WCG: OpenPandemics

[Dennis-TW]

WCG steht jetzt ebenfalls in den Startlöchern mit einem Projekt für den Kampf gegen Covid-19 und anderen Pandemien:

Liebe Freiwillige,

Heute hat IBM OpenPandemics, ein neues World Community Grid Projekt in Partnerschaft mit Scripps Research, angekündigt. Die Hauptziele dieses Projekts sind, sobald es gestartet ist:

- Suche nach möglichen Behandlungsmethoden für COVID-19.
- Entwicklung zusätzlicher Open-Source-Werkzeuge und Prozesse für die Arzneimittelentdeckung, die schnell zur Bekämpfung künftiger Pandemien und Epidemien eingesetzt werden können.

World Community Grid hat hinter den Kulissen gearbeitet, um das Projekt so schnell wie möglich auf den Weg zu bringen, und wir werden euch während dieses Prozesses auf dem Laufenden halten. Sobald wir mit den Alpha-Tests beginnen (interne Tests von Arbeitseinheiten, die letztlich an die Computer der Freiwilligen geschickt werden), werden wir in diesem Thread eine Ankündigung machen. Wir werden diesen Thread auch mit Links zu Ankündigungen über Beta-Tests, den Projektstart und regelmäßige Projekt-Updates aktualisieren, so dass jeder, der das Forum besucht, schnell die neuesten Informationen finden kann.

Um diese Ankündigungen für alle Forenbesucher so sichtbar wie möglich zu halten, wird dieser Thread gesperrt. Freiwillige werden ermutigt, über OpenPandemics in den folgenden Threads zu posten:

Coming soon: OpenPandemics - Questions about science and technology
Coming soon: OpenPandemics - Questions about work units and badges

Außerdem werden wir unsere Kommunikationsrichtlinien, die ihr hier nachlesen könnt, strikt durchsetzen.

Wir sind dankbar für jedermanns Unterstützung des World Community Grid und aller humanitären wissenschaftlichen Forschung. Jetzt stecken wir mehr denn je alle gemeinsam in dieser Sache.

Vielen Dank,
Juan

Link zum Original

[WBT112]

Auch gerade gelesen. Bin gespannt wann es losgeht

[Dennis-TW]

WCG pusht jetzt mal so richtig. So einen gelben Balken für ein anstehendes neues Projekt habe ich auf der WCG Homepage noch nie gesehen

[WBT112]

Ja ich hoffe, dass sie nächste Woche zumindest den Beta Test auf die Beine stellen.
FAH und Rosetta konnten ja schon massiv profitieren, wäre schön wenn sich das WCG auch noch einreiht.

[ToSp]

Ich werde mich dann auch wieder anschließen.

Doch frage ich mich warum dann diese Wissenschaftler Scripps Research sich nicht bei Folding@Home oder Rosetta@Home anschließen?
Warum muss man hier wieder eine "neues" Projekt starten?
Warum kann man sich hier nicht mit Rosetta@Home zusammenschließen, eben weil R@H ja auch schon den BOINC benutzt und hier auch immer wieder die WUs ausgehen??
Sind das denn alles so verschiedene Sachen die da berechnet werden und nicht in einem Projekt zusammengefasst werden können?

Liebe Grüße
Tobias

[Urs]

Sind das denn alles so verschiedene Sachen die da berechnet werden und nicht in einem Projekt zusammengefasst werden können?

F@H und R@H beschäftigen sich mit der Faltung der Proteine. Wobei das Andocken eines Medi auch bei F@H eine Rolle spielt.
WCG soll ein docking experiment werden. Ist also nicht dasselbe.

Sich zusammen zutun ist nicht so einfach. Welche Software läuft auf den Servern, Wie sind die Aufgaben geskriptet usw. Das soll bei WCG ja auch auf win, linux mcos und android laufen. Unterschiedliche Programme/Software machen aber die Vergleichbarkeit ungenau und damit für die Wissenschaft wertlos.
Immerhin will WCG darauf achten das sich die Berechnungen nicht mit anderen überschneiden.. So zumindest im Originalpost zu lesen.

[Dennis-TW]

Hier die offizielle Antwort:

Folding@Home and Rosetta@Home are leveraging different computational research techniques - predicting the protein structure of the virus, whereas OpenPandemics will be predicting which chemical compounds dock against COVID-19 protein targets. Both approaches are valid and valuable.

Folding@Home und Rosetta@Home nutzen verschiedene computergestützte Forschungstechniken - sie sagen die Proteinstruktur des Virus voraus, während OpenPandemics vorhersagen wird, welche chemischen Verbindungen an COVID-19 Protein-Ziele andocken. Beide Ansätze sind gültig und wertvoll.

In anderen Worten: Folding und Rosetta versuchen herauszufinden, wie das jeweilige Schloss aussieht und WCG sucht nach dem passenden Schlüssel, um das Schloss zu knacken.

[Urs]

In anderen Worten: Folding und Rosetta versuchen herauszufinden, wie das jeweilige Schloss aussieht und WCG sucht nach dem passenden Schlüssel, um das Schloss zu knacken.

Eindeutig bessser erklährt!

[ToSp]

Hallo zusammen

Danke für die Erklärungen
Dann hatte ich mich ja soweit richtig belesen.
Fand es nur komisch dass sich halt die Entwickler da nicht zusammentun und man nicht alles über ein Projekt laufen kann.

Wäre nämlich doof wenn es irgendwann mal zu einer Krankheut 20 verschiedene oder gleiche Projekte gibt und man dann nicht weiß wo man zuerst rechnen "soll".
Wenn er versteht was ich meine

Schönen Sonntag noch!

[Urs]

Laut Aussage vom guten Uplinger (im Forum) hat die Alphaphase begonnen.

Soll heissen das die Betaphase in kürze anschliesst.

Ich lasse WCG also auf Empfang. In meinem Profil steht hstb 1 wu.

[Dennis-TW]

Hier die übersetzte Meldung:

Hallo,

Ich möchte alle darüber informieren, dass wir mit dem Alpha-Test gegen das aktuelle COVID-19-Ziel begonnen haben. Wir haben einen Mustersatz von kleinen Liganden, die wir mit COVID-19 vergleichen können. Diese Alpha-Tests werden auf Geräten durchgeführt, die sich im Besitz von Mitgliedern des World Community Grid Teams befinden. Wir tun dies, um uns einen Eindruck davon zu verschaffen, ob die Binärdateien gut funktionieren und die Arbeitseinheiten nicht abstürzen. Bislang sieht es gut aus, während wir Probleme durcharbeiten. Die Alpha-Tests werden hoffentlich kurz sein, aber eines der Dinge, die wir testen, ist die Dimensionierung der Arbeitseinheiten, da verschiedene Liganden unterschiedlich lange brauchen, um fertig zu werden, manchmal exponentiell. Im Laufe des heutigen Tages wird eine größere Untermenge von Liganden in der Alpha getestet, um das Größenproblem zu lösen.

Nochmals vielen Dank für euer Interesse und freuen uns auf eine baldige BETA :P
-Uplinger

[Rainer Baumeister]

Hier die offizielle Antwort:



In anderen Worten: Folding und Rosetta versuchen herauszufinden, wie das jeweilige Schloss aussieht und WCG sucht nach dem passenden Schlüssel, um das Schloss zu knacken.

Gut erklärt für einfache Leute wie mich.. :-)
Danke Rainer

[WBT112]

Im Forum kann man sich schonmal den Bildschirmschoner ansehen. Das macht Hoffnung, dass es bald losgeht.

[XSmeagolX]

hmmm... damit dürfte ja evtl. auch das Projektkürzel feststehen: opn1
Aber bislang stehen noch keine Badges oder Logos zum Projekt online zur Verfügung.

[Dennis-TW]

Soeben ist die erste Beta-WU bei mir eingetroffen:

BETA_OPN1_TEST029_0032_0

Laut Uplinger wird es erstmal langsam losgehen (800 WUs x 2) und er sich im Laufe des neuen Tages die Ergebnisse ansehen.

[Dennis-TW]

Hier noch ein paar genauere Infos:

Hallo zusammen,

Ein kurzes Update: Wir haben gerade mit einem ersten Betatest begonnen. Vorerst verwenden wir manuell erstellte Arbeitseinheiten, die auf ein Protein im Virus abzielen. Ziel dieses ersten Beta-Laufs ist es, die wissenschaftliche Anwendung (AutoDock), die Validierung der Ergebnisse und die Dimensionierung der Arbeitseinheiten zu testen. Die anfängliche Validierung wird mit Redundanz erfolgen (wobei wir zwei Kopien jeder Arbeitseinheit versenden), was uns helfen wird, zu bestätigen, dass der Validator gegen alle CPU-Typen innerhalb desselben Betriebssystems funktioniert. Zu Beginn sollte dieses Projekt jedoch ähnlich wie andere frühere AutoDock-basierte World Community Grid-Projekte laufen - d.h. neben stichprobenartigen Vergleichsprüfungen werden die Arbeitseinheiten ohne Vergleich/Redundanz laufen.

In der Zwischenzeit testen wir die Automatisierung der Generierung von Arbeitseinheiten in unserer Alpha-Umgebung, und sobald diese Tests abgeschlossen sind, werden wir mit der automatischen Generierung von Arbeitseinheiten im Beta-Stadium fortfahren.

Die neuesten Informationen zu diesem Betatest findet ihr im Thread: https://www.worldcommunitygrid.org/f...d_thread,42310

Wenn ihr an diesem Test teilnehmen möchtet, stellt sicher, dass ihr euch hier für den Betatest angemeldet habt: https://www.worldcommunitygrid.org/m...etaProfiles.do.

Vielen Dank für euer anhaltendes Interesse an OpenPandemics,

Juan

[WBT112]

So wie es aussieht könnte das neue Projekt auch Android und ARM on Linux unterstützen.

Quelle: WCG Forum

[Rainer Baumeister]

Das liest sich gut. Danke für den Beitrag!
Meine kleinen Dinger werden schon geölt...
Gruß Rainer

[Meiner Einer]

5 x sind bei mir die OPN-Betas gelandet.

4 x Windows / 1 x Android.

[KodeX]

Es gibt erste Infos bezüglich Badges... soll wohl so aussehen (aktueller Entwurf)

[KodeX]

So wie ich uplingers Post verstehe, dürfte der Start kurz bevor stehen.
https://www.worldcommunitygrid.org/f...ad?post=625769

EDIT:
Soeben geht es los, erstes WUs sind da. Das Projekt läuft auch gleich zum Start auf ARM Prozessoren.

[Flaeminger]

Danke!
Voraussichtliche Laufzeit einer WU auf dem I3 3:31:22, also gut für den Büro-Laptop.
Über Checkponits kann ich noch nichts sagen, der Umfang des Downloads hält sich in Grenzen, die Aufgaben werden an zwei Nutzer verschickt.

Ich versuche jetzt mal die ersten drei.....
… und steige dann wieder um auf den Pentathlon

[Nexuss]

Hab auch eben dir ersten normalen Wu´s abbekommen

[Defender]

So wie es aussieht könnte das neue Projekt auch Android und ARM on Linux unterstützen.

Quelle: WCG Forum

Ich habe es getestet und es stimmt. Mein Raspberry Pi 3B+ veranschlagt 10 Stunden für eine WU.

[XSmeagolX]

Original: https://www.worldcommunitygrid.org/r...n1/overview.do

Problem
COVID-19 ist eine Krankheit, die durch SARS-CoV-2, ein Virus aus der Familie der Coronaviren, verursacht wird. Diese Viren verursachen Krankheiten, die hauptsächlich das menschliche Atmungssystem und möglicherweise andere wichtige Organe befallen. COVID-19 kann zu schweren Erkrankungen oder sogar zum Tod führen.

Zum Zeitpunkt des Starts dieses Projekts gibt es keine Behandlung, Heilung oder einen Impfstoff für COVID-19.

Vorgeschlagene Lösung
Wissenschaftler beim Scripps Research führen molekulare Modellierungssimulationen durch, um nach möglichen Kandidaten für die Entwicklung von Behandlungen für COVID-19 zu suchen, aber um erfolgreich zu sein, benötigen sie massive Rechenleistung, um Millionen von simulierten Laborexperimenten durchzuführen.

Deshalb arbeitet Scripps Research mit World Community Grid zusammen, einer sozial ausgerichteten IBM-Initiative, die es jedem, der über einen Computer und eine Internetverbindung verfügt, ermöglicht, die Rechenleistung seines Geräts zu spenden, um Wissenschaftler bei der Untersuchung der weltweit größten Probleme in den Bereichen Gesundheit und Nachhaltigkeit zu unterstützen. Mit dieser gespendeten Rechenleistung wollen die Wissenschaftler vielversprechende chemische Verbindungen für weitere Labortests identifizieren.

Das Forschungsteam will nicht nur bei der Suche nach Behandlungsmöglichkeiten für COVID-19 helfen, sondern auch ein schnell reagierendes Open-Source-Toolkit erstellen, das allen Wissenschaftlern bei der schnellen Suche nach Behandlungsmöglichkeiten für künftige Pandemien helfen soll. Im Einklang mit der Open-Data-Politik des World Community Grid stehen alle Daten und Werkzeuge, die im Rahmen dieses Projekts entwickelt werden, in der wissenschaftlichen Gemeinschaft frei zur Verfügung.

Das Hauptziel des Projekts ist die Suche nach potenziellen Behandlungsmöglichkeiten für COVID-19, weshalb die Untersuchung von Proteinen von SARS-CoV-2 (dem Virus, das COVID-19 verursacht) höchste Priorität hat.

Darüber hinaus wollen die Wissenschaftler nicht nur den aktuellen Notfall bekämpfen, sondern sich auch auf die wahrscheinlich folgenden vorbereiten. Künftige Pandemien könnten aus einer fortschreitenden Anhäufung von Mutationen entstehen, die schließlich zu einer neuen Virusvariante führen können. Dies geschah, als das Virus SARS-CoV-1 zu SARS-CoV-2 mutierte. Das Forschungsteam bezieht also Proteine des SARS-CoV-1-Virus und anderer Viren ein, die im Rahmen von OpenPandemics - COVID-19 untersucht werden sollen, um beurteilen zu können, wie schwierig es wäre, Moleküle zu finden oder zu entwerfen, die in der Lage sind, die unvermeidlichen Mutationen zu überwinden.

Wie Du helfen kannst
Als freiwilliger Teilnehmer am World Community Grid kannst du ein sicheres Softwareprogramm auf deinen Computer herunterladen. Und wenn dein Computer nicht seine volle Rechenleistung ausschöpft, führt er im Hintergrund automatisch ein simuliertes Experiment durch, mit dessen Hilfe die Wirksamkeit einer bestimmten chemischen Verbindung als mögliche Behandlung von COVID-19 vorhergesagt werden kann. Dann kontaktiert dein Computer den World Community Grid-Server, um ihn wissen zu lassen, dass er die Simulation abgeschlossen hat, die automatisch und sicher an uns zurückgeschickt wird.

All dies geschieht unauffällig, während du deinen regulären Aktivitäten nachgehen, z.B. eine E-Mail tippen, im Internet surfen oder während dein Computer im Leerlauf ist, aber eingeschaltet bleibt.

World Community Grid empfängt die Ergebnisse, die von dir zurückgesendet (oft als Arbeitseinheiten oder Forschungsaufgaben bezeichnet), kombiniert diese mit Hunderttausenden von Ergebnissen anderer Freiwilliger aus der ganzen Welt und sendet sie an das Scripps Research Team. Die Forscher beginnen dann mit der schwierigen Arbeit, die Daten zu analysieren. Dieser Prozess geschieht zwar nicht von heute auf morgen, aber er beschleunigt, was sonst viele Jahre dauern würde oder sogar unmöglich sein könnte.

Badges: