Wildlife@Home (Citizen Science Grid)

[Defender]

Für alle registrierten Wildlifer: Auf der Seite läuft aktuell eine Benutzerumfrage und es wäre klasse, wenn ihr euch kurz beteiligen würdet. Geht wirklich sehr schnell.

[shka]

Die Projekte DNA@Home, SubsetSum@Home und Wildlife@Home werden unter dem Dach Citizen Science Grid http://volunteer.cs.und.edu/csg/ fortgeführt.

Für Cruncher, die bei den einzelnen Projekten bereits registriert sind:
- Das CSG-Account scheint wohl aus dem Wildlife-Account übernommen zu sein. Bei den beiden anderen Projekten bestehende Accounts hönnen hier mit dem CSG-Account verlinkt werden.
- WUs erhalte ich auch nur (aktuell gibt es bei DNA Arbeit), wenn CSG im BM angemeldet ist. Über ein angemeldetes Projekt DNA gibt es nix.

Evtl. können die Projektthreads unter einem Subforum gruppiert und das Projekt-Wiki angepasst werden.

[HJL]

für DNA@Home gibt's dann ab sofort auch ein paar Badges

http://volunteer.cs.und.edu/csg/badge_list.php

hl

[anchedo]

Danke HJL, hatte mich schon gefragt, wo das bei Free-DC angezeigte neue Badge wohl herkommt.

[shka]

Mit etwas Glück gibt es kommende Woche mal wieder ein paar Wildlife-WUs, evtl. sogar für GPU
http://volunteer.cs.und.edu/csg/foru...stid=4859#4859

[pschoefer]

Auf einer Konferenz in dieser Woche werden zwei neue Veröffentlichungen zu Wildlife@Home präsentiert. Weitere Fortschritte des Projektes sind in Aussicht:

Lagebericht von eScience!
Hallo zusammen,

entschuldigt die lange Funkstille! Connor und ich sind diese Woche in Baltimore bei der IEEE 12th International Conference on eScience (http://escience-2016.idies.jhu.edu) und stellen zwei Veröffentlichungen mit Bezug zu Wildlife@Home vor:

Marshall Mattingly III, Andrew Barnas, Susan Ellis-Felege, Robert Newman, David Iles und Travis Desell: Developing a Citizen Science Web Portal for Manual and Automated Ecological Image Detection in: The IEEE 12th International Conference on eScience (eScience 2016), Baltimore, MD, USA, 23.-27. Oktober 2016. PDF (engl.)

Connor Bowley, Alicia Andes, Susan Ellis-Felege und Travis Desell: Detecting Wildlife in Uncontrolled Outdoor Video using Convolutional Neural Networks in: The IEEE 12th International Conference on eScience (eScience 2016), Baltimore, MD, USA, 23.-27. Oktober 2016. PDF (engl.)

Ich hoffe, in dieser Woche den Server ein wenig aktualisieren zu können, und mit etwas Glück werden der Validator und neue Badges für die Wildlife@Home-Bildklassifizierung bald online sein.

Wir haben im Hintergrund an einer neuen Wildlife@Home-Anwendung gearbeitet und kommen voran, aber nicht so schnell, wie wir es gerne hätten. Ich hoffe, dass wir zum Ende des Semesters etwas online haben werden.

Grüße,
--Travis
Travis Desell am Montag, den 24. Oktober

Originaltext:

status update from eScience!
Hi Everyone,

Sorry for a long period of radio silence! Connor and I are in Baltimore this week at the [IEEE 12th International Conference on eScience](http://escience-2016.idies.jhu.edu) presenting two papers related to Wildlife@Home:

Marshall Mattingly III, Andrew Barnas, Susan Ellis-Felege, Robert Newman, David Iles and Travis Desell. Developing a Citizen Science Web Portal for Manual and Automated Ecological Image Detection. The IEEE 12th International Conference on eScience (eScience 2016). Baltimore, MD, USA. October 23-27, 2016. View PDF.

Connor Bowley, Alicia Andes, Susan Ellis-Felege and Travis Desell. Detecting Wildlife in Uncontrolled Outdoor Video using Convolutional Neural Networks. The IEEE 12th International Conference on eScience (eScience 2016). Baltimore, MD, USA. October 23-27, 2016. View PDF.

I'm hoping to get some server updates done this week, and with any luck we'll have validation and new badges online for the Wildife@Home image classification soon.

We've been working behind the scenes on a new Wildlife@Home application, and things are coming along -- but not quite as swiftly as we'd like. I'm hoping we'll have something online by the end of this semester.

cheers,
--Travis
Travis Desell on Monday, October 24th

[pschoefer]

Eine der beiden Veröffentlichungen zu Wildlife@Home, die auf der eScience-Konferenz vorgestellt wurden, wurde ausgezeichnet:

Best-of-Conference-Award!
Ich möchte nur Marshall und dem Team gratulieren. Unsere Veröffentlichung 'Developing a Citizen Science Web Portal for Manual and Automated Ecological Image Detection' wurde als einer von vier Beiträgen für den Best-of-Conference-Award bei der diesjährigen eScience-Konferenz ausgewählt!
Travis Desell am Sonntag, den 6. November


Außerdem gibt es weitere Neuigkeiten zum Projekt:

Bildbetrachtungssystem und genereller Lagebericht
Ich habe an einigen Schnittstellenverbesserungen zum Bildbetrachtungssystem gearbeitet und freue mich sagen zu können, dass es nun etwas flüssiger funktionieren sollte.

Die größeren Verbesserungen betreffen konsistentes Zoomen. Mit dem alten Algorithmus und den alten Methoden konnte das Bild manchmal über den Rahmen hinausgehen und der letzte Zoompunkt wurde nicht korrekt gespeichert; das sollte nun alles flüssig laufen.

Ich untersuche noch immer das Problem, dass Trackpads Schwierigkeiten beim Schwenken durch das Bild bereiten, und ich suche nach einem Weg, den Abschnitt zu den Beobachtungen auf der linken Seite zusammenzufassen.

Wir haben auch einen komplett neuen Satz Luftbilder und sind vorbereitet, euch das Durchsehen unserer großen Sammlung von Luftbildern zu erlauben. Rechnet mit einem Beitrag darüber heute Abend oder morgen .

Eine weitere große Neuerung werden BADGES sein! Endlich (entschuldigt, es ist mein Fehler, dass das so lange gedauert hat) werden wir Credits und Badges für das Durchsehen der Bilder vergeben. Wir arbeiten in einem Meeting heute an den letzten Feinheiten und sollten diese am Ende der Woche umgesetzt haben. Es wird einen Satz Badges für Beobachtungen geben und einen anderen Satz für überprüfte Beobachtungen.

Jegliche Arbeit, die ihr an den Bildern durchgeführt habt, wird rückwirkend gewertet, macht euch also keine Sorgen um fehlende Punkte.

Marshall
Marshall Mattingly am Freitag, den 11. November


Originaltexte:

[wildlife] best of conference award!
Just wanted to say congratulations to Marshall and the team. Our paper 'Developing a Citizen Science Web Portal for Manual and Automated Ecological Image Detection' was selected as one of the 4 papers to receive a Best of Conference award at eScience this year!
Travis Desell on Sunday, November 6th

[wildlife] image review interface and general status update
All,

I've been working on some interface tweaks to the image review system, and am pleased to say that it should work a little more smoothly now.

The major enhancements have been focused on getting consistent zooming working. The old algorithm and methods would sometimes allow the picture to go out of frame and wasn't saving the last zoom location correctly; everything should be smooth sailing on that front now.

I'm still looking into an issue where trackpads can have issues panning around the image and I'm looking into a way to condense the observations section on the left side.

We've also got a whole new set of aerial imagery and we're ready to start allowing you to go through our large collection of aerial images. Look for a post on that tonight or tomorrow .

Another large update will be BADGES! Finally (sorry, it's my fault for waiting this long), we'll be giving out credit and badges for reviewing the images. We're working on the final details in a meeting today and should have them working by the end of the week. There will be one set of badges for making observations and another set of badges when the observations are validated.

Any work you've done on the images will be counted retroactively, so don't worry about missing out on points.

Marshall
Marshall Mattingly on Friday, November 11th

[pschoefer]

Es besteht die Aussicht, dass Wildlife@Home neben vom Teilnehmer ausgeführter Videobetrachtung bald auch wieder Berechnungen durchführt:

BOINC-Aktualisierung und Tests einer neuen Anwendung (!!)
Ich bin dabei, ein dringend benötigte Aktualisierung des BOINC-Servers durchzuführen. Ich werde darüber auf dem Laufenden halten. Das sollte einige von den Problemen beheben, bei denen der Validator für die Videobetrachtung nicht funktionierte.

Außerdem haben wir endlich eine neue Anwendung, um mit dem Verschicken neuer WUs beginnen zu können. Ich teste diese gerade auf OSX und sobald das funktioniert, werde ich es mit Linux und danach Windows ausprobieren. Es sollten daher im Laufe der Woche einige WUs tröpfeln, während ich alles teste und die neue Anwendung und die serverseitigen Dienste dafür zum Laufen bringe.
Travis Desell am Sonntag, den 11. Dezember

Originaltext:

[wildlife] updating BOINC, testing new application (!!)
I'm going through the process of a much needed update of BOINC on the server. I will keep you posted as things proceed. This should fix some of the issues where the validator was not working for video watching.

On another note, we finally have a new application to start sending new workunits out. I'm currently testing this on OSX, and once that's working I'll move on to linux and then windows. So there should be a slow trickle of workunits being released this week while I test things and get the new application and server side daemons up and running.
Travis Desell on Sunday, December 11th

[WBT112]

Irgendwie funktioniert die Seite, um die Accounts zu verknüpfen leider nicht mehr :/
Die Seite bleibt weiß

[pons66]

Irgendwie funktioniert die Seite, um die Accounts zu verknüpfen leider nicht mehr :/
Die Seite bleibt weiß

Warst du im Verzeichnis http://csgrid.org/csg/wildlife/?

[pschoefer]

Der Algorithmus und erste Ergebnisse der neuen EXACT-Anwendung sollen im Juli auf der Konferenz GECCO in Berlin vorgestellt werden:

Veröffentlichung zu EXACT für GECCO 2017 eingereicht
Bitte entschuldigt die Funkstille in den letzten Tagen, ich habe schnell die Ergebnisse gesichtet und an einem Beitrag zur diesjährigen Genetic and Evolutionary Computation Conference (GECCO, Konferenz über genetische und evolutionäre Algorithmen) gearbeitet.

GECCO verwendet eine Blindüberprüfung, daher sind Hinweise auf die Autoren (und das CSG, da die Autoren dadurch sehr offensichtlich wären) bis zur druckfertigen Version entfernt, falls die Veröffentlichung angenommen wird, aber falls ihr einen Blick auf den eingereichten Entwurf werfen möchtet, findet ihr ihn hier:

Large Scale Evolution of Convolutional Neural Networks Using Volunteer Computing (engl., umfassende Entwicklung von Faltungs-Neuronennetzwerken mittels Berechnung durch Freiwillige)

Darin werden der verwendete Algorithmus recht detailliert erklärt und einige der vorläufigen Ergebnisse diskutiert. Ihr fragt euch vielleicht, wie das Erkennen von Zahlen mit dem Erfassen von Wildtieren zusammenhängt - die Idee ist, diese Methode auf den Datensatz anzuwenden, bei dessen Erstellung ihr uns durch das Klassifizieren von Videos und Markieren der Bilder geholfen habt. Nochmals vielen Dank für das Crunchen und die Freiwilligenarbeit!
Travis Desell am Mittwoch, den 8. Februar

Originaltext:

Paper on EXACT submitted to GECCO 2017
Sorry for radio silence the last few days, however I was furiously looking at results and working on a submission to this years Genetic and Evolutionary Computation Conference (GECCO).

GECCO uses a blind review, so mentions of authorship (and the CSG because that would make it pretty obvious who the author was) are removed until the camera ready version if it's accepted, but if you'd like to take a look at the submitted draft here it is:

Large Scale Evolution of Convolutional Neural Networks Using Volunteer Computing

It explains the algorithm I'm using in a bit of detail, and discusses some of the preliminary results. You may ask, how does recognizing numbers related to detecting wildlife -- well the idea is to use this on the datasets you've been helping us generate by classifying video and marking up the images. Thanks again everyone for the crunching and volunteering!
Travis Desell on Wednesday, February 8th

[WBT112]

Warst du im Verzeichnis http://csgrid.org/csg/wildlife/?

Ja, unter Edge, Chrome und Firefox probiert. Nichts :/
Und das ist bald 2 Monate her.

Steht auch mehrfach im Forum. Ohne Antwort. Wenn die nicht interessiert, ob ihre Website richtig funktioniert, warum sollte ich mich für sie interessieren...

[pschoefer]

Neben neuen WUs gibt es auch einen Entwurf einer neuen Veröffentlichung:

Neue Durchläufe
Ich habe einen neuen Satz Durchläufe gestartet. Ich habe einige Korrekturen am Unterbau vorgenommen, um die Genauigkeit des Speicherns in der Datenbank zu verbessern (ich habe ein paar Fehler gefunden, die zwar nicht fatal sind, aber mir nicht die gewünschte Information gaben). Die WU-Namen sehen so aus:

exact_genome_TIMESTAMP_ID_NUMBER

Und in diesem Fall wird die ID zwischen 39 und 43 liegen. Lasst mich wissen, wenn ihr Fehler bei diesen neuen WUs beobachtet.

Außerdem habe ich kürzlich eine Publikation für die diesjährige IEEE-eScience-Konferenz eingereicht. Ihr könnt hier einen Blick auf den vorläufigen Entwurf werfen:

http://tdesell.cs.und.edu/papers/201...ence_exact.pdf

Unsere Ergebnisse sehen langsam sehr gut aus. Ich habe auch eine neue Version der Anwendung, welche weitere Verbesserungen bewirken sollte -- aber ich möchte einige weitere Datenpunkte mit der aktuellen Implementierung erhalten, bevor ich die Aktualisierung durchführe.
Travis Desell am Mittwoch, den 12. Juli

Originaltext:

[wildlife] new runs
I've started up a new set of runs. I made some tweaks to the backend to improve accuracy of how we're storing things in the database (found a couple bugs that while not fatal were not giving me the information I wanted). Workunit names look like:

exact_genome_TIMESTAMP_ID_NUMBER

And in this case, the ID will be >= 39 and <= 43. Let me know if you're having any errors with these new workunits.

On another note, I recently submitted a paper to this years IEEE eScience conference. You can take a look at the preliminary draft here:

http://tdesell.cs.und.edu/papers/201...ence_exact.pdf

Our results are starting to get quite good. I also have an application update that should improve things even further -- but want to get a few more data points with the current implementation before doing the update.
Travis Desell on Wednesday, July 12th

[pschoefer]

Eine neue Version der EXACT-Anwendung erweitert die Entwicklung der Faltungs-Neuronennetzwerke um eine zweite Lage und sollte damit die Ergebnisse weiter verbessern. Außerdem wurden der Algorithmus und erste Ergebnisse wie angekündigt auf der Konferenz GECCO präsentiert und positiv aufgenommen.

Neuer Anwendungstyp in Version 0.31 und eine Aktualisierung
Ich habe die Anwendung aktualisiert und hoffe, dass uns das ermöglicht, noch bessere Ergebnisse zu erhalten. Derzeit haben wir 99,45% beim MNIST-Datensatz erreicht, was eigentlich recht gut ist, wenn man bedenkt, dass die aktuelle Version der Anwendung nur Faltungsoperationen und kein Pooling durchführt. Hier ist eine Liste einiger der besten veröffentlichten Ergebnisse zu diesem Datensatz:

http://rodrigob.github.io/are_we_the...tml#4d4e495354

Und das platziert uns ziemlich solide in der Mitte der Liste. Die neue Anwendung lässt EXACT nun auch CNNs durch Pooling-Operationen entwickeln, was uns hoffentlich weiter nach oben in der Liste bringt. Das ist sehr spannend, da wir die Strukturen der Faltungs-Neuronennetzwerke (engl. convolutional neural Networks, CNNs) von Grund auf entwickeln und mit einigen der besten von Menschen entworfenen CNNs konkurrenzfähig werden. Lasst mich jedenfalls wissen, falls ihr mit den neuen Anwendungen in Version 0.31 Fehler beobachtet.

Darüber hinaus bin ich gerade von der diesjährigen Konferenz über genetische und evolutionäre Algorithmen (Genetic and Evolutionary Computation Conference, GECCO) in Berlin zurückgekehrt, wo ich ein Poster über diese Arbeit präsentiert habe. Es gab einiges Interesse an diesem Ansatz, es war also wirklich gut. Ich möchte allen nochmals dafür danken, dass ihr eure Rechenzeit zu dieser Arbeit beisteuert.
Travis Desell am Samstag, den 22. Juli

Originaltext:

[wildlife] new app/type version 0.31 and an update
I've made an update to the application which I'm hoping will allow us to get even better results. Currently we've hit 99.45% on the MNIST dataset, which is actually quite good considering the current version of the application only performs convolutional operations and doesn't do any pooling. Here's a list of some of the best published results on this dataset:

http://rodrigob.github.io/are_we_the...tml#4d4e495354

And that puts is pretty solidly in the middle of the list. The new application now lets EXACT also evolve CNNs with pooling operations, which I'm hoping will bump us even higher up the list. This is pretty exciting as we're evolving the structure of the convolutional neural networks (CNNs) from scratch, and we're getting competitive with some of the best human designed CNNs. Anywho, let me know if you are having any errors with the new v0.31 applications.

On another note, I just returned from this years Genetic and Evolutionary Computation Conference in Berlin, where I presented a poster on this work. There was quite a bit of interest in this approach so that was really good. I just want to thank everyone again for contributing all your cycles to this work.
Travis Desell on Saturday, July 22nd

[pschoefer]

Es gibt eine neue Version der Anwendung, die jedoch leider mit den bisherigen WUs nicht mehr kompatibel ist. Resends brechen deshalb sofort ab. Wer noch WUs mit der alten Version 0.31 auf dem Rechner hat, sollte darüber nachdenken, diese abzubrechen.

Anwendungsversion 0.32
Ich habe einen Fehler in der Anwendung bzw. im Assimilator gefunden, der einige serverseitige Fehler verursachte. Ich veröffentliche v0.32 der Anwendung -- leider wird das dazu führen, dass alle noch im System befindlichen WUs sofort mit Berechnungsfehler abbrechen.

Bitte fühlt euch frei, alle WUs mit v0.31, die ihr noch habt, abzubrechen, damit ihr dadurch keine Credits verliert (alternativ sollte eure WU validiert werden, wenn ihr seht, dass sie bereits ein Wingman berechnet hat). Es tut mir sehr leid, aber das war die einzige wirkliche Lösung, die ich zur Verfügung hatte.
Travis Desell am Mittwoch, den 2. August

Originaltext:

[wildlife] app version 0.32
So I found a bug in the application/assimilator that was causing some server side errors. I'm releasing v0.32 for the application -- unfortunately this is going to cause the workunits currently in the system to immediately error out.

Please feel free to cancel any workunits you're running with v0.31 to not lose any credit from this (alternately if you've already seen your WU has wingmen then it should validate against them). I really apologize but this was the only real fix I had at my disposal.
Travis Desell on Wednesday, August 2nd

[pschoefer]

Sowohl über das Teilprojekt, welches die Rechenkraft der Teilnehmer benötigt, als auch über das Teilprojekt, welches die Sehkraft der Teilnehmer benötigt, wird jeweils eine Publikation auf der kommenden IEEE-eScience-Konferenz in Auckland vorgestellt:

Zwei Publikationen für die diesjährige IEEE-eScience-Konferenz angenommen
Zwei Publikationen von uns wurden für die 13th IEEE International Conference on eScience in diesem Jahr angenommen! Eine über EXACT (wofür ihr gerechnet habt) und die andere über die Luftbilder von unbemannten Systemen, in welchen ihr Markierungen vorgenommen habt. Wenn ihr die Vordrucke lesen möchtet, könnt ihr sie hier finden:

Developing a Volunteer Computing Project to Evolve Convolutional Neural Networks and Their Hyperparameters (engl., Entwicklung eines Volunteer-Computing-Projektes zur Entwicklung von Faltungs-Neuronennetzwerken und ihrer Hyperparameter)

Toward Using Citizen Scientists to Drive Automated Ecological Object Detection in Aerial Imagery (engl., Einsatz von Bürgerwissenschaftlern zum Vorantreiben automatisierter Erkennung von ökologischen Objekten auf Luftbildern)

Glückwunsch an Marshall und Connor zu ihrer Publikation!
Travis Desell am Donnerstag, den 17. August

Originaltext:

[wildlife] two publications accepted to this year's IEEE eScience conference
So we had two papers accepted to the 13th IEEE International Conference on eScience this year! One on EXACT (what you've been crunching) and the other on the unmanned aerial systems imagery you've been marking up. If you'd like to read pre-prints here they are:

Developing a Volunteer Computing Project to Evolve Convolutional Neural Networks and Their Hyperparameters.

Toward Using Citizen Scientists to Drive Automated Ecological Object Detection in Aerial Imagery.

Congrats to Marshall and Connor on their paper!
Travis Desell on Thursday, August 17th