News von der Rosetta-HP

[Major]

Ich mache mal einen Extra-Thread auf, damit die News nicht immer in anderen, "allgemeinen" Threads untergehen

Sept 1, 2010
As many of you have already noticed, we are experiencing some issues with our work unit generators. We are working on a fix right now and will hopefully be back up to speed soon. Thanks for your patience.

Versuch einer Übersetzung:

Wie viele von euch schon bemerkt haben, haben wir einige Probleme mit unseren WU-Generatoren. Wir arbeiten bereits an einer Lösung und werden hoffentlich bald wieder beschleunigen können (die Generierung der WUs .... nehme ich an ). Vielen Dank für Eure Geduld.

Dann drücke ich mal die Daumen

[Major]

Oct 1, 2010
A few days ago our main filesystem went down but we are finally back to normal operation. Sorry for any inconvenience.

Also scheinen die Jungs bei Rosetta ihr SAN inzwischen wieder in Griff bekommen zu haben und zum Normalbetrieb zurückgekehrt zu sein.

[Major]

ist zwar jetzt nicht mehr ganz "new" aber ...

Jan 13, 2011
As many of you are probably aware of already, we've been working hard to try to resurrect the project with the resources we have at hand. Today we replaced a very small temporary disk with a larger 3TB one that we received from the vendor a few days ago. With this disk in place we should soon be back up and running. We have yet to restore data from jobs before the disk failure so these older jobs will still be pending. However, all pending jobs will eventually be granted credit. The good news is that the data from the failed disk has been recovered and we are currently copying it to the new disk. Thank you all for your patience.

Wie viele von euch wahrscheinlich bereits wissen, haben wir hart gearbeitet, um das Projekt mit den Ressourcen, die wir zur Hand haben wiederzubeleben. Heute haben wir eine sehr kleine temporäre Disk mit einer größeren 3TB ersetzt, die wir vor ein paar Tagen vom Lieferanten erhalten haben. Mit dieser Disk sollten wir bald wieder zurück und am Laufen sein. Wir sind noch dabei die Daten von vor dem Festplattenausfall wiederherzustellen, so dass diese älteren Jobs noch weiter im pending verbleiben werden.
Allerdings werden für alle ausstehenden WUs letztendlich Kredit gewährt werden. Die gute Nachricht ist, dass die Daten von der defekten Platte wiederhergestellt werden konnten und wir sie derzeit auf die neue Festplatte kopieren.
Ich danke euch allen für eure Geduld.

[Major]

Jun 20, 2017
Outage notice. The project will be down for a day or so starting tomorrow as we transition to new servers using the latest BOINC server software.

Rosetta überrascht mich auch nach Jahren noch !!! Will man doch tatsächlich auf die neueste BOINC-Server-Software upgraden.


Dann ist es ja wohl nur noch Yoyo, wo mit einer Steinzeit-Version gearbeitet wird ...

[Major]

Es scheint etwas länger zu dauern als vorher erwartet, aber man ist optimistisch

Jun 21, 2017
We are still transferring data to our new hardware but it should be finished today and the new servers and web site should be online soon. Thanks for your patience.

- - - Aktualisiert - - -

Sie haben es geschafft !!

Und ein erster Blick auf die neue Seite: WOW !!!

[HeNiNnG]

Und ein erster Blick auf die neue Seite: WOW !!!

Forbidden

You don't have permission to access / on this server.

Siehst du etwa etwas anderes? Oder wird noch (wieder) gearbeitet? ^^

- - - Aktualisiert - - -

Wir haben mal etwas geforscht: Wenn man über Google geht, landet man auf https://boinc.bakerlab.org/ <-- da kommt die Meldung, dass es nicht erlaubt ist die Website zu betreten.
Funktionieren tut der Link erst, wenn man das https in ein http umwandelt: http://boinc.bakerlab.org/

Für den unbedarften Neuling also erstmal blöd, wenn man von Google aus auf einer scheinbar kaputten Website landet. Aber vielleicht wird das ja noch angepasst. Die Website ist ja gerade erst wieder online.

[pschoefer]

Schön, dass es endlich geklappt hat, die neue Serversoftware sollte nun auch viel besser mit aktuellen Clients und so modernen Dingen wie CPUs, die mehrere WUs gleichzeitig bearbeiten können, klarkommen.

Noch die Meldung dazu aus den Projektnachrichten:

Willkommen auf unserer aktualisierten Webseite!
Nach mehreren Jahren des Betriebs freuen wir uns, bekanntzugeben, dass unsere alte Webseite und die alten Server abgeschaltet wurden und wir endlich unsere neue Webseite mit Unterstützung der neuesten BOINC-Software und neuer Hardware veröffentlicht. Alles ist neu und modernisiert.

Wenn ihr Kommentare habt oder Probleme mit der neuen Webseite melden möchtet, postet eure Rückmeldung bitte in diesen Thread.
23.06.2017, 5:17:54 MEZ

Originaltext:

Welcome to our updated website!
After many years of service, we are happy to announce that our old website and servers have been retired and we have finally released our new website powered by the latest BOINC software and new hardware. Everything is new and modernized.

If you have any comments or would like to report any issues regarding the new website please post your feedback in this thread.
23 Jun 2017, 4:17:54 UTC

[Dennis-TW]

Schön, dass es endlich geklappt hat, die neue Serversoftware sollte nun auch viel besser mit aktuellen Clients und so modernen Dingen wie CPUs, die mehrere WUs gleichzeitig bearbeiten können, klarkommen.

Oder auch nicht.

Da es mir hier in Deutschland ständig so verflucht kalt ist, wollte ich mich und mein Notebook mit ein paar Rosetta WUs wärmen. Gibt aber wohl gerade das Problem, dass einige Clients trotz vorhandenem Account Rosetta nicht hinzufügen können. Problem ist bekannt.

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Edit: Funktioniert wieder!

[Defender]

Rosetta@home hat an einigen Publikationen mitgewirkt. Herzlichen Glückwunsch und vielen Dank dafür!

Im Nature Magazin: 20.000 neue Heilmittelkandidaten. Neue "Mini-Protein"-Binder wurden nach de novo-Art synthetisiert und haben sich im Versuch an Mäusen als wirkungsvoll gegen tödliche Viren und starke Gifte erwiesen. Lies mehr.



Sensoren für das starke Opiod Fentantyl. Mit Hilfe des vollautomatischen Rosetta Designprozesses ist es gelungen, hochempfindliche Sensorproteine zu entwickeln, die Fentanyl am Ort der Enstehung detektieren können. Lies mehr.



Im Science-Magazin: Datenbasiertes Proteindesign. Diese Arbeit ermöglicht das langgehegte Ziel, den Abstand zwischen dem Proteindesign am Computer und der experimentellen Synthese im Labor weiter zu verkleinern und hat das Potential, die rechenkraftbasierte Strukturvorhersage zu einer datenbasierten Vorhersage zu machen. Anstelle der Untersuchung von tausenden komplexen Proteinen zum besseren Verständnis des Faltungsvorgangs wurden über 15.000 neue, simplere Proteine synthetisiert - alle durch Rosetta designt. Algorhythmen, die in multiplen Versuchsreihen zu einer erfolgreichen Faltung führten, wurden in den Prozess des Proteindesigns integriert. Lies mehr.

In Nature: building 20,000 new drug candidates. New de novo designed "mini-protein" binders were custom built to target either a deadly virus or a potent toxin and were shown to afford protection to mice. Read more.

Sensors for the potent opioid fentanyl. Using a fully-automated Rosetta design pipeline, high-affinity fentanyl sensors capable of detecting environmental fentanyl were produced. Read more.

In Science: data-driven protein design. This work achieves the long-standing goal of a tight feedback cycle between computation and experiment and has the potential to transform computational protein design into a data-driven science. Rather than observing thousands of complex natural proteins to try to deduce their folding rules, over 15,000 new, simpler proteins were built – all designed using Rosetta. Through multiple design rounds, features that led to successful folding were learned and incorporated into the design pipeline. Read more.

[Defender]

Glückwunsch und Danke! "Chemical and Engineering News" hat unsere Arbeit als Forschungsbeitrag des Jahres gewürdigt. Eure Unterstützung sorgte für einen Großteil der Rechenkraft, die nötig war um das möglich zu machen. Danke!

Computerbasierte Forschung erreicht neuen Meilenstein

Computer sind schon seit Dekaden an wissenschaftlichen Entdeckungen beteiligt. Dieses Jahr jedoch haben einige Entwicklungen in den Bereichen Machine Learning und Quantencomputing für Durchbrüche gesorgt.

Während Forscher diese Fortschritte nutzen um Probleme der Grundlagenforschung zu lösen, formen Chemiekonzerne wie BASF und Dow Chemical Allianzen mit Computerriesen wie IBM und Hewlett Packard Enterprise um diese Entwicklungen zur kommerziellen Marktreife zu führen.

Das Machine Learning setzt auf Algorithmen, die es Computern erlauben über das Abarbeiten von Befehlen hinauszugehen, Entscheidungen zu treffen, von diesen zu "lernen" und Vorhersagen auf Basis großer Datensätze zu treffen. Programme zur Sprach- und Gesichtserkennung, Spamfiltrierung und Wettervorhersage nutzen diese Algorithmen bereits.

Im Bereich der chemischen Forschung berichtet die Arbeitsgruppe von David Baker an der University of Washington den Einsatz solcher Algorithmen zur Vorhersage der dreidimensionalen Struktur von 600 bisher unbekannten Proteinfamilien (Science 2017, DOI: 10.1126/science.aah4043). Ein internationales Forschungsteam nutze diese Methode um den Geruch einer chemischen Verbindung auf Basis seiner molekularen Struktur vorherzusagen. Diese Fortschritte vergrößern unser Wissen über den Geruchssinn und könnten eines Tages in der Parfumindustrie zur Anwendung kommen (Science 2017, DOI: 10.1126/science.aal2014). Das Machine Learning brachte auch Fortschritte in der Berechnung molekularer Elektronenstrukturen auf eine Art und Weise, die große Teile aufwändiger Computerberechnung einspart (Nat. Commun. 2017, DOI: 10.1038/s41467-017-00839-3).

Während einige Forscher die Vorhersagefähigkeiten mit Hilfe traditioneller Computer voranbringen, forschen Wissenschaftler bei IBM, Microsoft und Google an Quantencomputern. Im Gegensatz zu traditionellen Computern, die Transistoren und Speicherzellen zur Darstellung von Rechenoperationen verwenden, verwenden Quatencomputer sogenannte Qubits um Ladungszustände kleinster Elementarteilchen zu kontrollieren und damit für gezielte Rechenoperationen verwendbar zu machen.

Diese Strategie sollte es Quantencomputern ermöglichen, Eigenschaften komplexer Moleküle zu berechnen, für die konventionelle Computer bisher zu wenig Rechenkraft besitzen. Bisher ist es jedoch noch zu keiner Anwendung gekommen. Einen Meilenstein erreichten Forscher von IBM jedoch dieses Jahr, als sie erstmal einen 7-Qubit-Quantencomputer für die Berechnung der Struktur von Lithiumhydrid und Berylliumhydrid nutzen. Das waren die ersten Berechnungen von Molekülen, die Atome größer als die von Wasserstoff und Helium enthalten - auf einem Quantencomputer (Nature 2017, DOI: 10.1038/nature23879).


Originaltext:

Congrats and thank you! Chemical and Engineering News has highlighted our work for research of the year. Your contributions provided much of the computing to make this possible. Thank you!

Computer-driven research reached new milestones

Computers have been powering scientific discovery for decades. But this year, several developments in machine learning and quantum computing raised the bar substantially.

As academic researchers exploited the advances to tackle problems in basic science, chemical companies including BASF and Dow Chemical formed alliances with computer giants such as IBM and Hewlett Packard Enterprise to capitalize on the advances for commercial applications.

Machine learning refers to algorithms that enable computers to go beyond rigid programming instructions and “learn” from and implement decisions and make predictions on the basis of large sets of data. Programs for voice and face recognition, spam email filtration, and weather forecasting use such algorithms.

On the chemistry front, David Baker of the University of Washington and coworkers reported using this technique to determine the three-dimensional conformations of 600 families of proteins for which structures had been unknown (Science 2017, DOI: 10.1126/science.aah4043). And an international team used the method to enable computers to predict a compound’s scent on the basis of its molecular structure. That advance broadens understanding of olfaction and one day may benefit the fragrance industry (Science 2017, DOI: 10.1126/science.aal2014). Machine-learning strategies also made headway in calculating molecular electronic structures in a manner that bypasses the most computationally intense aspects of density functional theory (Nat. Commun. 2017, DOI: 10.1038/s41467-017-00839-3).

As some researchers pushed the chemistry-predicting capabilities of traditional computers, scientists at IBM, Microsoft, and Google pushed forward with quantum computers. Unlike conventional machines, which use transistors and memory cells to process ones and zeros that approximate electron wave functions, quantum computers use magnetic elements or other types of two-state quantum systems, known as qubits, to represent wave functions as superpositions of electron energies and states.

That strategy should enable quantum computers to calculate properties of complex molecules that conventional computers are not powerful enough to address. This feat has not yet been demonstrated. Nonetheless, researchers at IBM reached a milestone this year by using a 7-qubit quantum computer to calculate the ground-state energies of lithium hydride and beryllium hydride. These were the first calculations of molecules containing atoms larger than hydrogen and helium using quantum computing (Nature 2017, DOI: 10.1038/nature23879).

[Defender]

Aktuelle Publikationen aus dem Bereich Wissenschaft und Naturwissenschaften. Glückwunsch!

Zwei Forschungspublikationen wurden letzte Woche in den Magazinen Science und Nature veröffentlicht. Die Science-Publikation beschreibt Arbeiten, die sich auf Berechnungen von Rosetta@home stützten, von denen die meisten von Android-Geräten stammten. Die Nature-Publikation verwendete Rosetta@home aufgrund der Größe der Entwürfe nicht direkt, sondern Rosetta. Herzlichen Glückwunsch und vielen Dank für Ihre Beiträge!


Umfassendes rechnerisches Design geordneter Peptidmakrozyklen. Wie im Abstract beschrieben, wurden makrozyklische Peptide, die aus L- und D-Aminosäuren zusammengesetzt sind, durch eine nahezu vollständige Stichprobenziehung des Rückgrats entworfen, gefolgt von Sequenzdesign und Energieberechnungen. Mehr als 200 Designs wurden korrekt vorhergesagt, um sich in einzelne stabile Strukturen zu falten, ein Vielfaches mehr als die Anzahl der derzeit verfügbaren ungebundenen Peptid-Makrozyklus-Strukturen. Kernspinresonanzstrukturen von 9 der 12 entworfenen 7- bis 10-gliedrigen Makrozyklen und drei 11- bis 14-gliedrigen bicyclischen Designs liegen nahe bei den Berechnungsmodellen. Die Ergebnisse liefern eine nahezu vollständige Abdeckung des reichhaltigen Raums an Strukturen, die für kurze Peptidmakrozyklen möglich sind und erhöhen die verfügbaren Ansatzpunkte für rationales Arzneimitteldesign und Datenbankarbeiten erheblich.

Lesen Sie mehr

Evolution einer entworfenen Protein-Baugruppe, die ihr eigenes RNA-Genom verkapselt. Wie im Abstract beschrieben, wurden synthetische Nukleokapside, die aus ikosaedrischen Proteingruppen mit positiv geladenen Innenflächen bestehen, rechnerisch konstruiert. Die Fähigkeit dieser Nukleokapside, virenähnliche Eigenschaften zu entwickeln, indem sie diversifizierte Populationen erzeugen und für eine verbesserte Genomverpackung und Eignung gegen Nukleaseanfälligkeit auswählen, wurde ebenfalls untersucht. Die Ergebnisse zeigen, dass es einfache evolutionäre Pfade gibt, über die Protein-Baugruppen virusähnliche Genomverpackungen und -schutz erwerben können. Die Fähigkeit, synthetische Nanomaterialien rechnerisch zu entwerfen und durch Evolution zu optimieren, ermöglicht nun einen komplementären Bottom-up-Ansatz mit erheblichen Vorteilen in der Programmierbarkeit und Kontrolle.


Originaltext:

Recent Science and Nature publications. Congrats!

Two research publications were released last week in Science and Nature. The Science publication describes work which relied on computations from Rosetta@home most of which were from Android devices. The Nature publication did not directly use Rosetta@home due to the large size of the designs but used Rosetta. Congrats and thank you for your contributions!


Comprehensive computational design of ordered peptide macrocycles. As described in the abstract, macrocyclic peptides composed of l- and d-amino acids were designed by near-exhaustive backbone sampling followed by sequence design and energy landscape calculations. More than 200 designs were predicted to fold into single stable structures, many times more than the number of currently available unbound peptide macrocycle structures. Nuclear magnetic resonance structures of 9 of 12 designed 7- to 10-residue macrocycles, and three 11- to 14-residue bicyclic designs, are close to the computational models. The results provide a nearly complete coverage of the rich space of structures possible for short peptide macrocycles and vastly increase the available starting scaffolds for both rational drug design and library selection methods.

Read more from UW Medicine News.

Evolution of a designed protein assembly encapsulating its own RNA genome. As described in the abstract, synthetic nucleocapsids composed of icosahedral protein assemblies with positively charged inner surfaces were computationally designed. The ability of these nucleocapsids to evolve virus-like properties by generating diversified populations and selecting for improved genome packaging and fitness against nuclease challenge was also explored. The results show that there are simple evolutionary paths through which protein assemblies can acquire virus-like genome packaging and protection. Considerable effort has been directed at ‘top-down’ modification of viruses to be safe and effective for drug delivery and vaccine applications; the ability to design synthetic nanomaterials computationally and to optimize them through evolution now enables a complementary ‘bottom-up’ approach with considerable advantages in programmability and control.

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Wissenschaftler erschaffen künstliche Proteine

Der menschliche Körper bildet zehntausende verschiedene Proteine, jedes mit einer eigenen Aufgabe. Nun haben Wissenschaftler einen Weg gefunden Proteine zu designen, die in der Natur nicht vorkommen...



Originaltext:

Scientists Are Designing Artisanal Proteins for Your Body

The human body makes tens of thousands of cellular proteins, each for a particular task. Now researchers have learned to create custom versions not found in nature...

[Defender]

Nach den großen Veränderungen im letzten Jahr beginnt das neue Jahr mit einer weiteren, weitreichenden Änderung:

Änderung der Deadlines

Aufgrund einer Zusammenarbeit mit dem SSGCID wird es nun grundsätzlich nur noch WUs mit einer Deadline von drei oder acht Tagen geben. Die WUs mit einer Deadline von drei Tagen werden bevorzugt freitags verteilt. (Also Freitag Abend europäischer Zeit, Anm. d. Übers.)

Originaltext:

It's likely due to modelling we are doing for a collaboration with SSGCID. A mixture of 8-day and 3-day deadlines is now the normal for the project. Generally the 3-day deadlines are seen Friday through the weekend.

[lugu]

[...] are seen Friday through the weekend.

Genauer: freitags und über das Wochenende verteilt = von Freitag bis Sonntag

[Defender]

Freitags werden die WUs eingereiht und dann möglichst schnell verteilt. Das kann durchaus auch mehrere Tage dauern, aktiv gearbeitet wird aber auch im Bakerlab nicht am Wochenende.

[lugu]

Unterschätz da mal die Amis nicht!

Es ging in der Meldung ja darum, wann die WUs ausgegeben werden. Und "Friday through the weekend" bedeutet da halt eher, dass es Freitag losgeht und dann halt das ganze Wochenende dauern kann. (Also im Grunde sind wir uns einig... ^^)

[Defender]

Lest bei Bloomberg einen neuen wissenschaftlichen Artikel über die Wissenschaft hinter dem Projekt Rosetta@home, Proteintechnik und David Baker mit dem Titel "Proteintechnik kann die Zukunft der Wissenschaft sein".



Originaltext:

Checkout a recent Bloomberg science opinion article about some of the science behind this project, protein engineering, and David Baker, titled Protein Engineering May Be the Future of Science.

[Defender]

Das Institute for Protein Design (IPD) an der University of Washington hat vom Open Philanthropy Project 11,3 Millionen Dollar erhalten, um die technologische Revolution des Instituts im Proteindesign zu unterstützen und die Arbeit an der Entwicklung eines universellen Grippeimpfstoffs zu unterstützen.

Die Zuwendung besteht aus zwei Teilen:

• 5,6 Millionen Dollar für die Weiterentwicklung von Rosetta, der ursprünglich bei UW entwickelten Softwareplattform für Proteindesign.
• 5,7 Millionen Dollar für das Programm des Instituts zur Entwicklung eines universellen Grippeimpfstoffs.

"Wir freuen uns, die Wissenschaft auf eine Art und Weise voranzubringen, die es bisher noch nicht gegeben hat - mit Proteinen, die für das Leben unentbehrlich sind. Diese Zuwendung erkennt an, dass UW Medicine an vorderster Front bei der Erschließung der Schlüssel zur Verwendung von Proteinen in medizinischen Einrichtungen steht", sagt Chris Somerville, Program Officer for Scientific Research am Open Philanthropy Project. "Der universelle Grippeimpfstoff ist eine harte Nuss, aber David Baker hat die Fähigkeit bewiesen, Pionierarbeit für lebensverändernde wissenschaftliche Forschung zu leisten. Es ist aufregend, dass, ob ein universeller Grippeimpfstoff entwickelt wird oder nicht, diese Zuwendung Techniken und Technologien entwickeln wird, die die Wissenschaft voranbringen und eine große Vielfalt von Anwendungsmöglichkeiten in Medizin und Industrie ermöglichen wird".

Proteine sind die Arbeitspferde aller Lebewesen und erfüllen die Anweisungen der DNA. Vorhandene Proteine sind die Produkte von Milliarden von Jahren Evolution und erfüllen alle wichtigen Funktionen in unserem Körper - sie verdauen Nahrung, bauen Gewebe auf, transportieren Sauerstoff durch die Blutbahn, teilen Zellen, befeuern Neuronen und treiben Muskeln an.

"Dieses Geschenk beschleunigt eine technologische Revolution in der Entwicklung von Proteinen. Unser Team kann nun Proteine von Grund auf neu entwerfen und völlig neue Moleküle entwickeln, die für neue Therapien, neue Diagnostika und neue Biomaterialien verwendet werden können. Die großzügige Spende des Open Philanthropy Project wird unsere Fähigkeit, Proteine von Grund auf neu zu entwickeln, verändern", sagte David Baker, Direktor des Instituts sowie Professor für Biochemie an der University of Washington School of Medicine und Howard Hughes Medical Institute Investigator. Baker ist Inhaber der Henrietta und Aubrey Davis Stiftungsprofessur für Biochemie.

Computergestütztes Proteindesign

Die Zuwendung wird die Bemühungen des Instituts beschleunigen, das Proteindesign auf Computern mit der Rosetta-Software, die ursprünglich in Bakers Labor entwickelt wurde, voranzutreiben. Baker sagte, dass die Zuwendung die Fähigkeit des Instituts, Proteine auf Computern zu entwerfen, sie zu testen, indem es die eigentlichen Proteine im Labor herstellt, und dann den Prozess in einem großen Maßstab zu wiederholen, verändern wird. "Indem wir diesen Zyklus von Design, Bau und Test beschleunigen, werden wir in der Lage sein, die Methoden des Proteindesigns systematisch zu verbessern", sagte Baker.

Die Ergebnisse und die neue Rosetta-Software werden der wissenschaftlichen Gemeinschaft über die Rosetta Commons zur Verfügung gestellt. The Rosetta Commons ist eine von Baker gegründete Zusammenarbeit mit fast 100 Entwicklern von 23 Universitäten und Labors, die regelmäßig zum Rosetta-Quellcode beitragen und diesen mit anderen teilen, derzeit über 3 Millionen Zeilen.

Dieses Projekt wird in Zusammenarbeit mit Frank DiMaio, Assistenzprofessor für Biochemie an der University of Washington School of Medicine, durchgeführt.

Universeller Grippeimpfstoff

Die derzeitigen Grippeimpfstoffe sollen nur gegen die derzeit zirkulierenden Stämme schützen, so dass die Impfstoffe jedes Jahr neu formuliert werden müssen, da das Virus mutiert, und sind nur teilweise schützend. Mit Unterstützung des Open Philanthropy Project werden Baker und seine Mitarbeiter, Neil King und David Veesler, beide Assistenzprofessoren für Biochemie an der University of Washington School of Medicine, einen Versuch unternehmen, universelle Grippeimpfstoffkandidaten zu entwickeln, die einen dauerhaften Schutz vor mehreren Virusstämmen bieten, einschließlich Stämmen, die das Potenzial haben, Pandemieausbrüche zu verursachen. Die Impfstoffkandidaten basieren auf der von Baker und King entwickelten selbstorganisierenden Protein-Nanopartikel-Technologie. Um sicherzustellen, dass die Impfstoffkandidaten gründlich und effizient getestet werden, werden sie in enger Zusammenarbeit mit den Gruppen von Dr. Barney Graham und Dr. Masaru Kanekiyo am Vaccine Research Center des National Institute of Allergy and Infectious Diseases an den National Institutes of Health arbeiten.

Ziel ist es, einen Nanopartikel-Impfstoff zu entwickeln, der eine effektive Immunantwort auf viele bestehende und neue Grippestämme auslösen kann. Die Forscher hoffen, dass ein solcher Universalimpfstoff nicht mehr als alle fünf Jahre verabreicht werden muss, um die Notwendigkeit einer jährlichen Grippeimpfung zu beenden.

Das Institute for Protein Design, das 2012 an der UW Medicine in Seattle gegründet wurde, ist ein Forschungszentrum, das sich auf die Entwicklung maßgeschneiderter Proteine zur Verbesserung der menschlichen Gesundheit und zur Bewältigung der Herausforderungen des 21. Jahrhunderts in Medizin, Energie, Industrie und Technologie konzentriert. Im menschlichen Körper sind Proteine Ketten von Aminosäuren, die von Genen gesteuert werden, um essentielle Lebensfunktionen in jeder Zelle, einschließlich des Gehirns, der Muskeln und der inneren Organe, zu erfüllen. Proteine haben auch Auswirkungen auf das Design neuer Materialien außerhalb des menschlichen Körpers, wie z.B. neuartige Fasern. Das Team des Instituts, bestehend aus 120 Dozenten, Mitarbeitern, Postdoktoranden und Doktoranden, arbeitet an der Entwicklung völlig neuartiger Proteine, um beispielsweise neue, sicherere und wirksamere Impfstoffe und Therapeutika zur Vorbeugung oder Behandlung von Menschen mit schweren Krankheiten zu entwickeln. Das Institut hat einige der weltweit führenden Experten für Proteinwissenschaft, Informatik, Biochemie und biologische Struktur, Pharmakologie, Immunologie und klinische Medizin versammelt.


Über das Open Philanthropy Project


Das Open Philanthropy Project identifiziert herausragende Spendenmöglichkeiten, vergibt Zuschüsse und verfolgt und veröffentlicht die Ergebnisse. Hauptförderer sind Cari Tuna und Dustin Moskovitz, Mitbegründer von Facebook und Asana.

Für den Originaltext siehe diesen Link.

[Defender]

Herzlichen Glückwunsch an die WeFold-Gruppe für ihre jüngste Veröffentlichung, eine Analyse und Bewertung der WeFold-Kollaboration zur Proteinstrukturvorhersage und ihrer Pipelines in CASP11 und CASP12, in Nature Scientific Reports. Da CASP13 derzeit in vollem Gange ist, beschreibt dieser Artikel die Ergebnisse und Analysen der CASP11 und CASP12 WeFold Coopetion (Kooperation und Wettbewerb). Die meisten der von WeFold für CASP12 (und derzeit für CASP13) verwendeten Modelle wurden von Freiwilligen von Rosetta@home erstellt. Herzlichen Glückwunsch und Danke!

Originaltext:

Congrats to the WeFold group for their recent publication, An analysis and evaluation of the WeFold collaborative for protein structure prediction and its pipelines in CASP11 and CASP12, in Nature Scientific Reports. As CASP13 is currently in full swing, this article describes the results and analysis of the CASP11 and CASP12 WeFold coopetition (cooperation and competition) . Most of the models used by WeFold for CASP12 (and currently for CASP13) were generated by Rosetta@home volunteers. Congrats and Thank you!

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Herzlichen Glückwunsch an alle Rosetta@home-Freiwilligen, die zu einem kürzlich in Nature erschienenen Bericht beigetragen haben, in dem das Design eines vollständig künstlich fluoreszierenden Beta-Barrel-Proteins beschrieben wird. Hier die Beschreibung eines der Hauptautoren, Anastassia, aus einem Forenbeitrag:

Die Publikation stellt viele Innovationen der computergestützten Proteinsynthese vor. Es ist das erste de-novo-Design der Beta-Barrel-Faltung (eine der am häufigsten beschriebenen Faltungen der letzten 35 Jahre, die bis heute noch Rätsel aufgibt). Es ist auch das erste de-novo-Design eines Proteins, das auf die Bindung eines kleinen Moleküls zugeschnitten ist, was eine sehr hohe Genauigkeit bei der Platzierung von Seitenketten auf von Grund auf neu zusammengesetzten Protein-Grundstrukturen erfordert. Darüber hinaus konnten wir zeigen, dass diese neuen Proteine sich falten und wie erwartet in vivo funktionieren können! Wir hoffen, dass die in dem Beitrag beschriebenen Fortschritte das de-novo-Design vieler Biosensoren und Katalysatoren, die auf spezifische Anwendungen zugeschnitten sind, weiter ermöglichen werden.

Vielen Dank an alle Freiwilligen von Rosetta@home, die zur Validierung der von uns entwickelten Proteine und Bindungsstellen beigetragen haben.

Hier ist der Link zur IPD-Webseite, die eine Kopie des Artikels enthält. Die Arbeit wurde auch in den folgenden Nachrichtenartikeln vorgestellt (der Beitrag im Science-Magazin enthält ein Video von einem unserer Proteine, das in lebenden Zellen leuchtet).

https://www.bakerlab.org/index.php/2...scent-proteins

https://cen.acs.org/physical-chemist...binding/96/i37
http://www.sciencemag.org/news/2018/...t-their-target



Originaltext:

Congrats to all Rosetta@home volunteers who contributed to a recent report in Nature describing the design of a completely artificial fluorescent beta-barrel protein. As described by one of the main authors, Anastassia, in this forum post:

The paper presents many “firsts” in computational protein design. It is the first de novo design of the beta-barrel fold (one of the most described folds in the past 35 years, yet mysterious until now). It is also the first de novo design of a protein tailored to bind a small-molecule, which requires very high accuracy in the placement of side chains on protein backbones assembled from scratch. Additionally, we could show that these new proteins could fold and function as expected in vivo! We hope that the advances described in the paper will further enable the de novo design of many biosensors and catalysts tailored for specific applications.

Thanks to all the Rosetta@home volunteers who contributed to the validation of our designed proteins and binding sites.

Here is the link to the IPD webpage that contains a copy of the paper. The work was also featured in the news articles below (the news in Science contains a video of one of our proteins glowing in living cells).

https://www.bakerlab.org/index.php/2...scent-proteins

https://cen.acs.org/physical-chemist...binding/96/i37
http://www.sciencemag.org/news/2018/...t-their-target

[Christoph D.]

sehr interessant danke für die übersetzung.

[Defender]

Ein interessanter Artikel wurde gestern im Discover Magazine veröffentlicht, der sich mit dem historischen Fortschritt von David Bakers Forschung beschäftigt und damit, wie sich das auf die Rosetta Commons Community und das Fachgebiet des Proteindesigns ausgewirkt hat. Es enthält ein Fallbeispiel der de novo Designforschung und eine Perspektive darauf, was neuartige Proteine ermöglichen können. Vielen Dank an alle für die kontinuierliche Unterstützung und die Beiträge zu dieser Forschung!

Originaltext:

An interesting article was released yesterday in Discover magazine about the historical progression of David Baker's research and how it has evolved into the Rosetta Commons community and the field of protein design. It includes a case example of de novo design research, and a perspective of what novel proteins may enable. Thank you all for your continued help and contributions to this research!

[Defender]

Eine weitere de-novo-Design-Publikation wurde heute veröffentlicht, die das Design von selbstfaltenden Helixfilamenten im Mikrometerbereich beschreibt, die auf zuvor entwickelten Wiederholungsproteinen basieren, zu deren Berechnung die R@h-Teilnehmer beigetragen haben. Obwohl R@h nicht direkt für diese Studie verwendet wurde, stellten die R@h-Teilnehmer Rechenleistung für verwandte Forschungsarbeiten zur Verfügung. Vielen Dank an Sie alle für Ihre kontinuierlichen Beiträge.

Lesen Sie mehr hier im Science-Magazin.

Originaltext:

Another de novo design publication was released today describing the design of micron scale self-assembling helical filaments based on previously designed repeat proteins for which R@h participants contributed computing towards. Although R@h was not directly used for this study, R@h participants provided computing for related research. Thank you all for your continued contributions.

Read more here in Science.

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Bürgerwissenschaftler können Foldit nun nutzen, um erfolgreich synthetische Proteine zu entwerfen. Die ersten Ergebnisse dieser einzigartigen Zusammenarbeit sind in Nature beschrieben.

Brian Koepnick, ein frischgebackener Doktorand im BakerLab, leitete ein Team, das hinter den Kulissen an Foldit arbeitete und neue Funktionen in das Spiel einführte, von denen sie glaubten, dass sie den Spielern helfen würden, bessere gefaltete Strukturen zu finden. Lesen Sie mehr aus dem Baker Lab.

Vielen Dank an alle Rosetta@home-Teilnehmer, die an dieser Studie mitgewirkt haben. Viele der Entwürfe wurden durch Faltungsalgorithmen auf Rosetta@home validiert.

Lesen Sie das vollständige Manuskript: PDF

Originaltext:

Citizen scientists can now use Foldit to successfully design synthetic proteins. The initial results of this unique collaboration are described in Nature.

Brian Koepnick, a recent PhD graduate in the Baker lab, led a team that worked on Foldit behind the scenes, introducing new features into the game that they believed would help players home in on better folded structures. Read more from the Baker Lab.

Thanks to all Rosetta@home participants who helped in this study. Many of the designs were validated using forward folding on Rosetta@home.

Read the full manuscript: https://doi.org/10.1038/s41586-019-1274-4 PDF

[Defender]

Rosetta@home hat zu zwei neuen Veröffentlichungen beigetragen, die an dieser Stelle nicht vorenthalten werden sollen.

Koevolution im Proteombereich
Letzte Woche wurde in der Zeitschrift Science ein Bericht veröffentlicht, der die Identifizierung von Hunderten von bisher nicht charakterisierten Protein-Protein-Interaktionen bei E. coli und dem pathogenen Bakterium M. tuberculosis beschreibt. Dazu gehören sowohl bisher unbekannte Proteinkomplexe als auch bisher nicht charakterisierte Komponenten bekannter Komplexe. Diese Forschung wurde von Qian Cong geleitet, dessen Team auch der ehemalige Baker-Laborabsolventen Sergey Ovchinnikov, heute John Harvard Distinguished Science Fellow in Harvard, angehört. Rosetta@home wurde für einen Großteil der für diese Arbeit erforderlichen Datenverarbeitung verwendet. Herzlichen Glückwunsch und Dank an alle R@h-Freiwilligen.

Für weitere Informationen über diese Arbeit klicken Sie bitte hier.

Originaltext:

Last week, a report was published in Science describing the identification of hundreds of previously uncharacterized protein–protein interactions in E. coli and the pathogenic bacterium M. tuberculosis. These include both previously unknown protein complexes and previously uncharacterized components of known complexes. This research was led by postdoctoral fellow Qian Cong and included former Baker lab graduate student Sergey Ovchinnikov, now a John Harvard Distinguished Science Fellow at Harvard. Rosetta@home was used for much of the computing required for this work. Congratulations and thank you to all R@h volunteers.

For more information about this work click here.

Protein-Arrays auf mineralischen Oberflächen
Letzte Woche veröffentlichte das Baker Lab in Zusammenarbeit mit dem De Yoreo Labor bei PNNL einen Bericht in Nature, der das Design von synthetischen Proteinarrays beschreibt, die sich auf der Oberfläche von Glimmer, einem gewöhnlichen und außergewöhnlich glatten kristallinen Mineral, zusammensetzen. Diese Arbeit bietet eine Grundlage für das Verständnis, wie Protein-Kristall-Interaktionen systematisch programmiert werden können. Obwohl R@h nicht direkt für diese Forschung verwendet wurde, wurden zuvor entworfene Untereinheiten mit R@h validiert. Herzlichen Glückwunsch an alle R@h-Freiwilligen und vielen Dank für Ihre kontinuierlichen Beiträge.

Für weitere Informationen klicken Sie bitte hier.

Originaltext:

Last week, the Baker Lab in collaboration with the De Yoreo lab at PNNL published a report in Nature describing the design of synthetic protein arrays that assemble on the surface of mica, a common and exceptionally smooth crystalline mineral. This work provides a foundation for understanding how protein-crystal interactions can be systematically programmed. Although R@h was not directly used for this research, previously designed subunits were validated using R@h. Congratulations to all R@h volunteers and thank you for your continued contributions.

For more details click here.