QuChemPedIA@home

[taurec]

servus Germane :-)
hm, ich rechne da jetzt schon seit mindestens drei Wochen die langen WUs. Welche WUs hast du eingestellt? long?
Die long benötigen bis zu 900 MB an RAM, sollte aber bei deinem Rechner mit 32GB kein Problem sein.
Oder rechnest du nur die kurzen? Über Virtual Box? Dann könnte die VBox-Version ein Problem sein.
Mein Betriebssystem Linux 64bit. Evtl. können wir da was finden, wenn du Windows nutzt.

Edit: Die WUs (long) bei mir laufen schon mal 26 Stunden im Schnitt. Die Laufzeit-Anzeige funktioniert aber annähernd.

[DerLetzteGermane]

Hi,
ich benutzt Boinc +VBox unter Windows. Habe 4 von 12 fertig, die sind jetzt ausstehend. Ein "Long" hatte ich dabei auch der hat genau nach 5min ein Fehler gehabt. Alles läuft bei mir als vbox64_t1
Werde jetzt erstmal WCG jetzt machen und mich dann auf Prime Event vorbereiten.
Gruß

[pschoefer]

Ein Artikel mit Ergebnissen von QuChemPedIA@home wurde beim Journal of Cheminformatics eingereicht. Außerdem sind nun auch wieder kurze WUs mit kleinen Molekülen verfügbar.

Wissenschaftliche Veröffentlichung und neue WUs
Liebe Cruncher,

zunächst vielen Dank für eure Hilfe und euer Interesse an unserer Forschung.

Wir sind stolz, die bevorstehende Veröffentlichung unserer Arbeit an der Erzeugung von Molekülen mit künstlicher Intelligenz anzukündigen. Ihr könnt hier bereits den ersten Entwurf lesen: https://www.researchsquare.com/article/rs-36676/v1 (engl.). Es ist eine Rohversion fast ohne Formatierungen. Es gibt eine sauberere Version, die in ein paar Wochen herausgegeben werden dürfte. Der Artikel wird frei verfügbar sein, ebenso der Quellcode des Molekülgenerators und die Daten. Offene Wissenschaft!

Unsere Erforschung des chemischen Raums geht weiter und wir haben gerade mehr als 2,5 Millionen kleine Moleküle erzeugt. Ich weiß, dass einige Leute ungeduldig auf die Rückkehr der kurzen WUs warten und hier sind sie! Wie zuvor werden viele Berechnungen aufgrund instabiler Moleküle als nichtig betrachtet werden, aber das ist der Preis für eine unvoreingenommene Kartierung des chemischen Raums. Die ersten Ergebnisse sind vielversprechend und wir hoffen, dass diese 2,5 Millionen neuen Moleküle helfen werden, ein extrem nützliches Werkzeug für viele Chemiker anzubieten.

Mit freundlichem Gruß,
Benoit
18.07.2020, 10:31:44 MEZ

Originaltext:

Scientific publication and new WUs
Dear crunchers.

First of all, thank you very much for your help and for your interest in our research.

We are proud to announce the imminent publication of our work on the generation of molecules with AI. You can already read the first draft here : https://www.researchsquare.com/article/rs-36676/v1. It's a raw version with almost no formatting. We have a more polished version that should come out in few weeks. The article will be in open access, the molecule generator in open source and the data in open data. Open Science!

Our exploration of chemical space continues and we have just generated more than 2.5 million small molecules. I know that some people are waiting eagerly for the return of the short WU and here they are! As before, many calculations will be considered invalid because of unstable molecules, but this is the price for unbiased cartography of the chemical space. The first results are very encouraging and we hope that these 2.5 million new molecules will help to provide extremely useful tools for many chemists.

Sincerly
Benoit
18 Jul 2020, 9:31:44 UTC

[pschoefer]

Der vor zwei Monaten beim Journal of Cheminformatics eingereichte Artikel über das Molekül-Erzeugungsprogramm EvoMol wurde inzwischen begutachtet und veröffentlicht, die Zusammenfassung ist in der folgenden Übersetzung enthalten. Außerdem gibt es einen Ausblick auf bevorstehende Arbeiten.

Wissenschaftliche Veröffentlichung und Neuigkeiten
Liebe Cruncher,

vielen Dank für eure Hilfe.

Ich freue mich, die Veröffentlichung unseres neuesten Open-Access-Artikels über EvoMol, unser quelloffenes Molekül-Erzeugungsprogramm, bekanntzugeben.

EvoMol: ein flexibler und interpretierbarer evolutionärer Algorithmus zur unvoreingenommenen Neuschöpfung von Molekülen
Ziel dieser Arbeit ist das Entwerfen eines Molekül-Erzeugungsprogramms, das sowohl bekannte als auch weniger bekannte Abschnitte des chemischen Raums erforschen kann.
Unsere Methode muss sich flexibel an sehr unterschiedliche Probleme anpassen können. Daher muss sie mit oder ohne den Einfluss vorheriger Daten und Wissens funktionieren. Außerdem sollte sie unabhängig vom Erfolg so gut wie möglich interpretierbar sein, um Diagnosen und Verbesserungen zuzulassen.
Wir schlagen hier eine neue quelloffene Erzeugungsmethode zum sequentiellen Aufbau molekularer Graphen unter Verwendung eines evolutionären Algorithmus vor. Sie ist unabhängig von den Startwerten und kann bisher nicht gesehene chemische Verbindungen erzeugen. Um einen großen Abschnitt des chemischen Raums durchsuchen zu können, definieren wir einen ursprünglichen Satz von 7 generischen Mutationen nahe an der atomaren Ebene.
Unsere Methode erreicht hervorragende Leistungen und sogar Rekorde bei QED, plogP, SAscore und CLscore sowie dem Satz zielorientierter Funktionen in GuacaMol. Um ihre Flexibilität zu demonstrieren, gehen wir eine sehr andersartige Zielsetzung aus dem Gebiet der organischen molekularen Festkörper an. Wir zeigen, dass EvoMol allein von Methan ausgehend Sätze optimierter Moleküle mit hochenergetischen höchsten besetzten Molekülorbitalen (engl. highest occupied molecular orbital, HOMO) und niedrigenergetischen niedrigsten unbesetzten Molekülorbitalen (engl. lowest unoccupied molecular orbital, LUMO) erzeugen kann. Wir können auch Synthetisierbarkeit und strukturelle Eigenschaften einschränken. Schließlich erlaubt die Interpretierbarkeit von EvoMol die Darstellung seines Erforschungsprozesses als chemisch relevantes Baumdiagramm.

Ihr könnt den vollständigen Artikel kostenlos aufrufen:
https://www.researchgate.net/publica...lar_generation (engl.)
oder hier:
https://jcheminf.biomedcentral.com/a...21-020-00458-z (engl.)

Ihr könnt uns ein wenig mehr helfen, indem ihr diese Seiten besucht, um uns Sichtbarkeit zu verschaffen, und ihr könnt sie auch in euren Teamforen und/oder in Sozialen Netzwerken wie Twitter (@b_damota) teilen.

Wir arbeiten nun schon seit einiger Zeit am nächsten Artikel. Dieser wird sich insbesondere mit den seit Projektbeginn von euch durchgeführten Berechnungen befassen. Das Ergebnis wird ein frei zugänglicher Datensatz sein. Während wir diesen Artikel schreiben, arbeiten wir auch an den nächsten Schritten. Ohne zuviel zu verraten kann ich nur erzählen, dass eure Berechnungen uns helfen werden, ein einzigartiges, für Chemiker besonders nützliches Werkzeug vorzuschlagen. Wir werden euch natürlich auf dem Laufenden halten! Derzeit laufen zwei Kampagnen, die nicht die oben genannte Arbeit betreffen. Die "nwchem long"-WUs und die neuen "nwchem"-WUs mit dem Präfix "CL9" werden neue Ergebnisse für Artikel Ende 2021 oder 2022 hervorbringen.

Mit freundlichem Gruß,
Benoit
29.09.2020, 9:09:19 MEZ

Originaltext:

Scientific publication and news
Dear Crunchers.

Thank you very much for your help.

I am pleased to announce the publication of our latest open access article describing EvoMol, our opensource molecule generator.

EvoMol: a flexible and interpretable evolutionary algorithm for unbiased de novo molecular generation
The objective of this work is to design a molecular generator capable of exploring known as well as unfamiliar areas of the chemical space.
Our method must be flexible to adapt to very different problems. Therefore, it has to be able to work with or without the influence of prior data and knowledge. Moreover, regardless of the success, it should be as interpretable as possible to allow for diagnosis and improvement.
We propose here a new open source generation method using an evolutionary algorithm to sequentially build molecular graphs. It is independent of starting data and can generate totally unseen compounds. To be able to search a large part of the chemical space, we define an original set of 7 generic mutations close to the atomic level.
Our method achieves excellent performances and even records on the QED, penalised logP, SAscore, CLscore as well as the set of goal-directed functions defined in GuacaMol. To demonstrate its flexibility, we tackle a very different objective issued from the organic molecular materials domain. We show that EvoMol can generate sets of optimised molecules having high energy HOMO or low energy LUMO, starting only from methane. We can also set constraints on a synthesizability score and structural features. Finally, the interpretability of EvoMol allows for the visualisation of its exploration process as a chemically relevant tree.

You can find for free the full article :
https://www.researchgate.net/publica...lar_generation
or here :
https://jcheminf.biomedcentral.com/a...21-020-00458-z

You can help us a little bit more by visiting these pages to give us visibility and you can also share on your teams forums and/or social websites like tweeter.(@b_damota)

We have been working for some time now on the following article. It will deal in particular with the calculations you have made since the beginning of the project. The result will be an open access dataset. While we are writing this article we are also working on the next parts. Without divulging, I can only tell you that your calculations will help us to propose a unique tool that is particularly useful for chemists. We will of course keep you informed! Currently, two campaigns are in progress and do not concern the work mentioned above. The "nwchem long" units and the new "nwchem" with tasks with prefix "CL9" will also bring new results for articles probably end of 2021 or 2022.

Kindly
Benoit
29 Sep 2020, 8:09:19 UTC

[marodeur6]

Hallo zusammen,

ich hoffe, es rechnet noch einer das Projekt...
Ich habe eine Menge an Fehlern bei den normalen WUs, nicht long. Im Log sehe ich, dass sie ordentlich gerechnet worden sind und ohne Fehler beendet wurden.
Fehler sind Bestätigungsfehler oder Fertig, Bestätigung nicht möglich
Ich rechne mit Ubuntu unter Linux auf AMD CPUs. BOINC 7.16.6

Wenn die Menge an Fehlern so bleibt, dann gehe ich aus dem Projekt wieder raus. Formula Boinc hin oder her...

Update: Ich habe mal andere Rechner durchgesehen. Alle das gleiche Problem... also vergesst diesen Post.
Es ist, wie es ist.

[pschoefer]

Diese ungültigen Ergebnisse kommen dadurch zustande, dass bei der Art der durchgeführten Berechnungen durchaus chemisch unsinnige Ergebnisse auftreten können. Leider kann der Validator dann nicht unterscheiden, ob nun wegen ungünstiger Startwerte, wegen Hardwarefehlern oder wegen Manipulation Unfug gemeldet wurde. Angesichts der Häufigkeit des ersten Falls, in dem der Teilnehmer alles richtig gemacht hat, ist das vom Projekt sicher nicht gerade gut umgesetzt.

[marodeur6]

Hi Patrick,

danke für die Info.
Ich rechne jetzt trotzdem erstmal weiter, bis ich eine Mio voll habe.

[pschoefer]

Nach mehrtägigem Ausfall aufgrund eines Festplattendefekts läuft das Projekt jetzt wieder, erfreulicherweise ohne Datenverlust.

Großer Serverausfall
Hallo zusammen.

Der Server war aufgrund eines Ausfalls der Systemfestplatten fünf Tage lang nicht erreichbar. Mit großem Aufwand haben wir es geschafft, den Server ohne Datenverlust wieder ans Netz zu bringen. Die Festplatten-Redundanz ist wieder aktiv.

Bitte entschuldigt das Ausbleiben von Neuigkeiten. Die aktuelle Kampagne läuft noch immer und wir arbeiten auch an wissenschaftlichen Veröffentlichungen. Die Gesundheitssituation beschert uns viel zusätzliche Arbeit, aber wir geben nicht auf!

Mit freundlichen Grüßen,
Benoit
17.03.2021, 15:51:21 MEZ

Originaltext:

Big server failure
Hello everybody.

The server has been offline for 5 days due to a failure on the system disks. With a lot of work, we managed to get the server back online without any data loss. The disk redundancy is back online.

Sorry for the lack of news. The current campaign is still ongoing and we are also working on scientific publications. The health situation gives us a lot of extra work, but we don't give up!

Best regards
Benoit
17 Mar 2021, 14:51:21 UTC