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  1. Avatar von Major
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    #1

    Standard neue Apps für Rosetta

    Auch wenn es zu'ner Lebensaufgabe werden kann diesen Thread aktuell zu halten:
    seit eben verteilt Rosetta wieder neue Applikationen:

    minirosetta_1.67 Downloadgröße (Windows) 8,07 MB
    Gruß Mario
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  2. Die folgenden 3 Benutzer haben sich bei Major bedankt für diesen nützlichen Beitrag:

    PoHeDa (08.05.2009), WBT112 (15.12.2009)


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    #2

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    Hab schon 2 durchgerechnet und arbeite gerade an der nächsten.
    Die neue App scheint zu funktionieren.

    Grüße, Bernd

  4. Avatar von Flaeminger
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    #3

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    Zitat Zitat von Major Beitrag anzeigen
    Auch wenn es zu'ner Lebensaufgabe werden kann diesen Thread aktuell zu halten:
    seit eben verteilt Rosetta wieder neue Applikationen:

    minirosetta_1.67 Downloadgröße (Windows) 8,07 MB
    Irgend etwas geht bei mir bei dieser Anwendung schief, die Przessoraktivität sinkt stundenlang auf dem Core, der eigentlich Rosetta rechnen sollte, auf 0 bei der Anwendung, dafür stundenlange Leerlaufzeiten, derzeit so im Verhältnis 1 zu 3.
    Die eine Anwendung, die heute früh gestartet wurde, liegt 12 Stunden nach dem Start bei 6 Stunden Rechenezit, andere WU's liefen nicht auf diesem Kern.
    Hat jemand die gleichen Entdeckungen?
    A ja, mein Betriebssystem ist W2000 pro

  5. Avatar von Major
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    #4

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    Update:

    Die neueste Applikation (seit dem 26.05.) ist die minirosetta_1.71

    kurzer Kommentar dazu im Rosetta-Forum:
    minirosetta updated to 1.71. Bug fixes and some local parameter file loading options added in this version
    PS: Downloadgröße trage ich später nach
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    #5

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    Es gibt wieder eine Neue. Rosetta Mini 1.75

    Grüße, Bernd

  7. Avatar von Major
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    #6

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    seit einigen Tagen (22.Juni) gibt es wieder eine Neue:

    minirosetta_1.80 (Downloadgröße Windows) 8,41 MB

    als Changelog angegeben:
    New protein-protein docking protocol.
    New rotamer library.
    und im Rosettaforum wie immer auch ein eigener Thread für Details und Bugreports *klick*
    Gruß Mario
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  8. Avatar von Major
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    #7

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    und wieder 'ne neue App:

    minirosetta_1.82 (Downloadgröße Windows) 8,41 MB

    Changelog:
    - Support for Disulfides. New Science!
    - Bug fixes for homology modelling with constraints
    - SOme bugfixes in the watchdog
    Thread im Forum: *klicks*
    Gruß Mario
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  9. Avatar von Major
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    #8

    Standard

    neueste Version (26.07.09):

    minirosetta_1.86 (Downloadgröße Windows) 8,91 MB

    bisher noch kein Changelog im Forum verfügbar

    Thread zum Bugmelden: *klicks*

    Nachtrag:
    Wie es den Anschein hat gibt es momentan massive Probleme mit der neuen Version. Alle Downloads wurden/werden fehlerhaft abgebrochen. Arbeit steht inzwischen weder für die 1.82 noch für die neue Version zur Verfügung.
    Leider gibt es auf der HP noch keine Newsmeldung zu den Problemen. *sowas bin ich von R@H gar nicht gewohnt*


    Hinzugefügter Post:

    Update (27.07.09)

    minirosetta_1.87 (Downloadgröße Windows) 8,91 MB

    Dazu noch eine News von der HP:
    We've had a problem with the signatures on the 1.86 update. This issue should hopefully be resolved now with 1.87. Sorry about the outage.
    Aber auch mit dieser Version scheint es im Moment immer noch einige Probleme zu geben. Thread im Rosetta-Forum
    Geändert von Major (27.07.2009 um 20:41 Uhr) Grund: Antwort auf eigenen Beitrag innerhalb von 24 Stunden!
    Gruß Mario
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  10. Avatar von Major
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    #9

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    Update (30.07.09)

    minirosetta_1.88 Downloadgröße Windows) 8,61 MB

    Auch dazu wieder eine Meldung von der HP:
    July 29, 2009
    Due to a massive slowing down of the lastest code, we reverted the application back to a version equivalent to 1.82, while we work on the code. Sorry about the outage.
    Infos dazu auch wieder im Forum

    Meine gestrige Meldung zu den endlich wieder funktionierenden Apps im anderen Thread ist somit auch hinfällig.
    Gruß Mario
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  11. Avatar von Major
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    #10

    Standard

    durch den SIMAP-Run habe ich doch jetzt glatt die nächste Version verpasst:

    minirosetta_1.90 Downloadgröße (Windows) 9,02 MB

    der dazugehörige Thread im Rosetta-Forum

    Changelog
    This version should solve the slowing down, and instant quitting problems.

    New protocol added for predictions of changes in protein stability by mutations.
    Gruß Mario
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  12. Avatar von Major
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    #11

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    AUWEIA, mal sehen wie lange das noch dauert bis Rosetta wieder Ordnung in das, in den letzten Wochen entstandene, Chaos gebracht hat.

    neueste Version:

    minirosetta_1.91 Downloadgröße (Windows) 9,02 MB

    die dazu gehörende Meldung von der Rosetta-HP:
    Aug 6, 2009
    A number of users are still getting signature verification errors with the database file so we've updated the minirosetta application to version 1.91 with a new database filename. 1.91 is a copy of 1.90 with the only difference being a new name for the database file to ensure that every host updates the signature.
    Zitat Zitat von auf deutsch
    Bei einigen Usern treten weiterhin Fehler bei der Signaturprüfung mit einem Datenbankfile auf, so dass wir ein Update der minirosetta-Applikation auf Version 1.91 machten, mit einem neuen Namen für das Datenbank-File. Version 1.91 ist eine Kopie der 1.90 mit einem neuen Namen für das Datenbank-File als dem einzigen Unterschied, um sicherzustellen, dass jeder Host die Signatur updatet.
    in diesem Thread bitte eventuelle Fehler und Probleme melden
    Gruß Mario
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  13. Avatar von Dude
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    #12

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    Und wieder eine neue App ist raus. Details und Bugsreports der Version 1.96 -> hier

  14. Avatar von WBT112
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    meistens unterm Tresen wo ich liegengeblieben bin :D

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    #13

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    Um mal wieder ein update zu posten:

    The minirosetta application has been updated to version 2.00. For details and to report bugs.

    Was ist neu in Version 2.00 ?

    http://boinc.bakerlab.org/rosetta/fo...ad.php?id=5132

    Nicht wirklich viel, die neue Version lief aber bereits als Alpha Version bei mir auf Windows 7 wesentlich stabiler als die 1,98er und die 1,99er. Mit Linux scheints noch ein bisschen zu hängen.

    GPU Support gibts immer noch nicht (bezweifle dass sich das ändert) und da einige Projekte vom WCG ja mit Rosetta arbeiten müssen wir wohl auch dort noch warten.

    Bis dann, frohes crunchen

  15. Avatar von Major
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    #14

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    Ich merke dass ich das hier "etwas" schleifen lassen habe ...

    momentane Version (Aktualisierungsdatum 9.12.) ist die minirosetta_2.02

    Changelog dazu:
    minirosetta 2.02 is now up with bugs fixes for using earlier versions of input files.
    Gruß Mario
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    #15

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    neuerliches Update der App bei Rosetta:

    aktuelle Version ist die minirosetta_2.03

    Changelog:
    THis version fixes a stackoverflow error that we didn't catch in 2.02
    dazugehörend der Thread im Rosetta-Forum
    Gruß Mario
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  17. Avatar von Major
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    #16

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    Seit dem 13.01. ist die

    minirosetta_2.05 die aktuelle Anwendung

    Ein (für mich verständliches ) Changelog gibt es dazu nicht, aber in diesem Thread hat sich einer der Entwickler/Programmierer zu Wort gemeldet und sich u.a. für die Mithilfe bei der Weiterentwicklung bzw. Fehlersuche in den vorangegangenen Apps bedankt.
    Gruß Mario
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  18. Avatar von arctic light
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    #17

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    minirosetta_2.10 ist draussen.

    Im Changelog steht jedoch noch nichts, hier der Thread zur neuen Version: http://boinc.bakerlab.org/rosetta/fo...ad.php?id=5294


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    #18

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    hier das changelog

    Mike Tyka:
    This is the first update for some time, we've added a lot of functionality, maybe Sarel can comment in more detail ?

    Sarel:

    As David mentioned in his recent posts (see link below), we've recently identified a redesigned protein that binds specifically to influenza. We're all very excited about this result and experimental tests are under way. Importantly, this design came from one of the previous batches of ProteinInterfaceDesign protocols that I sent out during January and February and this would not have been possible if it weren't for your contributions! I'm very excited to see whether we can get more designs that bind so effectively to influenza!

    The current update has some features that will help us sample different scaffolds more efficiently. I've submitted a small-scale run to Rosetta @ Home to see that all of the protocols run well on your computers and will gradually increase their size over the next few weeks. Please report any problems. Many thanks!

    Link to David's blog entry: http://boinc.bakerlab.org/forum_thre...rap=true#65709

    If you have any questions and comments on the influenza binder please post them here:
    http://boinc.bakerlab.org/forum_thread.php?id=4477



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    #19

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    minirosetta version 2.11 ist raus.

    das changelog

    More bug fixes and CASP related preparrations !


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    #20

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    neue minirosseta version ist raus 2.14

    changelog:

    More CASP related updates.(Different parameters, different techniques, different proteins, Rosetta is a development project. There is no fixed amount of predetermined work to be done from a list.)


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    #21

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    Neue Minirosetta version 2.15

    changelog

    minirosetta is updated to add new protocols for symmetrical oligomers and membrane proteins.


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    #22

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    der vollständigerhalber hier noch nach gereicht die minirosetta version 2.16

    This is reverting minirosetta to 2.14 due to the recent memory problem.
    eine neue version ist raus

    2.17

    changelog

    This update fixes the memory and invalidation issues from 2 weeks ago.


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    #23

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    Es gibt eine neue Rosetta Mini Version 3.14
    Ein kleines changelog

    This update includes a number of new and updated protocols.

  25. Avatar von nexiagsi16v
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    #24

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    hier ist lange nix geschrieben wurden, aber wie ich eben an einer verhältnismäßig langen downloadzeit bemerkt habe, wir sind nun bei Rosetta Mini Version 3.73. es war eine 4h crunch-WU und ca. 270MB groß.
    Ciao Norman

    FX8370 @4GHz, 16GB DDR3 1600, 1x RX 470 + 1x R9 270X// FX6300 @3,5Hz, 8GB DDR1600, 1x RX 470// Dauercruncher I3 8300, 8GB RAM // Läppi B940 @2GHz

  26. Avatar von Defender
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    #25

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    Mittlerweile ist Version 4.03 da, die jedoch noch eine Weile mit 3.73 koexistieren wird, da die neue Version nicht kompatibel mit der älteren Robetta-Version ist. Die Verfügbarkeit von WUs beider Typen lässt sich im Server-Status ablesen.
    - -
    Fairmondo: Gutes einfach entdecken - -Kiva: Loans that change lives

    „Nichts wird die Chance auf ein Überleben auf der Erde so steigern wie der Schritt zur vegetarischen Ernährung“ - Albert Einstein

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