• 22.11.2021

    von Veröffentlicht: 22.11.2021 10:40
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    Das zehnte Bindungsziel wurde angekündigt und ist sehr eng mit dem neunten verwandt, weshalb die vorherige Meldung überarbeitet wurde. Die übersetzte Neufassung:

    Neuntes und zehntes Bindungsziel
    Liebe Teilnehmer,

    wir haben ein neues Bindungsziel an einem neuen allosterischen Zentrum der Hauptprotease von SARS-CoV-2. Das Zentrum wurde mit der MixMD-Methode [1] am College of Pharmacy der University of Michigan entdeckt. Bei der Vorbereitung des Bindungsziels hat Jelena Tošović (Slowenien) geholfen.

    Die beiden nächsten Bindungsziele und die Ergebnisse werden die mittels Röntgenuntersuchung von Sebastian Günther et al. [2] identifizierten allosterischen Zentren ergänzen. Für diese Bindungsziele bestehen gute Chancen auf baldige Tests im Nasslabor und weitere experimentelle Unterstützung.

    (Wir werden wieder zeitweise die Berechnungen zu Bindungsziel 5 unterbrechen)

    Mit besten Grüßen,
    das SiDock@home-Team

    [1] Phani Ghanakota and Heather A. Carlson "Moving Beyond Active-Site Detection: MixMD Applied to Allosteric Systems" (Über die Erkennung aktiver Zentren hinaus: Anwendung von MixMD auf allosterische Systeme). The Journal of Physical Chemistry B 2016 120 (33), 8685-8695. DOI: 10.1021/acs.jpcb.6b03515 (engl.)
    [2] Sebastian Günther et al. "X-ray screening identifies active site and allosteric inhibitors of SARS-CoV-2 main protease" (Röntgenuntersuchung identifiziert aktive Zentren und allosterische Hemmstoffe der Hauptprotease von SARS-CoV-2). Science 2021 372 (6542), 642-646. DOI: 10.1126/science.abf7945 (engl.)
    20.11.2021, 12:19:45 MEZ


    Außerdem wird eine neue Anwendungsversion verteilt, die unter anderem das Problem der oft fälschlich auf 100% springenden Fortschrittsanzeige behebt. Diese wird automatisch bei der Zuteilung neuer WUs heruntergeladen, sofern nicht (mittels app_info.xml) explizit eine andere Version erzwungen wird.

    Veröffentlichung CmDock v0.1.4
    Liebe Gemeinschaft. Eine neue Version von CmDock ist fertig. Die CmDock-Version 0.1.4 enthält Korrekturen beim Speichern von Zwischenständen und der Fortschrittsanzeige sowie Unterstützung für komprimierte Ein- und Ausgabe mit cmzip. Die neue CmDock-Version beinhaltet außerdem ein aktualisiertes SDF-Tools-Submodul, das den Forschenden mit Unterstützung großer Molekülbibliotheken bei der Bearbeitung von Ein- und Ausgabedateien helfen soll.

    Auch die Anwendung für BOINC wurde aktualisiert. Das Team arbeitet hart und wird CmDock auch in der Zukunft engagiert unterstützen. Danke!

    Marko & Natalia
    21.11.2021, 18:10:00 MEZ


    Originaltexte:
    Zitat Zitat von https://www.sidock.si/sidock/forum_thread.php?id=163
    Ninth and tenth targets
    Dear participants,

    We have a new target which resides at a novel allosteric site on SARS-CoV-2 main protease. The site was identified by MixMD method [1] with collaboration at College of Pharmacy, University of Michigan. Target preparation was helped by Jelena Tošović (Slovenia).

    The two upcoming targets and results will complement the allosteric sites identified with X-ray screening by Sebastian Günther et al. [2]. The targets have good chances for wet-lab testing as soon as possible and further experimental support.

    (We will again temporarily pause processing of Target 5)

    With best wishes,
    Team SiDock@home

    [1] Phani Ghanakota and Heather A. Carlson. Moving Beyond Active-Site Detection: MixMD Applied to Allosteric Systems. The Journal of Physical Chemistry B 2016 120 (33), 8685-8695. DOI: 10.1021/acs.jpcb.6b03515
    [2] Sebastian Günther et al. X-ray screening identifies active site and allosteric inhibitors of SARS-CoV-2 main protease. Science 2021 372 (6542), 642-646. DOI: 10.1126/science.abf7945
    20 Nov 2021, 11:19:45 UTC
    Zitat Zitat von https://www.sidock.si/sidock/forum_thread.php?id=165
    Release CmDock v 0.1.4
    Dear community. New release of CmDock was prepared. The v0.1.4 of CmDock incorporates fixed checkpointing and progress bar patch along with support for compressed input and output via cmzip. New CmDock release also includes an Updated SDF-Tools submodule that should help the userbase manipulate input/output files with support for large molecular libraries.

    Along with the new release, BOINC client is up to date also. The team is working hard and we are committed to support CmDock in the future. Thank You!

    Marko & Natalia
    21 Nov 2021, 17:10:00 UTC
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