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Thema: TN-Grid

  1. Avatar von pschoefer
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    #101

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    Die vollständige Meldung:

    Server für Wartungsarbeiten angehalten (27.12.2018, 9:30 MEZ)
    Am 27. Dezember wird der Server ab etwa 9:30 MEZ wegen einiger geplanter Wartungsarbeiten nicht erreichbar sein. Am wichtigsten ist die Aktualisierung des Betriebssystems auf die neueste stabile Version. Hoffentlich wird der Server am Nachmittag desselben Tages wieder am Netz sein.
    21.12.2018, 15:49:58 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=234
    Server stop for maintenance (2018-12-27, 9:30 CEST)
    The next 27th December the server will be down for some planned maintenance tasks, starting at around 9:30 CEST (GMT+1). The most important will be upgrading the o.s. to the latest stable release. Hopefully, the server will be back online the afternoon of the same day.
    21 Dec 2018, 14:49:58 UTC
    Gruß
    Patrick

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  2. Avatar von Rainer Baumeister
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    #102

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    Moin,
    gibt es einen deutschsprachigen Hinweis zur aktuellen Berechnung?
    Was ist das zur Zeit?
    Danke und Gruß
    Rainer; schon mal eingeschaltet.
    Ryzen 3700X mit RTX2070 (440.82) mit Mint-Tricia auf Asrock X470 Taichi mit 2x 16GB 3200
    Ryzen 1700 mit GTX1070ti (440.82) mit Mint-Tricia auf Asrock X370 Taichi mit 2x 16GB 2933
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  3. Avatar von pschoefer
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    #103

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    Wenigstens eine schnelle Übersetzung der Projektbeschreibung:

    Das Ziel dieses Experiments ist die Identifizierung von Gennetzwerken aus menschlichen Genen, die für zwei breite Familien menschlicher Krankheiten von medizinischer Bedeutung sind: Motoneuron-Krankheit und hämatopoetische Tumore (Leukämien und Lymphome).

    Zitat Zitat von https://gene.disi.unitn.it/test/gene_science.php
    The goal of this experiment is the identification of gene networks involving human genes of medical relevance for two broad families of human pathologies: Motor Neuron Diseases and Hematopoietic Tumors.
    Gruß
    Patrick

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    #104

    Standard

    hab tn-grid als backup projekt laufen, und siehe da: Klicken Sie auf die Grafik für eine größere Ansicht 

Name:	02-silver.png 
Hits:	355 
Größe:	4,0 KB 
ID:	6174

  5. Avatar von Rainer Baumeister
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    #105

    Standard

    Moin, Danke an Patrick für den Service.

    Leider gibt es bei meinem Ryzen1700 arge Probleme: > 120 gerechnete SSE2 Aufgaben für die Tonne!
    http://gene.disi.unitn.it/test/show_...hp?hostid=4207

    Die AVX gehen gut durch.
    Der Rechner läuft an sich sehr stabil und wird kaum anders genutzt, alles für Boinc..

    Jemand ne Idee?
    Kann ich evtl. die SSE2 abstellen und nur AVX nutzen?
    Gruß Rainer
    Geändert von Rainer Baumeister (15.07.2019 um 11:21 Uhr) Grund: Link zugefügt
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  6. Avatar von Rainer Baumeister
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    #106

    Standard

    Moin,
    der Fehler lang wohl auch bei mir.
    Beim letzten großem Windows-Update sind wohl einige Treiber unter die Räder gekommen.
    Nachdem ich nun die grundlegenden Treiber für Chipsatz, LAN und GPU erneuert habe, läuft es fast wieder rund.
    Das andere Projekte trotzdem ohne Fehler liefen, ist es mir nicht aufgefallen..
    Zudem bekomme ich gerade nur AVX-Aufgaben, die ohnehin besser laufen.
    Gruß Rainer
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  7. Avatar von taurec
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    #107

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    Kurz bevor ich mich den Urlaub verabschiede hat es dafür noch gereicht:
    Klicken Sie auf die Grafik für eine größere Ansicht 

Name:	TN_Grid_5M_06-turquoise.png 
Hits:	293 
Größe:	4,9 KB 
ID:	6187
    Ciao taurec

  8. Avatar von pschoefer
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    #108

    Standard

    Nicht unerwähnt soll bleiben, dass TN-Grid im Rahmen seiner derzeitigen Forschung zu menschlichen Genen solche Gene priorisiert, an denen gerade ein besonderes wissenschaftliches Interesse besteht. Konkret gab es zuletzt einige WUs zu ACE2, was für verschiedene Corona-Viren wie auch SARS-CoV-2 praktisch die Eingangstür in die Zellen ist, sowie verschiedenen verwandten Genen. Auch hier wurde also ein Beitrag geleistet, um besser zu verstehen, was genau gerade in allzu vielen Menschen weltweit vor sich geht.
    Gruß
    Patrick

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    #109

    Standard

    TN-Grid hat nun für Macs eine neue Version, die neue version ist 1.10
    des weiteren gibt es nun auch einen Ansturm auf TN-Grid. WIe allerdings schon bekannt ist, ist die Wu-generierung limitiert, daher aktuell ein Bunker empfohlen, um dauerhaft versorgt zu sein.

  10. Avatar von Urs
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    #110

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    Aus dem Forum:
    Workunit's id will start at 165735_Hs to 166977_Hs, that's the expansion of 1242 gene isoforms, each one will be 294 workunits, so there is plenty of work to do...

    Die ID der Arbeitseinheit beginnt bei 165735_Hs bis 166977_Hs. Dies ist die Erweiterung von 1242 Genisoformen. Jede besteht aus 294 Arbeitseinheiten. Es gibt also viel zu tun ...
    1242(genes) *294(wu) *2(copies) = 730296 wu

    Z.Zt. gene@home PC-IM 9314 51808 5.57 (0.82 - 112.19) 373

    Gibt also Arbeit.

    Noch eine Anmerkung.

    Da das Projekt einen sehr limitierten Server hat bitte nur so viele wus ziehen wie auch zeitnah gerechnet werden können. Wenn das Teil abstürzt nutzt das keinem.
    Geändert von Urs (09.04.2020 um 09:32 Uhr)

  11. Avatar von Urs
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    #111

    Standard

    48853505 22946011 8 Apr 2020, 21:55:39 UTC 10 Apr 2020, 1:16:34 UTC Fertig und Bestätigt 12,828.37 12,768.05 141.87 gene@home PC-IM v1.11 (avx)

    48852237 22945394 8 Apr 2020, 21:55:39 UTC 10 Apr 2020, 4:02:45 UTC Fertig und Bestätigt 12,715.69 12,583.52 135.64 gene@home PC-IM v1.11 (avx)

    Nur mal ein paar Daten zum Vergleich.

  12. Avatar von Uwe-Bergstedt
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    #112

    Standard

    48733150 -22888536 -5976 -5 Apr 2020, 13:50:24 UTC -5 Apr 2020, 17:21:09 UTC -Fertig und Bestätigt -9,588.04 -9,406.16 -143.14 -gene@home PC-IM v1.11 (avx)
    48733152 -22888537 -5976 -5 Apr 2020, 13:50:24 UTC -5 Apr 2020, 17:21:09 UTC -Fertig und Bestätigt -9,633.11 -9,456.02 -144.28 -gene@home PC-IM v1.11 (avx)

  13. Avatar von pschoefer
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    #113

    Standard Wartungsarbeiten am 9. September

    Am morgigen Mittwoch wird TN-Grid wahrscheinlich eine kurze Pause einlegen:

    Server nicht erreichbar (09.09.2020, von 05:30 bis 08:00 MESZ)
    Am Mittwoch, den 09.09., werden von 05:30 bis 08:00 MESZ die IT-Dienste der UniTrento aufgrund geplanter Wartungsarbeiten nicht verfügbar sein. Der TN-Grid-Server (von UniTrento bereitgestellt) wird während dieser Zeit wahrscheinlich nicht erreichbar sein.
    08.09.2020, 9:44:17 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=289
    Server unreachable (2020-09-09, from 05:30 to 08:00 CEST)
    Wednesday 09/09, from 05:30 to 08:00 CEST, the IT services of UniTrento will not be available because of a planned IT maintenance. The TN-Grid server (hosted by UniTrento) will probably be not reachable during this period.
    8 Sep 2020, 8:44:17 UTC
    Gruß
    Patrick

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  14. Avatar von pschoefer
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    #114

    Standard Unterstützung von AMD für COVID-19-Forschung

    Das (bisher einzige) TN-Grid-Subprojekt gene@home erhält im Rahmen einer COVID-19-Forschungsförderung von AMD für ein Jahr Zugriff auf zwei Server mit Epyc-CPUs und je acht Radeon-Instinct-Rechenkarten (MI50). Leider wäre es zu umständlich, TN-Grid-Serverdienste zeitweise auf diese Maschinen auszulagern, sodass die Auswirkungen auf das BOINC-Projekt eher überschaubar bleiben werden. Stattdessen sollen die Ressourcen beispielsweise zum Testen von Deep-Learning-basierten Algorithmen verwendet werden.

    AMD weitet COVID-19-Hochleistungsrechnen-Förderung auf weitere Forschungsinstitute aus
    Unser Projekt gene@home (durchgeführt an der Universität Trient, Italien) wurde von AMD als Begünstigter ihrer COVID-19-Hochleistungsrechnen-Förderung ausgewählt, siehe die offizielle Bekanntgabe: https://www.amd.com/de/corporate/hpc-fund

    Wir sind sehr dankbar, diese Spende zu erhalten, sie wird uns Zugriff auf Hochleistungs-Rechenknoten ermöglichen, um unsere Forschung voranzubringen. Weitere Informationen und Kommentare sind hier zu finden: https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=291 (engl.)
    16.09.2020, 23:53:39 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von http://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=292
    AMD COVID-19 HPC Fund Adds New Research Institutions
    Our gene@home project (hosted by the University of Trento, Italy) has been chosen by AMD as a recipient for their COVID-19 HPC fund, see the official announcement https://www.amd.com/en/corporate/hpc-fund

    We are really grateful to receive this donation, it will give us access to high performance computing nodes, boosting our research. More info and comments here: https://gene.disi.unitn.it/test/forum_thread.php?id=291
    16 Sep 2020, 22:53:39 UTC
    Geändert von pschoefer (24.09.2020 um 07:12 Uhr) Grund: deutschsprachige Version der AMD-Seite
    Gruß
    Patrick

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  15. Avatar von nexiagsi16v
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    #115

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    Schöne Aktion von AMD.
    Ciao Norman

    Ryzen 5 3600 @4GHz, 3x RX 5700, 32GB DDR4//FX8370 @4GHz, 16GB DDR3 1600, RX 470 + R9 270X// Dauercruncher i3 8300, 8GB RAM // Läppi B940 @2GHz

  16. Avatar von fromdusk
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    Zitat Zitat von pschoefer Beitrag anzeigen

    AMD weitet COVID-19-Hochleistungsrechnen-Förderung auf weitere Forschungsinstitute aus
    Unser Projekt gene@home (durchgeführt an der Universität Trient, Italien) wurde von AMD als Begünstigter ihrer COVID-19-Hochleistungsrechnen-Förderung ausgewählt, siehe die offizielle Bekanntgabe: https://www.amd.com/en/corporate/hpc-fund (engl.)
    Originaltext:
    Rechts oben ist es möglich die Sprache der Homepage zu ändern. Für alle die spanisch, portugiesisch oder deutsch usw. verstehen und interessiert sind.

  17. Avatar von pschoefer
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    #117

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    Guter Hinweis. Als ich die Projektmeldung übersetzte, konnte man das zwar auch schon umstellen, aber die deutschsprachige Version enthielt dann immer noch den englischsprachigen Text.
    Gruß
    Patrick

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  18. Avatar von taurec
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    #118

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    TN-Grid Platform: Paper published on IEEE Transactions on Emerging Topics in Computing
    The following article, "A Computing System for Discovering Causal Relationships among Human Genes to Improve Drug Repositioning," is available under the "Early Access" area on IEEE Xplore. This article has been accepted for publication in a future issue of this journal, but has not been edited and content may change prior to final publication. This paper appears in: IEEE Transactions on Emerging Topics in Computing, Digital Object Identifier: 10.1109/TETC.2020.3031024. You may find it here:
    https://ieeexplore.ieee.org/document/9224179
    Übersetzung:
    TN-Grid-Plattform: Papier zu IEEE-Transaktionen zu aufkommenden Themen im Computing veröffentlicht
    Der folgende Artikel mit dem Titel "A Computing System for Discovering Causal Relationships among Human Genes to Improve Drug Repositioning" ist im Bereich "Early Access" auf IEEE Xplore verfügbar. Dieser Artikel wurde zur Veröffentlichung in einer zukünftigen Ausgabe dieser Zeitschrift angenommen, wurde jedoch nicht redigiert, und der Inhalt kann sich vor der endgültigen Veröffentlichung ändern. Dieser Artikel erscheint in: IEEE Transactions on Emerging Topics in Computing, Digital Object Identifier: 10.1109/TETC.2020.3031024. Sie finden es hier:
    https://ieeexplore.ieee.org/document/9224179
    Übersetzt mit www.DeepL.com/Translator (kostenlose Version)


    Edit: Leider funktionieren die Links bei mir nicht - Firefox 81.02 - klappt das bei jemandem?

  19. Avatar von Handicap SG-FC
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    #119

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    Alle Links in deinem Post gehen bei mir.

    Gleiche FF Version

  20. Avatar von KidDoesCrunch
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    #120

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    Link ieeee... ging auf Anhieb, Link Deep erst im zweiten Anlauf.
    Aber mit FF habe ich seit längerem das phänomen das einige links (auch bei Direkteingabe) in einem neuen Tab nich funktionieren. In diesem Tab bekommt dann auch nix zum laufen. Tab zumachen und einen neuen aufmachen, dann gehts oder auch nicht. Gestern war es so extrem das ich den ganzen FF 3 mal terminieren musste bevor das Teil funktionierte. Mit Chrome keinerlei derartige Probleme.
    [myNumbers] || [myBadges]
    KIVA: Eintritt 2016/09 || 2016=204 || 2017=406 || 2018=693 || 2019=844 || 2020=(target=1.010) || 2020 Team-Target 111K ||

  21. Avatar von AxelS
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    #121

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    Keine Probleme mit den Links mit FF 81.0.2

  22. Avatar von pschoefer
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    #122

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    Zum Inhalt des Artikels: Im Rahmen von gene@home rekonstruiert TN-Grid derzeit menschliche Gennetzwerke. Der Artikel beschreibt die Methode und ihre Umsetzung sowie zwei Anwendungsbeispiele, bei denen es darum geht, bereits zugelassene medizinische Wirkstoffe zu finden, die auch gegen andere Krankheiten eingesetzt werden können (engl. Drug Repositioning): Prostatakrebs und koronare Herzkrankheit.
    Gruß
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