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    von Veröffentlicht: 30.07.2021 18:10
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    Africa Rainfall Project - Originaltext - Diskussion

    Mehr Rechenleistung nötig

    Bei dem derzeitigen Tempo wird das Projekt bis Ende 2021 eine ganze Regenzeit simulieren können. Unser technisches Team hat jedoch festgestellt, dass wir die Arbeit noch schneller erledigen können.

    Wenn ihr derzeit das Africa Rainfall Project unterstützt, würdet ihr bitte in Betracht ziehen, das Projekt durch eine einfache Änderung eurer aktuellen Einstellungen zu beschleunigen?

    Die Standardeinstellung für dieses Projekt ist, dass jedes Gerät jeweils eine Arbeitseinheit bearbeitet. Ihr könnt mehr Arbeit auf eurem Gerät zulassen, indem ihr die folgenden Anweisungen befolgt:
    • Geht zu https://www.worldcommunitygrid.org/m...iewProfiles.do.
    • Klickt auf den Profilnamen für das Profil, das ihr erhöhen möchtet. Für die meisten Benutzer wird dies "Default" sein.
    • Wählt auf dem nächsten Bildschirm die Option "Custom Profile" aus.
    • Ändert unten auf der Seite im Abschnitt "Project Limits" das Dropdown-Menü für "Africa Rainfall Project" auf "2" oder mehr.
    • Klickt auf "Save".



    Herzlichen Glückwunsch, Dr. Le Coz!

    Das Forschungsteammitglied Camille Le Coz hat letzten Monat erfolgreich ihre Dissertation verteidigt und ist nun Dr. Le Coz! Wir gratulieren ihr zu dieser Leistung.


    Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

    World Community Grid verschickt derzeit die Generation 76. (Eine Generation ist eine Reihe von Arbeitseinheiten - in diesem Fall eine Reihe von Computersimulationen von Regenfällen in Afrika südlich der Sahara.)



    Help Stop Tuberculosis - Originaltext - Diskussion

    Datenanalyse

    Seitdem das neueste Mitglied des Forschungsteams fest zum Team gehört, konnte die Gruppe ein paar weitere Methoden entwickeln, die ihnen bei der Datenanalyse helfen. Im Moment überprüfen sie, dass diese Methoden konsistent laufen und stellen sicher, dass die Daten bereit sind.


    Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

    In Bearbeitung: 25 Batches (4.100 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 24.229 Batches (57 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 1,9 Batches pro Tag)

    Hinweis: Für dieses spezielle Projekt müssen die Forscher oft die Batches analysieren, die wir ihnen zurückschicken, bevor sie weitere Arbeitseinheiten erstellen können. Dies kann manchmal zu einer verzögerten Bereitstellung von Arbeitseinheiten führen.



    Mapping Cancer Markers - Originaltext - Diskussion

    Vielen Dank für die verstärkte Unterstützung

    Letzten Monat haben wir alle Freiwilligen, die noch keine Rechenleistung für dieses Projekt zur Verfügung gestellt haben, darum gebeten, sich zu beteiligen. Vielen Dank an alle, die dieser Aufforderung nachgekommen sind! Im Folgenden findet ihr die bisherigen Ergebnisse:
    • Die Zahl der im Juli (bis heute) bearbeiteten Batches ist höher als im letzten Monat (1.230 gegenüber 1.130).
    • Die durchschnittliche Anzahl der Batches pro Tag ist von 37,7 auf 41,0 gestiegen.

    (Und das während des Sommers auf der Nordhalbkugel, wenn die Beteiligung im Allgemeinen zurückgeht.)

    Zur Erinnerung: Ihr könnt die Projekte, die ihr unterstützt, hier jederzeit überprüfen und ändern.


    Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 824 Batches
    In Bearbeitung: 1.038 Batches
    Abgeschlossen: 77.242 Batches (1.230 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 41,0 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 18 Tage



    Microbiome Immunity Project - Originaltext - Diskussion

    Geplante Fachartikel

    Die Forscher planen zwei Fachartikel, die Daten aus dem World Community Grid verwenden werden. (Ihr erster Fachartikel (engl.), der sich auf Techniken bezieht, die sie im Rahmen des Projekts entwickelt haben, wurde Ende Mai veröffentlicht.) In diesem Monat konzentrieren sie sich auf die weitere Analyse und das Schreiben eines der Fachartikel, von dem sie glauben, dass er für andere Wissenschaftler, die am Mikrobiom und in verwandten Bereichen arbeiten, von großem Interesse sein wird.


    Pläne für die Zukunft

    Wie wir im letzten Monat angekündigt haben, wird die Zeit des Projekts im World Community Grid enden, sobald die aktuellen Arbeitseinheiten abgeschlossen sind. Ihr könnt einen übersetzten Beitrag von einem der Forscher aus dem Microbiome Immunity Project Forum mit weiteren Informationen lesen.

    Dies wird das letzte monatliche Update für das Projekt sein, aber wir bleiben in den kommenden Monaten mit dem Forscherteam in Kontakt, während ihre Datenanalyse voranschreitet. Zunächst bereiten die Forscher ein Projekt-Update vor, das wir veröffentlichen werden, sobald es fertig ist. Wir werden auch Ankündigungen machen, wenn ihre Fachartikel veröffentlicht werden oder wenn sie andere Neuigkeiten haben.


    Status der Arbeitseinheiten

    Wir gehen davon aus, dass der aktuelle Vorrat an Arbeitseinheiten bis zum 17. Juli an die Freiwilligen verschickt wird, plus/minus ein paar Tage. Danach werden noch etwa zwei Wochen lang Arbeitseinheiten in Bearbeitung sein (einschließlich möglicher neu verschickter). Wir gehen davon aus, dass alle Arbeitseinheiten bis Ende Juli vollständig bearbeitet sein werden.



    OpenPandemics - Originaltext - Diskussion

    Neues von den Forschern zum Projekt

    Das Forschungsteam hat uns Anfang des Monats ein offizielles Update gegeben. Zu den Highlights des Updates gehören:
    • Was sie während des Stresstests (engl.) im Frühjahr dieses Jahres über ihre eigenen Arbeitsabläufe und Werkzeuge gelernt haben und wie dies der aktuellen und zukünftigen Forschung helfen könnte
    • Weitere Informationen darüber, was genau sie mit Hilfe der gespendeten Rechenleistung analysieren
    • Details über die laufenden Labortests von Substanzen, die als mögliche Behandlungsmethoden für COVID-19 in Frage kommen

    Seit der Veröffentlichung des Updates haben die Forscher auch damit begonnen, eine zweite Gruppe von Substanzen zu testen. Sie werden weitere Einzelheiten bekannt geben, wenn dies geschieht.


    Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

    CPU

    Zum Herunterladen verfügbar: 3.601 Batches
    In Bearbeitung: 2.245 Batches
    Abgeschlossen: 53.615 Batches (2.950 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 98,0 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 36,6 Tage

    GPU

    Zum Herunterladen verfügbar: 6.338 Batches
    In Bearbeitung: 5.441 Batches
    Abgeschlossen: 60.876 Batches (9.520 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 317,0 pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 20,0 Tage



    Smash Childhood Cancer - Originaltext - Diskussion

    Updates zur Datenanalyse

    Seit Anfang des Jahres analysieren die Forscher die Daten aus der Arbeit am World Community Grid.

    Im Folgenden sind die Schlüsselproteine aufgeführt, für die es diesen Monat neue Updates gibt. Jedes dieser Proteine ist an der Entwicklung von mindestens einer Art von Krebs im Kindesalter beteiligt.
    • Beta-Catenin
      Frühe Tests mit den drei bereits erwähnten Verbindungen sind vielversprechend, insbesondere für zwei der Verbindungen. Die Forscher haben begonnen, über ihre Ergebnisse zu schreiben. Sie erwägen auch, weitere Mitarbeiter für die weitere Erprobung der Substanzen hinzuzuziehen.

    • Osteopontin
      Ein Biochemiker, der mit den Forschern zusammenarbeitet, beginnt mit weiteren Tests an diesem Schlüsselprotein.

    • PRDM14
      Die Forscher haben 11 Verbindungen getestet, um herauszufinden, ob und wie sie auf dieses Protein abzielen könnten. Eine Verbindung ist bisher vielversprechend und wird weiter getestet.

    Hinweis: Das Testen von Verbindungen im Labor erfordert in der Regel mehrere Phasen, und jede Phase kann mindestens mehrere Monate dauern.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Pausiert
    von Veröffentlicht: 30.07.2021 17:45
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    Wie es zu dieser Jahreszeit üblich ist, ging die Zahl der Primzahlfunde im Juni verglichen mit dem Vormonat weiter zurück. Es gab 126 Funde, woran Mitglieder von SETI.Germany viermal als Erstfinder und viermal als Doublechecker beteiligt waren.

    Unter die 100 größten bekannten Primzahlen hat es wieder kein Fund geschafft, aber 15 kleinere Megaprimzahlfunde waren zu vermelden:

    • Die 1 014 008-stellige Proth-Primzahl 7221*2^3368448+1 wurde am 02.06.2021 um 06:08:55 MEZ von ReaDy (Team: Astronomy.Ru Forum) aus Russland mit einem Intel Core i7-3770 gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR2 auf 3 Threads etwa 38 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1 014 005-stellige Proth-Primzahl 5549*2^3368437+1 wurde am 02.06.2021 um 10:42:12 MEZ von McDaWisel (Storm) aus Irland mit einem AMD EPYC 7502P gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR2 etwa 1 Stunde 4 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1 014 074-stellige Proth-Primzahl 4851*2^3368668+1 wurde am 04.06.2021 um 12:50:21 MEZ von GDB (Alien Prime Cult) aus den Vereinigten Staaten mit einem AMD Ryzen 9 4900HS gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR2 auf 4 Threads etwa 27 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1 014 086-stellige Proth-Primzahl 9509*2^3368705+1 wurde am 04.06.2021 um 13:41:56 MEZ von DeleteNull (SETI.Germany) aus Deutschland mit einem Intel Core i7-10700F gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR2 auf 4 Threads etwa 17 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1 014 199-stellige Proth-Primzahl 1437*2^3369083+1 wurde am 08.06.2021 um 00:34:13 MEZ von Margus (Alien Prime Cult) aus Estland mit einem Intel Core i3-4005U gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR2 etwa 4 Stunden 7 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1 014 243-stellige Proth-Primzahl 8023*2^3369228+1 wurde am 10.06.2021 um 06:41:44 MEZ von SeanHsu (BOINC@Taiwan) aus Taiwan mit einem AMD Ryzen 7 3700X gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR2 etwa 1 Stunden 31 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1 014 346-stellige Proth-Primzahl 4357*2^3369572+1 wurde am 12.06.2021 um 03:57:13 MEZ von zombie67 [MM] (SETI.USA) aus den Vereinigten Staaten mit einem AMD Ryzen Threadripper 3970X gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR2 etwa 48 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1 042 820-stellige verallgemeinerte Fermat-Primzahl 90382348^131072+1 wurde am 12.06.2021 um 18:10:24 MEZ von serge aus den Vereinigten Staaten mit einer NVIDIA GeForce GTX 1060 3GB in Verbund mit einem Intel Core i7-8700K gefunden, wobei für den PRP-Test mit Genefer 12 Minuten 17 Sekunden benötigt wurden. Die Bestätigung erfolgte am 12.06.2021 um 19:12:46 MEZ durch Charles Jackson aus den Vereinigten Staaten mit einer NVIDIA GeForce GTX 980 Ti in Verbund mit einem Intel Core i7-5820K, wobei für den PRP-Test mit Genefer 10 Minuten 48 Sekunden benötigt wurden.

    • Die 1 014 338-stellige Proth-Primzahl 6073*2^3369544+1 wurde am 13.06.2021 um 18:47:26 MEZ von MGmirkin aus den Vereinigten Staaten mit einem AMD Ryzen 7 3700X gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR2 etwa 1 Stunde 34 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1 014 656-stellige Proth-Primzahl 8421*2^3370599+1 wurde am 24.06.2021 um 15:10:27 MEZ von Randall J. Scalise aus den Vereinigten Staaten mit einem Intel Core i5-8500 gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR2 etwa 2 Stunden 2 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1 014 711-stellige Proth-Primzahl 1749*2^3370786+1 wurde am 26.06.2021 um 10:05:10 MEZ von unconnected (Russia) aus Russland mit einem Intel Core i5-4590 gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR2 etwa 1 Stunde 56 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1 014 716-stellige Proth-Primzahl 9195*2^3370798+1 wurde am 26.06.2021 um 11:34:38 MEZ von 288larsson (Sicituradastra.) aus Schweden mit einem AMD Ryzen 9 3950X gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR2 etwa 49 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1 014 780-stellige Proth-Primzahl 7575*2^3371010+1 wurde am 28.06.2021 um 14:53:50 MEZ von DeleteNull (SETI.Germany) aus Deutschland mit einem AMD Ryzen 9 5900X gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR2 auf 4 Threads etwa 14 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1 014 781-stellige Proth-Primzahl 5155*2^3371016+1 wurde am 28.06.2021 um 16:38:30 MEZ von DeleteNull (SETI.Germany) aus Deutschland mit einem AMD Ryzen 9 3900XT gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR2 auf 4 Threads etwa 21 Minuten benötigt wurden.

    • Die 1 014 837-stellige Proth-Primzahl 4329*2^3371201+1 wurde am 30.06.2021 um 21:05:41 MEZ von Ryan Propper aus den Vereinigten Staaten mit einem Intel Xeon gefunden, wobei für den Primalitätstest mit LLR2 etwa 2 Stunden 58 Minuten benötigt wurden.


    Die weiteren 111 Primzahlen wurden bei folgenden Subprojekten gefunden:

    • Proth Prime Search (PPS): 3 Funde im Bereich 3055695 ≤ n ≤ 3060228 (919 859-921 224 Dezimalstellen)
    • Proth Prime Search Extended (PPSE): 13 Funde im Bereich 1639831 ≤ n ≤ 1641265 (493 642-494 074 Dezimalstellen), darunter je ein Doublecheck von some-one und Terminator
    • Sophie Germain Prime Search (SGS): 48 Funde im Bereich 6224965565595 ≤ k ≤ 6270692736525 (388 342 Dezimalstellen), darunter ein Erstfund von boss
    • Generalized Fermat Prime Search (n=15): 28 Funde im Bereich 240756234 ≤ b ≤ 244211190 (274 648-274 851 Dezimalstellen), darunter zwei Doublechecks von POPSIE
    • Generalized Fermat Prime Search (n=16): 15 Funde im Bereich 126861078 ≤ b ≤ 128375820 (531 060-531 398 Dezimalstellen)
    • Generalized Fermat Prime Search (n=17 low): 4 Funde im Bereich 24641166 ≤ b ≤ 24734116 (968 840-969 055 Dezimalstellen)


    von Veröffentlicht: 22.07.2021 20:40
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    Es gibt Fortschritte bei der Entwicklung einer GPU-Anwendung für das Subprojekt N-Body Simulation, jedoch sind Grafikkarten damit ungefähr genauso schnell wie CPUs (eine RTX 3090 ist so schnell wie ein i9-10900K bei Verwendung aller Kerne). Da GPUs beim anderen Subprojekt Separation deutlich schneller sind als CPUs, gibt es eine Umfrage, ob dennoch Interesse an der N-Body-GPU-Anwendung besteht.

    Neue Umfrage zu einer GPU-Anwendung für N-Body
    Hallo zusammen,

    wir denken gerade darüber nach, eine GPU-Version von N-Body zu erstellen. Der Code wurde schon seit einiger Zeit entwickelt und der grundlegende Code funktioniert endlich, aber wir müssten noch einige weitere Funktionen einbauen, um sie parallel zur CPU-Version laufen zu lassen. Aufgrund der Komplexität unseres Codes und der Notwendigkeit von doppelter Genauigkeit ist die GPU-Version jedoch etwa genauso schnell wie die CPU-Version, wobei professionelle Grafikbeschleuniger schneller sein könnten. Zum Vergleich: Die GPU-Version des Separation-Codes ist je nach Rechner etwa 50- bis 60-mal schneller als ihr CPU-Gegenstück. Würdet ihr vor diesem Hintergrund noch immer eine GPU-Version von N-Body haben wollen? Ich habe eine einfache Umfrage erstellt:https://www.strawpoll.me/45510486 (engl.). Wenn ihr eure Entscheidung weiter ausführen wollt, kommentiert gerne hier (engl.).

    Danke euch allen für eure Vorschläge, Zeit und Überlegungen,

    -Eric
    21.07.2021, 18:46:03 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://milkyway.cs.rpi.edu/milkyway/forum_thread.php?id=4748
    New Poll Regarding GPU Application of N-Body
    Hey everyone,

    We are currently looking at making a GPU version of N-Body. This code has been under development for quite some time, and the base code is finally working, though we would still need to implement some other features to run it alongside the CPU version. However, due to the complexity of our code and our need for double precision, the GPU version has a similar runtime to that of the CPU version, though there may be some speed-up on professional grade GPU cards. For reference, the GPU version of the Separation code is roughly 50-60 times faster than its CPU counterpart depending on the machine. Keeping that in mind, do you guys still want a GPU version of N-Body? I have put up a basic straw poll on https://www.strawpoll.me/45510486. If you wish to elaborate on your choice, please feel free to comment below.

    Thank you all for your input, time, and consideration,

    -Eric
    21 Jul 2021, 17:46:03 UTC
    von Veröffentlicht: 22.07.2021 20:10
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    Geplante Wartung am Freitag, 23. Juli

    Zusammenfassung

    Wir aktualisieren das Betriebssystem auf unseren Servern am Freitag, den 23. Juli, ab 15:00 MESZ.
    ---
    Wir werden am Freitag, den 23. Juli, ab 15:00 MESZ eine wichtige Aktualisierung des Betriebssystems auf unseren Servern installieren. Wir gehen davon aus, dass die Arbeiten etwa vier Stunden dauern werden.

    Während dieser Zeit können Teilnehmer zeitweise keine neue Arbeit hoch- oder herunterladen und die Website ist nicht erreichbar.

    Die Freiwilligen müssen keine besonderen Maßnahmen ergreifen, da eure Geräte nach Abschluss der Wartungsarbeiten automatisch erneut versuchen, Verbindung aufzunehmen.

    Wir bedanken uns für eure Geduld und Teilnahme.
    21.07.2021

    Originaltext:

    Zitat Zitat von https://www.worldcommunitygrid.org/about_us/viewNewsArticle.do?articleId=719
    Planned Maintenance on Friday, July 23

    Summary

    We are updating the operating system on our servers on Friday, July 23, beginning at 13:00 UTC.
    ---
    We will be applying an important operating system update to our servers on Friday, July 23, beginning at 13:00 UTC. We anticipate that the work will take approximately four hours.

    During some of this time, volunteers will not be able to upload or download new work, and the website will not be accessible.

    Volunteers will not need to take any particular action, as your devices will automatically retry their connections after the maintenance work is completed.

    We appreciate your patience and participation.
    21 Jul 2021
    von Veröffentlicht: 13.07.2021 23:00
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Der in manchen Schriftarten auf dem Kalender-Emoji (📅) gezeigte 17. Juli ist der Welt-Emoji-Tag. Dieser wird in diesem Jahr mit der ersten PrimeGrid-Challenge mit kurzen GFN-WUs seit fast 4 Jahren gefeiert, sodass dieses Mal auch wieder die Grafikkarten gefordert sind. Wegen der sehr kurzen WUs ist diese Challenge aber auch eine der kürzeren:

    World Emoji Day Challenge
    Beginn: 17.07.2021, 22:00 UTC = 23:00 MEZ = 18.07.2021, 00:00 MESZ
    Ende: 20.07.2021, 22:00 UTC = 23:00 MEZ = 24:00 MESZ
    Subprojekt: Generalized Fermat Prime Search n=17 (GFN-17-Low)


    Der offizielle Thread zur Challenge im PrimeGrid-Forum ist hier zu finden.

    Es zählen für diese Challenge nur WUs des Subprojekts Generalized Fermat Prime Search n=17 (GFN-17-Low), die nach dem 18.07. um 00:00 Uhr heruntergeladen und vor dem 20.07. um 24:00 Uhr zurückgemeldet werden! Das gewünschte Subprojekt kann in den PrimeGrid-Einstellungen festgelegt werden.

    Anwendungen sind vorhanden für OpenCL-fähige NVIDIA- und AMD/ATI-Grafikkarten sowie CPUs, jeweils für Windows und Linux (32- und 64-Bit) sowie macOS (nur 64-Bit).

    Die schnellsten Grafikkarten brauchen nur wenige Minuten pro WU, bei schlechter GPU-Auslastung kann es sich lohnen, einen CPU-Kern freizuhalten. Auf CPU betragen die Laufzeiten knapp eine Stunde pro WU, wobei es bei diesem Subprojekt nicht möglich ist, mehrere Kerne an derselben WU arbeiten zu lassen, also jeder CPU-Kern seine eigene WU bearbeiten muss.

    Die Punkte für die Challenge-Statistik sind identisch mit den BOINC-Credits, werden jedoch sofort gutgeschrieben, während die BOINC-Credits erst vergeben werden, wenn das Quorum von 2 übereinstimmenden Ergebnissen erreicht ist. Sollte sich ein Ergebnis als falsch erweisen, werden die Punkte natürlich wieder abgezogen.

    Team-Stats bei PrimeGrid
    User-Stats bei PrimeGrid

    Team-Stats bei SETI.Germany
    Detail-Statistik für SETI.Germany
    User-Stats bei SETI.Germany

    Zum Diskussionsthread
    von Veröffentlicht: 11.07.2021 08:50
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    2. Projekte

    Inzwischen haben biologische Testreihen mit 30 potentiellen Liganden für die 3C-ähnliche (engl. 3C-like protease, 3CLpro) und die papain-ähnliche Protease (engl. papain-like protease, PLpro) des Coronavirus SARS-CoV-2 begonnen, die Ende letzten Jahres/Anfang dieses Jahres von SiDock@home identifiziert wurden. Die umfangreichen Berechnungen zum derzeitigen fünften Bindungsziel (dem Hüllprotein) sind nun zu gut zwei Fünfteln abgeschlossen.

    Projektstatus im Juli 2021
    Hallo zusammen,

    unsere Forschung schreitet voran! Mitarbeiter haben gerade mit der biologischen Auswertung von 30 chemischen Verbindungen begonnen, die von SiDock@home für die Bindungsziele 3CLpro und PLpro ausgewählt wurden. Die biologische in-vitro-Auswertung arbeitet mit den vielversprechendsten Ergebnissen, die eure Rechner in silico ausgewählt haben. Der Vorgang ist iterativ und wird aus hunderten Experimenten bestehen.

    Mit eurer Hilfe haben wir bereits vier Bindungsziele und 43% des fünften bearbeitet. Weitere WUs werden auf Basis der biologischen Auswertung und der neuesten wissenschaftlichen Erkenntnisse über die Bindungszeile erzeugt.

    Vielen Dank und beste Grüße,
    das SiDock@home-Team
    09.07.2021, 19:21:50 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://www.sidock.si/sidock/forum_thread.php?id=137
    Project status: July 2021
    Dear all,

    Our research is going on! Collaborators just started biological evaluation of 30 chemical compounds selected in SiDock@home for targets 3CLpro and PLpro. Biological evaluation in vitro works with the most prospective results that your computers have selected in silico. The process is iterative and will involve hundreds of experiments.

    With your help, we have already processed 4 targets and 43% of the fifth one. Further workunits will be created basing on the biological evaluation and the latest scientific knowledge about the targets.

    Many thanks and best wishes,
    Team of SiDock@home
    9 Jul 2021, 18:21:50 UTC
    von Veröffentlicht: 10.07.2021 22:35
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    2. Projekte

    In der letzten Woche wurde MLC@Home ein Jahr alt. Zu diesem Anlass seien die (inzwischen monatlich erscheinenden) Notizen des Projektadministrators übersetzt, die eine Zusammenfassung des bisher Erreichten und der Pläne für das nächste Jahr beinhalten:

    [TMIM Notes] 1. Juli 2021 --- einjähriges Jubiläum von MLC@Home!
    This Month in MLC@Home
    Notizen vom 1. Juli 2021
    Eine monatliche Zusammenfassung von Neuigkeiten und Notizen zu MLC@Home

    Zusammenfassung
    Alles Gute zum ersten Geburtstag, MLC@Home! Dieses Projekt startete am 1. Juli 2020 und hat in der BOINC-Gemeinschaft schnell Fuß gefasst. Wir haben uns auf unser Ziel konzentriert, nämlich die Black Box der neuronalen Netzwerke aufzubrechen, um zu erklären, warum sie Entscheidungen so treffen, wie sie es tun. Das ist so wichtig, weil maschinelles Lernen mehr und mehr in unseren Alltag vordringt; von autonomen Autos über Entscheidungen von Banken bis zu medizinischen Diagnosen. Wir müssen forschen, um zu verstehen, wie wir Verzerrungen aus diesen Systemen heraushalten.

    Wir sind auch das erste und bisher einzige öffentliche BOINC-Projekt mit Fokus auf maschinelles Lernen (ML). Das bedeutet, dass wir zwar BOINC zur Aufgabenverwaltung nutzen konnten, aber das meiste der ML-Anwendungsinfrastruktur von Grund auf aufbauen müssen. Das lief nicht immer glatt, aber wir haben dennoch viel im letzten Jahr erreicht.

    Im letzten Jahr haben wir:
    • Unterstützung von mehr als 2500 Freiwilligen mit mehr als 9200 Rechnern erhalten
    • über 3,4 Millionen BOINC-WUs bearbeitet
    • über 1,1 Millionen neuronale Netzwerke zur Analyse dreier verschiedener Datensätze trainiert, welche die größten Datensätze ihrer Art sind
    • mehr als 4,3 TB Daten zur Auswertung erzeugt
    • einen Fachartikel veröffentlicht (weitere folgen...)
    • beim BOINC Workshop 2021 vorgetragen
    • 47 Anwendungsversionen für drei verschiedene CPU- und zwei GPU-Architekturen sowie mehrere Versionen von Windows und Linux veröffentlicht
    • innerhalb der ersten paar Monate die Kapazitäten des ursprünglichen Servers überschritten!


    Ich bin überwältigt von unserer Gemeinschaft und dem, was wir gemeinsam erreicht haben. Wir haben schon gezeigt, dass mit denselben Daten trainierte Netzwerke im Gewichtsraum eine Ballung zeigen, trotz der Zufälligkeit beim Trainieren neuronaler Netzwerke. Wir haben auch gezeigt, dass wir diese Ballungen nutzen können, um Netzwerke zu finden, die mit vergifteten statt sauberen Daten trainiert wurden; eine wichtige Entdeckung in diesem Forschungsgebiet.

    Aber es gibt noch soo viel mehr zu tun! Daher lasst uns, während wir anerkennen und feiern wollen, was wir bisher gemeinsam erreicht haben, auch nach vorne schauen und einige lose Ziele für das nächste Jahr bei MLC@Home setzen:

    • MLDS wird kurzfristig weitergehen!
      Der vierte Datensatz (DS4) ist (fast) fertig und erweitert den Datensatz um gefaltete neuronale Netzwerktypen (engl. Convolutional Neural Network, CNN) zusätzlich zu rückgekoppelten neuronalen Netzwerken (engl. Recurrent Neural Network, RNN), die in DS1-3 verwendet werden. DS5 wird wahrscheinlich leicht die Form und Größe jedes Netzwerks variieren, um zu sehen, ob es auch zu Ballungen kommt, wenn die Form variiert. Zukünftige MLDS-Arbeit über DS5 hinaus steht noch nicht fest, aber wir gehen davon aus, dass es viele DS4/DS5-WUs für viele Monate geben wird. Wir planen, den Artikel im nächsten Monat mit den neuesten Durchläufen zu aktualisieren.

    • Wir möchten über MLDS hinaus expandieren!
      Wir sind das erste Projekt, das ML in BOINC-Größenordnung durchführt. Wir möchten auch andere Forschungsbereiche unterstützen und uns festlegen, mindestens ein weiteres ML-Projekt innerhalb des nächsten Jahres ans Netz zu bringen. Bitte kontaktiert uns, wenn ihr eine Forscherin seid, die daran interessiert ist, mit der Plattform zu arbeiten!

    • Wir müssen die technische Seite des Projekts verbessern
      Von der Unterstützung von AMD-GPUs und macOS über Optimierung der Auslastung von Grafikkarten bis zu einem besseren Validierungsvorgang für die WUs gibt es eine lange Liste technischer Angelegenheiten, an denen wir arbeiten möchten, dies aber in den letzten drei Monaten nicht effektiv getan haben. Wir stoßen auch auf einige seltene Probleme der BOINC-Software, die schwer zu umschiffen sind. Falls ihr Entwickler seid und helfen möchtet, würden wir die Unterstützung sehr begrüßen.

    • Wir möchten unsere Reichweite verbessern
      Um mehr Leute zur Teilnahme zu bewegen, möchten wir einige kurze Videos über das Projekt, was wir gefunden haben und wie andere helfen können, erstellen. Diese sollten kurz, einfach zugänglich und einfach zu teilen sein. Wir möchten wenigstens eins davon in den nächsten 6 Monaten erstellen.


    Dies sind lose Ziele, aber sie sollten euch eine Idee vermitteln, worauf wir unsere Arbeiten im nächsten Jahr konzentrieren werden. Wenn ihr weitere Hinweise habt, teilt sie bitte hier oder auf Discord.

    Danke nochmal für die Unterstützung von MLC@Home und auf viele weitere Jahre erfolgreicher, wichtiger Forschung auf einem wichtigen Gebiet.

    Weitere Neuigkeiten
    • DS3 ist fast abgeschlossen (nur noch die letzten gut 130 WUs tröpfeln ein!). Ich sehe DS3 als den wichtigsten Datensatz an und kann es nicht erwarten, die Auswertung des ganzen Datensatzes laufen zu lassen!
    • Von jetzt an werden wir DS1- (und danach DS2-)WUs in die Warteschlangen für sowohl GPUs als auch CPUs hauen, bis diese abgeschlossen sind und/oder DS4 fertig vorbereitet ist. Wir werden versuchen, diese schnellstmöglich über den Berg zu bringen.
    • Eine frohe Nachricht! Der MLC-Discord-Teilnehmer Tankbuster hat unsere Bannergrafik aktualisiert! Ihr könnt das aktualisierte Banner auf den Projektseiten und der Startseite sehen!
    • Noch spannender: Tankbuster hat einen Prototypen für eine Grafikausgabe von MLC@Home erstellt! Auf dem MLC-Discord-Server (Link am Ende der Nachricht) könnt ihr Entwürfe und Videos sehen und die Diskussion darüber verfolgen. Screenshot:
    • Zur Erinnerung: die MLC-Anwendung ist quelloffen und hat eine Liste offener Probleme auf gitlab. Falls ihr Programmierer oder Datenwissenschaftlerinnen seid und helfen möchtet, seid ihr eingeladen, einen Blick auf die Probleme zu werfen und Änderungsvorschläge einzureichen.


    Momentaufnahme des Projektstatus:
    (diese Zahlen sind Näherungen)



    Letzte Ausgabe der TMIM Notes: 08.06.2021 (engl.)

    Nochmals vielen Dank allen unseren Freiwilligen!

    -- Der/die MLC@Home-Admin(s)
    Homepage: https://www.mlcathome.org/
    Einladung zu Discord: https://discord.gg/BdE4PGpX2y
    Twitter: @MLCHome2
    02.07.2021, 2:40:09 MEZ


    Originaltext:
    https://www.mlcathome.org/mlcathome/...ead.php?id=212
    von Veröffentlicht: 09.07.2021 10:10
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Durchlauf durch rund 300 Millionen kleine Moleküle für OpenPandemics - COVID-19 als Teil des Systemtests

    Zusammenfassung
    Der kürzlich durchgeführte Stresstest im World Community Grid ermöglichte es den Forschern, schnell Simulationen für 300 Millionen kleine Moleküle durchzuführen.

    Hintergrund
    OpenPandemics - COVID-19 wurde ins Leben gerufen, um die Suche nach möglichen COVID-19-Behandlungen zu beschleunigen. Das Projekt zielt auch darauf ab, ein reaktionsschnelles, quelloffenes Toolkit aufzubauen, das allen Wissenschaftlern bei der schnellen Suche nach Behandlungen im Falle zukünftiger Pandemien helfen kann.

    Ende 2020 gaben wir die Auswahl von 70 Verbindungen (aus einer ursprünglichen Gruppe von ca. 20.000) bekannt, die vielversprechend sein könnten, um als potenzielle Inhibitoren des Virus, das COVID-19 verursacht, untersucht zu werden. Für einige dieser Verbindungen laufen derzeit Labortests (Details siehe am Ende dieses Berichts).

    Ende April und Anfang Mai haben wir dem World Community Grid etwa 30.000 Batches von GPU-Arbeitseinheiten zur Verfügung gestellt. Dies war Teil eines Stresstests der World-Community-Grid-Infrastruktur und des Analyseablaufs und generierte für uns schnell eine extrem große Datenmenge.

    Was haben wir aus dem jüngsten Stresstest gelernt?
    Der Stresstest war eine großartige Übung, um Engpässe in unserem Workflow aufzudecken. Aufgrund der nahezu unglaublichen Menge an zurückgemeldeten Ergebnissen - das Äquivalent von etwa 3/4 der Anzahl der CPU-Ergebnisse eines Jahres in einer Woche - wurde uns klar, dass der größte Engpass das war, was wir intern "Rehydrierung/Analyse" nennen. Dies ist der Schritt, bei dem wir das sogenannte "Genom", das die Lage, die Rotation und den Torsionszustand eines gegebenen Docking-Ergebnisses beschreibt, in xyz-Atomkoordinaten umwandeln und die Analyse durchführen.

    Der Stresstest motivierte uns, erhebliche Optimierungen in unserem Code für die GPU-Version zu entwickeln. Diese Optimierungen beschleunigten die Rehydrierung/Analyse um mehr als das Zehnfache, was zu einer Gesamtbeschleunigung unseres Workflows um den Faktor 5 führte. Diese Optimierungen sollen in unseren Mainstream-Quellcode auf der AutoDock-GPU-GitHub-Seite (engl.) einfließen und der gesamten Community zur Verfügung stehen, was allen Forschern zugute kommt, die unseren Code für ihre Simulationen verwenden.

    Ziele, die derzeit auf dem World Community Grid laufen
    Derzeit konzentrieren sich alle Berechnungen auf das Spike-Protein des SARS-CoV-2-Virus. Die ersten Arbeitseinheiten, die auf den Spike abzielten, waren der "Stresstest", bei dem etwa 300 Millionen kleine Moleküle an eine von vielen möglichen Bindungsstellen angedockt wurden. Anschließend haben wir mehrere mögliche Bindungstaschen mit sowohl reaktiven als auch nicht reaktiven Molekülen ins Visier genommen.

    Die reaktiven Moleküle enthalten eine chemische Gruppe, die in der Lage ist, selektiv entweder mit Tyrosin- oder Lysin-Aminosäuren (die häufige Bausteine von Proteinen sind) zu reagieren, und zwar unter Verwendung einer bestimmten Art von Schwefelchemie (Sulfonylfluorid-Austausch, SuFEx). Wenn eines dieser Moleküle tatsächlich an das Spike-Protein bindet, könnte es den Eintritt des Virus in menschliche Zellen behindern und damit die Replikation des Virus verlangsamen.

    Laufende Tests von Verbindungen
    In unserer Analyse haben wir die rohen Docking-Ergebnisse gefiltert, um die vielversprechendsten Verbindungen zu identifizieren, die synthetisiert und in biologischen Tests getestet werden sollen. Während dieses Prozesses wurde die Anzahl der Ergebnisse von Hunderten von Millionen von Molekülen auf einige Dutzend reduziert, welche die interessantesten Interaktionsmuster mit den viralen Enzymen zeigten.

    Mit unseren Partnern bei Enamine (engl.) identifizierten wir diejenigen, die durch synthetische Chemie besser zugänglich waren, und wählten schließlich Moleküle aus, die gegen zwei der wichtigsten Proteasen des SARS-CoV-2-Virus gerichtet sein könnten: 28 für die Protease Plpro und 47 für die Protease Mpro. Enamine hat die Moleküle rasch synthetisiert, gereinigt und an die Labors unserer experimentellen Partner bei Scripps Florida (die Labore von Griffin und Kojetin) und an der Emory University (Labor von Sarafianos) versandt. Sobald die biologischen Ergebnisse vorliegen, werden wir sie mit der Community teilen.

    Vielen Dank an alle, die dieses Projekt unterstützen!
    08.07.2021

    Originaltext:
    https://www.worldcommunitygrid.org/a...?articleId=715
    von Veröffentlicht: 04.07.2021 22:30
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Das Subprojekt TF (Trial Factoring, engl., Test-Faktorisierung) hat einen neuen Zahlbereich erreicht, was sich in zunächst deutlich längeren WU-Laufzeiten niederschlägt. Die insgesamt im jetzt begonnenen Bereich zu erwartenden Faktoren von Mersenne-Primzahlkandidaten werden Primalitätstests im Umfang von fast 30000 Jahren CPU-Zeit einsparen.

    Test-Faktorisierungen im Bereich 73-74 Bit gestartet
    Der Bereich 72-73 Bit ist fast erledigt. Neue Arbeit für 73-74 Bit beginnt. Die Laufzeit beträgt etwa 45 Minuten auf einer RX 5500 XT und sinkt.
    04.07.2021, 19:47:06 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://srbase.my-firewall.org/sr5/forum_thread.php?id=1613
    Trial Factoring 73-74bit range started
    The range 72-73bit is nearly done. There is starting new work for 73-74bit. The runtime is around 45min on a RX5500XT and decreasing.
    4 Jul 2021, 18:47:06 UTC
    von Veröffentlicht: 04.07.2021 20:35
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Die offizielle Bekanntgabe des letzten Fundes beim Mitte März beendeten Subprojekt Fermat Divisor Search wurde kürzlich nachgereicht. Es handelt sich um einen Teiler der erweiterten verallgemeinerten Fermatzahl xGF(8788627,11,4)=11^2^8788627+4^2^8788627.

    DIV-Megaprimzahl! (Nachtrag)
    Am 1. März 2021 um 03:47:51 MEZ hat PrimeGrids Fermat Divisor Search eine Megaprimzahl gefunden:

    25*2^8788628+1

    Die Primzahl hat 2 645 643 Dezimalstellen und erreicht Chris Caldwells Datenbank der größten bekannten Primzahlen auf Platz 75 insgesamt.

    Die Entdeckung gelang Tom Greer (tng) aus den Vereinigten Staaten mit einem AMD Ryzen 9 5950X @ 4,90 GHz mit 32 GB RAM unter Windows 10. Dieser Rechner brauchte etwa 2 Stunden 46 Minuten für den Primalitätstest mit LLR2. Tom Greer ist Mitglied des Teams Antarctic Crunchers.

    Für weitere Einzelheiten siehe bitte die offizielle Bekanntgabe.
    01.07.2021 | 20:48:36 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://www.primegrid.com/forum_thread.php?id=9702
    DIV Mega Prime! (Belated Posting)
    On 1 March 2021, 02:47:51 UTC, PrimeGrid's Fermat Divisor Search found the Mega Prime:

    25*2^8788628+1

    The prime is 2,645,643 digits long and enters Chris Caldwell's “The Largest Known Primes Database” ranked 75th overall.

    The discovery was made by Tom Greer (tng) of the United States using an Authentic AMD Ryzen 9 5950X CPU @ 4.90GHz with 32GB RAM, running Microsoft Windows 10 Professional. This computer took about 2 hours and 46 minutes to complete the primality test using LLR2. Tom Greer is a member of the Antarctic Crunchers team.

    For more details, please see the official announcement.
    1 Jul 2021 | 19:48:36 UTC
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