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    #51

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    ein neuer beitrag von david

    The CASP10 meeting just finished and all the results are on line so you can see what all your contributions made possible! Ray has posted a great summary of the results in the CASP10 thread on the science message boards. Overall, Rosetta@home was top or near top in most categories. I hate to embarrass David Kim who created RosettaHome and has kept it going, but his contact guided predictions were the highlight of CASP10 as they were vastly better than those of any other group. You can see this at
    http://predictioncenter.org/casp10/r...rs&groups_id=4
    David's predictions are the black lines, those of other groups are in orange, better models stay below the rest of the pack.

    Thanks to all of you who contributed to CASP10!!
    Übersetzung: -Susanne

    Das CASP10 Treffen ist gerade beendet und alle Ergebnisse sind online, sodass ihr sehen könnt, was eure Beiträge ermöglicht haben! Ray hat eine groβartige Zusammenfassung der Ergebnisse im CASP10 Thread des ‘Science Message Boards’ (Wissenschafts Message Board) gepostet. Insgesamt war Rosetta@home in den meisten Kategorien ganz oder fast an der Spitze. Ich wollte David Kim, der Rosetta@home kreierte und fortführte, eigentlich nicht verlegen machen, aber seine kontakt-gesteuerten Vorraussagen waren der Höhepunkt von CASP10, da sie weitaus besser waren, als die von irgendeiner anderen Gruppe. Ihr könnt es hier sehen: http://predictioncenter.org/casp10/r...rs&groups_id=4
    Davids Vorraussagen sind die schwaren Linien, die der anderen Gruppen die orangen, bessere Modelle liegen unter dem Rest des Hauptfelds.

    Danke an alle von euch, die zu CASP10 beigetragen haben!!
    Geändert von cappy (18.12.2012 um 04:03 Uhr)


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    #52

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    ein neuer beitrag

    We have learned to design a new class of proteins which could be useful both as drugs and in sensors. As I've explained before, most drugs are small molecules with fewer than 50 atoms. There are many drugs, such as blood thinning agents, which are very dangerous if given in too large doses. We have succeeded in designing proteins which bind to specific small molecules very tightly. These proteins could be used as antidotes in case of overdose with the target small molecule-for example we've designed a protein which could be useful to treat toxicity due to overdose of the drug digoxin used to treat heart disease. With collaborators, we are working to use these designed proteins to detect levels of the target small molecules in the blood or in the environment.
    Übersetzung: -Susanne

    Wir haben es vollbracht, eine neue Art von Proteinen zu entwerfen, die als Drogen und auch als Sensoren dienen können. Wie ich schon mal erklärt habe, sind die meisten Drogen kleine Moleküle mit weniger als 50 Atomen. Es gibt viele Arzneimittel, wie z. B. Blutverdünner, die lebensgefährlich sein können, wenn sie in zu groβen Maβen verabreicht werden. Wir haben es geschafft, Proteine zu designen, die sich sehr eng an spezifische kleine Moleküle binden. Diese Proteine könnten als Gegenmittel bei Überdosis des kleinen Zielmoleküls eingesetzt werden – wir haben z. B. ein Protein entworfen, was angewandt werden könnte, den Giftgehalt von einer Überdosis der Droge Digoxin zu behandeln, die bei Herzkrankheit benutzt wird. Wir arbeiten mit anderen zusammen um diese Design-Proteine zum Feststellen des Niveaus der kleinen Zielmoleküle im Blut oder in der Umgebung einzusetzen.
    Geändert von cappy (13.03.2013 um 09:09 Uhr)


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    #53

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    ein neuer beitrag

    Our new Institute for Protein Design is making considerable progress as you can see at http://depts.washington.edu/ipd/. we are now using Rosetta@home to rigorously evaluate all computer-based designs before we create synthetic genes to make the proteins in the laboratory. this is dramatically increasing our success rate at designing proteins with new functions. your contributions continue to be absolutely invaluable!

    übersetzung:- Susanne

    Unser neues Institut für Proteindesign macht beachtliche Fortschritte, wie ihr hier sehen könnt: - http://depts.washington.edu/ipd/. Wir wenden jetzt Rosetta@home an um rigoros alle Designs zu testen, die per Computer entworfen wurden, ehe wir synthetische Gene entwickeln um die Proteine im Labor zu erzeugen. Dies hat unsere Erfolgsquote beim Entwerfen von Proteinen mit neuen Funktionen drastisch erhöht. Eure Unterstützung ist weiterhin absolut unschätzbar!
    Geändert von cappy (30.09.2013 um 09:21 Uhr)


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    #54

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    ein neuer beitrag

    An article mentioning Rosetta@Home recently appeared in the Globe and Mail:

    http://www.theglobeandmail.com/news/...ticle15101089/

    Übersetzung: Susanne



    Ein Artikel, der Rosetta@Home erwähnt, ist vor kurzem in Globe and Mail erschienen:

    http://www.theglobeandmail.com/news/...ticle15101089/
    Geändert von cappy (11.11.2013 um 20:12 Uhr)


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    #55

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    Ein neuer Beitrag von David

    There has been very exciting recent progress in designing vaccines and small molecule binding proteins using Rosetta that is described in two recent papers in Nature. These and other recent advances are described in the new Rosetta@Home Research Updates thread. It was suggested there that we send out a monthly email newsletter describing recent progress--we haven't done this before to avoid clogging everybody's inboxes but we certainly could if there is interest.
    Übersetzung: Susanne

    Neulich gab es aufregende Nachrichten bezgl. Impfstoffdesign und kleinen Molekül-bindenden Proteinen mithilfe von Rosetta, was in zwei vor kurzem in Nature erschienenen Berichten beschrieben wird. Diese neuesten Fortschritte, sowohl als auch andere, wurden in dem neuen Rosetta@Home Research Update Thread beschrieben. Dort wurde vorgeschlagen, dass wir einen monatlichen Email-Newsletter aussenden, in dem die neuesten Fortschritte beschrieben werden – wir sind dem bisher nicht nachgekommen, da wir vermeiden wollten, eure Inboxen vollzustopfen, aber wenn dazu Interesse besteht, könnten wir das tun.
    Geändert von cappy (06.04.2014 um 08:19 Uhr)

  6. Avatar von Susanne
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    #56

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    ein paar neue Posts:

    David Baker Message 79421 Posted 18 Jan 2016 5:46:32 UTC

    We just published a paper in Nature that depended critically on all of your contributions! You can get the pdf for this paper on our website; you can also get pdfs of the many other papers we've published in the last couple of years that relied heavily on rosetta@home. Here is the link to the recent Nature paper:
    https://www.bakerlab.org/wp-content/...ature_2015.pdf
    Übersetzung:
    Wir haben gerade einen Bericht in Nature veröffentlicht, der sehr auf euer Mitwirken angewiesen war! Ihr könnt ein pdf dieses Beitrags auf unserer Webseite erhalten und auch andere, die wir in den letzten paar Jahren veröffentlicht haben und die sehr stark auf rosetta@home angewiesen waren. Hier ist der Link zum neuesten Bericht in Nature: https://www.bakerlab.org/wp-content/...ature_2015.pdf

    David Baker Message 79521 Posted 12 Feb 2016 6:38:13 UTC

    The results on the flu neutralizing protein you helped us design have now been published. You can get the paper, like all of our papers, from our lab web site, and read what journalists are saying at
    http://cen.acs.org/articles/94/i6/De...flu-Agent.html
    Übersetzung:
    Die Ergebnisse am Grippe-neutralisierenden Protein, dass ihr uns geholfen habt zu designen, sind nun veröffentlicht worden. Ihr könnt diesen, sowie alle anderen unserer Berichte, von unserer Webseite bekommen und lesen was Journalisten darüber sagen: http://cen.acs.org/articles/94/i6/De...flu-Agent.html

  7. Avatar von Defender
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    #57

    Standard Rosetta@home: Neue Paper im Science Journal veröffentlicht

    Hallo zusammen!

    Diese Woche war eine gute Woche mit Veröffentlichungen diese und letzte Woche im Science Journal. Eure Beiträge waren essentiell für beide Durchbrüche! Hier sind einige Presseartikel, die euch vielleicht interessieren:


    http://www.geekwire.com/2017/big-dat...otein-puzzles/

    https://www.theatlantic.com/science/...rigami/513638/

    http://www.geekwire.com/2017/uw-protein-pockets/

    Vielen Dank erneut an euch für eure unschätzbaren Beiträge zu dieser Wissenschaft!

    David
    Jan 20, 2017



    Weitere gute Neuigkeiten!

    Unser Paper mit dem Namen "Proteinstrukturvorhersage mit Hilfe metagenomischer Datensequenzen" wurde heute im Science Journal veröffentlicht. Wir möchten allen Rosetta@home-Teilnehmern danken, die die benötigten Berechnungen für diese Arbeit durchgeführt haben. In diesem Paper wird beschrieben, wie wir mit Hilfe bekannter, ähnlicher Proteinstrukturen aus metagenomischen Datensequenzen und Rosetta@home die genauen Strukturen für 622 Proteinfamilien, die bislang noch nicht in der Proteindatenbank (PDB) enthalten waren, vorhersagen. Mehr als 100 dieser Strukturen weisen bisher unbekannte Faltungsmuster auf. Da experimentelle Proteinstrukturvorhersage teuer und oftmals kompliziert ist, zeigt diese Forschung auf, wie wichtig Computerberechnungen mit Hilfe metagenomischer Daten für verlässliche Strukturvorhersagen sind. Aufgrund der schnell wachsenden Größe dieser Datensätze, sieht die Zukunft der Proteinstrukturvorhersage strahlend aus! Danke, Rosetta@home-Teilnehmer!

    Hier ist eine interessante Perspektive auf die Veröffentlichung und ihre Bedeutung, geschrieben von Johannes Söding: "Big Data kommt in der Proteinstrukturvorhersage an".

    Weitere ähnliche Neuigkeiten:



    Klicken Sie auf die Grafik für eine größere Ansicht 

Name:	Sergey_Science_Jan2017_F3.small.jpg 
Hits:	7 
Größe:	80,0 KB 
ID:	4297

    Jan 19, 2017

    Originaltexte:


    Zitat Zitat von https://boinc.bakerlab.org/rosetta/
    Hi Everybody!

    this has been a good week with papers in this and last weeks Science magazine. your contributions were essential for both breakthroughs! here is some of the press you might find interesting:

    http://www.geekwire.com/2017/big-dat...otein-puzzles/

    https://www.theatlantic.com/science/...rigami/513638/

    http://www.geekwire.com/2017/uw-protein-pockets/

    thank you again for your invaluable contributions to this research!!

    David
    Zitat Zitat von https://boinc.bakerlab.org/rosetta/
    More good news!

    Our paper titled "Protein structure determination using metagenome sequence data" was released today in the journal Science. We would like to thank all Rosetta@Home participants who provided the computing required for this work. In the paper, we describe using predicted co-evolving contacts from metagenomics sequence data and Rosetta to accurately predict the structures for 622 protein families that are not represented in the PDB. Among these structures, over 100 were new folds. Since experimental protein structure determination is costly and often difficult, this study highlights the ability to use computational methods with metagenomics data for reliably structure determination. With the rapidly growing size of genomics data, the future in mapping the structure space of protein families looks bright! Thank you Rosetta@Home participants!

    Here is an interesting perspective written by Johannes Söding about the paper and it's significance, "Big-data approaches to protein structure prediction".

    and related news articles:

    Big data (and volunteers) help scientists solve hundreds of protein puzzles
    Seeking Structure With Metagenome Sequences
    Decoding the Origami That Drives All Life
    - -
    Fairmondo: Gutes einfach entdecken - -Kiva: Loans that change lives

    „Nichts wird die Chance auf ein Überleben auf der Erde so steigern wie der Schritt zur vegetarischen Ernährung“ - Albert Einstein

  8. Avatar von Brisco82
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    #58

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    Moin Zusammen,

    anbei ein interessanter Artikel vom Spiegel zum Thema Forschungsergebnisse von Rosetta und David Baker und die Möglichkeiten von KI in der Proteinentwicklung.

    http://www.spiegel.de/wissenschaft/m...a-1247666.html

    Ich wollte kein neuen Thread aufmachen, daher habe ich den Artikel hier drangehängt.

    Viel Spaß beim lesen. :-)

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