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    #26

    Standard Rosetta@home: Neue Förderung durch TED-Preis

    Wie ihr vielleicht gehört habt, wurde das Institute for Protein Design kürzlich als Teil des Audacious Project ausgewählt. Diese groß angelegte philanthropische Zusammenarbeit, die eine Folge der Verleihung des TED-Preises ist, fördert und finanziert Projekte mit dem Potenzial, die Welt zu verändern.

    Infolgedessen erweitern wir unser Team von Wissenschaftlern und Ingenieuren in Seattle, die gemeinsam an der Weiterentwicklung von Rosetta, unserer Software für Proteindesign und Strukturvorhersage, arbeiten werden. Die Finanzierung wird es uns auch ermöglichen, in die Ausrüstung, die Labormittel und den Laborraum zu investieren, der für die Entwicklung und den Test von Millionen synthetischer Proteine benötigt wird.

    Welche Herausforderungen werden wir angehen? Seht euch meinen TED-Vortrag an, um es herauszufinden.

    All diese Arbeit - wie alles, was wir tun - hängt von euch, den Teilnehmern von Rosetta@home ab. Ob es um die Entwicklung maßgeschneiderter Nanomaterialien oder sicherere Krebstherapien geht, wir setzen auf die Plattform Rosetta@home. Wir können euch nicht genug danken, dass ihr euch die Zeit genommen haben, an dieser spannenden Forschung teilzunehmen, und wir hoffen, ihr erzählt mindestens einem Freund, dass auch er allein durch den Betrieb von Rosetta@home eine Rolle bei der Revolution des Proteindesigns spielen kann.

    Vielen Dank,

    David Baker
    Direktor, Institute for Protein Design

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=13145#90826
    As you may have heard, the Institute for Protein Design was recently selected as part of The Audacious Project. This large-scale philanthropic collaboration, which is the successor to the TED Prize, surfaces and funds projects with the potential to change the world.

    As a result, we are expanding our Seattle-based team of scientists and engineers who will work together to advance Rosetta, our software for protein design and structure prediction. The funding will also allow us to invest in the equipment, supplies and lab space needed to design and test millions of synthetic proteins.

    What challenges will we be tackling? Watch my TED talk to find out.

    All of this work — like everything we do — will depend on you, the participants in Rosetta@home. Whether it’s creating custom nanomaterials or safer cancer therapies, we rely on the Rosetta@home distributed computing platform. We cannot thank you enough for taking the time to be a part of this exciting research, and we hope you tell at least one friend that they too can play a role in the protein design revolution just by running Rosetta@home.

    Thank you,

    David Baker
    Director, Institute for Protein Design
    Geändert von Defender (11.08.2019 um 12:40 Uhr)
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    #27

    Standard Rosetta@home: Die Rolle von Rosetta bei der Bekämpfung des Coronavirus

    Vielen Dank an alle R@h-Freiwilligen für ihre Beiträge zur genauen Modellierung wichtiger Coronavirus-Proteine. Die kollektive Rechenleistung, die Sie durch R@h zur Verfügung stellen, hilft akademischen Forschungsgruppen weltweit, wichtige Proteinstrukturen wie diese zu modellieren.

    Aus einem kürzlich erschienenen IPD-Nachrichtenbeitrag:

    "Wir freuen uns, berichten zu können, dass die molekulare Modellierungssuite von Rosetta vor kurzem zur genauen Vorhersage der Struktur eines wichtigen Coronavirus-Proteins auf atomarer Ebene eingesetzt wurde, Wochen bevor es im Labor gemessen werden konnte. Die aus der Untersuchung dieses viralen Proteins gewonnenen Erkenntnisse werden nun als Leitfaden für die Entwicklung neuartiger Impfstoffe und antiviraler Medikamente verwendet."

    Seit der Veröffentlichung der SARS-CoV-2-Genomsequenzen Ende Januar wurden eine Reihe wichtiger Coronavirus-Proteine wie das oben beschriebene auf Computern von R@h-Freiwilligen modelliert. Eine Liste dieser Proteine wird vom Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) zur Verfügung gestellt.


    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=13145#90826
    Thank you to all R@h volunteers for your contributions to help accurately model important coronavirus proteins. The collective computing power that you provide through R@h helps academic research groups world wide model important protein structures like these.

    From a recent IPD news post:

    "We are happy to report that the Rosetta molecular modeling suite was recently used to accurately predict the atomic-scale structure of an important coronavirus protein weeks before it could be measured in the lab. Knowledge gained from studying this viral protein is now being used to guide the design of novel vaccines and antiviral drugs."

    Since the release of SARS-CoV-2 genome sequences in late January, a number of important corona virus proteins like the one described above have been modeled on R@h volunteer computers. A list of these proteins is provided by the Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID).
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  3. Avatar von nexiagsi16v
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    #28

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    Daran sieht man, das Rosetta gute und auch schnell verlässliche Daten liefert!
    Ciao Norman

    Ryzen 5 3600 @4GHz, 3x RX 5700, 32GB DDR4//FX8370 @4GHz, 16GB DDR3 1600, RX 470 + R9 270X// Dauercruncher i3 8300, 8GB RAM // Läppi B940 @2GHz

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    #29

    Standard Rosetta@home: Das Designen formverändernder Proteine

    Im Rosetta@home-Forum wird über eine spannende Publikation berichtet, die an dieser Stelle übersetzt sei.

    Das Designen formverändernder Proteine

    Heute berichten wir über das Design von Proteinsequenzen, die mehr als eine gut gefaltete Struktur annehmen, was an virale Fusionsproteine erinnert. Diese Forschung bringt uns der Schaffung künstlicher Proteinsysteme mit zuverlässigen beweglichen Teilen näher.

    In der Natur verändern viele Proteine ihre Form als Reaktion auf ihre Umgebung. Diese Plastizität ist oft mit der biologischen Funktion verbunden. Während das rechnergestützte Proteindesign dazu verwendet wurde, Moleküle zu schaffen, die sich in einen einzigen stabilen Zustand falten, und natürliche Proteine umzugestalten, um ihre Dynamik oder Faltung zu verändern, ist das Design von Grund auf eng verwandter Sequenzen, die gut definierte, aber divergierende Strukturen annehmen, eine herausragende Herausforderung geblieben.

    Um formverändernde Proteine zu erzeugen, begann ein Team unter der Leitung der kürzlich im Baker-Labor promovierten Kathy Wei damit, Sätze von Aminosäuresequenzen zu identifizieren, von denen vorhergesagt wurde, dass sie sich in sehr unterschiedliche Strukturen falten - in diesem Fall Paare zylindrischer Helixbündel mit unterschiedlichen Längen.

    "Wir wussten von Anfang an, dass wir eine Sequenz zwischen einem kurzen Zustand mit spiralförmigen "Armen", die "nach unten" zeigen, und einem langen Zustand mit spiralförmigen "Armen", die "nach oben" zeigen, umwandeln wollten. Der Plan war, mit Hilfe etablierter Protokolle zunächst verschiedene Proteine zu entwerfen, die sich in jedem der beiden Zustände befinden, und dann die Sequenzen dieser beiden Ausgangspunkte zueinander zu mutieren, bis wir eine Sequenz gefunden haben, die sich in beide Zustände falten lässt", sagt Wei.

    Nach den Designrunden am Computer und Tests im Labor gelang es dem Team, ein einziges Molekül zu schaffen, das in beiden Zuständen zu sehen ist.

    "Eine der größten Herausforderungen bei diesem Projekt war es, einen Weg zu finden, um zu erkennen, ob die Proteine die Form annehmen, für die sie entworfen wurden. Hochdurchsatz-Screeningmethoden neigen dazu, sich auf eine enzymatische Eigenschaft eines Proteins zu verlassen. Da sich diese entworfenen Proteine nur in ihrer Form unterschieden, mussten wir ihre Faltung mittels Kristallographie und NMR überprüfen, was ein langsamer Prozess ist und nicht garantiert zu Ergebnissen führt."

    "Wir haben zwar eine wirklich vielversprechende Proteinsequenz gefunden, die wir in beiden geplanten Zuständen messen können, aber sie ist überraschend viel weniger dynamisch, als wir erwartet hätten. Als Nächstes wollen wir verstehen, wie wir die Konformationsänderungen dynamischer machen und wie wir sie kontrolliert auslösen können."

    Dem Team gehörten Wissenschaftler der Universität von Washington, der UC Berkeley, der UC Santa Cruz und der Stanford University an. Ihre Arbeit wurde von NIH, DOE, HHMI und dem Chan Zuckerberg Biohub unterstützt.

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://www.ipd.uw.edu/2020/03/designing-shape-shifting-proteins/
    Today we report the design of protein sequences that adopt more than one well-folded structure, reminiscent of viral fusion proteins. This research moves us closer to creating artificial protein systems with reliable moving parts.

    In nature, many proteins change shape in response to their environment. This plasticity is often linked to biological function. While computational protein design has been used to create molecules that fold to a single stable state and to re-engineer natural proteins to alter their dynamics or fold, the design from scratch of closely related sequences that adopt well-defined but divergent structures has remained an outstanding challenge.
    Kathy Wei, Ph.D.

    To create shape-shifting proteins, a team led by recent Baker lab postdoc Kathy Wei, Ph.D., began by identifying sets of amino acid sequences predicted to fold into very different structures — in this case, pairs of cylindrical helical bundles with different lengths.

    “We knew from the beginning that we wanted a sequence to transform between a short state with helical “arms” pointed “down” and a long state with helical “arms” pointed “up”. The plan was to use established protocols to first design different proteins that are in each of the two states and then mutate the sequences of these two starting points toward each other until we found a sequence that could fold into both states,” said Wei.

    After rounds of design on the computer and testing in the lab, the team succeeded in creating a single molecule that could be seen in both states.

    “One of the main challenges for this project was finding a way to tell if the proteins took on the shape they were designed to be in. High-throughput screening methods tend to rely on an enzymatic property of a protein. Since these designed proteins only differed in their shapes, we had to use crystallography and NMR to check their folding, which is a slow process and not guaranteed to yield results.”

    “While we found a really promising protein sequence that we can measure in both of the designed states, it’s surprisingly much less dynamic than we would’ve expected. Next, we want to understand how to make the conformational changes more dynamic and how to trigger them in a controlled manner.“

    The team included scientists from the University of Washington, UC Berkeley, UC Santa Cruz, and Stanford. Their work was supported by the NIH, DOE, HHMI and the Chan Zuckerberg Biohub.
    Geändert von Defender (20.03.2020 um 16:29 Uhr)
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    #30

    Standard Rosetta@home: Tausende Freiwillige unterstützen den Kampf gegen COVID-19

    Während Schulen, Museen, Büros und Geschäfte geschlossen werden, um die Ausbreitung des neuen Coronavirus zu verlangsamen, sitzen nun Millionen von Menschen zu Hause fest. Glücklicherweise gibt es selbst in diesen schwierigen Zeiten kleine Schritte, die jeder machen kann, um bei der Bekämpfung von COVID-19 zu helfen.

    Eine Möglichkeit ist die Spende für die biomedizinische Forschung - aber dazu muss man nicht unbedingt seine Brieftasche öffnen.

    Rosetta@Home ist ein verteiltes Computerprojekt, das sich auf ein Netzwerk von Computern von Freiwilligen stützt. Ziel des Projekts ist es, mehr über wichtige Biomoleküle zu erfahren, einschließlich der Proteine, aus denen das neue Coronavirus besteht. Auf diese Weise können die Wissenschaftler entdecken, wie man Medikamente und Impfstoffe gegen das Coronavirus entwickeln kann. Rosetta@Home arbeitet auf der seit 2002 bestehenden offenen Infrastruktur für Netzwerk-Computing (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing, BOINC). BOINC ist quelloffen und wird hauptsächlich von der National Science Foundation finanziert.

    In den letzten Tagen hat Rosetta@Home eine Welle neuer Freiwilliger erlebt, die großzügig die Nutzung ihrer ungenutzten Desktop-, Laptop- und Smartphone-Prozessoren spenden. Die Zahl der aktiven Benutzer hat sich verdoppelt, und vier der zehn outputstärksten Tage des Projekts sind erst in der letzten Woche entstanden. Diese Unterstützung treibt die Forschung über das neue Coronavirus am UW-Institut für Proteindesign und an anderen Universitäten voran.

    Neue Freiwillige treten in den Dienst des Projekts

    Um die Öffentlichkeit vor dem neuen Coronavirus zu schützen, musste das Phillip and Patricia Frost Museum of Science in Miami vorübergehend geschlossen werden. Das Museum beherbergt ein hochmodernes Planetarium, das von den Dell PowerEdge 7910-Servern des Frost-Planetariums, bestehend aus 168 Prozessoren, betrieben wird. Das Frost-Museum hat gerade kommuniziert, dass es seine freigewordene Rechenkraft großzügig für das Rosetta@Home-Projekt einsetzt.

    "Als eine führende wissenschaftliche Einrichtung wollten wir einen Weg finden, die leistungsstarke Computertechnologie, die wir mit unserer Schließung ungenutzt gelassen hatten, wieder zu nutzen. Jetzt unterstützen wir aktiv bahnbrechende Forschung, die uns helfen wird, einige der größten Herausforderungen der Welt zu lösen, wie z.B. COVID-19. Jetzt müssen wir mehr denn je zusammenarbeiten und Wissenschaft und hochwertige Forschung an der Spitze unseres Denkens halten. Wir ermutigen andere, sich unserem Frost Science BOINC-Team anzuschließen und direkt von zu Hause aus zu helfen, etwas zu verändern", sagte Frank Steslow, Präsident und CEO von Frost Science.

    Modus Create, eine multinationale Beratungsfirma, hat ebenfalls angekündigt, dass sie alle Computer-Ersatzteile an ihrem Hauptsitz in Reston, Virginia, sowohl für Rosetta@Home als auch für Folding@Home, ein ähnliches Projekt, spenden wird. "Der Einfallsreichtum der Menschheit zeigt sich oft am besten in Zeiten der Krise", schreiben sie. Wie viele Freiwillige hat auch Modus ein Team bei BOINC gebildet, das ihre Spenden organisiert. Es wurden über 11.000 solcher Teams gebildet, darunter viele aus Universitäten, Unternehmen und anderen Institutionen.

    Es ist einfach, Rosetta@Home beizutreten

    Der Beitritt zu Rosetta@Home ist einfach. Laden Sie zunächst die BOINC-Anwendung auf ein kompatibles Gerät (Windows, Mac, Linux oder Android) herunter. Wählen Sie dann Rosetta@Home als Ihr bevorzugtes Projekt aus. Das war's schon! Rosetta@Home ist nicht gewinnorientiert, wird von Akademikern betrieben und sammelt keine Ihrer persönlichen Daten. Folgen Sie dem Projekt auf Twitter für Updates: @RosettaAtHome

    Wenn Rosetta@Home auf Ihren Geräten läuft, können Sie selbst im Schlaf einen Beitrag zur Wissenschaft leisten.


    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://www.ipd.uw.edu/2020/03/volunteers-rally-to-rosettahome-to-stop-covid-19/
    As schools, museums, offices and stores shutter to slow the spread of the new coronavirus, millions of people are now finding themselves stuck at home. Fortunately, even in these trying times, there are are small steps that anyone can be take to help combat COVID-19.

    One option is to donate to biomedical research — but doing so doesn’t necessarily require opening your wallet.

    Rosetta@Home is a distributed computing project that relies on a network of volunteer computers. The goal of the project is to learn more about important biomolecules, including the proteins that comprise the new coronavirus. In doing so, scientists may discover how to create medicines and vaccines to stop it. Rosetta@Home operates on the Berkeley Open Infrastructure for Network Computing, or BOINC, which has existed since 2002. BOINC is open-source and funded primarily by the National Science Foundation.

    In recent days, Rosetta@Home has seen a surge of new volunteers who are generously donating the use of their idle desktop, laptop and smartphone processors. The number of active users has doubled, and four of the project’s ten best compute days have occurred just in the last week. This giving is powering research on the new coronavirus at the UW Institute for Protein Design and at other universities.

    New volunteers stepping up

    To keep the public safe from the new coronavirus, the Phillip and Patricia Frost Museum of Science in Miami, Floria has had to temporarily close. The museum is home to a state-of-the-art planetarium, powered by the Frost Planetarium’s Dell PowerEdge 7910 servers, consisting of 168 processors. The Frost Museum just announced that it is generously donating its computer downtime to the Rosetta@Home project.

    “As a leading scientific institution, we wanted to find a way to repurpose the powerful computing technology we had idle with our closure. We are now actively supporting groundbreaking research that will help us solve some of the world’s biggest challenges, such as COVID-19. Now more than ever, we need to work together and keep science and high quality research at the forefront of our thinking. We encourage others to join our Frost Science BOINC team and help make a difference, right from their homes” said Frank Steslow, Frost Science President & CEO.

    Modus Create, a multi-national consulting firm, has also announced that it is donating all spare computer parts at its headquarters in Reston, Virginia to both Rosetta@Home and Folding@Home, a similar project. “Humanity’s ingenuity is often best demonstrated at times of crisis,” they write. Like many volunteers, Modus has also created a team on BOINC to organize their giving. Over 11,000 such teams have been formed, including many from universities, business and other institutions.

    It is easy to join Rosetta@Home

    Joining Rosetta@Home is simple. First, download the BOINC app on a compatible device (Windows, Mac, Linux or Android). Then, select Rosetta@Home as your preferred project. That’s it! Rosetta@Home is not for profit, operated by academics and will not collect any of your personal information. Follow the project on Twitter for updates: @RosettaAtHome

    With Rosetta@Home running on your devices, you can contribute to science even as you sleep.
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