• 16.01.2020

    von Veröffentlicht: 16.01.2020 17:55
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    2. Projekte

    Die vorherige Serie von Berechnungen ist abgeschlossen, zwei mögliche Ansätze zur Fortführung des Projektes wurden vorgestellt. Projektteilnehmer können in diesem Thread ihre Meinung dazu äußern.

    Neuigkeiten und Abstimmung
    Liebe Quchempedia-Cruncher!

    Die erste Generation unserer neu erzeugten kleinen Moleküle ist fast fertig. Danke nochmals.

    Wir haben zwei Vorschläge für die nächste Phase der Berechnungen:

    1. Eine Pause einlegen (etwa einen Monat), um die neuesten Berechnungen zu analysieren und zu verarbeiten, aus den Erfolgen und Fehlschlägen der Berechnungen lernen und dann neue kleine Moleküle erzeugen. Wahrscheinlich mit etwas mehr als 9 Atomen.

    2. Einige der neu erzeugten Verbindungen zu einem im Chemielabor hier in Angers verwendetem Kern (BTX) hinzufügen (siehe die Zusammenfassung dieses Artikels: https://pubs.rsc.org/en/content/arti...h#!divAbstract, engl.), um vorzuführen, wie wir unsere neu erzeugten Moleküle in einem echten System verwenden können, zu zeigen, wie ein Fragment die Eigenschaften des Kerns verändern kann, sowie als Screening-Beispiel. Diese Berechnungen sind sehr interessant und können sehr schöne Anwendungen haben (Medikamente und Werkstoffe).

    Beachtet, dass die zweite Option bedeutet, dass die Moleküle mehr als 9 schwere Atome haben werden, wahrscheinlich mehr als etwa 30, und die Berechnungen daher Tage dauern können. Die gute Nachricht ist, dass die nächsten WUs den Zwischenstand speichern werden. BOINC wird den wirklichen Fortschritt nicht anzeigen können und davon ausgehen, dass die Berechnung von vorne beginnt, aber wir haben einige Tests durchgeführt und die Berechnungen liefen vom letzten Zwischenschritt weiter. Die erwarteten Berechnungszeiten werden immer sehr ungefähr und unzuverlässig sein, wir werden einen recht hohen Wert auswählen.

    Falls ihr die erste Option auswählt, werden wir die BTX-WUs mit unseren eigenen Resourcen berechnen und eine Nachricht schreiben, wenn wir die neuen kleinen Moleküle verarbeitet und erzeugt haben.

    Vielen Dank für eure Wahl und Meinungen unter diesem Beitrag.

    Mit freundlichem Gruß,
    Thomas and Benoit
    14.01.2020, 15:24:40 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://quchempedia.univ-angers.fr/athome/forum_thread.php?id=53
    Updates and poll
    Dear Quchempedia crunchers!

    First generation of our newly generated small molecules is almost finished. Thanks again.

    We have two propositions for the new phase of calculations :

    1. Make a pause (maybe a month or so), in order to parse and treat the recent calculations, learn from the success and failures of the calculations and then generate new small molecules. Probably with a little bit more than 9 atoms.

    2. Take some of the newly generated compounds, add them to a core (BTX) used in the chemistry lab here in Angers (see the abstract of this article https://pubs.rsc.org/en/content/arti...h#!divAbstract) to demonstrate how we can use our newly generated molecules inside a real system, to show how a fragment can modify the core properties and to serve as a screening example. These calculations are very interesting and can lead to very nice applications (drugs and materials).

    Beware that the second choice, means that the molecules will have more than 9 heavy atoms, probably more than 30 and so calculations could take days. The good news is that the next workunits will implement checkpointing. Boinc will not be able to display the real level of progress and will think that the calculation starts again from the beginning. But we've run some tests and the calculations restart from the very last step. The expected calculation times will always be very approximate and unreliable, we will voluntarily choose a slightly high value.

    If you choose the first option, we will calculate the BTX ones with our private ressources and we will post a news when we will have treated and generated new small molecules.

    Thank you for giving your choices and opinions under this post.

    Kindly,
    Thomas and Benoit
    14 Jan 2020, 14:24:40 UTC
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