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Thema: RNA World

  1. Avatar von Springer
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    #51

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    Die introns muss man aber weiterhin in einem run zerlegen?

    P.S.: Was ich beispielsweise für den Reis schon an Rechenzeit in den Sand gesetzt habe ist vergleichbar mit der Kochzeit für etliche Tonnen parboiled Langkorn
    Geändert von Springer (22.03.2011 um 09:36 Uhr)


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    #52

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    ja, leider.
    diese introns sind so komplex gewesen, da hat sich der vorhersagealgorithmus gehörig getäuscht und keiner konnte verhersehen wie lange die wirklich brauchen.
    die waren eigentlich in der form garnicht angedacht gewesen auf die user losgelassen zu werden.
    es sind aber zum glück nur noch ganz wenig da die es gilt zu "killen"

    es ist ein "zerstückler" entwickelt worden der z.b. seeeehr lang laufende oder welche die sehr viel RAM benötigen nochmals zu zerhacken.
    diese werden später dann wieder zu einem ganzen resultat zusammengeklebt.
    das ist ziemlich tricky und wird nur bei speziellen kandidaten angewendet werden.
    (ist noch nicht ganz fertig bzw. richtig getestet worden)

    es wird natürlich weiterhin WU geben unter cmsearch XXL die 20h+ laufen aber eben keine mehr die z.b. wochen/monate brauchen oder 10GB RAM fressen.
    somit ist es ein ausgesprochenes ziel die kommenden und auch schon aktuellen cmsearch so user-freundlich wie möglich zu gestalten.

    an einer checkpointlösung und an funktionierenden MT-apps wird ebenfalls unter hochdruck gearbeitet. es gibts zwar schon fertige und funktionierende MT-apps aber da hapert es an der bitwise validierung und das ist ja ein muss für die credits.

    ebenso an der ergebnisdatenbank um die resultate zu veröffentlichen und an einem interface in dem wissenschaftler ihre eigenen rna-sequenzen einspeisen und die unter RNA kostenlos berechnen lassen.
    funktioniert schon aber eben noch etwas verbuggt und das will ja keiner

    neue apps werden auch bald integriert werden sobald wieder etwas luft ist.
    z.b. den gromacs-core (bekannt von folding@home) der von haus aus CP mitbringen sollte und einiges mehr.

    die anzahl der mini-wu in einer cmsearch2-wutze sind im übrigen zu erkennen.
    GA-p[CZ-Lin64s]_5_Cyanothece-sp.-ATCC-51142_CP000806.cir.EMBL_.........
    diese WU enthält somit 5 minis. nach jeder fertigen mini wird eine art checkpoint geschrieben



    viel arbeit - lassen wirs liegen :P
    Geändert von Norman_RKN (22.03.2011 um 10:53 Uhr)


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    #53

    Standard

    RNA World bräuchte etwas hilfe um die verbleibenden "alten" WU aus der DB zu knuspern, damit die anpassungen für laufzeitauswahl im userbeich beginnen können.
    neue cms_mirVir[A-Lin64s] die über 1000 mini WU in einer WU gebündelt haben köenn wurden testweise auch schon mal eingespeist, aber nur ganz wenige um zu schauen wie sie sich machen.
    wer solche ergattert hat bitte "bevorzugt" behandeln.

    die kollegen von P3D helfen auch schon fleissig mit und es wäre schön wenn SG auch die ein oder andere WU aus der queque wegknuspern könnte.
    einfach zu wenig rechenpower *schnief*
    Geändert von Norman_RKN (26.03.2011 um 15:28 Uhr)

  4. Avatar von Yeti45
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    #54

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    Ich häng mich mal mit ran

    wären evtl. bestimmte Einstellungen im Projekt vorteilhaft?
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    #55

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    im moment eigentlich nicht. einfach laufen lassen ^^


    Hinzugefügter Post:

    BOINC@AUSTRALIA ist im rückspiegel zu sehen...
    nicht die platzierung klauen lassen ^^
    Geändert von Norman_RKN (27.03.2011 um 22:01 Uhr) Grund: Antwort auf eigenen Beitrag innerhalb von 24 Stunden!

  6. Avatar von Springer
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    #56

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    Zitat Zitat von Norman_RKN Beitrag anzeigen

    BOINC@AUSTRALIA ist im rückspiegel zu sehen...
    nicht die platzierung klauen lassen ^^
    und wenn schon...
    Es mangelt hier nicht an Power sondern am Willen. Der einzig aktive Cruncher scheint mir "euer" coturnix zu sein


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    #57

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    stimmt! er cruncht nicht nur, sondern hilft im projekt mitzuentwickeln
    schade, dann kann man den exclusiven forensupport erstmal einstampfen.

  8. Avatar von Springer
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    #58

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    Zitat Zitat von Norman_RKN Beitrag anzeigen
    schade, dann kann man den exclusiven forensupport erstmal einstampfen.
    Nö, du bleibst bitte gefälligst weiter am Ball und versorgst uns mit Infos!

  9. Avatar von McCarron
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    #59

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    http://www.rnaworld.de/rnaworld/work...p?wuid=5022048

    45% mit 20h CPU-Zeit... hoffe ja die schaffts
    Die Deutsche Rechtschreibung ist Freeware, sprich, du kannst sie kostenlos nutzen.
    Allerdings ist sie nicht Open Source, d.h. du darfst sie nicht verändern oder in veränderter Form veröffentlichen.


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  10. Avatar von Springer
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    #60

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    Zitat Zitat von McCarron Beitrag anzeigen
    http://www.rnaworld.de/rnaworld/work...p?wuid=5022048

    45% mit 20h CPU-Zeit... hoffe ja die schaffts
    no risk, no fun . Ich habe gerade 2 Stück mit je über 220h Laufzeit in Berechnung...


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    #61

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    denke die schafft ihr locker männers.
    für alle WU die über 2200cr (laut normaler creditvergabe) hinausgehen erhälst du übrigens doppelte credits (creditjäger )
    schön weiterrechnen

    noch können die laufzeiten vom user nicht angepasst werden, da die umstellung erfordert dass alle restlichen "alten" cms-wu aus der db raus sind.
    im moment ist das also unter der neuen app alles etwas gemischt aber dennoch sind die meisten WU so um 2-4h im schnitt.
    wenn man glück hat und viele kleine mini-wu in einem archiv sind, kann man auch öfter checkpointen

    p.s. von den monstern, die wochenlang rechnen können, gibt es nur noch eine hand voll (rest) und wird es auch nicht mehr geben (wenn dann überhaupt nur unter XXL )
    die waren unbeabsichtigt
    wer auf doppelte credits hofft ist unter der späteren XXL serie sowieso besser bedient, aber sollte sich dem risiko ohne CP bewusst sein.
    (herunterfahren am besten nur im ruhezustand/hibernate-modus damit keine arbeit verloren geht --- nicht vergessen bei langläufern)

  12. Avatar von HJL
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    Zitat Zitat von Springer Beitrag anzeigen
    no risk, no fun . Ich habe gerade 2 Stück mit je über 220h Laufzeit in Berechnung...
    stimmt !!!"!

    hab noch 7 von diesen Dingern laufen, 1*500h,1*460,1*450,2*380,1*350 und 1*290 !!
    4 hab ich leider schon verloren

    Grüße
    hl
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  13. Avatar von Yeti45
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    #63

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    hab bisher nur eine große: aktuell ca. 26h / 37% / noch kein CP

    ... die läuft also noch ein Weilchen... die "kleinen" brauchen nur so um die 2 Stunden
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  14. Avatar von Springer
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    #64

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    Zitat Zitat von Yeti45 Beitrag anzeigen
    hab bisher nur eine große: aktuell ca. 26h / 37% / noch kein CP

    ... die läuft also noch ein Weilchen... die "kleinen" brauchen nur so um die 2 Stunden
    Problem ist, dass es durchaus sein kann dass nach Erreichen der 100% die WU dann noch Tage oder Wochen weiterläuft

  15. Avatar von Yeti45
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    #65

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    ICH werds überleben (die WU dann hoffentlich auch )
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    das problem war nur bei den intron_gpI die wochen bei 100% laufen konnten und von denen gibts nur noch ein paar wenige.
    die jetzigen langen können zwar auch überziehen aber dann eher stunden oder 1-2 tage statt wochen
    solange kein Intron_gpI im WU-namen steht ist alles in butter ^^

    nachtrag:
    Bis 2200 (~100h) bekommt man normale Credits, danach wird langsam von Faktor 1 auf Faktor 2 bei 11000 Credits (~500h) erhöht. Ab dort gibt's immer doppelte Credits.


    Hinzugefügter Post:

    einige alte WU wurden nun verdoppelt herausgegeben, damit die endlich schneller fertig werden.
    nun sind diese aber in der gleichen HR-klasse und müssen auch eben von rechnern dieses gleichen typs gerechnet werden.
    nun ist die pipeline verstopft mit eben diesen und es kann etwas dauern bis diese weg sind und wieder genügend arbeit nachkommt.
    ein paar mehr linux 32 bit werden benötigt um da luft zu schaffen.
    Geändert von Norman_RKN (29.03.2011 um 16:06 Uhr) Grund: Antwort auf eigenen Beitrag innerhalb von 24 Stunden!

  17. Avatar von UL1
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    #67

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    So...der erste WIN-Rechner, der keine WUs mehr bekommt...
    ...New York, ice cream, MINI, travel, good times...these are the things that dreams are made of...


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    #68

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    ja da scheint in der tat irgendwo ein problem zu sein und woran es hapert muss noch ermittelt werden.

  19. Avatar von Springer
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    #69

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    Zitat Zitat von HJL Beitrag anzeigen
    stimmt !!!"!

    hab noch 7 von diesen Dingern laufen, 1*500h,1*460,1*450,2*380,1*350 und 1*290 !!
    4 hab ich leider schon verloren
    l
    Hey HL,

    gibts schon Fortschritte? Laufen deine 7 Kandidaten noch?

    @UL1

    Du bist einer meiner wingmen beim Angriff auf jene WU:
    [...]Oryza-sativa-Indica[...]1298201813_2
    Bei wievielen Tagen bzw Wochen bist du inzwischen?

    Grüße,
    Flo

  20. Avatar von HJL
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    #70

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    Zitat Zitat von Springer Beitrag anzeigen
    Hey HL,

    gibts schon Fortschritte? Laufen deine 7 Kandidaten noch?

    @UL1

    Du bist einer meiner wingmen beim Angriff auf jene WU:
    [...]Oryza-sativa-Indica[...]1298201813_2
    Bei wievielen Tagen bzw Wochen bist du inzwischen?

    Grüße,
    Flo

    hi, Springer !!

    leider ein kleiner Rückschlag, 4 weitere verloren, 3 laufen noch !!

    hl
    hl

  21. Avatar von UL1
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    #71

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    Zitat Zitat von Springer Beitrag anzeigen
    @UL1

    Du bist einer meiner wingmen beim Angriff auf jene WU:
    [...]Oryza-sativa-Indica[...]1298201813_2
    Bei wievielen Tagen bzw Wochen bist du inzwischen?
    Schau' bitte nochmal nach, ob sich da beim Status inzwischen was geändert hat...
    Denn die älteste WU, die ich noch gefunden habe, ist vom 25. März...also noch nicht soooo alt...
    Ich befürchte, dass es mir auf einem anderen Rechner alle zerbröselt hat, denn da waren gestern noch zwölf 'drauf, die von der Laufzeit her noch lange nicht fertig gewesen sein können...und heute morgen waren alle weg...
    ...New York, ice cream, MINI, travel, good times...these are the things that dreams are made of...

  22. Avatar von Springer
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    #72

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    Zitat Zitat von UL1 Beitrag anzeigen
    Schau' bitte nochmal nach, ob sich da beim Status inzwischen was geändert hat...
    Denn die älteste WU, die ich noch gefunden habe, ist vom 25. März...also noch nicht soooo alt...
    Ich befürchte, dass es mir auf einem anderen Rechner alle zerbröselt hat, denn da waren gestern noch zwölf 'drauf, die von der Laufzeit her noch lange nicht fertig gewesen sein können...und heute morgen waren alle weg...
    Na fantastisch, Circa 700 CPU-Stunden dahin....

    Ich bin grad hochgradig gefrustet...


    Post ist folgender:
    03.04.2011 16:44:20 RNA World Task cms_GA[e30-50MB_Lin64f]_Oryza-sativa-Indica-Group_CM000127.lin.EMBL_RF00028_Intron_gpI_1298201 813_2_26 exited with zero status but no 'finished' file
    03.04.2011 16:44:20 RNA World If this happens repeatedly you may need to reset the project.
    03.04.2011 16:44:20 RNA World Task cms_GA[e30-50MB_Lin64f]_Oryza-sativa-Japonica-Group_AP008212.lin.EMBL_RF00028_Intron_gpI_1298201 813_10_21 exited with zero status but no 'finished' file
    03.04.2011 16:44:20 RNA World If this happens repeatedly you may need to reset the project.
    Geändert von Springer (03.04.2011 um 17:41 Uhr)


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    #73

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    kann dich verstehen, das ging mir auch schon paar mal so.
    nach meinen wutanfällen hat mich das 2 tastaturen und 2 mäuse gekostet (spass)
    ich habe versucht zu erreichen diese WU nicht mehr normal unter xxl rechnen zu lassen, sondern unter test was auch soweit gut angekommen ist.
    angefange WU werden abgebrochen und die user erhalten einmalig ihre vollen credits.
    der projektleiter wehrt sich allerdings vehement und so müssen wir noch eine zeitlang versuchen die restlichen paar monster zu killen, bevor endlich die modifikationen durchgeführt werden können.
    die alten WU sind leider inkompatibel mit den neuen mod. apps und die schaffen wir auch noch - gell ?!
    Geändert von Norman_RKN (03.04.2011 um 20:17 Uhr)

  24. Avatar von UL1
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    #74

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    Bitte nochmal genau: wie erkennt man die Monster?


    Hinzugefügter Post:

    ...denn, wie ich gerade gesehen habe, ist mein 'Großer' voll mit WUs mit Laufzeiten jenseits der 100 Stunden; die längste läuft seit 45 Stunden, liegt bei 17% und hat 'ne Restlaufzeit von 217 Stunden...
    Geändert von UL1 (03.04.2011 um 20:43 Uhr) Grund: Antwort auf eigenen Beitrag innerhalb von 24 Stunden!
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    #75

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    _Intron_gpI_ steht im namen der WU und das sind die problemkinder.
    die restlichen langläufer sind harmlos und überziehen wenn dann nur ein paar stunden oder mal nen tag.

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