WCG: Microbiome Immunity Project

[Dennis-TW]

Hier die deutsche Übersetzung des April-Updates für MIP:

Das haben wir heute während unseres Anrufs mit dem Forschungsteam besprochen.

1. Das Mitglied des Forschungsteams, Bryn Taylor, wird in Kürze ihre Dissertation verteidigen (aus der Ferne statt persönlich, da in ihrem Bundesstaat eine Ausgangsbeschränkung besteht). Wir wünschen ihr viel Glück!

2. Es gibt derzeit einen Arbeitspuffer von über 30 Tagen für das Projekt auf unseren Servern.

3. Sie führen eingehendere Analysen der Daten durch, die sie von den WCG erhalten, und erwähnten, dass die Qualität der von erhaltenden Daten im Vergleich zu anderen Methoden gut ist. Dies ist eine weitere Bestätigung, dass die Ergebnisse, die sie von uns erhalten, gültig sind.

4. Sie hatten geplant, sich im vergangenen Monat persönlich in New York City zu treffen, um ein MIP-Forschertreffen abzuhalten. Da dies nicht möglich war, organisierten sie stattdessen eine dreitägige Videokonferenz zwischen den Forschern in Neuseeland, Polen und den USA. Sie werden uns so bald wie möglich ein kurzes Update darüber schicken.

5. Sie warten auf die Rückmeldung zu einem Forschungsbericht, der zur Prüfung für eine Veröffentlichung eingereicht wurde, und sind fast fertig, noch einen weiteren einzureichen.

Aktueller Status der Arbeitseinheiten:

Zum Herunterladen verfügbar: 7.645 Batches
In Bearbeitung: 7.053 Batches (21.346.582 Arbeitseinheiten)
Abgeschlossen: 282.723 Batches - 6.723 Batches in den letzten 30 Tagen - durchschnittlich 224 Batches pro Tag
Geschätzter Arbeitspuffer: 34 Tage

[Dennis-TW]

Hier die deutsche Übersetzung des Mai-Updates für MIP:

Hier ist das, was wir heute während unseres Anrufs mit dem Forschungsteam besprochen haben.

1. Bryn Taylor verteidigte vor einigen Wochen erfolgreich ihre Doktorarbeit. Herzlichen Glückwunsch, Dr. Taylor!

2. Sie sind fast fertig mit einem kurzen Projekt-Update, das einen Link zu einem Vorabdruck ihres ersten Forschungsberichts enthalten wird. Wir werden das Update und den Link veröffentlichen, sobald sie fertig sind. Der Forschungsbericht wurde noch nicht zur Veröffentlichung in einer Zeitschrift angenommen.

3. Sie arbeiten an zwei weiteren Forschungsberichten - derzeit in der Phase der Datenanalyse bei beiden.

4. Wie bereits im letzten Monat erwähnt, arbeiten sie weiterhin an Modell-Qualitätsbewertungen, die ihnen helfen sollen, die Qualität der Daten zu bestimmen, die sie von uns erhalten. Bis jetzt erhalten sie in 75-80% der Fälle die erwarteten Ergebnisse. Jetzt prüfen sie, wie sie die verbleibenden 20-25% angehen können.

Aktueller Status der Arbeitseinheiten:

Zum Herunterladen verfügbar: 5.416 Batches
In Bearbeitung: 8.436 Batches (17.513.030 Arbeitseinheiten)
Abgeschlossen: 28.7891 Batches - 5.469 Batches in den letzten 30 Tagen - durchschnittlich 182 Batches pro Tag
Geschätzter Arbeitspuffer: 29 Tage

[Dennis-TW]

Hier die deutsche Übersetzung des Juni-Updates für MIP:

Wir haben gerade unser monatliches Gespräch mit dem Forschungsteam abgeschlossen.

1. Die durchschnittliche Laufzeit des Projekts lag in diesem Jahr bei etwa 150 CPU-Jahren pro Tag. Die Forscher halten dies für den "Sweet Spot", um ihnen eine gute Datenmenge zu liefern, die sie in einem überschaubaren Tempo analysieren können.

2. Sie haben ein kurzes Projekt-Update geschrieben, das wir nach unserem letzten monatlichen Anruf veröffentlicht haben.

3. Die erste wissenschaftliche Veröffentlichung des Forschungsteams wird noch geprüft, und es wird weiterhin an weiteren Veröffentlichungen gearbeitet.

Aktueller Stand der Arbeitseinheiten:

Zum Herunterladen verfügbar: 3.437 Batches
In Bearbeitung: 7.472 Batches (12.399.105 Arbeitseinheiten)
Abgeschlossen: 294.485 Batches insgesamt - 7.011 Batches in den letzten 30 Tagen - durchschnittlich 233 Batches pro Tag
Geschätzter Arbeitspuffer: 14 Tage

[Dennis-TW]

Hier die deutsche Übersetzung des Juli-Updates für MIP:

Wir haben gerade unser monatliches Gespräch mit dem Forschungsteam beendet.

1. Wir besprachen die jüngste Rate der Batches pro Tag und den Arbeitspuffer (siehe unten für die neuesten Statistiken). Das Forschungsteam ist dabei, weitere Batches aufzubauen, die wir Ende dieser Woche oder Anfang nächster Woche haben sollten. Sie sind mit dem derzeitigen Tempo zufrieden.

2. Wir haben an anderer Stelle im Forum auf eine kürzlich gestellte Frage zum MIP hingewiesen. Einer der Forscher wird die Frage selbst beantworten.

3. Sie setzen die Arbeit an den Veröffentlichungen fort, die wir in früheren Updates erwähnt haben. Eine Arbeit wurde von der ersten Zeitschrift, bei der sie eingereicht haben, nicht angenommen (obwohl sie gute Rezensionen erhielt, aber das menschliche Mikrobiom steht für viele Zeitschriften im Moment nicht weit oben auf der Prioritätsliste), so dass sie sie für eine andere Zeitschrift vorbereiten. Ein weitere Veröffentlichung ist fast fertig zur Einreichung.

Aktueller Status der Arbeitseinheiten:

Zum Download verfügbar: 775 Batches
In Bearbeitung: 9.007 Batches (16.199.030 Arbeitseinheiten)
Abgeschlossen: 301.472 Batches insgesamt - 5.604 Batches in den letzten 30 Tagen - durchschnittlich 186 Batches pro Tag
Geschätzter Arbeitspuffer: 4 Tage

[Dennis-TW]

Hier die deutsche Übersetzung des (nicht) August-Updates für MIP:

Aufgrund von Terminkonflikten werden wir im August keine monatlichen Gespräche mit den Forschern führen. Das technische Team von WCG ist per E-Mail mit dem Forschungsteam in Kontakt getreten, und es gibt keine Probleme oder Neuigkeiten zu berichten.

Wir planen unser nächstes monatliches Gespräch mit den Forschern im September. Die Themen, die wir während dieses Aufrufs diskutieren, werden in einem Nachrichtenartikel auf der Webseite veröffentlicht.

Aktueller Status der Arbeitseinheiten:

Zum Herunterladen verfügbar: 6.892 Batches
In Bearbeitung: 6.824 Batches (15.636.609 Arbeitseinheiten )
Abgeschlossen: 308.730 Batches - 7.756 Batches in den letzten 30 Tagen - durchschnittlich 258 Batches pro Tag
Geschätzter Arbeitspuffer: 26 Tage

[Dennis-TW]

Hier die deutsche Übersetzung des September-Updates für MIP:

Checkpointing überprüfen

Beim verteilten Rechnen ist das Checkpointing eine Technik, mit der sichergestellt wird, dass Arbeitseinheiten auch dann abgeschlossen werden können, wenn das Gerät, das an ihnen arbeitet, eine Pause macht, ohne dass die Arbeitseinheiten neu gestartet werden müssen. Das technische Team von World Community Grid hat kürzlich einige Arbeiten zu einem Checkpointing Problem für die Arbeitseinheiten des Microbiome Immunity Projekts durchgeführt. Wir gehen davon aus, dass es aufgrund dieses Problems zu keinem Verlust von Forschungsdaten kommen wird.

Laufende Berichte

Das Forschungsteam arbeitet derzeit an drei Berichten, die sich auf die von World Community Grid verarbeiteten Daten beziehen.

Bericht #1 - wird demnächst, hoffentlich in den nächsten Wochen, bei einer Zeitschrift eingereicht
Bericht #2 - Fertigstellung der Analyse und der Grafiken für das Manuskript, das bis Ende 2020 bei einer Zeitschrift eingereicht werden soll
Bericht #3 - Arbeit an der Datenanalyse, keine geschätzte Zeit für die Einreichung

Aktueller Status der Arbeitseinheiten

Zum Herunterladen verfügbar: 3.923 Batches
In Bearbeitung: 5.148 Batches (15.564.135 Arbeitseinheiten)
Abgeschlossen: 313.375 Batches (4.852 Batches in den letzten 30 Tagen,
durchschnittlich 161,7 Batches pro Tag)
Geschätzter Arbeitspuffer: 24 Tage

[Dennis-TW]

Hier die deutsche Übersetzung des Oktober-Updates für MIP:

Potenzielle neue Art von Arbeitseinheiten

Das Forschungsteam möchte Änderungen an den Arbeitseinheiten vornehmen, die es beim World Community Grid einreicht. Diese Änderungen könnten ihre Forschung möglicherweise beschleunigen. Sie haben unserem technischen Team einige experimentelle Arbeitseinheiten zum Testen gegeben. Dieser Prozess befindet sich noch im Anfangsstadium der Erprobung, und die Forscher und das technische Team werden noch einige Zeit gemeinsam an diesen neuen Einheiten arbeiten.

Wir werden im Laufe der Arbeiten weitere Informationen bereitstellen. In der Zwischenzeit gibt es noch viel Forschungsarbeit, die mit der derzeitigen Art von Arbeitseinheiten durchgeführt werden muss.

Laufende Forschungsberichte

Das Forschungsteam arbeitet an drei Forschungsberichten, die sich auf die von World Community Grid verarbeiteten Daten beziehen. Ein Forschungsbericht wurde vor kurzem bei einer Zeitschrift eingereicht; wir werden weitere Informationen bereitstellen, wenn er angenommen wird. Die anderen beiden Forschungsberichten befinden sich in der Phase der Datenanalyse.

Aktueller Status der Arbeitseinheiten

Zum Herunterladen verfügbar: 3.353 Batches
In Bearbeitung: 3.965 Batches (9.344.968 Arbeitseinheiten)
Abgeschlossen: 317.650 Batches (3.726 Batches in den letzten 30 Tagen,
durchschnittlich 124,2 Batches pro Tag)
Geschätzter Arbeitspuffer: 27 Tage

[Dennis-TW]

Hier die deutsche Übersetzung des November-Updates für MIP:

Potenzielle neue Art von Arbeitseinheit

Wie wir bereits im Update letzten Monat erwähnt haben, möchte das Forschungsteam Änderungen an den Arbeitseinheiten vornehmen, die sie beim World Community Grid einreichen. Diese Änderungen könnten ihre Forschung möglicherweise beschleunigen.

Das technische Team von World Community Grid hat den ersten Satz dieser neuen Arbeitseinheiten getestet. Zurzeit arbeiten sie mit den Forschern an Folgendem:

• Standardisierung der Länge der neuen Arbeitseinheiten
• Entscheidung, ob sie mehr physischen Speicher als normal benötigen
• Änderungen an den Bildschirmschonergrafiken vornehmen

Zu diesem Zeitpunkt ist das technische Team der Ansicht, dass die für die neuen Arbeitseinheiten erforderlichen Codeänderungen keine gesonderte Sicherheitsüberprüfung erfordern werden. (Wir werden alle wissen lassen, wenn sich dies ändert).

Wir werden weiterhin Informationen zur Verfügung stellen, während diese Arbeit voranschreitet. In der Zwischenzeit gibt es mit der derzeitigen Art von Arbeitseinheiten noch viel Forschungsarbeit zu leisten.

Laufende Forschungsberichte

Das Forschungsteam setzt seine Arbeit an drei Forschungsberichten fort, die sich auf die von World Community Grid verarbeiteten Daten beziehen. Ein Forschungsberichte wurde im Oktober bei einer Zeitschrift zur Begutachtung eingereicht und wird noch geprüft. Die übrigen beiden Forschungsberichte befinden sich in der Phase der Datenanalyse, die voraussichtlich noch einige Monate dauern wird.

Aktueller Status der Arbeitseinheiten

Zum Herunterladen verfügbar: 713 Batches
In Bearbeitung: 4.970 Batches (7.006.135 Arbeitseinheiten)
Abgeschlossen: 317.650 Batches (1.959 Batches in den letzten 30 Tagen,
durchschnittlich 65 Batches pro Tag)
Geschätzter Vorrat: 10 Tage (die Forscher erstellen weitere Arbeitseinheiten, und wir rechnen nicht mit einer Arbeitspause)

[Dennis-TW]

Hier die deutsche Übersetzung des Dezember-Updates für MIP:

Potenzielle neue Art von Arbeitseinheit

Wie wir erstmals im Oktober-Update erwähnt haben, möchte das Forschungsteam Änderungen an den Arbeitseinheiten vornehmen, die sie beim World Community Grid einreichen. Diese Änderungen könnten ihre Forschung möglicherweise beschleunigen.

Das technische Team von World Community Grid arbeitet mit den Forschern weiterhin an Folgendem:

• Standardisierung der Länge der neuen Arbeitseinheiten

• Entscheidung, ob sie mehr physischen Speicher als normal benötigen

• Änderungen an den Bildschirmschonergrafiken vornehmen

Wir werden weiterhin Informationen zur Verfügung stellen, während diese Arbeit voranschreitet.

Neue Technologie angekündigt

Vor ein paar Wochen nahmen die Forscher an der alle zwei Jahre stattfindenden Konferenz zur Vorhersage von Proteinstrukturen (CASP14) teil. In diesem Jahr hörten sie von einer brandneuen Technologie, die einen großen Einfluss auf das Problem der Proteinstrukturvorhersage und die Untersuchung von Proteinformen im Allgemeinen haben könnte. Es ist sehr aufregend, solche Fortschritte auf dem Gebiet zu sehen, von denen wir alle langfristig profitieren werden.

In den kommenden Monaten werden die Forscher mehr über diese Technologie erfahren, ob und wie man sie einsetzen kann und wie rechnerisch machbar sie in dem Maßstab ist, an dem sie arbeiten. Sie werden uns wissen lassen, ob/wann das Microbiome Immunity Project sie einsetzen wird.

Aktueller Stand der Arbeitseinheiten

Zum Herunterladen verfügbar: 4.242 Batches
In Bearbeitung: 4.864 Batches (5.865.035 Arbeitseinheiten)
Abgeschlossen: 321.694 Batches (2.476 Batches in den letzten 30 Tagen,
durchschnittlich 82,5 Batches pro Tag)
Geschätzter Vorrat: 51 Tage

[fufu]

Neue Technologie angekündigt

Vor ein paar Wochen nahmen die Forscher an der alle zwei Jahre stattfindenden Konferenz zur Vorhersage von Proteinstrukturen (CASP14) teil. In diesem Jahr hörten sie von einer brandneuen Technologie, die einen großen Einfluss auf das Problem der Proteinstrukturvorhersage und die Untersuchung von Proteinformen im Allgemeinen haben könnte. Es ist sehr aufregend, solche Fortschritte auf dem Gebiet zu sehen, von denen wir alle langfristig profitieren werden.

Das spielt sicher auf den Erfolg von Deepmind (Alphabet Tochter) bei CASP14 an. Die Google Schwester hat es erstmals geschafft die Struktur von 70 der 100 Proteine so präzise vorherzusagen, wie es sonst nur im Experiment möglich gewesen wäre. Das ist ein enormer Fortschritt noch zum letzten Wettbewerb. Ein paar mehr Hintergründe findet man hier.

Edit: Frage mich ernsthaft ob dann so ein Projekt wie Folding@Home auf einmal überflüssig wird, sofern sie nicht Zugriff auf dieselben Algorithmen haben.
Update: Ich habe dazu eine ganz gute Antwort im Folding@Home Forum gefunden. Zusammengefasst habe ich verstanden: Deepmind hat es geschafft unbekannte Zielzustände für gefaltete Proteine korrekt vorherzusagen. Allerdings beschäftigt sich F@H weniger mit dem gefalteten Zielzustand sondern vielmehr mit dem was dazwischen alles "schiefgehen" kann. D.h. das Ziel ist ein anderes. Hier der Link.