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Thema: SiDock@home

  1. Avatar von bossmaniac
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    #51

    Standard

    Zitat Zitat von taurec Beitrag anzeigen
    Habe meine Rechner mal auf NNW gesetzt, produzieren fast nur noch:
    "Fertig, Bestätigung nicht möglich"
    Überprüfung ohne Ergebnis (611) · Gültig (225) · Ungültig (677)
    Oh, unschön. Dann werde ich auch mal bremsen bis das gefixed wurde.
    To bodly crunch what no man has crunched before...
    http://stats.free-dc.org/cpidtagb.ph...heme=14&cols=3

  2. Avatar von pschoefer
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    #52

    Standard

    Inzwischen kamen wieder ein paar frische WUs, die dann auch sauber validiert wurden. Derzeit wird aber noch am Validator gebastelt, weshalb es auch noch nicht allzu viel Nachschub gibt.
    Gruß
    Patrick

    "Zusammenkommen ist ein Beginn, Zusammenbleiben ein Fortschritt, Zusammenarbeiten ein Erfolg." [H. Ford]

  3. Avatar von pschoefer
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    #53

    Standard neue WUs zu neuem Bindungsziel

    Seit heute werden WUs zum dritten Bindungsziel verteilt, nämlich einer anderen Bindungsstelle des Proteins PLpro. Zudem wurde der Validator überarbeitet, sodass die Validierungsprobleme von vor einigen Tagen endgültig behoben sein dürften.

    Drittes Ziel (corona_PLpro_v2)
    Hallo zusammen!

    Wir freuen uns, die Arbeit am dritten Bindungsziel anzukündigen: PLpro_v2, das gleiche Protein mit einem anderen katalytisch aktiven Zentrum.
    Wir setzen die WU-Erzeugung mit einem neuen Validator fort. Darin wurde eine automatische Ergebnisüberprüfung eingebaut, die zuvor für einige Verzögerungen sorgte.

    Vielen Dank für eure Unterstützung des Projekts!
    29.01.2021, 11:21:40 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://www.sidock.si/sidock/forum_thread.php?id=80
    Third target (corona_PLpro_v2)
    Hello everyone!

    We are glad to announce work on the third target: PLpro_v2, the same protein with another catalytic active site.
    We resume task generation with a new validator. It was implemented to automate result check which caused some delays before.

    Thank you all for supporting the project!
    29 Jan 2021, 10:21:40 UTC
    Gruß
    Patrick

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  4. Avatar von Lajiola
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    #54

    Standard

    Wenn ich SIDOCK auf alle Kerne laufen lasse bekomme ich keine Last mehr auf die 5700xt mit moowraper.
    Sobald ich einen Task weniger Rechne läuft alles.
    Ähnliches Problem bei einer Nvidia GPU.
    Keine Ahnung was die Docking Software das verbockt.

  5. Avatar von AxelS
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    #55

    Standard

    Nein, die Docking Software verbockt da nichts. Es ist ein CPU Kern für den OpenCL-Treiber der Grafikkarte nötig um diese füttern zu können. Das ist generell so. Auch bei anderen Projekten. Da haben wir, die schon lange hier im Forum dabei sind, schon oft festgestellt.

    Bei einer ATI-Grafikkarte mußt Du einen ganzen CPU-Kern freihalten, da sonst der Treiber nicht richtig funktioniert. Bei Nvidia auch nur, wenn ein Projekt für die Berechnung auf der Grafikkarte den OpenCL Treiber einsetzt.
    Geändert von AxelS (29.01.2021 um 23:35 Uhr)

  6. Avatar von Lajiola
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    #56

    Standard

    Kann ich so aber nicht bestätigen, wenn ich 24 Threads auf TN-Grid Berechne oder WCG, gibt es keine Probleme.

  7. Avatar von Uwe-Bergstedt
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    #57

    Standard

    Amicable Numbers und SiDock zusammen--4CPU und 1gpu--geht auch nicht, bei mir jedenfalls. dann hält 1CPU an und meldet: warten auf Speicher---3Kerne +GPU =kein Problem

    Intel(R) Core(TM) i7-7700K CPU @ 4.20GHz [Family 6 Model 158 Stepping 9]
    (4 Prozessoren)


    NVIDIA GeForce RTX 2080 (4095MB) driver: 461.09 OpenCL: 1.2

  8. Avatar von taurec
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    #58

    Standard

    Zitat Zitat von pschoefer Beitrag anzeigen
    Seit heute werden WUs zum dritten Bindungsziel verteilt, nämlich einer anderen Bindungsstelle des Proteins PLpro. Zudem wurde der Validator überarbeitet, sodass die Validierungsprobleme von vor einigen Tagen endgültig behoben sein dürften.
    Originaltext:
    Jepp, habe bisher keine Probleme mit den neuen WUs.

  9. Avatar von bossmaniac
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    #59

    Standard

    Zitat Zitat von taurec Beitrag anzeigen
    Jepp, habe bisher keine Probleme mit den neuen WUs.
    Ja, das Problem scheint behoben, 759 Gültige, 0 Ungültige/Fehler.
    To bodly crunch what no man has crunched before...
    http://stats.free-dc.org/cpidtagb.ph...heme=14&cols=3

  10. Avatar von Urs
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    #60

    Standard

    Zitat Zitat von Lajiola Beitrag anzeigen
    Kann ich so aber nicht bestätigen, wenn ich 24 Threads auf TN-Grid Berechne oder WCG, gibt es keine Probleme.
    Nicht alle Projekte lasten die Kerne/Threads in gleicher Weise aus. Ebenso den Speicher.
    Wenn Du 24 threads auf TN-Grid laufen hast versteckt sich die Zuarbeit zur GPU nur irgendwo.
    Entweder alle wus brauchen etwas länger oder eine wu, auf dessen thread sich die Graka mitbediehnt, dauert deutlich länger als die anderen.

  11. Avatar von nexiagsi16v
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    #61

    Standard

    Die WUs haben immer noch nur 24h Deadline....das könnte man auch so langsam mal auf 72h oder so erhöhen.
    Ciao Norman

    Ryzen 5 3600 @4GHz, 3x RX 5700, 32GB DDR4//FX8370 @4GHz, 16GB DDR3 1600, RX 470 + R9 270X// Dauercruncher i3 8300, 8GB RAM // Läppi B940 @2GHz


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    #62

    Standard

    Ich wäre nicht überrascht, wenn vor dem 10.2.2021 um 14:15 UTC bezüglich Deadline noch keine "Lockerungen" erlassen werden.

    Eine Verbesserung wäre auch, wenn es auch mal nachts durchgängig neue Arbeit gäbe. Oder als schlechtere Alternative dazu ein erheblich größeres Limit an tasks-in-progress pro aktiver CPU. (Man kann natürlich gegen das Limit gegensteuern, aber das wird wohl nicht im Interesse der Projektadministratoren sein.)

  13. Avatar von Rainer Baumeister
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    #63

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    Zitat Zitat von Uwe-Bergstedt Beitrag anzeigen
    Amicable Numbers und SiDock zusammen--4CPU und 1gpu--geht auch nicht, bei mir jedenfalls. dann hält 1CPU an und meldet: warten auf Speicher---3Kerne +GPU =kein Problem

    Intel(R) Core(TM) i7-7700K CPU @ 4.20GHz [Family 6 Model 158 Stepping 9]
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    NVIDIA GeForce RTX 2080 (4095MB) driver: 461.09 OpenCL: 1.2
    Hi Uwe,
    gestern zufällig als Versuch auch mal getestet: 16x SiDock und 1x Ami. 24 von 32 GB RAM verbraucht:
    Endlich mal etwas mehr.. :-) Ami treibt bei mir auch die Temp der GPU auf 80. Alle 16 Kerne werden genutzt. Boinc auf 100%
    Bis dann, Rainer
    Ryzen 3700X mit RTX2070 mit Mint auf Asrock X470 Taichi mit 2x 16GB 3200
    Ryzen 1700 mit GTX1070ti mit Mint auf Asrock X370 Taichi mit 2x 16GB 2933
    Laptop i5 2430M mit Mint und
    4x Odroid XU4 mit Ubuntu, Odroid H2+ Ubuntu, sowie Handys und Tablet

  14. Avatar von pschoefer
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    #64

    Standard viertes Bindungsziel angekündigt

    Die Berechnungen zum vor gut einer Woche begonnenen dritten Bindungsziel (corona_PLpro_v2) sind bereits zu 70% abgeschlossen, ein viertes Ziel steht schon bereit:

    Viertes Ziel (corona_RdRp_v1)
    Wir freuen uns, das vierte Bindungsziel anzukündigen, corona_RdRp_v1. Dieses Molekül wird in Forschungsarbeiten regelmäßig als potentielles Ziel zur Unterdrückung der Virenvermehrung verwendet. Es handelt sich um die RNA-abhängige RNA-Polymerase (engl. RNA-dependent RNA polymerase, RdRp) von SARS-CoV-2, ein Enzym, welches das Coronavirus SARS-CoV-2 zum Kopieren seines Erbguts und zur Transkription seiner Gene verwendet.
    08.02.2021, 9:17:30 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://www.sidock.si/sidock/forum_thread.php?id=88
    Fourth target (corona_RdRp_v1)
    We are glad to announce the fourth target, corona_RdRp_v1. This molecule is frequently used in research studies as a potential target to inhibit viral replication. Specifically, it is SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp in short), an enzyme which coronavirus SARS-CoV-2 uses for the replication of its genome and the transcription of its genes.
    8 Feb 2021, 8:17:30 UTC
    Gruß
    Patrick

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  15. Avatar von nexiagsi16v
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    #65

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    Die WU-Versorgung ist leider immer noch unzuverlässig. Man ist nun zu quorum 2 gewechselt.
    Ciao Norman

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    #66

    Standard

    War SiDock nicht schon die ganze Zeit auf einem 2er Quorum?

  17. Avatar von nexiagsi16v
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    #67

    Standard

    So wie ich das verstanden hab, erst ab target Nr. 4. Darum werden hier wohl auch mehr WUs als wie bei den anderen targets generiert. Wobei aktuell immer noch nix generiert wird...
    Ciao Norman

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    #68

    Standard

    Die WUs des vergangene Woche beendeten 3. Targets haben minimum quorum = 2 und initial replication = 2. Was vorher war, habe ich nicht in Erinnerung; bin ohnehin noch nicht besonders lange dabei.

  19. Avatar von nexiagsi16v
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    #69

    Standard

    Es gibt wieder WUs, aber deren Laufzeit hat sich verdoppelt oder noch mehr. Checkpoint gibt es wohl immer noch nicht und Deadline ist immer noch 24h. Daher fällt das Projekt nun leider für meinen hin-und-wieder-Cruncher flach. Der läuft einfach nicht oft/lang genug.

    *edit: es könnte sein, das sich die Laufzeiterhöhung nur bei Windowsrechner vorliegt.*
    Geändert von nexiagsi16v (18.02.2021 um 19:56 Uhr)
    Ciao Norman

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  20. Avatar von Uwe-Bergstedt
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    #70

    Standard

    SiDock@home: SiDock@home becomes a general drug discovery project
    Hello everyone!

    We are happy to announce that SiDock@home will continue as a general drug discovery project, not limited to coronavirus only! This means that the project will continue for a long time. We aim to develop and incorporate novel methods of drug design and perform drug discovery for different diseases.

    Nevertheless, the first mission on fighting the coronavirus continues! There are many results to process and more targets to explore within what started from COVID.SI project.

    With best wishes,
    Natalia and the team.
    27.02.2021 14:06:38 · weiterlesen...

    https://www.sidock.si/sidock/forum_thread.php?id=90

    https://covid.si/en/

  21. Avatar von pschoefer
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    #71

    Standard Ausweitung auf andere Krankheiten

    In der Übersetzung:

    SiDock@home wird ein allgemeines Medikamentenforschungsprojekt
    Hallo zusammen!

    Wir freuen uns bekanntzugeben, dass SiDock@home als allgemeines Medikamentenforschungsprojekt fortgesetzt wird, nicht nur auf das Coronavirus beschränkt! Das bedeutet, dass das Projekt eine lange Lebensdauer haben wird. Wir planen, neue Methoden der Wirkstoffentwicklung zu entwickeln und einzubauen und Wirkstoffforschung für verschiedene Krankheiten durchzuführen.

    Nichtsdestotrotz geht unsere erste Mission im Kampf gegen das Coronavirus weiter! Es sind noch viele Ergebnisse zu verarbeiten und weitere Bindungsziele zu erforschen im Rahmen des von COVID.SI begonnenen Projekts.

    Mit freundlichen Grüßen,
    Natalia und das Team
    27.02.2021, 15:06:38 MEZ

    Originaltext:
    Zitat Zitat von https://www.sidock.si/sidock/forum_thread.php?id=90
    SiDock@home becomes a general drug discovery project
    Hello everyone!

    We are happy to announce that SiDock@home will continue as a general drug discovery project, not limited to coronavirus only! This means that the project will continue for a long time. We aim to develop and incorporate novel methods of drug design and perform drug discovery for different diseases.

    Nevertheless, the first mission on fighting the coronavirus continues! There are many results to process and more targets to explore within what started from COVID.SI project.

    With best wishes,
    Natalia and the team.
    27 Feb 2021, 14:06:38 UTC
    Gruß
    Patrick

    "Zusammenkommen ist ein Beginn, Zusammenbleiben ein Fortschritt, Zusammenarbeiten ein Erfolg." [H. Ford]

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