Wie ihr vielleicht gehört habt, wurde das Institute for Protein Design kürzlich als Teil des Audacious Project ausgewählt. Diese groß angelegte philanthropische Zusammenarbeit, die eine Folge der Verleihung des TED-Preises ist, fördert und finanziert Projekte mit dem Potenzial, die Welt zu verändern.
Infolgedessen erweitern wir unser Team von Wissenschaftlern und Ingenieuren in Seattle, die gemeinsam an der Weiterentwicklung von Rosetta, unserer Software für Proteindesign und Strukturvorhersage, arbeiten werden. Die Finanzierung wird es uns auch ermöglichen, in die Ausrüstung, die Labormittel und den Laborraum zu investieren, der für die Entwicklung und den Test von Millionen synthetischer Proteine benötigt wird.
Welche Herausforderungen werden wir angehen? Seht euch meinen TED-Vortrag an, um es herauszufinden.
All diese Arbeit - wie alles, was wir tun - hängt von euch, den Teilnehmern von Rosetta@home ab. Ob es um die Entwicklung maßgeschneiderter Nanomaterialien oder sicherere Krebstherapien geht, wir setzen auf die Plattform Rosetta@home. Wir können euch nicht genug danken, dass ihr euch die Zeit genommen haben, an dieser spannenden Forschung teilzunehmen, und wir hoffen, ihr erzählt mindestens einem Freund, dass auch er allein durch den Betrieb von Rosetta@home eine Rolle bei der Revolution des Proteindesigns spielen kann.
Vielen Dank,
David Baker
Direktor, Institute for Protein Design
Originaltext:
Zitat von https://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=13145#90826
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Ergebnis 26 bis 47 von 47
Thema: News von der Rosetta-HP
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Anzahl Awards: 1911.08.2019, 11:00 #26Rosetta@home: Neue Förderung durch TED-Preis
Geändert von Defender (11.08.2019 um 12:40 Uhr)
Kiva: Loans that change lives
„Nichts wird die Chance auf ein Überleben auf der Erde so steigern wie der Schritt zur vegetarischen Ernährung“ - Albert Einstein
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Anzahl Awards: 1901.03.2020, 07:39 #27Rosetta@home: Die Rolle von Rosetta bei der Bekämpfung des Coronavirus
Vielen Dank an alle R@h-Freiwilligen für ihre Beiträge zur genauen Modellierung wichtiger Coronavirus-Proteine. Die kollektive Rechenleistung, die Sie durch R@h zur Verfügung stellen, hilft akademischen Forschungsgruppen weltweit, wichtige Proteinstrukturen wie diese zu modellieren.
Aus einem kürzlich erschienenen IPD-Nachrichtenbeitrag:
"Wir freuen uns, berichten zu können, dass die molekulare Modellierungssuite von Rosetta vor kurzem zur genauen Vorhersage der Struktur eines wichtigen Coronavirus-Proteins auf atomarer Ebene eingesetzt wurde, Wochen bevor es im Labor gemessen werden konnte. Die aus der Untersuchung dieses viralen Proteins gewonnenen Erkenntnisse werden nun als Leitfaden für die Entwicklung neuartiger Impfstoffe und antiviraler Medikamente verwendet."
Seit der Veröffentlichung der SARS-CoV-2-Genomsequenzen Ende Januar wurden eine Reihe wichtiger Coronavirus-Proteine wie das oben beschriebene auf Computern von R@h-Freiwilligen modelliert. Eine Liste dieser Proteine wird vom Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) zur Verfügung gestellt.
Originaltext:
Zitat von https://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=13145#90826
Kiva: Loans that change lives
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Anzahl Awards: 1301.03.2020, 09:44 #28Daran sieht man, das Rosetta gute und auch schnell verlässliche Daten liefert!
Ciao Norman
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Anzahl Awards: 1920.03.2020, 16:24 #29Rosetta@home: Das Designen formverändernder Proteine
Im Rosetta@home-Forum wird über eine spannende Publikation berichtet, die an dieser Stelle übersetzt sei.
Das Designen formverändernder Proteine
Heute berichten wir über das Design von Proteinsequenzen, die mehr als eine gut gefaltete Struktur annehmen, was an virale Fusionsproteine erinnert. Diese Forschung bringt uns der Schaffung künstlicher Proteinsysteme mit zuverlässigen beweglichen Teilen näher.
In der Natur verändern viele Proteine ihre Form als Reaktion auf ihre Umgebung. Diese Plastizität ist oft mit der biologischen Funktion verbunden. Während das rechnergestützte Proteindesign dazu verwendet wurde, Moleküle zu schaffen, die sich in einen einzigen stabilen Zustand falten, und natürliche Proteine umzugestalten, um ihre Dynamik oder Faltung zu verändern, ist das Design von Grund auf eng verwandter Sequenzen, die gut definierte, aber divergierende Strukturen annehmen, eine herausragende Herausforderung geblieben.
Um formverändernde Proteine zu erzeugen, begann ein Team unter der Leitung der kürzlich im Baker-Labor promovierten Kathy Wei damit, Sätze von Aminosäuresequenzen zu identifizieren, von denen vorhergesagt wurde, dass sie sich in sehr unterschiedliche Strukturen falten - in diesem Fall Paare zylindrischer Helixbündel mit unterschiedlichen Längen.
"Wir wussten von Anfang an, dass wir eine Sequenz zwischen einem kurzen Zustand mit spiralförmigen "Armen", die "nach unten" zeigen, und einem langen Zustand mit spiralförmigen "Armen", die "nach oben" zeigen, umwandeln wollten. Der Plan war, mit Hilfe etablierter Protokolle zunächst verschiedene Proteine zu entwerfen, die sich in jedem der beiden Zustände befinden, und dann die Sequenzen dieser beiden Ausgangspunkte zueinander zu mutieren, bis wir eine Sequenz gefunden haben, die sich in beide Zustände falten lässt", sagt Wei.
Nach den Designrunden am Computer und Tests im Labor gelang es dem Team, ein einziges Molekül zu schaffen, das in beiden Zuständen zu sehen ist.
"Eine der größten Herausforderungen bei diesem Projekt war es, einen Weg zu finden, um zu erkennen, ob die Proteine die Form annehmen, für die sie entworfen wurden. Hochdurchsatz-Screeningmethoden neigen dazu, sich auf eine enzymatische Eigenschaft eines Proteins zu verlassen. Da sich diese entworfenen Proteine nur in ihrer Form unterschieden, mussten wir ihre Faltung mittels Kristallographie und NMR überprüfen, was ein langsamer Prozess ist und nicht garantiert zu Ergebnissen führt."
"Wir haben zwar eine wirklich vielversprechende Proteinsequenz gefunden, die wir in beiden geplanten Zuständen messen können, aber sie ist überraschend viel weniger dynamisch, als wir erwartet hätten. Als Nächstes wollen wir verstehen, wie wir die Konformationsänderungen dynamischer machen und wie wir sie kontrolliert auslösen können."
Dem Team gehörten Wissenschaftler der Universität von Washington, der UC Berkeley, der UC Santa Cruz und der Stanford University an. Ihre Arbeit wurde von NIH, DOE, HHMI und dem Chan Zuckerberg Biohub unterstützt.
Originaltext:
Zitat von https://www.ipd.uw.edu/2020/03/designing-shape-shifting-proteins/
Geändert von Defender (20.03.2020 um 16:29 Uhr)
Kiva: Loans that change lives
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Anzahl Awards: 1927.03.2020, 16:20 #30Rosetta@home: Tausende Freiwillige unterstützen den Kampf gegen COVID-19
Während Schulen, Museen, Büros und Geschäfte geschlossen werden, um die Ausbreitung des neuen Coronavirus zu verlangsamen, sitzen nun Millionen von Menschen zu Hause fest. Glücklicherweise gibt es selbst in diesen schwierigen Zeiten kleine Schritte, die jeder machen kann, um bei der Bekämpfung von COVID-19 zu helfen.
Eine Möglichkeit ist die Spende für die biomedizinische Forschung - aber dazu muss man nicht unbedingt seine Brieftasche öffnen.
Rosetta@Home ist ein verteiltes Computerprojekt, das sich auf ein Netzwerk von Computern von Freiwilligen stützt. Ziel des Projekts ist es, mehr über wichtige Biomoleküle zu erfahren, einschließlich der Proteine, aus denen das neue Coronavirus besteht. Auf diese Weise können die Wissenschaftler entdecken, wie man Medikamente und Impfstoffe gegen das Coronavirus entwickeln kann. Rosetta@Home arbeitet auf der seit 2002 bestehenden offenen Infrastruktur für Netzwerk-Computing (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing, BOINC). BOINC ist quelloffen und wird hauptsächlich von der National Science Foundation finanziert.
In den letzten Tagen hat Rosetta@Home eine Welle neuer Freiwilliger erlebt, die großzügig die Nutzung ihrer ungenutzten Desktop-, Laptop- und Smartphone-Prozessoren spenden. Die Zahl der aktiven Benutzer hat sich verdoppelt, und vier der zehn outputstärksten Tage des Projekts sind erst in der letzten Woche entstanden. Diese Unterstützung treibt die Forschung über das neue Coronavirus am UW-Institut für Proteindesign und an anderen Universitäten voran.
Neue Freiwillige treten in den Dienst des Projekts
Um die Öffentlichkeit vor dem neuen Coronavirus zu schützen, musste das Phillip and Patricia Frost Museum of Science in Miami vorübergehend geschlossen werden. Das Museum beherbergt ein hochmodernes Planetarium, das von den Dell PowerEdge 7910-Servern des Frost-Planetariums, bestehend aus 168 Prozessoren, betrieben wird. Das Frost-Museum hat gerade kommuniziert, dass es seine freigewordene Rechenkraft großzügig für das Rosetta@Home-Projekt einsetzt.
"Als eine führende wissenschaftliche Einrichtung wollten wir einen Weg finden, die leistungsstarke Computertechnologie, die wir mit unserer Schließung ungenutzt gelassen hatten, wieder zu nutzen. Jetzt unterstützen wir aktiv bahnbrechende Forschung, die uns helfen wird, einige der größten Herausforderungen der Welt zu lösen, wie z.B. COVID-19. Jetzt müssen wir mehr denn je zusammenarbeiten und Wissenschaft und hochwertige Forschung an der Spitze unseres Denkens halten. Wir ermutigen andere, sich unserem Frost Science BOINC-Team anzuschließen und direkt von zu Hause aus zu helfen, etwas zu verändern", sagte Frank Steslow, Präsident und CEO von Frost Science.
Modus Create, eine multinationale Beratungsfirma, hat ebenfalls angekündigt, dass sie alle Computer-Ersatzteile an ihrem Hauptsitz in Reston, Virginia, sowohl für Rosetta@Home als auch für Folding@Home, ein ähnliches Projekt, spenden wird. "Der Einfallsreichtum der Menschheit zeigt sich oft am besten in Zeiten der Krise", schreiben sie. Wie viele Freiwillige hat auch Modus ein Team bei BOINC gebildet, das ihre Spenden organisiert. Es wurden über 11.000 solcher Teams gebildet, darunter viele aus Universitäten, Unternehmen und anderen Institutionen.
Es ist einfach, Rosetta@Home beizutreten
Der Beitritt zu Rosetta@Home ist einfach. Laden Sie zunächst die BOINC-Anwendung auf ein kompatibles Gerät (Windows, Mac, Linux oder Android) herunter. Wählen Sie dann Rosetta@Home als Ihr bevorzugtes Projekt aus. Das war's schon! Rosetta@Home ist nicht gewinnorientiert, wird von Akademikern betrieben und sammelt keine Ihrer persönlichen Daten. Folgen Sie dem Projekt auf Twitter für Updates: @RosettaAtHome
Wenn Rosetta@Home auf Ihren Geräten läuft, können Sie selbst im Schlaf einen Beitrag zur Wissenschaft leisten.
Originaltext:
Zitat von https://www.ipd.uw.edu/2020/03/volunteers-rally-to-rosettahome-to-stop-covid-19/
Kiva: Loans that change lives
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Anzahl Awards: 1901.04.2020, 19:49 #310 new tasks, Rosetta?
Anbei noch zwei kurze Meldungen aus dem Forum bezüglich der aktuellen Situation. Möglicherweise entspannt sich die Situation also schon im Laufe der Nacht.
0 new tasks, Rosetta?
Wir haben die Aktualisierung der Anwendung veröffentlicht und planen, morgen eine offizielle Ankündigung zu machen. Unsere Website wird jetzt ziemlich viel in Anspruch genommen, aber hoffentlich wird sich die Situation bald stabilisieren.
Originaltext
Zitat von https://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=13533&sort_style=6&start=225
In den letzten zwei Tagen wurden etwa 30.000 Host-Rechner zum Projekt hinzugefügt. Das ist zwar eine großartige Situation, aber sie verursacht auch einige zunehmende Schwierigkeiten. Rosetta wird nur die Arbeit schicken, für die es Freiwillige braucht. Es werden niemals Aufgaben geschickt, nur um die Ergebnisse anderer zu überprüfen oder um die Maschinen die Zahlen hochzählen zu lassen. Dadurch wird Ihre CPU für andere BOINC-Projekte, an denen Sie vielleicht beteiligt sind, verfügbar, anstatt sie beschäftigt zu halten, nur damit die Dinge scheinbar reibungslos ablaufen.
Im Laufe des Tages werden eine neue Anwendung und neue Arbeitseinheiten veröffentlicht. Vielen Dank für Ihren Beitrag zum Projekt.
Originaltext
Zitat von https://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=13680&postid=92900#92900
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Anzahl Awards: 1903.04.2020, 06:10 #32Rosetta@home: Hilfe im Kampf gegen COVID-19
Über Nacht sind nicht nur zehntausende WUs aufgetaucht, sondern auch ein neuer Beitrag, der die Arbeiten im Kampf gegen COVID-19 beschreibt und hier übersetzt wurde.
Hilfe im Kampf gegen COVID-19
Seit dem jüngsten Ausbruch von COVID-19 wurde R@h zur Vorhersage der Struktur von Proteinen verwendet, die für die Krankheit wichtig sind, sowie zur Herstellung neuer, stabiler Mini-Proteine, die als potenzielle Therapeutika und Diagnostika eingesetzt werden können, wie das hier abgebildete Protein, das an einen Teil des COVID-19-Spike-Proteins gebunden ist.
Um unsere Forschung zu unterstützen, freuen wir uns, ein neues Anwendungs-Update bekannt zu geben, und dank der Hilfe der ARM-Entwicklungsgemeinschaft, einschließlich Rex St. John, Dmitry Moskalchuk, David Tischler, Lloyd Watts und Sahaj Sarup, freuen wir uns, auch die Linux-ARM-Plattform mit aufzunehmen. Mit diesem Update werden wir weiterhin Proteinbinder für COVID-19 und verwandte Ziele unter Verwendung der neuesten Rosetta-Source entwickeln.
Vielen Dank an die freiwilligen Helfer von R@h für eure anhaltende Unterstützung dieses Projekts. Eure Rechenzeit wird nicht nur für die genaue Modellierung der Strukturen wichtiger Proteine, sondern auch für das Design neuer Proteine verwendet. Schließen wir uns zusammen und kämpfen wir gegen COVID-19!
Die primäre Art und Weise, wie Proteine miteinander interagieren, ist das Binden aneinander. Wie ihr vielleicht in der Grafikanwendung gesehen habt, gibt es Proteine in allen Formen und Größen. Aus diesem Grund binden die meisten Proteine nicht willkürlich aneinander, sondern nur sehr spezifisch an eine Handvoll anderer Proteine. Zum Beispiel bindet das virale Spike-Protein von COVID-19 an das menschliche ACE2-Protein, wodurch das Virus in die Zelle gelangt.
Das IPD hat hart daran gearbeitet, die Fähigkeit zur Gestaltung solcher Bindungsinteraktionen zu verbessern. Dieser Prozess beginnt mit der Schaffung eines Satzes von Gitternetzproteinen, die keinen anderen Zweck haben, als sich genau zu einer atomaren Struktur zu falten. Diese Gitter werden dann an ein Zielprotein von Interesse angedockt und ihre Oberflächen so gestaltet, dass sie das Ziel perfekt ergänzen. Abschließend werden die Designs analysiert, gefiltert und im Labor getestet.
Wir werden nun den Schritt des Oberflächendesigns mit R@h durchführen. Das Andocken und Filtern geht schnell, aber das eigentliche Proteindesign ist langsam. Wir werden die enorme Rechenleistung von R@h nutzen, um jede Aminosäure an jeder Stelle der Oberfläche zu testen. Dann werden wir die besten Kombinationen von Aminosäuren mit Hilfe von Abkühlungs- und Monte-Carlo-Simulationen auswählen. Eine große Anzahl von Simulationen ist der entscheidende Faktor für diesen Vorgang, und deshalb verwenden wir R@h.
Begleitet uns also in den kommenden Wochen bei der Herstellung von Proteinbindern für COVID-19 und verwandte Proteine. Wir werden immer noch Strukturvorhersagen und das Design von Strukturen durchführen, da diese auch für die Proteinforschung absolut entscheidend sind. Aber haltet Ausschau nach den Anwendungen für das Oberflächendesign, denn jemand könnte die nächste Therapie für COVID-19 entwickeln.
Und hoffentlich bleibt ihr dabei, wenn die Pandemie vorbei ist. Wir können nur deshalb solche Proteinbinder entwerfen, weil wir seit Jahren hart an diesem Problem arbeiten. Aber es liegt noch ein langer Weg vor uns. Die Weiterentwicklung der Wissenschaft erfordert Zeit und Rechenleistung, deshalb hoffen wir, dass ihr uns auf dieser aufregenden Reise begleiten werdet.
Originaltext:
Zitat von https://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=13702#93153
Geändert von Defender (03.04.2020 um 06:32 Uhr)
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03.04.2020, 11:29 #33
Ein größeres Paket mit 17 WUs ~371 mb (Junior_HalfRoid vs Covid-19 design + ein paar Covid-19 save all out).
Eigentlich kennt man es so, dass jede WU einen eigenständigen download bekommt, aber hier war alles in einem download drin.Mein PC >>>
CPU: Intel® Core™ i9-12900K UV - 8 / 16 P-Core 4,8 GHZ + 8 E-Core 3,8 GHZ. GPU: Zotac RTX 2080 AMP Edition, 32GB Ram...
Mein Samsung Note 9 Smartphone >>>
Samsung Exynos 9 Octa 9810, 4x 1,7 GHZ / 4x 2,7 GHZ, 6GB Ram...
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Anzahl Awards: 1905.04.2020, 20:21 #34Ralph@home: Hilfe beim Testen der neuesten Anwendungsversion gesucht
Ralph@home benötigt Unterstützung beim Testen der nächsten Anwendungsversion. Da das Hauptprojekt momentan wenig WUs hat, gibt es hier eine weitere Möglichkeit zu helfen.
Rosetta 4.13 und 4.14
Die COVID-19-bezogenen Aktualisierungen für die Rosetta-Versionen 4.13 und 4.14 (Linux) enthalten neue Zielenergie- und Faltungsoptionen zur Verbesserung des Interface-Design-Protokolls. Sie ermöglicht die Durchführung von Messungen mit dem ACE2-Bindungshelix-Motiv, das zusammen mit dem Faltungsziel festgelegt wird, sowie eine schnelle Prüfung des Energiezustands. Erfolgreiche Proteinbinder, die dieses Protokoll verwenden, werden bereits im Nasslabor getestet und optimiert, aber dies wird es uns ermöglichen, viel mehr Kandidaten zu entwerfen, um unsere Chancen zu erhöhen, erfolgreiche Proteinbinder mit den vielversprechendsten Eigenschaften zu entwerfen.
Bitte teilt diese Informationen, um unsere Ralph@home-Tests für diese Anwendung zu unterstützen. Eine breite Vielfalt von verschiedenen Plattformen ist erwünscht. Danke!
Originaltext:
Zitat von https://ralph.bakerlab.org/forum_thread.php?id=839&postid=6672#6672
Geändert von Defender (05.04.2020 um 20:28 Uhr)
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Anzahl Awards: 1919.04.2020, 07:30 #35Rosetta@home: Anpassungen bezüglich COVID und anderer großer Proteine
Rosetta@home nimmt künftig nun auch große Proteine mit bis zu 2000 Aminosäuren (hier ein Beispiel mit 1273 Gliedern) ins Visier und veranschlagt dafür bis zu 4 GB RAM.
Rosetta@home: Anpassungen bezüglich COVID und anderer großer Proteine
Ich wollte versuchen, allen bewusst zu machen, dass das Projekt einige der größten Protein-WUs vorbereitet, die jemals auf R@h liefen. Diese werden pro Modell viel länger brauchen als kleinere Proteine. Das wird es sehr schwierig machen, die "geschätzte verbleibende Laufzeit" genau darzustellen. Es wird die Wahrscheinlichkeit erhöhen, dass Aufgaben länger laufen als eure WU-Laufzeitpräferenz vorgibt, insbesondere wenn ihr eine Laufzeitpräferenz habt, die weniger als die 8 Stunden Standardlaufzeit beträgt. Um dem Rechnung zu tragen, wird der Watchdog länger ruhen als früher und nur WUs beenden, die mehr als 10 CPU-Stunden länger als die Laufzeitpräferenz gelaufen sind.
Diese lang laufenden Modelle werden zu einem hohen Grad an Laufzeitschwankungen zwischen den einzelnen Aufgaben führen. Es kann vorkommen, dass eine Aufgabe fast doppelt so viel Punkte erhält wie eine andere. Das liegt daran, dass sie zwei Modelle ausgeführt hat, anstatt eines. Die Gutschrift sollte im Allgemeinen proportional zur Menge der in die Aufgabe investierten CPU-Zeit sein.
Diese hohe Variation in der Laufzeit wird eine Herausforderung für den BOINC-Manager bei der Entscheidung darstellen, wie viel Arbeit er anfordern sollte. Ihr könnt dem BOINC-Manager helfen, zu viel Arbeit zu vermeiden, wenn ihr euren Arbeitspuffer auf unter einen Tag begrenzt.
Außerdem haben einige von euch kürzlich Arbeitseinheiten gemeldet, die vor ihrer Laufzeitpräferenz abgeschlossen wurden. Dies wird auch bei diesen lang laufenden Modellen häufiger vorkommen. Wenn ihr z.B. die standardmäßige Laufzeitpräferenz von 8 Stunden habt und das erste Modell 5 Stunden für die Fertigstellung benötigt, dann wird es nach 5 Stunden aufhören und zurück gemeldet, weil ein zweites Modell die Präferenz überschreiten würde. Das Projektteam zieht es vor, dass ihr die Laufzeitpräferenz nicht ändert, was derzeit zu 8 Stunden Laufzeit führt. Wenn diese hohen Laufzeitschwankungen euch jedoch Probleme bereiten, möchte ich darauf hinweisen, dass die Einstellung einer längeren Laufzeitpräferenz im Allgemeinen zu konsistenteren Bearbeitungszeiten führt. Beachtet einfach, dass Änderungen der Laufzeitpräferenz sowohl auf bestehende heruntergeladenen Arbeitseinheiten als auch auf neue Arbeitsanforderungen angewendet werden. Daher schlage ich immer vor, Änderungen nur dann vorzunehmen, wenn ihr einen kleinen Arbeitspuffer habt, und die Laufzeitpräferenz nur um kleine Schritte auf einmal zu ändern, damit der BOINC-Manager Zeit hat, die WUs mit den neuen Laufzeiten fertiggestellt zu sehen. Dies hilft ihm dabei, die Menge an Arbeit anzufordern, die euren Präferenzen entspricht.
Die Arbeitseinheiten, auf denen sehr kurze Modelle liefen und die enden, wenn sie 1.000 Modelle (vor ihrer Laufzeitpräferenz) oder andere sehr runde Zahlen erreicht haben, wurden angepasst, um eine größere maximale Anzahl von Modellen zu ermöglichen. Dies wird helfen, eure vorgegebene Laufzeitpräferenz einzuhalten und die zusätzliche Zeit zu nutzen, um mehr Modelle zu berechnen. Dies wird dazu beitragen, dass die Laufzeiten dieser Art von Arbeitseinheiten konsistenter sind.
Originaltext:
Zitat von https://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=13826#94811
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Anzahl Awards: 1319.04.2020, 07:45 #36Aber bis zu 4GB ist schon knackig. Wenn ich bei zwei davon gleichzeitig rechne, ist mein 24/7 Cruncher schon ausgelastet. Diese Art der WU hätte man wählbar machen müssen.
Aufgrund der allgemeinen Laufzeitschätzungsproblematik bei Rosetta, hab ich meinen Bunker schon unter 1 Tag gesetzt. Die WU-Versorgung läßt das nun auch wieder zu.Ciao Norman
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19.04.2020, 16:57 #37
Im Speziellen sind es die "rb_04_***"-WU, die sich gern 3-4GB/WU genehmigen und Rechner, die mit 2GB/WU kalkuliert wurden, an die Kotz... ääähmmm Schmerzgrenze bringen.
Ich habe (Rosetta möge mir das bitte verzeihen) bereits seit einigen Tagen, in den meisten Fällen, wenn ich eine solche WU bekam, prophylaktisch die Reißleine gezogen und sie wieder heim zu Mutti geschickt.
Denn ab und an wäre ein wenig arbeiten an den Rechnern schon gewünscht. Und Zeitlupe und/oder Standbild kostet schon etwas Nerven.Gruß Mario
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Anzahl Awards: 1019.04.2020, 17:30 #38Rosetta mutet seinen Teilnehmern aktuell schon ziemlich viele händische Interventionen zu.
Deshalb habe ich dort auch nur die Rechner laufen, die ich im direkten Zugriff habe.
Ein etwas sorgloseres Crunchen wie bei WCG wäre nett...
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Anzahl Awards: 1519.04.2020, 17:52 #39Also ich habe Rosetta auf 12 Stunden gesetzt und lasse all Threads Arbeiten. RAM ist meist 32 GB bzw, 64 GB. nachdem es mal mit der WU Versorgung lief habe ich keinerlei Probleme.
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Anzahl Awards: 1819.04.2020, 17:56 #40Ich habe 2 Stunden eingestellt und muss nur aufpassen das ich nicht zu viele bekomme.
Einmal am Tag mache ich das.
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Anzahl Awards: 1020.04.2020, 08:39 #41Im Rosetta Forum werden gerade Bonus-Credits für die neuen "großen" Workunits diskutiert.
Habe meinen Senf auch dazu gegeben.
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27.06.2020, 06:43 #42Nicht von der Homepage, sondern von Twitter:
Zitat von @RosettaAtHome
Zitat von @RosettaAtHome
Geändert von xii5ku_AT (27.06.2020 um 06:52 Uhr)
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Ein neuer Artikel in der Fachzeitschrift Science beschreibt die Entwicklung von Miniproteinen, die an die "Spitzen" des Coronavirus SARS-CoV-2 ankoppeln und dadurch dessen Bindung an das menschliche Enzym ACE2 verhindern können. Solche Hemmstoffe können vor oder in der Frühphase einer Infektion die Vermehrung des Virus verhindern und daher beispielsweise in prophylaktischen Medikamenten für medizinisches Personal mit Kontakt zu potentiellen Covid-19-Patienten Anwendung finden. Rosetta@home spielte beim Finden dafür geeigneter Gerüstproteine eine Rolle. David Baker beschreibt die Vorgehensweise bei der Forschung recht allgemeinverständlich (allerdings in englischer Sprache) in einem Video (dessen Einbettung in die Originalnachricht des Projekts leider auch störende Auswirkungen hatte).
Neues zum Coronavirus von David Baker. Danke euch allen für eure Beiträge!
Hier ist ein kurzes Video, in welchem David Baker einige spannende Ergebnisse der auf SARS-CoV-2 abzielenden Wirkstoffentwicklung beschreibt.
Danke euch allen für eure Beiträge zu dieser Forschung! Zwar wurde R@h nicht direkt für die in der (unten verlinkten) Veröffentlichung beschriebene Arbeit verwendet, aber R@h wurde zum Optimieren dafür relevanter Gerüstproteine verwendet. Außerdem gibt es derzeit mehrere vergleichbare Optimierungen, die an SARS-CoV-2 und verwandte Ziele binden und mit R@h entwickelt wurden.
https://www.youtube.com/embed/ODEIN5V3yLg (engl.)
Weiterführende Informationen sind in der Veröffentlichung De novo design of picomolar SARS-CoV-2 mini protein inhibitors (engl., Neuschöpfung pikomolarer Miniprotein-Hemmstoffe für SARS-CoV-2) zu finden.
22.09.2020, 00:16:33 MEZ
Originaltext:
Zitat von https://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=14226
Gruß
Patrick
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Anzahl Awards: 1707.07.2022, 10:03 #45COVID-19-Impfstoff mit Nanopartikeln zugelassen
Seit letzter Woche ist in der Republik Korea der am Institut für Proteindesign (IPD) der University of Washington entwickelte Protein-Impfstoff gegen COVID-19 zugelassen, über den Rosetta@home vor einem Jahr berichtete.
COVID-19-Impfstoff mit IPD-Nanopartikeln erhält endgültige Zulassung im Ausland
Das IPD freut sich, sein erstes Medikament auf Basis entworfener Proteine mit vollständiger Zulassung im Ausland bekanntzugeben.
Glückwunsch und danke an alle Rosetta@home-Teilnehmer! Eure Berechnungen haben bei den Herausforderungen der Protein-Neuschöpfung wie Impfstoffentwicklung sehr geholfen und zu Durchbrüchen wie diesem geführt.
Weitere Informationen sind in dieser Nachricht des IPD (engl.) zu finden.
Außerdem gibt es hier ein Video (engl.).
Von der IPD-Nachrichtenseite:
- laut klinischen Studien übertrifft der Impfstoff die Wirksamkeit des Oxford/AstraZeneca-Impfstoffs
- der proteinbasierte Impfstoff, der nun SKYCovione heißt, muss nicht tiefgekühlt werden
- die University of Washington wird für die Dauer der Pandemie keine Lizenzgebühren erheben
- Südkorea wird 10 Millionen Dosen zur Verwendung im Inland kaufen
Ein an der Medizinischen Fakultät der University of Washington (UW) entwickelter COVID-19-Impfstoff wurde vom koreanischen Ministerium für Ernährung und Medikamentensicherheit für Personen ab einem Alter von 18 Jahren zugelassen. Der Impfstoff, der nun SKYCovione heißt, wurde für wirksamer als der Oxford/AstraZeneca-Impfstoff, der unter den Markennamen Covishield und Vaxzevria vertrieben wird, befunden.
SK bioscience, die Firma, welche die klinische Entwicklung von SKYCovione im Ausland leitete, bemüht sich jetzt um die Zulassung im Vereinigten Königreich und darüber hinaus. Falls der Impfstoff von der Weltgesundheitsorganisation zugelassen wird, wird er über COVAX zur Verfügung stehen, einer internationalen Initiative zur gerechten weltweiten Verteilung von COVID-19-Impfstoffen. Zusätzlich hat die südkoreanische Regierung 10 Millionen Dosen zur Verwendung im Inland gekauft.
Die Wissenschaftler in Seattle hinter dem neuen Impfstoff bemühten sich um die Entwicklung eines COVID-19-Impfstoffs der "zweiten Generation", der sicher, bei geringer Dosierung wirksam, einfach herstellbar und stabil ohne Tiefkühlung ist. Diese Eigenschaften könnten eine weltweite Impfung ermöglichen, da auch Menschen in Gebieten mit eingeschränkter medizinischer Versorgung, Transport- und Aufbewahrungsmöglichkeiten erreicht werden können.
"Wir wissen, dass weltweit mehr als zwei Milliarden Menschen noch keine einzige Impfdosis erhalten haben", sagte David Veesler, Professor für Biochemie an der Medizinischen Fakultät der UW und Mitentwickler des Impfstoffs. "Falls unser Impfstoff über COVAX verteilt wird, ermöglicht das, Menschen zu erreichen, die Zugang dazu brauchen."
Die University of Washington lizenziert die Impfstofftechnologie für die Dauer der Pandemie ohne Gebühren.
Nochmals Glückwunsch und danke an alle R@h-Teilnehmer!
06.07.2022, 19:27:59 MEZ
Originaltext:
Zitat von https://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=15029
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Patrick
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Anzahl Awards: 1715.03.2023, 15:21 #46neue Rosetta-Version veröffentlicht
Eine neue Version der nativen Rosetta-Anwendung wurde beim Testprojekt Ralph@home ausgerollt, allerdings gab es noch fast keine WUs dafür.
Rosetta 4.23 zum Testen veröffentlicht
Die Rosetta-Anwendung wurde aktualisiert, um ein Protokoll namens GALigandDock einzubauen, welches dafür verwendet werden wird, eine extrem große Bibliothek von kleinen Molekülen auf der Suche nach Arzneimitteln zu durchsuchen. Bitte meldet etwaige Probleme in diesem Diskussionsthread: https://ralph.bakerlab.org/forum_thread.php?id=892 (engl.)
10.03.2023, 23:16:18 MEZ
Originaltext:
Zitat von https://ralph.bakerlab.org/forum_thread.php?id=893
Gruß
Patrick
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Anzahl Awards: 1728.03.2023, 11:16 #47aktualisierte Version der Rosetta-Anwendung mit Fehlerbehebung
Ralph@home testet eine weitere neue Version der Rosetta-Anwendung, welche Probleme mit der zuvor getesteten Version beheben soll.
Rosetta 4.24 zum Testen veröffentlicht
Die Rosetta-Anwendung wurde aktualisiert, um mit Version 4.23 beobachtete Fehler zu beheben. Bitte meldet etwaige Probleme in diesem Diskussionsthread: https://ralph.bakerlab.org/forum_thread.php?id=894 (engl.)
28.03.2023, 7:15:41 MEZ
Originaltext:
Zitat von https://ralph.bakerlab.org/forum_thread.php?id=895
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