen ausgewählt werden.

    Anwendungen sind vorhanden für OpenCL-fähige NVIDIA- und AMD/ATI-Grafikkarten unter Windows, Linux und macOS. Für GFN-21 können auch CPUs verwendet werden. Die Anwendung stellt erhöhte Ansprüche an die Stabilität der Hardware, daher bitte nicht zu stark übertakten und auf gute Kühlung achten!

    Die Laufzeiten liegen auf modernen Mittelklasse-Grafikkarten zwischen 12 und 24 Stunden für GFN-21, für GFN-22 ist etwa die vierfache Zeit zu rechnen, für Do You Feel Lucky? noch ein Stück mehr. Aufgrund der höheren Bonuspunkte für längere WUs dürfte auf den meisten Grafikkarten Do You Feel Lucky? die optimale Wahl hinsichtlich der Punkteausbeute sein, solange die WUs rechtzeitig fertig werden. Während aktuelle NVIDIA-Grafikkarten enorm von ihrer überlegenen Ganzzahl-Rechenleistung profitieren, könnten einige AMD-Grafikkarten bei GFN-22 und GFN-21 (jedoch nicht bei Do You Feel Lucky?) aber auch von ihrer Double-Precision-Leistung profitieren.

    Auf CPUs sind auch für GFN-21 schon mehrtägige Laufzeiten zu erwarten, AVX- und FMA3-fähige CPUs können jedoch auch mit mehreren Kernen an einer WU arbeiten. Im Gegensatz zu den LLR-Subprojekten kann das nicht über die Projekteinstellungen, sondern nur mit einer app_config.xml aktiviert werden (im Beispiel für 4 Kerne):
    Code:
    <app_config>
       <app_version>
           <app_name>genefer</app_name>
           <cmdline>-nt 4</cmdline>
           <avg_ncpus>4</avg_ncpus>
           <plan_class>cpuGFN21</plan_class>
       </app_version>
    </app_config>
    Dieser Text muss als app_config.xml im Unterverzeichnis projects\www.primegrid.com des BOINC-Datenverzeichnisses (unter Windows standardmäßig C:\ProgramData\BOINC) gespeichert werden. Die Einstellung wird durch Konfigurationsdatei einlesen oder Neustart für neue WUs übernommen. Achtung: Das Multithreading funktioniert ausschließlich bei GFN-21, es kann also nicht mit den kürzeren GFN-Subprojekten getestet werden!

    Die Punkte für die Challenge-Statistik sind identisch mit den BOINC-Credits, werden jedoch sofort gutgeschrieben, während die BOINC-Credits erst vergeben werden, wenn das Quorum von 2 übereinstimmenden Ergebnissen erreicht ist. Sollte sich ein Ergebnis als falsch erweisen, werden die Punkte natürlich wieder abgezogen.

    Team-Stats bei PrimeGrid
    User-Stats bei PrimeGrid

    Team-Stats bei SETI.Germany
    Detail-Statistik für SETI.Germany
    User-Stats bei SETI.Germany

    Zum Diskussionsthread
    von Veröffentlicht: 01.12.2021 19:55
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    Africa Rainfall Project - Originaltext - Diskussion

    Das Team sicherte sich den nötigen Speicherplatz

    Das African Rainfall Project wird eine große Menge an Daten (500 TB) produzieren. Um diese für Forscher und interessierte Freiwillige leicht zugänglich zu machen, müssen die Daten in Form von Karten über eine einfache Webschnittstelle präsentiert werden.

    Vor kurzem hat die Technische Universität Delft ausreichend permanenten Speicherplatz zur Verfügung gestellt, um dieses wichtige Projekt zu ermöglichen. Technisch läuft dies über einen THREDDS-Server, der von der University Corporation for Atmospheric Research (UCAR) entwickelt und von der National Science Foundation gefördert wird. Am Ende wird jeder in der Lage sein, einen Teil Afrikas von besonderem Interesse heranzuzoomen und Variablen wie Niederschlag oder Temperatur sowie einen bestimmten Zeitraum auszuwählen, woraufhin eine Karte angezeigt wird. Angesichts des derzeitigen Projektfortschritts gehen wir davon aus, dass alle Daten und Karten bis November 2022 verfügbar sein werden.


    Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

    Mit der neueren Art von Berichten für Arbeitseinheiten ist der Status für dieses Projekt folgender:

    Neueste Generation: 110
    Durchschnittliche Generation: 102,2
    Tempo: 1 Generation alle 3,6 Tage (basierend auf dem letzten 14-Tage-Durchschnitt)



    Help Stop Tuberculosis - Originaltext - Diskussion

    Das Team macht Fortschritte bei der Analyse der aktuellen Ergebnisse

    Das Team überprüft die Ergebnisse kontinuierlich und hat vor kurzem einen neuen, leistungsfähigeren Laptop erhalten, um die Daten besser analysieren zu können. Derzeit werden einige Methoden des maschinellen Lernens getestet, um die Bedingungen für Validierungsversuche im Anschluss an die daraus resultierenden Vorhersagen vorab zu optimieren.

    Aufgrund seines Fachwissens zu diesem Thema wurde das Forschungsmitglied Connor McGee eingeladen, einen Vortrag über maschinelles Lernen zu halten.


    Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

    In Bearbeitung: 21 Batches (655 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 24.397 Batches (42 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 1,4 Batches pro Tag)

    Hinweis: Für dieses spezielle Projekt müssen die Forscher oft die Batches analysieren, die wir ihnen zurückschicken, bevor sie weitere Arbeitseinheiten erstellen können. Dies kann manchmal zu einer verzögerten Bereitstellung von Arbeitseinheiten führen.



    Smash Childhood Cancer - Originaltext - Diskussion

    Auszeichnungen

    Die Forscher gewannen einen Zuschuss und erhielten 500.000 US-Dollar von einem Spender, um intrakranielle Tumore zu untersuchen. Außerdem wurde Dr. Gell mit dem Young Investigator Award ausgezeichnet.


    Aktualisierte Datenanalyse

    Seit Anfang des Jahres analysieren die Forscher die Daten aus der Arbeit am World Community Grid.

    Nachfolgend sind die Schlüsselproteine aufgeführt, für die wir in diesem Monat neue Updates erhalten haben. Jedes dieser Proteine ist an der Entwicklung von mindestens einer Art von Krebs im Kindesalter beteiligt.
    • Beta-Catenin
      Ein vielversprechender Wirkstoff bindet nachweislich auch K-Ras, so dass die Forscher versuchen, die Verbindung zwischen den beiden Proteinen zu verstehen. Weitere ähnliche Verbindungen werden derzeit synthetisiert und getestet.

    • Osteopontin
      Eine Verbindung wird derzeit getestet und zeigt eine dosisabhängige Bindung (eine vielversprechende vorläufige Validierung).

    • TrkB
      Seit der letzten monatlichen Aktualisierung hat ein Spender 250.000 US-Dollar für die Validierung zur Verfügung gestellt, so dass die Forscher fünf Verbindungen validieren wollen.

    Hinweis: Aufgrund der Pandemie gibt es einen weltweiten Mangel an Reagenzien, der die normale Geschwindigkeit der Experimente behindert.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Pausiert
    von Veröffentlicht: 30.11.2021 22:05
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    Das Projekt weist auf eine von Studierenden der National University of Science and Technology (MISiS) in Moskau durchgeführte Umfrage (in englischer Sprache) zur Motivation von Rechenzeitspendern hin. Achtung: Zwischenergebnisse sind nach Eingabe der Antworten sichtbar, inklusive bei der letzten Frage angegebener E-Mail-Adressen; wer eine nicht ohnehin weithin bekannte E-Mail-Adresse verwendet, sollte dieses Feld daher vielleicht besser leer lassen.

    Umfrage zu Volunteer-Computing-Projekten
    Hallo zusammen,

    Studierende, die sich mit Volunteer Computing beschäftigen, führen eine Umfrage durch. Die Fragen sollen die Motivation der Teilnehmer erforschen. Wenn ihr wollt und etwas Zeit habt, teilt eure Meinungen unter https://forms.gle/tcLYdtoeVfMMREPE7 (engl.) mit. Die Ergebnisse werden ausgewertet und der Öffentlichkeit vorgestellt. Vielen Dank!

    Mit besten Grüßen,
    das SiDock@home-Team
    24.11.2021, 12:51:31 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://www.sidock.si/sidock/forum_thread.php?id=166
    A poll about distributed computing projects
    Dear all,

    there is a poll created by students who investigate volunteer computing. The questions aim to explore the motivation of participants. If you wish and have a minute, please express your opinion at https://forms.gle/tcLYdtoeVfMMREPE7. The results will be analyzed and presented to the public. Thank you!

    With best wishes,
    Team of SiDock@home
    24 Nov 2021, 11:51:31 UTC
    von Veröffentlicht: 30.11.2021 21:30
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    Geplante Wartung am Mittwoch, 1. Dezember
    Wir aktualisieren das Betriebssystem auf unseren Servern am Mittwoch, den 1. Dezember, ab 16:30 MEZ.
    ---
    Wir werden am Mittwoch, den 1. Dezember, ab 16:30 MEZ eine wichtige Aktualisierung des Betriebssystems auf unseren Servern installieren. Wir gehen davon aus, dass die Arbeiten etwa zwei Stunden dauern werden.

    Während dieser Zeit können Freiwillige teilweise keine neue Arbeit hoch- oder herunterladen und die Webseite wird nicht erreichbar sein.

    Die Freiwilligen müssen keine besonderen Maßnahmen ergreifen, da ihre Geräte nach Abschluss der Wartungsarbeiten automatisch wieder eine Verbindung herstellen.

    Wir danken euch für eure Geduld und eure Teilnahme.
    29.11.2021

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/article.s?articleId=749
    Planned Maintenance on Wednesday, December 1
    We are updating the operating system on our servers on Wednesday, December 1st, beginning at 15:30 UTC.
    ---
    We will be applying an important operating system update to our servers on Wednesday, December 1st, beginning at 15:30 UTC. We anticipate that the work will take approximately two hours.

    During some of this time, volunteers will not be able to upload or download new work, and the website will not be accessible.

    Volunteers will not need to take any particular action, as your devices will automatically retry their connections after the maintenance work is completed.

    We appreciate your patience and participation.
    29 Nov 2021
    von Veröffentlicht: 26.11.2021 20:20
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    Die globalen Zahlen für den Oktober 2021 lauten: 174 Primzahlfunde, dabei 4 Erstfunde und 10 Doublechecks durch Mitglieder von SETI.Germany.

    Nach der längeren Durststrecke zwischen März und August gab es nun im dritten Monat in Folge einen Top-100-Fund, auch wenn die offizielle Bekanntgabe noch aussteht:

    • 102818*5^3440382-1, 2 404 729 Dezimalstellen, gefunden von emoga (TeAm AnandTech) aus Kanada am 08.10.2021 um 02:38:53 MEZ


    Dreizehn weitere Funde haben mehr als eine Million Dezimalstellen, woran auch zwei Mitglieder von SETI.Germany einen Anteil hatten.

    • Die 1 017 624-stellige Proth-Primzahl 7899*2^3380459+1 wurde am 02.10.2021 um 19:32:01 MEZ von meso@Mayoineko (Team 2ch) aus Japan mit einer Intel-CPU gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR2 etwa 51 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1 017 662-stellige Proth-Primzahl 3381*2^3380585+1 wurde am 03.10.2021 um 23:32:33 MEZ von DeleteNull (SETI.Germany) aus Deutschland mit einem AMD Ryzen 9 5900X gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR2 auf 4 Threads etwa 16 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1 874 151-stellige verallgemeinerte Fermat-Primzahl 14103144^262144+1 wurde am 06.10.2021 um 16:00:33 MEZ von Kai Gerstenberger (SETI.Germany) aus Deutschland mit einer NVIDIA GeForce RTX 2080 Ti in Verbund mit einem AMD Ryzen 9 3900X gefunden, wobei für den PRP-Test mit Genefer 11 Minuten 30 Sekunden benötigt wurden. Die Bestätigung erfolgte am 06.10.2021 um 17:14:38 MEZ durch Frank (Antarctic Crunchers) aus den Niederlanden mit einer NVIDIA GeForce GTX 1660 Ti in Verbund mit einem AMD Ryzen 5 5600X, wobei für den PRP-Test mit Genefer 25 Minuten 39 Sekunden benötigt wurden.

    • Die 1 017 825-stellige Proth-Primzahl 2445*2^3381129+1 wurde am 09.10.2021 um 07:55:23 MEZ von zombie67 [MM] (SETI.USA) aus den Vereinigten Staaten mit einem AMD Ryzen Threadripper 3970X gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR2 etwa 47 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1 044 760-stellige verallgemeinerte Fermat-Primzahl 93514592^131072+1 wurde am 11.10.2021 um 07:48:37 MEZ von DeleteNull (SETI.Germany) aus Deutschland mit einer NVIDIA GeForce GTX 1650 SUPER in Verbund mit einem Intel Core i7-3930K gefunden, wobei für den PRP-Test mit Genefer 7 Minuten 52 Sekunden benötigt wurden. Die Bestätigung erfolgte am 11.10.2021 um 09:15:06 MEZ durch reiner (Planet 3DNow!) aus Deutschland mit einem AMD EPYC 7352, wobei für den PRP-Test mit Genefer 58 Minuten 11 Sekunden benötigt wurden.

    • Die 1 017 994-stellige Proth-Primzahl 6675*2^3381688+1 wurde am 14.10.2021 um 15:26:58 MEZ von Ryan Propper (Antarctic Crunchers) aus den Vereinigten Staaten mit einem Intel Xeon gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR2 etwa 4 Stunden 47 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1 018 069-stellige Proth-Primzahl 8877*2^3381936+1 wurde am 17.10.2021 um 02:54:38 MEZ von Andre M* aus der Schweiz mit einem Intel Core i7-9700K gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR2 auf 3 Threads etwa 15 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1 044 917-stellige verallgemeinerte Fermat-Primzahl 93773904^131072+1 wurde am 19.10.2021 um 20:32:03 MEZ von GregCinAZ (AMD Users) aus den Vereinigten Staaten mit einer NVIDIA GeForce GTX 1070 Ti in Verbund mit einem AMD Ryzen 9 3900X gefunden, wobei für den PRP-Test mit Genefer 8 Minuten 8 Sekunden benötigt wurden. Die Bestätigung erfolgte am 19.10.2021 um 20:59:48 MEZ durch Astraeus (The Knights Who Say Ni!) mit einer NVIDIA GeForce RTX 3090 in Verbund mit einem AMD Ryzen 5 3400G, wobei für den PRP-Test mit Genefer 2 Minuten 3 Sekunden benötigt wurden.

    • Die 1 044 985-stellige verallgemeinerte Fermat-Primzahl 93886318^131072+1 wurde am 24.10.2021 um 13:53:59 MEZ von Apeiria (Team 2ch) aus Japan mit einer NVIDIA GeForce GTX 1060 6GB in Verbund mit einem AMD Ryzen 5 5600X gefunden, wobei für den PRP-Test mit Genefer 10 Minuten 51 Sekunden benötigt wurden. Die Bestätigung erfolgte am 24.10.2021 um 14:07:03 MEZ durch DeleteNull (SETI.Germany) aus Deutschland mit einer NVIDIA GeForce GTX 1650 SUPER in Verbund mit einem Intel Core i7-10700, wobei für den PRP-Test mit Genefer 8 Minuten 36 Sekunden benötigt wurden.

    • Die 1 045 025-stellige verallgemeinerte Fermat-Primzahl 93950924^131072+1 wurde am 27.10.2021 um 03:52:47 MEZ von LIWI (Rechenkraft.net) aus Deutschland mit einer AMD Radeon RX 580 in Verbund mit einem Intel Core i7-860 gefunden, wobei für den PRP-Test mit Genefer 10 Minuten 16 Sekunden benötigt wurden. Die Bestätigung erfolgte am 27.10.2021 um 04:54:55 MEZ durch Charles Jackson aus den Vereinigten Staaten mit einer NVIDIA GeForce GTX 980 Ti in Verbund mit einem Intel Core i7-5820K, wobei für den PRP-Test mit Genefer 9 Minuten 46 Sekunden benötigt wurden.

    • Die 1 018 326-stellige Proth-Primzahl 9783*2^3382792+1 wurde am 28.10.2021 um 21:36:16 MEZ von Charles Jackson aus den Vereinigten Staaten mit einer Intel-CPU gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR2 etwa 1 Stunde 29 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1 018 332-stellige Proth-Primzahl 4883*2^3382813+1 wurde am 29.10.2021 um 01:17:22 MEZ von tng (Antarctic Crunchers) aus den Vereinigten Staaten mit einem Intel Core i7-6700 gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR2 etwa 55 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1 018 349-stellige Proth-Primzahl 7409*2^3382869+1 wurde am 29.10.2021 um 09:40:20 MEZ von tng (Antarctic Crunchers) aus den Vereinigten Staaten mit einem Intel Core i9-9900X gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR2 etwa 40 Minuten benötigt wurden.


    Die weiteren 160 Funde verteilen sich auf folgende Subprojekte:

    • Proth Prime Search (PPS): 4 Funde im Bereich 3102639 ≤ n ≤ 3111838 (933 991-936 760 Dezimalstellen)
    • Proth Prime Search Extended (PPSE): 27 Funde im Bereich 1645233 ≤ n ≤ 1648172 (495 269-496 153 Dezimalstellen), darunter ein Doublecheck von Terminator
    • Sophie Germain Prime Search (SGS): 78 Funde im Bereich 6403994051427 ≤ k ≤ 6542132125587 (388 342 Dezimalstellen), darunter je ein Doublecheck von boss, Bur und pschoefer
    • Generalized Fermat Prime Search (n=15): 31 Funde im Bereich 256884712 ≤ b ≤ 260593290 (275 571-275 775 Dezimalstellen), darunter ein Erstfund von EmmettDe sowie fünf Doublechecks von POPSIE
    • Generalized Fermat Prime Search (n=16): 17 Funde im Bereich 133629454 ≤ b ≤ 135367280 (532 540-532 907 Dezimalstellen)
    • Generalized Fermat Prime Search (n=17 low): 3 Funde im Bereich 34087952 ≤ b ≤ 34585314 (987 314-988 138 Dezimalstellen)


    von Veröffentlicht: 24.11.2021 08:15
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    In der Fachzeitschrift Biomolecules ist ein Artikel mit Ergebnissen der vor einiger Zeit durchgeführten Berechnungen zum Genom der Weinrebe (Vitis vinifera) erschienen. Darin wird die Rolle zweier Genfamilien bei Stoffwechselvorgängen beschrieben. Nach dem Artikel über die Anpassung der Pflanze an klimatische Veränderungen ist dies der zweite Fachartikel, der auf diesen Berechnungen basiert.

    Artikel in Biomolecules veröffentlicht
    Zwar ist das menschliche Genom der derzeitige Schwerpunkt unserer Arbeit, aber in der näheren Vergangenheit haben wir in Zusammenarbeit mit der Edmund-Mach-Stiftung und auch unter Beteiligung einiger Studierender einige Genomerweiterungsexperimente zu Vitis vinifera durchgeführt. Wir freuen uns, euch mitzuteilen, dass unser Artikel "Vitis OneGenE: A Causality-Based Approach to Generate Gene Networks in Vitis vinifera Sheds Light on the Laccase and Dirigent Gene Families" (Vitis OneGenE: ein kausalitätsbasierter Ansatz zur Erzeugung von Gennetzwerken in Vitis vinifera beleuchtet Laccase- und dirigente Genfamilie) in Biomolecules als Teil der Sonderausgabe "Gene Regulatory Networks Controlling Secondary Metabolism in Plants: Computational Approaches and Mechanistic Insights" (Genregulierungsnetzwerke kontrollieren den Sekundärstoffwechsel von Pflanzen: Rechnergestützte Ansätze und mechanistische Erkenntnisse) veröffentlicht wurde und online verfügbar ist:
    https://www.mdpi.com/2218-273X/11/12/1744 (engl.)
    Danke euch allen für euren unschätzbar wertvollen Beitrag!
    23.11.2021, 19:42:01 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=322
    Paper published on Biomolecules
    Although the current focus of our job is on Human genome, in the recent past we also ran some gene expansion experiments on the Vitis vinifera organism, in collaboration with the Edmund Mach Foundation, also involving some students. We are pleased to inform you that our article "Vitis OneGenE: A Causality-Based Approach to Generate Gene Networks in Vitis vinifera Sheds Light on the Laccase and Dirigent Gene Families" has been published in Biomolecules as part of the Special Issue Gene Regulatory Networks Controlling Secondary Metabolism in Plants: Computational Approaches and Mechanistic Insights and is available online:
    https://www.mdpi.com/2218-273X/11/12/1744
    Thank you all for your invaluable contribution!
    23 Nov 2021, 18:42:01 UTC
    von Veröffentlicht: 22.11.2021 10:40
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    Das zehnte Bindungsziel wurde angekündigt und ist sehr eng mit dem neunten verwandt, weshalb die vorherige Meldung überarbeitet wurde. Die übersetzte Neufassung:

    Neuntes und zehntes Bindungsziel
    Liebe Teilnehmer,

    wir haben ein neues Bindungsziel an einem neuen allosterischen Zentrum der Hauptprotease von SARS-CoV-2. Das Zentrum wurde mit der MixMD-Methode [1] am College of Pharmacy der University of Michigan entdeckt. Bei der Vorbereitung des Bindungsziels hat Jelena Tošović (Slowenien) geholfen.

    Die beiden nächsten Bindungsziele und die Ergebnisse werden die mittels Röntgenuntersuchung von Sebastian Günther et al. [2] identifizierten allosterischen Zentren ergänzen. Für diese Bindungsziele bestehen gute Chancen auf baldige Tests im Nasslabor und weitere experimentelle Unterstützung.

    (Wir werden wieder zeitweise die Berechnungen zu Bindungsziel 5 unterbrechen)

    Mit besten Grüßen,
    das SiDock@home-Team

    [1] Phani Ghanakota and Heather A. Carlson "Moving Beyond Active-Site Detection: MixMD Applied to Allosteric Systems" (Über die Erkennung aktiver Zentren hinaus: Anwendung von MixMD auf allosterische Systeme). The Journal of Physical Chemistry B 2016 120 (33), 8685-8695. DOI: 10.1021/acs.jpcb.6b03515 (engl.)
    [2] Sebastian Günther et al. "X-ray screening identifies active site and allosteric inhibitors of SARS-CoV-2 main protease" (Röntgenuntersuchung identifiziert aktive Zentren und allosterische Hemmstoffe der Hauptprotease von SARS-CoV-2). Science 2021 372 (6542), 642-646. DOI: 10.1126/science.abf7945 (engl.)
    20.11.2021, 12:19:45 MEZ


    Außerdem wird eine neue Anwendungsversion verteilt, die unter anderem das Problem der oft fälschlich auf 100% springenden Fortschrittsanzeige behebt. Diese wird automatisch bei der Zuteilung neuer WUs heruntergeladen, sofern nicht (mittels app_info.xml) explizit eine andere Version erzwungen wird.

    Veröffentlichung CmDock v0.1.4
    Liebe Gemeinschaft. Eine neue Version von CmDock ist fertig. Die CmDock-Version 0.1.4 enthält Korrekturen beim Speichern von Zwischenständen und der Fortschrittsanzeige sowie Unterstützung für komprimierte Ein- und Ausgabe mit cmzip. Die neue CmDock-Version beinhaltet außerdem ein aktualisiertes SDF-Tools-Submodul, das den Forschenden mit Unterstützung großer Molekülbibliotheken bei der Bearbeitung von Ein- und Ausgabedateien helfen soll.

    Auch die Anwendung für BOINC wurde aktualisiert. Das Team arbeitet hart und wird CmDock auch in der Zukunft engagiert unterstützen. Danke!

    Marko & Natalia
    21.11.2021, 18:10:00 MEZ


    Originaltexte:
    Zitat Zitat von https://www.sidock.si/sidock/forum_thread.php?id=163
    Ninth and tenth targets
    Dear participants,

    We have a new target which resides at a novel allosteric site on SARS-CoV-2 main protease. The site was identified by MixMD method [1] with collaboration at College of Pharmacy, University of Michigan. Target preparation was helped by Jelena Tošović (Slovenia).

    The two upcoming targets and results will complement the allosteric sites identified with X-ray screening by Sebastian Günther et al. [2]. The targets have good chances for wet-lab testing as soon as possible and further experimental support.

    (We will again temporarily pause processing of Target 5)

    With best wishes,
    Team SiDock@home

    [1] Phani Ghanakota and Heather A. Carlson. Moving Beyond Active-Site Detection: MixMD Applied to Allosteric Systems. The Journal of Physical Chemistry B 2016 120 (33), 8685-8695. DOI: 10.1021/acs.jpcb.6b03515
    [2] Sebastian Günther et al. X-ray screening identifies active site and allosteric inhibitors of SARS-CoV-2 main protease. Science 2021 372 (6542), 642-646. DOI: 10.1126/science.abf7945
    20 Nov 2021, 11:19:45 UTC
    Zitat Zitat von https://www.sidock.si/sidock/forum_thread.php?id=165
    Release CmDock v 0.1.4
    Dear community. New release of CmDock was prepared. The v0.1.4 of CmDock incorporates fixed checkpointing and progress bar patch along with support for compressed input and output via cmzip. New CmDock release also includes an Updated SDF-Tools submodule that should help the userbase manipulate input/output files with support for large molecular libraries.

    Along with the new release, BOINC client is up to date also. The team is working hard and we are committed to support CmDock in the future. Thank You!

    Marko & Natalia
    21 Nov 2021, 17:10:00 UTC
    von Veröffentlicht: 20.11.2021 06:00
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Eine der bedeutendsten mathematischen Konstanten ist die Eulersche Zahl, die Basis des natürlichen Logarithmus und der natürlichen Exponentialfunktion. In einem Brief an Christian Goldbach verwendete Leonhard Euler am 25. November 1731 das Symbol e für diese Zahl, eine der frühesten überlieferten Verwendungen dieses bis heute gebräuchlichen Symbols. 290 Jahre später erinnert die vorletzte Etappe der PrimeGrid Challenge Series 2021 mit einer dreitägigen, eher grafikkartenlastigen

    Euler's Number Challenge
    Beginn: 23.11.2021, 05:00 UTC = 06:00 MEZ
    Ende: 26.11.2021, 05:00 UTC = 06:00 MEZ
    Subprojekt: Arithmetic Progression of Primes 27 (AP27)


    Der offizielle Thread zur Challenge im PrimeGrid-Forum ist hier zu finden.

    Es zählen für diese Challenge nur WUs des Subprojekts Arithmetic Progression of Primes 27 (AP27), die nach dem 23.11. um 06:00 Uhr heruntergeladen und vor dem 26.11. um 06:00 Uhr zurückgemeldet werden! Das gewünschte Subprojekt kann in den PrimeGrid-Einstellungen festgelegt werden.

    Anwendungen sind vorhanden für OpenCL-fähige NVIDIA- und AMD/ATI-Grafikkarten sowie CPUs, jeweils für die 64-Bit-Versionen von Windows, Linux und macOS. Die OpenCL-Anwendung belegt bis zu 1,5 GB Grafikspeicher, weshalb Grafikkarten mit weniger Speicher keine WUs erhalten. Die CPU-Anwendung verwendet, sofern vom jeweiligen Rechner unterstützt, automatisch Optimierungen wie AVX, AVX2 und AVX-512, dennoch sind Grafikkarten deutlich schneller. Mit der Einstellung Multi-threading: Max # of threads for each task kann eingestellt werden, wie viele CPU-Kerne an einer WU arbeiten sollen; für die meisten CPUs dürfte die Einstellung No limit (d.h. alle Kerne rechnen an einer WU) am sinnvollsten sein.

    Die schnellsten aktuellen NVIDIA-Grafikkarten brauchen unter 10 Minuten pro WU, ältere/schwächere NVIDIA- und AMD-Grafikkarten liegen im Bereich weniger Stunden. Moderne CPUs mit vielen Kernen können auch in diesen Bereich vorstoßen, sofern alle Kerne für eine WU verwendet werden.

    Pro WU gibt es 4043 Punkte, in der Challenge-Statistik werden auch Pendings bereits eingerechnet und die Punkte im Falle eines falschen Ergebnisses nachträglich wieder abgezogen.

    Team-Stats bei PrimeGrid
    User-Stats bei PrimeGrid

    Team-Stats bei SETI.Germany
    Detail-Statistik für SETI.Germany
    User-Stats bei SETI.Germany

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