• 27.09.2020

    von Veröffentlicht: 27.09.2020 10:10
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Africa Rainfall Project - Originaltext - Diskussion

    Forschungsteam begrüßt einen Studenten

    Ein neuer Student hat sich den Forschern angeschlossen, um bei der Datenanalyse zu helfen. Sie werden die Ergebnisse der Daten aus dem World Community Grid mit Daten aus anderen Quellen vergleichen.


    Bevorstehende Konferenzen

    Der Forschungsleiter des Projekts, Professor Nick van de Giesen, wird auf der Konferenz der American Geophysical Union, die im Dezember stattfindet, einen Vortrag halten.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Das World Community Grid verschickt derzeit die Generationen 22 und 23 (eine Generation ist eine Reihe von Arbeiten - in diesem Fall eine Reihe von Computersimulationen der Regenfälle in Afrika südlich der Sahara).



    FightAIDS@Home - Phase 2 - Originaltext - Diskussion

    Zukünftige Ausrichtung

    Mehrere Monate lang hatten die Forschungsteams für beide Phasen von FightAIDS@Home mögliche neue Ziele für die nächste Runde der Arbeit am World Community Grid diskutiert. In den letzten Wochen haben sie sich jedoch der Frage zugewandt, wie neue Ansätze und Technologien am besten genutzt werden können, um ihre Datenanalysen weiter zu verfeinern und möglicherweise zu beschleunigen.

    Sie befinden sich nun in einem sehr frühen Stadium der Untersuchung, welche neuen Ansätze und Technologien (falls vorhanden) zur Rationalisierung ihrer Arbeit beitragen könnten. Daher planen sie zwar zusätzliche Arbeiten am World Community Grid, aber der Zeitrahmen dafür wird länger sein als wir ursprünglich dachten.

    Wir werden alle auf dem Laufenden halten, sobald uns mehr Informationen von den Forschern vorliegen.


    30 Jahre AutoDock Suite

    Die Wissenschaftler der Phase 1 haben vor kurzem einen Bericht über das AutoDock Programm abgeschlossen, das sie vor 30 Jahren bei Scripps Research ins Leben gerufen haben. Dieser Bericht wurde vor kurzem veröffentlicht, befindet sich aber derzeit hinter einer Paywall. Wir werden es alle wissen lassen, sobald wir eine frei zugängliche Version haben (was voraussichtlich in einigen Tagen der Fall sein wird).


    Aktueller Stand des Projekts

    Abschluss von Phase 2, in Erwartung einer Neuausrichtung des Forschungsteams



    Help Stop Tuberculosis - Originaltext - Diskussion

    Studenten-Rotation

    Zusätzlich zu dem neuen Teammitglied, das in der letzten Projektaktualisierung vorgestellt wurde, werden die Forscher ab Oktober einige Monate lang einen zusätzlichen Studenten haben, der bei der Datenanalyse helfen wird.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    In Bearbeitung: 41 Batches (4.100 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 23.574 Batches (34 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 1,1 Batches pro Tag)

    Hinweis: Für dieses spezielle Projekt müssen die Forscher oft die Batches analysieren, die wir ihnen zurückschicken, bevor sie weitere Arbeitseinheiten bauen können. Dies kann manchmal zu einer verzögerten Lieferung von Arbeitseinheiten führen.



    Mapping Cancer Markers - Originaltext - Diskussion

    Lungenkrebs-Marker

    Wie bereits im letzten Monatsbericht erwähnt, haben die Forscher damit begonnen, mit einigen ihrer Kollegen aus der klinischen Praxis zusammenzuarbeiten, um Input über die Bedeutung einiger der Ergebnisse des Projekts über Lungenkrebs-Marker zu erhalten. Dieser Prozess ist im Gange und könnte viele Monate dauern.

    Sobald das Forschungsteam die Gespräche mit den Kollegen beendet hat, werden diese ihr Feedback in einen Forschungsbericht einfließen lassen.


    Beta-Tests an neuen Sarkom-Arbeitseinheiten

    Das World Community Grid Tech Team hofft, einen weiteren Betatest für neue Sarkom-Arbeitseinheiten durchführen zu können. Wenn dieser Beta-Test bereit ist, werden wir in unserem Forum für Beta-Test-Ankündigungen eine Mitteilung veröffentlichen, damit interessierte Freiwillige daran teilnehmen können. Freiwillige können hier ihre Einstellungen überprüfen, um zu sehen, ob sie sich für den Betatest angemeldet haben.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 844 Batches
    In Bearbeitung: 889 Batches (7.152.542 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 65.645 Batches (749 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 25 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 33 Tage



    Microbiome Immunity Project - Originaltext - Diskussion

    Checkpointing überprüfen

    Beim verteilten Rechnen ist das Checkpointing eine Technik, mit der sichergestellt wird, dass Arbeitseinheiten auch dann abgeschlossen werden können, wenn das Gerät, das an ihnen arbeitet, eine Pause macht, ohne dass die Arbeitseinheiten neu gestartet werden müssen. Das technische Team von World Community Grid hat kürzlich einige Arbeiten zu einem Checkpointing-Problem für die Arbeitseinheiten des Microbiome Immunity Projekts durchgeführt. Wir gehen davon aus, dass es aufgrund dieses Problems zu keinem Verlust von Forschungsdaten kommen wird.


    Laufende Berichte

    Das Forschungsteam arbeitet derzeit an drei Berichten, die sich auf die von World Community Grid verarbeiteten Daten beziehen.

    Bericht #1 - wird demnächst, hoffentlich in den nächsten Wochen, bei einer Zeitschrift eingereicht
    Bericht #2 - Fertigstellung der Analyse und der Grafiken für das Manuskript, das bis Ende 2020 bei einer Zeitschrift eingereicht werden soll
    Bericht #3 - Arbeit an der Datenanalyse, keine geschätzte Zeit für die Einreichung


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 3.923 Batches
    In Bearbeitung: 5.148 Batches (15.564.135 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 313.375 Batches (4.852 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 161,7 Batches pro Tag)
    Geschätzter Arbeitspuffer: 24 Tage



    OpenPandemics - Originaltext - Diskussion

    GPU-Version von OpenPandemics

    Sowohl das Forschungsteam als auch das World Community Grid Tech Team machen weiterhin Fortschritte bei der Portierung der OpenPandemics-Software auf GPU.

    Die Forscher arbeiten an Leistungsverbesserungen für eine OpenCL-Version. In der Zwischenzeit hat World Community Grid den Code für die IBM-Open-Source-Prüfung und eine Sicherheitsüberprüfung eingereicht. Wir wissen derzeit noch nicht genau, wann die IBM-Prüfungen fertig sein werden.


    AutoDock Suite wird 30

    Das Forscherteam veröffentlichte vor kurzem einen Bericht über die Geschichte von AutoDock, der Software, die OpenPandemics, FightAIDS@Home und andere Projekte unterstützt, die nach potenziellen Behandlungsmethoden für verschiedene Krankheiten gesucht haben. Ihr könnt den Bericht hier (engl.) lesen.


    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Zum Herunterladen verfügbar: 3.452 Batches
    In Bearbeitung: 2.259 Batches (18.949.527 Arbeitseinheiten)
    Abgeschlossen: 9.479 Batches (2.991 Batches in den letzten 30 Tagen, durchschnittlich 99,7 Batches pro Tag)
    Geschätzter Vorrat: 34,6 Tage



    Smash Childhood Cancer - Originaltext - Diskussion

    Beta-Tests abgeschlossen

    Das World Community Grid Team hat Anfang dieses Monats einen Betatest neuer Arbeitseinheiten gestartet. Die Tests verliefen reibungslos, und wir sind dankbar für alle Freiwilligen, die sich angemeldet haben, um Rechenzeit für diesen wichtigen Prozess zu spenden.


    Projekt fortgesetzt!

    Nach dem erfolgreichen Betatest hat Smash Childhood Cancer am 22. September das Senden und Empfangen von Arbeit mit dem World Community Grid wieder aufgenommen.

    Für diese Arbeitsreihe konzentriert sich das Forschungsteam auf ein Gen namens EWSR1. Dieses Gen spielt eine wichtige Rolle bei der Entwicklung des Ewing-Sarkoms, einem seltenen Krebs im Kindesalter, der normalerweise in einem Knochen oder im Weichgewebe um einen Knochen herum beginnt und sich auf die Lunge oder andere Knochen ausbreiten kann.

    Aktueller Status der Arbeitseinheiten

    Projekt wurde am 22. September mit 143 Batches von Arbeitseinheiten fortgesetzt.
    von Veröffentlicht: 27.09.2020 09:45
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Ein neuer Artikel in der Fachzeitschrift Science beschreibt die Entwicklung von Miniproteinen, die an die "Spitzen" des Coronavirus SARS-CoV-2 ankoppeln und dadurch dessen Bindung an das menschliche Enzym ACE2 verhindern können. Solche Hemmstoffe können vor oder in der Frühphase einer Infektion die Vermehrung des Virus verhindern und daher beispielsweise in prophylaktischen Medikamenten für medizinisches Personal mit Kontakt zu potentiellen Covid-19-Patienten Anwendung finden. Rosetta@home spielte beim Finden dafür geeigneter Gerüstproteine eine Rolle. David Baker beschreibt die Vorgehensweise bei der Forschung recht allgemeinverständlich (allerdings in englischer Sprache) in einem Video (dessen Einbettung in die Originalnachricht des Projekts leider auch störende Auswirkungen hatte).

    Neues zum Coronavirus von David Baker. Danke euch allen für eure Beiträge!
    Hier ist ein kurzes Video, in welchem David Baker einige spannende Ergebnisse der auf SARS-CoV-2 abzielenden Wirkstoffentwicklung beschreibt.

    Danke euch allen für eure Beiträge zu dieser Forschung! Zwar wurde R@h nicht direkt für die in der (unten verlinkten) Veröffentlichung beschriebene Arbeit verwendet, aber R@h wurde zum Optimieren dafür relevanter Gerüstproteine verwendet. Außerdem gibt es derzeit mehrere vergleichbare Optimierungen, die an SARS-CoV-2 und verwandte Ziele binden und mit R@h entwickelt wurden.

    https://www.youtube.com/embed/ODEIN5V3yLg (engl.)

    Weiterführende Informationen sind in der Veröffentlichung De novo design of picomolar SARS-CoV-2 mini protein inhibitors (engl., Neuschöpfung pikomolarer Miniprotein-Hemmstoffe für SARS-CoV-2) zu finden.
    22.09.2020, 00:16:33 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=14226
    Coronavirus update from David Baker. Thank you all for your contributions!
    Here is a short video of David Baker describing some exciting results from de novo designs targeting SARS-Cov-2.

    Thank you all for your contributions to this research! Although R@h was not directly used for the work described in the publication (link provided below), R@h was used for designing relevant scaffolds. Additionally, there are currently many similar designs that bind SARS-Cov-2 and related targets that were engineered using R@h.

    https://www.youtube.com/embed/ODEIN5V3yLg

    More information is available from the publication, De novo design of picomolar SARS-CoV-2 mini protein inhibitors.
    21 Sep 2020, 23:16:33 UTC
Single Sign On provided by vBSSO