Probleme bei dem Projekt Rosetta@home

[Bernett22]

Hallo Forum,

ich habe mal eine Frage. Und zwar versucht gerade Boinc neue WU´s von rosetta@home zu verarbeiten, jedoch bekomme ich folgende Meldung:

Fr 30 Okt 2009 23:16:31 CET	rosetta@home	Restarting task abinitio_withrelax_nodisulf_nohomfrag_129_B_1bgf__SAVE_ALL_OUT_15341_703_1 using minirosetta version 198

Und das x-mal im Log. Woran kann das liegen ? Die seti@home WU´s werden ohne Probleme verarbeitet.

System: SLES 10 SP1 2.6.16.46-0.12

Ich bitte einmal um Hilfe.

schöne Grüße

[aendgraend]

Hi Bernett,

restarting heisst eigentlich, dass die Workunit kurz angehalten wurde, weil etwas anderes lief, und dann fortgesetzt wurde. Möglichkeiten derer, warum das so ist, gibt es einige:

- Hast du noch von anderen Projekten Workunits auf deinem Rechner laufen?
- Hast du im BOINC Manager oben im Menü unter Steuerung evtl. nicht "Immer Ausführen" eingestellt? (Ich würde das so einstellen, und auch "Netzwerkzugriff immer ausführen" einstellen.)

Kannst du mal beobachten, wann das auftritt. Evtl. läuft wirklich etwas anderes in der Zeit. BOINC läuft ja generell mit Priorität Niedrig, d.h. wenn etwas anderes mehr "Aufmerksamkeit" vom Prozessor braucht, wird das zuerst befriedigt.

PS: Willkommen im Forum

[Bernett22]

Hallo aendgraend,

vielen Dank erstmal für deine Antwort.

Ich habe deine vorgeschlagene Einstellung unter "Steuerung - immer ausführen und Netzwerkzugriff immer ausführen" eingestellt. Leider keine Verbesserung. Derzeit bin ich bei 2 Projekte angemeldet, wobei derzeit nur für ein Projekt WU´s vorhanden sind. Das andere Projekt ( was sonst immer läuft ) hat derzeit nix zu tun.

Das ist doch echt merkwürdig, oder ? Ich kann mir das nicht erklären.

Sa 31 Okt 2009 15:54:52 CET rosetta@home Restarting task Rossmann2X3_089_005_15381_1619_0 using rosetta_beta version 598

[aendgraend]

In welchen Abständen macht er das denn? Alle paar Minuten, oder wie muss ich mir das vorstellen?

[Bernett22]

In welchen Abständen macht er das denn? Alle paar Minuten, oder wie muss ich mir das vorstellen?

Das macht er eigentlich jede Sekunde. Ist aber nur bei diesem Projekt. Bei docking@home gibt es keine Probleme.

merkwürdig.

[AgentSchatten]

Hmm schon mal die wu abgebrochen und eine neue versucht? Vielleicht ist die wu einfach defekt. Was passiert denn wenn du docking anhältst?

[Bernett22]

schon mal die wu abgebrochen und eine neue versucht?

ja, schonmal versucht. Aber das gleiche Problem. Ich habs jetzt aufgegeben und lasse docking als Hauptprojekt laufen.

Nochmal eine andere Frage. Nach ca. einem Tag WU Bearbeitung hängt sich meine Maschine auf. Woran könnte das wohl liegen ? Was mir zufällig aufgefallen war, ist das pro Projekt ca. 90 bis 95 Prozent CPU Auslastung vorhanden ist, obwohl ich im BOINC Manager die CPU Auslastung wie folgt bestätigt habe:

Auf Multiprozessorsystemen nutze höchstens: 80%
Nutze höchstens: 80% Prozessor-Zeit

System: SLES 10 SP1 2.6.16.46-0.12

Das ärgert mich schon sehr und bitte deshalb nochmal um Rat.

beste Grüße

[AgentSchatten]

Auf Multi prozessor 80% bedeutet auf einem Dualcore immernoch 2 Kerne. Auf einem Quadcore würde auch alle 4 benutzt, da du mehr als 75% angegeben hast. Für einen Dual müßtest du also 50% angeben, dann wird nur ein Kern benutzt. Auf einen Quad halt 25, 50 oder 75 je nachdem wie viele WU's gleichzeitig berechnet werden sollen. Nutze höchstens 80% der Prozessorzeit bedeutet pro Kern 80% bei 2 benutzten Kernen kommst du dann auf 90 -95% CPU Auslastung. Deshalb behaupte ich nun auch das du einen Dualcore hast

Bei dem wäre 50% Cpu Last ein Kern Vollauslastung,, 2Kerne dann 100%.

Gruß Maik

Edit: Zum aufhängen des Systems. Schon mal Prime95 laufen lassen? ich vermute mal das dein System irgendwo instabil ist. Lüfter in letzter Zeit mal gereinigt und CPU Temperaturen mal ausgelesen?

[aendgraend]

x% der CPU-Zeit bedeutet nicht, dass BOINC den Prozessor ständig zu 80% auslastet, sondern dass er ihn in 80% der Zeit zu 100% auslastet und die restlichen 20% gar nicht

[taurec]

Gruß Maik

Edit: Zum aufhängen des Systems. Schon mal Prime95 laufen lassen? ich vermute mal das dein System irgendwo instabil ist. Lüfter in letzter Zeit mal gereinigt und CPU Temperaturen mal ausgelesen?

Prime95? Unter SuseLinuxEnterpriseServer? Wird schwierig, das zum Laufen zu bekommen, denke ich

@Bernett22
Kannst mal ein Update fahren mit yast? Welche Boinc-Version läuft denn da?

[AgentSchatten]

http://www.computerbase.de/downloads...chung/prime95/

^^
Ich seh da auch Linux, sogar 64 bit

und MacOS

Alternativ kann er natürlich auch ein paar LLRs unter Prime Grid rechnen. Oder QMC.

[pschoefer]

http://www.computerbase.de/downloads...chung/prime95/

^^
Ich seh da auch Linux, sogar 64 bit

und MacOS

Streng genommen hat taurec Recht, das Programm heißt nur unter Win32 prime95, unter Win64 ist es prime64, unter Linux und MacOS mprime.

[taurec]

http://www.computerbase.de/downloads...chung/prime95/

^^
Ich seh da auch Linux, sogar 64 bit

und MacOS

Alternativ kann er natürlich auch ein paar LLRs unter Prime Grid rechnen. Oder QMC.

@sdw: danke für den link, kannte ich noch nicht.

[Bernett22]

Hallo,

danke für eure Antworten.

Bekomme jetzt die Meldung

Di 03 Nov 2009 19:59:22 CET Docking@Home Restarting task 1ce5_77_mod0014trypsin_27401_343400_0 using charmm34 version 623
Di 03 Nov 2009 19:59:38 CET No general preferences found - using BOINC defaults
Di 03 Nov 2009 19:59:38 CET Reading preferences override file
Di 03 Nov 2009 19:59:38 CET Preferences limit memory usage when active to 499.65MB
Di 03 Nov 2009 19:59:38 CET Preferences limit memory usage when idle to 899.37MB
Di 03 Nov 2009 19:59:38 CET Preferences limit disk usage to 23.33GB

und er rechnet nicht weiter. Was bedeutet diese Meldung ?

[AgentSchatten]

Das du Boinc vermutlich zu wenig Ram zur Verfügung stellst bedeutet das.

Geh doch mal die Wiki durch: http://seti-germany.de/wiki/BOINC dafür haben unsere User sie doch erstellt. Da steht alles drin.

[Bernett22]

gib mir dochmal bitte einen Tip, wo ich auf den 500 Seiten suchen kann :-)

[AgentSchatten]

Da wäre einmal der oben genannte Link sehr nützlich und von da aus geht es auch zu: http://seti-germany.de/wiki/BOINC_Manager

Wenn das gelesen wurde ist so ziemlich alles bekannt

Di 03 Nov 2009 19:59:38 CET Preferences limit memory usage when active to 499.65MB
Di 03 Nov 2009 19:59:38 CET Preferences limit memory usage when idle to 899.37MB
Di 03 Nov 2009 19:59:38 CET Preferences limit disk usage to 23.33GB

Diese Meldungen bedeuten genau das was da steht: Voreinstellungen limitieren den RAM gebrauch auf 500MB wenn der Rechner gebraucht wird und auf 900MB wenn der Rechner nicht gebraucht wird.

Festplatte wird limitiert auf 24GB

[taurec]

Hab mir jetzt den gesamten Thread nochmal durchgesehen; wären da nicht ein paar Details zur eingesetzten Hardware vielleicht auch ganz hilfreich?

Edit:

@Bernett22
hier findest Du die Mindestanforderungen für Rosetta:

http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_requirements.php

[Major]

noch'n kleiner Hinweis dazu:
Mit den dort angegebenen 512 MB RAM kommt man bei Rosetta nicht wirklich weit. Die "minirosetta"-Applikation genehmigt sich gern mal 300 MB und mehr!
Soll heißen: wer sich z.B. mit einem 1-Kerner und nur 512 MB an Rosetta versucht, wird mit größter Wahrscheinlichkeit innerhalb kürzester Zeit das Projekt und / oder seinen Rechner verfluchen.
Auf einem Quad mit 4mal "minirosetta" + RAM-Bedarf für OS + RAM-Bedarf für GPU-Anwendung (und wer's dann wirklich wissen will: + 25 Freehal ) sind mal schnell 2,5 GB RAM voll.

[taurec]

Hi Major,

deshalb ja meine Frage wegen der Hardware-Ausstattung. Habe bei Rosetta auch schon über 150000 Credits stehen, aber auf nem Single.Core mit 512 MB unter Win 32 macht das wirklich keinen Spass.

[Bernett22]

Hallo,

hier mal ein paar Eckdaten:

CPU: Intel® Xeon® QuadCore E5405 mit 2.00 GHz, 1333 MHz, 1 x 12 MB Cache - aktiv
Arbeitsspeicher: 1024 MB FB-Dimm 667 MHz ECC
DVD-Laufwerk: DVD+-R/RW Dual-Rekorder
Backplane: SAS/SATA Backplane 4x
HDD: 2 x 80 GB SAS 15.000 U/Min. 16 MB Cache – 2 x 500 GB 7.200 RPM, 32 MB Cache
RAID: RAID 1 (Mirror)
Software: Suse Linux Enterprise Server 10 SP1

Sorry, ich muss nochmal fragen. Und zwar starte ich BOINC direkt von der Console und folgendes wird mir angezeigt:

user1@server1:~/BOINC> ./boinc
03-Nov-2009 23:46:04 [---] Starting BOINC client version 6.10.17 for x86_64-pc-l inux-gnu
03-Nov-2009 23:46:04 [---] log flags: file_xfer, sched_ops, task
03-Nov-2009 23:46:04 [---] Libraries: libcurl/7.18.0 OpenSSL/0.9.8g zlib/1.2.3 c -ares/1.5.1
03-Nov-2009 23:46:04 [---] Data directory: /home/user1/BOINC
03-Nov-2009 23:46:04 [---] Processor: 1 GenuineIntel Intel(R) Xeon(R) CPU 5120 @ 1.86GHz [Family 6 Model 15 Stepping 6]
03-Nov-2009 23:46:04 [---] Processor: 4.00 MB cache
03-Nov-2009 23:46:04 [---] Processor features: fpu vme de pse tsc msr pae mce cx 8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm syscall nx lm constant_tsc pni monitor ds_cpl vmx est tm2 cx16 xtpr dca lahf_ lm
03-Nov-2009 23:46:04 [---] OS: Linux: 2.6.16.46-0.12-default
03-Nov-2009 23:46:04 [---] Memory: 999.30 MB physical, 2.01 GB virtual
03-Nov-2009 23:46:04 [---] Disk: 46.66 GB total, 43.96 GB free
03-Nov-2009 23:46:04 [---] Local time is UTC +1 hours
03-Nov-2009 23:46:04 [---] No usable GPUs found
03-Nov-2009 23:46:04 [---] Not using a proxy
03-Nov-2009 23:46:04 [SETI@home] URL http://setiathome.berkeley.edu/; Computer I D 5160965; resource share 100
03-Nov-2009 23:46:04 [Docking@Home] URL http://docking.cis.udel.edu/; Computer I D 48842; resource share 250
03-Nov-2009 23:46:04 [---] No general preferences found - using BOINC defaults
03-Nov-2009 23:46:04 [---] Reading preferences override file
03-Nov-2009 23:46:04 [---] Preferences limit memory usage when active to 799.44M B
03-Nov-2009 23:46:04 [---] Preferences limit memory usage when idle to 899.37MB
03-Nov-2009 23:46:04 [---] Preferences limit disk usage to 37.33GB
BOINC initialization completed, beginning process execution...
03-Nov-2009 23:46:04 [Docking@Home] Restarting task 1ce5_77_mod0014trypsin_27401 _343400_0 using charmm34 version 623
03-Nov-2009 23:46:04 [SETI@home] Sending scheduler request: To fetch work.
03-Nov-2009 23:46:04 [SETI@home] Requesting new tasks
03-Nov-2009 23:46:09 [SETI@home] Scheduler request completed: got 0 new tasks
03-Nov-2009 23:46:09 [SETI@home] Message from server: (Project has no jobs available)

und nix passiert. OK, von SETI hat er keine Pakete bekommen, aber zumindest Docking muss er doch bearbeiten.

[AgentSchatten]

Du hast einen 4 Kerner mit nur 1GB Ram? Also ich hab mittlerweile für jeden meiner Kerne 2GB Ram. Sprich in den Quads jeweils 8GB, weil die meisten Projekte Ram fressen wie Verhungernde trocken Brot. Der eine GB wird ja bald vom Betriebssystem alleine aufgefressen. Die CPU ist ja recht potent und damit könntest du einiges reissen, aber nicht mit so wenig Ram.

[Bernett22]

Hallo,

also ich habe meine Maschine jetzt auf 4 GB aufgerüstet. Schon ne schöne Sache :-) was nicht so schön ist, dass er leider mein Projekt nicht rechnet.

das wird beim Starten angezeigt und nix passiert. Warum ? Ich bitte um Hilfe, da ich doch sehr gern meine Maschine rechnen lassen möchte.

mbernett@server:~/BOINC> ./boinc
06-Nov-2009 18:05:25 [---] Starting BOINC client version 6.10.17 for x86_64-pc-l inux-gnu
06-Nov-2009 18:05:25 [---] log flags: file_xfer, sched_ops, task
06-Nov-2009 18:05:25 [---] Libraries: libcurl/7.18.0 OpenSSL/0.9.8g zlib/1.2.3 c -ares/1.5.1
06-Nov-2009 18:05:25 [---] Data directory: /home/mbernett/BOINC
06-Nov-2009 18:05:25 [---] Processor: 1 GenuineIntel Intel(R) Xeon(R) CPU 5120 @ 1.86GHz [Family 6 Model 15 Stepping 6]
06-Nov-2009 18:05:25 [---] Processor: 4.00 MB cache
06-Nov-2009 18:05:25 [---] Processor features: fpu vme de pse tsc msr pae mce cx 8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm syscall nx lm constant_tsc pni monitor ds_cpl vmx est tm2 cx16 xtpr dca lahf_ lm
06-Nov-2009 18:05:25 [---] OS: Linux: 2.6.16.46-0.12-default
06-Nov-2009 18:05:25 [---] Memory: 3.85 GB physical, 2.01 GB virtual
06-Nov-2009 18:05:25 [---] Disk: 46.66 GB total, 43.96 GB free
06-Nov-2009 18:05:25 [---] Local time is UTC +1 hours
06-Nov-2009 18:05:25 [---] No usable GPUs found
06-Nov-2009 18:05:25 [---] Not using a proxy
06-Nov-2009 18:05:25 [SETI@home] URL http://setiathome.berkeley.edu/; Computer I D 5160965; resource share 100
06-Nov-2009 18:05:25 [Docking@Home] URL http://docking.cis.udel.edu/; Computer I D 48842; resource share 250
06-Nov-2009 18:05:25 [---] No general preferences found - using BOINC defaults
06-Nov-2009 18:05:25 [---] Reading preferences override file
06-Nov-2009 18:05:25 [---] Preferences limit memory usage when active to 3151.40 MB
06-Nov-2009 18:05:25 [---] Preferences limit memory usage when idle to 3545.33MB
06-Nov-2009 18:05:25 [---] Preferences limit disk usage to 37.33GB
BOINC initialization completed, beginning process execution...
06-Nov-2009 18:05:26 [Docking@Home] Restarting task 1ce5_77_mod0014trypsin_27401 _343400_0 using charmm34 version 623
06-Nov-2009 18:05:51 [---] Received signal 2
06-Nov-2009 18:05:51 [---] Exit requested by user

Bitte siehe auch Anlage. Dort sind die Prozesse nochmal aufgeführt, die derzeit laufen.

Ich bitte ganz lieb um Hilfe

[AgentSchatten]

Kann das sein das im Boinc Manager unter dem Reiter Extras -> Einstellungen -> Nutzung des Prozessors

Kein Haken bei: "Wenn der Computer benutzt wird" ist? Sieht nämlich so aus als würde die Berechnung starten, aber direkt durch dich abgebrochen werden. Das würde ich aus dieser Zeile folgern: 06-Nov-2009 18:05:51 [---] Exit requested by user

Wenn du ohne grafische Oberfläche nur mit Console arbeitest, mußt du diesen flag noch irgendwo in der config auf True setzen. Kenne mich da leider nicht genau aus.

[Bernett22]

Guten Morgen,

also der Haken ist gesetzt. Bitte siehe Anhang.
Das "Exit requested by user" kommt von mir, da ich per Befehl die Prozess beendet hatte.

mbernett@itxweb:~> ps fx
  PID TTY      STAT   TIME COMMAND
 3789 ?        Ss     0:00 /opt/gnome/bin/gnome-session
 3826 ?        Ss     0:00  \_ ssh-agent /bin/bash /etc/X11/xinit/xinitrc
 9814 ?        Rl     0:05 gnome-terminal --working-directory=
 9817 ?        S      0:00  \_ gnome-pty-helper
 9818 pts/1    Ss     0:00  \_ bash
11832 pts/1    R+     0:00  |   \_ ps fx
10058 pts/2    Ss     0:00  \_ bash
10998 pts/3    Ss     0:00  \_ bash
 9736 ?        S      0:00 /bin/sh /usr/bin/firefox
 9741 ?        Sl     1:15  \_ /usr/lib/firefox/firefox-bin
 4159 ?        S      0:00 /opt/gnome/lib/nautilus/mapping-daemon
 3961 ?        Ss     0:00 gnome-screensaver
 3895 ?        Sl     0:00 /opt/gnome/sbin/gnome-vfs-daemon --oaf-activate-iid=OAFIID:GNOME_VFS_Daemon_Fa
 3889 ?        Ss     0:00 gnome-power-manager --sm-disable
 3888 ?        Ss     0:00 gnome-volume-manager --sm-disable
 3887 ?        Ss     0:01 /opt/gnome/bin/application-browser -h
 3883 ?        S      0:12 /opt/gnome/lib64/gnome-applets/intlclock-applet --oaf-activate-iid=OAFIID:Intl
 3877 ?        Sl     0:24 /opt/gnome/lib/gnome-main-menu/main-menu --oaf-activate-iid=OAFIID:GNOME_MainM
 3873 ?        Ssl    0:00 zen-updater --desktop /usr/lib/zen-updater/ZenUpdater.exe --patch-view
 3869 ?        Ssl    0:07 nautilus --no-default-window --sm-client-id default2
 3865 ?        Ss     0:04 gnome-panel --sm-client-id default1
 3849 ?        Ss     0:04 /opt/gnome/bin/metacity --sm-client-id=default0
 3844 ?        Sl     0:00 /opt/gnome/lib/control-center-2.0/gnome-settings-daemon --oaf-activate-iid=OAF
 3842 ?        Ss     0:00 /opt/gnome/lib/bonobo/bonobo-activation-server --ac-activate --ior-output-fd=1
 3840 ?        S      0:00 /opt/gnome/bin/gnome-keyring-daemon
 3835 ?        S      0:00 /opt/gnome/lib/GConf/2/gconfd-2 10
 3831 ?        Ss     0:00 dbus-daemon --fork --print-pid 8 --print-address 6 --session
 3830 ?        S      0:00 /usr/bin/dbus-launch --sh-syntax --exit-with-session /usr/X11R6/bin/gnome

nochmal Angaben zum System:
Linux itxweb 2.6.16.46-0.12-default #1 Thu May 17 14:00:09 UTC 2007 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

runtergeladen habe ich die Version:
For most current Linux/x86 versions; graphical and command-line interfaces
6.10.17 Recommended version

Info: Die Setiprojekte werde ohne Probleme bearbeitet