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Thema: RNA World

  1. Avatar von Saenger
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    #1

    Standard RNA World

    Nachdem das Projekt jetzt endlich halböffentlich ist, und gegen Ende des Monats eine weitere Öffnung angedroht wurde, starte ich mal den entsprechenden Thread hier

    RNA World (beta)
    RNA World bei uns im Wiki
    About RNA World (beta)
    RNA World (beta) is a distributed supercomputer that uses Internet-connected computers to advance RNA-related research. You can participate by downloading and running a free program on your computer.

    RNA World (beta) is based at the Rechenkraft.net e.V. research facility located in Germany.

    * Projectdescription
    * Project location & personnel
    * Cooperation partners
    * Sponsors
    * FAQ
    * Presentation of the project at the 5th Pan-Galactic BOINC Workshop
    Oder, um mal den Text aus dem deutschen RKN-Wiki zu zitieren:
    RNA World ist ein Projekt, das sich mit der Identifizierung von nicht proteinkodierender RNA auseinandersetzt und durch Einsatz diverser RNA-relevanter bioinformatischer Softwarepakete RNA-Forschung vorantreiben möchte. Es ist innerhalb des Vereins Rechenkraft.net e.V. entstanden und wird ausschließlich von Freiwilligen betrieben. Im Moment läuft eine geschlossene Alpha-Phase. Kooperationspartner sind die Philipps-Universität Marburg und das Indian Institute of Science in Bangalore (Indien), weitere Kooperationspartner sind erwünscht. Wissenschaftler, die Vorschläge für eine bestimmte RNA-relevante Software zwecks Integration in den RNA World Distributed Supercomputer haben, sind herzlich eingeladen uns zu kontaktieren.
    Da ich schon eine ganze Weile als Alphatester mitmache gibt es natürlich unser Team schon, also diesmal nicht Chris der Gründer

    Die Wutzen haben zur Zeit keine Checkpoints, die meisten sind aber leidlich kurz. Es gibt allerdings auch sehr lange Wutzen ab und an, da sollte der Rechner dann schon Dauerläufer sein.

    Es wird z.Zt. zusammen mit CERN an einer neuen Lösung zum Einpacken checkpointfreier Wutzen in eine VM entwicklet, bei der dann die komplette VM "gececkpointed" wird, nicht nur Daten aus der eigentlichen Anwendung.

    Näheres kann mensch auch im Forum bei den Rechenkrafties nachlesen, da gibt es sowohl deutsch- als auch englischsprachige Freds.
    Geändert von Saenger (16.01.2010 um 17:33 Uhr)

  2. Die folgenden 12 Benutzer haben sich bei Saenger bedankt für diesen nützlichen Beitrag:

    DerDiplomat_RKN (13.02.2011), HAmsty (22.02.2010), KodeX (08.01.2010), PoHeDa (08.01.2010), schensi (08.01.2010), Sysadm@Nbg (08.01.2010), theage69 (08.01.2010), tigermann [SG-FC] (04.03.2011), UL1 (08.01.2010), [ETA]Akki (09.01.2010), [SG-SPEG]dj uemit (29.01.2010)

  3. Avatar von UL1
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    #2

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    Schade, Accounterstellung immer noch beschränkt...

  4. Avatar von schensi
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    #3

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    Hehe UL1 , Du scheinst Dich je zu einem echten ATA-Projektgeier zu entwickeln . Wird schon , nur Geduld.
    Gruß
    Jens

    Der Mensch soll lernen. Nur die Ochsen büffeln. (Erich Kästner)

  5. Avatar von Saenger
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    #4

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    Zitat Zitat von UL1 Beitrag anzeigen
    Schade, Accounterstellung immer noch beschränkt...
    Dr. Michael Weber hat angedroht dass noch diesen Monat die Kontenerstellung geöffnet werden soll. Ob dann gleich richtig, oder schrittweise wie bei DynaPing und malaria wird sich weisen.

  6. Avatar von McCarron
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    #5

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    also für nen kleinen Lasttest wäre unser UL1 doch sicher zu haben
    Die Deutsche Rechtschreibung ist Freeware, sprich, du kannst sie kostenlos nutzen.
    Allerdings ist sie nicht Open Source, d.h. du darfst sie nicht verändern oder in veränderter Form veröffentlichen.


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  7. Avatar von UL1
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    #6

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    Zitat Zitat von schensi Beitrag anzeigen
    Hehe UL1 , Du scheinst Dich ja zu einem echten ATA-Projektgeier zu entwickeln.
    ...und dabei hab' ich irgendwann mal gesagt, dass ich nicht mehr als zehn Projekte rechnen möchte...
    Und Credit-Geier bin ich ja schon, dann kann ich den anderen Vogel ja auch dazunehmen...

    Zitat Zitat von Saenger Beitrag anzeigen
    Dr. Michael Weber hat angedroht dass noch diesen Monat die Kontenerstellung geöffnet werden soll.
    Wieso 'angedroht'...Insider-Joke ?

    Zitat Zitat von McCarron Beitrag anzeigen
    also für nen kleinen Lasttest wäre unser UL1 doch sicher zu haben
    Aber logen doch...mit den anderen Projekten bin ich größtenteils durch...und nur zwei, drei CPU-Projekte rechnen macht irgendwie nicht so richtig Spass...

  8. Avatar von Hoshione
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    #7

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    Zitat Zitat von UL1 Beitrag anzeigen
    Schade, Accounterstellung immer noch beschränkt...
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  9. Avatar von dingdong
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    #8

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    Da steht was von "Zum Erstellen eines neuen Kontos ist ein gültiger Einladungs-Code erforderlich"

    Dann schreie ich mal laut "HIER!!"

    Arne
    Was auch immer ich verspreche, bei welchem Projekt ich mitmache: wenn es bei ralph@home Arbeit gibt, geht das vor...wenn es die Team - 1 erfordert

    http://www.seti-germany.de/wcg/badge...dingdong_0.png


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    #9

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    Hihi, hier stehen 'se schon Schlange
    Bei so einem Andrang sollte man jetzt schon einen riesigen Server bestellen, damit es nicht am Ende wie bei yoyo zu "leichten" Zusammenbrüchen kommt =)

    Leutz, das wird schon noch. Das Jahr hat doch gerade erst angefangen! Ich kann das Projekt aber uneingeschränkt empfehlen.


    --- Gerüchteküche <on> ---

    Vereinsmitglieder werden die doppelten Credits bekommen, haben Zugang zur 24h-Crunchhotline und werden natürlich bei weiteren Projekten frühzeitig eingeladen.

    --- Gerüchteküche <off> ---



    Akki

  11. Avatar von PoHeDa
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    #10

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    Zitat Zitat von [ETA]Akki Beitrag anzeigen
    --- Gerüchteküche <on> ---

    Vereinsmitglieder werden die doppelten Credits bekommen, haben Zugang zur 24h-Crunchhotline und werden natürlich bei weiteren Projekten frühzeitig eingeladen.

    --- Gerüchteküche <off> ---
    PoHeDa alias Heini :-)

  12. @_>
    #11

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    Zitat Zitat von Saenger Beitrag anzeigen
    ...
    Es wird z.Zt. zusammen mit CERN an einer neuen Lösung zum Einpacken checkpointfreier Wutzen in eine VM entwicklet, bei der dann die komplette VM "gececkpointed" wird, nicht nur Daten aus der eigentlichen Anwendung.
    ..
    Das klappt doch jetzt schon ganz gut, z.B. mit Suns VirtualBox (oder habe ich den Insider nicht auf Anhieb verstanden)

  13. Avatar von Saenger
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    #12

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    Zitat Zitat von [P3D]Emploi Beitrag anzeigen
    Das klappt doch jetzt schon ganz gut, z.B. mit Suns VirtualBox (oder habe ich den Insider nicht auf Anhieb verstanden)
    Erst mal der Disclaimer: Ich bin Maschinenbauer, kein Programmierer.

    So, wie ich das verstanden habe, soll jede WU für sich eine VM werden, die dann regelmäßig gecheckpointed wird. Was VirtualBox macht weiß ich nicht.

  14. @_>
    #13

    Standard

    VirtualBox macht dir einen PC im PC. Und diesen PC kann man dann z.B. sichern und die WU bleiben exakt in dem Zustand, bis man die Virtuelle Maschine wieder anwirft. Nützt allerdings nicht beim spontanen Stromausfall

  15. Avatar von yoyo[RKN]
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    #14

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    Es gibt 2 Möglichkeiten in Bezug auf Boinc+VM.
    1) Man läßt Boinc in einer VM laufen.
    2) Boinc läuft normal und nur die App läuft innerhalb der VM.

    Wir wollen 2).

    yoyo
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    #15

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    Ich Reihe mich auch mal in die Schlange ein.
    Werde ein Auge drauf haben wenns los geht.

    Yoyo, das hört sich interessant an. Könnte für weitere Projekte interessant sein.
    Matthias

  17. Avatar von Saenger
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    #16

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    So, RKN hat für yoyo und RNA einen neuen Server angeschafft, da der aktuelle schon jetzt teilweise jenseits der Leistungsgrenze lag.
    Über das Wochenende wird dieser aufgesetzt und mindestens RNA dahin umgezogen, anschließend sollen dann wohl auch recht fix neue Konten zu haben sein.

    Nochmal den aktuellen Disclaimer: RNA hat keine Checkpoints und teilweise recht lange Wutzen, ich hatte schon vereinzelte im 2-stelligen Stundenbereich. Die meisten dauern allerdings nur so 20 - 120 Minuten.


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    #17

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    Der neue Server läuft jetzt.


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    #18

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    Die Accounterstellung ist seit gestern vorläufig geöffnet, es gibt im Moment aber wenige WUs.

  20. Avatar von Peter7Lustig
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    #19

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    Zitat Zitat von frost Beitrag anzeigen
    Die Accounterstellung ist seit gestern vorläufig geöffnet, es gibt im Moment aber wenige WUs.
    Ich wollte gerade hier im Forum posten, dass jetzt jeder einen Account erstellen kann, weil ich es eben mal wieder durch trial and error herausgefunden habe und da steht es schon hier. Seit gut 2 Wochen! Ich sollte mal aufmerksamer das Forum lesen.
    Also los, ein sinnvolles Projekt, was gerade frisch gestartet ist, da sollte SETI.Germany von Anfang an Präsenz zeigen.

    Ran an den SPEG!


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    #20

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    Platz 2 ist bald verloren

    Ich wil mal darauf hinweisen, daß wir momentan auf Platz 2 im Projekt stehen, aber kaum Output aufbringen.
    Das Team Planet 3DNow! wird uns gleich überholen.

    Grüße, Bernd

  22. Avatar von UL1
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    #21

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    Wollte vor 'ner Woche wieder anfangen, das Projekt zu rechnen...aber angesichts der Masse an Rechenfehlern, die ich dann bekommen habe, hab' ich dann wieder aufgehört...
    ...New York, ice cream, MINI, travel, good times...these are the things that dreams are made of...

  23. Avatar von arctic light
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    #22

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    Seltsam. Immer mal wieder erscheint die Meldung, dass cmsearch ~3800MB RAM benötigt, dann kommt aber doch wieder neue Arbeit durch. Der RAM-Verbrauch im Task Manager ist stark schwankend, bislang konnte ich aber noch keinen Verbrauch von >100 MB beobachten. Vielleicht, weil die WUs so kurz sind?

    Ich würde auf andere Anwendungen ausweichen, aber für diese scheint momentan keine Arbeit verfügbar zu sein.

  24. Avatar von UL1
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    #23

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    Zitat Zitat von arctic light Beitrag anzeigen
    Vielleicht, weil die WUs so kurz sind?
    Kurz ? Die lagen bei mir zwischen 30 Min und 50 h...
    ...New York, ice cream, MINI, travel, good times...these are the things that dreams are made of...

  25. Avatar von arctic light
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    #24

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    Zitat Zitat von UL1 Beitrag anzeigen
    Kurz ? Die lagen bei mir zwischen 30 Min und 50 h...
    ok, jetzt habe ich auch eine, die länger geht. Das erste halbe dutzend lief bei mir nur 2-3 min.
    Der Durchschnitt soll im Moment bei 0,9h liegen: http://www.rnaworld.de/rnaworld/server_status.php


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    #25

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    Es gibt kleinere WUs "Mycobacterium-leprae", die nur ein paar Minuten dauern.
    Ich hab aber heute auch schon Rhesus-Affen, Hühner, Opossum, Norwegische Ratten und Hausmäuse berechnet. Bei denen kann es mehrere Stunden dauern und der RAM-Bedarf kann in den Gigabytebereich gehen.

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