SIMAP

**Nullinger** · 12.08.2007, 14:36

Hi Joey,

dank für den Hinweis, bin nicht soweit nach oben gekommen.

**pschoefer** · 12.08.2007, 14:48

Zitat von Joey

@pschoefer: Das "unsent" bezieht sich meiner Meinung nach auf die Results und "in database" auf die Workunits.

Bei den Results gibt's aber auch "in database" (steht bei gut 21k im Moment)...

Naja, ist letztlich ja egal. Versendet werden ja Results, und wenn da keine auf unsent sind, gibt's keine (wobei es natürlich sein kann, dass da immer ein paar kommen, die aber schnell gezogen werden).

**Joey** · 12.08.2007, 15:00

Zitat von pschoefer[SPEG]

Bei den Results gibt's aber auch "in database" (steht bei gut 21k im Moment)...

Naja, ist letztlich ja egal. Versendet werden ja Results, und wenn da keine auf unsent sind, gibt's keine (wobei es natürlich sein kann, dass da immer ein paar kommen, die aber schnell gezogen werden).

Na gut, da du schon etwas länger in der Materie steckst, will ich dir mal glauben, wobei die Namensgebung irgendwie irreführend ist, oder?!

"Workunits" sind für mich Arbeitspakete, die noch abgearbeitet werden müssen. In diesem Zusammenhang werden sie ja auch im Boinc-Sprachgebrauch verwendet.

Ein "Result" dagegen ist für mich das Ergebnis, dass mein Rechner nach der Berechnung an den jeweiligen Projekt-Server zurückschickt.

Irgendwie bin ich leicht verwirrt.

**Saenger** · 12.08.2007, 15:09

Zitat von Joey

Na gut, da du schon etwas länger in der Materie steckst, will ich dir mal glauben, wobei die Namensgebung irgendwie irreführend ist, oder?!

"Workunits" sind für mich Arbeitspakete, die noch abgearbeitet werden müssen. In diesem Zusammenhang werden sie ja auch im Boinc-Sprachgebrauch verwendet.

Ein "Result" dagegen ist für mich das Ergebnis, dass mein Rechner nach der Berechnung an den jeweiligen Projekt-Server zurückschickt.

Irgendwie bin ich leicht verwirrt.

"Workunits" sind die Arbeitspakete, die i.d.R. aus Validierungsgründen mehrfach versendet werden, die 2-4 Doppel heißen im allgemeinen "Result".

**[SG]TorstenS** · 12.08.2007, 15:42

Danke für den Hinweis. Hab zwar im Moment nicht mehr so viele WU's abbekommen, aber wenigstens mal wieder ein paar

**Saenger** · 12.08.2007, 16:02

Akut gibt's Probleme mit dem Upload:

So 12 Aug 2007 16:55:11 CEST|boincsimap|Computation for task 7081203.005017_1 finished
So 12 Aug 2007 16:55:11 CEST|boincsimap|Starting 7081203.005018_1
So 12 Aug 2007 16:55:11 CEST|boincsimap|Starting task 7081203.005018_1 using simap version 511
So 12 Aug 2007 16:55:14 CEST|boincsimap|[file_xfer] Started upload of file 7081203.005017_1_0
So 12 Aug 2007 16:55:15 CEST|boincsimap|[error] Error on file upload: Maintenance underway: file uploads are temporarily disabled.
So 12 Aug 2007 16:55:15 CEST|boincsimap|[file_xfer] Temporarily failed upload of 7081203.005017_1_0: transient upload error
So 12 Aug 2007 16:55:15 CEST|boincsimap|Backing off 1 min 0 sec on upload of file 7081203.005017_1_0

Habs hier bei denen im Forum mal gefragt

Edith sagt:
Hat sich schon wieder erledigt, die Instandhaltung war dann ja recht kurz

**Saenger** · 14.08.2007, 10:16

Neueste Nachrichten:

13. August 2007
SIMAP stellt Daten für Gene3D-Projekt bereit: SIMAP hat begonnen, monatlich umfassende Datensätze von Protein-Ähnlichkeiten und -features für das Gene3D-Projekt zu erzeugen.

Das Gene3D-Projekt hat das Ziel, die Verteilung der Strukturdomänen in Proteinen in der Natur zu charakterisieren und diese Information für die Forschung zur Proteinevolution and -funktion zu nutzen. In lebenden Zellen stellen Proteine, verschlüsselt durch DNS, die Funktionseinheiten dar. Sie fungieren sowohl als Katalysatoren im Zellstoffwechsel als auch als strukturelle einheiten für die Struktur und Organisation der Zelle. Fast alle Proteine bestehen aus einer oder mehrerer Domänen. Domänen sind nahezu unabhängige Teilsequenzen der Proteine, die eine bestimmte Topologie formen die als "fold" bezeichnet wird. Man nimmt an, dass es nur einige tausend folds mit ca. 20 "superfolds" gibt, welche die große Mehrzahl der Domänenstrukturen ausmachen.

Gene3D's Schwesterdatenbank, CATH, kombiniert eine Suite von Computerprogrammen mit der Analyse durch Experten, um die Begrenzungen der folds in 3D-Strukturdaten - z.B. durch Röntgenbeugung von Proteinkristallen gewonnen - herauszufinden und die folds basierend auf ihren Struktureigenschaften und evolutionären Beziehungen in eine Hierarchie einzuordnen. Gene3D erstellt dann anhand der Sequenzen (Proteine bestehen aus Ketten von Aminosäuren) Modelle der Domänen, die als Hidden Markov Models (HMMs) bezeichnet werden. Diese Modelle identifizieren auf spezifische Weise diejenigen Proteinsequenzen, die zu den Ausgangsdomänen der Modelle in CATH evolutionär verwandt sind. Daraus folgt, dass diese Proteine dieselben Raumstruktur wie die Ausgangsdomänen des passenden Modells formen.

Momentan befinden sich >6000 HMMs in der CATH-Gene3D Datenbank. Diese Modelle werden mit allen bekannten Proteinsequenzen (mehr als 7 Millionen) verglichen, um deren Domänenzusammensetzung zu ermitteln. Dies stellt einen enormen Rechenaufwand dar und kann normalerweise nur mit Hilfe großer Computernetze realisiert werden. Ausgehend vom Vergleich dieser Domänenarchitekturen und der direkten Analyse der Domänensequenzähnlichkeiten ist es möglich, experimentell gewonnene Erkenntnisse von der kleinen Anzahl gut charakterisierter Proteine auf die sehr große Menge derjenigen Proteine zu übertragen, die aus DNS-Sequenzen (z.B. dem Human-Genomprojekt) abgeleitet wurden.

Darüber hinaus ist es möglich, direkte funktionelle Zusammenhänge durch die Identifikation subtiler evolutionärer Signale (z.B. durch Co-Evolution) aufzuzeigen; dies ist jedoch nur ein Beispiel der vielfältigen Anwendungen. Somit hatten und haben viele Untersuchungen basierend auf CATH & Gene3D, aber auch auf Proteinstrukturen allgemein, einen signifikanten Beitrag zum Verständnis von Erkrankungen und der Entwicklung neuer Arzneimittel geliefert.

13. August 2007
Leistungsstarker Storage-Server für SIMAP: SUN Microsystems hat SIMAP als Empfänger eines "Academic Excellence Grant" ausgewählt. Um die Datenbank-Plattform des SIMAP-Projekts zu verbessern, unterstützt SUN das Projekt mit der Spende eines komplett ausgestatteten X4500 Datacenter-Servers. Diese dual-Opteron-Maschine besitzt 16 GB Hauptspeicher und 48 lokal angeschlossene SATA Festplatten mit je 500GB Kapazität. Während der letzten Wochen haben wir den neuen Server installiert, getestet und die Parameter optimiert. Die SIMAP MySQL-Datenbank und Binärdateien sind auf mehreren, sehr schnellen RAID10 Festplattenarrays gespeichert. Ab sofort läuft SIMAP im vollen Produktionsmodus auf dieser Maschine und es zeigt sich, dass alle Datenbankoperationen von SIMAP erheblich beschleunigt werden konnten.

**[SG]TorstenS** · 14.08.2007, 10:26

Interessant. Hoffentlich bedeutet das auch, dass es mal wieder mehr Arbeit gibt

usch65 · 01.09.2007, 11:07

Die neuen WU's sind da und werden gerade verteilt!!

**[SG]TorstenS** · 01.09.2007, 11:55

Ui. Direkt mal wieder bunkern. Danke für den Hinweis.

usch65 · 01.09.2007, 12:07

Bitte! Bitte!x)
Aber die schnellsten sind hier gerade nicht unterwegs - oder?!

Wer bei SIMAP später kommt - kommt meist ZU spät! Aber noch gibt es genug WU's!

Ist dieses Projekt eigentlich eines was bei Seti.Germany eine hohe Priorität hat - oder Rechnet ihr hier nur so mal eben nebenher? (Weil es eben nur eine begrenzte Anzahl an WU's jedesmal gibt)

**Svenie25** · 01.09.2007, 12:09

Wir nehmen mit, was wir abbekommen können. Und das ist hoffentlich sehr viel.

**tojaberlin** · 01.09.2007, 12:19

naja, immerhin 20 wu´s hab ich bekommen *fg*

**Blacksmoker** · 01.09.2007, 12:33

hab 2*20Wu's abbekommen...habe priorität seit gestern eh auf SIMAP gestellt, hoffe ich bekomme noch ein paar...4 projekte laufen noch, aber die rechnen neben her...muss in denen auch mal etwas leisten ;-)...mal sehen wie es nach SIMAP steht in den anderen Projekten...aber dann läuft eh ABC auf höchster Priorität

Viel Spaß beim SIMAP crunchen und allen massig Credits!!!

**[SG]TorstenS** · 01.09.2007, 13:42

Zitat von usch65

Bitte! Bitte!x)
Aber die schnellsten sind hier gerade nicht unterwegs - oder?!

Weiss gar nicht was du meinst, mein Cache ist gut gefüllt

Zur Priorität: SIMAP steht bei mir hoch im Kurs, und wenn es neue WU's gibt, wird sonst nix wie SIMAP berechnet.

**Saenger** · 01.09.2007, 20:37

Zitat von usch65

Ist dieses Projekt eigentlich eines was bei Seti.Germany eine hohe Priorität hat - oder Rechnet ihr hier nur so mal eben nebenher? (Weil es eben nur eine begrenzte Anzahl an WU's jedesmal gibt)

Ich hab die anderen Projekte (die überhaupt gerade auf dem Rechner sind) alle auf 100, Seti auf 15, und SIMAP auf 1000. SIMAP baut also zum Monatsende einen gehörigen Nachholbedarf auf und ist dann am Monatsanfang fast exklusiv am Rechnen.

**Saenger** · 01.10.2007, 12:33

1. Oktober 2007
Neue Workunits: die Berechnung der Sequenzähnlichkeiten und Domänen für ca. 85.000 neue Sequenzen, die im September aus den Datenbanken PDB, RefSeq und Uniprot importiert wurden, sowie die Berechnung von Sequenzähnlichkeiten in Umweltsequenzierungsprojekten, startet am Abend des 1. Oktober. Um die Workunits gleichmäßiger zu verteilen, werden sie diesmal testweise mit einer kürzeren report deadline von 5 Tagen versehen, in Verbindung mit einer statischen Quota von 100 Workunits pro Tag und CPU.

Also heut' abend geht's los, macht euch schon mal bereit.