• 18.11.2021

    von Veröffentlicht: 18.11.2021 11:50
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    2. Projekte

    Pünktlich zum 17. Geburtstag und dem Beginn der WCG Birthday Challenge erschien auch ein ausführlicher Bericht über Mapping Cancer Markers:

    Freiwillige haben 15 Billionen Signaturen für das Projekt Mapping Cancer Markers getestet
    In diesem Update, das zeitgleich mit dem 17. Jahrestag von WCG erscheint, fasst das Forschungsteam den Beitrag aller Freiwilligen zu jeder Tumorart und Signaturgröße zusammen, die Mapping Cancer Markers bisher untersucht hat.

    Hintergrund

    Mapping Cancer Markers (MCM) zielt darauf ab, die Marker (manchmal auch als Signaturen bezeichnet) zu identifizieren, die mit verschiedenen Krebsarten in Verbindung stehen. Im Rahmen des Projekts werden Millionen von Datenpunkten analysiert, die von Tausenden Gewebeproben gesunder und krebskranker Patienten stammen. Bislang wurden Gewebeproben von Lungenkrebs, Eierstockkrebs und Sarkomen untersucht.

    Ein Blick auf den enormen Beitrag der Freiwilligen

    Jede Mapping-Cancer-Markers-Arbeitseinheit testet mehrere Gruppen von Biomarkern anhand eines Krebsdatensatzes auf ihre Verwendbarkeit als diagnostische oder prognostische Signaturen. Derzeit ist dieser Datensatz unser Sarkom-Datensatz. MCM hat bisher drei Datensätze untersucht: Lungenkrebs, Eierstockkrebs und Sarkome. Für Lungen- und Eierstockkrebs untersuchte MCM unterschiedliche Signaturlängen (d.h. unterschiedliche Anzahl von Genen, die in die Signatur aufgenommen wurden), während die Sarkom-Signaturen alle die gleiche Länge, aber unterschiedliche Zusammensetzungen haben (d.h. sie enthalten Marker, die mit unterschiedlichen Techniken und in unterschiedlichen Prozentsätzen gemessen wurden). Zum Zeitpunkt der Erstellung dieses Berichts haben die Freiwilligen etwa 800 Millionen Arbeitseinheiten analysiert.


    Abbildung 1. Zahl der fertigen Arbeitseinheiten pro Krebsart (v.l.n.r. Lungenkrebs, Eierstockkrebs, Sarkome) und Signaturgröße (farbkodiert).

    Eine Arbeitseinheit testet Signaturen einer bestimmten Größe (Anzahl der Biomarker) anhand ihres Datensatzes. Zusammengenommen haben die Teilnehmer des World Community Grid etwa 15 Billionen Signaturen getestet, eine Zahl, die ohne eure Unterstützung nicht denkbar gewesen wäre.


    Abbildung 2. Ausgewertete Signaturen pro Datensatz (und Größe) für alle Tumoren (A) bzw. nur für Eierstockkrebs (B).]

    Die benötigte Rechenzeit pro Signatur in einer bestimmten Arbeitseinheit hängt von der Signaturgröße und dem Datensatz ab. Da wir versuchen, den Gesamtberechnungsaufwand pro Arbeitseinheit konstant zu halten, variiert auch die Anzahl der Signaturen pro Arbeitseinheit je nach Signaturgröße und Datensatz.

    Bei den meisten Datensätzen benötigen größere Signaturen mehr Rechenzeit als kürzere Signaturen. Unser Lungen-Datensatz folgt im Allgemeinen diesem Muster, während bei unserem Eierstock-Datensatz das Gegenteil der Fall ist. Für den Eierstockkrebs-Datensatz testete MCM prognostische Signaturen, die kurze oder lange Überlebenszeiten vorhersagten. Diese Aufgabe war von Natur aus schwieriger als die Diagnoseaufgaben bei Lungenkrebs (Krebs/kein Krebs) oder einem Sarkom (Unterscheidung von Sarkom-Subtypen). Aufgrund dieser Schwierigkeit konnte MCM nicht annähernd so viele Signaturen pro Eierstockkrebs-Arbeitseinheit berechnen wie bei anderen Datensätzen, unabhängig von der Signaturgröße.


    Abbildung 3. Ausgewertete Signaturen pro Arbeitseinheit nach Datensatz (und Größe) für alle Tumoren (A) und speziell für Eierstockkrebs (B).

    In einem nächsten Schritt werden wir untersuchen, wie sich die unterschiedliche Zusammensetzung der Sarkom-Signaturen auf ihre Vorhersagekraft auswirkt.

    Wir sind allen dankbar, die Mapping Cancer Markers und alle wichtigen Projekte im World Community Grid unterstützen.

    Wenn wir heute den 17. Jahrestag des WCG feiern, dann nur wegen euren Engagements.

    Wir danken euch!
    16.11.2021

    Originaltext:
    https://www.worldcommunitygrid.org/a...?articleId=747
    von Veröffentlicht: 18.11.2021 09:25
    1. Kategorien:
    2. Projekte

    Die OpenCL-Anwendung kann jetzt auch auf Intel-GPUs genutzt werden, sofern in den Projekteinstellungen die Ausführung von Testanwendungen erlaubt ist. Offen ist die Frage, ob auch dafür ein CPU-Kern reserviert werden muss und ob dieser nicht mit der CPU-Anwendung allein mehr leisten würde.

    Unterstützung für Intel-GPUs
    Ich habe gerade Unterstützung für Intel-GPUs eingerichtet. Es gibt zwei Versionen, 64-Bit-Linux und 64-Bit-Windows, beide benötigen OpenCL 1.1 oder höher.

    Ich habe keine Intel-GPU, kann sie also nicht testen. Es ist aber der gleiche OpenCL-Code, der auf anderen GPUs funktioniert, theoretisch sollten sie also funktionieren. Für die Linux-Version musste ich nur das Intel-OpenCL-SDK herunterladen und die Anwendung gegen die Include-Dateien und Bibliotheken von Intel linken. Die Windows-Version habe ich wie für AMD- und NVIDIA-Karten mit mingw64 cross-kompiliert.

    Da die Anwendungen neu und ungetestet sind, habe ich sie als Beta markiert.
    17.11.2021, 23:57:27 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://numberfields.asu.edu/NumberFields/forum_thread.php?id=501
    Support for Intel GPUs
    I just added support for Intel GPUs. There are 2 versions - 64 bit linux and 64 bit windows, both require openCL 1.1 or higher.

    I don't have an Intel GPU, so I can't test them. But it's the same openCL code that works on other GPUs, so in theory they should work. For the linux version, it was just a matter of downloading the Intel openCL SDK and then linking against Intel's include files and libraries. For the windows version, I cross compiled using mingw64 as I do with AMD/Nvidia cards.

    Since they are new and untested, I made them beta apps.
    17 Nov 2021, 22:57:27 UTC
    von Veröffentlicht: 18.11.2021 08:25
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    2. Projekte

    Da b≥42 597 774 bereits von einem separaten Subprojekt bearbeitet wird, ist der Suchbereich von Generalized Fermat Prime Search n=17 (GFN-17-Low) beschränkt und nach jetzt fast sechseinhalb Jahren bald ausgeschöpft. Ein genaues Enddatum lässt sich nicht nennen, weil nicht absehbar ist, wie sich die Geschwindigkeit dieses Subprojekt durch die anstehenden Challenges bei anderen Subprojekten auf der einen Seite und durch das nahende Ende motivierte zusätzliche Teilnehmer auf der anderen Seite entwickelt. Deshalb erfolgte nun obligatorische 30-Tage-Warnung:

    GFN-17-Low wird beendet
    Beim Subprojekt GFN-17-Low sind nur noch weniger als eine Million Kandidaten zu testen, sodass es in den nächsten Monaten zum Ende kommen wird.

    Diskussionsthread: https://www.primegrid.com/forum_thread.php?id=9796 (engl.)
    14.11.2021 | 18:27:34 MEZ

    Die wichtigste Information aus dem Diskussionsthread:

    ---
    Dies ist die offizielle Warnung vor dem Ende des Subprojekts.

    Betrachtet dies als die offizielle 30-Tage-Warnung, obwohl es vermutlich eher vier Monate als einen Monat dauern wird. Es kommt darauf an, wie viele Leute das Subprojekt laufen lassen und dazustoßen, wenn das Ende näher rückt. Deshalb warne ich euch frühzeitig.

    Es verbleiben weniger als eine Million Kandidaten und wir schaffen derzeit etwa 15000 Aufgaben pro Tag (2 Aufgaben pro Kandidat).
    14.11.2021 | 18:22:54 MEZ


    Originaltexte:
    Zitat Zitat von https://www.primegrid.com/forum_thread.php?id=9797
    GFN-17-Low is finishing
    The GFN-17-LOW project has less than a million candidates to be tested, and thus will come to an end in the next few months.

    Forum discussion thread: https://www.primegrid.com/forum_thread.php?id=9796
    14 Nov 2021 | 17:27:34 UTC
    Zitat Zitat von https://www.primegrid.com/forum_thread.php?id=9796&nowrap=true#152256
    This is the official warning for the sub-project end.

    Consider this to be the official 30 day warning, although it's probably closer to 4 months than to 1 month. It all depends on how much people run 17-low, and as we get closer to the end more and more people will pile onto 17-low. I am therefore giving you the warning early.

    There's less than a million candidates to go, and we're currently doing about 15K tasks per day (2 tasks per candidate.)
    14 Nov 2021 | 17:22:54 UTC
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