WCG: Microbiome Immunity Project

[Merhvo]

DIe Berechnung mag wohl meine Hardware nicht.... Alle 25 WU's die ich getsern bekommen hab, waren sofort mit Error wieder weg

[schilli74]

DIe Berechnung mag wohl meine Hardware nicht.... Alle 25 WU's die ich getsern bekommen hab, waren sofort mit Error wieder weg

Das hatte ich gestern auch, im "Result Log" bei WCG stand "app_version download error".
Ich habe den Inhalt des Ordners "www.worldcommunitygrid.org" gelöscht, danach einmal WCG aktualisiert damit der PC die Grunddaten neu bekommt.
Dann durfte ich noch einen Tag warten bis ich wieder ein paar WUs bekommen habe, an denen (9 WUs) ist der PC jetzt dran.
Vielleicht klappt das auch bei dir.

Gruß schilli

[Urs]

DIe Berechnung mag wohl meine Hardware nicht.... Alle 25 WU's die ich getsern bekommen hab, waren sofort mit Error wieder weg

Das hatte ich auch mal mit HST. Wenn Du einen 24/7 Rechner hast einfach mal runter und hoch fahren. Hat bei mir geklappt. Ev. die Sicherheitssoftware updaten.

[Merhvo]

@schilli
Ahh super, ich versuch das nachher mal

@Urs
Mein Rechner läuft zwar "durch" aber da ich seit etwa einem halben Jahr immer wieder mal einen Systemfreeze habe (keine Ahnung wo der ständig herkommt ), sollte es daran nicht liegen. Und meine Sicherheit halte ich eh immer aktuell

Edit:

Das Problem hat sich scheinbar von allein erledigt. Bin gerade heimgekommen und der Rechner ist voll mit WU's

[Flaeminger]

WUs bekomm ich offensichtlich genug, PG-Challenge vorbei,
die nächsten etwa 14 Tage werd ich mich hier aufhalten ...

hl

... um dann die fünf Jahre voll zu haben?

[HJL]

... um dann die fünf Jahre voll zu haben?

nöö, mit 5 geb ich mich da nicht ab, kannst getrost verdoppeln ....

hl

[XSmeagolX]

nöö, mit 5 geb ich mich da nicht ab, kannst getrost verdoppeln ....

hl

ich persönlich fände ja die 1 mit zwei Nullen ein viiiiiiieeeel ansprechenderes Ziel für dich!

[Flaeminger]

nöö, mit 5 geb ich mich da nicht ab, kannst getrost verdoppeln ....

hl

Da macht mir jemand ANGST

[stevenluet]

HJL ist ja auch kein Kleincruncher.

[Defender]

Dieses Subprojekt hier verwendet übrigens als Unterbau den Rosetta-Code aus dem Bakerlab. Das ist die gleiche Software, die auch für Rosetta@home verwendet wird. Bei UGM fand sie auch schon Verwendung.

[Acid303]

Anscheinend läuft die Versorgung mit wutzen jetzt rund, um die 100 hab ich immer auf der Platte. Dafür kommt gerade nix von HST, aber irgendwas ist ja immer.

[Felix_M_]

hab gestern abend auf meinem pc mal ne oet gefunden, obwohl ich seit erscheinen nur noch mip angekreuzt hab, aber halt wenn nichts verfügbar ist andere, also war kurze zeit nichts verfügbar

[Flaeminger]

Hallo ihr,

ich habe auf meinem System i/, Windows 10 seit dem letzten update nur noch "Error"-Abbrüche mit folgendem Meldungen

<core_client_version>7.8.3</core_client_version>
<![CDATA[
<message>
too many exit(0)s</message>
]]>

Hat noch jemand diese Probleme, die resends laufen dann meistens ordentlich durch.

[Urs]

Mal was zum Thema. Mikrobiome scheinen auch im Gehirn vorzukommen.

https://www.heise.de/tp/features/Leb...n-4221415.html

[Dennis-TW]

Hier die deutsche Übersetzung des monatlichen Updates für MIP:

Hier sind Notizen aus dem heutigen monatlichen Gespräch mit den MIP Forschern.

1. Sie arbeiten daran, mehr Batches zu erstellen - in der Regel möchten sie mindestens 2.000 zum Herunterladen zur Verfügung haben, aber sie möchten in Zukunft einen größeren Überhang haben. Der erste Schritt (an dem sie arbeiten) besteht darin, mehr Ziele zu erzeugen, um sie zu betrachten.
2. Sie legen einen informellen Bericht auf einem Pre-Print-Server (keine offizielle Publikation) auf, der einen Überblick darüber gibt, wie die Forscher die MIP-Daten nutzen wollen. Sobald der Bericht fertig ist, werden wir ihn im MIP-Forum veröffentlichen. Dieser Bericht gilt als Vorwort (oder Einführung) zu den drei formalen Berichten, über die sie in ihren Projekt-Updates gesprochen haben.
3. Die drei kommenden Berichte werden sich mehr auf die Vorhersage der Proteinfunktion und die Biologie konzentrieren.
4. Der Forscher in Polen hielt vor einigen Wochen bei einem lokalen Treffen einen hochrangigen Vortrag über das Projekt.

Aktualisierung des Fortschritts der Arbeitseinheit (Stand 1. Oktober):
Verfügbar zum Download: 1.730 Batches*
In Bearbeitung: 9.925 Batches (16.285.432 Arbeitseinheiten)
Abgeschlossen: 22.1948 Batches gesamt, 7.749 in den letzten 30 Tagen, 258/Tag durchschnittlich

*HINWEIS - Die Forscher bauen mehr Batches - das ist nur die Zahl, die zum Zeitpunkt dieses Beitrags zum Download zur Verfügung steht. Die Forscher haben keine Schätzung, wie viele Gesamtbatches sie für das Projekt einreichen werden.

Link zum Original

[Defender]

Zum Thema dieses Subprojekts hat arte einen interessanten Beitrag im Angebot.

[Dennis-TW]

Danke, musste zwar auf YouTube ausweichen, da das Video auf der Arte Seite für mich geogeblockt ist, aber dafür hat sich der "Scheiß" trotzdem gelohnt. Und das ist in diesem Fall wirklich ein Kompliment

[walli]

Yep, danke ebenso

[michael]

Eben geschaut empfehlenswert

[Dennis-TW]

Hier die deutsche Übersetzung des November Updates für MIP. Hab ich letzten Monat leider übersehen, aber keiner hats gemerkt

Wäre nett, wenn dies auch noch in den Blogbeitrag eingefügt werden könnte.

Ich habe gerade unseren monatlichen Anruf mit dem Forschungsteam abgeschlossen.

1. Sie generieren weitere Arbeitseinheiten, um das aktuelle Angebot von etwa 13 Tagen zu erweitern. An dieser Stelle erwartet das Forschungsteam, dass noch etwas mehr Arbeit bereitgestellt wird.

2. Das WCG Tech Team untersucht etwa ein Dutzend Batches von Arbeitseinheiten, die anscheinend mit einigen Problemen zu uns zurückgekommen sind. (Dies ist ein sehr kleiner Prozentsatz der Gesamtproduktion.)

3. Das Forschungsteam führte eine Modellqualitätsbewertung von etwa 50k Batches durch, die sie in den letzten Wochen zurückerhalten haben. Sie sind sehr zufrieden mit der Qualität der Daten, die sie vom Netz erhalten, sogar wenn längere Modelle ausgegeben werden und wiederkommen.

4. Sie sind dabei, ihren ersten Forschungsbericht zur Einreichung vorzubereiten (mit Änderungen aufgrund vieler zusätzlicher Daten, die von uns kommen), haben aber versprochen, bis Ende des Jahres ein weiteres Projekt-Update zu erstellen.

Aktueller Status der Arbeitseinheiten:

Verfügbar zum Download: 4.130 Batches
In Bearbeitung: 8.345 (16.453.293 Arbeitseinheiten)
Abgeschlossen: 232.858 insgesamt - 9.451 in den letzten 30 Tagen - durchschnittlich 315 pro Tag
Geschätzter Überhang: 13,1 Tage

Link zum Original

Zu 2.: In der Folgezeit stellte sich heraus, dass 13 MIP-Batches erneut berechnet werden müssen:

Wir haben kürzlich ein Problem mit einigen der Skripte identifiziert, die Ergebnisse verpacken und an die Forscher senden. Es gab ein seltenes Zeitfenster, in dem, wenn die Datenbank an einem bestimmten Punkt während des Paketierungsauftrags nicht zugänglich wurde, das Paketierungsskript die Ergebnisse falsch bereinigen/löschen konnte, obwohl sie nicht korrekt verpackt und an Forscher gesendet wurden. Leider geschah dies immer auch vor dem Backup-Schritt, so dass bei diesem Schritt die Ergebnisse dauerhaft verloren gingen. Wir haben bereits eine Lösung für dieses Problem bereitgestellt, um zu verhindern, dass es erneut auftritt, aber es betraf eine Reihe von MIP1-Batches.

Quelle

- - - Aktualisiert - - -

Und hier dann gleich die Übersetzung des Dezember Updates für MIP:

Wir haben unseren Anruf mit dem Forschungsteam soeben abgeschlossen.

1. Sie hoffen, dass ihr Forschungsbericht (erwähnt im Update des letzten Monats) vor Ende 2019 eingereicht wird.

2. Sie arbeiten auch an einem Projekt-Update für uns, haben aber auch einige fällige Förderanträge, die Vorrang haben.

3. Sie erzeugen mehr Arbeitseinheiten - noch ohne genauen Zeitplan. Wir werden alle wissen lassen, ob es eine Lücke zwischen der Zeit, in der wir keine Arbeit mehr haben, und der Zeit, in der wir neue Arbeit erhalten, gibt.

4. Sie werden im Februar vielleicht auf einer Protein Datenbank Konferenz in den USA eine Präsentation halten - weitere Informationen folgen, falls dies geschieht.

Aktueller Status der Arbeitseinheiten:

Verfügbar zum Download: 0 Batches
In Bearbeitung: 12.283 Batches (22.322.341 Arbeitseinheiten)
Abgeschlossen: 240.624 Batches - 8.370 Batches in den letzten 30 Tagen - durchschnittlich 279 Batches pro Tag
Geschätzter Überhang: 0 Tage

Link zum Original

Dividiert man die aktuell in Bearbeitung befindlichen Batches mit der durchschnittlichen Anzahl der fertig gestellten Batches pro Tag, so kommt man auf 44 Tage. Falls es bis Mitte Januar also keine neue Arbeit vom Forschungsteam gibt, könnte auch bei MIP eine Pause entstehen.

[pschoefer]

Hier die deutsche Übersetzung des November Updates für MIP. Hab ich letzten Monat leider übersehen, aber keiner hats gemerkt

Gemerkt schon beim Zusammenbasteln des Blogeintrags; aber die Möglichkeit, dass es dort vielleicht keine Nachrichten gäbe, erschien plausibel genug, dass ich mir die Nachfrage sparte.

Wäre nett, wenn dies auch noch in den Blogbeitrag eingefügt werden könnte.

[Dennis-TW]

Hier die deutsche Übersetzung des Januar-Updates für MIP:

Wir haben gerade unser monatliches Gespräch mit dem MIP-Forschungsteam beendet.

1. Wir haben die Forscher wissen lassen, dass wir die Arbeitseinheiten in letzter Zeit etwas schneller berechnen. (Sie fragten warum, und wir ließen sie wissen, dass wir kürzlich ein Projekt beendet haben und ein anderes Projekt auf Pause steht, so dass die Freiwilligen mehr MIP-Arbeiten durchführen).

2. Sie arbeiten an einem Projekt-Update, wie im Dezember-Update erwähnt. Sie hatten Fördermittelanträge, die zuerst fertig werden mussten.

3. Die Arbeit an den Forschungsberichten, die in früheren Updates erwähnt wurden, geht weiter. Der erste Forschungsbericht, der im Dezember-Update erwähnt wird, durchläuft eine letzte Runde von Bearbeitungen, bevor er eingereicht wird.

4. Sie werden im Februar am University College London eine Präsentation halten und werden Informationen über das Projekt in ihre Präsentation aufnehmen. Möglicherweise werden sie im Februar auch an anderen Universitäten in Großbritannien eine Präsentation halten.

Aktueller Status der Arbeitseinheiten:

Verfügbar zum Download: 2.079 Batches
In Arbeit: 12.232 Batches (21.675.372 Arbeitseinheiten)
Erledigt: 255.654 Batches insgesamt - 13.291 Batches in den letzten 30 Tagen - durchschnittlich 443 Batches pro Tag
Geschätzter Überhang: 4,7 Tage

Link zum Original

[Dennis-TW]

Das in den Gesprächsprotokollen angesprochene Projekt-Update für MIP wurde am 20. Januar veröffentlicht. Hier die deutsche Übersetzung:

Von: Das Forschungsteam des Microbiome Immunity Project
20. Januar 2020

Zusammenfassung

Das Microbiome Immunity Project hat (bisher) fast 275.000 einzigartige Proteinstrukturen identifiziert, mehr als 430 Millionen Arbeitseinheiten zurückgesendet und zur Entwicklung einer wichtigen neuen wissenschaftlichen Technik geführt.

Eine wachsende Zahl einzigartiger Proteinstrukturen

Dank der begeisterten Teilnahme von Freiwilligen des World Community Grid hat das Microbiome Immunity Project bis heute fast 275.000 einzigartige Proteinstrukturen identifiziert. Sie helfen uns weiterhin dabei, neue Ergebnisse schneller als je zuvor zu erzielen!

Unsere neue Methode zur Vorhersage von Proteinfunktionen

Neben dem Erstellen und Senden von Arbeitseinheiten haben wir in den letzten sechs Monaten hart an der Entwicklung einer neuen Methode zur Vorhersage von Proteinfunktionen gearbeitet, die sowohl die Sequenz als auch die Struktur eines Proteins verwendet. Das Verständnis der Proteinfunktion ist wichtig, weil dieses Wissen den Wissenschaftlern hilft, zu erforschen, wie die bakteriellen Proteine miteinander und mit ihren Wirten interagieren, und zu bestimmen, welche Proteine oder biochemischen Wege bei einer Reihe von Krankheiten eine Rolle spielen können.

Die neu von uns entwickelte Methode ist effektiver als jede andere Technik, die bisher entwickelt wurde, weil sie Informationen über die Struktur von Proteinen nutzt, was für das Verständnis der Funktionsweise der Biologie von entscheidender Bedeutung ist. Bisherige moderne Methoden stützten sich nur auf die Proteinsequenzinformation, zum Teil aufgrund technologischer Beschränkungen, und weil die Forscher nie genug Proteinstrukturdaten zur Verfügung hatten, um solche Vorhersagen breit anwendbar zu machen. Wir haben uns mit beiden Problemen auseinandergesetzt; das technologische Problem wurde durch die Entwicklung einer innovativen, auf Deep Learning basierenden Methode mit Hilfe von Convolutional Neural Networks angegangen, die eine überlegene Vorhersagekraft bietet; und das Problem der Datenverfügbarkeit, indem wir deine Hilfe im Rahmen des Microbiome Immunity Project aufgenommen und eine Sammlung von 3D-Proteinstrukturmodellen in einem noch nie dagewesenen Umfang erstellt haben.

Das einzigartige und wichtige Merkmal unserer Methode ist, dass sie gleichermaßen gut mit experimentellen 3D-Strukturen und Rechenmodellen funktioniert, wie die, die wir im Rahmen des Microbiome Immunity Project erstellen. Deshalb passen beide perfekt zusammen: unsere hochmoderne Funktionsvorhersagemethode und die Ergebnisse des Microbiome Immunity Project. Bezeichnenderweise ist unsere Methode derzeit die einzige, die 3D-Strukturen verwendet.

Wir sind so begeistert von unserer neuen Funktionsvorhersagemethode, dass wir unsere Ergebnisse als Vorabdruck online zur Verfügung gestellt haben, den du hier lesen kannst. Wir arbeiten jetzt an einem vollständigen Bericht, den wir bei einem Peer Review Journal einreichen wollen. Wir werden Bescheid geben, sobald er veröffentlicht ist.

Nächste Schritte

Wir planen nun, alle bekannten Daten des Mikrobioms des menschlichen Darms mit unserer neuen Methodik in Kombination mit den Ergebnissen des Microbiome Immunity Project zu versehen. Dadurch werden wir qualitativ hochwertigere und umfassendere Daten erhalten, die uns und schließlich auch anderen Forschern helfen werden, die Funktionsweise des Mikrobioms besser zu verstehen.

Wir wissen eure Unterstützung für dieses Projekt zu schätzen!

Link zum Original

[fufu]

Nächstes Update:

Wir haben gerade unsere monatliche Telefonkonferenz mit dem Forschungsteam beendet.

1. Die Forscher bauen derzeit weitere Arbeitseinheiten (etwa 640 Batches), die uns zugesandt werden sollen, und rechnen damit, dass in naher Zukunft weitere 2.000 Batches gebaut werden.
2. Jetzt, wo die Forscher mehr Arbeitsstunden in die Datenanalyse, das Schreiben von Papieren und die Veröffentlichung des Projekts investieren, schicken sie uns die Arbeit in einem langsameren Tempo, damit sie mit den neuen Daten, die sie von uns zurückerhalten, Schritt halten können.
3. Das Technik-Team rechnet nicht mit Arbeitsausfällen bei der langsameren Geschwindigkeit.
4. Die Forscher führen eine neue Art von Analyse der Arbeitseinheiten durch, die sie von uns erhalten haben. Weitere Einzelheiten werden folgen, wenn sie diese Analysemethode verfeinern.

Aktueller Status der Arbeitseinheiten:

Zum Herunterladen verfügbar: 684 Batches
In Bearbeitung: 9.696 Batches (6.188.242 Arbeitseinheiten)
Abgeschlossen: 266.278 insgesamt - 11.912 in den letzten 30 Tagen - durchschnittlich 397 pro Tag
Geschätzter Rückstand: 1,7 Tage

[fufu]

Das heutige Update:

Microbiome Immunity Project Update vom 03.03.2020

Wir hatten gerade unseren monatlichen Anruf mit dem Forschungsteam.

1. Wir haben jetzt viel Arbeit im Rückstand (siehe unten), und weitere Arbeit steht uns noch bevor.
2. Sie reichen ihre erste Arbeit bei verschiedenen akademischen Zeitschriften ein. Wir werden es allen mitteilen, sobald es angenommen ist.
3. Mehrere der Forscher haben im vergangenen Monat bei einigen akademischen Treffen in London anderen Wissenschaftlern Präsentationen über das Projekt gegeben. Einige dieser anderen Wissenschaftler waren daran interessiert, Zugang zu den Ergebnissen zu erhalten, die das MIP-Team gemäß unserer Politik der offenen Datenverarbeitung weitergeben wird.
4. Sie setzen die Arbeit an ihrer neuen Analysemethode fort, die bisher vielversprechend aussieht. Sie müssen noch herausfinden, wie genau die neue Methode bei neuartigen Proteinstrukturen sein wird (was sehr schwierig zu testen ist).

Aktueller Status der Arbeitseinheit:

Zum Herunterladen verfügbar: 6.976 Batches
In Bearbeitung: 9.430 Batches (17.375.990 Arbeitseinheiten)
Abgeschlossen: 274.361 insgesamt - 9.047 in den letzten 30 Tagen - durchschnittlich 301 pro Tag
Geschätzter Rückstand: 23 Tage